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シナジー効果を有する化合物群のAI による探索と設計

計画研究

研究領域シナジー創薬学:情報・物質・生命の協奏による化合物相乗効果の統合理解と設計
研究課題/領域番号 20H05797
研究種目

学術変革領域研究(B)

配分区分補助金
審査区分 学術変革領域研究区分(Ⅳ)
研究機関九州工業大学

研究代表者

山西 芳裕  九州工業大学, 大学院情報工学研究院, 教授 (60437267)

研究分担者 天池 一真  名古屋大学, 物質科学国際研究センター, 助教 (00866600)
竹下 潤一  国立研究開発法人産業技術総合研究所, エネルギー・環境領域, 主任研究員 (60574390)
味八木 茂  広島大学, 病院(医), 講師 (10392490)
研究期間 (年度) 2020-10-02 – 2023-03-31
研究課題ステータス 完了 (2022年度)
配分額 *注記
79,040千円 (直接経費: 60,800千円、間接経費: 18,240千円)
2022年度: 25,870千円 (直接経費: 19,900千円、間接経費: 5,970千円)
2021年度: 25,870千円 (直接経費: 19,900千円、間接経費: 5,970千円)
2020年度: 27,300千円 (直接経費: 21,000千円、間接経費: 6,300千円)
キーワード化合物群 / シナジー効果 / AI / 組み合わせ / 最適化
研究開始時の研究の概要

複数の薬剤の組み合わせによる相乗効果(薬剤シナジー)を活用した化学療法が、がんや神経変性疾患など多因子疾患に対する有効な治療法として注目されている。本研究では、疾患状態の生体情報を入力とし、シナジー効果を有する薬剤群を予測するAIを開発する。さらに、より高いシナジー効果を有する新しい化合物群を設計するAIを開発する。有機化合物の組み合わせ数は膨大であり、実験的に全ての可能性を検証することは不可能である。生体情報から複数の薬剤群(または化合物群)を最適化できないか?という問いに対し、物質・生命科学のビッグデータと情報科学のAI技術を融合し、新たな方法論を創生する。

研究成果の概要

複数の薬剤の組合せによる相乗効果(薬剤シナジー)を活用した化学療法が、がんや神経変性疾患など多因子疾患に対する有効な治療法として注目されている。本計画研究班は、シナジー効果を有する薬剤群を予測する統計手法を開発する。具体的には、以下の3段階で研究を進める。1)疾患特異的オミックスデータ、薬剤応答オミックスデータ、分子間相互作用ネットワークを融合解析し、シナジー効果を有する薬剤群を予測する手法を開発。2)生体分子のネットワーク解析を行い、薬剤シナジーの作用機序を考察。3)より高いシナジー効果を有する新しい化合物の化学構造を発生・設計する手法を開発。

研究成果の学術的意義や社会的意義

これまで臨床研究での偶発的発見や限られた薬剤ペアに対する実験的検証に留まっていた薬剤シナジーに対し、本研究では、薬剤全ての組合せをAIで探索することで、これまでのボトルネックであった組合せ爆発の問題の解決に寄与する。本研究の特色は、疾患特異的な発現異常遺伝子群と薬剤に応答する発現異常遺伝子群を考慮して薬剤シナジーを解析する点にある。薬剤シナジーは、生命システムの動的反応の結果であるため、オミックスデータの活用によって、薬剤シナジーの正確な理解や予測につながることが期待できる。

報告書

(4件)
  • 2022 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2021 実績報告書
  • 2020 実績報告書
  • 研究成果

    (35件)

すべて 2023 2022 2021

すべて 雑誌論文 (12件) (うち国際共著 1件、 査読あり 12件、 オープンアクセス 7件) 学会発表 (23件) (うち国際学会 5件、 招待講演 19件)

  • [雑誌論文] Revisiting PFA-mediated tissue fixation chemistry: FixEL enables trapping of small molecules in the brain to visualize their distribution changes2023

    • 著者名/発表者名
      Nonaka Hiroshi、Mino Takeharu、Sakamoto Seiji、Oh Jae Hoon、Watanabe Yu、Ishikawa Mamoru、Tsushima Akihiro、Amaike Kazuma、Kiyonaka Shigeki、Tamura Tomonori、Radu Aricescu A.、Kakegawa Wataru、Miura Eriko、Yuzaki Michisuke、Hamachi Itaru
    • 雑誌名

      Chem

      巻: 9 号: 2 ページ: 523-540

    • DOI

      10.1016/j.chempr.2022.11.005

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Discovery of 2,6-Dihalopurines as Stomata Opening Inhibitors: Implication of an LRX-Mediated H<sup>+</sup>-ATPase Phosphorylation Pathway2023

    • 著者名/発表者名
      Ueda Ayaka、Aihara Yusuke、Sato Shinya、Kano Keiko、Mishiro-Sato Emi、Kitano Hiroyuki、Sato Ayato、Fujimoto Kazuhiro J.、Yanai Takeshi、Amaike Kazuma、Kinoshita Toshinori、Itami Kenichiro
    • 雑誌名

