シンギュラリティ細胞の同定と解析のためのインフォマティクス技術の開発

• 研究領域: シンギュラリティ生物学
• 研究課題/領域番号: 18H05412
• 研究種目: 新学術領域研究(研究領域提案型)
• 配分区分: 補助金
• 審査区分: 複合領域
• 研究機関: 国立研究開発法人理化学研究所
• 研究代表者: 大浪 修一 国立研究開発法人理化学研究所, 生命機能科学研究センター, チームリーダー (50348843)
• 研究期間 (年度): 2018-06-29 – 2023-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2022年度)
• 配分額: 98,020千円 (直接経費: 75,400千円、間接経費: 22,620千円); 2022年度: 16,770千円 (直接経費: 12,900千円、間接経費: 3,870千円); 2021年度: 17,680千円 (直接経費: 13,600千円、間接経費: 4,080千円); 2020年度: 17,290千円 (直接経費: 13,300千円、間接経費: 3,990千円); 2019年度: 19,630千円 (直接経費: 15,100千円、間接経費: 4,530千円); 2018年度: 26,650千円 (直接経費: 20,500千円、間接経費: 6,150千円)
• キーワード: バイオイメージインフォマティクス / データプラットフォーム / 深層学習 / ビッグデータ / データ統合 / バイオイメージ・インフォマティクス / 画像認識 / ライブイメージング

研究成果の概要

線虫初期胚の細胞形態ダイナミクスのシステマティックな解析、統計的画像処理による線虫卵母細胞の加齢に伴う細胞質の変化の定量化、バイオイメージングのデータ形式の標準とデータ共有システムの整備に関する国際提言、生命動態データを表現するためのHDF5ベースのオープンデータ形式BD5の開発、誕生日タグ付けマウスの脳画像データベースNeuroGTの開発、Hi-Cデータをポリマーダイナミクスに読み解くPHi-C法の開発、（株）ニコン純正画像解析ソフトウェアへのBDML形式出力プラグインの実装、シンギュラリティ生物学のためのデータプラットフォームの開発を行った。

研究成果の学術的意義や社会的意義

バイオイメージ・インフォマティクス技術により、組織や個体等の様々な生命現象について様々な細胞特徴量についての全細胞ダイナミクス解析が可能になった。これにより、それぞれの生命現象において、従来の方法では不可能であったシンギュラリティ現象の解析が可能になった。更に、全細胞ダイナミクス解析により、細胞分化や組織のホメオスタシスに関与する、シンギュラリティ現象とは異なる、新たなメカニズムの発見も可能になった。加えて、バイオイメージデータのグローバルな共有に向けての世界連携組織の構築に成功し、生命科学分野の持続的な発展に向けての大きな一歩を日本が主導権を持つ形で踏み出すことに成功した。

研究成果

• [国際共同研究] University of Dundee/EMBL-EBI(英国)
• [国際共同研究] EMBL/Global BioImaging(ドイツ)
• [国際共同研究] University of Dundee/EMBL-EBI(英国)
• [国際共同研究] EMBL(ドイツ)
• [国際共同研究] University of Dundee/EMBL-EBI(英国)
• [国際共同研究] EMBL(ドイツ)
• [国際共同研究] University of Dundee/EMBL-EBI(英国)
• [国際共同研究] University of British Columbia(カナダ)
• [国際共同研究] EMBL(ドイツ)
• [国際共同研究] Uppsala University(スウェーデン)
• [国際共同研究] UMass Medical School(米国)
• [国際共同研究] University of Dundee(英国)
• [雑誌論文] Systematic analysis of cell morphodynamics in C. elegans early embryogenesis (2023)
  • 著者名/発表者名: Azuma Yusuke、Okada Hatsumi、Onami Shuichi
  • 雑誌名: Frontiers in Bioinformatics 巻: 3
  • DOI: 10.3389/fbinf.2023.1082531
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Homeostasis Imbalance Process Ontology: a Study on COVID-19 Infectious Processes (2023)
  • 著者名/発表者名: Yamagata Yuki、Kushida Tatsuya、Onami Shuichi、 Masuya Hiroshi
  • 雑誌名: BMC bioinformatics 巻: -
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Ontology for Cellular Senescence Mechanisms (2023)
  • 著者名/発表者名: Yamagata Yuki、Fukuyama Tsubasa、Onami Shuichi、Masuya Hiroshi
  • 雑誌名: bioRxiv 巻: -
  • DOI: 10.1101/2023.03.09.531883
  • 査読あり
• [雑誌論文] PHi-C2: interpreting Hi-C data as the dynamic 3D genome state (2022)
  • 著者名/発表者名: Shinkai Soya、Itoga Hiroya、Kyoda Koji、Onami Shuichi
  • 雑誌名: Bioinformatics 巻: 38 号: 21 ページ: 4984-4986
  • DOI: 10.1093/bioinformatics/btac613
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Phenotype Anomaly Detection for Biological Dynamics Data Using a Deep Generative Model (2022)
  • 著者名/発表者名: Ito Eisuke、Ueda Takaya、Takano Ryo、Tohsato Yukako、Kyoda Koji、Onami Shuichi、Nishikawa Ikuko
  • 雑誌名: Proceedings of the 31st International Conference on Artificial Neural Networks (ICANN 2022) 巻: - ページ: 432-444
  • DOI: 10.1007/978-3-031-15931-2_36
  • ISBN: 9783031159305, 9783031159312
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Single-nucleosome imaging reveals steady-state motion of interphase chromatin in living human cells (2022)
  • 著者名/発表者名: Iida Shiori、Shinkai Soya、Itoh Yuji、Tamura Sachiko、Kanemaki Masato T.、Onami Shuichi、Maeshima Kazuhiro
  • 雑誌名: Science Advances 巻: 8 号: 22
  • DOI: 10.1126/sciadv.abn5626
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] The PAF1 complex cell autonomously promotes oogenesis in Caenorhabditis elegans (2022)
  • 著者名/発表者名: Kubota Yukihiro、Ota Natsumi、Takatsuka Hisashi、Unno Takuma、Onami Shuichi、Sugimoto Asako、Ito Masahiro
  • 雑誌名: Genes to Cells 巻: 27 号: 6 ページ: 409-420
  • DOI: 10.1111/gtc.12938
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] An atlas and database of neuropeptide gene expression in the adult zebrafish forebrain (2022)
  • 著者名/発表者名: Towako Hiraki-Kajiyama, Nobuhiko Miyasaka, Reiko Ando, Noriko Wakisaka, Hiroya Itoga, Shuichi Onami, Yoshihiro Yoshihara
  • 雑誌名: bioRxiv 巻: N/A
  • DOI: 10.1101/2023.03.29.534505
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] The centromere/kinetochore is assembled through CENP-C oligomerization (2022)
  • 著者名/発表者名: Hara Masatoshi、Ariyoshi Mariko、Sano Tomoki、Nozawa Ryu-suke、Shinkai Soya、Onami Shuichi、Jansen Isabelle、Hirota Toru、Fukagawa Tatsuo
  • 雑誌名: bioRxiv 巻: -
  • DOI: 10.1101/2022.08.17.504347
  • 査読あり
• [雑誌論文] Single-molecule tracking of Nanog and Oct4 in mouse embryonic stem cells (2022)
  • 著者名/発表者名: Okamoto Kazuko、Fujita Hideaki、Okada Yasushi、Shinkai Soya、Onami Shuichi、Abe Kuniya、Fujimoto Kenta、Watanabe Tomonobu M
  • 雑誌名: bioRxiv 巻: －
  • DOI: 10.1101/2022.08.08.503148
  • 査読あり
• [雑誌論文] Improvement in image quality via the pseudo confocal effect in multidirectional digital scanned laser light-sheet microscopy (2021)
  • 著者名/発表者名: Kaneshiro Junichi、Shioi Go、Okamoto Kazuko、Onami Shuichi、Watanabe Tomonobu M.
