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溶液論と計算科学的手法によるABCトランスポータの構造変化と機能発現機構の解明

計画研究

研究領域水を主役としたATPエネルギー変換
研究課題/領域番号 20118006
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 複合領域
研究機関東京工業大学

研究代表者

櫻井 実  東京工業大学, バイオ研究基盤支援総合センター, 教授 (50162342)

研究分担者 原野 雄一  大阪大学, 蛋白質研究所, 特任准教授 (60456259)
研究期間 (年度) 2008 – 2012
研究課題ステータス 完了 (2012年度)
配分額 *注記
43,810千円 (直接経費: 33,700千円、間接経費: 10,110千円)
2012年度: 9,620千円 (直接経費: 7,400千円、間接経費: 2,220千円)
2011年度: 9,490千円 (直接経費: 7,300千円、間接経費: 2,190千円)
2010年度: 9,490千円 (直接経費: 7,300千円、間接経費: 2,190千円)
2009年度: 9,490千円 (直接経費: 7,300千円、間接経費: 2,190千円)
2008年度: 5,720千円 (直接経費: 4,400千円、間接経費: 1,320千円)
キーワードABC トランスポータ / ATP / 水 / 水和自由エネルギー / 水和エントロピー / 水和エンタルピー / 蛋白質-リガンド結合自由エネルギー / ATP加水分解自由エネルギー / ABCトランスポーター / 自由エネルギー / MDシミュレーション / CFTR / MMPBSA法 / 水和 / ホモロジーモデリング / ABCトランスポータ / 分子動力学シミュレーション / 量子化学計算
研究概要

本研究では、ABC トランスポータの機能発現機構を"水とATP の役割"の観点から研究し、次の成果を得た。1)ATP 及びその関連化合物の加水分解エネルギーは水和の効果によって~10kcal/mol 程度に収束する、2) 蛋白質-リガンド複合体形成の主たる駆動力は水の並進エントロピー(あるいは排除体積効果)である、3) ATP の結合自由エネルギーはヌクレオチド結合ドメイン(NBD)の2 量体化(power stroke)に変換される、4) NBD の2 量体化は、水和エンタルピーと水和エントロピーにより駆動されて起こる。

報告書

(7件)
  • 2012 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2011 実績報告書
  • 2010 実績報告書   自己評価報告書 ( PDF )
  • 2009 実績報告書
  • 2008 実績報告書
  • 研究成果

    (71件)

すべて 2013 2012 2011 2010 2009 2008 その他

すべて 雑誌論文 (20件) (うち査読あり 20件) 学会発表 (50件) (うち招待講演 1件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] The Power Stroke Driven by ATP Binding in CFTR As Studied by by ATP Binding in CFTR As Studied by Molecular Dynamics Simulations2013

    • 著者名/発表者名
      T. Furukawa-Hagiya
    • 雑誌名

      J. Phys. Chem. B

      巻: 117 号: 1 ページ: 83-93

    • DOI

      10.1021/jp308315w

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書 2012 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Dynamics and structural changes induced by ATP and/or substrate binding in the inward-facing conformation state of P-glycoprotein2013

    • 著者名/発表者名
      Y. Watanabe
    • 雑誌名

      Chem. Phys. Left

      巻: 557 ページ: 145-149

    • DOI

      10.1016/j.cplett.2012.12.040

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書 2012 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Evaluation of Protein-Ligand Binding Free Energy Focused on its Entropic Components2012

    • 著者名/発表者名
      S.Chiba, Y.Harano, R.Roth, M.Kinoshita, M.Sakurai
    • 雑誌名

      J.Comput.Chem.

