水を通して見る生体分子夾雑系の情報熱力学

• 研究領域: 分子夾雑の生命化学
• 研究課題/領域番号: 17H06353
• 研究種目: 新学術領域研究(研究領域提案型)
• 配分区分: 補助金
• 審査区分: 理工系
• 研究機関: 神戸大学
• 研究代表者: 田中 成典 神戸大学, システム情報学研究科, 教授 (10379480)
• 研究期間 (年度): 2017-06-30 – 2022-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2021年度)
• 配分額: 62,790千円 (直接経費: 48,300千円、間接経費: 14,490千円); 2021年度: 11,700千円 (直接経費: 9,000千円、間接経費: 2,700千円); 2020年度: 11,700千円 (直接経費: 9,000千円、間接経費: 2,700千円); 2019年度: 11,700千円 (直接経費: 9,000千円、間接経費: 2,700千円); 2018年度: 11,700千円 (直接経費: 9,000千円、間接経費: 2,700千円); 2017年度: 15,990千円 (直接経費: 12,300千円、間接経費: 3,690千円)
• キーワード: 分子夾雑 / 分子動力学法 / 生体高分子 / 会合解離 / 自由エネルギー / アミロイド / 熱伝導 / 量子生命科学 / 細胞内分子夾雑 / タンパク質多量体 / 非平衡解離過程 / 加水分解反応 / 発熱反応 / 温度緩和 / エネルギー移動 / 細胞内夾雑環境 / 情報熱力学 / 量子性 / 水 / 解離会合過程 / モンテカルロ法 / 第一原理計算 / 生体分子 / 非平衡熱力学 / 生命の起源 / ハイパフォーマンス・コンピューティング / 蛋白質 / 核酸 / 分子認識 / システム生物学

研究成果の概要

「細胞内の分子夾雑環境が生体分子の機能発現にどのように影響するか」という問題設定に対して、主に分子動力学（MD）シミュレーションの方法に基づき、タンパク質多量体の会合・解離過程を効率的に記述する手法を開発して実際の応用計算を行い、その分子メカニズムを定量的に解明した。具体的には脳神経疾患に関わるアミロイド凝集体やガンに関わるRasタンパク質複合体などを対象とし、それらの会合・解離ダイナミクスを自由エネルギーや熱エネルギーの観点から熱力学的に記述することに加えて、ATPやGTPなどの基質の果たす役割も微視的に解明した。さらに、生体系における熱伝導・温度緩和・量子性等の理論的記述も試みた。

研究成果の学術的意義や社会的意義

従来の分子生物学・細胞生物学は分子レベルから生命機能を解き明かす上で重要な多くの知見を蓄積してきたが、細胞内の分子夾雑環境が果たす役割については未解明の部分が多かった。本研究では特に、タンパク質や核酸などの生体高分子が形成する複合体に注目し、その形成や崩壊などの過程が微視的にどのように起きるのかを可視化・定量化する計算機シミュレーション技術を開発した。また、それに基づき、アルツハイマー病やガンなどに関わる分子系の応用計算を行い、細胞内のATPやGTPなどの共存分子が演じる役割についても新たな知見を得た。加えて、温度生物学や情報熱力学、量子生命科学などの新たな学術領域への展開も試みた。

研究成果

• [国際共同研究] カールスルーエ工科大学(ドイツ)
• [国際共同研究] カールスルーエ工科大学(ドイツ)
• [雑誌論文] Remarked suppression of Aβ42 protomer-protomer dissociation reaction elucidated by molecular dynamics simulation (2022)
  • 著者名/発表者名: Kurisaki Ikuo、Tanaka Shigenori
  • 雑誌名: Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics 巻: 2022 号: 7 ページ: 1-9
  • DOI: 10.1002/prot.26319
  • 査読あり
• [雑誌論文] Computational prediction of heteromeric protein complex disassembly order using hybrid Monte Carlo/molecular dynamics simulation (2022)
  • 著者名/発表者名: Kurisaki Ikuo、Tanaka Shigenori
  • 雑誌名: Physical Chemistry Chemical Physics 巻: 24 号: 17 ページ: 10575-10587
  • DOI: 10.1039/d2cp00267a
  • 査読あり
• [雑誌論文] Reaction Pathway Sampling and Free-Energy Analyses for Multimeric Protein Complex Disassembly by Employing Hybrid Configuration Bias Monte Carlo/Molecular Dynamics Simulation (2021)
  • 著者名/発表者名: Kurisaki Ikuo、Tanaka Shigenori
  • 雑誌名: ACS Omega 巻: 6 号: 7 ページ: 4749-4758
  • DOI: 10.1021/acsomega.0c05579
  • NAID: 120007026370
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Molecular recognition of SARS-CoV-2 spike glycoprotein: quantum chemical hot spot and epitope analyses (2021)