  • 雑誌名: Optics Express 巻: 29 号: 15 ページ: 24278-24278
  • DOI: 10.1364/oe.423783
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] QUAREP‐LiMi: A community‐driven initiative to establish guidelines for quality assessment and reproducibility for instruments and images in light microscopy (2021)
  • 著者名/発表者名: Nelson Glyn、et al.
  • 雑誌名: Journal of Microscopy 巻: 284 号: 1 ページ: 56-73
  • DOI: 10.1111/jmi.13041
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Texture-based screening to identify genes involved in reproductive aging in Caenorhabditis elegans (2021)
  • 著者名/発表者名: Imakubo Momoko、Kyoda Koji、Itoga Hiroya、Takayama Jun、Onami Shuichi
  • 雑誌名: International Journal of Bioscience, Biochemistry and Bioinformatics 巻: 11 号: 3 ページ: 40-49
  • DOI: 10.17706/ijbbb.2021.11.3.40-49
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] NeuroGT: A brain atlas of neurogenic tagging CreER drivers for birthdate-based classification and manipulation of mouse neurons (2021)
  • 著者名/発表者名: Hirata Tatsumi、Tohsato Yukako、Itoga Hiroya、Shioi Go、Kiyonari Hiroshi、Oka Sanae、Fujimori Toshihiko、Onami Shuichi
  • 雑誌名: Cell Reports Methods 巻: 1 号: 3 ページ: 100012-100012
  • DOI: 10.1016/j.crmeth.2021.100012
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] REMBI: Recommended Metadata for Biological Images-enabling reuse of microscopy data in biology (2021)
  • 著者名/発表者名: Sarkans Ugis、et al.
  • 雑誌名: Nature Methods 巻: 18 号: 12 ページ: 1418-1422
  • DOI: 10.1038/s41592-021-01166-8
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] A global view of standards for open image data formats and repositories (2021)
  • 著者名/発表者名: Swedlow Jason R.、Kankaanpaa Pasi、Sarkans Ugis、Goscinski Wojtek、Galloway Graham、Malacrida Leonel、Sullivan Ryan P.、Hartel Steffen、Brown Claire M.、Wood Christopher、Keppler Antje、Paina Federica、Loos Ben、Zullino Sara、Longo Dario Livio、Aime Silvio、Onami Shuichi
  • 雑誌名: Nature Methods 巻: 18 号: 12 ページ: 1440-1446
  • DOI: 10.1038/s41592-021-01113-7
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Texture-based screening of genes involved in reproductive aging in Caenorhabditis elegans (2021)
  • 著者名/発表者名: Momoko Imakubo, Koji Kyoda, Hiroya Itoga, Jun Takatama, Shuichi Onami
  • 雑誌名: International Journal of Bioscience, Biochemistry and Bioinformatics 巻: -
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] C. elegans spermatozoa lacking spe-45 are incapable of fusing with the oocyte plasma membrane (2021)
  • 著者名/発表者名: Jun Takayama, Tasuya Tajima, Shuichi Onami, Htoshi Nishimura
  • 雑誌名: microPublication Biology 巻: -
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Statistical image processing quantifies the changes in cytoplasmic texture associated with aging in Caenorhabditis elegans oocytes (2021)
  • 著者名/発表者名: Momoko Imakubo, Jun Takayama, Hastumi Okada, Shuichi Onami
  • 雑誌名: BMC Bioinformatics 巻: 22 号: 1 ページ: 73-73
  • DOI: 10.1186/s12859-021-03990-3
  • NAID: 120007006688
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Toward understanding the dynamic state of 3D genome (2020)
  • 著者名/発表者名: Shinkai S, Onami S, Nakato R.
  • 雑誌名: Computational and Structural Biotechnology Journal 巻: 18 ページ: 2259-2269
  • DOI: 10.1016/j.csbj.2020.08.014
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] BD5: An open HDF5-based data format to represent quantitative biological dynamics data (2020)
  • 著者名/発表者名: Koji Kyoda, Kenneth H. L. Ho, Yukako Tohsato, Hiroya Itoga, Shuichi Onami
  • 雑誌名: PLOS ONE 巻: 15 号: 8 ページ: e0237468-e0237468
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0237468
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] PHi-C: deciphering Hi-C data into polymer dynamics (2020)
  • 著者名/発表者名: Shinkai Soya、Nakagawa Masaki、Sugawara Takeshi、Togashi Yuichi、Ochiai Hiroshi、Nakato Ryuichiro、Taniguchi Yuichi、Onami Shuichi
  • 雑誌名: NAR Genomics and Bioinformatics 巻: 2 号: 2
  • DOI: 10.1093/nargab/lqaa020
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Microrheology for Hi-C Data Reveals the Spectrum of the Dynamic 3D Genome Organization (2020)
  • 著者名/発表者名: Soya Shinkai, Takeshi Sugawara, Hisashi Miura, Ichiro Hiratani, Shuichi Onami
  • 雑誌名: Biophysical Journal 巻: 118 号: 9 ページ: 2220-2228
  • DOI: 10.1016/j.bpj.2020.02.020
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] On Bringing Bioimaging Data into the Open(-World) (2019)
  • 著者名/発表者名: Josh Moore, Norio Kobayashi, Susanne Kunis, Shuichi Onami and Jason R. Swedlow
  • 雑誌名: Proceedings of the 12th International SWAT4HCLS Conference 巻: -
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Improvement and Evaluation of a Mathematical Model for Fertilization Calcium Waves in <i>Caenorhabditis Elegans</i> (2018)
  • 著者名/発表者名: Imakubo Momoko、Takayama Jun、Onami Shuichi
  • 雑誌名: IPSJ Transactions on Bioinformatics 巻: 11 号: 0 ページ: 24-30
  • DOI: 10.2197/ipsjtbio.11.24
  • NAID: 130007402844
  • ISSN: 1882-6679
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Development of an Integrated Visualization System for Phenotypic Character Networks (2018)
