生体発動分子の機能発現に関する構造ダイナミクス研究

• 研究領域: 発動分子科学：エネルギー変換が拓く自律的機能の設計
• 研究課題/領域番号: 18H05426
• 研究種目: 新学術領域研究(研究領域提案型)
• 配分区分: 補助金
• 審査区分: 複合領域
• 研究機関: 横浜市立大学
• 研究代表者: 池口 満徳 横浜市立大学, 生命医科学研究科, 教授 (60261955)
• 研究分担者: 高橋 栄夫 横浜市立大学, 生命医科学研究科, 教授 (60265717)
• 研究期間 (年度): 2018-06-29 – 2023-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2022年度)
• 配分額: 93,340千円 (直接経費: 71,800千円、間接経費: 21,540千円); 2022年度: 18,200千円 (直接経費: 14,000千円、間接経費: 4,200千円); 2021年度: 18,200千円 (直接経費: 14,000千円、間接経費: 4,200千円); 2020年度: 16,250千円 (直接経費: 12,500千円、間接経費: 3,750千円); 2019年度: 16,250千円 (直接経費: 12,500千円、間接経費: 3,750千円); 2018年度: 24,440千円 (直接経費: 18,800千円、間接経費: 5,640千円)
• キーワード: 分子動力学シミュレーション / NMR / 発動分子 / 構造ダイナミクス / NMR解析 / タンパク質構造 / NMR計測

研究成果の概要

本研究では、分子シミュレーションとNMR実験を用い、様々な発動分子の機能発現機構を解析した。班内連携では、TrkAという生体発動分子とその阻害剤であるTP1ペプチドについて、分子認識機構を明らかにした。また、A01-1班と連携し、人工イオンチャネルやイオノフォアなどの人工発動分子の分子シミュレーションを実施し、その機能メカニズムを明らかにした。また、B01-1班と連携し、キネシンー微小管系の分子シミュレーションを実施し、力学応答メカニズムを解明した。さらに、A01、C01-1班と連携し、NMR法により生体光発動分子の光活性化状態における反応中間体の検出に成功した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

発動分子は、ダイナミックに動きながら、エネルギー変換などの機能を果たす分子である。このような分子が自在に設計できると、超微細モーターなど多くの革新的素子の創製につながると思われる。分子シミュレーションは、そのような分子のダイナミクスをスーパーコンピュータ等で理論的に計算し、物理化学的理論面から発動分子の動的機構を明らかにしようする技術である。一方、NMRは、溶液中の分子の様子を観察できる実験手法であり、両者は相補的である。さらに、領域内の他の発動分子の研究者とも連携し、分子シミュレーション、NMRを用いて、様々な発動分子の機能発現機構の解明を行った。

研究成果

• [雑誌論文] Supramolecular Mechanosensitive Potassium Channel Formed by Fluorinated Amphiphilic Cyclophane (2022)
  • 著者名/発表者名: Sato Kohei、Sasaki Ryo、Matsuda Ryoto、Nakagawa Mayuko、Ekimoto Toru、Yamane Tsutomu、Ikeguchi Mitsunori、Tabata Kazuhito V.、Noji Hiroyuki、Kinbara Kazushi
  • 雑誌名: Journal of the American Chemical Society 巻: 144 号: 26 ページ: 11802-11809
  • DOI: 10.1021/jacs.2c04118
  • 査読あり
• [雑誌論文] Structure of SARS-CoV-2 membrane protein essential for virus assembly (2022)
  • 著者名/発表者名: Zhang Zhikuan、Nomura Norimichi、Muramoto Yukiko、Ekimoto Toru、Uemura Tomoko、Liu Kehong、Yui Moeko、Kono Nozomu、Aoki Junken、Ikeguchi Mitsunori、Noda Takeshi、Iwata So、Ohto Umeharu、Shimizu Toshiyuki
  • 雑誌名: Nature Communications 巻: 13 号: 1 ページ: 4399-4399
  • DOI: 10.1038/s41467-022-32019-3
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] 3D-RISM-AI: A Machine Learning Approach to Predict Protein-Ligand Binding Affinity Using 3D-RISM (2022)
  • 著者名/発表者名: Kazu Osaki, Toru Ekimoto, Tsutomu Yamane, Mitsunori Ikeguchi
  • 雑誌名: J.Phys. Chem. B. 巻: 126 号: 33 ページ: 6148-6158
  • DOI: 10.1021/acs.jpcb.2c03384
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Hybrid in vitro/in silico analysis of low-affinity protein-protein interactions that regulate signal transduction by Sema6D (2022)
  • 著者名/発表者名: Tanaka Tsubasa、Ekimoto Toru、Nagatomo Meri、Neyazaki Makiko、Shimoji Erena、Yamane Tsutomu、Kanagawa Sakura、Oi Rika、Mihara Emiko、Takagi Junichi、Akashi Satoko、Ikeguchi Mitsunori、Nogi Terukazu
  • 雑誌名: Protein Science 巻: 31 号: 11
  • DOI: 10.1002/pro.4452
  • 査読あり
• [雑誌論文] Development of the force field for cyclosporine A (2022)
  • 著者名/発表者名: Tsutomu Yamane, Toru Ekimoto, Mitsunori Ikeguchi
  • 雑誌名: Biophysics and Physicobiology 巻: 19 号: 0 ページ: n/a
  • DOI: 10.2142/biophysico.bppb-v19.0045
  • ISSN: 2189-4779
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Mandibulofacial dysostosis with alopecia results from ETAR gain-of-function mutations via allosteric effects on ligand binding (2022)
  • 著者名/発表者名: Yukiko Kurihara,1 Toru Ekimoto, Christopher T. Gordon, Yasunobu Uchijima, Ryo Sugiyama, Taro Kitazawa, Akiyasu Iwase, Risa Kotani, Rieko Asai, Veronique Pingault, Mitsunori Ikeguchi, Jeanne Amiel, and Hiroki Kurihara
  • 雑誌名: The Journal of Clinical Investigation 巻: 133(4) 号: 4 ページ: 1-13
  • DOI: 10.1172/jci151536
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Moving toward generalizable NZ-1 labeling for 3D structure determination with optimized epitope-tag insertion (2021)