      ACS Chemical Biology

      巻: 18 号: 2 ページ: 347-355

    • DOI

      10.1021/acschembio.2c00771

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Regulome-based characterization of drug activity across the human diseasome2022

    • 著者名/発表者名
      Iwata Michio、Kosai Keisuke、Ono Yuya、Oki Shinya、Mimori Koshi、Yamanishi Yoshihiro
    • 雑誌名

      npj Systems Biology and Applications

      巻: 8 号: 1 ページ: 44-44

    • DOI

      10.1038/s41540-022-00255-4

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Small compound-based direct cell conversion with combinatorial optimization of pathway regulations2022

    • 著者名/発表者名
      Nakamura Toru、Iwata Michio、Hamano Momoko、Eguchi Ryohei、Takeshita Jun-ichi、Yamanishi Yoshihiro
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 38 号: Supplement_2 ページ: ii99-ii105

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/btac475

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Transformer-based Objective-reinforced Generative Adversarial Network to Generate Desired Molecules2022

    • 著者名/発表者名
      Li Chen、Yamanaka Chikashige、Kaitoh Kazuma、Yamanishi Yoshihiro
    • 雑誌名

      Proceedings of the 31st International Joint Conference on Artificial Intelligence and the 25th European Conference on Artificial Intelligence (IJCAI-ECAI 2022)

      巻: - ページ: 3884-3890

    • DOI

      10.24963/ijcai.2022/539

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] TRANSDIRE: data-driven direct reprogramming by a pioneer factor-guided trans-omics approach2022

    • 著者名/発表者名
      Eguchi Ryohei、Hamano Momoko、Iwata Michio、Nakamura Toru、Oki Shinya、Yamanishi Yoshihiro
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 38 号: 10 ページ: 2839-2846

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/btac209

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Inflammogenic effect of polyacrylic acid in rat lung following intratracheal instillation2022

    • 著者名/発表者名
      Nishida Chinatsu、Tomonaga Taisuke、Izumi Hiroto、Wang Ke-Yong、Higashi Hidenori、Ishidao Toru、Takeshita Jun-ichi、Ono Ryohei、Sumiya Kazuki、Fujii Shota、Mochizuki Shinichi、Sakurai Kazuo、Yamasaki Kei、Yatera Kazuhiro、Morimoto Yasuo
    • 雑誌名

      Particle and Fibre Toxicology

      巻: 19 号: 1 ページ: 1-17

    • DOI

      10.1186/s12989-022-00448-z

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] C?H arylation enables synthesis of imidazole-4-carboxamide (ICA) based fairy chemicals with plant growth-promoting activity2022

    • 著者名/発表者名
      Ueda Ayaka、Amaike Kazuma、Shirotani Yoko、Warstat Robin、Ito Hideto、Choi Jae-Hoon、Kawagishi Hirokazu、Itami Kenichiro
    • 雑誌名

      Canadian Journal of Chemistry

      巻: - 号: 7 ページ: 449-452

    • DOI

      10.1139/cjc-2022-0256

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Synthesis, properties, and material hybridization of bare aromatic polymers enabled by dendrimer support2022

    • 著者名/発表者名
      Fujiki Shusei、Amaike Kazuma、Yagi Akiko、Itami Kenichiro
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 13 号: 1 ページ: 5358-5358

    • DOI

      10.1038/s41467-022-33100-7

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Scaffold-Retained Structure Generator to Exhaustively Create Molecules in an Arbitrary Chemical Space2022

    • 著者名/発表者名
      Kaitoh Kazuma、Yamanishi Yoshihiro
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Information and Modeling

      巻: - 号: 9 ページ: 2212-2225

    • DOI

      10.1021/acs.jcim.1c01130

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] TRIOMPHE: Transcriptome-Based Inference and Generation of Molecules with Desired Phenotypes by Machine Learning2021

    • 著者名/発表者名
      Kaitoh Kazuma、Yamanishi Yoshihiro
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Information and Modeling

      巻: 61 号: 9 ページ: 4303-4320

    • DOI

      10.1021/acs.jcim.1c00967

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] CLASSIFICATION OF CHEMICAL COMPOUNDS BASED ON THE CORRELATION BETWEEN IN VITRO GENE EXPRESSION PROFILES2021

    • 著者名/発表者名
      Takeshita Jun-ichi、Toyoda Akinobu、Tani Hidenori、Endo Yasunori、Miyamoto Sadaaki
    • 雑誌名

      Bulletin of informatics and cybernetics

      巻: 53 号: 4 ページ: 1-14

    • DOI

      10.5109/4476055

    • NAID

      120007039341

    • ISSN
      0286-522X, 2435-743X
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] AIによるデータ駆動型研究が拓く創薬と医療2022

    • 著者名/発表者名
      山西芳裕
    • 学会等名
      第96回日本薬理学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] AIによるデータ駆動型研究が拓く創薬と医療2022

    • 著者名/発表者名
      山西芳裕
    • 学会等名
      日本動物実験代替法学会第35 回大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] AIによるデータ駆動型研究が拓く創薬と医療2022

