細胞内分解システムの構造学的解析

• 研究領域: タンパク質分解による細胞・個体機能の制御
• 研究課題/領域番号: 18076003
• 研究種目: 特定領域研究
• 配分区分: 補助金
• 審査区分: 生物系
• 研究機関: 京都大学
• 研究代表者: 杤尾 豪人 京都大学, 大学院・工学研究科, 准教授 (70336593)
• 研究分担者: 栗本 英治 名古屋市立大学, 大学院・薬学研究科, 研究員 (90234575) ; 野田 展生 (鈴木 展生) 北海道大学, 大学院・薬学研究科, 助教 (40396297) ; 山口 芳樹 理化学研究所, チームリーダー (90323451)
• 研究期間 (年度): 2006 – 2010
• 研究課題ステータス: 完了 (2010年度)
• 配分額: 136,000千円 (直接経費: 136,000千円); 2010年度: 28,500千円 (直接経費: 28,500千円); 2009年度: 28,500千円 (直接経費: 28,500千円); 2008年度: 28,500千円 (直接経費: 28,500千円); 2007年度: 28,500千円 (直接経費: 28,500千円); 2006年度: 22,000千円 (直接経費: 22,000千円)
• キーワード: X線結晶構造解析 / オートファジー / ユビキチン / NMR / 中性子小角散乱 / 構造生物学 / プロテアソーム / ユビキチン結合酵素 / At16 / 溶液NMR / Xさ洙結晶構造解析

研究概要

ユビキチン-プロテアソームシステム及びオートファジーに関与する種々のタンパク質および超分子複合体を対象としてX線結晶構造解析、核磁気共鳴法、中性子小角散乱法等を用い、構造生物学的研究を行った。ユビキチン受容体やユビキチンリガーゼの機能発現およびプロテアソーム複合体の形成、調節のメカニズムやポリユビキチン鎖の構造に関する知見を得ることに成功したほか、脱脂質化酵素Atg4BとLC3の複合体、E1酵素Atg7、E3様酵素Atg12-Atg5結合体,Atg8と受容体Atg19の複合体,そしてLC3と受容体p62の複合体の立体構造を決定し、Atg8/LC3の可逆的脂質修飾機構および選択的オートファジーに関わる受容体との相互作用機構を明らかにした。

研究成果

• [雑誌論文] Structural basis for regulation of poly-SUMO chain by a SUMO-like domain of Nip45 (2010)
  • 著者名/発表者名: Sekiyama N, Arita K, Ikeda Y, Hashiguchi K, Ariyoshi M, Tochio H, Saitoh H, Shirakawa M.
  • 雑誌名: Proteins 78 ページ: 1491-1502
  • 査読あり
• [雑誌論文] Purification, crystallization and preliminary crystallographic studies of Lys48-linked polyubiquitin chains. (2010)
  • 著者名/発表者名: Morimoto D, Isogai S, Tenno T, Tochio H, Shirakawa M, Ariyoshi M.
  • 雑誌名: Acta Crystallograph Sect F Struct Biol Cryst Commun 66 ページ: 834-837
  • 査読あり
• [雑誌論文] Solution structure of a zinc-finger domain that binds to poly-ADP-ribose. (2010)
  • 著者名/発表者名: Isogai S, Kanno S.I., Ariyoshi M, Tochio H, Ito Y, Yasui A, Shirakawa M.
  • 雑誌名: Genes Cells 15 ページ: 101-110
  • 査読あり
• [雑誌論文] Distance Determination in Proteins inside Xenopus laevis Oocytes by Double Electron-Electron Resonance Experiments. (2010)
  • 著者名/発表者名: Igarashi R, Sakai T, Hara H, Tenno T, Tanaka T, Tochio H, Shirakawa M.
  • 雑誌名: J Am Chem Soc 132 ページ: 8228-8229
  • 査読あり
• [雑誌論文] SANS investigation of assembly state of proteasome activator 28and the 20S proteasome. (2010)
  • 著者名/発表者名: Sugiyama M, Kurimoto E, Sahashi H, Sakata E, Morimoto Y, Itoh K, Mori K, Fukunaga T, Minami Y, Kato K.
  • 雑誌名: J Phys Conf Ser 247 ページ: 12020-12020
  • 査読あり
• [雑誌論文] Crystal structure of UbcH5b~ubiquitin intermediate: insight into the formation of the self-assembled E2~Ub conjugates (2010)
  • 著者名/発表者名: Sakata E, Satoh T, Yamamoto S, Yamaguchi Y, Yagi-Utsumi M, Kurimoto E, Tanaka K, Wakatsuki S, Kato K.
  • 雑誌名: Structure 18 ページ: 138-147
  • 査読あり
• [雑誌論文] The dimeric coiled-coil structure of Saccharomyces cerevisiae Atg16 and its functional significance in autophagy. (2010)
  • 著者名/発表者名: Fujioka Y, Noda NN, Nakatogawa H, Ohsumi Y, Inagaki F.
  • 雑誌名: J Biol Chem 285 ページ: 1508-15
  • 査読あり
• [雑誌論文] The NMR structure of the autophagy-related protein Atg8. (2010)
  • 著者名/発表者名: Kumeta K, Watanabe M, Nakatogawa H, Yamaguchi M, Ogura K, Adachi W, Fujioka Y, Noda NN, Ohsumi Y, Inagaki F.