  • 著者名/発表者名: Risako Tamura-Sakaguchi, Rie Aruga, Mika Hirose, Toru Ekimoto, Takuya Miyake, Yohei Hizukuri, Rika Oi, Mika K Kaneko, Yukinari Kato, Yoshinori Akiyama, Mitsunori Ikeguchi, Kenji Iwasaki, Terukazu Nogi
  • 雑誌名: Acta Crystallogr D Struct Biol 巻: 77 号: 5 ページ: 645-662
  • DOI: 10.1107/s2059798321002527
  • NAID: 120007032351
  • 査読あり
• [雑誌論文] Mechanism of Vitamin D Receptor Ligand-Binding Domain Regulation Studied by gREST Simulations (2021)
  • 著者名/発表者名: Toru Ekimoto, Takafumi Kudo, Tsutomu Yamane, Mitsunori Ikeguchi
  • 雑誌名: J Chem Inf Model 巻: 61 号: 7 ページ: 3625-3637
  • DOI: 10.1021/acs.jcim.1c00534
  • 査読あり
• [雑誌論文] Effect of Water Molecules on the Activating S810L Mutation of the Mineralocorticoid Receptor (2021)
  • 著者名/発表者名: Kei Takedomi, Masateru Ohta, Toru Ekimoto, Mitsunori Ikeguchi
  • 雑誌名: J Chem Inf Model 巻: 61 号: 7 ページ: 3583-3592
  • DOI: 10.1021/acs.jcim.1c00389
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Structure-based screening combined with computational and biochemical analyses identified the inhibitor targeting the binding of DNA Ligase 1 to UHRF1 (2021)
  • 著者名/発表者名: Kori Satomi、Shibahashi Yuki、Ekimoto Toru、Nishiyama Atsuya、Yoshimi Sae、Yamaguchi Kosuke、Nagatoishi Satoru、Ohta Masateru、Tsumoto Kouhei、Nakanishi Makoto、Defossez Pierre-Antoine、Ikeguchi Mitsunori、Arita Kyohei
  • 雑誌名: Bioorg Med Chem 巻: 52 ページ: 116500-116500
  • DOI: 10.1016/j.bmc.2021.116500
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Deformation of microtubules regulates translocation dynamics of kinesin (2021)
  • 著者名/発表者名: Syeda Rubaiya Nasrin, Christian Ganser, Seiji Nishikawa, Arif Md Rashedul Kabir, Kazuki Sada, Takefumi Yamashita, Mitsunori Ikeguchi, Takayuki Uchihashi, Henry Hess, Akira Kakugo
  • 雑誌名: Sci Adv 巻: 7 号: 42 ページ: 1-11
  • DOI: 10.1126/sciadv.abf2211
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Structural and dynamical insights into the PH domain of p62 in human TFIIH (2021)
  • 著者名/発表者名: Masahiko Okuda, Toru Ekimoto, Jun-ichi Kurita, Mitsunori Ikeguchi and Yoshifumi Nishimura
  • 雑誌名: Nucleic. Acids Res. 巻: 49 号: 5 ページ: 2916-2930
  • DOI: 10.1093/nar/gkaa1045
  • 査読あり
• [雑誌論文] Hydration properties of a protein at low and high pressures: Physics of pressure denaturation (2020)
  • 著者名/発表者名: Inoue Masao、Hayashi Tomohiko、Hikiri Simon、Ikeguchi Mitsunori、Kinoshita Masahiro
  • 雑誌名: The Journal of Chemical Physics 巻: 152 号: 6 ページ: 065103-065103
  • DOI: 10.1063/1.5140499
  • 査読あり
• [雑誌論文] A synthetic ion channel with anisotropic ligand response (2020)
  • 著者名/発表者名: Muraoka Takahiro, Noguchi Daiki, Kasai Rinshi, Sato Kohei, Sasaki Ryo, Tabata Kazuhito, Ekimoto Toru, Ikeguchi Mitsunori, Kamagata Kiyoto, Hoshino Norihisa, Noji Hiroyuki, Akutagawa Tomoyuki, Ichimura Kazuaki, Kinbara Kazushi
  • 雑誌名: Nature Communications 巻: 11 号: 1 ページ: 2924-2924
  • DOI: 10.1038/s41467-020-16770-z
  • NAID: 120006878529
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Imidazolinium‐based Multiblock Amphiphile as Transmembrane Anion Transporter (2020)
  • 著者名/発表者名: Mori Miki、Sato Kohei、Ekimoto Toru、Okumura Shinichi、Ikeguchi Mitsunori、Tabata Kazuhito V.、Noji Hiroyuki、Kinbara Kazushi
  • 雑誌名: Chemistry - An Asian Journal 巻: 16 号: 2 ページ: 147-157
  • DOI: 10.1002/asia.202001106
  • 査読あり
• [雑誌論文] Revisiting biomolecular NMR spectroscopy for promoting small-molecule drug discovery” (2020)
  • 著者名/発表者名: Hiroyuki Hanzawa, Takashi Shimada, Mizuki Takahashi and Hideo Takahashi
  • 雑誌名: Journal of Biomolecular NMR 巻: 74 号: 10-11 ページ: 501-508
  • DOI: 10.1007/s10858-020-00314-0
  • 査読あり
• [雑誌論文] Cooperative interactions facilitate stimulation of Rad51 by the Swi5-Sfr1 auxiliary factor complex. (2020)
  • 著者名/発表者名: Argunhan B, Sakakura M, Afshar N, Kurihara M, Ito K, Maki T, Kanamaru S, Murayama Y, Tsubouchi H, Takahashi M, Takahashi H, Iwasaki H.