    • 著者名/発表者名
      山西芳裕
    • 学会等名
      日本薬物動態学会 第37回年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Developing a network-based combination therapy approach for complex diseases2022

    • 著者名/発表者名
      Midori Iida, Yurika Kuniki, Kenta Yagi, Mitsuhiro Goda, Satoko Namba, Jun-ichi Takeshita, Ryusuke Sawada, Michio Iwata, Yoshito Zamami, Keisuke Ishizawa, and Yoshihiro Yamanishi
    • 学会等名
      情報計算化学生物学会(CBI学会)2022年大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] AIによるデータ駆動型創薬と医療2022

    • 著者名/発表者名
      山西芳裕
    • 学会等名
      第81回日本癌学会学術総会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] AIによるデータ駆動型研究が拓く創薬と医療2022

    • 著者名/発表者名
      山西芳裕
    • 学会等名
      日本化学会関東支部 2022年度講演会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] AIによるデータ駆動型研究が拓く創薬と医療2022

    • 著者名/発表者名
      山西芳裕
    • 学会等名
      日本オミックス医学会シンポジウム『AI創薬の最新の展開』
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 生薬比率を考慮した漢方薬の作用機序や効能のin silico予測2022

    • 著者名/発表者名
      島田祐樹, 江副晃洋, 澤田隆介, 柴田友和, 門脇真, 山西芳裕
    • 学会等名
      第39回和漢医薬学会学術大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] AIによるデータ駆動型研究が拓く生命医科学と創薬2022

    • 著者名/発表者名
      山西芳裕
    • 学会等名
      第95回日本内分泌学会学術総会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] AIによるデータ駆動型研究が拓く創薬と医療2022

    • 著者名/発表者名
      山西芳裕
    • 学会等名
      第25回ケムステVシンポ「データサイエンスが導く化学の最先端」
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] AIによるデータ駆動型研究が拓く創薬と医療2022

    • 著者名/発表者名
      山西芳裕
    • 学会等名
      第765回新潟医学会例会シンポジウム「メディカルAIの最前線」
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Data-driven drug discovery and molecular design by machine learning2022

    • 著者名/発表者名
      Yamanishi, Y.
    • 学会等名
      Inserm/JSPS joint seminar on artificial intelligence and big data approaches in precision medicine and health science
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Data-driven drug discovery and molecular design by machine learning2022

    • 著者名/発表者名
      Yamanishi, Y.
    • 学会等名
      The 7th Autumn School of Chemoinformatics in Nara 2022
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Small compound-based direct cell conversion with combinatorial optimization of pathway regulations2022

    • 著者名/発表者名
      Nakamura, T., Iwata, M., Hamano, M., Eguchi, R., Takeshita, J., and Yamanishi, Y.
    • 学会等名
      The 21st European Conference on Computational Biology (ECCB2022)
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Data-driven drug discovery and healthcare by machine learning2022

    • 著者名/発表者名
      Yamanishi, Y.
    • 学会等名
      The Eighteenth International Conference on Intelligent Computing (ICIC2022)
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Transformer-Based Objective-Reinforced Generative Adversarial Network to Generate Desired Molecules2022

    • 著者名/発表者名
      Li, C., Yamanaka, C., Kaitoh, K. and Yamanishi, Y.
    • 学会等名
      The 31st International Joint Conference on Artificial Intelligence and the 25th European Conference on Artificial Intelligence (IJCAI-ECAI 2022) (IJCAI-ECAI 2022)
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] AIによるデータ駆動型創薬と分子設計2022

    • 著者名/発表者名
      山西芳裕
    • 学会等名
      日本薬学会 第142年会, シンポジウム「創薬・医療における人工知能の活用」
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] AIによるデータ駆動型研究が拓く医薬品・食品開発2022

    • 著者名/発表者名
      山西芳裕
    • 学会等名
      生物資源と触媒技術に基づく食・薬・材創生コンソーシアム 第5回シンポジウム
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] in silico解析(BD/機械学習)をつかった創薬/ドラッグリポジショニング2021

    • 著者名/発表者名
      山西芳裕
    • 学会等名
      サイエンス&テクノロジーセミナー
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] AIによるデータ駆動型研究が拓く創薬と医療2021

    • 著者名/発表者名
      山西芳裕
    • 学会等名
      第80回日本癌学会学術総会, Symposia「AIによる創薬・診断の強化」
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 機械学習によるデータ駆動型研究が拓くヘルスケア2021

    • 著者名/発表者名
      山西芳裕
    • 学会等名
      第10回生命医薬情報学連合大会, ワークショップ「人工知能と生命誌に基づく生命医科学のためのバイオインフォマティクス」
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] AI創薬開発-データ駆動型創薬の最新技術動向と今後の展望2021

    • 著者名/発表者名
      山西芳裕
    • 学会等名
      情報機構セミナー
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] AIによるデータ駆動型研究が拓く創薬と医療2021

    • 著者名/発表者名
      山西芳裕
    • 学会等名
      第 25 回日本がん分子標的治療学会学術集会日本薬学会, シンポジウム「AI」
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演

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公開日: 2020-10-30   更新日: 2024-01-30  

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