  • 雑誌名: J Biomol NMR 47 ページ: 237-241
  • 査読あり
• [雑誌論文] Atg8-family interacting motif crucial for selective autophagy. (2010)
  • 著者名/発表者名: Noda NN, Ohsumi Y, Inagaki F.
  • 雑誌名: FEBS Lett 584 ページ: 1379-1385
  • 査読あり
• [雑誌論文] Autophagy-related protein 8 (Atg8) family interacting motif in Atg3 mediates the Atg3-Atg8 interaction and is crucial for the cytoplasm-to-vacuole targeting pathway. (2010)
  • 著者名/発表者名: Yamaguchi M, Noda NN, Nakatogawa H, Kumeta H, Ohsumi Y, Inagaki F.
  • 雑誌名: J Biol Chem 285 ページ: 29599-29607
  • 査読あり
• [雑誌論文] Selective transport of alpha-mannosidase by autophagic pathways: structural basis for cargo recognition by Atg19 and Atg34. (2010)
  • 著者名/発表者名: Watanabe Y, Noda NN, Kumeta H, Suzuki K, Ohsumi Y, Inagaki F.
  • 雑誌名: J Biol Chem 285 ページ: 30026-30033
  • 査読あり
• [雑誌論文] Purification, crystallization and preliminary crystallographic studies of Lys48-linked polyubiquitin chains (2010)
  • 著者名/発表者名: Morimoto, D., Isogai, S., Tenno, T., Tochio, H., Shirakawa, M., Ariyoshi, M.
  • 雑誌名: Acta Crystallographica Section F 巻: 66 ページ: 834-837
  • 査読あり
• [雑誌論文] H-1, C-13, and N-15 resonance assignment of the TIR domain of human MyD88. (2010)
  • 著者名/発表者名: Ohnishi H, Tochio H, Kato Z, Kimura T, Hiroaki H, Kondo N, Shirakawa M.
  • 雑誌名: Biomolecular NMR Assignments 巻: 4 ページ: 123-125
  • 査読あり
• [雑誌論文] Distance Determination in Proteins inside Xenopus laevis Oocytes by Double Electron-Electron Resonance Experiments. (2010)
  • 著者名/発表者名: Igarashi R, Sakai T, Hara H, Tenno T, Tanaka T, Tochio H, Shirakawa M.
  • 雑誌名: Journal of the American Chemical Society 巻: 132 ページ: 8228-8229
  • 査読あり
• [雑誌論文] Solution structure of a zinc-finger domain that binds to poly-ADP-ribose (2010)
  • 著者名/発表者名: Isogai, S., Kanno, S.I., Ariyoshi, M., Tochio, H., Ito, Y., Yasui, A., Shirakawa, M.
  • 雑誌名: Genes to Cells 巻: 15 ページ: 101-110
  • 査読あり
• [雑誌論文] Selective transport of alpha-mannosidase by autophagic pathways : structural basis for cargo recognition by Atg19 and Atg34. (2010)
  • 著者名/発表者名: Watanabe Y, Noda NN, Kumeta H, Suzuki K, Ohsumi Y, Inagaki F
  • 雑誌名: Journal of Biological Chemistry 巻: 285 ページ: 30026-30033
  • 査読あり
• [雑誌論文] Autophagy-related protein 8 (Atg8) family interacting motif in Atg3 mediates the Atg3-Atg8 interaction and is crucial for the cytoplasm-to-vacuole targeting pathway. (2010)
  • 著者名/発表者名: Yamaguchi M, Noda NN, Nakatogawa H, Kumeta H, Ohsumi Y, Inagaki F
  • 雑誌名: Journal of Biological Chemistry 巻: 285 ページ: 29599-29607
  • 査読あり
• [雑誌論文] The NMR structure of the autophagy-related protein Atg8. (2010)
  • 著者名/発表者名: Kumeta H, Watanabe M, Nakatogawa H, Yamaguchi M, Ogura K, Adachi W, Fujioka Y, Noda NN, Ohsumi Y, Inagaki F
  • 雑誌名: Journal of Biomolecular NMR 巻: 47 ページ: 237-241
  • 査読あり
• [雑誌論文] Atg8-family interacting motif crucial for selective autophagy (2010)
  • 著者名/発表者名: Noda NN, Ohsumi Y, Inagaki F
  • 雑誌名: FEBS Letters 巻: 584 ページ: 1379-1385
  • 査読あり
• [雑誌論文] SANS investigation of assembly state of proteasome activator 28 and the 20S proteasome (2010)
  • 著者名/発表者名: Masaaki Sugiyama
  • 雑誌名: J.Phys.Conf.Ser. 巻: 247 ページ: 12020-12020
  • 査読あり
• [雑誌論文] Structural basis for regulation of poly-SUMO chain by a SUMO-like domain of Nip45. (2010)
  • 著者名/発表者名: Sekiyama, N., Arita, R, Ikeda, Y., Hashiguchi, K., Ariyoshi, M., Tochio, H., Saitoh, H., Shirakawa. M.
