動植物ゲノム配列解析にもとづくヤポネシアへのヒトの移動の推定

• 研究領域: ゲノム配列を核としたヤポネシア人の起源と成立の解明
• 研究課題/領域番号: 18H05508
• 研究種目: 新学術領域研究(研究領域提案型)
• 配分区分: 補助金
• 審査区分: 複合領域
• 研究機関: 北海道大学
• 研究代表者: 鈴木 仁 北海道大学, 地球環境科学研究院, 名誉教授 (40179239)
• 研究分担者: 遠藤 俊徳 北海道大学, 情報科学研究院, 教授 (00323692) ; 坂井 寛章 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 高度分析研究センター, ユニット長 (20455322) ; 増田 隆一 北海道大学, 理学研究院, 教授 (80192748) ; 伊藤 剛 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 高度解析センター, チーム長 (80356469)
• 研究期間 (年度): 2018-06-29 – 2023-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2022年度)
• 配分額: 98,280千円 (直接経費: 75,600千円、間接経費: 22,680千円); 2022年度: 19,240千円 (直接経費: 14,800千円、間接経費: 4,440千円); 2021年度: 19,240千円 (直接経費: 14,800千円、間接経費: 4,440千円); 2020年度: 19,240千円 (直接経費: 14,800千円、間接経費: 4,440千円); 2019年度: 19,240千円 (直接経費: 14,800千円、間接経費: 4,440千円); 2018年度: 21,320千円 (直接経費: 16,400千円、間接経費: 4,920千円)
• キーワード: ハツカネズミ / クマネズミ / ジャコウネズミ / イネ / ヒグマ / ゲノム / 先史時代 / 縄文・弥生時代 / 全ゲノム解析 / ヒョウタン / ヒト随伴動植物 / ヤポネシア / 動植物 / 系統地理学 / オーストロネシア語族 / ヒト随伴動物 / 第四紀環境変動 / 縄文時代・弥生時代 / 第四紀後期環境変動 / マウス / ヒト随伴野生生物

研究成果の概要

ゲノム学的解析に基づきハツカネズミを中心に住家性小型哺乳類のヒトに帯同した時空間動態を解明するとともに、過去１万年間のアジア東部のイネとアワの先史農耕の地理的展開との関係性を示すことができた。イネの大規模なゲノムデータ解析に基づき、日本列島の集団構造と東アジア地域における類縁関係、さらには古代米のルーツを示すことができた。ヒョウタンのNGS解析データに基づく分子系統ネットワーク解析を行い、移動経路に関する仮説を提示した。北海道ヒグマの集団構造についてゲノム学的解析に基づく地理的構造を示すことができた。また、北海道とエトロフ島の個体群にホッキョクグマの遺伝子流入があることを示唆することができた。

研究成果の学術的意義や社会的意義

本研究では、先史時代にヒトの移動と共に日本列島に導入された動植物に関し、高精度なゲノムデータを提供した。ヤポネシア人の起源や集団動態に関する研究に有益な情報を提供するだけでなく、考古学、古気候学、生物医学（特にマウス）、獣医学（特にラット）、農学（特にイネ）などの研究において今後とも重要な情報資源基盤の構築を行うことができた。さらに、北海道を含む新旧大陸において北方文化（クマ送り儀礼など）に深く関わったヒグマのゲノム解析から、その移動の歴史や個体群動態を明らかにすることができた。この研究の成果は、人間の精神文化と自然の相互作用を深く理解するために重要な示唆を与えていくと期待される。

研究成果

• [雑誌論文] 大規模ゲノム情報を活かすプラットフォームTASUKE の開発と活用の現状 (2023)
  • 著者名/発表者名: 熊谷 真彦、坂井 寛章
  • 雑誌名: 農研機構研究報告 巻: 2023 号: 13 ページ: 89-97
  • DOI: 10.34503/naroj.2023.13_89
  • ISSN: 2434-9895, 2434-9909
  • 年月日: 2023-03-31
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Phylogeography of the Altai weasel (Carnivora: Mustelidae: Mustela altaica) based on an analysis of mitochondrial control-region haplotype (2023)
  • 著者名/発表者名: Suzuki, N., Abramov, A.V., Amaike, Y., Nishita, Y., and Masuda, R.
  • 雑誌名: Biological Journal of the Linnean Society 巻: 138 号: 3 ページ: 274-281
  • DOI: 10.1093/biolinnean/blac148
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Diversity of mitochondrial D-loop haplotypes from ancient Thracian horses in Bulgaria. (2023)
  • 著者名/発表者名: Nishita, Y., Amaike, Y., Spassov, N., Hristova, L., Kostov, D., Vladova, D., Peeva, S., Raichev, E., Vlaeva, R., and Masuda, R.