  • 著者名/発表者名: Watanabe Chiduru、Okiyama Yoshio、Tanaka Shigenori、Fukuzawa Kaori、Honma Teruki
  • 雑誌名: Chemical Science 巻: 12 号: 13 ページ: 4722-4739
  • DOI: 10.1039/d0sc06528e
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Statistical interaction analyses between SARS-CoV-2 main protease and inhibitor N3 by combining molecular dynamics simulation and fragment molecular orbital calculation (2021)
  • 著者名/発表者名: Hatada Ryo、Okuwaki Koji、Akisawa Kazuki、Mochizuki Yuji、Handa Yuma、Fukuzawa Kaori、Komeiji Yuto、Okiyama Yoshio、Tanaka Shigenori
  • 雑誌名: Applied Physics Express 巻: 14 号: 2 ページ: 027003-027003
  • DOI: 10.35848/1882-0786/abdac6
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] In silico modeling of PAX8-PPARγ fusion protein in thyroid carcinoma: influence of structural perturbation by fusion on ligand-binding affinity (2021)
  • 著者名/発表者名: Sakaguchi Kaori、Okiyama Yoshio、Tanaka Shigenori
  • 雑誌名: Journal of Computer-Aided Molecular Design 巻: 35 号: 5 ページ: 629-642
  • DOI: 10.1007/s10822-021-00381-x
  • 査読あり
• [雑誌論文] Density-Matrix Based Scheme of Basis Selection for Linear Combination of Fragment Molecular Orbitals (2021)
  • 著者名/発表者名: Okiyama Yoshio、Mochizuki Yuji、Yamanaka Masanori、Tanaka Shigenori
  • 雑誌名: Journal of the Physical Society of Japan 巻: 90 号: 6 ページ: 064301-064301
  • DOI: 10.7566/jpsj.90.064301
  • NAID: 40022591155
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Dynamic Cooperativity of Ligand?Residue Interactions Evaluated with the Fragment Molecular Orbital Method (2021)
  • 著者名/発表者名: Tanaka Shigenori、Tokutomi Shusuke、Hatada Ryo、Okuwaki Koji、Akisawa Kazuki、Fukuzawa Kaori、Komeiji Yuto、Okiyama Yoshio、Mochizuki Yuji
  • 雑誌名: The Journal of Physical Chemistry B 巻: 125 号: 24 ページ: 6501-6512
  • DOI: 10.1021/acs.jpcb.1c03043
  • NAID: 120007170803
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Fragment molecular orbital based interaction analyses on complexes between SARS-CoV-2 RBD variants and ACE2 (2021)
  • 著者名/発表者名: Akisawa Kazuki、Hatada Ryo、Okuwaki Koji、Kitahara Shun、Tachino Yusuke、Mochizuki Yuji、Komeiji Yuto、Tanaka Shigenori
  • 雑誌名: Japanese Journal of Applied Physics 巻: 60 号: 9 ページ: 090901-090901
  • DOI: 10.35848/1347-4065/ac1857
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Appearance of Thermal Time (2021)
  • 著者名/発表者名: Tanaka Shigenori
  • 雑誌名: Foundations of Physics 巻: 51 号: 2 ページ: 34-34
  • DOI: 10.1007/s10701-021-00445-w
  • NAID: 120007026363
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Non-equilibrium Quantum Brain Dynamics II: Formulation in 3+1 dimensions (2021)
  • 著者名/発表者名: Nishiyama Akihiro、Tanaka Shigenori、Tuszynski Jack A.