  • 雑誌名: Proteins : Structure, Function, and Bioinformatics 78 ページ: 1491-1502
  • 査読あり
• [雑誌論文] Crystal structure of UbcH5b ubiquitin intermediate : insight into the formation of the self-assembled E2 Ub conjugates. (2010)
  • 著者名/発表者名: Sakata, E., Satoh, T., Yamamoto, S., Yamaguchi, Y., Yagi-Utsumi, M., Kurimoto, E., Tanaka, K., Wakatsuki, S., Kato, K
  • 雑誌名: Structure 18 ページ: 138-147
  • 査読あり
• [雑誌論文] Molecular Basis for SUMOylation-dependent Regulation of DNA Binding Activity of Heat Shock Factor 2. (2009)
  • 著者名/発表者名: Tateishi Y, Ariyoshi M, Igarashi R, Hara H, Mizuguchi K, Seto A, Nakai A, Kokubo T, Tochio H, Shirakawa M.
  • 雑誌名: J Biol Chem 284 ページ: 2435-2447
  • 査読あり
• [雑誌論文] Structural basis for the multiple interactions of the MyD88 TIR domain in TLR4 signaling. (2009)
  • 著者名/発表者名: Ohnishi H, Tochio H, Kato Z, Orii K.E., Li A.L., Kimura T, Hiroaki H, Kondo N, Shirakawa M.
  • 雑誌名: Proc Natl Acad Sci 106 ページ: 10260-10265
  • 査読あり
• [雑誌論文] High-resolution multi-dimensional NMR spectroscopy of proteins in human cells. (2009)
  • 著者名/発表者名: Inomata K, Ohno A, Tochio H, Isogai S, Tenno T, Nakase I, Takeuchi T, Futaki S, Ito Y, Hiroaki H., Shirakawa M.
  • 雑誌名: Nature 458 ページ: 106-109
  • 査読あり
• [雑誌論文] Assembly State of Proteasome Activator 28in an Aqueous Solution as Studied by Small-Angle Neutron Scattering (2009)
  • 著者名/発表者名: Sugiyama M, Kurimoto E, Morimoto Y, Sahashi H, Sakata E, Hamada K, Itoh K, Mori K, Fukunaga T, Minami Y, Kato K.
  • 雑誌名: J Phys Soc Jpn 78
  • 査読あり
• [雑誌論文] The structure of Atg4B-LC3 complex reveals the mechanism of LC3 processing and delipidation during autophagy. (2009)
  • 著者名/発表者名: Satoo K, Noda NN(Co-first), Kumeta H, Fujioka Y, Mizushima N, Ohsumi Y, Inagaki F.
  • 雑誌名: EMBO J 28 ページ: 1341-1350
  • 査読あり
• [雑誌論文] Crystallization of Saccharomyces cerevisiae alpha-mannosidase, a cargo protein of the Cvt pathway. (2009)
  • 著者名/発表者名: Watanabe Y, Noda NN, Honbou K, Suzuki K, Sakai Y, Ohsumi Y, Inagaki F.
  • 雑誌名: Acta Crystallograph Sect F Struct Biol Cryst Commun 65 ページ: 571-573
  • 査読あり
• [雑誌論文] ATG Systems from the Protein Structural Point of View. (2009)
  • 著者名/発表者名: Noda NN, Ohsumi Y, Inagaki F.
  • 雑誌名: Chem Rev 109 ページ: 1587-1598
  • 査読あり
• [雑誌論文] Structural basis for the multiple interactions of the MyD88 TIR domain in TLR4 signaling. (2009)
  • 著者名/発表者名: Ohnishi, H., Tochio, H., Kato, Z., Ori i, K. , Li, A., Kimura, T.
  • 雑誌名: Proceedings of the National Academy of Science 1260 ページ: 10260-10265
  • 査読あり
• [雑誌論文] Assembly State of Proteasome Activator 28 in an Aqueous Solution as Studied by Small-Angle Neutron Scattering (2009)
  • 著者名/発表者名: Sugiyama, M, Kurimoto, E., Morimoto, Y., Sahashi, H., Sakata, E., Hamada, K., Itoh, K., Mori, K., Fukunaga, T., Minami, Y., Kato, K.
  • 雑誌名: J.Phys.Soc.Jpn. 78(124802) ページ: 1-6
  • NAID: 130005437296
  • 査読あり
• [雑誌論文] ATG systems from the protein structural point of view. (2009)
  • 著者名/発表者名: Noda NN, Ohsumi Y, Inagaki F
  • 雑誌名: Chem.Rev. 109 ページ: 1587-1598
  • 査読あり
• [雑誌論文] The structure of Atg4B-LC3 complex reveals the mechanism of LC3 processing and delipidation during autotihagy. (2009)
  • 著者名/発表者名: Satoo K, Noda NN, Kumeta H, Fujioka Y, Mizushima N, Ohsumi Y, Inagaki F
  • 雑誌名: EMBO J. 28 ページ: 1341-1350
  • 査読あり
• [雑誌論文] Crystallization of Saccharomyces cerevisiae alpha-mannosidase, a cargo protein of the Cvt Dathway. (2009)
  • 著者名/発表者名: Watanabe Y, Noda..NN, Honbou K, Suzuki K, Sakai Y, Ohsumi Y, Inagaki F
  • 雑誌名: Acta Crystallogr.Sect. F Struct.Biol.Cryst.Commun. 65 ページ: 571-573
  • 査読あり
• [雑誌論文] Characterization of the Atgl7-Atg29-Atg3l complex specifically required for starvation-induced autophagy in Saccharomyces cerevisiae. (2009)
  • 著者名/発表者名: Kabeya Y, Noda NN, Fujioka Y, Suzuki K, Inagaki F, Ohsumi Y
  • 雑誌名: Biochem.Biophys.Res.Commun. 389 ページ: 612-615
  • 査読あり
• [雑誌論文] Dimeric coiled-coil structure of Saccharomyces cerevisiae Atg16 and its funcional significance in (2009)
  • 著者名/発表者名: Fujioka Y, Noda NN, Nakatogawa H, Ohcumi Y, Inagaki F
  • 雑誌名: J.Biol.Chem. 285 ページ: 1508-1515
  • 査読あり
• [雑誌論文] High-resolution multi-dimensional NMR spectroscopy of proteins in human cells. (2009)
  • 著者名/発表者名: Inomata K, Ohno A, Tochio H, Isogai S, Tenno T, Nakase I, Takeuchi T, Futaki S, Ito Y, Hiroaki H, Shirakawa M.
