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パレオゲノミクス解析プラットフォーム開発とその応用

計画研究

研究領域中国文明起源解明の新・考古学イニシアティブ
研究課題/領域番号 20H05822
研究種目

学術変革領域研究(A)

配分区分補助金
審査区分 学術変革領域研究区分(Ⅰ)
研究機関金沢大学

研究代表者

覚張 隆史  金沢大学, 古代文明・文化資源学研究所, 准教授 (70749530)

研究分担者 中込 滋樹  金沢大学, 古代文明・文化資源学研究所, 客員准教授 (40625208)
石谷 孔司  金沢大学, サピエンス進化医学研究センター, 助教 (40826062)
澤藤 りかい  九州大学, 比較社会文化研究院, 講師 (50814612)
和久 大介  東京農業大学, 国際食料情報学部, 助教 (60793578)
研究期間 (年度) 2020-11-19 – 2025-03-31
研究課題ステータス 完了 (2024年度)
配分額 *注記
91,130千円 (直接経費: 70,100千円、間接経費: 21,030千円)
2024年度: 18,070千円 (直接経費: 13,900千円、間接経費: 4,170千円)
2023年度: 19,370千円 (直接経費: 14,900千円、間接経費: 4,470千円)
2022年度: 19,890千円 (直接経費: 15,300千円、間接経費: 4,590千円)
2021年度: 19,500千円 (直接経費: 15,000千円、間接経費: 4,500千円)
2020年度: 14,300千円 (直接経費: 11,000千円、間接経費: 3,300千円)
キーワードパレオゲノミクス / 考古科学 / 古人骨 / 生物遺体 / 新石器時代 / 東アジア / 中国 / 中国考古学 / 遺跡出土骨 / 日本 / 新石器時代後期 / 古代ゲノム
研究開始時の研究の概要

古代中国内外との文化的ハイブリディティ形成過程において、社会の最小単位である個人が他地域文明の個人とどの様に接触し、その交流が各地域文化内でどの様に社会的に受容されていたか、その実態は未だ不明な点が多い。また、西方からの古代中国への文化的インパクトが生じる過程では、もともと中国にはいなかった家畜・野生種・微生物も併せて侵入してきたと考えられる。これら多様な生物群の伝播ルートは、未だその実態を示す直接的な証拠は得られていない。本計画研究では、大規模な古代ゲノムデータ解析を可能とする専用プラットフォームを構築することで、古代中国文明形成期における中国内外のハイブリディティの可視化を試みる。

研究成果の概要

本計画研究は、中国古代文明の黎明期における人の移動のダイナミクスを人自体の遺伝情報および人以外の生物の遺伝情報を解析する仕組みづくりを行うことを目的に実施された。アジアにおいては多様な生物種を対象とした古代ゲノム解析プラットフォームが存在しなかったため、日本国内の若手研究者が連携することで構築を進め、プラットフォームの基礎を完成した。このプラットフォームを用いて、中国およびその周辺域の国において出土している古人骨及び生物遺体を用いた研究が展開された。その結果、中国文明黎明期における人の移動の実態および各地域・各時代における人口規模の可視化に成功し、考古学研究における新たな情報の提示がなされた。

研究成果の学術的意義や社会的意義

これまでの中国における古代文明の起源研究は、遺跡出土考古遺物の型式学的な評価に基づいた人の移動の推察によって形作られてきた。しかし、考古遺物であるモノの移動は、人自体の移動を示す直接的な証拠にはならないため、人自体のゲノムデータに基づいた人の
移動のダイナミクスを科学的に評価するための仕組みづくりが必要であった。本研究では、中国古代文明における古代ゲノムデータ解析に応用可能な解析プラットフォームの構築を実践し、プラットフォームを用いた応用研究によって多くの成果を得た。さらに、中国古代文明研究では見落とされていた、人の性別に偏りがある移動の証拠を発見し、過去の人口規模の可視化を世界で初めて行った。

報告書

(6件)
  • 2024 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2023 実績報告書
  • 2022 実績報告書
  • 2021 実績報告書
  • 2020 実績報告書
  • 研究成果