  • 著者名/発表者名: Onoue Yosuke、Kyoda Koji、Kioka Miki、Baba Kazutaka、Onami Shuichi、Koyamada Koji
  • 雑誌名: IEEE Pacific Visualization Symposium (PacificVis 2018) 巻: - ページ: 21-25
  • DOI: 10.1109/pacificvis.2018.00012
  • 査読あり
• [学会発表] SSBD:database / SSBD:repository - global sharing of bioimaging data (2023)
  • 著者名/発表者名: 糸賀裕弥, 王放放, 山縣友紀, 京田耕司, 遠里由佳子, 大浪修一
  • 学会等名: 日本生理学会第100回記念大会
• [学会発表] 理研オープンライフサイエンスプラットフォームの紹介および活動報告 (2023)
  • 著者名/発表者名: 大浪修一
  • 学会等名: 理研シンポジウム: 理研オープンライフサイエンスプラットフォーム 研究課題成果報告会
• [学会発表] SSBD:repository/database:バイオイメージングデータのグローバルなデータ共有 (2023)
  • 著者名/発表者名: 京田耕司, 糸賀裕弥, 王放放, 山縣友紀, 遠里由佳子, 大浪修一
  • 学会等名: 第64回日本植物生理学会年会
• [学会発表] SSBD:database, SSBD:repository, Data platform and Data portal for Singularity Biology - シンギュラリティ生物学のためのSSBD、データプラットフォーム、データポータルの取り組み (2023)
  • 著者名/発表者名: 糸賀裕弥, 王放放, 山縣友紀, 京田耕司, Miranda Miguel Miranda., 山本春菜, 遠里由佳子, 大浪修一
  • 学会等名: 新学術領域「シンギュラリティ生物学」成果報告シンポジウム
• [学会発表] バイオイメージングデータの次世代フォーマット開発と解析ワー クフロー基盤の開発構想 (2023)
  • 著者名/発表者名: 京田耕司, 糸賀裕弥, 大浪修一
  • 学会等名: 新学術領域「シンギュラリティ生物学」成果報告シンポジウム
• [学会発表] 画像処理による細胞動態の定量解析 (2023)
  • 著者名/発表者名: 東裕介, 大浪修一
  • 学会等名: 新学術領域研究「シンギュラリティ生物学」 成果報告シンポジウム・領域会議
• [学会発表] シンギュラリティ生物学のためのデータサイエンスプラットフォーム：現状と今後の展望 (2023)
  • 著者名/発表者名: 大浪修一
  • 学会等名: 新学術領域「シンギュラリティ生物学」成果報告シンポジウム
• [学会発表] SSBD:database and SSBD:repository - Global sharing of bioimaging data - (2023)
  • 著者名/発表者名: Itoga Hiroya, Wang Fangfang, Yamagata Yuki, Kyoda Koji, Tohsato Yukako, Onami Shuichi
  • 学会等名: RIKEN BDR Symposium 2023
  • 国際学会
• [学会発表] Ontology Development for Knowledge Organization of Cellular Senescence Processes. (2023)
  • 著者名/発表者名: Yamagata Yuki, Masuya Hiroshi, Onami Shuichi
  • 学会等名: RIKEN BDR Symposium 2023
  • 国際学会
• [学会発表] Image data-driven modeling of developmental systems and open bioimaging DX (2023)
  • 著者名/発表者名: Onami Shuichi
  • 学会等名: IPR x RIKEN (BDR) Symposium 2023 Dive into Data of Life
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] SSBD:database / SSBD:repository バイオイメージングデータのグローバルなデータ共有 (2023)
  • 著者名/発表者名: 糸賀裕弥, 王放放, 山縣友紀, 京田耕司, 遠里由佳子, 大浪修一
  • 学会等名: 第14回光塾
• [学会発表] Functions of the eggshell in C.elegans development: Effects on starvation resistance and body-surface structure (2023)
  • 著者名/発表者名: Hatakeyama Akiko, Onami Shuichi
  • 学会等名: RIKEN BDR Symposium 2023
  • 国際学会
• [学会発表] データ駆動型および仮説検証型アプローチによる細胞形態変化の定量解析 (2022)
  • 著者名/発表者名: 東裕介, 大浪修一
  • 学会等名: 第45回日本分子生物学会年会
• [学会発表] Single nucleosome imaging reveals “steady-state” motion of interphase chromatin in living human cells (2022)
  • 著者名/発表者名: Iida Shiori, Shinkai Soya, Itoh Yuji, Tamura Sachiko, Kanemaki Masato, Onami Shuichi, Maeshima Kazuhiro
  • 学会等名: 第45回日本分子生物学会年会
• [学会発表] 線虫の行動個体差を生み出すメカニズムの解明 (2022)
  • 著者名/発表者名: 尾上詩織, 京田耕司, 大浪修一
  • 学会等名: 第45回日本分子生物学会年会
• [学会発表] SSBD:database/repository: バイオイメージングデータのグローバルなデータ共有 (2022)
  • 著者名/発表者名: 京田耕司, 糸賀裕弥, 王放放, 山縣友紀, 遠里由佳子, 大浪修一
  • 学会等名: 第45回日本分子生物学会年会
• [学会発表] CENP-Cの自己多量体化はセントロメアクロマチンおよびキネトコアの形成に必須である (2022)
  • 著者名/発表者名: 原昌稔, 有吉眞理子, 佐野智基, 野澤竜介, 新海創也, 大浪修一, Isabelle Jansen, 広田亨, 深川竜郎
  • 学会等名: 第45回日本分子生物学会年会
• [学会発表] バイオイメージングデータの解析、管理、公開に関する情報科学技術の現状と将来展望 (2022)
  • 著者名/発表者名: 大浪修一
  • 学会等名: 第45回日本分子生物学会年会
  • 招待講演
• [学会発表] SSBDデータベースによるグローバルなバイオイメージングデータの共有 (2022)
  • 著者名/発表者名: 大浪修一
  • 学会等名: 第45回日本分子生物学会年会
  • 招待講演
• [学会発表] オントロジーに基づく細胞老化プロセスの知識記述モデリング (2022)
  • 著者名/発表者名: 山縣友紀, 大浪修一, 桝屋啓志
  • 学会等名: 第45回日本分子生物学会年会
• [学会発表] 流体力学的相互作用が駆動する３次元ゲノム組織化 (2022)
  • 著者名/発表者名: 新海創也, 大浪修一
  • 学会等名: 第45回日本分子生物学会年会
  • 招待講演
• [学会発表] Polymer physics for Hi-C data reveals rheological features of chromatin (2022)
  • 著者名/発表者名: Shinkai Soya, Onami Shuichi
  • 学会等名: 第45回日本分子生物学会年会
  • 招待講演
• [学会発表] 次世代SPIM：マウス胚まるごとのライブイメージングと全細胞トラッキングに向けて (2022)
  • 著者名/発表者名: 塩井剛, 渡邉朋信, 金城純一, 東裕介, 大浪修一
  • 学会等名: 第45回日本分子生物学会年会
  • 招待講演
• [学会発表] 細胞のセグメンテーションデータ作成と公開 (2022)
  • 著者名/発表者名: 東裕介, 大浪修一
  • 学会等名: 第25回情報論的学習理論ワークショップ
• [学会発表] データベースSSBD、データ共有プラットフォームOMEROが開くオープンサイエンス (2022)
  • 著者名/発表者名: 大浪修一
  • 学会等名: 日本学術会議 公開シンポジウム「異なるモダリティを統合するバイオ計測の最前線と展望」
  • 招待講演
• [学会発表] SSBD:database/repository バイオイメージングデータのグローバルなデータ共有 (2022)
  • 著者名/発表者名: 糸賀裕弥, 王放放, 山縣友紀, 京田耕司, 遠里由佳子, 大浪修一
  • 学会等名: トーゴーの日シンポジウム2022
• [学会発表] BD-zarr: 生命現象の時空間動態データを記述するための次世代フォーマットの開発 (2022)
  • 著者名/発表者名: 京田耕司, ホーケネス, 糸賀裕弥, 大浪修一
  • 学会等名: トーゴーの日シンポジウム2022
• [学会発表] バイオイメージングデータのグローバルなデータ共有システムの構築 (2022)
  • 著者名/発表者名: 大浪修一
  • 学会等名: トーゴーの日シンポジウム2022
  • 招待講演
• [学会発表] ヒト生細胞の局所クロマチン動態は細胞周期を通して一定である (2022)
  • 著者名/発表者名: Iida Shiori, Shinkai Soya, Itoh Yuji, Tamura Sachiko, Kanemaki Masato, Onami Shuichi, Maeshima Kazuhiro
  • 学会等名: 第60回日本生物物理学会年会
• [学会発表] 長期間ライブイメージングを可能にする光損傷を軽減する撮影条件の最適化 (2022)
  • 著者名/発表者名: 塩井剛, 渡邉朋信, 金城純一, 東裕介, 大浪修一
  • 学会等名: 第60回日本生物物理学会年会
• [学会発表] Polymer physics for Hi-C data reveals dynamic viscoelastic features of chromatin controlled by SMC proteins (2022)
  • 著者名/発表者名: Shinkai Soya
  • 学会等名: Genome organisation by SMC complexes
  • 国際学会