  • 雑誌名: Nature 458 ページ: 106-109
  • 査読あり
• [雑誌論文] The structure of Atg4B-LC3 complex reveals the mechanism of LC3 processing and delipidation during autophagy (2009)
  • 著者名/発表者名: Satoo K, Noda NN, Kumeta H, Fujioka Y, Mizushima N, Ohsumi Y, Inagaki F
  • 雑誌名: The EMBO Journal
  • 査読あり
• [雑誌論文] ATG SYstems from the Protein Structural Point of View (2009)
  • 著者名/発表者名: Noda NN, Ohsumi Y, Inagaki F
  • 雑誌名: Chemical Reviews 109 ページ: 1587-1598
  • 査読あり
• [雑誌論文] SANS simulation of aggregated protein in aueous solution (2009)
  • 著者名/発表者名: Masaaki Sugiyama, Kei Hamada, Koichi Kato, Eiji Kurimoto, Kenta Okamoto
  • 雑誌名: Nucl. Instrum. Methods Phys. Res. A 600 ページ: 272-274
  • 査読あり
• [雑誌論文] High-resolution multi-dimensional NMR spectroscopy of proteins in human cells (2009)
  • 著者名/発表者名: Kohsuke Inomata, et.al.
  • 雑誌名: Nature 458 ページ: 106-109
  • 査読あり
• [雑誌論文] Structure of the Small Ubiquitin-like Modifier (SUMO)-interacting Motif of MBD1-containing Chromatin-associated Factor 1 Bound to SUMO-3. (2008)
  • 著者名/発表者名: Sekiyama N, Ikegami T, Yamane T, Ikeguchi M, Uchimura Y, Baba D, Ariyoshi M, Tochio H, Saitoh H, Shirakawa M.
  • 雑誌名: J Biol Chem 283 ページ: 35966-35975
  • 査読あり
• [雑誌論文] Recognition of hemi-methylated DNA by the SRA protein UHRF1 by a base-flipping mechanism. (2008)
  • 著者名/発表者名: Arita K, Ariyoshi M, Tochio H, Nakamura Y, Shirakawa M.
  • 雑誌名: Nature 455 ページ: 818-821
  • 査読あり
• [雑誌論文] Crystal structure of a chaperone complex that contributes to the assembly of yeast 20S proteasomes. (2008)
  • 著者名/発表者名: Yashiroda H, Mizushima T, Okamoto K, Kameyama T, Hayashi H, Kishimoto T, Niwa S, Kasahara M, Kurimoto E, Sakata E, Takagi K, Suzuki A, Hirano Y, Murata S, Kato K, Yamane T, Tanaka K.
  • 雑誌名: Nature Struct Mol Biol 15 ページ: 228-236
  • 査読あり
• [雑誌論文] In vitro reconstitution of plant ATG8 and ATG12 conjugation systems essential for autophagy. (2008)
  • 著者名/発表者名: Fujioka Y, Noda NN, Fujii K, Yoshimoto K, Ohsumi Y, Inagaki F.
  • 雑誌名: J Biol Chem 283 ページ: 1921-1928
  • 査読あり
• [雑誌論文] Crystallization of the Atg12-Atg5 conjugate bound to Atg16 by the free interface diffusion method. (2008)
  • 著者名/発表者名: Noda NN, Fujioka Y, Ohsumi Y, Inagaki F.
  • 雑誌名: J Synchrotron Radiat 15 ページ: 266-268
  • 査読あり
• [雑誌論文] Structural basis of target recognition by Atg8/LC3 during selective autophagy. (2008)
  • 著者名/発表者名: Noda NN, Kumeta H, Nakatogawa H, Satoo K, Adachi W, Ishii J, Fujioka Y, Ohsumi Y, Inagaki F.
  • 雑誌名: Genes Cells 13 ページ: 1211-1218
  • 査読あり
• [雑誌論文] Crystallization of the coiled-coil domain of Atg16 essential for autophagy. (2008)
  • 著者名/発表者名: Fujioka Y, Noda NN, Matsushita M, Ohsumi Y, Inagaki F.
  • 雑誌名: Acta Crystallograph Sect F Struct Biol Cryst Commun 64 ページ: 1046-1048
  • 査読あり
• [雑誌論文] Recognition of hemi-methylated DNA by the SRA protein UHRF1 by a base-flipping mechanism (2008)
  • 著者名/発表者名: Arita K, Ariyoshi M, Tochio H, Nakamura Y, Shirakawa M.
