構造ゆらぎを促進する分子シミュレーション手法の開発と自由エネルギー計算

• 研究領域: 揺らぎが機能を決める生命分子の科学
• 研究課題/領域番号: 20107002
• 研究種目: 新学術領域研究(研究領域提案型)
• 配分区分: 補助金
• 審査区分: 理工系
• 研究機関: 名古屋大学
• 研究代表者: 岡本 祐幸 名古屋大学, 理学研究科, 教授 (70185487)
• 研究期間 (年度): 2008 – 2012
• 研究課題ステータス: 完了 (2012年度)
• 配分額: 62,270千円 (直接経費: 47,900千円、間接経費: 14,370千円); 2012年度: 8,580千円 (直接経費: 6,600千円、間接経費: 1,980千円); 2011年度: 10,140千円 (直接経費: 7,800千円、間接経費: 2,340千円); 2010年度: 9,360千円 (直接経費: 7,200千円、間接経費: 2,160千円); 2009年度: 15,600千円 (直接経費: 12,000千円、間接経費: 3,600千円); 2008年度: 18,590千円 (直接経費: 14,300千円、間接経費: 4,290千円)
• キーワード: 生体系 / 蛋白質 / 分子シミュレーション / 拡張アンサンブル法 / 自由エネルギー / 自由エネルギー計算 / 拡張アンサンブル / 分子シュミレーション

研究概要

研究期間中に構造ゆらぎを促進するとともに精度の高い自由エネルギー計算を可能にする拡張アンサンブル法を幾つか開発したが、特に、多次元・多変数の拡張アンサンブル法の一般定式化に成功した。拡張アンサンブルシミュレーションによって、水中のvillin headpiece を完全に伸びた初期構造から自然の構造に折り畳むことに成功した。また、5 組のリガンドとタンパク質においてドッキングシミュレーションを実行し、実験で得られた結合構造と全て一致することを示した。これは新しい創薬手法を提案するものである。更に、水中のubiquitin の圧力に関する拡張アンサンブルシミュレーションを実行し、70 番目の残基の化学シフトが圧力とともに大きく変化するという、北原・赤坂の高圧NMR の実験結果を再現することに成功した。これらの結果は、拡張アンサンブル法が原子・分子の詳細を取りいれたシミュレーションにおいて、定量的な予測能力を持つことを実証するものであり、将来的に大きな発展が期待される。

研究成果

• [雑誌論文] Simulated tempering with fast on-the-fly weight determination (2013)
  • 著者名/発表者名: P.H. Nguyen, Y. Okamoto, and P. Derreumaux
  • 雑誌名: Journal of Chemical Physics 巻: 138
  • 査読あり
• [雑誌論文] Application of simulated tempering and magnetizing to a two-dimensional Potts model (2013)
  • 著者名/発表者名: T. Nagai, Y. Okamoto, and W. Janke
  • 雑誌名: Journal of Statistical Mechanics: Theory and Experiment 2013 巻: P02039 ページ: 21-21
  • 査読あり
• [雑誌論文] Amino-aciddependent main-chain torsion-energy terms for protein systems (2013)
  • 著者名/発表者名: Y. Sakae and Y. Okamoto
  • 雑誌名: Journal of Chemical Physics 巻: 138
  • NAID: 120006545077
  • 査読あり
• [雑誌論文] Free-energy analyses of a proton transfer reaction by simulated-tempering umbrella sampling and first-principles molecular dynamics simulations (2013)
  • 著者名/発表者名: Y. Mori and Y. Okamoto
  • 雑誌名: Physical Review E 巻: 87
  • NAID: 120006545928
  • 査読あり
• [雑誌論文] Improvement of the backbone-torsion-energy term in the force field for protein systems by the double Fourier series expansion (2013)
  • 著者名/発表者名: Y. Sakae and Y. Okamoto
  • 雑誌名: Molecular Simulation 巻: 39 ページ: 85-93
  • 査読あり
• [雑誌論文] Improvement of the backbone-torsion-energy term in the force field for protein systems by double Fourier series expansion (2013)
  • 著者名/発表者名: Y. Sakae and Y. Okamoto
  • 雑誌名: Molecular Simulation 巻: 39 号: 2 ページ: 85-93
  • DOI: 10.1080/08927022.2012.705432
  • 査読あり
• [雑誌論文] Free-energy analyses of a proton transfer reaction by simulated-temperingumbrella sampling and first-principles molecular dynamics simulations (2013)
  • 著者名/発表者名: Yoshiharu Mori, Yuko Okamoto
  • 雑誌名: Physical Review E 巻: Volume 87 号: 2
  • DOI: 10.1103/physreve.87.023301
  • 査読あり
• [雑誌論文] Amino-acid-dependent main-chain torsion-energy terms for protein systems (2013)
  • 著者名/発表者名: Y. Sakae and Y. Okamoto
  • 雑誌名: Journal of Chemical Physics 巻: 138 号: 6
  • DOI: 10.1063/1.4774159
  • NAID: 120006545077
  • 査読あり
• [雑誌論文] Simulated tempering with fast on-the-fly weight determination (2013)
  • 著者名/発表者名: P.H. Nguyen, Y. Okamoto, and P. Derreumaux
  • 雑誌名: Journal of Chemical Physics 巻: 138 号: 6
  • DOI: 10.1063/1.4792046
  • 査読あり
• [雑誌論文] Application of simulated tempering and magnetizing to a two-dimensional Potss model (2013)
  • 著者名/発表者名: T. Nagai, Y. Okamoto, and W. Janke
  • 雑誌名: Journal of Statistical Mechanics: Theory and Experiment 巻: 2013 号: 02 ページ: P02039-P02039
  • DOI: 10.1088/1742-5468/2013/02/p02039
  • 査読あり
• [雑誌論文] Phase behavior of a lipid bilayer system studied by a replica-exchange molecular dynamics simulation (2012)
  • 著者名/発表者名: T. Nagai, R. Ueoka, and Y. Okamoto
