パーソナルゲノム情報に基づく脳疾患メカニズムの解明

• 研究領域: パーソナルゲノム情報に基づく脳疾患メカニズムの解明
• 研究課題/領域番号: 22129001
• 研究種目: 新学術領域研究(研究領域提案型)
• 配分区分: 補助金
• 審査区分: 生物系
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 辻 省次 東京大学, 医学部附属病院, 教授 (70150612)
• 研究分担者: 豊田 敦 国立遺伝学研究所, 特任准教授 (10267495) ; 森下 真一 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (90292854)
• 研究期間 (年度): 2010-04-01 – 2015-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2014年度)
• 配分額: 368,550千円 (直接経費: 283,500千円、間接経費: 85,050千円); 2014年度: 68,120千円 (直接経費: 52,400千円、間接経費: 15,720千円); 2013年度: 71,370千円 (直接経費: 54,900千円、間接経費: 16,470千円); 2012年度: 74,880千円 (直接経費: 57,600千円、間接経費: 17,280千円); 2011年度: 74,230千円 (直接経費: 57,100千円、間接経費: 17,130千円); 2010年度: 79,950千円 (直接経費: 61,500千円、間接経費: 18,450千円)
• キーワード: ゲノム / 個人ゲノム / 脳疾患 / インフォマティクス / シーケンサー / ゲノムインフォマティクス

研究成果の概要

次世代シーケンサーを導入し，シーケンス技術，ゲノムインフォマティクス基盤を整備し，日本人ゲノムの標準ゲノムの作成，variationに関するデータベースの整備を進め，本研究領域全体で有効活用した．日本人ゲノムの参照配列の整備については，Pacific Biosciencesのシーケンサーを用いて，8-10kbp程度のlong readのデータを集積し，HiSeqによるerror補正とあわせることで，構造多型を含めた高精度な日本人ゲノムの参照配列の構築を進めた．神経疾患において観察される非コード領域のリピート配列の異常伸長を検出する新たなアルゴリズムを開発し，領域内で研究に活用した．

