タンパク質天然変性状態の情報基盤の確立と展開

• 研究領域: 天然変性タンパク質の分子認識機構と機能発現
• 研究課題/領域番号: 21113007
• 研究種目: 新学術領域研究(研究領域提案型)
• 配分区分: 補助金
• 審査区分: 生物系
• 研究機関: 名古屋大学
• 研究代表者: 太田 元規 名古屋大学, 情報科学研究科, 教授 (40290895)
• 研究分担者: 福地 佐斗志 前橋工科大学, 工学部, 准教授 (70360336) ; 廣明 秀一 名古屋大学, 創薬科学研究科, 教授 (10336589)
• 研究期間 (年度): 2009-07-23 – 2014-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2013年度)
• 配分額: 122,460千円 (直接経費: 94,200千円、間接経費: 28,260千円); 2013年度: 25,090千円 (直接経費: 19,300千円、間接経費: 5,790千円); 2012年度: 25,090千円 (直接経費: 19,300千円、間接経費: 5,790千円); 2011年度: 25,090千円 (直接経費: 19,300千円、間接経費: 5,790千円); 2010年度: 25,090千円 (直接経費: 19,300千円、間接経費: 5,790千円); 2009年度: 22,100千円 (直接経費: 17,000千円、間接経費: 5,100千円)
• キーワード: データベース / バイオインフォマティクス / 構造・機能予測 / 変性とフォールディング

研究概要

生理的条件下であっても孤立状態では立体構造を保持しないタンパク質があり，それらは天然変性タンパク質と呼ばれている．天然変性タンパク質は９０年代に着目されだしたため情報は豊富とは言えないが，転写活性やシグナル伝達など重要な高次機能に関連している．そこで，これらについて，質・量ともに充実したデータベースを作成することで研究基盤の確立を図った．UniProtとPDBのデータを出発点とし，アノテーションの仕組みやツールを整えながら，人の手を介したデータ収集を実施し，IDEALデータベースを構築，公開した．天然変性領域に含まれる機能部位をProtean segmentとして積極的に登録した．

研究成果

• [雑誌論文] IDEAL in 2014 illustrates interaction networks composed of intrinsically disordered proteins and their binding partners (2014)
  • 著者名/発表者名: Fukuchi, S., Amemiya, T., Sakamoto, S., Nobe, Y., Hosoda, K., Kado, Y., Murakami, S.D., Koike, R., Hiroaki, H., and Ota, M.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 巻: 42 号: D1 ページ: D320-D325
  • DOI: 10.1093/nar/gkt1010
  • 査読あり
• [雑誌論文] Hierarchical description and extensive classification of protein structural changes by Motion Tree (2014)
  • 著者名/発表者名: Koike, R., Ota, M., and Kidera, A.
  • 雑誌名: J. Mol. Biol 巻: 426 号: 3 ページ: 752-762
  • DOI: 10.1016/j.jmb.2013.10.034
  • 査読あり
• [雑誌論文] An assignment of intrinsically disordered regions of proteins based on NMR structures (2013)
  • 著者名/発表者名: M.Ota, H.Hiroaki, S.Fukuchi, et al.
  • 雑誌名: J. Struct. Biol. 巻: 181巻 号: 1 ページ: 29-36
  • DOI: 10.1016/j.jsb.2012.10.017
  • 査読あり
• [雑誌論文] Accidental interaction between PDZ domains and diclofenac revealed by NMR-assisted virtual screening (2013)
  • 著者名/発表者名: Tenno, T., Goda, N., Umetsu, Y., Ota, M., Kinoshita, K., and Hiroaki, H.
  • 雑誌名: Molecules 巻: 18 号: 8 ページ: 9567-9581
  • DOI: 10.3390/molecules18089567
  • 査読あり
• [雑誌論文] Substrate-shielding and hydrolytic reaction in hydrolases (2013)
  • 著者名/発表者名: Y. Kanematsu et al.
  • 雑誌名: Proteins 巻: 81 号: 6 ページ: 926-932
  • DOI: 10.1002/prot.24253
  • 査読あり
• [雑誌論文] MIT domain of Vps4 is a Ca^<2+>-dependent phosphoinositide-binding domain (2013)
  • 著者名/発表者名: Naoko Iwaya, Hirotoshi Takasu, Natsuko Goda, Masahiro Shirakawa, Toshiki Tanaka, Daizo Hamada, Hidekazu Hiroaki
  • 雑誌名: The Journal of Biochemistry 巻: 153巻 号: 5 ページ: 473-481
  • DOI: 10.1093/jb/mvt012
  • 査読あり
• [雑誌論文] An assignment of intrinsically disordered regions of proteins based on NMR structures. (2013)
  • 著者名/発表者名: M. Ota et al.