  • 雑誌名: Physica A: Statistical Mechanics and its Applications 巻: 567 ページ: 125706-125706
  • DOI: 10.1016/j.physa.2020.125706
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Improvement of the Force Field for β-d-Glucose with Machine Learning (2021)
  • 著者名/発表者名: Ikejo Makoto、Watanabe Hirofumi、Shimamura Kohei、Tanaka Shigenori
  • 雑誌名: Molecules 巻: 26 号: 21 ページ: 6691-6691
  • DOI: 10.3390/molecules26216691
  • NAID: 120007170798
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Elucidating microscopic events driven by GTP hydrolysis reaction in the Ras-GAP system with semi-reactive molecular dynamics simulations: the alternative role of a phosphate binding loop for mechanical energy storage (2021)
  • 著者名/発表者名: Kurisaki Ikuo、Tanaka Shigenori
  • 雑誌名: Physical Chemistry Chemical Physics 巻: 23 号: 46 ページ: 26151-26164
  • DOI: 10.1039/d1cp04061h
  • NAID: 120007179185
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Collective residue interactions in trimer complexes of SARS-CoV-2 spike proteins analyzed by fragment molecular orbital method (2021)
  • 著者名/発表者名: Okuwaki Koji、Akisawa Kazuki、Hatada Ryo、Mochizuki Yuji、Fukuzawa Kaori、Komeiji Yuto、Tanaka Shigenori
  • 雑誌名: Applied Physics Express 巻: 15 号: 1 ページ: 017001-017001
  • DOI: 10.35848/1882-0786/ac4300
  • NAID: 120007181729
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] FMODB: The World’s First Database of Quantum Mechanical Calculations for Biomacromolecules Based on the Fragment Molecular Orbital Method (2021)
  • 著者名/発表者名: Daisuke Takaya, Chiduru Watanabe, Shunpei Nagase, Kikuko Kamisaka, Yoshio Okiyama, Hirotomo Moriwaki, Hitomi Yuki, Tomohiro Sato, Noriyuki Kurita, Yoichiro Yagi, Tatsuya Takagi, Norihito Kawashita, Kenichiro Takaba, Tomonaga Ozawa, Midori Takimoto-Kamimura, Shigenori Tanaka, Kaori Fukuzawa, and Teruki Honma
  • 雑誌名: J. Chem. Inf. Model. 巻: 61 号: 2 ページ: 777-794
  • DOI: 10.1021/acs.jcim.0c01062
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Interaction analyses of SARS-CoV-2 spike protein based on fragment molecular orbital calculations (2021)
  • 著者名/発表者名: Akisawa Kazuki、Hatada Ryo、Okuwaki Koji、Mochizuki Yuji、Fukuzawa Kaori、Komeiji Yuto、Tanaka Shigenori
  • 雑誌名: RSC Advances 巻: 11 号: 6 ページ: 3272-3279
  • DOI: 10.1039/d0ra09555a
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Comparative study on model parameter evaluations for the energy transfer dynamics in Fenna?Matthews?Olson complex (2020)
  • 著者名/発表者名: Suzuki Yosuke、Watanabe Hirofumi、Okiyama Yoshio、Ebina Kuniyoshi、Tanaka Shigenori
  • 雑誌名: Chemical Physics 巻: 539 ページ: 110903-110903
  • DOI: 10.1016/j.chemphys.2020.110903
  • 査読あり
• [雑誌論文] Machine learning prediction of inter-fragment interaction energies between ligand and amino-acid residues on the fragment molecular orbital calculations for Janus kinase ? inhibitor complex (2020)
  • 著者名/発表者名: Tokutomi Shusuke、Shimamura Kohei、Fukuzawa Kaori、Tanaka Shigenori
  • 雑誌名: Chemical Physics Letters 巻: 757 ページ: 137883-137883
  • DOI: 10.1016/j.cplett.2020.137883
  • NAID: 120006890795
  • 査読あり