  • 雑誌名: Nature 455 ページ: 818-821
  • 査読あり
• [雑誌論文] Crystal structure of a chaperone complex that contributes to the assembly of yeast 20S proteasomes. (2008)
  • 著者名/発表者名: Yashiroda H, Mizushima T, Okamoto K, Kameyama T, Hayashi H, Kishimoto T, Niwa S, Kasahara M, Kurimoto E, Sakata E, Takagi K, Suzuki A, Hirano Y, Murata S, Kato K, Yamane T, Tanaka K.
  • 雑誌名: Nature Struct. Mol. Biol. 15 ページ: 228-236
  • 査読あり
• [雑誌論文] Structural basis of target recognition by Atg8/LC3 during selective autophagy (2008)
  • 著者名/発表者名: Noda NN, Kumeta H, Nakatogawa H, Satoo K, Adachi W, Ishii J, Fujioka
  • 雑誌名: Genes to Cells 13 ページ: 1211-1218
  • 査読あり
• [雑誌論文] Crystallization of the coiled-coil domain of Atg16 essential for autophagy (2008)
  • 著者名/発表者名: Fujioka Y, NN, Matsushita M, Ohsumi Y, Inagaki F
  • 雑誌名: Acta Crystallographica Section F Structural Biology and Crystallization Communications 64 ページ: 1046-1048
  • 査読あり
• [雑誌論文] Crystallization of the Atg12-Atg5 conjugate bound to Atg16 by the free-interface diffusion method (2008)
  • 著者名/発表者名: Noda NN, Fujioka Y, Ohsumi Y, Inagaki F
  • 雑誌名: Journal of Synchrotron Radiation 15 ページ: 266-268
  • 査読あり
• [雑誌論文] プロテアソームシャペロンX線結晶構造解析にとる26Sプロテアソームαリング形成機構の解析 (2008)
  • 著者名/発表者名: 栗本英治,岡本健太、鈴木淳巨、日影達夫、山根隆、加藤晃一
  • 雑誌名: 名古屋大学X線回折研究のあゆみ 29 ページ: 3-6
• [雑誌論文] Hemi-methylated DNA recognition by the SRA protein Np95 via a base flipping mechanism (2008)
  • 著者名/発表者名: Kyohei Arita, et.al.
  • 雑誌名: Natrue 455 ページ: 818-821
  • 査読あり
• [雑誌論文] In vitro reconstitution of plant ATG8 and ATG12 conjugation systems essential for autophagy. (2008)
  • 著者名/発表者名: Fujioka Y, Noda NN, Fujii K, Yoshimoto K, Ohsumi Y, Inagaki F.
  • 雑誌名: Journal of Biological Chemistry 283 ページ: 1921-1928
  • 査読あり
• [雑誌論文] Crystal structure of a chaperone complex that contributes to the assembly of yeast 20S proteasomes. (2008)
  • 著者名/発表者名: Yashiroda H, Mlzushima T, Okamoto K, Kameyama T, Hayashi H, Kishimoto T, Niwa S, Easahara M, Kurimoto E, Sakate E, Takagi K.
  • 雑誌名: Nature struct. Mol. Biol. 15 ページ: 228-236
  • 査読あり
• [雑誌論文] Paramagnetic relaxation-based 19F MRI probe to detect protease activity. (2008)
  • 著者名/発表者名: Mizukami S, Takikawa R, Sugihara F, Hori Y, Tochio H, Walchli M, Shirakawa M, Kikuchi K.
  • 雑誌名: J Am Chem Soc. 130 ページ: 794-5
  • 査読あり
• [雑誌論文] Kinetic and thermodynamic evidence for flipping of a methyl-CpG binding domain on (2008)
  • 著者名/発表者名: Inomata K, Ohki I, Tochio H, Fujiwara K, Hiroaki H, Shirakawa M.
  • 雑誌名: Biochemistry 47 ページ: 3266-71
  • 査読あり
• [雑誌論文] Fbsl protects the malfolded glycoproteins from the attack of peptide:N-glycanase (2007)
  • 著者名/発表者名: Yamaguchi Y, Hirao T, Sakata E, Kamiya Y, Kurimoto E, Yoshida Y, Suzuki T, Tanaka K, Kato K.
  • 雑誌名: Biochem Biophys Res Commun 362 ページ: 712-716
  • 査読あり
• [雑誌論文] Direct interactions between NEDD8and ubiquitin E2 conjugating enzymes upregulate cullin-based E3 ligase activity (2007)
  • 著者名/発表者名: Sakata E, Yamaguchi Y, Miyauchi Y, Iwai K, Chiba T, Saeki Y, Matsuda N, Tanaka K, Kato K
  • 雑誌名: Nature Struct Mol Biol 14 ページ: 167-168
  • 査読あり
• [雑誌論文] The Atg12-Atg5 conjugate has a novel E3-like activity for protein lipidation in autophagy. (2007)
  • 著者名/発表者名: Hanada T, Noda NN, Satomi Y, Ichimura Y, Fujioka Y, Takao T, Inagaki F, Ohsumi Y.
  • 雑誌名: J Biol Chem 282 ページ: 37298-37302
  • 査読あり
• [雑誌論文] Direct interactions between NEDD8 and ubiquitin E2 conjugating enzymes upregulate cullin-based E3 ligase activity. (2007)
  • 著者名/発表者名: E.Sakata, Y.Yamaguchi, Y.Miyauchi, K.Iwai, T.Chiba, Y.Saeki, N.Matsuda, K.Tanaka and K.Kato
  • 雑誌名: Nature Struct. Mol. Biol. 14 ページ: 167-168
  • 査読あり
• [雑誌論文] The Atgl2-Atg5 conjugate has a novel E3-like activity for protein lipidation in autophagy. (2007)
  • 著者名/発表者名: Hanada T, Noda NN, Satomi Y, Ichimura Y, Fujioka Y, Takao T, Inagaki F, Ohsumi Y.