  • 雑誌名: eLife 巻: 9
  • DOI: 10.7554/elife.52566
  • NAID: 120007117502
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] An Accurate and Rapid Method for Calculating Solvation Free Energies of a Variety of Solutes Including Proteins (2019)
  • 著者名/発表者名: S. Hikiri, T. Hayashi, M. Inoue, T. Ekimoto, M. Ikeguchi, M. Kinoshita
  • 雑誌名: Journal of Chemical Physics 巻: 150 号: 17 ページ: 175101-175101
  • DOI: 10.1063/1.5093110
  • 査読あり
• [雑誌論文] How Does the Recently Discovered Peptide MIP Exhibit Much Higher Binding Affinity than an Anticancer Protein p53 for an Oncoprotein MDM2 (2019)
  • 著者名/発表者名: Yamada Tatsuya、Hayashi Tomohiko、Hikiri Simon、Kobayashi Naohiro、Yanagawa Hiroshi、Ikeguchi Mitsunori、Katahira Masato、Nagata Takashi、Kinoshita Masahiro
  • 雑誌名: Journal of Chemical Information and Modeling 巻: 59 号: 8 ページ: 3533-3544
  • DOI: 10.1021/acs.jcim.9b00226
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Combination of coarse-grained molecular dynamics simulations and small-angle X-ray scattering experiments (2019)
  • 著者名/発表者名: Ekimoto T, Kokabu Y, Oroguchi T, Ikeguchi M
  • 雑誌名: Biophysics and Physicobiology 巻: 16 号: 0 ページ: 377-390
  • DOI: 10.2142/biophysico.16.0_377
  • NAID: 130007752757
  • ISSN: 2189-4779
  • 査読あり
• [雑誌論文] Structural mechanisms underlying activity changes in an AMPA-type glutamate receptor induced by substitutions in its ligand-binding domain (2019)
  • 著者名/発表者名: Masayoshi Sakakura, Yumi Ohkubo, Hiraku Oshima, Suyong Re, Masahiro Ito, Yuji Sugita, and Hideo Takahashi
  • 雑誌名: Structure 巻: 27 号: 11 ページ: 1698-1709
  • DOI: 10.1016/j.str.2019.09.004
  • 査読あり
• [雑誌論文] Rotational Mechanism Model of the Bacterial V1 Motor Based on Structural and Computational Analyses (2019)
  • 著者名/発表者名: Singharoy A, Chipot C, Ekimoto T, Suzuki K, Ikeguchi M, Yamato I, Murata T.
  • 雑誌名: Front Physiol. 巻: 10 ページ: 1-12
  • DOI: 10.3389/fphys.2019.00046
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Population shift mechanism for partial agonism of AMPA receptor (2019)
  • 著者名/発表者名: Oshima H, Re S, Sakakura M, Takahashi H, Sugita Y.
  • 雑誌名: Biophys. J. 巻: 116 号: 1 ページ: 52-68
  • DOI: 10.1016/j.bpj.2018.11.3122
  • 査読あり
• [雑誌論文] Elimination of Finite-Size Effects on Binding Free Energies via the Warp-Drive Method. (2018)
  • 著者名/発表者名: Ekimoto T, Yamane T, Ikeguchi M.
  • 雑誌名: J Chem Theory Comput. 巻: 14 号: 12 ページ: 6544-6559
  • DOI: 10.1021/acs.jctc.8b00280
  • 査読あり
• [雑誌論文] Statistical thermodynamics for the unexpectedly large difference between disaccharide stereoisomers in terms of solubility in water. (2018)
  • 著者名/発表者名: Hikiri S, Hayashi T, Ikeguchi M, Kinoshita M.