• [雑誌論文] Identification of correlated inter-residue interactions in protein complex based on the fragment molecular orbital method (2020)
  • 著者名/発表者名: Tanaka Shigenori、Watanabe Chiduru、Honma Teruki、Fukuzawa Kaori、Ohishi Kazue、Maruyama Tadashi
  • 雑誌名: Journal of Molecular Graphics and Modelling 巻: 100 ページ: 107650-107650
  • DOI: 10.1016/j.jmgm.2020.107650
  • NAID: 120006890786
  • 査読あり
• [雑誌論文] Temperature relaxation in binary hard-sphere mixture system: Molecular dynamics and kinetic theory study (2020)
  • 著者名/発表者名: Tanaka Shigenori、Shimamura Kohei
  • 雑誌名: The Journal of Chemical Physics 巻: 153 号: 3 ページ: 034114-034114
  • DOI: 10.1063/5.0011181
  • NAID: 120006879543
  • 査読あり
• [雑誌論文] Fragment Molecular Orbital Based Interaction Analyses on COVID-19 Main Protease ? Inhibitor N3 Complex (PDB ID: 6LU7) (2020)
  • 著者名/発表者名: Hatada Ryo、Okuwaki Koji、Mochizuki Yuji、Handa Yuma、Fukuzawa Kaori、Komeiji Yuto、Okiyama Yoshio、Tanaka Shigenori
  • 雑誌名: Journal of Chemical Information and Modeling 巻: 60 号: 7 ページ: 3593-3602
  • DOI: 10.1021/acs.jcim.0c00283
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Effective Static Approximation: A Fast and Reliable Tool for Warm-Dense Matter Theory (2020)
  • 著者名/発表者名: Dornheim Tobias、Cangi Attila、Ramakrishna Kushal、B?hme Maximilian、Tanaka Shigenori、Vorberger Jan
  • 雑誌名: Physical Review Letters 巻: 125 号: 23 ページ: 235001-235001
  • DOI: 10.1103/physrevlett.125.235001
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] New Modified Deoxythymine with Dibranched Tetraethylene Glycol Stabilizes G-quadruplex Structures (2020)
  • 著者名/発表者名: H. Tateishi-Karimata, T. Ohyama, T. Muraoka, S. Tanaka, K. Kinbara, and N. Sugimoto
  • 雑誌名: Molecules 巻: 25 号: 3 ページ: 705-705
  • DOI: 10.3390/molecules25030705
  • NAID: 120006811187
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Strongly Coupled Electron Liquid: Ab Initio Path Integral Monte Carlo Simulations and Dielectric Theories (2020)
  • 著者名/発表者名: T. Dornheim, T. Sjostrom, S. Tanaka, and J. Vorberger
  • 雑誌名: Phys. Rev. B 巻: 101 号: 4 ページ: 045129-045129
  • DOI: 10.1103/physrevb.101.045129
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Non-Equilibrium Quantum Electrodynamics in Open Systems as a Realizable Representation of Quantum Field Theory of the Brain (2020)
  • 著者名/発表者名: A. Nishiyama, S. Tanaka, and J.A. Tuszynski
  • 雑誌名: Entropy 巻: 22 号: 1 ページ: 43-43
  • DOI: 10.3390/e22010043
  • NAID: 120006823996
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] <b>Development of an automated fragment molecular orbital (FMO) calculation protocol toward construction of quantum mechanical </b><b>calculation database for large biomolecules </b> (2019)
  • 著者名/発表者名: Watanabe Chiduru、Watanabe Hirofumi、Okiyama Yoshio、Takaya Daisuke、Fukuzawa Kaori、Tanaka Shigenori、Honma Teruki
  • 雑誌名: ＣＢＩジャーナル 巻: 19 号: 0 ページ: 5-18
  • DOI: 10.1273/cbij.19.5
  • NAID: 130007618360
  • ISSN: 1347-0442, 1347-6297
  • 年月日: 2019-03-22
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Ab Initio Molecular Dynamics Study of Prebiotic Production Processes of Organic Compounds at Meteorite Impacts on Ocean (2019)