  • 雑誌名: J. Struct. Biol. 巻: 181 ページ: 29-36
  • 査読あり
• [雑誌論文] 立体構造が明らかにしたGタンパク質共役受容体の刺激受容のしくみ (2013)
  • 著者名/発表者名: 天野剛志ら
  • 雑誌名: 領域融合レビュー 巻: 2 ページ: e003
  • DOI: 10.7875/leading.author.2.e003
  • 査読あり
• [雑誌論文] IDEAL : intrinsically disordered proteins with extensive annotations and literature (2012)
  • 著者名/発表者名: S.Fukuchi.H.Hiroaki, M.Ota, et al.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 巻: 40巻 号: D1 ページ: D507-D511
  • DOI: 10.1093/nar/gkr884
  • 査読あり
• [雑誌論文] Intrinsically disordered proteins in Human mitochondria (2012)
  • 著者名/発表者名: M.Ito, Y.Tohsato, H.Sugisawa, S.Kohara, S.Fukuchi, I.Nishikawa, K. Nishikawa
  • 雑誌名: Genes to Cells 巻: 17 号: 10 ページ: 817-825
  • DOI: 10.1111/gtc.12000
  • 査読あり
• [雑誌論文] A novel biclustering approach with iterative optimization to analyze gene expression data. (2012)
  • 著者名/発表者名: S. Sutheeworapong et al.
  • 雑誌名: Adv Appl Bioinform Chem. 巻: 5 ページ: 23-59
  • DOI: 10.2147/aabc.s32622
  • 査読あり
• [雑誌論文] PLoS One (2012)
  • 著者名/発表者名: Matsunaga, Y., Koike, R., Ota, M., Tame, J. R. H. & Kidera, A.
  • 雑誌名: Influence of structural symmetry on protein dynamics. 巻: 7 号: 11 ページ: 11-11
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0050011
  • 査読あり
• [雑誌論文] Effect of Ca^<2+> on microtubule severing enzyme katanin p60 ; insight into the substrate dependent activation mechanism (2012)
  • 著者名/発表者名: N.Iwaya, et al
  • 雑誌名: FEBS J. 巻: 279 号: 7 ページ: 1339-1352
  • DOI: 10.1111/j.1742-4658.2012.08528.x
  • 査読あり
• [雑誌論文] SCPC : A method to structurally compare protein complexes (2012)
  • 著者名/発表者名: R.Koike, M.Ota
  • 雑誌名: Bioinformatics 巻: 28 号: 3 ページ: 324-330
  • DOI: 10.1093/bioinformatics/btr654
  • 査読あり
• [雑誌論文] PSCDB : a database for protein structural change upon ligand binding (2012)
  • 著者名/発表者名: T.Amemiya, et al
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 巻: 40 号: D1 ページ: D554-D558
  • DOI: 10.1093/nar/gkr966
  • 査読あり
• [雑誌論文] Actin Capping protein and its inhibitor CARMIL : how intrinsically disordered regions function (2011)
  • 著者名/発表者名: Takeda Shuichi
  • 雑誌名: Phys Biol. 巻: 8(3) 号: 3 ページ: 35005-35005
  • DOI: 10.1088/1478-3975/8/3/035005
  • 査読あり
• [雑誌論文] Binary classification of protein molecules into intrinsically disordered and ordered segments (2011)
  • 著者名/発表者名: S.Fukuchi, et al.
  • 雑誌名: BMC Structural Biology. 巻: 11巻 号: 1 ページ: 29-29
  • DOI: 10.1186/1472-6807-11-29
  • 査読あり
• [雑誌論文] A Simplified Recipe for Assigning Amide NMR Signals Using Combinatorial 14N Amino Acid Inverse-Labeling (2011)
  • 著者名/発表者名: H.Hiroaki, et al.
  • 雑誌名: J Structural Functional Genomics. 巻: 12巻 号: 3 ページ: 167-174
  • DOI: 10.1007/s10969-011-9116-0
  • 査読あり
• [雑誌論文] Cover and spacer insertions : small non-hydrophobic accessories that assist protein oligomerization (2011)
  • 著者名/発表者名: H.Nishi, et al
  • 雑誌名: Proteins 巻: 79 号: 8 ページ: 2372-2379
  • DOI: 10.1002/prot.23084
  • 査読あり
• [雑誌論文] Intrinsically disordered regions have specific functions in mitochondrial and nuclear proteins (2011)
  • 著者名/発表者名: K.Homma, et al
  • 雑誌名: Mol.Biosyst. 巻: 8 号: 1 ページ: 247-255
  • DOI: 10.1039/c1mb05208j
  • 査読あり
• [雑誌論文] Structure and function of the N-terminal nucleolin binding domain of nuclear Valocin containing protein like 2 (NVL2) harboring a nucleolar localization signal (2011)
  • 著者名/発表者名: Y.Fujiwara, et al
  • 雑誌名: J Biol Chem 巻: 286 号: 24 ページ: 21732-21741
  • DOI: 10.1074/jbc.m110.174680
  • 査読あり
• [雑誌論文] A novel RNA-recognition-motif protein is required for premeiotic G1/S-phase transition in Rice (2011)
  • 著者名/発表者名: Nonomura, K., et al.