  • 雑誌名: Animal Science Journal 巻: 94 号: 1
  • DOI: 10.1111/asj.13810
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Whole-genome sequencing analysis of wild house mice (<i>Mus musculus</i>) captured in Madagascar (2022)
  • 著者名/発表者名: Kazumichi Fujiwara, Marie C. Ranorosoa, Satoshi D. Ohdachi, Satoru Arai, Yuki Sakuma, Hitoshi Suzuki, Naoki Osada
  • 雑誌名: Genes & Genetic Systems 巻: 97 号: 4 ページ: 193-207
  • DOI: 10.1266/ggs.22-00090
  • ISSN: 1341-7568, 1880-5779
  • 年月日: 2022-08-01
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Quaternary Environmental Changes Shaped Mitochondrial DNA Diversity in the Large Japanese Wood Mouse Apodemus speciosus in Hokkaido, Japan (2022)
  • 著者名/発表者名: Yuta Inoue, Yutaro Suzuki, Kaori Hanazaki, Hitoshi Suzuki
  • 雑誌名: Mammal Study 巻: 47 号: 4 ページ: 249-259
  • DOI: 10.3106/ms2021-0050
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Insights into Mus musculus population structure across Eurasia revealed by whole-genome analysis (2022)
  • 著者名/発表者名: Fujiwara K., Kawai Y., Takada T., Shiroishi T., Saitou N., Suzuki H., and Osada N
  • 雑誌名: Genome Biology and Evolution 巻: 14(5) 号: 5 ページ: 1-14
  • DOI: 10.1093/gbe/evac068
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Comparison of microsatellite and the MHC class II DRB locus diversity of raccoon dogs (Nyctereutes procyonoides) between Finland and Japan (2022)
  • 著者名/発表者名: Sugiyama, Y., Nishita, Y., Amaike, Y., Oksanen, A., Lavikainen, A., and Masuda, R.
  • 雑誌名: Annales Zoologici Fennici 巻: 60 号: 1 ページ: 57-71
  • DOI: 10.5735/086.060.0108
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Diversity of the MHC class II DRB gene in the wolverine (Carnivora: Mustelidae: Gulo gulo) in Finland (2022)
  • 著者名/発表者名: Sugiyama, Y., Nishita, Y., Lansink, G.M.J., Holmala, K. Aspi, J., and Masuda, R.
  • 雑誌名: PLOS ONE 巻: 17 号: 5 ページ: e0267609-e0267609
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0267609
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Genetic diversity and phylogeography of urban hedgehogs (Erinaceus europaeus) around Helsinki, Finland, revealed by mitochondrial DNA and microsatellite analyses (2022)
  • 著者名/発表者名: Osaka, M., Pynnonen-Oudman, K., Lavikainen, A., Amaike, Y., Nishita, Y., and Masuda, R.
  • 雑誌名: Mammal Research 巻: 67 号: 1 ページ: 99-107
  • DOI: 10.1007/s13364-021-00603-5
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Genetic Insights Into the introduction history of Black Rats Into the Eastern Indian ocean. (2022)
  • 著者名/発表者名: Vicki A A Thomson, Andrew S Wiewel, Russell Palmer, Neil Hamilton, Dave Algar, Caitlyn Pink, Harriet Mills, Ken P Aplin, Geoffrey Clark, Atholl Anderson, Michael B Herrera, Steven Myers, Terry Bertozzi, Philip J Piper, Hitoshi Suzuki, Steve Donnellan
  • 雑誌名: Front. Ecol. Evol. 巻: -
  • DOI: 10.3389/fevo.2021.786510
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] 第四紀後期のユーラシアを舞台とする小型哺乳類の進化的動態と人類拡散との関わり (2022)
  • 著者名/発表者名: 鈴木仁
  • 雑誌名: 旧石器研究 巻: 18
  • 査読あり
• [雑誌論文] Temporal dynamics of mildly deleterious nonsynonymous substitutions in mitochondrial gene sequences in rodents and moles. (2022)
  • 著者名/発表者名: Inoue Y. and Suzuki H.
  • 雑誌名: Genes & Genet Systems 巻: -
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Population genetic structure and diversity of the East Balkan Swine (Sus scrofa) in Bulgaria, revealed by mitochondrial DNA and microsatellite analyses. (2022)
  • 著者名/発表者名: Ishikawa, K., Doneva, R., Raichev, E.G., Peeva, S., Doichev, V.D., Amaike, Y., Nishita, Y., Kaneko, Y., and Masuda, R.
  • 雑誌名: Animal Science Journal 巻: 92 号: 1
  • DOI: 10.1111/asj.13630
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] 石狩低地帯と北海道の動物地理的特徴 (2022)
  • 著者名/発表者名: 増田隆一
  • 雑誌名: 北海道の自然 巻: 60 ページ: 11-18
  • 査読あり
• [雑誌論文] Phylogeographic study using nuclear genome sequences of <i>Asip</i> to infer the origins of ventral fur color variation in the house mouse <i>Mus musculus</i> (2021)
  • 著者名/発表者名: Takeishi, T., Fujiwara, K., Osada, N., Mita, A., Takada, T., Shiroishi, T., and Suzuki, H.
  • 雑誌名: Genes & Genetic Systems 巻: 96 号: 6 ページ: 271-284
  • DOI: 10.1266/ggs.21-00075
  • ISSN: 1341-7568, 1880-5779
  • 年月日: 2021-12-01
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] A 1-bp deletion in <i>Mc1r</i> in a Norway rat (<i>Rattus norvegicus</i>) from Sado Island, Japan gives rise to a yellowish color variant: an insight into mammalian <i>MC1R</i> variants (2021)
  • 著者名/発表者名: Tsunoi, T., Noju, K., Eto, T., Suzuki, H.
  • 雑誌名: Genes & Genetic Systems 巻: 96 号: 2 ページ: 89-97
  • DOI: 10.1266/ggs.20-00049
  • NAID: 130008064672
  • ISSN: 1341-7568, 1880-5779
  • 年月日: 2021-04-01
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Morphological and molecular recharacterization of the rodent genus Mus from Nepal based on museum specimens. (2021)
  • 著者名/発表者名: Kishimoto, M., Kato, M., Suzuki, H.