• [学会発表] Knowledge Systematization for Cellular Senescence Processes by Homeostasis Imbalance Process Ontology (2022)
  • 著者名/発表者名: 山縣友紀, 大浪修一, 桝屋啓志
  • 学会等名: ICBO 2022: International Conference on Biomedical Ontology
  • 国際学会
• [学会発表] General overview of Image Data Management WG (2022)
  • 著者名/発表者名: Onami Shuichi
  • 学会等名: Exchange of Experience VII
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Phenotype anomaly detection for biological dynamics data using a deep generative model (2022)
  • 著者名/発表者名: Ito Eisuke, Ueda Takaya, Takano RYo, Yukako Tohsato, Kyoda Koji, Onami Shuichi, Nishikawa Ikuko
  • 学会等名: The 31st International Conference on Artificial Neural Networks
  • 国際学会
• [学会発表] SSBD:database/repository バイオイメージングデータのグローバルなデータ共有 (2022)
  • 著者名/発表者名: 糸賀裕弥, 王放放, 山縣友紀, 京田耕司, 遠里由佳子, 大浪修一
  • 学会等名: 第31回日本バイオイメージング学会学術集会
• [学会発表] 先端バイオイメージングデータのデータ駆動解析とオープンサイエンス (2022)
  • 著者名/発表者名: 大浪修一
  • 学会等名: 第31回日本バイオイメージング学会学術集会
  • 招待講演
• [学会発表] Individual behavioral differences in C. elegans (2022)
  • 著者名/発表者名: Onoue Shiori, Kyoda Koji, Onami Shuichi
  • 学会等名: C. elegans Topic Meeting: neuronal development, synaptic function and behavior
  • 国際学会
• [学会発表] The Role of the Eggshell in Starvation Resistance during L1 arrest in Caenorhabditis elegans (2022)
  • 著者名/発表者名: Hatakeyama Akiko, Onami Shuichi
  • 学会等名: 2022 International C. elegans Topic Meeting on Metabolism, Aging, Pathogenesis, Stress, and Small RNAs
  • 国際学会
• [学会発表] Comparative analysis of cellular dynamics of C. inopinata and C. elegans zygotes (2022)
  • 著者名/発表者名: Oomura Shun, Onami Shuichi, Kyoda Koji, Haruta Nami, Sugimoto Asako
  • 学会等名: Evolutionary Biology of Caenorhabditis and Other Nematodes
  • 国際学会
• [学会発表] BD5: an open data format for representing quantitative biological dynamics data (2022)
  • 著者名/発表者名: Kyoda Koji, Ho Kenneth H.L. ., Itoga Hiroya, Tohsato Yukako, Onami Shuichi
  • 学会等名: 2022 European HDF5 Users Group (HUG)
  • 国際学会
• [学会発表] Next Generation SPIM towards live imaging and all-cells tracking of a whole mouse embryo (2022)
  • 著者名/発表者名: 塩井剛, 渡邉朋信, 金城純一, 東裕介, 大浪修一
  • 学会等名: 日本発生生物学会第55回大会
• [学会発表] An image processing and deep learning-based pipeline for quantitative analysis of cellular (morpho)dynamics (2022)
  • 著者名/発表者名: 東裕介, 大浪修一
  • 学会等名: 日本発生生物学会第55回大会
• [学会発表] BD-zarr: a zarr-based format for representing quantitative data of biosystems dynamics (2022)
  • 著者名/発表者名: Kyoda Koji, Ho Kenneth H.L.., Itoga Hiroya, Onami Shuichi
  • 学会等名: I2K 2022 From Images to Knowledge
  • 国際学会
• [学会発表] 線虫初期胚において胚性致死遺伝子が示す時空間的発現パターンの分類 (2022)
  • 著者名/発表者名: 岡田初美、古島理恵、京田耕司、大浪修一
  • 学会等名: 線虫研究の未来をつくる会2022
• [学会発表] 先端バイオイメージングのオープンサイエンスとDXプラットフォーム (2022)
  • 著者名/発表者名: 大浪修一
  • 学会等名: 第127回日本解剖学会総会・全国学術集会
  • 招待講演
• [学会発表] Data-driven modeling of animal embryogenesis (2022)
  • 著者名/発表者名: Shuichi Onami
  • 学会等名: BDR Symposium 2022
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] SSBD:database and SSBD:repository - Open Resources for Bioimages and Quantitative Data for Biosystems Dynamics (2022)
  • 著者名/発表者名: Hiroya Itoga, Fangfang Wang, Koji Kyoda, Yukako Tohsato, Shuichi Onami
  • 学会等名: BDR Symposium 2022
  • 国際学会
• [学会発表] イメージングデータ解析が拓く生命科学の新時代 (2022)
  • 著者名/発表者名: 大浪修一
  • 学会等名: ソニー先端技術講演会
  • 招待講演
• [学会発表] バイオイメージングデータの標準化・共有化の国際情勢 (2022)
  • 著者名/発表者名: 大浪修一
  • 学会等名: ABiS Symposium イメージングデータ解析が拓く生命科学の新時代
  • 招待講演
• [学会発表] A global view of standards for open image data formats and repositories (2022)
  • 著者名/発表者名: Shuichi Onami
  • 学会等名: The BINA January Community Conversation
  • 国際学会
• [学会発表] 画像関連データの公開と共有について (2022)
  • 著者名/発表者名: 大浪修一
  • 学会等名: CREST多細胞領域 第3回領域会議
  • 招待講演
• [学会発表] イメージングデータ駆動型生命科学と理研のオープンライフサイエンス (2021)
  • 著者名/発表者名: 大浪修一
  • 学会等名: CSRSインフォマティクス・データ科学推進プログラム成果報告会
  • 招待講演
• [学会発表] 流体力学的相互作用化の動的3次元ゲノム組織化 (2021)
  • 著者名/発表者名: 新海創也, 大浪修一
  • 学会等名: 第39回染色体ワークショップ・第19回核ダイナミクス研究会
• [学会発表] Development of bioimage informatics methods for Singularity Biology (2021)
  • 著者名/発表者名: Shuichi Onami
  • 学会等名: Pacifichem 2021
  • 国際学会
• [学会発表] データ駆動型モデリングによる生命動態の理解と予測 (2021)
  • 著者名/発表者名: 大浪修一
  • 学会等名: 理化学研究所・熊本大学合同生命科学領域DXシンポジウム
  • 招待講演
• [学会発表] Single molecule measurement of core-transcription factors for pluripotency maintenance, Nanog and Oct4, in living nuclei of mouse embryonic stem cells (2021)
  • 著者名/発表者名: Kazuko Okamoto, Hideaki Fujita, Soya Shinkai, Shuichi Onami, Yasushi Okada, Kuniya Abe, Tomonobu M. Watanabe
  • 学会等名: 第44回日本分子生物学会年会
• [学会発表] NeuroGT:神経細胞の誕生日タグづけ用CreERドライバーマウスの脳アトラス (2021)
  • 著者名/発表者名: 平田たつみ, 遠里由佳子, 糸賀裕弥, 塩井剛, 清成寛, 岡早苗, 藤森俊彦, 大浪修一
  • 学会等名: 第44回日本分子生物学会年会
• [学会発表] 線虫C. elegansの胚発生における細胞形態変化の定量解析 (2021)
  • 著者名/発表者名: 東裕介, 大浪修一
  • 学会等名: 第44回日本分子生物学会年会
• [学会発表] 線虫の行動個体差を生み出すメカニズムの解明 (2021)
  • 著者名/発表者名: 尾上詩織, 大浪修一
  • 学会等名: 第44回日本分子生物学会年会
• [学会発表] Quantitative analysis of cell morphology dynamics in C. elegans embryogenesis (2021)
  • 著者名/発表者名: Yusuke Azuma, Shuichi Onami
  • 学会等名: Bioimage Informatics 2021
  • 国際学会
• [学会発表] バイオDXを推進する生命現象の時空間動態データを解析する基盤の構築 (2021)