  • 雑誌名: Journal of the Physical Society of Japan 巻: 81
  • NAID: 40019151203
  • 査読あり
• [雑誌論文] タンパク質系分子シミュレーションのための力場関数 (2012)
  • 著者名/発表者名: 榮慶丈,依田隆夫,杉田有治,岡本祐幸
  • 雑誌名: 日本物理学会誌 巻: 67巻 ページ: 343-349
  • 査読あり
• [雑誌論文] Residual entropy of ordinary ice calculated from multicanonical Monte Carlo simulations (2012)
  • 著者名/発表者名: B. A. Berg
  • 雑誌名: Molecular Simulation 巻: 38 号: 11 ページ: 856-860
  • DOI: 10.1080/08927022.2011.651140
  • 査読あり
• [雑誌論文] Simulated tempering and magnetizing: Application of two-dimensional simulated tempering to the two-dimensional Ising model and its crossover (2012)
  • 著者名/発表者名: T. Nagai and Y. Okamoto
  • 雑誌名: Physical Review E 巻: 86 号: 5
  • DOI: 10.1103/physreve.86.056705
  • NAID: 120006545927
  • 査読あり
• [雑誌論文] Simulated tempering and magnetizing simulations of the Ising model (2012)
  • 著者名/発表者名: T. Nagai and Y. Okamoto
  • 雑誌名: Physics Procedia 巻: 34 ページ: 100-104
  • DOI: 10.1016/j.phpro.2012.05.016
  • NAID: 120006545937
  • 査読あり
• [雑誌論文] Molecular simulations in generalized ensemble (2012)
  • 著者名/発表者名: Y. Okamoto
  • 雑誌名: Molecular Simulation 巻: 38 号: 14-15 ページ: 1282-1296
  • DOI: 10.1080/08927022.2012.690878
  • 査読あり
• [雑誌論文] タンパク質分子シミュレーションのための力場関数 (2012)
  • 著者名/発表者名: 榮慶丈、依田隆夫、杉田有治、岡本祐幸
  • 雑誌名: 日本物理学会誌 巻: 67 ページ: 343-349
  • 査読あり
• [雑誌論文] Phase behavior of a lipid bilayer system studied by a replica-exchange molecular dynamics simulation (2012)
  • 著者名/発表者名: T.Nagai, R.Ueoka, Y.Okamoto
  • 雑誌名: Journal of the Physical Society of Japan 巻: 81 号: 2 ページ: 24002-24010
  • DOI: 10.1143/jpsj.81.024002
  • NAID: 40019151203
  • 査読あり
• [雑誌論文] Generalized-ensemble algorithms for protein folding and unfolding (2012)
  • 著者名/発表者名: Y.Okamoto
  • 雑誌名: Current Physical Chemistry 巻: 2 ページ: 92-106
  • 査読あり
• [雑誌論文] 疎水コアとα-ヘリックスを含む小蛋白質のフォールディングシミュレーション (2012)
  • 著者名/発表者名: 依田隆夫、杉田有治、岡本祐幸
  • 雑誌名: 生物物理(日本生物物理学会誌) 巻: 52 ページ: 22-23
  • 査読あり
• [雑誌論文] Ab initio prediction of protein-ligand binding structures by replica-exchange umbrella sampling simulations (2011)
  • 著者名/発表者名: H. Kokubo, T. Tanaka, and Y. Okamoto
  • 雑誌名: Journal of Computational Chemistry 巻: 32 ページ: 2810-2821
  • 査読あり
• [雑誌論文] Dynamic structure of the polytheonamide B channel studied by normal mode analysis (2011)
  • 著者名/発表者名: T. Mori, H. Kokubo, S. Oiki, and Y. Okamoto
  • 雑誌名: Molecular Simulation 巻: 37 ページ: 975-985
  • 査読あり
• [雑誌論文] Protein structure predictions by parallel simulated annealing molecular dynamics using genetic crossover (2011)
  • 著者名/発表者名: Y. Sakae, T. Hiroyasu, M. Miki, and Y. Okamoto
  • 雑誌名: Journal of Computational Chemistry 巻: 32 ページ: 1353-1360
  • 査読あり
• [雑誌論文] Drug design by generalized-ensemble simulations (2011)
  • 著者名/発表者名: Y. Okamoto
  • 雑誌名: Current Pharmaceutical Design 巻: 17 ページ: 1758-1772
  • 査読あり
• [雑誌論文] New conformational search method using genetic algorithm and knot theory for proteins (2011)
  • 著者名/発表者名: Y.Sakae, T.Hiroyasu, M.Miki, Y.Okamoto
  • 雑誌名: Pacific Symposium on Biocomputing 巻: 16 ページ: 217-228
  • 査読あり
• [雑誌論文] Generalized-ensemble simulations in protein science (2011)
  • 著者名/発表者名: Y.Mori, A.Mitsutake, Y.Okamoto
  • 雑誌名: Proceedings of the 4th Japan-Russia International Workshop MSSMBS'10 "Molecular Simulations Studies in Material and Biological Sciences" ページ: 46-60
  • 査読あり
• [雑誌論文] Optimisation of OPLS-UA force-field parameters for protein systems using protein data bank (2010)
  • 著者名/発表者名: Y. Sakae and Y. Okamoto
  • 雑誌名: Molecular Simulation 巻: 36 ページ: 1148-1156
  • 査読あり
• [雑誌論文] Hydrophobic core formation and dehydration in protein folding studied by generalized-ensemble simulations (2010)
  • 著者名/発表者名: T. Yoda, Y. Sugita, and Y. Okamoto
  • 雑誌名: Biophysical Journal 巻: 99 ページ: 1637-1644