  • 雑誌名: Mammal Study 巻: 46 号: 4 ページ: 1-12
  • DOI: 10.3106/ms2020-0065
  • NAID: 40022723834
  • 査読あり
• [雑誌論文] Identification, genetic variation, and structural analysis of 18S rRNA of Theileria orientalis and Theileria velifera-like isolates from Myanmar. (2021)
  • 著者名/発表者名: Bawm S, Sagara R, Kakisaka K, Thu MJ, Hmoon MM, Htun LL, Mar Mar Win, Nonaka N, Makao R, Suzuki H, Katakura, K.
  • 雑誌名: Parasitology International 巻: 82 ページ: 102299-102299
  • DOI: 10.1016/j.parint.2021.102299
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Rodent-Borne Orthohantaviruses in Vietnam, Madagascar and Japan. (2021)
  • 著者名/発表者名: Kikuchi F, Senoo K, Arai S, Tsuchiya K Son NT, Motokawa M, Ranorosoa MC, Bawm S, Lin KS, Suzuki H, Unno A, Nakata K, Harada M, Tanaka-Taya K, Morikawa S, Suzuki M, Mizutani T, Yanagihara R.
  • 雑誌名: Viruses 巻: 13 号: 7 ページ: 1343-1343
  • DOI: 10.3390/v13071343
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Whole-genome sequencing analysis reveals the population history of Mus musculus in Madagascar. (2021)
  • 著者名/発表者名: Fujiwara, K., Ranorosoa, M. C., Ohdachi, S. D., Arai, S., Sakuma, Y., Suzuki, H., Osada, N.
  • 雑誌名: bioRxiv 巻: -
  • DOI: 10.1101/2021.09.10.459745
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] ハツカネズミに見るアジア先史農耕の陸海展開ルート (2021)
  • 著者名/発表者名: 鈴木仁
  • 雑誌名: ビオストーリー 巻: 36 ページ: 10-17
• [雑誌論文] 日本列島のクマネズミはどこからやってきたのか？ (2021)
  • 著者名/発表者名: 甲斐一・鈴木仁
  • 雑誌名: ビオストーリー 巻: 36 ページ: 18-23
• [雑誌論文] Demographic history of the brown bear (Ursus artcos) on Hokkaido Island, Japan, based on whole-genomic sequence analysis. Genome Biology and Evolution (2021)
  • 著者名/発表者名: Endo, Y., Osada, N., Mano, T., and Masuda, R.
  • 雑誌名: Genome Biology and Evolution 巻: - 号: 9
  • DOI: 10.1093/gbe/evab195
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Population dynamics in the Japanese Archipelago since the Pleistocene revealed by the complete mitochondrial genome sequences. (2021)
  • 著者名/発表者名: Mizuno, F., Gojobori, J., Kumagai, M., Baba, H., Taniguchi, Y., Kondo, O., Matsushita, M., Matsushita, T., Matsuda, F., Higasa, K., Hayashi, M., Wang, L., Kurosaki, K. and Ueda, S.
  • 雑誌名: Scientific Reports 巻: 11 号: 1 ページ: 1-11
  • DOI: 10.1038/s41598-021-91357-2
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Development of an SSR marker-based genetic linkage map and identification of a QTL associated with flowering time in <i>Eustoma</i> (2021)
  • 著者名/発表者名: Kawakatsu, K., Yagi, M., Harada, T., Yamaguchi, H., Itoh, T., Kumagai, M., Itoh, R., Numa, H., Katayose, Y., Kanamori, H., Kurita, K., Fukuta, N.
  • 雑誌名: Ｂｒｅｅｄｉｎｇ Ｓｃｉｅｎｃｅ 巻: 71 号: 3 ページ: 344-353
  • DOI: 10.1270/jsbbs.20100
  • NAID: 130008069056
  • ISSN: 1344-7610, 1347-3735
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] The time-dependent evolutionary rate of mitochondrial DNA in small mammals inferred from biogeographic calibration points with reference to the late Quaternary environmental changes in the Japanese archipelago (2021)
  • 著者名/発表者名: Hitoshi Suzuki
  • 雑誌名: Ａｎｔｈｒｏｐｏｌｏｇｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅ 巻: 129 号: 1 ページ: 23-34
  • DOI: 10.1537/ase.201201
  • NAID: 130008030438
  • ISSN: 0918-7960, 1348-8570
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Influence of Quaternary environmental changes on mole populations inferred from mitochondrial sequences and evolutionary rate estimation. (2021)
  • 著者名/発表者名: 2.Nakamoto A, Harada M, Mitsuhashi R, Tsuchiya K, Kryukov AP, Shinohara A, Suzuki H.
  • 雑誌名: Zoological Letters 巻: - 号: 1
  • DOI: 10.1186/s40851-021-00169-9
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] House mouse Mus musculus dispersal in East Eurasia inferred from 98 newly determined complete mitochondrial genome sequences. (2021)
  • 著者名/発表者名: Li Y, Fujiwara K, Osada N, Kawai Y, Takada T, Kryukov AP, Abe K, Yonekawa H, Shiroishi T, Moriwaki K, Saitou N, Suzuki H
  • 雑誌名: Heredity 巻: 126 号: 1 ページ: 132-147
  • DOI: 10.1038/s41437-020-00364-y
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Investigation of the Genetic Diversity of a Rice Core Collection of Japanese Landraces using Whole-Genome Sequencing (2020)
  • 著者名/発表者名: Tanaka Nobuhiro、Shenton Matthew、Kawahara Yoshihiro、Kumagai Masahiko、Sakai Hiroaki、Kanamori Hiroyuki、Yonemaru Jun-ichi、Fukuoka Shinichi、Sugimoto Kazuhiko、Ishimoto Masao、Wu Jianzhong、Ebana Kaworu
  • 雑誌名: Plant and Cell Physiology 巻: 61 号: 12 ページ: 2087-2096
  • DOI: 10.1093/pcp/pcaa125
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Mouse hair significantly lightened through replacement of the cysteine residue in the N-terminal domain of Mc1r using the CRISPR/Cas9 system. (2020)
  • 著者名/発表者名: Suzuki H, Kinoshita G, Tsunoi T, Noju M, Araki K.