  • 雑誌名: Phys Chem Chem Phys. 巻: 20 号: 36 ページ: 23684-23693
  • DOI: 10.1039/c8cp04377a
  • 査読あり
• [学会発表] 木探索分子動力学法による Interleukin-2-inducible T-cell kinase 活性化経路の探索 (2022)
  • 著者名/発表者名: 中居雪菜、浴本亨、山根努、小川直樹、井上雅郎、寺山慧、池口満徳
  • 学会等名: 第22回日本蛋白質科学会年会
• [学会発表] 全原子分子動力学シミュレーションによるヒトL型アミノ酸トランスポーター LAT1-CD98hc 複合体の基質輸送メカニズムの解析 (2022)
  • 著者名/発表者名: 吉田夏海、浴本亨、山根努、池口満徳
  • 学会等名: 第22回日本蛋白質科学会年会
• [学会発表] 拡張アンサンブル手法を用いた中分子シクロスポリン A と E の動的構造探索 (2022)
  • 著者名/発表者名: 浴本亨、伊藤朱里、山根努、池口満徳
  • 学会等名: 第22回日本蛋白質科学会年会
• [学会発表] 計算蛋白質科学の現在と未来 (2022)
  • 著者名/発表者名: 池口満徳
  • 学会等名: 第22回日本蛋白質科学会年会
  • 招待講演
• [学会発表] Activation Pathway of Interleukin-2-inducible T-cell kinase Explored by Tree-Search Molecular Dynamics (2022)
  • 著者名/発表者名: Y. Nakai, T. Ekimoto, T. Yamane, N. Ogawa, M. Inoue, K. Terayama, M. Ikeguchi
  • 学会等名: 第60回生物物理学会年会
• [学会発表] Substrate transport simulations of human L-type amino acid transporter LAT1-CD98hc complex coupled with conformational changes (2022)
  • 著者名/発表者名: N. Yoahida, T. Ekimoto, T. Yamane, M. Ikeguchi
  • 学会等名: 第60回生物物理学会年会
• [学会発表] QM/MM simulations of cyclic artificial ion channel in membrane-water system (2022)
  • 著者名/発表者名: M. Nakagawa, T. Ekimoto, T. Yamane, K. Sato, K. Kinbara, M. Ikeguchi
  • 学会等名: 第60回生物物理学会年会
• [学会発表] Structural dynamics of proteins studied using molecular dynamics simulations. (2022)
  • 著者名/発表者名: M. Ikeguchi
  • 学会等名: 第60回生物物理学会年会
  • 招待講演
• [学会発表] Applications of REST simulation to understanding regulation mechanism of protein activation and peptide ligands. (2022)
  • 著者名/発表者名: 浴本亨、山根努、池口満徳
  • 学会等名: 第60回生物物理学会年会
  • 招待講演
• [学会発表] 深層学習を用いたタンパク質ドメインの予測研究 (2022)
  • 著者名/発表者名: R. Sato, T. Ekimoto, T. Yoshidome
  • 学会等名: 第60回生物物理学会年会
• [学会発表] A study of activation mechanism of epidermal growth factor receptor kinase using large-scale molecular dynamics simulations (2022)
  • 著者名/発表者名: 井上雅郎、浴本亨、山根努、池口満徳
  • 学会等名: 第60回生物物理学会年会
  • 招待講演
• [学会発表] QM/MM simulations of artificial ion channel in membrane-water system (2022)
  • 著者名/発表者名: M. Nakagawa, T.Ekimoto, T. Yamane, K. Sato, K. Kinbara, M. Ikeguchi
  • 学会等名: 情報計算科学生物学会2022年大会
• [学会発表] 分子動力学シミュレーションの創薬応用とFMO法への期待 (2022)
  • 著者名/発表者名: 池口満徳
  • 学会等名: 情報計算科学生物学会2022年大会
  • 招待講演
• [学会発表] 構造生物学データを活用しAIと連携した分子動力学シミュレーション研究 (2022)
  • 著者名/発表者名: 池口満徳
  • 学会等名: 情報計算科学生物学会2022年大会
  • 招待講演
• [学会発表] アミノ酸トランスポーターLAT1の基質輸送シミュレーション (2022)
  • 著者名/発表者名: 吉田夏海、浴本亨、山根努、池口満徳
  • 学会等名: 第50回構造活性相関シンポジウム
• [学会発表] 膜水系における人工イオンチャネルのQM/MMシミュレーション (2022)
  • 著者名/発表者名: 中川真由子、浴本亨、山根努、佐藤浩平、金原数、池口満徳
  • 学会等名: 第50回構造活性相関シンポジウム
• [学会発表] Solution NMR analysis of a light-driven membrane protein (2022)
  • 著者名/発表者名: Hideo Takahashi
  • 学会等名: The 7th International Symposium on Drug Discovery and Design by NMR
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] 光照射溶液NMR技術を用いたプロトンポンプ型ロドプシンRxRの暗状態および光反応サイクル中間体における構造特性解析 (2022)
  • 著者名/発表者名: 鈴木里佳、廣西麗加、小島慧一、須藤雄気、長島敏雄、山崎俊夫、高橋栄夫
  • 学会等名: 第61回NMR討論会
• [学会発表] 溶液NMR法を用いたプロトンポンプ型ロドプシンTRとカロテノイドの相互作用解析 (2022)
  • 著者名/発表者名: 穂谷野知佳、鈴木里佳、廣畑雅史、村田武士、小島慧一、須藤雄気、高橋栄夫
  • 学会等名: 第45回日本分子生物学会年会
• [学会発表] 異なる膜環境におけるプロトンポンプ型ロドプシンRxRの熱安定性、構造および光反応サイクルの比較解析 (2022)
  • 著者名/発表者名: 菊間千滉、鈴木里佳、藤田陽、廣畑雅史、小島慧一、須藤雄気、高橋栄夫
