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細菌個体レベルの情報処理の情報熱力学的な理解

計画研究

研究領域情報物理学でひもとく生命の秩序と設計原理
研究課題/領域番号 19H05797
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 複合領域
研究機関大阪大学

研究代表者

石島 秋彦  大阪大学, 大学院生命機能研究科, 教授 (80301216)

研究分担者 福岡 創  大阪大学, 大学院生命機能研究科, 准教授 (50447190)
蔡 栄淑  大阪大学, 大学院生命機能研究科, 助教 (40378716)
研究期間 (年度) 2019-06-28 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
108,810千円 (直接経費: 83,700千円、間接経費: 25,110千円)
2023年度: 18,720千円 (直接経費: 14,400千円、間接経費: 4,320千円)
2022年度: 19,890千円 (直接経費: 15,300千円、間接経費: 4,590千円)
2021年度: 21,060千円 (直接経費: 16,200千円、間接経費: 4,860千円)
2020年度: 23,400千円 (直接経費: 18,000千円、間接経費: 5,400千円)
2019年度: 25,740千円 (直接経費: 19,800千円、間接経費: 5,940千円)
キーワード走化性
研究開始時の研究の概要

大腸菌走化性システムは、外界の誘因・忌避物質が細胞極に存在する受容体に結合し、その情報は細胞内を通して各モーターに伝わり、モーターの回転方向が転換される。申請者は、走化性刺激受容において、協同性、適応性、自発性の3つの特徴が、受容体のメチル化レベルの変動という共通の分子機構で実現されている、という従来説とは全く異なる新しいモデルを提唱している。そこで、1細胞レベルでの走化性動態を、活性を保ったまま明らかにする。分子レベルの反応ネットワークと細胞レベルの応答をつなぐ格好のモデル系であり、領域内の理論グループとの共同研究体制を構築することにより実験と理論との有機的な融合を目指す。

研究成果の概要

本研究は,バクテリア忌避応答に着目し,適応現象に必要なCheBの細胞極への局在状況を計測した.忌避物質投与後の極の蛍光強度変化とともに,モーターの回転の同時計測を行い,忌避物質濃度依存性,回転と局在との相関,さらには,局在する分子数の推定などを行った.さらに,受容体のCheB結合部位を削除した変異体による応答なども計測を行った.さらに実験ごとのばらつきを排除するために,複数の菌の応答を同時に計測・解析するシステムの開発を行った.その結果,個々の計測に比べて明らかにばらつきが減少した.現在,まだ残っているこのばらつきが大腸菌固有のものなのか,実験条件なのかを検討しているところである.

研究成果の学術的意義や社会的意義

忌避応答に対する応答は,誘因応答と呼ばれ,よりよい環境を目指す応答であり,今までの走化性応答のほとんどの研究は誘因応答であった.しかしながら,忌避応答は,単に誘因応答の逆反応ととらえられてきた.しかしながら,生体の生存に必須なのはむしろ忌避応答であり,忌避応答の欠如は,死,に直結する.本研究においては,忌避応答のメカニズムを回転と局在の同時計測による定量的な研究の第一歩となる.

報告書

(6件)
  • 2023 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2022 実績報告書
  • 2021 実績報告書
  • 2020 実績報告書
  • 2019 実績報告書
  • 研究成果

    (43件)

すべて 2024 2023 2022 2021 2020 2019

すべて 雑誌論文 (3件) (うち国際共著 2件、 査読あり 3件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (40件) (うち国際学会 1件、 招待講演 1件)

  • [雑誌論文] The Chemoreceptor Sensory Adaptation System Produces Coordinated Reversals of the Flagellar Motors on an Escherichia coli Cell2022

    • 著者名/発表者名
      Yumiko Uchida, Tatsuki Hamamoto, Yong-Suk Che, Hiroto Takahashi, John S. Parkinson, Akihiko Ishijima, Hajime Fukuoka
    • 雑誌名