  • 雑誌名: Journal of Biological Chemistry 282 ページ: 37298-37302
  • 査読あり
• [雑誌論文] Fbsl protects the malfolded glycoproteins from the attack of peptide: N-glycanase (2007)
  • 著者名/発表者名: Yamaguchi Y, Hirao T, Sakata E, Kamiya Y, Kurimoto E, Yoshida Y, Suzuki T, Tanaka K, Kato K.
  • 雑誌名: Biochem. Biophys. Res. Commun 362 ページ: 712-716
  • 査読あり
• [雑誌論文] Direct interactions between NEDD8 and ubiquitin E2 conjugating enzymes upregulate cullin-based E3 ligase activity (2007)
  • 著者名/発表者名: E.Sakata, Y.Yamaguchi, Y.Miyauchi, K.lwai, T.Chiba, Y.Saeki, N.Matsuda, K.Tanaka, K.Kato
  • 雑誌名: Nature Struct.Mol.Biol. 14, 167-168 (2007) 14 ページ: 167-168
• [雑誌論文] Structure of ATG5・ATG16, a complex essential for autophagy. (2007)
  • 著者名/発表者名: Matsushita M, Suzuki NN, Obara K, Fujioka Y, Ohsumi Y, Inagaki F
  • 雑誌名: J Biol Chem 282 ページ: 6763-6772
• [雑誌論文] The crystal structure of ATG3, an autophagy-related E2 enzyme that mediates ATG8 lipidation. (2007)
  • 著者名/発表者名: Yamada Y, Suzuki NN, Hanada T, Ichimura Y, Kumeta H, Fujioka Y, Ohsumi Y, Inagaki F
  • 雑誌名: J Biol Chem 282 ページ: 8036-8043
• [雑誌論文] In-cell NMR spectroscopy of proteins inside Xenopus laevis oocytes. (2006)
  • 著者名/発表者名: Sakai T, Tochio H, Tenno T, Ito Y, Kokubo T, Hiroaki H, Shirakawa M
  • 雑誌名: J Biomol NMR 36(3) ページ: 179-188
• [雑誌論文] Crystal structure of SUMO-3-modified thymine-DNA glycosylase. (2006)
  • 著者名/発表者名: Baba D, Maita N, Jee JG, Uchimura Y, Saitoh H, Sugasawa K, Hanaoka F, Tochio H, Hiroaki H, Shirakawa M
  • 雑誌名: J Mol Biol. 359(1) ページ: 137-147
• [雑誌論文] Evolutionally conserved intermediates between ubiquitin and NEDD8 (2006)
  • 著者名/発表者名: R.Kitahara, Y.Yamaguchi, E.Sakata, Kasuya, K.Tanaka, K.Kato, S.Yokoyama, K.Akasaka
  • 雑誌名: J.Mol.Biol. 363 ページ: 395-404
• [雑誌論文] The structure of Atg4B-LC3 complex reveals the mechanism of LC3 processing and delipidation during autophagy.
  • 著者名/発表者名: Satoo K, Noda NN, Kumeta H, Fujioka Y, Mizushima N, Ohsumi Y, Inagaki F
  • 雑誌名: The EMBO Journal in press
  • 査読あり
• [学会発表] 中性子散乱によるPA28複合体およびα7ホモリングの動的高次構造解析 (2011)
  • 著者名/発表者名: 栗本英治
  • 学会等名: 日本薬学会第131年会
  • 発表場所: 静岡
  • 年月日: 2011-03-29
• [学会発表] 中性子小角散乱によるPA28αβ複合体およびα7ホモリングの動的高次構造解析 (2011)
  • 著者名/発表者名: 栗本英治
  • 学会等名: 日本薬学会 第131年会
  • 発表場所: 静岡
  • 年月日: 2011-03-29
• [学会発表] オートファジー特異的PI3キナーゼ複合体の構造基盤 (2011)
  • 著者名/発表者名: 野田展生
  • 学会等名: 第6回オートファジー研究会
  • 発表場所: 掛川
  • 年月日: 2011-01-12
• [学会発表] Structural basis of Atg8 activation and transfer to Atg3 by Atg7 (2011)
  • 著者名/発表者名: Noda NN, Satoo K, Fujioka Y, Kumeta K, Ohsumi Y, Inagaki F.
  • 学会等名: Cold Spring Harbor Laboratory Meeting, The Ubiquitin Family
  • 発表場所: Cold Spring Harbor, NY, USA.
• [学会発表] Structural analysis of the UBA domain of p62 and its interaction with ubiquitin. (2010)
  • 著者名/発表者名: Tochio H
  • 学会等名: Pacifichem 2010
  • 発表場所: Hawaii Convention Center, Honolulu, USA.