  • 雑誌名: PLos Genet. 巻: 7
  • 査読あり
• [雑誌論文] Remarkable improvement in the heat stability of CutA1 from Escherichia coli by rational protein design (2010)
  • 著者名/発表者名: Matsuura, Y., et al.
  • 雑誌名: J.Biochem. 巻: 148 ページ: 449-458
  • 査読あり
• [雑誌論文] Two distinct mechanisms for actin capping proteinregulation-steric and allosteric inhibition (2010)
  • 著者名/発表者名: Takeda, S., et al.
  • 雑誌名: PLos Biol. 巻: 8
  • 査読あり
• [雑誌論文] Amino acid substitutions at protein-protein interfaces that madulate the oligomeric state (2010)
  • 著者名/発表者名: Nishi, H., Ota, M.
  • 雑誌名: Proteins 巻: 78 ページ: 1563-1574
  • 査読あり
• [雑誌論文] Computational prediction of 0-linked glycosylation sites that preferentially map on intrinsically disordered regions of extracellular proteins (2010)
  • 著者名/発表者名: Nishikawa, I., et al.
  • 雑誌名: Int.J.Mol.Sci. 巻: 11 ページ: 4991-5008
  • 査読あり
• [雑誌論文] Crystal structure of a PFU-PUL domain pair of Saccharomyces cerevisiae Doa1/Ufd3 (2010)
  • 著者名/発表者名: Nishimasu, R., et al.
  • 雑誌名: Kobe J Med Sci 巻: 56
  • 査読あり
• [雑誌論文] The GTOP database in 2009 : updated content and novel features to expand and deepen insights into protein structures and functions (2009)
  • 著者名/発表者名: S.Fukuchi, et al.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 巻: 37巻 号: Database ページ: D333-D337
  • DOI: 10.1093/nar/gkn855
  • 査読あり
• [雑誌論文] Unusual thermal disassembly of the SPFH domain oligomer from Pyrococcus horikoshii (2009)
  • 著者名/発表者名: Kuwahara, et al.
  • 雑誌名: Biophys.J. 97 ページ: 2034-2043
  • 査読あり
• [雑誌論文] Structural basis for the multiple interactions of the MyD88 TIR domain in TLR4 signaling. (2009)
  • 著者名/発表者名: Ohnishi, et al.
  • 雑誌名: Proc.Natl.Acad.Sci. USA 106 ページ: 10260-10265
  • 査読あり
• [雑誌論文] High-resolution multi-dimensional NMR spectroscopy of proteins in human cells (2009)
  • 著者名/発表者名: Inomata, et al.
  • 雑誌名: Nature 458 ページ: 106-109
  • 査読あり
• [雑誌論文] Development of an Accurate Classification system of Proteins into Structured and Unstructured Regions that Uncovers Novel Structural Domains : Its Application to Human Transcription Factors (2009)
  • 著者名/発表者名: Fukuchi, et al.
  • 雑誌名: BMC Str.Biol. 9 ページ: 26-26
  • 査読あり
• [雑誌論文] The GTOP database in 2009 : updated content and novel features to expand and deepen insights into protein structures and functions (2009)
  • 著者名/発表者名: Fukuchi, et al.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 37
  • 査読あり
• [雑誌論文] DDBJ dealing with mass data produced by the second generation sequencer (2009)
  • 著者名/発表者名: Sugawara, et al.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 37
  • 査読あり
• [学会発表] タイトジャンクション抑制因子LNX1p80によるJAM4とクローディン分子認識機構 (2014)
  • 著者名/発表者名: 廣明秀一ら
  • 学会等名: 日本薬学会第134回年会
  • 発表場所: 熊本
• [学会発表] 天然変性タンパク質データベースIDEAL の機能拡張 ―PPI ネットワーク (2013)
  • 著者名/発表者名: T.Amemiya, H.Hiroaki, M.Ota & S.Fukuchi, et al.