    (59件)

すべて 2024 2023 2022 2021 その他

すべて 国際共同研究 (19件) 雑誌論文 (18件) (うち国際共著 13件、 査読あり 17件、 オープンアクセス 17件) 学会発表 (20件) (うち国際学会 5件、 招待講演 7件) 学会・シンポジウム開催 (2件)

  • [国際共同研究] ダブリン大学(アイルランド)

    • 関連する報告書
      2024 実績報告書
  • [国際共同研究] ソウル大学/キョンヒ大学(韓国)

    • 関連する報告書
      2024 実績報告書
  • [国際共同研究] 中国社会科学院(中国)

    • 関連する報告書
      2024 実績報告書
  • [国際共同研究] モンゴル科学アカデミー/モンゴル国立大学(モンゴル)

    • 関連する報告書
      2024 実績報告書
  • [国際共同研究] トゥールーズ第3大学(フランス)

    • 関連する報告書
      2024 実績報告書
  • [国際共同研究]

    • 関連する報告書
      2024 実績報告書
  • [国際共同研究] ダブリン大学(アイルランド)

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [国際共同研究] 中国社会科学院(中国)

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      2023 実績報告書
  • [国際共同研究] 中央アジア・アメリカ大学(キルギス)

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      2023 実績報告書
  • [国際共同研究] モンゴル科学アカデミー(モンゴル)

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      2023 実績報告書
  • [国際共同研究] ダブリン大学(アイルランド)

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      2022 実績報告書
  • [国際共同研究] 中国社会科学院(中国)

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [国際共同研究] 中央アジア・アメリカ大学(キルギス)

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      2022 実績報告書
  • [国際共同研究] 北京大学/中国社会科学院(中国)

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      2021 実績報告書
  • [国際共同研究] ダブリン大学(アイルランド)

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [国際共同研究] トゥールーズ第3大学(フランス)

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [国際共同研究] 北京大学/中国社会科学院(中国)

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [国際共同研究] ダブリン大学(アイルランド)

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      2020 実績報告書
  • [国際共同研究] トゥールーズ第3大学(フランス)

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [雑誌論文] Genetic legacy of ancient hunter-gatherer Jomon in Japanese populations2024

    • 著者名/発表者名
      Yamamoto Kenichi,,,Gakuhari Takashi,,,Nakagome Shigeki, Okada Yukinori
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 15 号: 1 ページ: 1-15

    • DOI

      10.1038/s41467-024-54052-0

    • 関連する報告書
      2024 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Genomic imputation of ancient Asian populations contrasts local adaptation in pre- and post-agricultural Japan2024

    • 著者名/発表者名
      Cooke N.P., Murray M., Cassidy L.M., Mattiangeli V., Okazaki K., Kasai K., Gakuhari T., Bradley D.G., Nakagome S.
    • 雑誌名

      iScience

      巻: 27 号: 6 ページ: 110050-110050

    • DOI

      10.1016/j.isci.2024.110050

    • 関連する報告書
      2024 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Decoding triancestral origins, archaic introgression, and natural selection in the Japanese population by whole-genome sequencing.2024

    • 著者名/発表者名
      1.Xiaoxi Liu, Satoshi Koyama, Kohei Tomizuka, Sadaaki Takata Yuki Ishikawa, Shuji Ito, Shunichi Kosugi, Kunihiko Suzuki, Keiko Hikino, Masaru Koido, Yoshinao Koike, Momoko Horikoshi, Takashi Gakuhari, Shiro Ikegawa, Kochi Matsuda, Yukihide Momozawa, Kaoru Ito, Yoichiro Kamatani, and Chikashi Terao
    • 雑誌名

      Science Advances

      巻: 10 号: 16 ページ: 1-17

    • DOI

      10.1126/sciadv.adi8419

    • 関連する報告書
      2024 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Male-driven admixture facilitated subsistence shift in northern China2024