  • 著者名/発表者名: 京田耕司，糸賀裕弥，遠里由佳子，大浪修一
  • 学会等名: バイオDXの最前線 - JST戦略的創造研究推進事業 CREST「データ駆動・AI駆動を中心としたデジタルトランスフォーメーションによる生命科学研究の革新[バイオDX]」キックオフシンポジウム
• [学会発表] SBD:databaseとSSBD:repositoryを核とした生命画像と生命動態のオープンデータ駆動による研究ライフサイクルの実現 (2021)
  • 著者名/発表者名: 糸賀裕弥, 王放放, 京田耕司, 遠里由佳子, 大浪修一
  • 学会等名: バイオDXの最前線 - JST戦略的創造研究推進事業 CREST「データ駆動・AI駆動を中心としたデジタルトランスフォーメーションによる生命科学研究の革新[バイオDX]」キックオフシンポジウム
• [学会発表] Launching NeuroGT: a brain atlas of neurogenic tagging CreER drivers for birthdate-based classification and manipulation of mouse neurons (2021)
  • 著者名/発表者名: Tasumi Hirata, Yukako Tohsato, Hiroya Itoga, Go Shioi, Hiroshi Kiyonari, Sanae Oka, Toshihiko Fujimori, Shuichi Onami
  • 学会等名: Neuroscience 2021, 50th Annual Meeting
  • 国際学会
• [学会発表] SSBD:database/repository 生命画像情報と生命動態情報の統合データベース・レポジトリ (2021)
  • 著者名/発表者名: 糸賀裕弥, 王放放, 京田耕司, 遠里由佳子, 大浪修一
  • 学会等名: トーゴーの日シンポジウム2021
• [学会発表] Homeostasis Imbalance Process Ontology: a Study on COVID-19 Infectious Processes (2021)
  • 著者名/発表者名: Yuki Yamagata, Tatsuya Kushida, Shuichi Onami, Hiroshi Masuya
  • 学会等名: 10th International Workshop on Vaccine and Drug Ontology Studies (VDOS-2021)
  • 国際学会
• [学会発表] シンギュラリティ生物学を実現する大量データの解析・保存・標準化 (2021)
  • 著者名/発表者名: 大浪修一
  • 学会等名: 新学術三領域合同勉強会
  • 招待講演
• [学会発表] Comparative analysis of cellular dynamics of C. elegans and C. inopinata zygotes (2021)
  • 著者名/発表者名: 大村駿, 大浪修一, 京田耕司, 春田奈美, 杉本亜砂子
  • 学会等名: 線虫研究の未来を創る会2021
• [学会発表] 胚発生における細胞形態変化の定量解析 (2021)
  • 著者名/発表者名: 東裕介, 大浪修一
  • 学会等名: 線虫研究の未来を創る会2021
• [学会発表] Worm Developmental Dynamics Database 2 - an open database with visualization for biological dynamics of large-scale RNAi experiments on C. elegans embryos (2021)
  • 著者名/発表者名: 糸賀裕弥, 京田耕司, 大浪修一
  • 学会等名: 線虫研究の未来を創る会2021
• [学会発表] NeuroGT：神経細胞の誕生日タグづけ用CreERドライバーマウスの脳アトラス (2021)
  • 著者名/発表者名: 平田たつみ, 遠里由佳子, 糸賀裕弥, 塩井剛, 清成寛, 岡早苗, 藤森俊彦, 大浪修一
  • 学会等名: 第44回日本神経科学大会 / CJK第1回国際会議
• [学会発表] 生命科学領域知識統合に向けたオントロジー開発とCOVID-19機序解明に向けた取り組み (2021)
  • 著者名/発表者名: 山縣友紀, 櫛田達矢, 大浪修一, 桝屋啓志
  • 学会等名: 2021年度人工知能学会全国大会(第35回)
• [学会発表] Comparative analysis of cellular dynamics of C. inopinata and C. elegans zygotes (2021)
  • 著者名/発表者名: Shun Oomura, Shuichi Onami, Koji Kyoda, Nami Haruta, Asako Sugimoto
  • 学会等名: The 23rd International C. elegans Conference
  • 国際学会
• [学会発表] Worm Developmental Dynamics Database 2 - an open database with visualization for biological dynamics of large-scale RNAi experiments on C. elegans embryos (2021)
  • 著者名/発表者名: Hiroya Itoga, Koji Kyoda, Shuichi Onami
  • 学会等名: The 23rd International C. elegans Conference
  • 国際学会
• [学会発表] Individual behavioral differences in C. elegans (2021)
  • 著者名/発表者名: Shiori Onoue, Shuichi Onami
  • 学会等名: The 23rd International C. elegans Conference
  • 国際学会
• [学会発表] NeuroGT: A brain atlas of neurogenic tagging CreER drivers for birthdate-based classification and manipulation of mouse neurons (2021)
  • 著者名/発表者名: 平田たつみ, 遠里由佳子, 糸賀裕弥, 塩井剛, 清成寛, 岡早苗, 藤森俊彦, 大浪修一
  • 学会等名: 第54回日本発生生物学会年会
• [学会発表] BDZ: Zarr-based format of quantitative biological dynamics data for object storage and cloud computing (2021)
  • 著者名/発表者名: Koji Kyoda, Ho Kenneth HL, Hiroya Itoga, Yukako Tohsato, Shuichi Onami
  • 学会等名: OME 2021 Community Meeting
  • 国際学会
• [学会発表] SSBD:database and SSBD:repository - an added-value database and archive service for bioimages and quantitative data of biological dynamics - (2021)
  • 著者名/発表者名: Hiroya Itoga, Fangfang Wang, Koji Kyoda, Yukako Tohsato, Shuichi Onami
  • 学会等名: OME 2021 Community Meeting
  • 国際学会
• [学会発表] 理研オープンライフサイエンスプラットフォーム (2021)
  • 著者名/発表者名: 大浪修一, 粕川雄也, 桝屋啓志
  • 学会等名: 理研ハッカソン オープンシンポジウム ―理研が進めるオープンサイエンスの実践―
  • 招待講演
• [学会発表] 時空間レジストレーションに基づく分子間相互作用の自動抽出 (2021)
  • 著者名/発表者名: 東裕介, 大浪修一
  • 学会等名: 2020年度AIPチャレンジ成果報告会
• [学会発表] SBD:database and SSBD:repository - Online open resources for bioimages and quantitative data for biosystems dynamics (2021)
  • 著者名/発表者名: Hiroya Itoga, Ho Kenneth Hunglit, Koji Kyoda, Yukako Tohsato, Shuichi Onami
  • 学会等名: RIKEN BDR Symposium 2021 - Structuring Biosystems: Functions Emerging from Molecules -
  • 国際学会
• [学会発表] Data-driven analysis of the mechanism of animal development (2021)
  • 著者名/発表者名: Shuichi Onami
  • 学会等名: ERCIM-JST Joint Symposium on Big Data and Artificial Intelligence
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Data-driven analysis of the mechanism of animal development (2021)
  • 著者名/発表者名: Shuichi Onami
  • 学会等名: CREST International Symposium on Big Data Application
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Toward understanding the dynamic state of 3D genome by polymer modeling of Hi-C data (2020)
  • 著者名/発表者名: Soya Shinkai, Ryuichiro Nakato, Shuichi Onami
  • 学会等名: Cell Bio Virtual 2020
  • 国際学会
• [学会発表] Texture-based screening to identify genes involved in reproductive aging in Caenorhabditis elegans. (2020)
  • 著者名/発表者名: Momoko Imakubo, Koji Kyoda, Hiroya Itoga, Jun Takayama, Shuichi Onami
  • 学会等名: The 2020 Asia Digital Image Processing Conference (ADIP2020)
  • 国際学会