  • 査読あり
• [雑誌論文] Generalized-ensemble algorithms for the isobaric-isothermal ensemble (2010)
  • 著者名/発表者名: Y. Mori and Y. Okamoto
  • 雑誌名: Journal of the Physical Society of Japan 巻: 79
  • NAID: 40017205440
  • 査読あり
• [雑誌論文] Replica-exchange molecular dynamics simulations for various constant temperature algorithms (2010)
  • 著者名/発表者名: Y. Mori and Y. Okamoto
  • 雑誌名: Journal of the Physical Society of Japan 巻: 79
  • NAID: 40017205438
  • 査読あり
• [雑誌論文] Dependency of ligand free energy landscapes on charge parameters and solvent models (2010)
  • 著者名/発表者名: Y. Okamoto, T. Tanaka, and H. Kokubo
  • 雑誌名: Journal of Computer-Aided Molecular Design 巻: 24 ページ: 699-712
  • 査読あり
• [雑誌論文] Helix-hairpin transitions of a designed peptide studied by a generalized-ensemble simulation (2010)
  • 著者名/発表者名: S.G. Itoh, A. Tamura, and Y. Okamoto
  • 雑誌名: Journal of Chemical Theory and Computation 巻: 6 ページ: 979-983
  • 査読あり
• [雑誌論文] Replica-exchange method in van der Waals radius space: overcoming steric resctirctions for biomolecules (2010)
  • 著者名/発表者名: S.G. Itoh, H. Okumura, and Y. Okamoto
  • 雑誌名: Journal of Chemical Physics 巻: 132
  • 査読あり
• [雑誌論文] Folding simulations of three proteins having all alpha-helix, all beta-stand and alpha/beta structures (2010)
  • 著者名/発表者名: Y. Sakae and Y. Okamoto
  • 雑誌名: Molecular Simulation 巻: 36 ページ: 302-310
  • 査読あり
• [雑誌論文] Hydrophobic core formation and dehydration in protein folding studied by generalized-ensemble simulations (2010)
  • 著者名/発表者名: T.Yoda, Y.Sugita, Y.Okamoto
  • 雑誌名: Biophysical Journal 99 ページ: 1637-1644
  • 査読あり
• [雑誌論文] Generalized-ensemble algorithms for the isobaric-isothermal ensemble. (2010)
  • 著者名/発表者名: Y.Mori , Y.Okamoto
  • 雑誌名: Journal of the Physical Society of Japan 79
  • NAID: 40017205440
  • 査読あり
• [雑誌論文] Replica-exchange method in van der Waals radius space : overcoming steric restrictions for biomolecules (2010)
  • 著者名/発表者名: S.G.Itoh, H.Okumura, Y.Okamoto
  • 雑誌名: Journal of Chemical Physics 巻: 132
  • 査読あり
• [雑誌論文] Helix-hairpin transitions of a designed peptide studied by a generalized-ensemble simulations (2010)
  • 著者名/発表者名: S.G.Itoh, A.Tamura, Y.Okamoto
  • 雑誌名: Journal of Chemical Theory and Computation 巻: 6 ページ: 979-983
  • 査読あり
• [雑誌論文] Replica-exchange molecular dynamics simulations for various constant temperature algorithms (2010)
  • 著者名/発表者名: Y.Mori, Y.Okamoto
  • 雑誌名: Journal of the Physical Society of Japan 巻: 79
  • NAID: 40017205438
  • 査読あり
• [雑誌論文] Generalized-ensemble algorithms for the isobaric-isothermal ensembles (2010)
  • 著者名/発表者名: Y.Mori, Y.Okamoto
  • 雑誌名: Journal of the Physical Society of Japan 巻: 79
  • NAID: 40017205440
  • 査読あり
• [雑誌論文] Hydrophobic core formation and dehydration in protein folding studied by generalized ensemble simulations (2010)
  • 著者名/発表者名: T.Yoda, Y.Sugita, Y.Okamoto
  • 雑誌名: Biophysical Journal 巻: 99 ページ: 1637-1644
  • 査読あり
• [雑誌論文] Optimisation of OPLS-UA force-field parameters for protein systems using protein data bank (2010)
  • 著者名/発表者名: Y.Sakae, Y.Okamoto
  • 雑誌名: Molecular Simulation 巻: 36 ページ: 1147-1155
  • 査読あり
• [雑誌論文] 『拡張アンサンブル法』の特集にあたって (2010)
  • 著者名/発表者名: 岡本祐幸
  • 雑誌名: 分子シミュレーション研究会会誌"アンナンブル" 巻: 12 ページ: 6-7
  • NAID: 130004566668
  • 査読あり
• [雑誌論文] マルチカノニカルレプリカ交換分子動力学法による小蛋白質の折れ畳みシミュレーション (2010)
  • 著者名/発表者名: 依田隆夫、杉田有治、岡本祐幸
  • 雑誌名: 分子シミュレーション研究会会誌"アンサンブル" 巻: 12 ページ: 15-18
  • 査読あり
• [雑誌論文] 計算機シミュレーションによるアミロイド病発現原理の追求 (2010)
  • 著者名/発表者名: 岡本祐幸
  • 雑誌名: Medical Bio(10月別冊、特集「揺らぎと生体機能」) ページ: 17-20
  • 査読あり
• [雑誌論文] Multi-dimensional multicanonical algorithm, simulated tempering, replica-exchange method, and all that (2010)
  • 著者名/発表者名: A.Mitsutake, Y.Mori, Y.Okamoto
  • 雑誌名: Physics Procedia 巻: 4 ページ: 89-105