    • 著者名/発表者名
      Nakagome Shigeki、Cooke Niall P.
    • 雑誌名

      Anthropological Science

      巻: 132 号: 2 ページ: 79-84

    • DOI

      10.1537/ase.240520

    • ISSN
      0918-7960, 1348-8570
    • 関連する報告書
      2024 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Tracing early pastoralism in Central Europe using sedimentary ancient DNA2024

    • 著者名/発表者名
      Zampirolo Giulia、Holman Luke E.、Sawafuji Rikai、Ptakova Michaela、Kovacikova Lenka、Sida Petr、Pokorny Petr、Pedersen Mikkel Winther、Walls Matthew
    • 雑誌名

      Current Biology

      巻: 34 号: 20 ページ: 4650-4661

    • DOI

      10.1016/j.cub.2024.08.047

    • 関連する報告書
      2024 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] East and Southeast Asian hominin dispersal and evolution: A review2024

    • 著者名/発表者名
      Sawafuji Rikai、Tsutaya Takumi、Takahata Naoyuki、Pedersen Mikkel Winther、Ishida Hajime
    • 雑誌名

      Quaternary Science Reviews

      巻: 333 ページ: 108669-108669

    • DOI

      10.1016/j.quascirev.2024.108669

    • 関連する報告書
      2024 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Medieval genomes from eastern Mongolia share a stable genetic profile over a millennium2024

    • 著者名/発表者名
      Lee Juhyeon、Sato Takehiro、Tajima Atsushi、Amgalantugs Tsend、Tsogtbaatar Batmunkh、Nakagome Shigeki、Miyake Toshihiko、Shiraishi Noriyuki、Jeong Choongwon、Gakuhari Takashi
    • 雑誌名

      Human Population Genetics and Genomics

      巻: 4 ページ: 1-11

    • DOI

      10.47248/hpgg2404010004

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] The history of ancient Japanese dogs revealed by mitogenomes2024

    • 著者名/発表者名
      Xiayire Xiaokaiti, Takao Sato, Kenji Kasai, Kenichi Machida, Kyomi Yamazaki, Naomitsu Yamaji, Hiroki Kikuchi, Jun Gojobori1, Hitomi Hongo, Yohey Terai, Takashi Gakuhari
    • 雑誌名

      Anthropological Science

      巻: 132 号: 1 ページ: 1-11

    • DOI

      10.1537/ase.230617

    • ISSN
      0918-7960, 1348-8570
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Genomic insights into a tripartite ancestry in the Southern Ryukyu Islands2023

    • 著者名/発表者名
      Cooke Niall P.、Mattiangeli Valeria、Cassidy Lara M.、Okazaki Kenji、Kasai Kenji、Bradley Daniel G.、Gakuhari Takashi、Nakagome Shigeki
    • 雑誌名

      Evolutionary Human Sciences

      巻: 5 ページ: 1-9

    • DOI

      10.1017/ehs.2023.18

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Complete mitochondrial genome sequencing reveals double-buried Jomon individuals excavated from the Ikawazu shell-mound site were not in a mother-child relationship2022

    • 著者名/発表者名
      Daisuke Waku, Takashi Gakuhari, Kae Koganebuchi, Minoru Yoneda, Osamu Kondo, Tadayuki Masuyama, Yasuhiro Yamada, Hiroki Oota
    • 雑誌名

      Anthropological Science

      巻: 129

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Comparative Genome Analysis Reveals Accumulation of Single-Nucleotide Repeats in Pathogenic Escherichia Lineages2022

    • 著者名/発表者名
      Ishiya Koji、Nakashima Nobutaka
    • 雑誌名

      Current Issues in Molecular Biology

      巻: 44 号: 2 ページ: 498-504

    • DOI

      10.3390/cimb44020034

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Ancient genomics reveals tripartite origins of Japanese populations2021

    • 著者名/発表者名
      Cooke Niall P.、Mattiangeli Valeria、Cassidy Lara M.、Okazaki Kenji、Stokes Caroline A.、Onbe Shin、Hatakeyama Satoshi、Machida Kenichi、Kasai Kenji、Tomioka Naoto、Matsumoto Akihiko、Ito Masafumi、Kojima Yoshitaka、Bradley Daniel G.、Gakuhari Takashi、Nakagome Shigeki
    • 雑誌名