  • 雑誌名: Journal of Heredity 巻: 111 号: 7 ページ: 640-645
  • DOI: 10.1093/jhered/esaa054
  • NAID: 120007160279
  • 査読あり
• [雑誌論文] Evolutionary History of the Subgenus Mus in Eurasia with Special Emphasis on the House Mouse Mus musculus. (2020)
  • 著者名/発表者名: Hitoshi Suzuki
  • 雑誌名: Records of the Australian Museum 巻: 72 号: 5 ページ: 317-323
  • DOI: 10.3853/j.2201-4349.72.2020.1727
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Phylogenetic relationships of ancient brown bears (Ursus arctos) on Sakhalin Island, revealed by APLP and PCR-direct sequencing analyses of mitochondrial DNA. (2020)
  • 著者名/発表者名: 2.Mizumachi, K., Gorbunov, S.V., Vasilevski, A.A., Amano, T., Ono, H., Kosintsev, P.A., Hirata, D., Nishita, Y., and Masuda, R.
  • 雑誌名: Mammal Research 巻: 66 号: 1 ページ: 95-102
  • DOI: 10.1007/s13364-020-00542-7
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Mitochondrial haplogrouping of the ancient brown bears (Ursus arctos) in Bulgaria, revealed by the APLP method. (2020)
  • 著者名/発表者名: 3.Mizumachi, K., Spassov, N., Kostov, D., Raichev, E.G., Peeva, S., Hirata, D., Nishita, Y., Kaneko, Y., and Masuda, R.
  • 雑誌名: Mammal Research 巻: 65 号: 2 ページ: 413-421
  • DOI: 10.1007/s13364-020-00482-2
• [雑誌論文] 哺乳類学の最前線で活躍するにはどうしたらよいか (2020)
  • 著者名/発表者名: 増田隆一
  • 雑誌名: 哺乳類科学 巻: 60 号: 2 ページ: 377-384
  • DOI: 10.11238/mammalianscience.60.377
  • NAID: 130007884413
  • ISSN: 0385-437X, 1881-526X
• [雑誌論文] Molecular evolution of MHC class II DRB exon 2 in Japanese and Russian raccoon dogs, Nyctereutes procyonoides (Carnivora: Canidae). (2020)
  • 著者名/発表者名: Bartocillo, A.M., Nishita, Y., Abramov, A.V. and Masuda, R.
  • 雑誌名: Biological Journal of the Linnean Society 巻: 129 号: 1 ページ: 61-73
  • DOI: 10.1093/biolinnean/blz153
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Phylogeography of the Siberian weasel (Mustela sibirica), based on a mitochondrial DNA analysis. (2020)
  • 著者名/発表者名: Ishikawa, K., Abramov, A.V., Amaike, Y., Nishita, Y. and Masuda, R.
  • 雑誌名: Biological Journal of the Linnean Society 巻: 129 号: 3 ページ: 587-593
  • DOI: 10.1093/biolinnean/blz202
  • 査読あり
• [雑誌論文] Comprehensive genome-wide identification of angiosperm upstream ORFs with peptide sequences conserved in various taxonomic ranges using a novel pipeline, ESUCA. (2020)
  • 著者名/発表者名: Hiro Takahashi, Noriya Hayashi, Yuta Hiragori, Shun Sasaki, Taichiro Motomura, Yui Yamashita, Satoshi Naito, Anna Takahashi, Kazuyuki Fuse, Kenji Satou, Toshinori Endo, Shoko Kojima, Hitoshi Onouchi
  • 雑誌名: BMC Genomics 巻: in press
  • 査読あり
• [雑誌論文] Late Pleistocene climate change and population dynamics of Japanese Myodes voles inferred from mitochondrial cytochrome b sequences. (2019)
  • 著者名/発表者名: Asuka Honda, Shota Murakami, Masashi Harada, Kimiyuki Tsuchiya, Gohta Kinoshita, Hitoshi Suzuki
  • 雑誌名: Journal of Mammalogy 巻: 100 号: 4 ページ: 1156-1168
  • DOI: 10.1093/jmammal/gyz093
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Contrasting phylogeographic histories between the continent and islands of East Asia: Massive mitochondrial introgression and long-term isolation of hares (Lagomorpha: Lepus) (2019)
  • 著者名/発表者名: Gohta Kinoshita, Mitsuo Nunome, Alexey P Kryukov, Irina V. Kartavtseva, San-Hoon Han, Fumio Yamada, Hitoshi Suzuki
  • 雑誌名: Molecular Phylogenetics and Evolution 巻: 136 ページ: 65-75
  • DOI: 10.1016/j.ympev.2019.04.003
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Multiple conserved elements structuring inverted repeats in the mammalian coat color-related gene Asip (2019)
  • 著者名/発表者名: Sakuma Y., Matsunami M., Takada T., and Suzuki H.