  • NAID: 120006545938
• [雑誌論文] Controlling the secondary-structure-forming tendencies of proteins by a backbone torsion-energy term (2010)
  • 著者名/発表者名: Y.Sakae, Y.Okamoto
  • 雑誌名: Molecular Simulation 36 ページ: 138-158
  • 査読あり
• [雑誌論文] Determination method of the balance of the secondary-structure-forming tendencies of force fields (2010)
  • 著者名/発表者名: Y.Sakae, Y.Okamoto
  • 雑誌名: Molecular Simulation 36 ページ: 159-165
  • 査読あり
• [雑誌論文] Folding simulations of gramicidin A into the β -helix conformations: simulated annealing molecular dynamics study (2009)
  • 著者名/発表者名: T. Mori and Y. Okamoto
  • 雑誌名: Journal of Chemical Physics 巻: 131
  • 査読あり
• [雑誌論文] Multidimensional generalized-ensemble algorithms for complex systems (2009)
  • 著者名/発表者名: A. Mitsutake and Y. Okamoto
  • 雑誌名: Journal of Chemical Physics 巻: 130
  • NAID: 120001804816
  • 査読あり
• [雑誌論文] From multidimensional replica-exchange method to multidimensional multicanonical algorithm and simulated tempering (2009)
  • 著者名/発表者名: A. Mitsutake and Y. Okamoto
  • 雑誌名: Physical Review E 巻: 79
  • NAID: 120006545926
  • 査読あり
• [雑誌論文] Multidimensional generalized- ensemble algorithms for complex systems. (2009)
  • 著者名/発表者名: A.Mitsutake , Y.Okamoto
  • 雑誌名: Journal of Chemical Physics 130
  • NAID: 120001804816
  • 査読あり
• [雑誌論文] From multidimensional replica-exchange method to multidimensional multicanonical algorithm and simulated tempering (2009)
  • 著者名/発表者名: A.Mitsutake, Y.Okamoto
  • 雑誌名: Physical Review E 79
  • NAID: 120006545926
  • 査読あり
• [雑誌論文] Multidimensional generalized-ensemble algorithms for complex systems (2009)
  • 著者名/発表者名: A.Mitsutake, Y.Okamoto
  • 雑誌名: Journal of Chemical Physics 130
  • NAID: 120001804816
  • 査読あり
• [雑誌論文] Folding simulations of gramicidin A into the β-helix conformations : simulated annealing molecular dynamics study (2009)
  • 著者名/発表者名: T.Mori, Y.Okamoto
  • 雑誌名: Journal of Chemical Physics 131
  • 査読あり
• [雑誌論文] タンパク質系のポテンシャル関数の比較と改良 (2009)
  • 著者名/発表者名: 榮慶丈、依田隆夫、杉田有治、岡本祐幸
  • 雑誌名: アンサンブル 11 ページ: 8-12
  • NAID: 130004566636
  • 査読あり
• [雑誌論文] Generalized-ensemble algorithms for protein structure predictions (2009)
  • 著者名/発表者名: Y.Sakae, Y.Okamoto
  • 雑誌名: Proceedings of International Conference on Computational & Experimental Engineering (Tech Science Press, Norcross) and Sciences 2009 (ICCES'09) ページ: 791-801
• [学会発表] Multidimensional generalized-ensemble simulations of biological systems (2013)
  • 著者名/発表者名: Y. Okamoto
  • 学会等名: International Symposium on Protein Folding and Its Biological Significance
  • 発表場所: Okazaki, Japan
  • 年月日: 2013-03-04
  • 招待講演
• [学会発表] Replica-exchange, simulated tempering, and multicanonical algorithms for simulations of complex systems (2013)
  • 著者名/発表者名: Y. Okamoto
  • 学会等名: The 5th Korea-Japan Seminars on Biomolecular Sciences - Experiments and Simulations
  • 発表場所: High 1 Resort, Korea
  • 年月日: 2013-02-24
  • 招待講演
• [学会発表] Replica-exchange, simulated tempering, and multicanonical algorithms for simulations of complex systems (2013)
  • 著者名/発表者名: Y. Okamoto
  • 学会等名: The 5th Korea-Japan Seminars on Biomolecular Sciences
  • 発表場所: Experiments and Simulations, High 1 Resort, Korea
• [学会発表] Generalized-ensemble simulations in materials and biological sciences [plenary talk] (2012)
  • 著者名/発表者名: Y. Okamoto
  • 学会等名: The 5th Japan-Russia International Workshop on Molecular Simulation Studies in Material and Biological Sciences (MSSMBS'12)
  • 発表場所: Dubna-Moscow, Russia
  • 年月日: 2012-09-09
  • 招待講演
• [学会発表] 付加機能ソフト:REM(レプリカ交換法) (2012)
  • 著者名/発表者名: 岡本祐幸
  • 学会等名: 文部科学省「最先端・高性能スーパーコンピュータの開発利用」プロジェクト次世代ナノ統合シミュレーションソフトウェアの研究開発第2回次世代ナノ統合シミュレーションソフトウェア説明会
  • 発表場所: 東京(日本)
  • 年月日: 2012-01-26