  • 著者名/発表者名: K. Shimamura, F. Shimojo, A. Nakano, and S. Tanaka
  • 雑誌名: Journal of Computational Chemistry 巻: 40 号: 2 ページ: 349-359
  • DOI: 10.1002/jcc.25606
  • NAID: 120006734928
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Fragment Molecular Orbital Calculations with Implicit Solvent Based on the Poisson-Boltzmann Equation: II. Protein and Its Ligand-Binding System Studies (2019)
  • 著者名/発表者名: Y. Okiyama, C. Watanabe, K. Fukuzawa, Y. Mochizuki, T. Nakano, S. Tanaka
  • 雑誌名: J. Phys. Chem. B 巻: 123 号: 5 ページ: 957-973
  • DOI: 10.1021/acs.jpcb.8b09326
  • 査読あり
• [雑誌論文] Non-Equilibrium Quantum Brain Dynamics: Super-Radiance and Equilibration in 2+1 Dimensions (2019)
  • 著者名/発表者名: A. Nishiyama, S. Tanaka, and J.A. Tuszynski
  • 雑誌名: Entropy 巻: 21 号: 11 ページ: 1066-1066
  • DOI: 10.3390/e21111066
  • NAID: 120006777079
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] ATP Converts Aβ42 Oligomer into Off-Pathway Species by Making Contact with Its Backbone Atoms Using Hydrophobic Adenosine (2019)
  • 著者名/発表者名: I. Kurisaki and S. Tanaka
  • 雑誌名: J. Phys. Chem. B 巻: 123 号: 46 ページ: 9922-9933
  • DOI: 10.1021/acs.jpcb.9b07984
  • NAID: 120006775976
  • 査読あり
• [雑誌論文] Guidelines for Creating Artificial Neural Network Empirical Interatomic Potential from First-Principles Molecular Dynamics Data under Specific Conditions and Its Application to α-Ag2Se (2019)
  • 著者名/発表者名: K. Shimamura, S. Fukushima, A. Koura, F. Shimojo, M. Misawa, R.K. Kalia, A. Nakano, P. Vashishta, T. Matsubara, and S. Tanaka
  • 雑誌名: J. Chem. Phys. 巻: 151 号: 12 ページ: 124303-124303
  • DOI: 10.1063/1.5116420
  • NAID: 120006734929
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Application of singular value decomposition to the inter-fragment interaction energy analysis for ligand screening (2018)
  • 著者名/発表者名: Maruyama Keiya、Sheng Yinglei、Watanabe Hirofumi、Fukuzawa Kaori、Tanaka Shigenori
  • 雑誌名: Computational and Theoretical Chemistry 巻: 1132 ページ: 23-34
  • DOI: 10.1016/j.comptc.2018.04.001
  • NAID: 120006482609
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Towards Good Correlation between Fragment Molecular Orbital Interaction Energies and Experimental IC50 for Ligand Binding: A Case Study of p38 MAP Kinase (2018)
  • 著者名/発表者名: Y. Sheng, H. Watanabe, K. Maruyama, C. Watanabe, Y. Okiyama, T. Honma, K. Fukuzawa, S. Tanaka
  • 雑誌名: Comput. Struct. Biotech. J. 巻: 16 ページ: 421-434
  • DOI: 10.1016/j.csbj.2018.10.003
  • NAID: 120006549198
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Computational Analysis of the Interaction Energies between Amino Acid Residues of the Measles Virus Hemagglutinin and Its Receptors (2018)
  • 著者名/発表者名: F. Xu, S. Tanaka, H. Watanabe, Y. Shimane, M. Iwasawa, K. Ohishi, T. Maruyama
  • 雑誌名: Viruses 巻: 10 号: 5 ページ: 236-236
  • DOI: 10.3390/v10050236
  • NAID: 120006488447
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Fragment Molecular Orbital Calculations with Implicit Solvent Based on the Poisson?Boltzmann Equation: Implementation and DNA Study (2018)
  • 著者名/発表者名: Okiyama Yoshio、Nakano Tatsuya、Watanabe Chiduru、Fukuzawa Kaori、Mochizuki Yuji、Tanaka Shigenori