  • 学会等名: 第51回日本生物物理学会
  • 発表場所: 京都
  • 年月日: 2013-10-28
• [学会発表] Structural analysis of protean segments (ProSs) in intrinsically disordered proteins (IDPs) (2013)
  • 著者名/発表者名: D.Shaji, T.Amemiya, S.Fukuchi & M.Ota
  • 学会等名: 第13回日本蛋白質科学会
  • 発表場所: 鳥取
  • 年月日: 2013-06-12
• [学会発表] 家族性ALSに関与するOptineurin ZnFドメインの構造・機能解析 (2013)
  • 著者名/発表者名: 天野剛志ら
  • 学会等名: 日本薬学会第133年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜
  • 年月日: 2013-03-29
• [学会発表] I型AAA-ATPaseのN末端ドメインに存在するCa2+結合部位の機能比較 (2013)
  • 著者名/発表者名: 岩谷奈央子ら
  • 学会等名: 日本薬学会第133年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜
  • 年月日: 2013-03-29
• [学会発表] A hypothesis of membrane skeleton: Do SPFH-domain proteins form memrbane scaffolding fibers? (2013)
  • 著者名/発表者名: 廣明秀一
  • 学会等名: Nagoya Symposium Frontiers in Structural Physiology
  • 発表場所: 名古屋大学豊田講堂
  • 年月日: 2013-01-22
• [学会発表] Structural and functional analyses of LNX1PDZ2 that regulates intercellular adhesion machinery (2013)
  • 著者名/発表者名: 中倉由香子ら
  • 学会等名: Nagoya Symposium Frontiers in Structural Physiology
  • 発表場所: 名古屋大学豊田講堂
  • 年月日: 2013-01-22
• [学会発表] Collection and annotation of intrinsically disordered protein (2013)
  • 著者名/発表者名: M. Ota
  • 学会等名: The 2nd ISIDP Symposium
  • 発表場所: 理研鶴見研究所
  • 年月日: 2013-01-20
  • 招待講演
• [学会発表] Motion Tree 法を用いた SERCA のリガンド解離における構造変化の解析 (2013)
  • 著者名/発表者名: 小林千草ら
  • 学会等名: 第１３回日本蛋白質科学会
  • 発表場所: 鳥取
• [学会発表] MotionTree 法によるホモダイマータンパク質の構造変化の解析 (2013)
  • 著者名/発表者名: 堀井達哉，太田元規
  • 学会等名: 第１３回日本蛋白質科学会
  • 発表場所: 鳥取
• [学会発表] 低分子化合物との相互作用に必要な PDZドメインのアミノ酸残基の同定 (2013)
  • 著者名/発表者名: 天野剛志ら
  • 学会等名: 第１３回日本蛋白質科学会
  • 発表場所: 鳥取
• [学会発表] Structural analysis of protean segments (ProSs) in intrinsically disordered proteins (IDPs) (2013)
  • 著者名/発表者名: Divya Shaji et al.
  • 学会等名: 第１３回日本蛋白質科学会
  • 発表場所: 鳥取
• [学会発表] タンパク質立体構造データ解析私論 (2013)
  • 著者名/発表者名: 太田元規
  • 学会等名: 生物物理若手の会，第５３回夏の学校
  • 発表場所: 伊豆長岡
  • 招待講演
• [学会発表] 多剤排出トランスポーター AcrB の Motion Tree 法による解析 (2013)
  • 著者名/発表者名: T. Yamane et al.
  • 学会等名: 第５１回日本生物物理学会
  • 発表場所: 京都
• [学会発表] 天然変性タンパク質データベース IDEAL の機能拡張 ―PPI ネットワーク (2013)
  • 著者名/発表者名: T. Amemiya et al.
  • 学会等名: 第５１回日本生物物理学会
  • 発表場所: 京都
• [学会発表] Non-sequential structural alignment reveals fold change by segment shuffling during evolution (2013)
  • 著者名/発表者名: S. Minami et al.
  • 学会等名: 第５１回日本生物物理学会
  • 発表場所: 京都
• [学会発表] Motion Tree 法による蛋白質構造変化の階層的記述と網羅的分類 (2013)
  • 著者名/発表者名: R. Koike et al.
  • 学会等名: 第５１回日本生物物理学会
  • 発表場所: 京都
• [学会発表] Motion Tree を利用した capping protein の動的構造解析 (2013)
  • 著者名/発表者名: M. Ota et al.
  • 学会等名: 第５１回日本生物物理学会
  • 発表場所: 京都
• [学会発表] 天然変性タンパク質の結合と共役した折りたたみ部位の相互作用解析 (2013)
  • 著者名/発表者名: D. Shaji et al.
  • 学会等名: 第５１回日本生物物理学会
  • 発表場所: 京都
• [学会発表] PDZドメイン- 低分子化合物の相互作用解析 (2013)
  • 著者名/発表者名: 天野剛志ら
  • 学会等名: 第３６回日本分子生物学会
  • 発表場所: 神戸
• [学会発表] Rho family の可動領域におけるタンパク質間相互作用の解析 (2013)
  • 著者名/発表者名: 伴知晃，太田元規
  • 学会等名: 第３６回日本分子生物学会
  • 発表場所: 神戸
• [学会発表] Hierarchical description of protein structural change by Motion Tree (2013)
  • 著者名/発表者名: M. Ota
  • 学会等名: Satellite Meeting of ICMS2013 in Nagoya
  • 発表場所: 名古屋
  • 招待講演
• [学会発表] 単 一アミノ酸残基の繰り返し配列の生物間比較 (2013)
  • 著者名/発表者名: 永井翔、福地佐斗志
  • 学会等名: 第３６回日本分子生物学会
