| 研究領域 | 予防を科学する炎症細胞社会学 |
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| 研究課題/領域番号 |
17H06399
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| 研究種目 |
新学術領域研究(研究領域提案型)
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 審査区分 |
複合領域
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| 研究機関 | 国立遺伝学研究所 |
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研究代表者 |
池尾 一穂 国立遺伝学研究所, ゲノム・進化研究系, 准教授 (20249949)
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| 研究分担者 |
渡邉 日出海 北海道大学, 情報科学研究院, 教授 (30322754)
太田 聡史 国立研究開発法人理化学研究所, 光量子工学研究センター, 専任研究員 (30391890)
小倉 淳 長浜バイオ大学, バイオサイエンス学部, 教授 (60465929)
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| 研究期間 (年度) |
2017-06-30 – 2022-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2021年度)
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| 配分額 *注記 |
137,020千円 (直接経費: 105,400千円、間接経費: 31,620千円)
2021年度: 26,260千円 (直接経費: 20,200千円、間接経費: 6,060千円)
2020年度: 26,260千円 (直接経費: 20,200千円、間接経費: 6,060千円)
2019年度: 26,260千円 (直接経費: 20,200千円、間接経費: 6,060千円)
2018年度: 26,260千円 (直接経費: 20,200千円、間接経費: 6,060千円)
2017年度: 31,980千円 (直接経費: 24,600千円、間接経費: 7,380千円)
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| キーワード | 単一細胞トランスクリプトーム / 炎症細胞の遷移 / NGSデータ解析 / 細胞系譜再構築 / データベース / マーカー遺伝子探索 / 体細胞変異 / 炎症モデル構築 / 状態遷移マーカー遺伝子探索 / ゲノム / 細胞社会モデル / 単一細胞トランスクリプトーム解析 / 細胞系譜 / 細胞マーカー遺伝子 / クラスタリング |
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| 研究成果の概要 |
単一細胞データポータルを構築し、領域内研究グループから収集したデータをの解析を行い、その全データをダウンロード・表示できる形でまとめ公開した。
細胞集団の動態モデルの構築に向けて、１細胞レベルの体細胞変異パターンを用いて、既知の知識と矛盾のない細胞系譜を推定できることを示した。また、従来の機械学習方法を見直し、より少ない細胞の発現データから、遺伝子の相互作用や共発現に関する有用な情報を抽出するための数学的手法の開発に成功した。機械学習モデルを用いて、APA破綻遺伝子リストのエンリッチ解析から疾患関連遺伝子抽出を可能とした。
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| 研究成果の学術的意義や社会的意義 |
今後ますます増加していくシングルセルデータの解析の発展に大きく貢献することが期待される解析フローを構築した。これは、今後、医学領域に加え、基礎生物学領域での利用も期待される。また、少数細胞のデータから既知の細胞種を選別することばかりでなく、新規の細胞種の定義を定量的に行うことが可能となった。細胞系譜再構築手法を加えて、シングルセルレベルのデータを大規模かつ効率的に解析する手法は今後、様々な単一細胞研究に貢献することが期待される。炎症細胞社会データベースとして公開した領域全体のデータは、様々な疾患に関わる炎症の分子レベルでの理解の助けとなることが期待される。
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