  • 雑誌名: The Journal of Physical Chemistry B 巻: 122 号: 16 ページ: 4457-4471
  • DOI: 10.1021/acs.jpcb.8b01172
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Pursuing origins of (poly)ethylene glycol-induced G-quadruplex structural modulations (2018)
  • 著者名/発表者名: M. Trajkovski, T. Endoh, H. Tateishi-Karimata, T. Ohyama, S. Tanaka, J. Plavec, N. Sugimoto
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 巻: 46 号: 8 ページ: 4301-4315
  • DOI: 10.1093/nar/gky250
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Newly characterized interaction stabilizes DNA structure: oligoethylene glycols stabilize G-quadruplexes CH?π interactions (2017)
  • 著者名/発表者名: Tateishi-Karimata Hisae、Ohyama Tatsuya、Muraoka Takahiro、Podbevsek Peter、Wawro Adam M.、Tanaka Shigenori、Nakano Shu-ichi、Kinbara Kazushi、Plavec Janez、Sugimoto Naoki
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 巻: 45 号: 12 ページ: 7021-7030
  • DOI: 10.1093/nar/gkx299
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] An Effective Microscopic Index Associated with Cell Survival and DNA Lesions for Estimating Radiation Risk (2017)
  • 著者名/発表者名: K. Yoshinari, S. Tanaka, K. Ebina
  • 雑誌名: J. Environ. Health Sci. 巻: 3 号: 1 ページ: 1-5
  • DOI: 10.15436/2378-6841.17.1187
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Improved Equation of State for Finite-Temperature Spin-Polarized Electron Liquids on the Basis of Singwi-Tosi-Land-Sjolander Approximation (2017)
  • 著者名/発表者名: S. Tanaka
  • 雑誌名: Contrib. Plasma Phys. 巻: 57 号: 3 ページ: 126-136
  • DOI: 10.1002/ctpp.201600096
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Cosolvent-Based Molecular Dynamics for Ensemble Docking: Practical Method for Generating Druggable Protein Conformations (2017)
  • 著者名/発表者名: S. Uehara, S. Tanaka
  • 雑誌名: J. Chem. Inf. Model. 巻: 57 号: 4 ページ: 742-756
  • DOI: 10.1021/acs.jcim.6b00791
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Meteorite impacts on ancient oceans opened up multiple NH3 production pathways (2017)
  • 著者名/発表者名: Kohei Shimamura, Fuyuki Shimojo, Aiichiro Nakano, and Shigenori Tanaka
  • 雑誌名: Physical Chemistry Chemical Physics 巻: 印刷中 号: 18 ページ: 11655-11667
  • DOI: 10.1039/c7cp00870h
  • NAID: 120006318803
  • 査読あり / 国際共著 / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Structural transition of solvated H-Ras/GTP revealed by molecular dynamics simulation and local network entropy (2017)
  • 著者名/発表者名: Matsunaga Shota、Hano Yuta、Saito Yuta、Fujimoto Kazuhiro J.、Kumasaka Takashi、Matsumoto Shigeyuki、Kataoka Tohru、Shima Fumi、Tanaka Shigenori
  • 雑誌名: Journal of Molecular Graphics and Modelling 巻: 77 ページ: 51-63
  • DOI: 10.1016/j.jmgm.2017.07.028
  • NAID: 120006406708
  • 査読あり
• [雑誌論文] Information Geometrical Characterization of the Onsager-Machlup Process (2017)
  • 著者名/発表者名: S. Tanaka
  • 雑誌名: Chem. Phys. Lett. 巻: 689 ページ: 152-155
  • DOI: 10.1016/j.cplett.2017.10.005
  • NAID: 120006375911
  • 査読あり
• [雑誌論文] Theoretical Analysis of Activity Cliffs among Benzofuranone Class Pim1 Inhibitors Using the Fragment Molecular Orbital Method with Molecular Mechanics Poisson-Boltzmann Surface Area (FMO+MM-PBSA) Approach (2017)