  • 雑誌名: Zoological Science 巻: 36 号: 1 ページ: 23-30
  • DOI: 10.2108/zs180081
  • NAID: 40021802414
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] ヤポネシアの哺乳類の系統学的特性 (2019)
  • 著者名/発表者名: 鈴木仁
  • 雑誌名: ANIMATE 巻: 15 ページ: 10-17
• [雑誌論文] Achiasmy and sex chromosome evolution. (2019)
  • 著者名/発表者名: Kazuhiro Satomura, Naoki Osada, and Toshinori Endo
  • 雑誌名: Ecological Genetics and Genomics 巻: 129 ページ: 100046-100046
  • DOI: 10.1016/j.egg.2019.100046
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Late Pleistocene climate change and population dynamics of Japanese Myodes voles inferred from mitochondrial cytochrome b sequences. (2019)
  • 著者名/発表者名: Asuka Honda, Shota Murakami, Masashi Harada, Kimiyuki Tsuchiya, Gohta Kinoshita, and Hitoshi Suzuki.
  • 雑誌名: Journal of Mammalogy 巻: 印刷中
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] ESUCA: a pipeline for genome-wide identification of upstream open reading frames with evolutionarily conserved sequences and determination of the taxonomic range of their conservation (2019)
  • 著者名/発表者名: Takahashi Hiro、Hayashi Noriya、Yamashita Yui、Naito Satoshi、Takahashi Anna、Fuse Kazuyuki、Endo Toshinori、Kojima Shoko、Onouchi Hitoshi
  • 雑誌名: bioRxiv 巻: -
  • DOI: 10.1101/524090
• [雑誌論文] Variation in pancreatic amylase gene copy number among Eurasian badgers (Carnivora, Mustelidae, Meles) and its relationship to diet (2019)
  • 著者名/発表者名: Abduriyim S.、Nishita Y.、Abramov A. V.、Solovyev V. A.、Saveljev A. P.、Kosintsev P. A.、Kryukov A. P.、Raichev E.、Vainola R.、Kaneko Y.、Masuda R.
  • 雑誌名: Journal of Zoology 巻: 印刷中 号: 1 ページ: 28-36
  • DOI: 10.1111/jzo.12649
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Genetic diversity of MHC class II DRB alleles in the marbled polecat, Vormela peregusna, in Bulgaria. (2019)
  • 著者名/発表者名: Nishita, Y., Spassov, N., Peeva, S., Raichev, E.G., Kaneko, Y., and Masuda, R
  • 雑誌名: Ethology, Ecology and Evolution 巻: 31 号: 1 ページ: 59-72
  • DOI: 10.1080/03949370.2018.1486887
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Hybridization between the European and Asian badgers (Meles, Carnivora) in the Volga-Kama region, revealed by analyses of maternally, paternally and biparentally inherited genes. (2019)
  • 著者名/発表者名: Kinoshita, E., Abramov, A.V., Soloviev, V.A., Saveljev, A.P., Nishita, Y., Kaneko, Y., and Masuda, R.
  • 雑誌名: Mammalian Biology 巻: 94 ページ: 140-148
  • DOI: 10.1016/j.mambio.2018.05.003
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] A perspective for resolving the systematics of Rattus, the vertebrates with the most influence on human welfare. (2018)
  • 著者名/発表者名: Thomson, V., Wiewel, A., Chinen, A., Maryanto, I., Sinaga, M. H., How, R., Aplin, K., Suzuki, H.
  • 雑誌名: Zootaxa 巻: 4459 号: 3 ページ: 431-452
  • DOI: 10.11646/zootaxa.4459.3.2
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Evolutionary Dynamics of Copy Number and Meiotic Recombination in Murine 5S rDNA: Possible Involvement of Natural Selection. (2018)
  • 著者名/発表者名: Miyu Isobe, Mitsuo Nunome, Ken Katakura, Hitoshi Suzuki
  • 雑誌名: Journal of Molecular Evolution 巻: 86 号: 5 ページ: 312-323
  • DOI: 10.1007/s00239-018-9848-6
  • NAID: 120006643587
  • 査読あり
• [雑誌論文] Quaternary-related genetic differentiation and parallel population dynamics of the Eurasian Jay (Garrulus glandarius) in the circum-Japan Sea region. (2018)
  • 著者名/発表者名: Daisuke Aoki, Gohta Kinoshita, Alexey P. Kryukov, Isao Nishiumi, Sangim Lee, Hitoshi Suzuki
  • 雑誌名: Journal of Ornithology 巻: 159 号: 4 ページ: 1087-1097
  • DOI: 10.1007/s10336-018-1573-9
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Comprehensive phylogenomic analysis reveals a novel cluster of simian endogenous retroviral sequences in Colobinae monkeys (2018)
  • 著者名/発表者名: Ikeda Masaki、Satomura Kazuhiro、Sekizuka Tsuyoshi、Hanada Kentaro、Endo Toshinori、Osada Naoki
  • 雑誌名: American Journal of Primatology 巻: 80 号: 7
  • DOI: 10.1002/ajp.22882
  • NAID: 120006643589
  • 査読あり
• [雑誌論文] Evolution of MHC class I genes in Eurasian badgers, genus Meles (Carnivora, Mustelidae) (2018)
  • 著者名/発表者名: Abduriyim Shamshidin、Nishita Yoshinori、Kosintsev Pavel A.、Raichev Evgeniy、Vainola Risto、Kryukov Alexey P.、Abramov Alexei V.、Kaneko Yayoi、Masuda Ryuichi
  • 雑誌名: Heredity 巻: 122 号: 2 ページ: 205-218
  • DOI: 10.1038/s41437-018-0100-3
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Genetic diversity of MHC class II DRB alleles in the continental and Japanese populations of the sable Martes zibellina (Mustelidae, Carnivola, Mammalia) (2018)
  • 著者名/発表者名: Nishita, Y., Abramov, A.V., Murakami, T., and Masuda, R.