  • 学会等名: 第45回日本分子生物学会年会
• [学会発表] 光照射溶液NMR法によるプロトンポンプ型ロドプシン RxRの光反応サイクル後期中間体の局所構造解析 (2022)
  • 著者名/発表者名: 廣西麗加、鈴木里佳、小島慧一、須藤雄気、長島敏雄、山崎俊夫、高橋栄夫
  • 学会等名: 第45回日本分子生物学会年会
• [学会発表] シャルコー・マリー・トゥース病関連変異型ミエリンタンパク質ゼロの機能構造解析 (2022)
  • 著者名/発表者名: 坂倉正義、三尾和弘、田辺幹雄、高橋栄夫
  • 学会等名: 日本薬学会第142年会
• [学会発表] ヒト L型アミノ酸トランスポーター1と阻害剤JPH203の結合構造予測 (2021)
  • 著者名/発表者名: 吉田夏海、浴本亨、山根努、鈴木登紀子、遠藤仁、池口満徳
  • 学会等名: 第21回日本蛋白質科学会年会
• [学会発表] 人工イオンチャネルの全原子分子動力学シミュレーション (2021)
  • 著者名/発表者名: 中川真由子、浴本亨、山根努、村岡貴博(東京農工大)、佐藤浩平、金原数、池口満徳
  • 学会等名: 第22回日本蛋白質科学会年会
• [学会発表] Activation Pathway of IL-2-inducible T-cell kinase Explored by Tree-Search Molecular Dynamics (2021)
  • 著者名/発表者名: 中居雪菜、浴本亨、山根努、小川直樹、寺山慧、池口満徳
  • 学会等名: 情報計算科学生物学会2021年大会
• [学会発表] Transport simulation of human LAT1-CD98hc complex (2021)
  • 著者名/発表者名: 吉田夏海、浴本亨、山根努、池口満徳
  • 学会等名: 情報計算科学生物学会2021年大会
• [学会発表] Interaction analysis of cyclic artificial ion channel AmFF (2021)
  • 著者名/発表者名: 中川真由子、山根努、浴本亨、佐藤浩平、金原数、池口満徳
  • 学会等名: 情報計算科学生物学会2021年大会
• [学会発表] Elucidation of interaction between neurotrophin receptor TrkAd5 and its binding peptide (2021)
  • 著者名/発表者名: 高橋真帆、浴本亨、鈴木里香、山根努、高橋栄夫、池口満徳
  • 学会等名: 情報計算科学生物学会2021年大会
• [学会発表] Comparison of molecular dynamics of cyclosporin A and cycrosporin E (2021)
  • 著者名/発表者名: 伊藤朱里、山根努、浴本亨、池口満徳
  • 学会等名: 情報計算科学生物学会2021年大会
• [学会発表] Inhibitor discovery targeting UHRF1 by MD simulations and biochemical analyses (2021)
  • 著者名/発表者名: 柴橋佑希、浴本亨、郡聡実、山根努、有田恭平、池口満徳
  • 学会等名: 情報計算科学生物学会2021年大会
• [学会発表] TS-MDによるInterleukin-2-inducible T-cell kinase活性化機構の解明 (2021)
  • 著者名/発表者名: 中居雪菜、浴本亨、山根努、小川直樹、寺山慧、池口満徳
  • 学会等名: 第49回構造活性相関シンポジウム
• [学会発表] 全原子分子動力学シミュレーションを使ったヒトL型アミノ酸トランスポーター LAT1のコンフォメーション変化の解析 (2021)
  • 著者名/発表者名: 吉田夏海、浴本亨、山根努、池口満徳
  • 学会等名: 第49回構造活性相関シンポジウム
• [学会発表] 環状人工イオンチャネルの相互作用解析 (2021)
  • 著者名/発表者名: 中川真由子・山根努・浴本亨・佐藤浩平、金原数・池口満徳
  • 学会等名: 第49回構造活性相関シンポジウム
• [学会発表] ニューロトロフィン受容体TrkAd5結合ペプチドのデザイン (2021)
  • 著者名/発表者名: 高橋真帆、浴本亨、山根努、鈴木里佳、高橋栄夫、池口満徳
  • 学会等名: 第49回構造活性相関シンポジウム
• [学会発表] 中分子シクロスポリンAとシクロスポリンEの分子ダイナミクスの比較 (2021)
  • 著者名/発表者名: 伊藤朱里、浴本亨、山根努、池口満徳
  • 学会等名: 第49回構造活性相関シンポジウム
• [学会発表] 維持メチル化因子UHRF1の阻害剤探索:MDを組み合わせたインシリコスクリーニング (2021)
  • 著者名/発表者名: 柴橋佑希、浴本亨、郡聡実、山根努、有田恭平、池口満徳
  • 学会等名: 第49回構造活性相関シンポジウム
• [学会発表] 硬質コルチコイド受容体の活性型変異S810Lに対する水分子の効果 (2021)
  • 著者名/発表者名: 武富啓、大田雅照、浴本亨、池口満徳
  • 学会等名: 第49回構造活性相関シンポジウム
• [学会発表] Transport mechanism of human LAT1-CD98hc complex studied by all-atom MD (2021)
  • 著者名/発表者名: 吉田夏海、浴本亨、山根努、池口満徳
  • 学会等名: 第59回日本生物物理学会年会
• [学会発表] Solution NMR analysis of Rubrobacter xylanophilus rhodopsin in different membrane-mimetic environments (2021)
  • 著者名/発表者名: Rika Suzuki, Masafumi Hirohata, Chika Hoyano, Keiichi Kojima, Yuki Sudo, and Hideo Takahashi
  • 学会等名: 22nd ICMRBS & 9th APNMR
  • 国際学会
• [学会発表] 生体発動分子の機能構造解析に向けた検討 (2021)
  • 著者名/発表者名: 鈴木里佳、廣畑雅史、穂谷野知佳、藤田陽、高橋栄夫
  • 学会等名: 第1回発動分子科学研究会
• [学会発表] 溶液NMR法を用いた光駆動プロトンポンプRxRの機能構造解析 (2021)
  • 著者名/発表者名: 鈴木里佳、廣畑雅史、穂谷野知佳、藤田陽、高橋栄夫
  • 学会等名: 第2回発動分子科学研究会
• [学会発表] 異なる膜様環境下におけるプロトンポンプ型ロドプシンRxRの機能および構造変化の解析 (2021)
  • 著者名/発表者名: 廣畑雅史、鈴木里佳、穂谷野知佳、藤田陽、吉田真帆子、村田武士、小島慧一、須藤雄気、高橋栄夫
  • 学会等名: 第44回日本分子生物学会年会
• [学会発表] プロトンポンプ型ロドプシンTRのNMR解析に向けた試料調製法の確立 (2021)