      巻: 33 号: 5 ページ: 550-560

    • DOI

      10.1002/jcc.22891

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書 2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Application of Hydration Thermodynanlics to the Evaluation of Protein Structures and Protein-Ligand Binding2012

    • 著者名/発表者名
      Y. Harano
    • 雑誌名

      Entropy

      巻: 14 号: 8 ページ: 1443-1468

    • DOI

      10.3390/e14081443

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書 2012 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A scoring function based on solvation thermodynamics for protein structure prediction2012

    • 著者名/発表者名
      S. Du
    • 雑誌名

      BIOPHYSICS

      巻: 8 号: 0 ページ: 127-138

    • DOI

      10.2142/biophysics.8.127

    • NAID

      130002104520

    • ISSN
      1349-2942
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Full-Quantum chemical calculation of the absorption maximum of bacteriorhodopsin: a comprehensive analysis of the amino acid residues contributing to the opsin shift2012

    • 著者名/発表者名
      T. Hayashi
    • 雑誌名

      BIOPHYSICS

      巻: 8 号: 0 ページ: 115-125

    • DOI

      10.2142/biophysics.8.115

    • NAID

      130002061587

    • ISSN
      1349-2942
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Experimental and Theoretical Study on the Intermolecular Complex Formation Between Trehalose and Benzene Compounds2011

    • 著者名/発表者名
      K. Sakakura
    • 雑誌名

      J. Phys. Chem. B

      巻: 115 号: 32 ページ: 9823-9830

    • DOI

      10.1021/jp2037203

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Morphometric Approach to Thermodynamic Quantities of Solvation of Complex Molecules : Extension to Multicomponent Solvent2011

    • 著者名/発表者名
      R.Kodama, R.Roth, Y.Harano, M.Kinoshita
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Physics

      巻: 135 号: 4

    • DOI

      10.1063/1.3617247

    • NAID

      120003338824

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Free-Energy Function for Discriminating the Native Fold of a Protein from Misfolded Decoys2011

    • 著者名/発表者名
      S.Yasuda, T.Yoshidome, Y.Harano, E.Roth, H.Oshima, K.Oda, Y.Sugita, M.Ikeguchi, M.Kinoshita
    • 雑誌名

      Proteins-Structure Function and Bioinformatics

      巻: 79 号: 7 ページ: 2161-2171

    • DOI

      10.1002/prot.23036

    • NAID

      120005593601

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Emerging New Technologies in Pharamcogenomics: Rapid SNP detection, molecular dynamic simulation, and QSAR analysis methods to validate clinically importantgenetic variants of human ABC Transporter ABCB1 (P-gp/MDR1)2010

    • 著者名/発表者名
      T. Ishikawa, A. Sakurai, H. Hirano, A. Lezhava, M. Sakurai, Y. Hayashizaki
    • 雑誌名

      Pharmacology & Therapeutics

      巻: 126 号: 1 ページ: 69-81

    • DOI

      10.1016/j.pharmthera.2010.01.005

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Emerging New Technologies in Pharamcogenomics: Rapid SNP detection, molecular dynamic simulation,and QSAR analysis methods to validate clinically importantgenetic variants of human ABC Transporter ABCB1 (P-gp/MDR1)2010

    • 著者名/発表者名
      T. Ishikawa, A. Sakurai, H. Hirano, A.Lezhava, M. Sakurai, Y. Hayashizaki
    • 雑誌名

      Pharmacology & Therapeutics 126

      ページ: 69-81

    • 関連する報告書
      2010 自己評価報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Effects of side-chain packingon the formation of secondary structures in proteinfolding2010

    • 著者名/発表者名
      S. Yasuda, T. Yoshidome, H. Oshima, R. Kodama, Y.Harano, M. Kinoshita M
    • 雑誌名

      J. Chem. Phys. 132

      ページ: 65105-65105

    • 関連する報告書
      2010 自己評価報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Multivariate analysis of properties of amino acid residues in proteins froma viewpoint of functional site prediction2010

    • 著者名/発表者名
      S. Du, M. Sakurai
    • 雑誌名

      Chem.Phys. Lett. 488

      ページ: 81-85

    • 関連する報告書
      2010 自己評価報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Fragment-Molecular-Orbital-Based ab initio NMR Chemical-Shift Calculations for large Molecular Systems with a Cutoff Distance2010

    • 著者名/発表者名
      Q.Gao, S.Yokojima, D.G.Fedorov, K.Kitaura, M.Sakurai, S.Nakamura
    • 雑誌名

      J.Chem.Theory Comput.