  • 雑誌名: Mammal Research 巻: 63 号: 3 ページ: 369-378
  • DOI: 10.1007/s13364-018-0366-0
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Low genetic diversity in an isolated red fox (Vulpes vulpes) population on Mt. Hakodate, Japan, revealed by microsatellite analyses of fecal samples. (2018)
  • 著者名/発表者名: Amaike, Y., Murakami, T., and Masuda, R.
  • 雑誌名: Mammal Study 巻: 43 号: 3 ページ: 141-152
  • DOI: 10.3106/ms2017-0055
  • NAID: 120006716320
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Genetic Diversity of MHC Class II DRB1 Exon 2 in the Red Fox (Vulpes vulpes) on Hokkaido, Japan (2018)
  • 著者名/発表者名: Amaike Yosuke、Nishita Yoshinori、Uraguchi Kohji、Masuda Ryuichi
  • 雑誌名: Zoological Science 巻: 35 号: 5 ページ: 402-410
  • DOI: 10.2108/zs170211
  • NAID: 210000179520
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Low genetic variation in the MHC class II DRB gene and MHC-linked microsatellites in endangered island populations of the leopard cat (Prionailurus bengalensis) in Japan. (2018)
  • 著者名/発表者名: Saka, T., Nishita, Y., and Masuda, R.
  • 雑誌名: mmunogenetics 巻: 70 号: 2 ページ: 115-124
  • DOI: 10.1007/s00251-017-1020-8
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] 乳類の系統地理を探る～ヒグマの移動史 (2018)
  • 著者名/発表者名: 増田隆一
  • 雑誌名: 生物科学 巻: 70 ページ: 25-30
• [雑誌論文] 遺伝子が解き明かす北海道の生物地理 (2018)
  • 著者名/発表者名: 増田隆一
  • 雑誌名: ビオヒストリー 巻: 30 ページ: 12-15
• [学会発表] Hybridization between brown bears Ursus arctos and related species (2023)
  • 著者名/発表者名: Yu ENDO, Naoki OSADA, Tsutomu MANO, Alexei V. ABRAMOV, Ryuichi MASUDA
  • 学会等名: The 69th Annual Meeting of the Ecological Society of Japan
• [学会発表] 受け継がれるハツカネズミの進化史学 (2022)
  • 著者名/発表者名: 鈴木仁
  • 学会等名: 日本遺伝学会大会
  • 招待講演
• [学会発表] 野生ハツカネズミ(Mus musculus)のゲノムからみる人と米の道 (2022)
  • 著者名/発表者名: 鈴木仁
  • 学会等名: 東京都医学総合研究セミナー
  • 招待講演
• [学会発表] 日本産野生ハツカネズミにおける適応進化にかかわるゲノム領域の探索 (2022)
  • 著者名/発表者名: 久保俊平、藤原一道、遠藤俊徳、鈴木仁、長田直樹
  • 学会等名: 久保俊平、藤原一道、遠藤俊徳、鈴木仁、長田直樹
• [学会発表] 野生ハツカネズミの全ゲノム集団解析：亜種間比較と移住・混合様式の解明 (2022)
  • 著者名/発表者名: 藤原一道，鈴木仁，長田直樹
  • 学会等名: 日本分子生物学会
• [学会発表] マダガスカル産野生ハツカネズミの全ゲノム配列を用いた遺伝的背景の解明 (2022)
  • 著者名/発表者名: 藤原一道, Marie C. Ranorosoa, 大舘智志, 新井智, 佐久間有希, 鈴木仁, 長田直樹
  • 学会等名: 日本遺伝学会
• [学会発表] ヤポネシアにおけるイネ受容の歴史をゲノム情報から探る (2022)
  • 著者名/発表者名: 熊谷 真彦、坂井 寛章
  • 学会等名: 日本進化学会
• [学会発表] ヤポネシアにおけるイネ受容の歴史をゲノム情報から探る (2022)
  • 著者名/発表者名: 熊谷 真彦、坂井 寛章
  • 学会等名: 日本遺伝学会
• [学会発表] 縄文糞石のDNAメタバーコーディングによる植物性摂食物の同定 (2022)
  • 著者名/発表者名: 熊谷真彦、谷野彰勇、若林賢、塩野貴之、高木世里、片岡新、鵜野愛美、稲田健一、鯵本眞友美、和久大介、覚張隆史、澤藤りかい、小金渕佳江、勝村啓史、小川元之、米田穣、太田博樹
  • 学会等名: 日本人類学会大会
• [学会発表] 古代土壌ゲノム解析にむけたDNA精製・濃縮法の開発 (2022)
  • 著者名/発表者名: 片岡新、谷野彰勇、小金渕佳江、渡部裕介、鰺本眞由美、熊谷真彦、勝村啓史、小川元之、太田博樹
  • 学会等名: 日本人類学会大会