      Journal of Bacteriology

      巻: 204 号: 12

    • DOI

      10.1128/jb.00278-22

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Stator Dynamics Depending on Sodium Concentration in Sodium-Driven Bacterial Flagellar Motors2021

    • 著者名/発表者名
      Lin Tsai-Shun、Kojima Seiji、Fukuoka Hajime、Ishijima Akihiko、Homma Michio、Lo Chien-Jung
    • 雑誌名

      Frontiers in Microbiology

      巻: 12 ページ: 765739-765739

    • DOI

      10.3389/fmicb.2021.765739

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Fluctuations in Intracellular CheY-P Concentration Coordinate Reversals of Flagellar Motors in E. coli2020

    • 著者名/発表者名
      Che Yong-Suk, Sagawa Takashi, Inoue Yuichi, Takahashi Hiroto, Hamamoto Tatsuki, Ishijima Akihiko, Fukuoka Hajime
    • 雑誌名

      BIOMOLECULES

      巻: 10 号: 11 ページ: 1544-1544

    • DOI

      10.3390/biom10111544

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 大腸菌べん毛モーターの回転ゆらぎ2024

    • 著者名/発表者名
      内田 裕美子
    • 学会等名
      生体運動研究合同班会議2024
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] CheB-GFPの1細胞動態計測による大腸菌セリン受容体Tsrの忌避刺激認識および情報伝達の解析2024

    • 著者名/発表者名
      福岡 創
    • 学会等名
      生体運動研究合同班会議2024
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 大腸菌走化性キメラ受容体での忌避応答2024

    • 著者名/発表者名
      内田 裕美子
    • 学会等名
      第8回領域会議・終了報告会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 大腸菌べん毛の回転方向に依存した揺らぎとフックの関係2024

    • 著者名/発表者名
      福岡 創
    • 学会等名
      2023年度べん毛研究交流会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 大腸菌走化性キメラ受容体での忌避応答2024

    • 著者名/発表者名
      内田 裕美子
    • 学会等名
      2023年度べん毛研究交流会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 計画班成果発表2024

    • 著者名/発表者名
      石島 秋彦
    • 学会等名
      第8回領域会議・終了報告会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 大腸菌べん毛の回転方向に依存した回転ゆらぎの解析2024

    • 著者名/発表者名
      福岡 創
    • 学会等名
      第8回領域会議・終了報告会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 適応現象解明のための走化性タンパク質の細胞内動態とべん毛モーター回転の同時計測2023

    • 著者名/発表者名
      内田 裕美子
    • 学会等名
      第7回領域会議
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] デコンボリューション法を用いた大腸菌走化性受容体の三次元観察2023

    • 著者名/発表者名
      内田 裕美子
    • 学会等名
      第61回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 大腸菌単一細胞における走化性応答時の走化性タンパク質の細胞内動態の観察2023

    • 著者名/発表者名
      福岡 創
    • 学会等名
      第61回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 適応を担う2種類の酵素であるCheRとCheBの細胞内動態の比較2023

    • 著者名/発表者名
      大島 健登
    • 学会等名
      第61回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 回転方向に依存した大腸菌べん毛モーターの回転ゆらぎ2023

    • 著者名/発表者名
      宮本 大聖
    • 学会等名
      第61回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Exploration of isoleucine recognition sites in chemoreceptor using chimeric receptors2023

    • 著者名/発表者名
      河原 進之介
    • 学会等名
      第61回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 同種の受容体からなる受容体アレイがもたらす短い適応時間2023

    • 著者名/発表者名
      植田 早紀
    • 学会等名
      第61回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 大腸菌走化性タンパク質の細胞内動態と細胞応答の相関関係2023

    • 著者名/発表者名
      福岡 創
    • 学会等名
      第7回領域会議
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 回転方向に依存した大腸菌べん毛モーターの回転揺らぎの原因2022