研究成果

• [雑誌論文] Rapid detection of expanded short tandem repeats in personal genomics using hybrid sequencing. (2014)
  • 著者名/発表者名: Doi K, Monjo T, Hoang PH, Yoshimura J, Yurino H, Mitsui J, Ishiura H, Takahashi Y, Ichikawa Y, Goto J, Tsuji S, Morishita S.
  • 雑誌名: Bioinformatics 巻: 30 号: 6 ページ: 815-822
  • DOI: 10.1093/bioinformatics/btt647
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Exome sequencing shows a novel de novo mutation in ATL1. (2014)
  • 著者名/発表者名: Koh K, Ishiura H, Miwa M, Doi K, Yoshimura J, Mitsui J, Goto J, Morishita S, Tsuji S and Takiyama Y.
  • 雑誌名: Neurology and Clinical Neuroscience 巻: 2 号: 1 ページ: 1-4
  • DOI: 10.1111/ncn3.72
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Genomic Aspects of Sporadic Neurodegenerative Diseases. (2014)
  • 著者名/発表者名: Mitsui J and Tsuji S.
  • 雑誌名: Biochem Biophys Res Commun 巻: 452 号: 2 ページ: 221-225
  • DOI: 10.1016/j.bbrc.2014.07.098
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] A recurrent de novo FAM111A mutation causes Kenny–Caffey syndrome type 2. (2013)
  • 著者名/発表者名: Isojima T, Doi K, Mitsui J, Oda Y, Tokuhiro E, Yasoda A, Yorifuji T, Horikawa R, Yoshimura J, Ishiura H, Morishita S, Tsuji S, and Kitanaka S.
  • 雑誌名: J Bone Mineral Res 巻: 29 号: 4 ページ: 992-998
  • DOI: 10.1002/jbmr.2091
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Neurogenomics view of neurological diseases. (2013)
  • 著者名/発表者名: Tsuji S.
  • 雑誌名: Archives of Neurology 巻: 70 号: 6 ページ: 689-694
  • DOI: 10.1001/jamaneurol.2013.734
  • 査読あり
• [雑誌論文] Identification of ATP1A3 mutations by exome sequencing as the cause of alternating hemiplegia of childhood in Japanese patients. (2013)
  • 著者名/発表者名: Ishii A, Saito Y, Mitsui J, Ishiura H, Yoshimura J, Arai H, Yamashita S, Kimura S, Oguni H, Morishita S, Tsuji S, Sasaki M, Hirose S.
  • 雑誌名: PLoS One 巻: 8 号: 2 ページ: e56120-e56120
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0056120
  • 査読あり
• [雑誌論文] ERBB4 Mutations that Disrupt the Neuregulin-ErbB4 Pathway Cause Amyotrophic Lateral Sclerosis Type 19. (2013)
  • 著者名/発表者名: Takahashi Y, Fukuda Y, Yoshimura J, Toyoda A, (33名省略）, Morishita S, Goto J and Tsuji S.
  • 雑誌名: Am J Hum Genet 巻: 93 号: 5 ページ: 900-905
  • DOI: 10.1016/j.ajhg.2013.09.008
  • 査読あり
• [雑誌論文] CSF1R mutations identified in three families with autosomal dominantly inherited leukoencephalopathy. (2012)
  • 著者名/発表者名: Mitsui J, Matsukawa T, Ishiura H, Higasa K, Yoshimura J, Saito TL, Ahsan B, Takahashi Y, Goto J, Iwata A, Niimi Y, Riku Y, Goto Y, Mano K, Yoshida M, Morishita S, Tsuji S.
  • 雑誌名: Am J Med Genet B Neuropsychiatr Genet. 巻: 159B(8) 号: 8 ページ: 951-7
  • DOI: 10.1002/ajmg.b.32100
  • 査読あり
• [雑誌論文] The TRK-fused gene is mutated in hereditary motor and sensory neuropathy with proximal dominant involvement. (2012)
  • 著者名/発表者名: Ishiura H
  • 雑誌名: Am J Hum Genet. 巻: 91(2) 号: 2 ページ: 320-9
  • DOI: 10.1016/j.ajhg.2012.07.014
  • 査読あり
• [雑誌論文] Genome-wide genetic variations are highly correlated with proximal DNA methylation patterns (2012)
  • 著者名/発表者名: Qu W, Hashimoto S, Shimada A, Nakatani Y, Ichikawa K, Saito TL, Ogoshi K, Matsushima K, Suzuki Y, Sugano S, Takeda H, Morishita S.
  • 雑誌名: Genome Res 巻: 22 号: 8 ページ: 1419-1425
  • DOI: 10.1101/gr.140236.112
  • 査読あり
• [雑誌論文] Identification of novel SNPs of ABCD1, ABCD2, ABCD3 and ABCD4 genes in patients with X-linked adrenoleukodystrophy (ALD) based on comprehensive resequencing and association studies with ALD phenotypes (2011)
  • 著者名/発表者名: Matsukawa T, Asheuer M, Takahashi Y, Goto J, Suzuki Y, Shimozawa N, Takano H, Onodera O, Nishizawa M, Aubourg P, Tsuji S
  • 雑誌名: Neurogenetics 巻: 12 ページ: 41-50