  • 発表場所: 神戸
• [学会発表] 出芽酵母UME6における転写活性化および抑制に 関与する天然変性領域の同定 (2013)
  • 著者名/発表者名: 諸橋伸行ら
  • 学会等名: 第３６回日本分子生物学会
  • 発表場所: 神戸
• [学会発表] ヒト蛋白質リン酸 化部位の予測と保存解析 (2013)
  • 著者名/発表者名: 石野友喜ら
  • 学会等名: 第１３回日本蛋白質科学会
  • 発表場所: 鳥取
• [学会発表] 自己切断プロテアーゼ融合発現系を用いた天然変性蛋白質の大量調製法 (2013)
  • 著者名/発表者名: 天野名都子ら
  • 学会等名: 第１３回日本蛋白質科学会
  • 発表場所: 鳥取
• [学会発表] タイトジャンクション抑制分解因子LNX1の構造に基づいた創薬 (2013)
  • 著者名/発表者名: 天野剛志ら
  • 学会等名: 第１３回日本蛋白質科学会
  • 発表場所: 鳥取
• [学会発表] タイトジャンクション抑制因子LNX1PDZ2のリガンド認識機構の解析 (2013)
  • 著者名/発表者名: 中倉由香子ら
  • 学会等名: 第３６回日本分子生物学会
  • 発表場所: 神戸
• [学会発表] クローディンとイノシトールリン脂質はZO-1 PDZ1への結合において競合する (2013)
  • 著者名/発表者名: 天野名都子ら
  • 学会等名: 第３６回日本分子生物学会
  • 発表場所: 神戸
• [学会発表] タイトジャンクションの裏打ちタンパク質を標的としたインシリコ創薬戦略 (2013)
  • 著者名/発表者名: 天野剛志ら
  • 学会等名: 第３６回日本分子生物学会
  • 発表場所: 神戸
• [学会発表] Vps4 MITドメインのカルシウム依存的な膜脂質結合機能 (2013)
  • 著者名/発表者名: 岩谷奈央子ら
  • 学会等名: 第３６回日本分子生物学会
  • 発表場所: 神戸
• [学会発表] Katanin の微小管切断を阻害するペプチドの探索 (2013)
  • 著者名/発表者名: 野田翔太ら
  • 学会等名: 第３６回日本分子生物学会
  • 発表場所: 神戸
• [学会発表] 好熱菌タンパク質には天然変性領域が少ない (2012)
  • 著者名/発表者名: 中島広志ら
  • 学会等名: 第35回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 福岡国際会議場
  • 年月日: 2012-12-13
• [学会発表] 出芽酵母UME6のactivatorとrepressorと しての機能に関与する天然変性領域の解析 (2012)
  • 著者名/発表者名: 諸橋伸行ら
  • 学会等名: 第35回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 福岡国際会議場
  • 年月日: 2012-12-13
• [学会発表] 細胞接着装置の制御に関わるLNX1PDZ2の構造・機能解析 (2012)
  • 著者名/発表者名: 中倉由香子ら
  • 学会等名: 第35回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 福岡国際会議場
  • 年月日: 2012-12-13
• [学会発表] 自己切断プロテアーゼ融合発現系を用いた天然変性タンパク質の調製 (2012)
  • 著者名/発表者名: 合田（天野）名都子ら
  • 学会等名: 第35回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 福岡国際会議場
  • 年月日: 2012-12-13
• [学会発表] PDZドメインに群特異的に相互作用する低分子化合物の探索 (2012)
  • 著者名/発表者名: 天野剛志ら
  • 学会等名: 第51回NMR討論会
  • 発表場所: ウインク愛知
  • 年月日: 2012-11-10
• [学会発表] ヒトストマチンSPFHドメインの溶液構造とその多量体形成に関する研究 (2012)
  • 著者名/発表者名: 後藤俊介ら
  • 学会等名: 第51回NMR討論会
  • 発表場所: ウインク愛知
  • 年月日: 2012-11-10
• [学会発表] Construction of IDEAL database for the investivation of intrinsically disordered proteins (2012)
  • 著者名/発表者名: T. Amemiya et al.
  • 学会等名: 第50回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 名古屋大学
  • 年月日: 2012-09-22
• [学会発表] Computational analysis of protean segments in intrinsically disordered proteins (2012)
  • 著者名/発表者名: D. Shaji et al.
  • 学会等名: 第50回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 名古屋大学
  • 年月日: 2012-09-22
• [学会発表] Structural fluctuations of capping proteins analyzed by molecular dynamics simulations (2012)
  • 著者名/発表者名: R. Koike et al.
  • 学会等名: 第50回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 名古屋大学
  • 年月日: 2012-09-20
• [学会発表] 天然変性タンパク質の進化的保存性の解析 (2012)
  • 著者名/発表者名: 細川達也ら
  • 学会等名: 日本進化学会第14回大会
  • 発表場所: 首都大学東京
  • 年月日: 2012-08-21
• [学会発表] The IDEAL database, Intrinsically disordered proteins with extensive annotations and literature (2012)
  • 著者名/発表者名: S.Fukuchi, H.Hiroaki, M.Ota, et al.
  • 学会等名: The Gordon Research Conference of Intrinsically Disordered Proteins
  • 発表場所: Mount Snow Resort (USA)
  • 年月日: 2012-07-10
• [学会発表] Actin capping protein and its inhibitor CARMIL : how intrinsically disordered regions function (2012)
  • 著者名/発表者名: M.Ota, et al.