      Science Advances

      巻: 7 号: 38 ページ: 1-15

    • DOI

      10.1126/sciadv.abh2419

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] 市川市出土縄文・古代犬骨のゲノム解析に向けての事前調査報告2021

    • 著者名/発表者名
      覚張隆史・山崎京美
    • 雑誌名

      市史研究 いちかわ

      巻: 12 ページ: 120-131

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [雑誌論文] Sex-specific phenotypic effects and evolutionary history of an ancient polymorphic deletion of the human growth hormone receptor.2021

    • 著者名/発表者名
      Marie Saitou, Skyler Resendez, Apoorva J Pradhan, Fuguo Wu, Natasha C Lie, Nancy J Hall, Qihui Zhu, Laura Reinholdt, Yoko Satta, Leo Speidel, Shigeki Nakagome, Neil A Hanchard, Gary Churchill, Charles Lee, G Ekin Atilla-Gokcumen, Xiuqian Mu, Omer Gokcumen
    • 雑誌名

      Science Advances

      巻: 7 号: 39 ページ: 1-11

    • DOI

      10.1126/sciadv.abi4476

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Ethics of DNA research on human remains: five globally applicable guidelines2021

    • 著者名/発表者名
      Alpaslan-Roodenberg Song、Anthony David、Babiker Hiba、et al. including Matsumura Hirofumi
    • 雑誌名

      Nature

      巻: 599 号: 7883 ページ: 41-46

    • DOI

      10.1038/s41586-021-04008-x

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Comparison of Periodontal Bacteria of Edo and Modern Periods Using Novel Diagnostic Approach for Periodontitis With Micro-CT2021

    • 著者名/発表者名
      Shiba Takahiko、Komatsu Keiji、Sudo Takeaki、Sawafuji Rikai、Saso Aiko、Ueda Shintaroh、Watanabe Takayasu、Nemoto Takashi、Kano Chihiro、Nagai Takahiko、Ohsugi Yujin、Katagiri Sayaka、Takeuchi Yasuo、Kobayashi Hiroaki、Iwata Takanori
    • 雑誌名

      Frontiers in Cellular and Infection Microbiology

      巻: 11 ページ: 723821-723821

    • DOI

      10.3389/fcimb.2021.723821

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Faecal proteomics as a novel method to study mammalian behaviour and physiology2021

    • 著者名/発表者名
      Takumi Tsutaya Meaghan Mackie Rikai Sawafuji Takako Miyabe窶侵ishiwaki Jesper V. Olsen Enrico Cappellini
    • 雑誌名

      Molecular Ecology Resources

      巻: 0 号: 6 ページ: 1-12

    • DOI

      10.1111/1755-0998.13380

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Multivariate statistical monitoring system for microbial population dynamics2021

    • 著者名/発表者名
      Ishiya Koji、Aburatani Sachiyo
    • 雑誌名

      Physical Biology

      巻: 19 号: 1 ページ: 016003-016003

    • DOI

      10.1088/1478-3975/ac3ad6

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] パレオゲノミクスのシンカ -古DNAが可能とするもの-2024

    • 著者名/発表者名
      石谷孔司
    • 学会等名
      サピエンス進化医学研究センター第1回公開シンポジウム
    • 関連する報告書
      2024 実績報告書
  • [学会発表] 高度に効率化された古DNA解析パイプラインの開発2024

    • 著者名/発表者名
      石谷孔司
    • 学会等名
      第47回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2024 実績報告書
  • [学会発表] 考古試料からの 網羅的なパレオメタゲノム評価技術の開発2024

    • 著者名/発表者名
      石谷孔司
    • 学会等名
      日本微生物生態学会第37回広島大会
    • 関連する報告書
      2024 実績報告書
  • [学会発表] Human biological sex determination using X/Y-linked k-mer signatures2024

    • 著者名/発表者名
      Koji Ishiya
    • 学会等名
      1st Asia & Pacific Bioinformatics Joint Conference
    • 関連する報告書
      2024 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] パレオゲノミクス解析プラットフォーム: 効率化とオンサイト解析の実現に向けて2024