  • 査読あり
• [雑誌論文] Posterior column ataxia with retinitis pigmentosa in a Japanese family with a novel mutation in FLVCR1 (2011)
  • 著者名/発表者名: Ishiura H, Fukuda Y, Mitsui J, Nakahara Y, Ahsan B, Takahashi Y, Ichikawa Y, Goto J, Sakai T, Tsuji S
  • 雑誌名: Neurogenetics 巻: 12 ページ: 117-121
  • 査読あり
• [雑誌論文] Adult-onset leukoencephalopathies with vanishing white matter with novel missense mutations in EIF2B2, EIF2B3, and EIF2B5 (2011)
  • 著者名/発表者名: Matsukawa T, Wang X, Liu R, Onuki Y, Kubota A, Hida A, Kowa H, Fukuda Y, Ishiura H, Mitsui J, Takahashi Y, Aoki S, Takizawa T, Shimizu J, Goto J, Proud CG, Tsuji S
  • 雑誌名: Neurogenetics 巻: 12 ページ: 259-261
  • 査読あり
• [雑誌論文] A gain-of-function screen identifies wdb and lkb1 as lifespan-extending genes in Drosophila (2011)
  • 著者名/発表者名: Funakoshi M, Tsuda M, Muramatsu K, Hatsuda H, Morishita S, Aigaki T
  • 雑誌名: Biochem Biophys Res Commun 巻: 405 ページ: 667-672
  • 査読あり
• [雑誌論文] Genome-wide profiling of DNA methylation in human cancer cells (2011)
  • 著者名/発表者名: Ogoshi K, Hashimoto S, Nakatani Y, Qu W, Oshima K, Tokunaga K, Sugaho S, Hattori M, Morishita S, Matsushima K
  • 雑誌名: Genomics 巻: 98 ページ: 280-287
  • 査読あり
• [雑誌論文] Multiplexed resequencing analysis to identify rare variants in pooled DNA with barcode indexing einploying next-generation sequencer (2010)
  • 著者名/発表者名: Mitsui J, Fukuda Y, Azuma K, Tozaki H, Ishiura H, Takahashi Y, Goto J, Tsuji S
  • 雑誌名: J.Hum.Genet. 巻: 55 ページ: 448-455
  • 査読あり
• [雑誌論文] Genetics of neurodegenerative diseases : insights from high-throughput resequencing (2010)
  • 著者名/発表者名: Tsuji S.
  • 雑誌名: Hum.Mol.Genet. 巻: 19 ページ: 65-70
  • 査読あり
• [雑誌論文] Mechanisms of genomic instabilities underlying two common fragile site-associated loci, PARK2 and DMD, in germ celland cancer cell lines (2010)
  • 著者名/発表者名: Mitsui J, Takahashi Y, Goto J, Tomiyama H, Ishikawa S, Yoshino H, Minami N, Smith DI, Lesage S, Aburatani H, Nishino I, Brice I, Hattori N, Tsuji S
  • 雑誌名: Amer J Hum Genet 巻: 87 ページ: 75-89
  • 査読あり
• [雑誌論文] Accelerating Path-free XML Queries in RDBMS (2010)
  • 著者名/発表者名: Wu H, Saito TL, Morishita S
  • 雑誌名: IPSJ Online Transaction 巻: 3 ページ: 206-217
  • NAID: 130000418305
  • 査読あり
• [雑誌論文] Cost-effective sequencing of full-length cDNA clones powered by a de novo-reference hybrid assembly (2010)
  • 著者名/発表者名: Kuroshu RM, Watanabe J, Sugano S, Morishita S, Suzuki Y, Kasahara M
  • 雑誌名: PLoS One 巻: 7
  • 査読あり
• [学会発表] The TRK-fused gene is mutated in hereditary motor and sensory neuropathy with proximal dominant involvement (HMSN-P). (2012)
  • 著者名/発表者名: Ishiura, H. 他29名，Tsuji, S.
  • 学会等名: American Society of Human Genetics
  • 発表場所: San Francisco, USA
  • 年月日: 2012-11-06
• [学会発表] Genetic Variation Associated with Nucleosome Structure and DNA Methylation (2011)
  • 著者名/発表者名: Shinichi Morishita
  • 学会等名: Fish Genome Meeting
  • 発表場所: Sanger Center, Cambridge, UK
  • 年月日: 2011-03-11
• [学会発表] Searching Massive Epigenome Data for Evolutionarily Conserved Sequence Motifs (2011)
  • 著者名/発表者名: Shinichi Morishita
  • 学会等名: IEEE International Conference on Computational Advances in Bio and medical Sciences
  • 発表場所: Orland, Florida, USA
  • 年月日: 2011-02-03
• [備考] 筋萎縮性側索硬化症の新たな原因遺伝子を発見・根本治療への手がかりを得る 前のページへ戻る
  • URL: http://www.h.u-tokyo.ac.jp/press/press_archive/20131011.html
• [備考] 新しい運動ニューロン病の原因遺伝子を発見
  • URL: http://www.h.u-tokyo.ac.jp/press/press_archives/20120810.html
• [備考] 新しい運動ニューロン病の原因遺伝子を発見
  • URL: http://www.h.u-tokyo.ac.jp/vcms_lf/release_20120803.pdf
• [産業財産権] 筋萎縮性側索硬化症の新規病因遺伝子 (2013)
  • 発明者名: 辻 省次，高橋 祐二
  • 権利者名: 辻 省次，高橋 祐二
  • 産業財産権種類: 特許
  • 出願年月日: 2013-08-02
  • 外国