  • 著者名/発表者名: C. Watanabe, H. Watanabe, K. Fukuzawa, L. Parker, Y. Okiyama, H. Yuki, S. Yokoyama, H. Nakano, S. Tanaka, T. Honma
  • 雑誌名: J. Chem. Inf. Model. 巻: 57 号: 12 ページ: 2996-3010
  • DOI: 10.1021/acs.jcim.7b00110
  • 査読あり / 国際共著
• [学会発表] Dynamical Association/Dissociation Processes of Biomolecules in Crowding Conditions (2022)
  • 著者名/発表者名: Shigenori Tanaka
  • 学会等名: 2nd International Symposium on Chemistry for Multimolecular Crowding Biosystems (CMCB2022)
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Fragment Molecular Orbital Calculations for SARS-CoV-2 Proteins (2021)
  • 著者名/発表者名: Shigenori Tanaka
  • 学会等名: The 3rd R-CCS International Symposium
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] ナノ空間での熱伝導・温度緩和：温度生物学の基礎として (2020)
  • 著者名/発表者名: 田中成典
  • 学会等名: Biothermology Workshop 2020
  • 招待講演
• [学会発表] 生命と量子 (2019)
  • 著者名/発表者名: 田中成典
  • 学会等名: JST-CREST「生命動態の理解と制御のための基盤技術の創出」研究領域・第12回数理デザイン道場
  • 招待講演
• [学会発表] 多体問題と生命 (2019)
  • 著者名/発表者名: 田中成典
  • 学会等名: 研究会「計算生命科学：多体問題から生命システムへ」
  • 招待講演
• [学会発表] Perspectives of Computational Drug Discovery: AMED-BINDS Activities in Japan (2019)
  • 著者名/発表者名: S. Tanaka
  • 学会等名: AHeDD2019/IPAB2019 Joint Symposium
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Quantum Brain Dynamics from a Viewpoint of Field Theory (2019)
  • 著者名/発表者名: S. Tanaka and A. Nishiyama
  • 学会等名: The 2nd Workshop on Quantum Cognition
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] FMOデータベースの情報科学的な活用 (2019)
  • 著者名/発表者名: 田中成典
  • 学会等名: 日本薬学会第139年会
  • 招待講演
• [学会発表] ライフサイエンスと量子コンピューティング (2018)
  • 著者名/発表者名: 田中成典
  • 学会等名: 第25回バイオメディカル研究会
  • 招待講演
• [学会発表] BINDSインシリコユニットの紹介 (2018)
  • 著者名/発表者名: 田中成典
  • 学会等名: CBI学会2018年大会
  • 招待講演
• [学会発表] インシリコ創薬の展望 (2018)
  • 著者名/発表者名: 田中成典
  • 学会等名: 第56回日本生物物理学会年会
  • 招待講演
• [学会発表] バイオシミュレーションにおける分子夾雑効果 (2017)
  • 著者名/発表者名: 田中成典
  • 学会等名: 日本化学会第97春季年会・特別企画「分子夾雑の生命化学」
  • 招待講演
• [学会発表] 量子生命科学の展望 (2017)
  • 著者名/発表者名: 田中成典
  • 学会等名: 第1回量子生命科学研究会
  • 招待講演
• [学会発表] Charge and Energy Transfer Dynamics in Biological Systems (2017)
  • 著者名/発表者名: S. Tanaka
  • 学会等名: 1st QST International Symposium “Quantum Life Science”
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] 量子生命科学の展望 (2017)
  • 著者名/発表者名: 田中成典
  • 学会等名: 科学基礎論学会2017年度秋の研究例会シンポジウム「生命科学および認知科学における量子論的アプローチ」
  • 招待講演
• [図書] Recent Advances of the Fragment Molecular Orbital Method: Enhanced Performance and Applicability (2021)
  • 著者名/発表者名: Y. Mochizuki, S. Tanaka, K. Fukuzawa
  • 総ページ数: 616
  • 出版者: Springer
  • ISBN: 9789811592348
• [図書] Entropy-Enthalpy Compensation: Finding a Methodological Common Denominator through Probability, Statistics, and Physics (2021)
  • 著者名/発表者名: E.B. Starikov, B. Norden, S. Tanaka
  • 総ページ数: 398
  • 出版者: Jenny Stanford Publishing
  • ISBN: 9789814877305
• [図書] 計算分子生物学：物質科学からのアプローチ (2018)
  • 著者名/発表者名: 田中成典
  • 総ページ数: 184
  • 出版者: 内田老鶴圃
  • ISBN: 9784753623136
• [備考] 神戸大学大学院システム情報学研究科計算科学専攻田中研究室ホームページ
  • URL: http://eniac.scitec.kobe-u.ac.jp/tanaka/
• [備考] 神戸大学田中研究室ホームページ
  • URL: http://eniac.scitec.kobe-u.ac.jp/tanaka/