• [学会発表] Structural fluctuations of proteins in folding, unfolding, and ligand docking studied by generalized-ensemble simulations (2012)
  • 著者名/発表者名: Y. Okamoto
  • 学会等名: The 6th International Symposium on Molecular Science of Fluctuations toward Biological Functions
  • 発表場所: Kyoto, Japan
• [学会発表] Generalized-ensemble algorithms for simulations of bionanomaterials (2012)
  • 著者名/発表者名: Y. Okamoto
  • 学会等名: The 1st International Conference on Emerging Advanced Nanomaterials (ICEAN 2012)
  • 発表場所: Brisbane, Australia
• [学会発表] Generalized-ensemble simulations in materials and biological sciences (2012)
  • 著者名/発表者名: Y. Okamoto
  • 学会等名: [Plenary Talk] The 5th Japan-Russia International Workshop on Molecular Simulation Studies in Material and Biological Sciences (MSSMBS'12)
  • 発表場所: Dubna-Moscow, Russia
• [学会発表] Computational biophysics by generalized-ensemble algorithms (2012)
  • 著者名/発表者名: Y. Okamoto
  • 学会等名: The 17th Biophysics Conference
  • 発表場所: Taipei, Taiwan
• [学会発表] Molecular simulations in generalized ensemble (2012)
  • 著者名/発表者名: Y. Okamoto
  • 学会等名: Professor N. Quirke 60th Birthday Symposium
  • 発表場所: London, United Kingdom
  • 招待講演
• [学会発表] Generalized-ensemble algorithms for classical and quantum simulations (2012)
  • 著者名/発表者名: Y. Okamoto
  • 学会等名: International Workshop on Recent Advances in Computational and Theoretical Chemistry
  • 発表場所: Nagoya, Japan
  • 招待講演
• [学会発表] Greneralized-ensemble simulations for protein folding, unfolding, and ligand binding (2012)
  • 著者名/発表者名: 岡本祐幸
  • 学会等名: The 4th Japan-Korea Seminar on Biomolecular Sciences-Experiments and Simulations
  • 発表場所: 奈良(日本)(招待講演)
• [学会発表] Multidimensional simulated tempering simulations of spin systems (2012)
  • 著者名/発表者名: 岡本祐幸
  • 学会等名: The 24th Annual Workshop of the Center of Simulational Physics : Recent Developments in Computer Simulation Studies in Condensed Matter Physics
  • 発表場所: Athens, Georgia (USA)(招待講演)
• [学会発表] Development of Molecular Simulation Methods that Enhance Conformational Fluctuations of Biomolecules (2012)
  • 著者名/発表者名: 岡本祐幸
  • 学会等名: 5th International Symposium on Molecular Science of Fluctuations toward Biological Functions
  • 発表場所: 奈良(日本)
• [学会発表] 特別支援課題:拡張アンサンブル法による生体分子の高次構造と機能の解明 (2012)
  • 著者名/発表者名: 岡本祐幸
  • 学会等名: 第2回CMSI研究会「新物質・エネルギー創成を目指して」
  • 発表場所: 仙台(日本)
• [学会発表] Efficient conformational sampling techniques for biomolecular simulations (2011)
  • 著者名/発表者名: Y.Okamoto
  • 学会等名: G-COE Symposium in Nagoya on Biochemistry and Biotechnology
  • 発表場所: Nagoya, Japan(招待)
  • 年月日: 2011-01-12
• [学会発表] Generalized-ensemble algorithms for protein aggregation and ligand binding (2011)
  • 著者名/発表者名: Y. Okamoto
  • 学会等名: [Plenary Lecture] The 7th International Conference: Structure and Stability of Biomacromolecules (SSB2011)
  • 発表場所: Kosice, Slovakia
• [学会発表] Generalized-ensemble algorithms: powerful conformational sampling techniques for biomolecular simulations (2011)
  • 著者名/発表者名: Y. Okamoto
  • 学会等名: Jawaharlal Nehru University International Conference, Biomolecular Simulation: Algorithm and Application
  • 発表場所: New Delhi, India
• [学会発表] Multidimensional generalized-ensemble algorithms for biomolecular simulations (2011)
  • 著者名/発表者名: Y. Okamoto
  • 学会等名: The 3rd Korea-Japan Seminar on Biomolecular Sciences
  • 発表場所: Experiments and Simulations, Jeju, Korea
• [学会発表] Computer simulations of biomolecular systems (2011)
  • 著者名/発表者名: Y. Okamoto
  • 学会等名: The 7th Asian Biophysics Association (ABA) Symposium
  • 発表場所: New Delhi, India
• [学会発表] Quest for global minimizations : generalized-ensemble approach From Computational Biophysics to Systems Biology (CBSB11) (2011)
  • 著者名/発表者名: 岡本祐幸
  • 学会等名: Celebrating Harold Scheraga's Forthcoming 90th Birthday