    • 著者名/発表者名
      Kazumi Akahoshi, Yumiko Uchida, Yong-Suk Che, Akihiko Ishijima, Hajime Fukuoka
    • 学会等名
      日本生物物理学会 第60回年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 1 細胞内でのCheB 局在変化による忌避応答および適応2022

    • 著者名/発表者名
      Taiga Deguchi, Yumiko Uchida, Yong-Suk Che, Akihiko Ishijima, Tatsuki Hamamoto, Hajime Fukuoka
    • 学会等名
      日本生物物理学会 第60回年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] CheZ 局在の大腸菌走化性に及ぼす影響のキャピラリーアッセイによる解析2022

    • 著者名/発表者名
      Sawako Matsuda, Yong-Suk Che, Akihiko Ishijima, Masaru Kojima, Hajime Fukuoka
    • 学会等名
      日本生物物理学会 第60回年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] CheB の極性局在を利用した異種走化性受容体の忌避刺激に対する応答性の比較2022

    • 著者名/発表者名
      Shinnosuke Kawahara, Yumiko Uchida, Yong-Suk Che, Akihiko Ishijima, Hajime Fukuoka
    • 学会等名
      日本生物物理学会 第60回年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 大腸菌べん毛モーター間の回転方向転換同調を阻害する走化性受容体クラスター内における野 生型/変異体比率の見積もり2022

    • 著者名/発表者名
      Yumiko Uchida, Hajime Fukuoka, Akihiko Ishijima, Yong-Suk Che
    • 学会等名
      日本生物物理学会 第60回年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 回転する大腸菌べん毛モーター中のGFP-FliL 局在の定量解析2022

    • 著者名/発表者名
      Miyuto Miyazaki, Yumiko Uchida, Hajime Fukuoka, Akihiko Ishijima, Yong-Suk Che
    • 学会等名
      日本生物物理学会 第60回年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] FRET 計測系を用いた低濃度セリンに対する単一大腸菌受容体の協同作用による2 種類の適応2022

    • 著者名/発表者名
      Yuki Takada, Akihiko Ishijima, Hajime Fukuoka, Yong-Suk Che
    • 学会等名
      日本生物物理学会 第60回年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Observation of behavior of flagella in Escherichia coli by using fluorescence staining2021

    • 著者名/発表者名
      Tatsuya Nakaue, Yong-Suk Che, Akihiko Ishijima, Hajime Fukuoka
    • 学会等名
      The 59th Annual Meeting of the Biophysics Society of Japan
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Change in methylation level in receptor array causes coordinated reversal of flagellar motors on a single Escherichia coli cell2021

    • 著者名/発表者名
      Yumiko Uchida , Tatsuki Hamamoto , Yong-Suk Che , Akihiko Ishijima , Hajime Fukuoka
    • 学会等名
      The 59th Annual Meeting of the Biophysics Society of Japan
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Quantification for mutant/WT receptors ratio that collapses receptor cooperativity and switching coordination between flagellar motors2021

    • 著者名/発表者名
      Shiori Awa, Yumiko Uchida, Hajime Fukuoka, Akihiko Ishijima, Yong-Suk Che
    • 学会等名
      The 59th Annual Meeting of the Biophysics Society of Japan
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] High temporal observation of CheY-binding and dissociation during rotational switching of a single flagellar motor2021

    • 著者名/発表者名
      Taro Yuri, Yumiko Uchida, Yong-Suk Che, Akihiko Ishijima, Hajime Fukuoka
    • 学会等名
      The 59th Annual Meeting of the Biophysics Society of Japan
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Simultaneous measurement for the stator-incorporation and the flagellar motor rotation2021

    • 著者名/発表者名
      Tomohiro Teshima, Yumiko Uchida, Yong-Suk Che, Akihiko Ishijima, Hajime Hukuoka
    • 学会等名
      The 59th Annual Meeting of the Biophysics Society of Japan
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Simultaneous observation of chemotactic response and intracellular behavior of chemotaxis proteins at single E. coli cell.2020