  • 年月日: 2010-12-18
• [学会発表] 酵母Atg6/Vps30のTRECDの構造とオートファジーにおける役割 (2010)
  • 著者名/発表者名: Noda NN, Kobayashi T, Adachi W, Fujioka Y, Ohsumi Y, Inagaki F
  • 学会等名: BMB2010
  • 発表場所: 神戸
  • 年月日: 2010-12-10
• [学会発表] p62UBAドメインの結晶構造とユビキチンとの相互作用 (2010)
  • 著者名/発表者名: 杤尾豪人
  • 学会等名: 第10回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: 札幌
  • 年月日: 2010-06-17
• [学会発表] Structural basis of selective autophagy. (2010)
  • 著者名/発表者名: Noda NN
  • 学会等名: 1^st Sino-Japan Symposium on Autophagy
  • 発表場所: Xi'an, China.
• [学会発表] Structural basis of selective autophagy. (2010)
  • 著者名/発表者名: Noda NN
  • 学会等名: 1st Sino-Japan Symposium on Autophagy
  • 発表場所: Xi'an, China(招待講演)
• [学会発表] Structural Study of Complex Protein with Small-Angle Neutron Scattering (2010)
  • 著者名/発表者名: Masaaki Sugiyama
  • 学会等名: 第48回 日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 仙台
• [学会発表] p62 UBAドメインの結晶構造とユビキチンとの相互作用 (2010)
  • 著者名/発表者名: 栃尾豪人
  • 学会等名: 第10回 日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: 札幌(招待講演)
• [学会発表] Structural analysis of the UBA domain of p62 and its interaction with ubiquitin (2010)
  • 著者名/発表者名: Hidehito Tochio
  • 学会等名: Pacifichem 2010
  • 発表場所: Honolulu, USA(招待講演)
• [学会発表] 重水素標識を利用した中性子小角散乱法によるプロテアソーム構成タンパク質PA28およびα7サブユニットの溶液構造解析 (2009)
  • 著者名/発表者名: 栗本英治
  • 学会等名: 第47回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 徳島
  • 年月日: 2009-11-01
• [学会発表] 重水素標識を利用した中性子小角散乱法によるプロテアソーム構成タンパクPA28およびα7サブユニットの溶液構造解析 (2009)
  • 著者名/発表者名: 栗本英治, 佐橋広紀, 坂田絵理, 岡本健太, 南康文, 杉山正明, 加藤晃一
  • 学会等名: 第47回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 徳島文理大学徳島キャンパス・アスティとくしま(徳島)
  • 年月日: 2009-11-01
• [学会発表] Structural basis of cargo recognition during selective autoDhagy. (2009)
  • 著者名/発表者名: Noda NN, Ohsumi Y, Inagaki F
  • 学会等名: International symposium on autophagy
  • 発表場所: Otsu, Japan
  • 年月日: 2009-09-25
• [学会発表] 中性子小角散乱を用いたプロテアソーム構成タンパク質の動的高次構浩解析 (2009)
  • 著者名/発表者名: 栗本英治, 佐橋広紀, 坂田絵理, 岡本健太, 南康文, 杉山正明, 加藤晃一
  • 学会等名: 第55回 日本薬学会東海支部総会・大会
  • 発表場所: 愛知学院大学(名古屋)
  • 年月日: 2009-07-11
• [学会発表] Structural basis of target recognition during selective autophagy (2009)
  • 著者名/発表者名: Noda NN, Ohsumi Y, Inagaki F.
  • 学会等名: 5^th International Symposium on Autophagy
  • 発表場所: Otsu, Japan.
• [学会発表] オートファジーに必須な出芽酵母Atg16の多量体ドメインのX 線構造解析 (2008)
  • 著者名/発表者名: 藤岡優子、野田展生、松下美奈子、大隅良典、稲垣冬彦
  • 学会等名: 第31回日本分子生物学会年会 第81回日本生化学会合同年会
  • 発表場所: 神戸
  • 年月日: 2008-12-12
• [学会発表] Cvt pathwayのレセプタータンパク質Atg19の構造生物学的研究 (2008)
  • 著者名/発表者名: 渡辺康紀、野田展生、久米田博之、藤岡優子、鈴木邦律、大隅良典、稲垣冬彦
  • 学会等名: 第31回日本分子生物学会年会第81回日本生化学会合同年会
  • 発表場所: 神戸ポートアイランド
  • 年月日: 2008-12-12
• [学会発表] オートファジーに必須な出芽酵母Atg16の多量体ドメインのX線構造解析 (2008)
  • 著者名/発表者名: 藤岡優子、野田展生、松下美奈子、大隅良典、稲垣冬彦
  • 学会等名: 第31回日本分子生物学会年会第81回日本生化学会合同年会
  • 発表場所: 神戸ポートアイランド
  • 年月日: 2008-12-12
• [学会発表] 第47回NMR討論会 (2008)
  • 著者名/発表者名: 磯貝信, ほか10名
  • 学会等名: 筑波大学
  • 発表場所: 筑波大学
  • 年月日: 2008-11-14
• [学会発表] プロテアソームシャペロンX線結晶構造解析による26Sプロテアソームαリング形成機構の解析 (2008)
  • 著者名/発表者名: 高木賢治, 水島恒裕, 八代田英樹, 岡本健太, 栗本英治, 山根隆, 田中啓二, 加
  • 学会等名: 第72回日本生化学会中部支部例会
  • 発表場所: 岐阜薬科大学
  • 年月日: 2008-05-24
• [学会発表] Structure and Interaction of Ubiquitin related Protein Domains:UBA and UBX (2008)
  • 著者名/発表者名: Tochio H
  • 学会等名: Korea-Japan symposium on Biological NMR
  • 発表場所: Seoul National University, Seoul, Korea
  • 年月日: 2008-04-25
• [学会発表] Crystal Structure and Biochemical Characterization of the UBA Domain of p62 (Sequestosome 1) (2008)
  • 著者名/発表者名: Tochio H
  • 学会等名: ZOMES V:The Fifth International Symposium on the COP9 signalosome, Proteasome and eIF3: At the interface between signaling &proteolysis
  • 発表場所: RIKEN Yokohama Institute,Yokohama, Japan.