• [学会発表] TASUKE+: A Web-Based Platform for Visualizing Large-Scale Resequencing Data and GWAS (2022)
  • 著者名/発表者名: Kumagai M, Tabei N, Kawahara Y, Sakai H, and Itoh T
  • 学会等名: Plant and Animal Genomes 30, Jan 2023, CA USA
  • 国際学会
• [学会発表] RAD-seqと全ゲノムデータに基づく広範な地域のヒョウタンの地理的分岐モデルを推定する集団遺伝解析 (2022)
  • 著者名/発表者名: 渡部大、長田直樹、湯浅浩史、遠藤俊徳
  • 学会等名: 日本遺伝学会
• [学会発表] ヒグマ学とうんち学 ～ 動物の進化と多様性を探る ～ (2022)
  • 著者名/発表者名: 増田隆一
  • 学会等名: 第46回湧別町民 大学(湧別町民大学実行委員会主催)
  • 招待講演
• [学会発表] うんち学入門 生き物にとって「排泄物」とは何か (2022)
  • 著者名/発表者名: 増田隆一
  • 学会等名: 第20回消化管先進画 像診断研究会(GAIA)特別講演
  • 招待講演
• [学会発表] ブルガリアの哺乳類、自然、文化 (2022)
  • 著者名/発表者名: 増田隆一
  • 学会等名: 日本哺乳類学会
• [学会発表] うんち学への招待 (2022)
  • 著者名/発表者名: 増田隆一
  • 学会等名: 北海道 to the future プロジェクト presents 北大 ・HBC(北海道放送)子どもSDGs大学
  • 招待講演
• [学会発表] ddRAD-seq法による、オスに偏った分散がヒグマの島嶼個体群形成に及ぼす影響 (2022)
  • 著者名/発表者名: 遠藤優, 長田直樹, 間野勉, 永野惇, 増田隆一
  • 学会等名: 日本哺乳類学会
• [学会発表] ヒグマはどのように分散し、定着したか？～;全ゲノム解析によるユーラシア内陸部と島嶼のヒグマの移動史～ (2022)
  • 著者名/発表者名: 遠藤優, 長田直樹, 間野勉, Alexei V. Abramov, 増田隆一
  • 学会等名: 日本進化学会
• [学会発表] Genomics studies on Oryza species (2022)
  • 著者名/発表者名: Masahiko KUMAGAI
  • 学会等名: 共同利用・共同研究課題「アジア・アフリカ地理言語学研究」2021年度第2回研究会 公開 (オンライン)
• [学会発表] 氷期最盛期の日本産小型哺乳類の集団動態を考える (2021)
  • 著者名/発表者名: 鈴木仁
  • 学会等名: 旧石器学会大会
  • 招待講演
• [学会発表] 野ネズミと家ネズミに学んだ遺伝学 (2021)
  • 著者名/発表者名: 鈴木仁
  • 学会等名: 日本哺乳類学会
• [学会発表] 哺乳類の生物地理学研究から学んできたこと (2021)
  • 著者名/発表者名: 増田隆一
  • 学会等名: 日本哺乳類学会
  • 招待講演
• [学会発表] 日本のネコ研究最前線 (2021)
  • 著者名/発表者名: 増田隆一
  • 学会等名: 日本哺乳類学会
• [学会発表] 国立沖縄自然史博物館の設立は万人のため (2021)
  • 著者名/発表者名: 増田隆一
  • 学会等名: 日本動物学会
  • 招待講演
• [学会発表] 北海道のキツネ (2021)
  • 著者名/発表者名: 増田隆一
  • 学会等名: 日本寄生虫学会・日本衛生動物学会
  • 招待講演
• [学会発表] ゲノムシーケンシングデータを処理する (2021)
  • 著者名/発表者名: 坂井寛章
  • 学会等名: 第２２７回農林交流センターワークショップ (オンライン)
• [学会発表] NGSデータ解析のGalaxyによる実現（1）~初心者でもGalaxyでカンタン解析~ (2021)
  • 著者名/発表者名: 熊谷真彦
  • 学会等名: 第２２７回農林交流センターワークショップ「次世代シーケンサーのデータ解析技術」(オンライン)
• [学会発表] NGSデータ解析のGalaxyによる実現（2）~ワークフローを利用した解析~ (2021)
  • 著者名/発表者名: 熊谷真彦
  • 学会等名: 第２２７回農林交流センターワークショップ「次世代シーケンサーのデータ解析技術」(オンライン)
• [学会発表] Geographic shift of the house mouse Mus musculus following humans during the past 15,000 years. (2021)
  • 著者名/発表者名: Hitoshi Suzuki
  • 学会等名: Genome Concept Centennial Symposium
  • 国際学会
• [学会発表] 雌雄の移動能力差によるヒグマの集団形成史 (2021)
  • 著者名/発表者名: 遠藤優，長田直樹，間野勉，増田隆一
  • 学会等名: 日本動物学会北海道支部第65回大会
• [学会発表] 簡便に使用できるミトコンドリアDNAの時間依存性進化速度の提案 (2020)
  • 著者名/発表者名: 鈴木仁
  • 学会等名: 日本動物学会第91回
• [学会発表] mtDNAゲノム配列に基づく野生ハツカネズミの東方移動とAsip遺伝子解析にもとづく毛色の多様化 (2020)
  • 著者名/発表者名: 鈴木仁、藤原一道、河合洋介、高田豊行、城石俊彦、斎藤成也、長田直樹
  • 学会等名: 2020年日本進化学会
• [学会発表] ひぐま学への招待 (2020)
  • 著者名/発表者名: 増田隆一
  • 学会等名: 第29回先端科学移動大学2020（道民カレッジ連携講座）
  • 招待講演
• [学会発表] 北日本産ヒメフナムシ類のミトコンドリア DNAの進化速度の検討 (2019)
  • 著者名/発表者名: 張替若菜、齊藤彩，山本正伸，鈴木仁