  • 発表場所: Juelich (Germany)
• [学会発表] Generalized-ensemble simulations of spin models and biomolecular systems (2011)
  • 著者名/発表者名: 岡本祐幸
  • 学会等名: 12th International NTZ-Workshop on New Developments in Computational Physics (CompPhys11)
  • 発表場所: Leipzig (Germany)
• [学会発表] Generalized-ensemble algorithms for protein aggregation and ligand binding [Plenary Lecture] (2011)
  • 著者名/発表者名: 岡本祐幸
  • 学会等名: The 7th International Conference : Structure and Stability of Biomacromolecules (SSB 2011)
  • 発表場所: Kosice (Slovakia)(招待講演)
• [学会発表] 185-Frypan sampling, a simple, knowledge-based improvement from umbrella sampling : Application to peptide folding (2011)
  • 著者名/発表者名: Daniel J Sindhikara, Y.Okamoto
  • 学会等名: Fall 2011 National Meeting & Exposition
  • 発表場所: Denver, Colorado, USA
• [学会発表] 構造ゆらぎを促進する分子シミュレーション手法の開発と自由エネルギー計算 (2011)
  • 著者名/発表者名: 岡本祐幸
  • 学会等名: 科研費新学術領域研究「揺らぎと生体機能」平成23年度合同班会議
  • 発表場所: 夕張(日本)
• [学会発表] Computer simulations of biomolecular system (2011)
  • 著者名/発表者名: Y.Okamoto
  • 学会等名: The 7th Asian Biophysics Association (ABA) Symposium
  • 発表場所: New Delhi, India(招待)
• [学会発表] Multidimensional generalized-ensemble algorithms for biomolecular simulations (2011)
  • 著者名/発表者名: Y.Okamoto
  • 学会等名: The 3rd Korea-Japan Seminar on Biomolecular Sciences-Experiments and Simulations
  • 発表場所: Jeju, Korea(招待)
• [学会発表] Generalized-ensemble algorithms : powerful conformational sampling techniques for biomolecular simulations (2011)
  • 著者名/発表者名: Y.Okamoto
  • 学会等名: Jawaharlal Nehru University International Conference, Biomolecular Simulation : Algorithm and Application
  • 発表場所: New Delhi, India(招待)
• [学会発表] New coformational search method using genetic algorithm and knot theory for proteins (2011)
  • 著者名/発表者名: Y.Sakae, T.Hiroyasu, M.Miki, Y.Okamoto
  • 学会等名: Pacific Symposium on Biocomputing 2011 (PSB2011), The Big Island of Hawaii, USA
  • 発表場所: The Big Island of Hawaii, USA
• [学会発表] US-Japan Workshops on Computational Physics-International Liaison Activities (2011)
  • 著者名/発表者名: Y.Okamoto
  • 学会等名: American Physical Society March Meeting 2011
  • 発表場所: Dallas, Texas, USA
• [学会発表] レプリカ交換法プログラム:REM (2011)
  • 著者名/発表者名: 岡本祐幸
  • 学会等名: スーパーコンピュータワークショップ2011「分子科学プログラムライブラリの充実にむけて」
  • 発表場所: 岡崎(招待)
• [学会発表] 計算機シミュレーションによる生体分子科学研究 (2011)
  • 著者名/発表者名: 岡本祐幸
  • 学会等名: 岡崎統合バイオサイエンスセンター「10周年記念シンポジウム」
  • 発表場所: 岡崎(招待)
• [学会発表] レプリカ交換法を実現する付加機能ソフトREM (2011)
  • 著者名/発表者名: 岡本祐幸
  • 学会等名: 文部科学省「最先端・高性能スーパーコンピュータの開発利用」プロジェクト 次世代ナノ統合シミュレーションソフトウェアの研究開発第5回公開シンポジウム
  • 発表場所: 神戸
• [学会発表] Generalized-ensemble algorithms for multiscale biomolecular simulations (2010)
  • 著者名/発表者名: Y. Okamoto
  • 学会等名: BioScience2010: Workshop on Expanding the Frontiers of Biomolecular Science
  • 発表場所: Juelich, Germany
• [学会発表] Generalized-ensemble simulations in protein science (2010)
  • 著者名/発表者名: Y. Okamoto
  • 学会等名: [Keynote Talk] The 4th Japan-Russia International Workshop on Molecular Simulation Studies in Material and Biological Sciences (MSSMBS'10)
  • 発表場所: Dubna-Moscow, Russia
• [学会発表] Folding and misfolding simulations of biomolecules (2010)
  • 著者名/発表者名: Y. Okamoto
  • 学会等名: The 10th Taiwan International Symposium on Statistical Physics (StatPhys-Taiwan-2010)
  • 発表場所: Taipei, Taiwan
• [学会発表] Molecular dynamics methods in generalized ensemble (2010)
  • 著者名/発表者名: Y. Okamoto
  • 学会等名: The 239th American Chemical Society National Meeting
  • 発表場所: San Francisco, California, U.S.A.
• [学会発表] Generalized-ensemble simulations of protein folding (2010)
  • 著者名/発表者名: Y. Okamoto
  • 学会等名: The 23rd Annual Workshop of the Center of Simulational Physics: Recent Developments in Computer Simulations Studies in Condensed Matter Physics
  • 発表場所: Athens, Georgia, U.S.A.