• [学会発表] SSBD:database and SSBD:repository - Online open resources for bioimages and quantitative data for biosystems dynamics (2020)
  • 著者名/発表者名: Hiroya Itoga, Ho Kenneth Hunglit, Koji Kyoda, Yukako Tohsato, Shuichi Onami
  • 学会等名: Biological Data Science
  • 国際学会
• [学会発表] バイオ計測と画像解析技術 (2020)
  • 著者名/発表者名: 大浪修一
  • 学会等名: 公開シンポジウム 「次世代統合バイオイメージングと数理の協働の展望」
  • 招待講演
• [学会発表] SSBD:細胞・発生画像情報と生命動態情報の統合データベース・レポジトリ (2020)
  • 著者名/発表者名: 糸賀裕弥, ホーケネス, 京田耕司, 遠里由佳子, 大浪修一
  • 学会等名: トーゴーの日シンポジウム2020
• [学会発表] 大規模イメージングデータを用いた生命システムのデータ駆動モデリング (2020)
  • 著者名/発表者名: 大浪修一
  • 学会等名: ゲノム創薬・創発フォーラム 第4回シンポジウム
  • 招待講演
• [学会発表] Toward a physical understanding of the dynamic 3D genome organization (2020)
  • 著者名/発表者名: Soya Shinkai, Shuichi Onami, Nakato Ryuichiro
  • 学会等名: 第58回日本生物物理学会年会
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Global BioImaging: Scope, planned activities and its work on image data (2020)
  • 著者名/発表者名: Federica Paina, Jason Swedlow, Shuichi Onami
  • 学会等名: Global Bioimaging Exchange of Experience V
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Pre-publication image data: Management and processing in Japan (2020)
  • 著者名/発表者名: Shuichi Onami
  • 学会等名: Global Bioimaging Exchange of Experience V
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] SBD:database and SSBD:repository for sharing quantitative biosystems dynamics data and bioimaging data (2020)
  • 著者名/発表者名: Shuichi Onami
  • 学会等名: 2020 OME Community Meeting
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] シンギュラリティ細胞の同定と解析のためのインフォマティクス技術 (2020)
  • 著者名/発表者名: 大浪修一
  • 学会等名: シンギュラリティ生物学×細胞ダイバース 合同ワークショップ
  • 招待講演
• [学会発表] RIKEN Open Life Science Platform (2020)
  • 著者名/発表者名: Shuichi Onami
  • 学会等名: RIKEN Hackathon FY2019 Open Symposium
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Deep learning based image restoration with efficient training data acquisition (2020)
  • 著者名/発表者名: 東裕介, 大浪修一
  • 学会等名: ABiS Symposium Forefront and Future of Electron Microscopic Imaging
• [学会発表] 線虫C. elegans の発生動態の定量解析 (2020)
  • 著者名/発表者名: 東裕介, 大浪修一
  • 学会等名: CREST「ビッグデータ応用」第７回若手研究者合宿
• [学会発表] Data-driven modeling of animal development (2020)
  • 著者名/発表者名: Shuichi Onami
  • 学会等名: CREST International Symposium of Big Data Application
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Data-driven analysis of the mechanism of animal development (2020)
  • 著者名/発表者名: Shuichi Onami
  • 学会等名: CREST Big Data Joint Research Area-NSF-DATAIA Joint Meeting
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] ゲノム構造データから読み解く階層的でダイナミックなゲノムレオロジー特性 (2019)
  • 著者名/発表者名: 新海創也, 菅原武志, 三浦尚, 平谷伊智朗, 大浪修一
  • 学会等名: 第37回染色体ワークショップ・第18回核ダイナミクス研究会
• [学会発表] On Bringing Bioimaging Data into the Open(-World) (2019)
  • 著者名/発表者名: Josh Moore, Norio Kobayashi, Susanne Kunis, Shuichi Onami, Jason R. Swedlow
  • 学会等名: 12th International SWAT4HCLS Conference
  • 国際学会
• [学会発表] Microrheology for Hi-C data reveals a spectrum of dynamic 3D genome organization (2019)
  • 著者名/発表者名: Soya Shinkai
  • 学会等名: Chromosome Dynamics 2019
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] OME Core Ontology: An OWL-based Life Science Imaging Data Model (2019)
  • 著者名/発表者名: Norio Kobayashi, Josh Moore, Shuichi Onami, Jason R. Swedlow
  • 学会等名: 12th International SWAT4HCLS Conference
  • 国際学会
• [学会発表] バイアスフリーライフサイエンスに関して思うこと (2019)
  • 著者名/発表者名: 大浪修一
  • 学会等名: 第42回日本分子生物学会年会
  • 招待講演
• [学会発表] The 4DN-OME Ontology: an OME-OWL Extension with Emphasis on Usability, Minimum Information Guidelines and Quality Control for Super-Resolution Fluorescence Microscopy (2019)
  • 著者名/発表者名: Mathias Hammer, Maximiliaan Huisman, Norio Kobayashi, Josh Moore, Alessandro Rigano, Shuichi Onami, Jason Swedlow, David Grunwald, Caterina Strambio-De-Castillia
  • 学会等名: The 2019 4DN-ASCB Satellite Meeting
  • 国際学会
• [学会発表] 線虫C. elegans の胚発生における細胞体積の定量解析 (2019)
  • 著者名/発表者名: 東裕介, 大浪修一
  • 学会等名: 第42回日本分子生物学会年会
• [学会発表] 表現型特徴-遺伝子ネットワークの横断的探索を支援する可視化ツール (2019)
  • 著者名/発表者名: 夏川浩明, 石野隼伍、尾上洋介、京田耕司、大浪修一、小山田耕二
  • 学会等名: 第42回日本分子生物学会年会
• [学会発表] スケーリングを中心としたゲノム構造・動態の時空間階層性 (2019)
  • 著者名/発表者名: 新海創也
  • 学会等名: 第42回日本分子生物学会年会
  • 招待講演
• [学会発表] Microrheology of 3D genome organization by polymer modeling (2019)
  • 著者名/発表者名: 新海創也, 菅原武志、大浪修一
  • 学会等名: 第42回日本分子生物学会年会
  • 招待講演
• [学会発表] 顕微鏡画像の自動取得と深層学習による画像修復 (2019)
  • 著者名/発表者名: 東裕介, 大浪修一
  • 学会等名: 第22回情報論的学習理論ワークショップ (IBIS 2019)
• [学会発表] 線虫の胚発生画像を対象としたSeq-VAEに基づく時間的超解像 (2019)
  • 著者名/発表者名: 田村壮, 河合新, 延原肇, 東裕介, 大浪修一
  • 学会等名: 第22回情報論的学習理論ワークショップ (IBIS 2019)
• [学会発表] 線虫C. elegans胚発生後期における卵殻の機械的機能と性質 (2019)
  • 著者名/発表者名: 畠山明子, 佐藤麻子, 田中陽, 大浪修一
  • 学会等名: 第十一回光塾
• [学会発表] SSBD:database バイオイメージングデータベースの使い方 (2019)
  • 著者名/発表者名: 京田耕司, ホー・ケネス, 糸賀裕弥, 遠里由佳子, 大浪修一
  • 学会等名: 第十一回光塾
  • 招待講演
• [学会発表] 先人に学べ？！～科学者として生きてきた中での、出会い、決断、失敗、たまに成功～ (2019)
  • 著者名/発表者名: 大浪修一
  • 学会等名: 第十一回光塾
  • 招待講演
• [学会発表] 画像処理による線虫C. elegans の発生動態の定量解析 (2019)
  • 著者名/発表者名: 東裕介, 大浪修一
  • 学会等名: 第十一回光塾
• [学会発表] ゲノム構造データから読み解く階層的でダイナミックなゲノムレオロジー特性 (2019)
  • 著者名/発表者名: 新海創也, 菅原武志, 三浦尚, 平谷伊智朗, 大浪修一