    • 著者名/発表者名
      石谷孔司・覺張隆史
    • 学会等名
      第78回日本人類学会大会
    • 関連する報告書
      2024 実績報告書
  • [学会発表] サキタリ洞遺跡における古代土壌DNA解析2024

    • 著者名/発表者名
      澤藤りかい・澤浦亮平・山崎真治・藤田祐樹・Mikkel W. Pedersen
    • 学会等名
      第78回日本人類学会大会
    • 関連する報告書
      2024 実績報告書
  • [学会発表] 古代分子が解き明かす過去の病気2024

    • 著者名/発表者名
      澤藤りかい
    • 学会等名
      第78回日本人類学会大会一般公開シンポジウム
    • 関連する報告書
      2024 実績報告書
  • [学会発表] 遺跡出土動物遺存体のゲノム解析から見たヒトの動き2024

    • 著者名/発表者名
      覚張隆史
    • 学会等名
      第78回日本人類学会大会
    • 関連する報告書
      2024 実績報告書
  • [学会発表] パレオゲノミクスから探る現代日本人集団の歴史2024

    • 著者名/発表者名
      中込滋樹・山本賢一・覚張隆史・岡田随象
    • 学会等名
      第78回日本人類学会大会
    • 関連する報告書
      2024 実績報告書
  • [学会発表] 中国北部における文化の転換とヒトの移動2024

    • 著者名/発表者名
      中込滋樹
    • 学会等名
      第78回日本人類学会大会
    • 関連する報告書
      2024 実績報告書
  • [学会発表] ライフサイエンスと考古学をつなぐ先端技術-パレオゲノミクスのその先へ-2024

    • 著者名/発表者名
      覚張隆史
    • 学会等名
      日本地球化学会
    • 関連する報告書
      2024 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Application of Latent Semantic Analysis to Metagenomic Data2024

    • 著者名/発表者名
      Koji Ishiya
    • 学会等名
      the 23rd European Conference on Computational Biology
    • 関連する報告書
      2024 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Insights into demography, selection, and pathogen loads2024

    • 著者名/発表者名
      Shigeki Nakagome
    • 学会等名
      International Symposium for Paleogenomics -Great Journey Linking Medicine & Archaeology-
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 海外の遺跡出土骨からゲノムを読む オンサイトパレオゲノミクスの創出と課題2023

    • 著者名/発表者名
      覚張隆史
    • 学会等名
      MBSJ 2023 (日本分子生物学会)
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Genomic insights into human past and health from a study of insular East Asia2023

    • 著者名/発表者名
      Shigeki Nakagome
    • 学会等名
      Trinity Translational Medical Institute Conference 2023
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] パレゲノミクス2.0~異分野連携に向けたパレオゲノミクスデータの活用~2023

    • 著者名/発表者名
      石谷孔司
    • 学会等名
      金沢大学サピエンス進化医学研究センター キックオフシンポジウム
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 遺跡出土人骨からゲノムを読む 進化医学と考古学の融合研究に向けて2023

    • 著者名/発表者名
      覚張隆史
    • 学会等名
      第42回金沢腎セミナー
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 遺跡出土骨の全ゲノム解析における方法論的検討2021

    • 著者名/発表者名
      覚張隆史
    • 学会等名
      日本動物考古学会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 現代人歯石からの食物DNA解析2021

    • 著者名/発表者名
      澤藤りかい・上原麗・加藤均・植田信太郎・木村亮介・石田肇
    • 学会等名
      日本人類学会大会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 古代の病原体DNA解析; その動向と評価について2021

    • 著者名/発表者名
      澤藤りかい
    • 学会等名
      人文学のための古代DNAセミナー
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会・シンポジウム開催] International Symposium for Paleogenomics -Great Journey Linking Medicine & Archaeology-2024

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会・シンポジウム開催] Paleogenomics; the eastern and western edges of Eurasia.2022

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書

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公開日: 2020-11-24   更新日: 2026-01-16  

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