  • 著者名/発表者名: 穂谷野知佳、鈴木里佳、廣畑雅史、村田武士、小島慧一、須藤雄気、高橋栄夫
  • 学会等名: 第44回日本分子生物学会年会
• [学会発表] シャルコー・マリー・トゥース病関連変異がミエリンタンパク質ゼロの構造および機能に及ぼす影響の解明 (2021)
  • 著者名/発表者名: 坂倉正義、三尾和弘、田辺幹雄、高橋栄夫
  • 学会等名: 第44回日本分子生物学会年会
• [学会発表] 人工イオンチャネルの全原子分子動力学シミュレーション (2021)
  • 著者名/発表者名: 中川真由子、浴本亨、山根努、村岡貴博、佐藤浩平、金原数、池口満徳
  • 学会等名: 第 10 回日本生物物理学会関東支部会
• [学会発表] ヒト L型アミノ酸トランスポーター1と阻害剤JPH203の結合構造予測 (2021)
  • 著者名/発表者名: 吉田夏海、浴本亨、山根努、鈴木登紀子、遠藤仁、池口満徳
  • 学会等名: 第 10 回日本生物物理学会関東支部会
• [学会発表] 神経栄養因子NGF高親和性受容体TrkAドメイン5と新規結合ペプチドの相互作用解析 (2021)
  • 著者名/発表者名: 鈴木里佳、登坂綺水、浴本亨、高橋真帆、山根努、坂倉正義、水越弓子、竹内恒、嶋田一夫、池口満徳、高橋栄夫
  • 学会等名: 日本薬学会第140年会
• [学会発表] Regulation mechanism of agonist/antagonist activities of vitamin D receptor elucidated by generalized ensemble method (2020)
  • 著者名/発表者名: 浴本亨、工藤崇文、山根努、池口満徳
  • 学会等名: 第20回日本蛋白質科学会年会
• [学会発表] Comparison of molecular dynamics of cyclosporin A and cycrosporin E (2020)
  • 著者名/発表者名: 伊藤朱里、山根努、浴本亨、池口満徳
  • 学会等名: 第20回日本蛋白質科学会年会
• [学会発表] Elucidation of interaction between neurotrophin receptor TrkAd5 and its binding peptide (2020)
  • 著者名/発表者名: 高橋真帆、浴本亨、山根努、鈴木里香、高橋栄夫、池口満徳
  • 学会等名: 第20回日本蛋白質科学会年会
• [学会発表] 3D-RISM-AI: Prediction of protein-ligand binding free energy based on machine learning using 3D-RISM (2020)
  • 著者名/発表者名: 大崎和、山根努、浴本亨、池口満徳
  • 学会等名: 第20回日本蛋白質科学会年会
• [学会発表] 中分子シクロスポリンAとシクロスポリンEの分子ダイナミクスの比較 (2020)
  • 著者名/発表者名: 伊藤朱里、浴本亨、山根努、池口満徳
  • 学会等名: 第48回構造活性相関シンポジウム
• [学会発表] ニューロトロフィン受容体TrkAd5と結合ペプチド間の相互作用様式の解明 (2020)
  • 著者名/発表者名: 高橋真帆、浴本亨、山根努、鈴木里佳、高橋栄夫、池口満徳
  • 学会等名: 第48回構造活性相関シンポジウム
• [学会発表] 機械学習を用いた3D-RISMベースの結合自由エネルギー予測 (2020)
  • 著者名/発表者名: 大崎和、浴本亨、山根努、池口満徳
  • 学会等名: 第48回構造活性相関シンポジウム
• [学会発表] シクロスポリンAのCHARMM力場の開発 (2020)
  • 著者名/発表者名: 山根努、浴本亨、池口満徳
  • 学会等名: 第48回構造活性相関シンポジウム
• [学会発表] 溶液NMRを用いた微生物型プロトンポンプロドプシンRxRの機能・構造解析 (2020)
  • 著者名/発表者名: 廣畑雅史、鈴木里佳、小島慧一、吉田真帆子、村田武士、須藤雄気、高橋栄夫
  • 学会等名: 第43回日本分子生物学会年会
• [学会発表] Combination method of coarse-grained molecular dynamics simulations and small-angle x-ray scattering data (2020)
  • 著者名/発表者名: 浴本亨、小甲裕一、苙口友隆、池口満徳
  • 学会等名: Biophysical society 64th Annual Meeting
  • 国際学会
• [学会発表] Development of the CHARMM force field for cyclosporine A and application to molecular dynamics simulations using a membrane-water system (2020)
  • 著者名/発表者名: 山根努、高橋遼、伊藤朱里、浴本亨、池口満徳
  • 学会等名: Biophysical society 64th Annual Meeting
  • 国際学会
• [学会発表] In-silico analysis of artificial ion channels (2020)
  • 著者名/発表者名: 長村隆大、浴本亨、山根努、村岡高宏、金原数、池口満徳
  • 学会等名: The 1st International Symposium on Molecular Engine
  • 国際学会
• [学会発表] NMR analysis of functional expression mechanism of biomolecular engines (2020)
  • 著者名/発表者名: 鈴木里佳、吉田真帆子、廣畑雅史、高橋栄夫
  • 学会等名: The 1st International Symposium on Molecular Engine
  • 国際学会
• [学会発表] Phosphodiesterase阻害薬のファミリー蛋白質選択性に関するin silico解析 (2019)
  • 著者名/発表者名: 湯浅千紗、浴本亨、山根努、池口満徳
  • 学会等名: 第18回日本蛋白質科学会年会
• [学会発表] シクロスポリンAのCHARMM力場開発と膜-水系の分子シミュレーションへの応用 (2019)
  • 著者名/発表者名: 山根努、高橋遼、浴本亨、池口満徳
  • 学会等名: 第18回日本蛋白質科学会年会
• [学会発表] Ligand-bound forms of drug discovery target protein in solution studied by molecular dynamics simulations (2019)
  • 著者名/発表者名: 浴本亨、工藤崇文、山根努、池口満徳
  • 学会等名: 第57回日本生物物理学会年
• [学会発表] Regulation mechanism of agonistic/antagonistic activities of vitamin D receptor studied by generalized ensemble method (2019)