      巻: 6 ページ: 1428-1444

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Effects of side-chain packing on the formation of secondary structures in protein folding2010

    • 著者名/発表者名
      S.Yasuda, T.Yoshidome, H.Oshima, R.Kodama, Y.Harano, M.Kinoshita
    • 雑誌名

      J.Chem.Phys.

      巻: 132

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Emerging New Techuologie in Pharamcogeuomics : Rapid SNP detection, molecular dynamic simulation, and QSAR analysis methods to validate clinically importantgenctic variants of human ABC Transporter ABCB1(P-gp/MDR1)2010

    • 著者名/発表者名
      T.Ishikawa, A.Sakurai, H.Hirauo, A.Lezhava, M.Sakurai, Y.Hayashizaki
    • 雑誌名

      Pharmacology & Therapeutics 126

      ページ: 69-81

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Theoretical study on the absorption maxima of real GFPs2010

    • 著者名/発表者名
      A.Matsuura, T.Hayashi, H.Sato, A.Takahashi, M.Sakurai
    • 雑誌名

      Chem.Phys.Lett. 484

      ページ: 324-329

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Multivariate analysis of properties of amino acid residues in proteins from a viewpoint of functional site prediction2010

    • 著者名/発表者名
      S.Du, M.Sakurai
    • 雑誌名

      Chem.Phys.Lett. 488

      ページ: 81-85

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Effects of trehalose on the swelling behavior of hydrogel-visualization of the preferential hydration of disaccharides2009

    • 著者名/発表者名
      Furuki, T., Ito, T., Asakawa, N., Inoue, Y., Sakurai
    • 雑誌名

      Chem. Lett 38

      ページ: 264-265

    • NAID

      10025120199

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Biological functions of trehalose as a substitute for water2009

    • 著者名/発表者名
      M. Sakurai
    • 雑誌名

      Water and Biomolecules-Physical Chemistry of Life Phenomena

      ページ: 212-240

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Full-quantum chemical calculations of the absorption maxima of retinal proteins2012

    • 著者名/発表者名
      櫻井実
    • 学会等名
      第50回生物物理学会
    • 発表場所
      名古屋大学(愛知)
    • 年月日
      2012-09-22
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Dynamics and structural changes of ABCB1 transporter induced by binding of substrates and inhibitors2012

    • 著者名/発表者名
      櫻井実
    • 学会等名
      第50回生物物理学会
    • 発表場所
      名古屋大学(愛知)
    • 年月日
      2012-09-22
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] The chrolide ion uptake mechanism in pharaonis halorhodopsin as studied by the energy representation method2012

    • 著者名/発表者名
      櫻井実
    • 学会等名
      第50回生物物理学会
    • 発表場所
      名古屋大学(愛知)
    • 年月日
      2012-09-22
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] ATP-binding induced conformational change in CFTR as studied by MD simulation2012

    • 著者名/発表者名
      櫻井実
    • 学会等名
      第50回生物物理学会
    • 発表場所
      名古屋大学(愛知)
    • 年月日
      2012-09-22
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Calculation of the binding free energy of ATP to the nucleotide binding domain of an ABC transporter2012

    • 著者名/発表者名
      櫻井実
    • 学会等名
      第50回生物物理学会
    • 発表場所
      名古屋大学(愛知)
    • 年月日
      2012-09-22
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] ABCトランスポーターのヌクレオチド結合ドメインへのATPの結合エネルギーの計算2012

    • 著者名/発表者名
      櫻井実
    • 学会等名
      第12回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      名古屋国際会議場(愛知)
    • 年月日
      2012-06-20
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] 分子動力学シミュレーションによるABCトランスポーターMsbAにおけるカップリング・ヘリックス変異の構造的影響2012

    • 著者名/発表者名
      櫻井実
    • 学会等名
      第12回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      名古屋国際会議場(愛知)
    • 年月日
      2012-06-20
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] ABCトランスポーターCFTRチャネルのATP加水分解駆動ゲーティング機構の解析2012