  • 学会等名: The Gordon Research Conference of Intrinsically Disordered Proteins
  • 発表場所: Mount Snow Resort (USA)
  • 年月日: 2012-07-10
• [学会発表] Actin capping protein and its inhibitor CARMIL: how intrinsically disordered regions function (2012)
  • 著者名/発表者名: M. Ota et al.
  • 学会等名: The Gordon Research Conference of Intrinsically Disordered Proteins
  • 発表場所: Mount Snow Resort (USA)
  • 年月日: 2012-07-10
• [学会発表] 天然変性タンパク質データベースIDEALの構築 (2012)
  • 著者名/発表者名: 雨宮崇之ら
  • 学会等名: 第12回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: 名古屋国際会議場
  • 年月日: 2012-06-20
• [学会発表] 分子動力学法によるcapping protein（CP）の動的構造の解析 (2012)
  • 著者名/発表者名: 小池亮太郎ら
  • 学会等名: 第12回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: 名古屋国際会議場
  • 年月日: 2012-06-20
• [学会発表] 微小管切断酵素p60-kataninに対するCa2+の効果 (2012)
  • 著者名/発表者名: 岩谷奈央子ら
  • 学会等名: 第12回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: 名古屋国際会議場
  • 年月日: 2012-06-20
• [学会発表] アミロイドβペプチドの毒性会合体形成における小分子化合物の効果 (2012)
  • 著者名/発表者名: 井上雅文ら
  • 学会等名: 日本ケミカルバイオロジー学会第7回年会
  • 発表場所: 京都大学百年記念講堂
  • 年月日: 2012-06-07
• [学会発表] 天然変性タンパク質のゲノム規模解析-生命情報学からのアプローチ (2012)
  • 著者名/発表者名: 福地佐斗志
  • 学会等名: 日本農芸化学会2011年会
  • 発表場所: 京都(招待講演)
  • 年月日: 2012-03-25
• [学会発表] 創薬標的としてのAAA-ATPaseとNMR構造生物学 (2012)
  • 著者名/発表者名: 廣明秀一
  • 学会等名: 第一回岐阜構造生物学・医学・論理的創薬研究会
  • 発表場所: 岐阜大(招待講演)
  • 年月日: 2012-03-23
• [学会発表] High-throughput construction of protein expression vector using PRESAT-vector (2012)
  • 著者名/発表者名: 合田名都子, ら
  • 学会等名: from Structure to Dynamics : for Our Understanding of Protein-Protein Interactions
  • 発表場所: 名古屋大学
  • 年月日: 2012-03-16
• [学会発表] Effect of Ca^<2+> on the microtubule-severing enzyme p60-katanin (2012)
  • 著者名/発表者名: 岩谷奈央子, ら
  • 学会等名: from Structure to Dynamics : for Our Understanding of Protein-Protein Interactions
  • 発表場所: 名古屋大学
  • 年月日: 2012-03-16
• [学会発表] Structural and functional analyses of human stomatin SPFH domain (2012)
  • 著者名/発表者名: 後藤俊介, ら
  • 学会等名: from Structure to Dynamics : for Our Understanding of Protein-Protein Interactions
  • 発表場所: 名古屋大学
  • 年月日: 2012-03-16
• [学会発表] 細胞間接着装置タイトジャンクションの抑制(分解)因子LNX1のPDZドメインの構造解析 (2011)
  • 著者名/発表者名: 秋吉由佳里, ら
  • 学会等名: 平成23年度ターゲットタンパク研究プログラム成果報告会
  • 発表場所: 東大薬学部講堂
  • 年月日: 2011-12-26
• [学会発表] Database for the research of intrinsically disordered proteins (2011)
  • 著者名/発表者名: 太田元規
  • 学会等名: 第34回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜(招待講演)
  • 年月日: 2011-12-14
• [学会発表] A hypothesis of membrane skeleton : Are SPFH-domain proteins membrane scaffolding proteins? (2011)
  • 著者名/発表者名: 廣明秀一
  • 学会等名: Kobe University-University of Washington Joint Symposium
  • 発表場所: 神戸・ポートピアホテル(招待講演)
  • 年月日: 2011-12-13
• [学会発表] The interaction between optineurin and polyubiquitin chains makes foci around Golgi apparatus (2011)
  • 著者名/発表者名: 天野剛志, ら
  • 学会等名: 第34回日本分子生物学学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜
  • 年月日: 2011-12-13
• [学会発表] 自己切断プロテアーゼを用いた天然変性タンパク質の調製 (2011)
  • 著者名/発表者名: 合田名都子, ら
  • 学会等名: 第34回日本分子生物学学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜
  • 年月日: 2011-12-13
• [学会発表] 核小体に局在するAAA ATPase,NVL2のN末端ドメインの解析 (2011)
  • 著者名/発表者名: 藤原芳江, ら