  • 学会等名: 第十一回光塾
• [学会発表] RIKEN Open Life Science Platform (2019)
  • 著者名/発表者名: Shuichi Onami
  • 学会等名: The 6th RIKEN-KI SciLifeLab Symposium: Biomedical Data for Artificial Intelligence
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] SSBD: an open public database of microscopy images and quantitative data of biological dynamics facilitating the reuse and reanalyze of biological data. (2019)
  • 著者名/発表者名: Ho Kenneth H.L., Yukako Tohsato, Koji Kyoda, Hiroya Itoga, Shuichi Onami
  • 学会等名: The 20th International Conference on Systems Biology
  • 国際学会
• [学会発表] Quantitative analysis of cellular dynamics in C. elegans embryos (2019)
  • 著者名/発表者名: Yusuke Azuma, Shuichi Onami
  • 学会等名: The 20th International Conference on Systems Biology
  • 国際学会
• [学会発表] Development of bioimage informatics technologies for singularity biology (2019)
  • 著者名/発表者名: Shuichi Onami
  • 学会等名: The 20th International Conference on Systems Biology (ICSB2019), Workshop “Singularity Biology: small elements change the function of the whole systems”
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Explorative Visualization for Phenotypic-Genotypic Network (2019)
  • 著者名/発表者名: Hiroaki Natsukawa, Shungo Ishino, Yosuke Onoue, Koji Kyoda, Shuichi Onami and Koji Koyamda
  • 学会等名: IEEE VIS 2019
  • 国際学会
• [学会発表] ゲノム構造データから読み解く階層的でダイナミックなゲノムレオロジー特性 (2019)
  • 著者名/発表者名: 新海創也
  • 学会等名: 令和元年度遺伝研研究会「クロマチン・細胞核の形成とダイナミクスによるゲノム制御」
  • 招待講演
• [学会発表] Microrheology for Hi-C data reveals the spectrum of the dynamic 3D genome organization (2019)
  • 著者名/発表者名: 新海創也, 菅原武志, 三浦尚, 平谷伊智朗, 大浪修一
  • 学会等名: 研究会「理論と実験」２０１９
• [学会発表] SSBD: 細胞・発生画像情報と生命動態情報の統合データベース (2019)
  • 著者名/発表者名: 糸賀裕弥, ホーケネス, 京田耕司, 遠里由佳子, 大浪修一
  • 学会等名: トーゴーの日シンポジウム2019～バイオデータベース：つないで使う～;
• [学会発表] Deep learning based image restoration with efficient training data acquisition (2019)
  • 著者名/発表者名: Yusuke Azuma, Shuichi Onami
  • 学会等名: BioImage Informatics 2019
  • 国際学会
• [学会発表] SSBD: an open database for sharing quantitative data and microscopy images of biosystems dynamics (2019)
  • 著者名/発表者名: Koji Kyoda, Kenneth Ho, Yukako Tohsato, Hiroya Itoga, Shuichi Onami
  • 学会等名: BioImage Informatics 2019
  • 国際学会
• [学会発表] Mathematical modeling of chromatin and chromosome dynamics (2019)
  • 著者名/発表者名: Soya Shinkai
  • 学会等名: The 78th Annual Meeting of the Japanese Cancer Association
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Deciphering genome organization and dynamics by mathematical modeling and simulation (2019)
  • 著者名/発表者名: Soya Shinkai
  • 学会等名: The 57th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Data-driven analysis of the mechanism of animal development (2019)
  • 著者名/発表者名: Shuichi Onami
  • 学会等名: CREST Big Data Application Symposium
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Public Data Resources for the Global Bioimaging Community (2019)
  • 著者名/発表者名: Jason Swedlow, Shuichi Onami
  • 学会等名: Global Bioimaging Exchange of Experience IV
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] 胚発生における細胞動態の定量解析 (2019)
  • 著者名/発表者名: 東裕介, 大浪修一
  • 学会等名: 線虫研究の未来を創る会 2019
• [学会発表] 表現型特徴―遺伝子ネットワークの横断的探索を支援する視覚的分析 (2019)
  • 著者名/発表者名: 夏川浩明, 石野隼伍, 尾上洋介, 京田耕司, 大浪修一, 小山田耕二
  • 学会等名: 可視化情報シンポジウム2019
• [学会発表] Deciphering chromatin dynamics and structure by polymer modeling (2019)
  • 著者名/発表者名: Soya Shinkai
  • 学会等名: International Congress on Industrial and Applied Mathematics (ICIAM2019)
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] 顕微鏡ビッグデータを用いた胚発生のデータ駆動モデリング (2019)
  • 著者名/発表者名: 大浪修一
  • 学会等名: 第44回レーザ顕微鏡研究会＆シンポジウム
  • 招待講演
• [学会発表] シンギュラリティ細胞の同定と解析のためのインフォマティクス技術の開発 (2019)
  • 著者名/発表者名: 大浪修一
  • 学会等名: 第19回日本蛋白質科学会年会第71回日本細胞生物学会大会 合同年次大会
  • 招待講演
• [学会発表] Data-driven analysis of female pronuclear migration by image-processing embryonic movies in Phenobank (2019)
  • 著者名/発表者名: Yukako Tohsato, Hatsumi Okada, Koji Kyoda, Shuichi Onami
  • 学会等名: 22nd International C. elegans Conference
  • 国際学会
• [学会発表] Mechanical functions of eggshell in C. elegans development. (2019)
  • 著者名/発表者名: Akiko Hatakeyama, Asako Sato, Yo Tanaka, Shuichi Onami
  • 学会等名: 22nd International C.elegans Conference
  • 国際学会
• [学会発表] New design and Improvement of Worm Developmental Dynamics Database (WDDD). (2019)
  • 著者名/発表者名: Hiroya Itoga, Koji Kyoda, Shuichi Onami
  • 学会等名: 22nd International C. elegans Conference
  • 国際学会
• [学会発表] SSBD: an open public database of microscopy images and quantitative data of biological dynamics (2019)
  • 著者名/発表者名: Kenneth Ho, Yukako Tohsato, Koji Kyoda, Hiroya Itoga, Shuichi Onami
  • 学会等名: The 52nd Annual Meeting of the Japanese Society of Developmental Biology
  • 国際学会
• [学会発表] Quantitative analysis of cell shape features in C. elegans embryos (2019)
  • 著者名/発表者名: Yusuke Azuma, Shuichi Onami
  • 学会等名: 52nd Annual Meeting of JSDB
  • 国際学会
• [学会発表] データベース→データ駆動→AI駆動 (2019)
  • 著者名/発表者名: 大浪修一
  • 学会等名: 勉強会「人類の健康と生存圏拡大のためのAI駆動型生命科学～自律的に知識を発見するロボットでノーベル賞級の発見を目指す～」
  • 招待講演