    • 著者名/発表者名
      櫻井実
    • 学会等名
      第12回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      名古屋国際会議場(愛知)
    • 年月日
      2012-06-20
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] MM-PB/SA法によるタンパク質リガンド間結合自由エネルギー計算の再現性向上を目指して2012

    • 著者名/発表者名
      櫻井実
    • 学会等名
      第12回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      名古屋国際会議場(愛知)
    • 年月日
      2012-06-20
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] ER法によるハロロドプシンの塩素イオン取り込み機構の解明2012

    • 著者名/発表者名
      櫻井実
    • 学会等名
      第12回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      名古屋国際会議場(愛知)
    • 年月日
      2012-06-20
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] MDシミュレーションによるCFTRタンパク質のATP結合誘導NBD二量体化の解析2012

    • 著者名/発表者名
      櫻井実
    • 学会等名
      第12回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      名古屋国際会議場(愛知)
    • 年月日
      2012-06-20
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Dynamics and structural changes of ABCB1 transporter induced by binding of substrates and inhibitors2012

    • 著者名/発表者名
      Wei-Lin Hsu, Y. Watanabe, T. Furuta, M. Sakurai
    • 学会等名
      第50回生物物理学会
    • 発表場所
      名古屋大学(愛知)
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] ATP-binding induced conformational change in CFTR as studied by MD simulation2012

    • 著者名/発表者名
      T. Hagiya, T. Furuta1, S. Chiba1, Y. Sohma, M. Sakurai
    • 学会等名
      第50回生物物理学会
    • 発表場所
      名古屋大学(愛知)
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] Calculation of the binding free energy of ATP to the nucleotide binding domain of an ABC transporter2012

    • 著者名/発表者名
      Y. Kaneta, S. Chiba, T. Furuta, M.Sakurai
    • 学会等名
      第50回生物物理学会
    • 発表場所
      名古屋大学(愛知)
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] 分子動力学シミュレーションによるABCトランスポーターMsbAにおけるカップリング・ヘリックス変異の構造的影響2012

    • 著者名/発表者名
      古田忠臣、山口知宏、加藤博章、櫻井実
    • 学会等名
      第12回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      名古屋国際会議場(愛知)
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] ABCトランスポーターCFTRチャネルのATP加水分解駆動ゲーティング機構の解析2012

    • 著者名/発表者名
      小寺充彦、萩谷朋佳、古田忠臣、相馬義郎、櫻井実
    • 学会等名
      第12回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      名古屋国際会議場(愛知)
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] MDシミュレーションによるCFTRタンパク質のATP結合誘導NBD二量体化の解析2012

    • 著者名/発表者名
      萩谷朋佳、千葉峻太朗、古田忠臣、相馬義郎、櫻井実
    • 学会等名
      第12回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      名古屋国際会議場(愛知)
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] ATP-binding induced conformational change in CFTR of the inward-facing state using a simulation study2011

    • 著者名/発表者名
      T. Hagiya, T. Furuta1, Y. Sohma, M. Sakurai
    • 学会等名
      第34回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] Unidirectional structure changes of ABC transporters driven by binding of ATP and its hydrolysis2011

    • 著者名/発表者名
      M. Sakurai
    • 学会等名
      第49回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      兵庫県立大姫路書写キャンパス
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] コンピューターシミュレーションから探るABCトランスポーターの動的構造と ATP 加水分解の関係2011

    • 著者名/発表者名
      田中 翔、櫻井実
    • 学会等名
      第11回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      ホテル阪急エキスポパーク(吹田)
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] コンピューターシミュレーションから探るABCトランスポーターの動的構造とATP加水分解の関係2011

    • 著者名/発表者名
      櫻井実
    • 学会等名
      第11回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      大阪 ホテル阪急
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] 分子動力学シミュレーションによるフォトトロピンの光活性化機構の研究2011

    • 著者名/発表者名
      櫻井実
    • 学会等名
      第11回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      大阪 ホテル阪急
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Unidirectional structure changes of ABC transporters driven by binding of ATP and its hydrolysis2011