    • 著者名/発表者名
      Taro Yuri, Takuma Nakagawa, Keisuke Nishitani, Yong-Suk Che, Yumiko Uchida, Akihiko Ishijima, Hajime Fukuoka
    • 学会等名
      The 58th Annual Meeting of the Biophysics Society of Japan
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] Simultaneous measurement of flagellar motor rotation and Dynamics of CheB localization during chemotactic response2020

    • 著者名/発表者名
      Keisuke Nishitani, Tatsuki Hamamoto, Yong-Suk Che, Akihiko Ishijima, Hajime Fukuoka
    • 学会等名
      The 58th Annual Meeting of the Biophysics Society of Japan
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] Elucidation of mechanism for adaptation system through the simultaneous observation CheYp by single cell FRET and flagellar motor rotation2020

    • 著者名/発表者名
      Takuma Nakagawa, Tatsuya Yamakoshi, Che Yong-Suk, Hajime Fukuoka, Akihiko Ishijima
    • 学会等名
      The 58th Annual Meeting of the Biophysics Society of Japan
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] High temporal resolution measurement of rotational fluctuation of flagellar motor depending on rotational direction.2020

    • 著者名/発表者名
      Koki Murai, Akihiko Ishijima, Hajime Fukuoka
    • 学会等名
      The 58th Annual Meeting of the Biophysics Society of Japan
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] Requirement for Chemotaxis Protein CheR and CheB for the switching coordination between two flagellar motors on E. coli cell.2020

    • 著者名/発表者名
      Tatsuki Hamamoto, Yumiko Uchida, Yong-Suk Che, Akihiko Ishijima, Hajime Fukuoka
    • 学会等名
      The 58th Annual Meeting of the Biophysics Society of Japan
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] The Chemotactic Response and Motor Function of a Bacterial Flagellar Motor in a Single Cell2020

    • 著者名/発表者名
      石島秋彦
    • 学会等名
      Sensory Transduction in Microorganisms, Gordon Research Conference
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 大腸菌走化性応答と情報伝達の蛍光イメージング2020

    • 著者名/発表者名
      福岡 創,山越 達矢,西谷 恵輔,蔡 栄淑,石島 秋彦
    • 学会等名
      2020年生体運動研究合同班会議
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] Simultaneous measurement of flagellar motor rotation and CheYp concentration via single cell FRET2019

    • 著者名/発表者名
      Tatsuya Yamakoshi, Yong-Suk Che, Akihiko Ishijima, Hajime Fukuoka
    • 学会等名
      第57回日本生物物理学会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] Developing the detection system of the conformational change in rotating flagellar motor by single motor FRET2019

    • 著者名/発表者名
      Takuma Nakagawa 1, Tatsuya Yamakoshi, Yong-Suk Che, Akihiko Ishijima, Hajikme Fukuoka
    • 学会等名
      第57回日本生物物理学会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] 1細胞FRETによるべん毛モーター回転と情報伝達分子濃度の同時計測2019

    • 著者名/発表者名
      福岡 創
    • 学会等名
      「情報物理学でひもとく生命の秩序と設計原理」第1回領域会議
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] FRETによる回転する単一べん毛モーター構造変化の検出系の開発2019

    • 著者名/発表者名
      中川拓真
    • 学会等名
      「情報物理学でひもとく生命の秩序と設計原理」第1回領域会議
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] 走化性の適応現象を担うCheBの細胞内動態と適応現象の1細胞同時計測2019

    • 著者名/発表者名
      西谷恵輔
    • 学会等名
      「情報物理学でひもとく生命の秩序と設計原理」第1回領域会議
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] 高速カメラを用いたべん毛モーター回転の高時間分解能計測2019

    • 著者名/発表者名
      村井航希
    • 学会等名
      「情報物理学でひもとく生命の秩序と設計原理」第1回領域会議
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書

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公開日: 2019-07-04   更新日: 2025-01-30  

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