• [学会発表] Deciphering Hi-C data into polymer dynamics. Biophysical Society Thematic Meetings, Multiscale Modeling of Chromatin (2019)
  • 著者名/発表者名: Soya Shinka, Masaki Nakagawa, Takeshi Sugawara, Yuichi Togashi, Hiroshi Ochiai, Ryuichiro Nakato, Yuichi Taniguchi, Shuichi Onami
  • 学会等名: Biophysical Society Thematic Meetings, Multiscale Modeling of Chromatin: Bridging Experiment with Theory
  • 国際学会
• [学会発表] SSBD: an open database for sharing quantitative data and microsccopy images of biosystems dynamics (2019)
  • 著者名/発表者名: Koji Kyoda, Ho Kenneth H.L., Yukako Tohsato, Hiroya Itoga, Shuichi Onami
  • 学会等名: International Conference on Systems Biology
  • 国際学会
• [学会発表] Data-driven modeling of C. elegans development (2019)
  • 著者名/発表者名: Shuichi Onami
  • 学会等名: CREST International Symposium on Big Data Application
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Quantitative analysis of cell shape dynamics in C. elegans embryogenesis (2018)
  • 著者名/発表者名: 東裕介, 大浪修一
  • 学会等名: 第56回日本生物物理学会年会
• [学会発表] Quantitative analysis of cellular dynamics in C. elegans embryo (2018)
  • 著者名/発表者名: Shuichi Onami
  • 学会等名: The 56th Annual Meeting of The Biophysical Society of Japan
  • 招待講演
• [学会発表] 公共データベースの顕微鏡画像を用いた細胞核分裂の定量計測と表現型解析 (2018)
  • 著者名/発表者名: 遠里由佳子, 岡田初美, 京田耕司, 大浪修一
  • 学会等名: 生命医薬情報学連合大会(IIBMP2018)
• [学会発表] Integration of big image and omics data for modeling of animal development (2018)
  • 著者名/発表者名: Shuichi Onami
  • 学会等名: The 5th RIKEN-KI/SciLifeLab Joint Symposium Artificial Intelligence Meets Life Sciences
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Data-driven analysis of the mechanism of animal development (2018)
  • 著者名/発表者名: Shuichi Onami
  • 学会等名: CREST「Big Data Application」Symposium
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] SSBD: 細胞・発生画像情報と生命動態情報の統合データベース (2018)
  • 著者名/発表者名: 京田耕司、遠里由佳子、ホーケネス、糸賀裕弥、大浪修一
  • 学会等名: トーゴーの日シンポジウム2018
• [学会発表] 受精と胚発生のシステムバイオロジーからオルガノイドの４Dデザイン・プラットフォームの構築へ (2018)
  • 著者名/発表者名: 大浪修一
  • 学会等名: 理研―農研機構連携キックオフワークショップ
  • 招待講演
• [学会発表] SSBD: 細胞・発生画像情報と生命動態情報の統合データベース (2018)
  • 著者名/発表者名: ホーケネス，遠里由佳子，京田耕司，糸賀裕弥，大浪修一
  • 学会等名: 第41回日本分子生物学会年会
• [学会発表] Quantitative analysis of cell shape dynamics in C. elegans embryogenesis (2018)
  • 著者名/発表者名: 東裕介, 大浪修一
  • 学会等名: 第41回日本分子生物学会年会
• [図書] 実験医学別冊 最強のステップUPシリーズ 空間オミクス解析スタートアップ実践ガイド (2022)
  • 著者名/発表者名: 京田耕司、大浪修一
  • 総ページ数: 6
  • 出版者: 羊土社
  • ISBN: 9784758122610
• [図書] 実験医学2021年12月号 Vol.39 No.19 (2021)
  • 著者名/発表者名: 大浪修一
  • 総ページ数: 6
  • 出版者: 羊土社
  • ISBN: 9784758125505
• [図書] 可視化学会学会誌 Vol.40, No.156 (2020)
  • 著者名/発表者名: 京田耕司, ホーケネス, 糸賀裕弥, 遠里由佳子, 大浪修一
  • 総ページ数: 3
  • 出版者: 社団法人 可視化情報学会
• [図書] イメージングの選び方・使い方100＋ (2018)
  • 著者名/発表者名: 大浪修一（分担執筆）
  • 総ページ数: 2
  • 出版者: 羊土社
  • ISBN: 9784758103756
• [備考] 細胞が成長する過程におけるDNAの「ゆらぎ」をとらえた！
  • URL: https://www.nig.ac.jp/nig/ja/2022/06/research-highlights_ja/pr20220604.html
• [備考] Homeostasis imbalance process ontology (HoIP)
  • URL: https://bioportal.bioontology.org/ontologies/HOIP
• [備考] Chronic cellular senescence course- HoIPをNEDxに公開
  • URL: https://doi.org/10.18119/N9KS4H
• [備考] “誕生日タグづけ”マウスの脳画像データベース「NeuroGT」を公開
  • URL: https://www.nig.ac.jp/nig/ja/2021/05/research-highlights_ja/pr20210525.html
• [備考] 生命科学画像のデータ形式の標準化とデータ共有リポジトリの整備に向けた国際提言
  • URL: https://www.riken.jp/pr/news/2021/20210511_2/index.html
• [備考] データの「共有」で生命科学研究のレベルをジャンプアップ！
  • URL: https://www.riken.jp/pr/closeup/2021/20211026_1/index.html
• [備考] 人工知能学会受賞者【全国大会優秀賞】
  • URL: https://www.ai-gakkai.or.jp/about/award/jsai_award-conf/
• [備考] ゲノムの動きをシミュレーションする新手法 －Hi-Cデータ解析パイプライン「PHi-C法」の開発－
  • URL: https://www.riken.jp/press/2020/20200807_3/index.html
• [備考] TL’s talk in Symposium went public
  • URL: https://so.riken.jp/2020/11/18/tls-talk-in-symposium-went-public/
• [備考] Watch TL’s Talk in GBI EoE V.
  • URL: https://so.riken.jp/2020/10/21/watch-tls-talk-in-eoev-v/
• [備考] Watch TL’s Talk on Public Image Data Online.
  • URL: https://so.riken.jp/2020/05/27/watch-tls-talk-on-public-image-data-online/
• [備考] SSBD was highlighted in Nature
  • URL: https://so.riken.jp/2020/03/05/ssbd-was-appeared-in-nature/
• [備考] データドリブン・ライフサイエンス
  • URL: https://bdrtimes.riken.jp/2019/10/01/kkyoda/
• [備考] TIFF image ROI contours written to BDML/BD5 format
  • URL: https://so.riken.jp/2020/02/
• [備考] Watch TL's Talk on Public Image Data online
  • URL: https://so.riken.jp/2020/05/
• [備考] The Onami Laboratory
  • URL: https://so.riken.jp
• [備考] 発生動態研究チーム
  • URL: http://www.riken.jp/research/labs/bdr/dev_dyn/
• [備考] 発生動態研究チーム
  • URL: http://www.bdr.riken.jp/jp/research/labs/onami-s/index.html
• [備考] OMERO Open Workshop in Kobe
  • URL: http://ssbd.qbic.riken.jp/event/omero2018/
• [産業財産権] 光シート照射装置、光シート顕微鏡、光シート照射方法、および光シート照射プログラム (2020)
  • 発明者名: 渡邉朋信, 金城純一, 大浪修一
  • 権利者名: 渡邉朋信, 金城純一, 大浪修一
  • 産業財産権種類: 特許
  • 出願年月日: 2020
• [学会・シンポジウム開催] シンギュラリティ生物学第1回国際トレーニング (2019)
• [学会・シンポジウム開催] Singularity Biology: small elements change the function of the whole systems (2019)
• [学会・シンポジウム開催] OMERO Open Workshop in Kobe 2018 (2018)