    • 著者名/発表者名
      櫻井実
    • 学会等名
      第49回日本生物物理学会
    • 発表場所
      兵庫県立大
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] A state essential for priming ATP-hydrolysis in gating cycle in an ABC transporter CFTR channel2011

    • 著者名/発表者名
      相馬義郎
    • 学会等名
      第49回日本生物物理学会
    • 発表場所
      兵庫県立大
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Brief review and the present understanding of ATP hydrolysis energy2010

    • 著者名/発表者名
      M. Sakurai
    • 学会等名
      International Symposium on Hydration and ATP Energy
    • 発表場所
      仙台秋保
    • 年月日
      2010-03-08
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書 2010 自己評価報告書
  • [学会発表] Brief review and the present understanding of ATP hydrolysis energy2010

    • 著者名/発表者名
      櫻井実
    • 学会等名
      International Symposium on Hydration and ATP Energy
    • 発表場所
      仙台秋保 岩沼屋
    • 年月日
      2010-03-08
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] ABCトランスポーターのヌクレオチド結合ドメインへのATPの結合エネルギーの計算2010

    • 著者名/発表者名
      金田祐輔、千葉峻太朗、古田忠臣、櫻井実
    • 学会等名
      第12回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      名古屋国際会議場(愛知)
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] A novel method for evaluating protein-ligand binding affinity based on thermodynamics: focusing on entropy2010

    • 著者名/発表者名
      S. Chiba, Y. Harano, M. Kinoshita and M. Sakurai
    • 学会等名
      Pacifichem 2010 Congress
    • 発表場所
      ホノルル(アメリカ)
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] Conformational change of mouse ABC transporter ABCB1 from an inward-facing conformation as studied by molecular dynamics simulation2010

    • 著者名/発表者名
      Y. Watanabe, D. Sato, M. Sakurai
    • 学会等名
      第48回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      東北大
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書 2010 実績報告書
  • [学会発表] MD simulation study on the atomic-level structure of ABCC7 (CFTR)2010

    • 著者名/発表者名
      W. Uchida, T. Hagiya, D. Satoh,Y. Sohma, M. Sakurai
    • 学会等名
      第48回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      東北大
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書 2010 実績報告書
  • [学会発表] マウス ABCB1トランスポーターの Inward-facing構造からの分子動力学シミュレーション2010

    • 著者名/発表者名
      渡辺百合香、足立健太郎、櫻井実
    • 学会等名
      第10回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      札幌
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] MDシミュレーションによる ABCC7 (CFTR) のクロライドイオン透過機構の解析2010

    • 著者名/発表者名
      打田和香、古川-萩谷朋佳、足立健太郎、相馬義郎、櫻井実
    • 学会等名
      第10回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      札幌
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] マウスABCB1トランスポーターのInward-facing構造からの分子動力学シミュレーション2010

    • 著者名/発表者名
      渡辺百合香、足立健太郎、櫻井実
    • 学会等名
      第10回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      札幌
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] MDシミュレーションによるABCC7(CFTR)のクロライドイオン透過機構の解析2010

    • 著者名/発表者名
      打田和香、古川-萩谷朋佳、足立健太郎、相馬義郎、櫻井実
    • 学会等名
      第10回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      札幌
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] Application of the Scoring Function Based on Solvation Free Energy to Protein Structure Prediction2010

    • 著者名/発表者名
      S.Du, Y.Harano, M.Sakurai, M.Kinoshita
    • 学会等名
      第10回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      札幌
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] Refinement of Modeled Protein Structure by Replica Exchange Molecular Dynamics and Hydration Entropy based Scoring Function2010

    • 著者名/発表者名
      S.Du, Y.Harano, M.Sakurai, M.Kinoshita
    • 学会等名
      第48回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      東北大
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] Theoretical study on the absorption maxima of retinal proteins and GFPs2010

    • 著者名/発表者名
      A.Mtauura, T.Hayashi, H.Sato, A.Takahashi, M.Sakurai
    • 学会等名
      第48回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      東北大
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] Fragment molecular orbital calculation of the absorption maxima of bacteriorhodopsin and pharaonis phoborhodopsin2010