  • 著者名/発表者名: 工藤崇文、浴本亨、山根努、池口満徳
  • 学会等名: 第57回日本生物物理学会年
• [学会発表] All-atom molecular dynamics simulations of artificial ion channels (2019)
  • 著者名/発表者名: 長村隆大、浴本亨、山根努、村岡高宏、金原数、池口満徳
  • 学会等名: 第57回日本生物物理学会年
• [学会発表] Development of the CHARMM force field for Cyclosporine A and application to molecular dynamics simulations using a membrane-water system (2019)
  • 著者名/発表者名: 山根努、浴本亨、池口満徳
  • 学会等名: 第57回日本生物物理学会年
• [学会発表] Selectivity of phosphodiesterase-10A inhibitor for phosphodiesterase family elucidated by free energy perturbation approach (2019)
  • 著者名/発表者名: 浴本亨、湯浅千紗、山根努、池口満徳
  • 学会等名: 情報計算科学生物学会2019年大会
• [学会発表] Development of the CHARMM force field for Cyclosporine A and application to molecular dynamics simulations using a membrane-water system (2019)
  • 著者名/発表者名: 山根努、高橋遼、伊藤朱里、浴本亨、池口満徳
  • 学会等名: 情報計算科学生物学会2019年大会
• [学会発表] Regulation mechanism of agonistic/antagonistic activities of vitamin D receptor analyzed by generalized ensemble method (2019)
  • 著者名/発表者名: 工藤崇文、浴本亨、山根努、池口満徳
  • 学会等名: 情報計算科学生物学会2019年大会
• [学会発表] Artificial ion channels studied by All-atom molecular dynamics simulations (2019)
  • 著者名/発表者名: 長村隆大、浴本亨、山根努、村岡高宏、金原数、池口満徳
  • 学会等名: 情報計算科学生物学会2019年大会
• [学会発表] 3D-RISM-AI: A machine learning approach to predict protein-ligand binding affinity using 3D-RISM (2019)
  • 著者名/発表者名: 大崎和、山根努、浴本亨、池口満徳
  • 学会等名: 情報計算科学生物学会2019年大会
• [学会発表] 異なる分子パラメータを持つ複数分子系のシミュレーションプロトコルの構築 (2019)
  • 著者名/発表者名: 佐藤美和、佐藤昂人、鈴木南美、浴本亨、山根努、池口満徳
  • 学会等名: 第33回分子シミュレーション討論会
• [学会発表] ホスホジエステラーゼファミリータンパク質における選択性のインシリコ研究 (2019)
  • 著者名/発表者名: 浴本亨、湯浅千紗、山根努、池口満徳
  • 学会等名: 第47回構造活性相関シンポジウム
• [学会発表] 拡張アンサンブル法を用いたビタミンD受容体のアゴニスト/アンタゴニスト活性調節機構の研究 (2019)
  • 著者名/発表者名: 工藤崇文、浴本亨、山根努、池口満徳
  • 学会等名: 第47回構造活性相関シンポジウム
• [学会発表] 溶液NMR法を用いた界面活性剤ミセル中における膜タンパク質の比較構造解析 (2019)
  • 著者名/発表者名: 鈴木里佳、吉田真帆子、廣畑雅史、村田武士、小島慧一、須藤雄気、高橋栄夫
  • 学会等名: 第58回NMR討論会
• [学会発表] リコンビナーゼRad51と補助因子Swi5-Sfr1のNMR相互作用解析に向けた基盤研究 (2019)
  • 著者名/発表者名: 井出優希、坂倉正義、真木孝尚、岩崎博史、高橋栄夫
  • 学会等名: 第42回日本分子生物学会年会
• [学会発表] Rhomboid proteaseの様々な膜環境変化における酵素活性と熱安定性の評価 (2019)
  • 著者名/発表者名: 薬袋勇樹、畠山彩由子、平島かれん、坂倉正義、高橋栄夫
  • 学会等名: 第42回日本分子生物学会年会
• [学会発表] 異なる疑似膜環境中における耐熱性膜タンパク質RxRの構造安定性と機能の解析 (2019)
  • 著者名/発表者名: 吉田真帆子、鈴木里佳、廣畑雅史、村田武士、小島慧一、須藤雄気、高橋栄夫
  • 学会等名: 第42回日本分子生物学会年会
• [学会発表] NMR相互作用解析による創薬アプローチ (2019)
  • 著者名/発表者名: 高橋栄夫
  • 学会等名: 生有研シンポジウム「生体分子間に働く相互作用解析法の現状と今後の可能性」
  • 招待講演
• [学会発表] Elimination of Finite-size Effects on Binding Free Energies by the Warp-drive method (2019)
  • 著者名/発表者名: 浴本亨、山根努、池口満徳
  • 学会等名: Biophysical society 63th Annual Meeting
  • 国際学会
• [学会発表] An effective alchemical perturbation method eliminating finite-size effect on binding free energies (2018)
  • 著者名/発表者名: 浴本亨、山根努、池口満徳
  • 学会等名: 第56回日本生物物理学会年会
• [学会発表] Regulation mechanism of agonistic/antagonistic activities of vitamin D receptor studied by pharmacophore analysis (2018)
  • 著者名/発表者名: 工藤崇文、浴本亨、池口満徳
  • 学会等名: 第56回日本生物物理学会年会
• [学会発表] Development of the CHARMM force field for Cyclosporine A (2018)
  • 著者名/発表者名: 山根努、渡邊裕太、浴本亨、池口満徳
  • 学会等名: 第56回日本生物物理学会年会
• [学会発表] Molecular dynamics simulations of multidrug transporter AcrB (2018)