  • 学会等名: 日本進化学会
• [学会発表] ゲノム情報に基づくヒトに帯同した野生動植物の自然史研究 (2019)
  • 著者名/発表者名: 鈴木仁
  • 学会等名: 日本進化学会
• [学会発表] 全ゲノム解析によるハツカネズミ(Mus musculus)の移住拡散様式の解明 (2019)
  • 著者名/発表者名: 藤原一道，河合洋介，斎藤成也，長田直樹，鈴木仁
  • 学会等名: 日本進化学会
• [学会発表] Two waves of mouse migrations to Yaponesia based on 100 mice genomes (2019)
  • 著者名/発表者名: 鈴木仁
  • 学会等名: 日本遺伝学会
• [学会発表] ハツカネズミ(Mus musculus)亜種を用いた全ゲノム集団解析による生態的種分化の解明 (2019)
  • 著者名/発表者名: 藤原一道，河合洋介，斎藤成也，長田直樹，鈴木仁
  • 学会等名: 日本遺伝学会
• [学会発表] ミトゲノム解析に基づくユーラシア産ハツカネズミの系統地理学分析：移動ルートと移動時期の解明 (2019)
  • 著者名/発表者名: Yue Li，鈴木仁，藤原一道，長田直樹，河合洋介，城石俊彦，高田豊行，斎藤成也
  • 学会等名: 日本哺乳類学会
• [学会発表] 佐渡島産哺乳類の集団形成における氷期-間氷期サイクルによる影響 (2019)
  • 著者名/発表者名: 柳瀬 拓郎, 鈴木 仁, 江藤 毅
  • 学会等名: 日本哺乳類学会
• [学会発表] 日本在来モグラ類とダンゴムシ類の遺伝的構造における第四紀の環境変動による影響の比較 (2019)
  • 著者名/発表者名: 吉川愛莉, 鈴木仁
  • 学会等名: 日本哺乳類学会
• [学会発表] 地下棲哺乳類モグラ類における毛色変異の進化的動態の把握 (2019)
  • 著者名/発表者名: 角井建, 能重光希, 江藤 毅, 木下 豪太, 原田 正史, 鈴木 仁
  • 学会等名: 日本哺乳類学会
• [学会発表] Compensatory back mutation in mammalian genome. (2019)
  • 著者名/発表者名: 里村和浩，長田直樹，遠藤俊徳
  • 学会等名: Society of Molecular Biology and Evolution
• [学会発表] ネズミの進化と分化について (2018)
  • 著者名/発表者名: 鈴木仁
  • 学会等名: 第 64 回日本寄生虫学会・日本衛生動物学会 北日本支部合同大会
  • 招待講演
• [学会発表] Phylogeography of the Siberian weasel (Mustela sibirica), based on mitochondrial DNA analysis（ミトコンドリアDNA解析によるシベリアイタチ(Mustela sibirica)の系統地理について） (2018)
  • 著者名/発表者名: 石川恵太，Alexei V. Abramov，西田義憲，増田隆一
  • 学会等名: 日本動物学会第89回大会
• [学会発表] Y染色体上のマイクロサテライトの多様性からみたアカギツネ (Vulpes vulpes) の系統地理． (2018)
  • 著者名/発表者名: 織田 未希, Alexei V. Abramov, Evgeniy Raichev, Pavel A. Kosintsev, Alexey P. Kryukov, 浦口 宏二, 西田 義憲, 増田 隆一
  • 学会等名: 日本動物学会第89回大会
• [学会発表] 古代ヒョウタンの軌跡を辿る (2018)
  • 著者名/発表者名: 遠藤俊徳
  • 学会等名: 第72回日本人類学会大会公開シンポジウム2 DNAからみたヒトの進化
  • 招待講演
• [学会発表] Hybrid type of nuclear and plastid DNAs suggests the hypothesis for ancient propagation of American bottle gourd (Lagenaria siceraria) (2018)
  • 著者名/発表者名: Dai Watabe, Hiroshi Yuasa, Naoki Osada, Kazuhiro Satomura, and Toshinori Endo
  • 学会等名: Society of Molecular Biology and Evolution
  • 国際学会
• [図書] はじめての動物地理学 ― なぜ北海道にヒグマで，本州はツキノワグ マなの? (2022)
  • 著者名/発表者名: 増田隆一
  • 総ページ数: 126
  • 出版者: 岩波書店
  • ISBN: 9784000272476
• [図書] 知られざる食肉目動物の多様な世界 ― 東欧と日本 ― (2022)
  • 著者名/発表者名: 増田隆一，金子弥生
  • 総ページ数: 295
  • 出版者: 中西出版
  • ISBN: 9784891154165
• [図書] うんち学入門 ― 生き物にとって「排泄物」とは何か． (2021)
  • 著者名/発表者名: 増田隆一
  • 総ページ数: 238
  • 出版者: 講談社
  • ISBN: 9784065170144
• [図書] ヒグマ学への招待～自然と文化で考える (2020)
  • 著者名/発表者名: 増田隆一
  • 総ページ数: 368
  • 出版者: 北海道大学出版会
  • ISBN: 9784832974159
• [図書] ユーラシア動物紀行 (2019)
  • 著者名/発表者名: 増田 隆一
  • 総ページ数: 224
  • 出版者: 岩波書店
  • ISBN: 9784004317579
• [図書] 日本の食肉類 (2018)
  • 著者名/発表者名: 増田 隆一
  • 総ページ数: 320
  • 出版者: 東京大学出版会
  • ISBN: 9784130602372