  • 学会等名: 第34回日本分子生物学学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜
  • 年月日: 2011-12-13
• [学会発表] 大腸菌pCold-GSTシステムを用いたG蛋白質共役型受容体N末端細胞外ドメインの可溶性画分への発現 (2011)
  • 著者名/発表者名: 片岡沙織, ら
  • 学会等名: 第34回日本分子生物学学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜
  • 年月日: 2011-12-13
• [学会発表] LBT/CPP-Dual tagタンパク質発現ベクターの開発とCPP配列の細胞内取込み機構の解析 (2011)
  • 著者名/発表者名: 天野剛志, ら
  • 学会等名: JST/CRESTシンポジウム「新しい計測で生命に迫る」
  • 発表場所: 東京ガーデンパレス
  • 年月日: 2011-12-12
• [学会発表] ネクチン3のC末端配列と結合したアファディンPDZドメインの構造解析 (2011)
  • 著者名/発表者名: 藤原芳江, ら
  • 学会等名: 平成23年度日本結晶学会年会
  • 発表場所: 北海道大学
  • 年月日: 2011-11-24
• [学会発表] Contribution of NMR studies to constructing SAHG, a database of predicted protein structures from human genome (2011)
  • 著者名/発表者名: 廣明秀一, ら
  • 学会等名: 第50回記念NMR討論会国際シンポジウム
  • 発表場所: 横浜大桟橋ホール
  • 年月日: 2011-11-15
• [学会発表] Structure and Function of the Two N-Terminal Domains of AAA-ATPases, p60 Katanin and Nuclear Valosin Containing Protein Like 2 (NVL2)、9th International Conference on AAA proteins (2011)
  • 著者名/発表者名: 廣明秀一
  • 学会等名: 国際AAA会議
  • 発表場所: 熊本市国際交流センター
  • 年月日: 2011-11-06
• [学会発表] MR Analysis of the Toxic Ab□High Molecular Weight Oligomer (2011)
  • 著者名/発表者名: 廣明秀一
  • 学会等名: 先端医療センターアルツハイマー病ミニワークショップ
  • 発表場所: 神戸臨床情報センター(招待講演)
  • 年月日: 2011-09-22
• [学会発表] 分子動力学シミュレーションによるアポミオグロビンのフォールディング初期過程の解析 (2011)
  • 著者名/発表者名: 戸田弘美, ら
  • 学会等名: 第49回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 兵庫県立大
  • 年月日: 2011-09-17
• [学会発表] アクチンキャッピングタンパク質とその活性阻害タンパク質CARM ILに含まれる天然変性領域の作用機構 (2011)
  • 著者名/発表者名: 武田修一, ら
  • 学会等名: 第49回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 兵庫県立大
  • 年月日: 2011-09-17
• [学会発表] ミニマム細胞の設計原理:比較ゲノムからのアプローチ (2011)
  • 著者名/発表者名: 太田元規
  • 学会等名: 第49回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 兵庫県立大(招待講演)
  • 年月日: 2011-09-16
• [学会発表] 蛋白質複合体のための構造比較法SCPCの開発 (2011)
  • 著者名/発表者名: 小池亮太郎、太田元規
  • 学会等名: 第49回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 兵庫県立大
  • 年月日: 2011-09-16
• [学会発表] SCDB:リガンド結合に伴うタンパク質立体構造変化のデータベース (2011)
  • 著者名/発表者名: 雨宮崇之, ら
  • 学会等名: 第49回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 兵庫県立大
  • 年月日: 2011-09-16
• [学会発表] ヒトプロテオームに存在する新規ホールド数の見積もり (2011)
  • 著者名/発表者名: 福地佐斗志, ら
  • 学会等名: 第49回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 兵庫県立大
  • 年月日: 2011-09-16
• [学会発表] NMRを利用した創薬支援研究の現状と未来--"偶発的"なタンパク質・薬剤相互作用の構造生物学 (2011)
  • 著者名/発表者名: 廣明秀一
  • 学会等名: 2011 名大サマーセミナー
  • 発表場所: 名古屋大学(招待講演)
  • 年月日: 2011-09-03
• [学会発表] 計測科学研究室のあゆみ (2011)
  • 著者名/発表者名: 杤尾豪人, ら
  • 学会等名: 横浜市立大学鶴見キャンパス開設10周年記念講演会
  • 発表場所: 理化学研究所横浜研究所
  • 年月日: 2011-09-02
• [学会発表] NMRの原理1D/2D-NMR (2011)
  • 著者名/発表者名: 廣明秀一
  • 学会等名: 2011年日本分光学会NMR講習会
  • 発表場所: 東京大学(招待講演)
  • 年月日: 2011-07-20
• [学会発表] タンパク質^1H-^<15>N二次元NMRの徹底理解 (2011)
  • 著者名/発表者名: 廣明秀一
  • 学会等名: 第12回若手NMR研究会
  • 発表場所: 琵琶湖リゾートクラブ(招待講演)
  • 年月日: 2011-06-23
• [学会発表] リガンド結合とタンパク質立体構造変化の関係の分類と注釈付け (2011)
  • 著者名/発表者名: 雨宮崇之, ら
  • 学会等名: 第11回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: ホテル阪急エキスポパーク
  • 年月日: 2011-06-09
• [学会発表] ヒトゲノム構造・機能アノテーションデータベースSAHG:高等生物由来タンパク質の構造予測パイプラインの開発とヒト由来全タンパク質への適用 (2011)
  • 著者名/発表者名: 本野千恵, ら