• [学会発表] Generalized-ensemble simulations in protein science (2010)
  • 著者名/発表者名: Y.Okamoto
  • 学会等名: The 4th Japan-Russia International Workshop on Molecular Simulation Studies in Material and Biological Sciences (MSSMBS'10)
  • 発表場所: Dubna-Moscow, Russia[Invited Keynote Talk]
• [学会発表] Generalized-ensemble simulations of protein folding (2010)
  • 著者名/発表者名: Y.Okamoto
  • 学会等名: The 23rd Annual Workshop of the Center of Simulational Physics : Recent Developments in Computer Simulation Studies in Condensed Matter Physics, Athens
  • 発表場所: Georgia, USA[Invited Talk]
• [学会発表] Folding and misfolding simulations of biomolecules (2010)
  • 著者名/発表者名: Y.Okamoto
  • 学会等名: The 10th Taiwan International Symposium on Statistical Physics (StatPhys-Taiwan-2010)
  • 発表場所: Taipei, Taiwan(招待)
• [学会発表] Generalized-ensemble simulations in protein science (2010)
  • 著者名/発表者名: Y.Okamoto
  • 学会等名: The 4th Japan-Russia International Workshop on Molecular Simulation Studies in Material and Biological Sciences (MSSMBS'10)
  • 発表場所: Dubna-Moscow, Russia(招待 Keynote Talk)
• [学会発表] Generalized-ensemble algorithms for multiscale biomolecular simulations (2010)
  • 著者名/発表者名: Y.Okamoto
  • 学会等名: BioScience2010 Workshop on Expanding the Frontiers of Biomolecular Science
  • 発表場所: Juelich, Germany(招待)
• [学会発表] Residual entropy of ordinary ice calculated from multicanonical Monte Carlo simulations (2010)
  • 著者名/発表者名: Y.Okamoto, C.Muguruma, B.A.Berg
  • 学会等名: 21st IUPAC International Conference on Chemical Thermodynamics ICCT-2010
  • 発表場所: Tsukuba Japan
• [学会発表] Computer simulations of protein folding and misfolding (2010)
  • 著者名/発表者名: 岡本祐幸
  • 学会等名: 第10回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: 札幌(招待)
• [学会発表] 分子シミュレーションによる分子内運動の計測 (2010)
  • 著者名/発表者名: 岡本祐幸
  • 学会等名: 真空・表面科学合同講演会
  • 発表場所: 吹田(招待)
• [学会発表] レプリカ交換法による膜蛋白質の立体構造予測 (2010)
  • 著者名/発表者名: 岡本祐幸
  • 学会等名: 次世代スパコンプロジェクト連続研究会「イオンチャネル(No.2)」
  • 発表場所: 福井
• [学会発表] 構造揺らぎを促進する分子シミュレーション手法の開発と自由エネルギー計算 (2010)
  • 著者名/発表者名: 岡本祐幸
  • 学会等名: 新学術領域研究「揺らぎと生体機能」平成22年度合同班会議
  • 発表場所: 片山津
• [学会発表] Generalized-ensemble simulations of protein folding (invited) (2010)
  • 著者名/発表者名: Y.Okamoto
  • 学会等名: The 23rd Annual Workshop of the Center for Simulational Physics : Recent Developments in Computer Simulation Studies in Condensed Matter Physics
  • 発表場所: Athens, Georgia, USA
• [学会発表] Generallized-ensemble algorithms for modeling of biological macromolecules (2010)
  • 著者名/発表者名: Y.Okamoto
  • 学会等名: The Pacific Symposium on Biocomputing 2010
  • 発表場所: Big Island of Hawaii, USA
• [学会発表] Molecular dynamics methods in generalized ensemble (invited) (2010)
  • 著者名/発表者名: Y.Okamoto
  • 学会等名: The 239th American Chemical Society National Meeting
  • 発表場所: San Francisco, California, USA
• [学会発表] Nagoya University and Biophysics Research (2010)
  • 著者名/発表者名: Y.Okamoto
  • 学会等名: International Symposium : Fifty Years of Biophysics Research at Nagoya University
  • 発表場所: 名古屋大学
• [学会発表] 拡張アンサンブル法によるナノシミュレーション～蛋白質分子の立体構造予測～(招待講演) (2009)
  • 著者名/発表者名: 岡本祐幸
  • 学会等名: 日本材料学会分子動力学部門委員会・北陸信越支部合同研究会「ナノスケール現象のその場観察～顕微鏡と原子シミュレーションの役割～」
  • 発表場所: 金沢大学
  • 年月日: 2009-07-03
• [学会発表] Protein folding simulations and optimization of potential energy functions for protein systems (invited) (2009)
  • 著者名/発表者名: Y.Okamoto
  • 学会等名: 第2回Road to Ab Initio Design of Materials and Bio-Artifacts研究会
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2009-06-25
• [学会発表] Generalized-ensemble simulations of water and biomolecules (invited) (2009)
  • 著者名/発表者名: Y. Okamoto
  • 学会等名: The 6^<th> Open Workshop of the Scientific Reseach in Priority Areas : Water and Biomolecules
  • 発表場所: Okazaki, Japan
  • 年月日: 2009-03-16
• [学会発表] Generalized-ensemble simulations of bionanostructures (2009)
  • 著者名/発表者名: Y. Okamoto
  • 学会等名: The 238th American Chemical Society National Meeting
  • 発表場所: Washington, D.C., U.S.A.