    • 著者名/発表者名
      T.Hayashi, N.Taguchi, Y.Mochizuki, M.Sakurai
    • 学会等名
      第48回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      東北大
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] Molecular Dynamics study on the mechanical difference in the LOV2-kinase domain interaction between photo1 and photo22010

    • 著者名/発表者名
      H.Takeda, K.Zikihara, S.Tokutomi, M.Sakurai
    • 学会等名
      第48回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      東北大
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] Theoretical studies for biomolecular behavior in a liquid state from the view point of molecular crowding2010

    • 著者名/発表者名
      Y.Harano
    • 学会等名
      第48回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      東北大
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] Theoretical study on the absorption maxima of retinal proteins and GFPs2010

    • 著者名/発表者名
      T.Hayashi, A.Mtauura,, H.Sato, A.Takahashi, M.Sakurai
    • 学会等名
      Pacifichem 2010 Congress
    • 発表場所
      ホノルル
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] A novel method for evaluating protein-ligand binding affinity based on thermodynamics : focusing on entropy2010

    • 著者名/発表者名
      S.Chiba, Y.Harano, M.Kinoshita, M.Sakurai
    • 学会等名
      Pacifichem 2010 Congress
    • 発表場所
      ホノルル
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] 計算機シミュレーションによる ABCトランスポーターSav1866の薬剤排出機構の解明2009

    • 著者名/発表者名
      足立健太郎、櫻井実
    • 学会等名
      第47回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      アスティ徳島(徳島)
    • 年月日
      2009-11-01
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] 水のエントロピーに焦点を置いたタンパク質-リガンド間結合能の新規計算手法2009

    • 著者名/発表者名
      千葉峻太朗、野村淳磨、原野雄一、木下政弘、櫻井実
    • 学会等名
      第47回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      アスティ徳島(徳島)
    • 年月日
      2009-11-01
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書 2010 自己評価報告書 2009 実績報告書
  • [学会発表] 計算機シミュレーションによるABCトランスポーターSav1866の薬剤排出機構の解明2009

    • 著者名/発表者名
      足立健太郎、櫻井実
    • 学会等名
      第47回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      アスティ徳島(徳島)
    • 年月日
      2009-11-01
    • 関連する報告書
      2010 自己評価報告書 2009 実績報告書
  • [学会発表] 暗状態及び明状態のLOV2-Ser/Thrキナーゼドッキングモデルに対するMDシミュレーション2009

    • 著者名/発表者名
      武田英之、中野耕太、直原一徳、徳富哲、櫻井実
    • 学会等名
      第47回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      アスティ徳島(徳島)
    • 年月日
      2009-11-01
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] 多変量解析によるタンパク質の活性残基予測2009

    • 著者名/発表者名
      杜世橋、櫻井実
    • 学会等名
      第9回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      熊本全日空ホテル
    • 年月日
      2009-05-21
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] リガンド-タンパク質間の結合自由エネルギーに対するマルチフィジクス的計算手法の比較および評価2009

    • 著者名/発表者名
      千葉峻太朗、野村淳磨、原野雄一、木下政弘、櫻井実
    • 学会等名
      第9回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      熊本全日空ホテル
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書 2009 実績報告書
  • [学会発表] ATP加水分解反応のGibbsエネルギー変化2 : 量子化学計算からのアプローチ2009

    • 著者名/発表者名
      櫻井実
    • 学会等名
      生体運動研究合同班会議
    • 発表場所
      東京大学
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] ATPの加水分解エネルギー-量子化学計算の現状-2008

    • 著者名/発表者名
      櫻井実
    • 学会等名
      第46回生物物理学会年会
    • 発表場所
      福岡国際会議場
    • 年月日
      2008-12-04
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書 2010 自己評価報告書 2008 実績報告書
  • [備考]

    • URL

      http://www.cherry.bio.titech.ac.jp/

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書

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公開日: 2008-04-01   更新日: 2018-03-28  

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