  • 著者名/発表者名: Mitsunori Ikeguchi
  • 学会等名: The 79th Okazaki Conference: Synthetic, Biological, and Hybrid Molecular Engines
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Molecular simulations for biomolecules using high performance computers (2018)
  • 著者名/発表者名: Mitsunori Ikeguchi
  • 学会等名: The 3rd International Symposium on Research and Education of Computational Science (RECS)
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] 分子動力学計算による構造生物学データを活用した構造ダイナミクス研究 (2018)
  • 著者名/発表者名: 池口満徳
  • 学会等名: 情報計算科学生物学会2018年大会
  • 招待講演
• [学会発表] Protein-ligand binding process studied by Markov state mode (2018)
  • 著者名/発表者名: 浴本亨、荒木望嗣、井阪悠太、山根努、奥野恭史、池口満徳
  • 学会等名: 情報計算科学生物学会2018年大会
• [学会発表] Development of the CHARMM force field for Cyclosporine A (2018)
  • 著者名/発表者名: 山根努、高橋遼、浴本亨、池口満徳
  • 学会等名: 情報計算科学生物学会2018年大会
• [学会発表] Study of regulation mechanism of agonistic/antagonistic activities of viramin D receptor ligand-binding domain (2018)
  • 著者名/発表者名: 工藤崇文、浴本亨、山根努、池口満徳
  • 学会等名: 情報計算科学生物学会2018年大会
• [学会発表] In silico binding affinity analysis for phosphodiesterase-10A inhibitors (2018)
  • 著者名/発表者名: 湯浅千紗、浴本亨、山根努、池口満徳
  • 学会等名: 情報計算科学生物学会2018年大会
• [学会発表] In silico protein-protein interaction analysis of axon guidance molecule semaphorin and receptor plexin (2018)
  • 著者名/発表者名: 下地恵令奈、山根努、浴本亨、永友芽里、禾晃和、池口満徳
  • 学会等名: 情報計算科学生物学会2018年大会
• [学会発表] ヒト疾患モデルと分子動力学によるGPCRのリガンド結合ーシグナル活性化の新たな連関機構の解明 (2018)
  • 著者名/発表者名: 栗原由紀子、浴本亨、北沢太郎、杉山諒、小谷理沙、内島恭信、池口満徳、栗原裕基
  • 学会等名: 第41回日本分子生物学会年会
• [学会発表] シグナル分子セマフォリンと受容体プレキシンの結合特異性に関する構造生物学的解析 (2018)
  • 著者名/発表者名: 田中翼、永友芽里、根谷崎牧子、大井里香、下地恵令奈、山根努、浴本亨、池口満徳、禾晃和
  • 学会等名: 第41回日本分子生物学会年会
• [学会発表] 分子動力学シミュレーションを用いたビタミンD受容体リガンド結合ドメインの溶液構造解析 (2018)
  • 著者名/発表者名: 浴本亨、工藤崇文、山根努、池口満徳
  • 学会等名: 第46回構造活性相関シンポジウム
• [学会発表] NMR analysis of the structural and functional stability of proteins (2018)
  • 著者名/発表者名: Hideo Takahashi
  • 学会等名: The 6th International Symposium on Drug Discovery and Design by NMR
  • 招待講演
• [学会発表] Methyl-selective 13C incorporation using alpha-ketoisovalerate for the yeast Pichia pastoris expression system (2018)
  • 著者名/発表者名: Rika Suzuki, Masayoshi Sakakura, Hideo Takahashi
  • 学会等名: XXVIII International Conference on Magnetic Resonance in Biological Systems
  • 国際学会
• [学会発表] NMRを用いたAMPA型グルタミン酸受容体リガンド結合ドメインの運動性解析 (2018)
  • 著者名/発表者名: 大久保優美、坂倉正義、横井誠矢、高橋栄夫
  • 学会等名: 第41回日本分子生物学会年会
• [学会発表] Rhomboid proteaseの活性メカニズム解明に向けた機能・構造解析 (2018)
  • 著者名/発表者名: 畠山彩由子、薬袋勇樹、長倉玲音、坂倉正義、高橋栄夫
  • 学会等名: 第41回日本分子生物学会年会
• [学会発表] 末梢神経ミエリンの膜重層化に関与するタンパク質MPZと脂質との相互作用解析 (2018)
  • 著者名/発表者名: 森雅樹、坂倉正義、三尾和弘、高橋栄夫
  • 学会等名: 第41回日本分子生物学会年会
• [図書] 先端の分析法 第2版 第2章2.多次元NMR測定 (2022)
  • 著者名/発表者名: 高橋栄夫
  • 出版者: エヌ・ティー・エス
  • ISBN: 9784860437374
• [図書] NMRによる有機材料分析とその試料前処理、データ解釈 第6章第5節 NMRによるペプチドの立体構造解析 (2021)
  • 著者名/発表者名: 坂倉正義、高橋栄夫
  • 出版者: 技術情報協会
  • ISBN: 9784861048609
• [図書] Integrative Structural Biology with Hybrid Methods, chapter 15, Hybrid Methods for Modeling Protein Structures Using Molecular Dynamics Simulations and Small-Angle X-Ray Scattering Data (2019)
  • 著者名/発表者名: Toru Ekimoto, Mitsunori Ikeguchi
  • 総ページ数: 22
  • 出版者: Springer
  • ISBN: 9789811321993