• [学会発表] Generalized-ensemble algorithms for protein structure predictions (2009)
  • 著者名/発表者名: Y. Okamoto
  • 学会等名: [Keynote Talk] 2009 International Conference on Computational & Experimental Engineering and Sciences, ICCES'09
  • 発表場所: Phuket, Thailand
• [学会発表] Generalized-ensemble simulations of biomolecular systems (2009)
  • 著者名/発表者名: Y. Okamoto
  • 学会等名: Korea-Japan Seminars on Biomolecular Sciences. Experiments and Simulations
  • 発表場所: Seoul, Korea
• [学会発表] Protein structure predictions by generalized-ensemble simulations (2009)
  • 著者名/発表者名: Y. Okamoto
  • 学会等名: Zing Conference on Nanobiophysics, Nanochemistry, Nanomedicine and Nanotoxicology
  • 発表場所: Antigua
• [学会発表] Generalized-ensemble algorithms for protein structure predictions (2009)
  • 著者名/発表者名: Y.Okamoto
  • 学会等名: 2009 International Conference on Computational, &, Experimental Engineering and Sciences, ICCES'09
  • 発表場所: Phuket, Thailand[Invited Keynote Talk]
• [学会発表] Generalized-ensemble algorithms for protein structure predictions [Keynote Talk] (invited) (2009)
  • 著者名/発表者名: Y.SaKae, Y.Okamoto
  • 学会等名: 2009 International Conference on Computational & Experimental Engineering and Sciences
  • 発表場所: Phuket, Thailand
• [学会発表] Generalized-ensemble simulations of bionanostructures (invited) (2009)
  • 著者名/発表者名: Y.Okamoto
  • 学会等名: The 238th American Chemical Society National Meeting
  • 発表場所: Washington, D.C., USA
• [学会発表] Generalized-ensemble simulations in biomolecular science (invited) (2009)
  • 著者名/発表者名: Y.Okamoto
  • 学会等名: The 2nd Japan-Korea Seminars on Biomolecular Sciences-Experiments and Simulations
  • 発表場所: 名古屋
• [学会発表] 拡張アンサンブル法:状態空間の効率的なサンプリング(招待講演) (2009)
  • 著者名/発表者名: 岡本祐幸
  • 学会等名: 分野横断型研究会「アルゴリズムによる計算科学の融合と発展」
  • 発表場所: 筑波大学計算科学研究センター、つくば
• [学会発表] 揺らぎを誘起する拡張アンサンブル法によるタンパク質の折畳みシミュレーション(招待講演) (2009)
  • 著者名/発表者名: 岡本祐幸
  • 学会等名: 第9回日本蛋白質科学会
  • 発表場所: 熊本
• [学会発表] 計算機シミュレーションによる蛋白質分子の立体構造予測(招待講演) (2009)
  • 著者名/発表者名: 岡本祐幸
  • 学会等名: 分子研シンポジウム
  • 発表場所: 岡崎
• [学会発表] 拡張アンサンブル法で探るタンパク質のフォールディングとミスフォールディング(招待講演) (2009)
  • 著者名/発表者名: 伊藤暁、岡本祐幸
  • 学会等名: 大阪大学蛋白質研究所セミナー「蛋白質立体構造を基盤とするプリオン現象の解明と制御」
  • 発表場所: 大阪大学、吹田
• [学会発表] Molecular Simulations by Generalized-Ensemble Algorithms (2009)
  • 著者名/発表者名: Y.Okamoto
  • 学会等名: International Symposiumm on "Reaction Dynamics of Many-Body Chemical Systems" (RDMCS2009)
  • 発表場所: 京都大学
• [学会発表] Protein structure predictions by generalized-ensemble simulations (invited) (2009)
  • 著者名/発表者名: Y. Okamoto
  • 学会等名: Zing Conference on Nanobiophysics, Nanochemistry, Nanomedicine and Nanotoxicology
  • 発表場所: Antigua
• [学会発表] Generalized-ensemble simulations of biomolecular systems (invited) (2009)
  • 著者名/発表者名: Y Okamoto
  • 学会等名: Korea-Japan Seminars on Biomolecular Sciences-Experiments and Simulations
  • 発表場所: Seoul, Korea
• [図書] 「拡張アンサンブル法」,「計算科学講座」第9巻「超多自由度系の最適化」第2章 (2013)
  • 著者名/発表者名: 岡本祐幸
  • 出版者: 古橋武、笹井理生編、共立出版
• [図書] "Enhanced sampling algorithms," in Biomolecular Simulations: Methods and Protocols, L. Monticelli and E. Salonen (eds.) (2012)
  • 著者名/発表者名: A. Mitsutake, Y. Mori, and Y. Okamoto
  • 出版者: Humana Press, New York
• [図書] Generalized-ensemble algorithms for simulations of complex molecular systems," in Practical Aspects of Computational Chemistry II: An Overview of the Last Two Decades and Current Trends, J. Leszczynski and M.K. Shukla (eds.) (2012)
  • 著者名/発表者名: H. Okumura, S.G. Itoh, and Y. Okamoto
  • 出版者: Generalized-ensemble algorithms for simulations of complex molecular systems," in Practical Aspects of Computational Chemistry II: An Overview of the Last Two Decades and Current Trends, J. Leszczynski and M.K. Shukla (eds.)
• [図書] Biomolecular Simulations: Methods and Protocols (2012)
  • 著者名/発表者名: A. Mitsutake, Y. Mori, and Y. Okamoto (edited by L. Monticelli and E. Salonen)
  • 出版者: Humana Press
• [図書] Practical Aspects of Computational Chemistry II: An Overview of the Last Two Decades and Current Trends (2012)
  • 著者名/発表者名: H. Okumura, S.G. Itoh, and Y. Okamoto (edited by J. Leszczynski and M.K. Shukla)
  • 出版者: Springer
• [図書] Proceedings of the 4th Japan-Russia International Workshop MSSMBS'10 "Molecular Simulations Studies in Material and Biological Sciences", K.Kholmurodov (ed.), (Nova Science, Hauppauge) (2011)
  • 著者名/発表者名: Y Mori, A.Mitsutake, Y Okamoto
  • 出版者: Generalized-ensemble simulations in protein science
• [図書] Springer-Verlag, Berlin (2009)
  • 著者名/発表者名: Y.Okamoto
  • 出版者: Generalized-ensemble algorithms for studying protein folding in Water and Biomolecules(K.Kuwajima, Y.Goto, F.Hirata, M.Kataoka, and M.Terazima, (eds.))
• [図書] "Generalized-ensemble algorithms for studying protein folding" in Water and Biomolecules (edited by K.Kuwajima, Y.Goto, F.Hirata, M.Kataoka, and M.Terazima) (2009)
  • 著者名/発表者名: Y.Okamoto
  • 出版者: Springer-Verlag
• [備考]
  • URL: http://www.tb.phys.nagoya-u.ac.jp/okamoto/