• [学会発表] Structural studies on the Atg12-Atg5oAtg16 complex essential for autophagy (2008)
  • 著者名/発表者名: Noda NN, Matsushita M, Obara K, Fujioka Y, Ohsumi Y, Inagaki F.
  • 学会等名: Gordon Research Conference on Autophagy in Stress, Development & Disease
  • 発表場所: entura, CA, USA.
• [学会発表] Crystal structure of p62 ubiquitin associated (UBA) domain. (2008)
  • 著者名/発表者名: Isogai S., Tenno T., Morimoto D., Abe S., Tochio H., Arita K., Ariyoshi M., Tanaka K., Shirakawa M.
  • 学会等名: IUCr 2008
  • 発表場所: 大阪
• [学会発表] Crystal structure of p62 ubiquitin associated (UBA) domain (2008)
  • 著者名/発表者名: 磯貝信, ほか8名
  • 学会等名: IUCr2008
  • 発表場所: Grand Cube Osaka、大阪
• [学会発表] 溶液中における単量体・二量体平衡にあるp62のユビキチン結合ドメインの解析 (2008)
  • 著者名/発表者名: 森本大智, ほか8名
  • 学会等名: 第46回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 福岡国際会議場
• [学会発表] Crystallographic and NMR analyses of the novel 20S proteasome assembling chaperone PAC3 (2007)
  • 著者名/発表者名: Kenta Okamoto, et. al.
  • 学会等名: 日本生物物理学会第45回年会
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 2007-12-22
• [学会発表] ユビキチンリガーゼgp78とE2の相互作用のNMR解析 (2007)
  • 著者名/発表者名: 武本映美
  • 学会等名: 平成19年度日本薬学会東海支部会例会
  • 発表場所: 岐阜
  • 年月日: 2007-12-08
• [学会発表] 構造生物学的アプローチによる20Sプロテアソームサブユニットの集合過程の解析 (2007)
  • 著者名/発表者名: 岡本健太, ら
  • 学会等名: 平成19年度日本薬学会東海支部例会
  • 発表場所: 岐阜
  • 年月日: 2007-12-08
• [学会発表] ユビキチンリガーゼgp78とE2の相互作用のNMR解析 (2007)
  • 著者名/発表者名: 武本映美, ら
  • 学会等名: 平成19年度日本薬学会東海支部例会
  • 発表場所: 岐阜
  • 年月日: 2007-12-08
• [学会発表] 細胞表層における糖鎖認識の構造基盤:超高磁場NMRと糖鎖ライブラリーによるアプローチ (2007)
  • 著者名/発表者名: 加藤晃一, ら
  • 学会等名: 第29回生体膜と薬物の相互作用シンポジウム
  • 発表場所: 仙台
  • 年月日: 2007-11-25
• [学会発表] 20SプロテアソームのアッセンブリーシャペロンPAC3の結晶構造 (2007)
  • 著者名/発表者名: 岡本健太
  • 学会等名: 第7回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: 仙台
  • 年月日: 2007-05-26
• [学会発表] 20SプロテアソームのアッセンブリーシャペロンPAC3の結晶構造 (2007)
  • 著者名/発表者名: 岡本健太, 栗本英治, 坂田絵理, 鈴木淳巨, 山根隆, 平野祐子, 村田茂穂, 田中啓二, 加藤晃一
  • 学会等名: 第7回日本蛋白質科学会年会
  • 年月日: 2007-05-26
• [学会発表] 20SプロテアソームのアッセンブリーシヤペロンPAC3の結晶構造 (2007)
  • 著者名/発表者名: 岡本健太, ら
  • 学会等名: 第7回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: 仙台
  • 年月日: 2007-05-26
• [学会発表] NMR法を用いたHOIL-1LのUblドメインの立体構造解析 (2007)
  • 著者名/発表者名: 三村俊介
  • 学会等名: 日本薬学会第127年会
  • 発表場所: 富山
  • 年月日: 2007-03-30
• [学会発表] In-Cell NMR Spectroscopy of Proteins inside Xenopus laevis Oocytes (2007)
  • 著者名/発表者名: Tochio H., Sakai T., Tenno T., Tanaka T., Hiroaki H., Shirakawa
  • 学会等名: 48th Experimental NMR conference
  • 発表場所: Daytona Beach, USA
• [備考] ホームページ等
  • URL: http://www.rinshoken.or.jp/ER/PRBP/index.html
• [備考] 京大グループの論文(5)の成果が以下の新聞にて報道された。京都新聞(3月5日26面)、科学新聞(3月13日1面)、日刊工業新聞(3月5日24面)および読売新聞(3月5日3面)および朝日新聞(4月3日13面)
• [備考] 京大グループの研究成果
  • URL: http://www.kyoto-u.ac.jp/ja/news_data/h/h1/news6/2008/090305_2.htm