  • 学会等名: 第11回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: ホテル阪急エキスポパーク
  • 年月日: 2011-06-09
• [学会発表] 蛋白質複合体のための構造比較法の開発 (2011)
  • 著者名/発表者名: 小池亮太郎、太田元規
  • 学会等名: 第11回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: ホテル阪急エキスポパーク
  • 年月日: 2011-06-08
• [学会発表] Comparative studies of profiles to predict functionally constrained sites (2011)
  • 著者名/発表者名: 小田浩之, ら
  • 学会等名: 第11回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: ホテル阪急エキスポパーク
  • 年月日: 2011-06-08
• [学会発表] 進化的起源を同じくする酵素群における機能とドメイン構成の多様性について (2011)
  • 著者名/発表者名: 丹谷恵子、太田元規
  • 学会等名: 第11回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: ホテル阪急エキスポパーク
  • 年月日: 2011-06-07
• [学会発表] 可溶性Aβ集合体アミロスフェロイドのNMRによる構造解析に向けた試料調 (2011)
  • 著者名/発表者名: 梅津喜崇, ら
  • 学会等名: 第11回日本蛋白質科学会
  • 発表場所: ホテル阪急エキスポパーク
  • 年月日: 2011-06-07
• [学会発表] 血管作動性腸管ペプチドVIPの二種類の溶液条件下での構造の比較 (2011)
  • 著者名/発表者名: 梅津喜崇, ら
  • 学会等名: 第6回日本ケミカルバイオロジー学会
  • 発表場所: 東京工業大学
  • 年月日: 2011-05-23
• [学会発表] How intrinsically disordered regions function : Lessons from CARMIL peptide cases (2011)
  • 著者名/発表者名: Ota, M.
  • 学会等名: 立命館大学国際シンポジウム
  • 発表場所: 草津
  • 年月日: 2011-01-30
• [学会発表] DICHOT-An annotation system for ordered and disordered regions of proteins (2011)
  • 著者名/発表者名: Fukuchi, S.
  • 学会等名: 立命館大学国際シンポジウム
  • 発表場所: 草津
  • 年月日: 2011-01-30
• [学会発表] 天然変性タンパク質データベースIDEALの構築 (2011)
  • 著者名/発表者名: 福地佐斗志, ら
  • 学会等名: 第34回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜
• [学会発表] 出芽酵母UME6による転写制御に関与する天然変性領域の機能解析 (2011)
  • 著者名/発表者名: 大島えりか, ら
  • 学会等名: 第34回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜
• [学会発表] Functional analysis of intrinsically disordered regions for transcriptional activity by Ume6, an activator/repressor protein of early meiotic genes in S.cerevisiae (2011)
  • 著者名/発表者名: Morohashi N., et al
  • 学会等名: 第34回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜
• [学会発表] 多くのDNA結合タンパク質の分解は天然変性領域と他の領域との一時的な結合により制御されているのではないか (2011)
  • 著者名/発表者名: 本間桂一, ら
  • 学会等名: 第34回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜
• [学会発表] Assignment of intrinsically disordered regions based on NMR structural data (2011)
  • 著者名/発表者名: Ota, M.
  • 学会等名: ISDIP
  • 発表場所: 横浜
• [学会発表] A database of intrinsically disordered protein (2011)
  • 著者名/発表者名: Fukuchi, S.
  • 学会等名: ISDIP
  • 発表場所: 横浜
• [学会発表] Structure and function of the N-terminal nucleolin binding domain of nuclear valocine containing Protein like 2 (NVL2) (2010)
  • 著者名/発表者名: 藤原芳江, ら
  • 学会等名: 第49回NMR討論会
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2010-11-15
• [学会発表] DICHOT -An Automatic Annotation System for Folding and Unfolding Regions of Proteins (2010)
  • 著者名/発表者名: S. Fukuchi
  • 学会等名: Biocuration 2010
  • 発表場所: お台場
  • 年月日: 2010-10-11
• [学会発表] SOFAST-HMQC/BEST-HNCAの理解と蛋白質NMRのケミカルバイオロジーへの応用 (2010)
  • 著者名/発表者名: 廣明秀一
  • 学会等名: 平成22年度分光学会NMR分光部会シンポジウム
  • 発表場所: 東大
  • 年月日: 2010-09-09
• [学会発表] RESAT-vector を用いた天然変性タンハク質配列の網羅的検証系の確立 (2010)
  • 著者名/発表者名: 合田(天野)名都子,太田元規,廣明秀一, 他
  • 学会等名: 第10回蛋白質科学会
  • 発表場所: 札幌
  • 年月日: 2010-06-16
• [学会発表] NMRモデルを利用した天然変性領域のアサインメント (2010)
  • 著者名/発表者名: 太田元規
  • 学会等名: 第10回蛋白質科学会
  • 発表場所: 札幌
• [学会発表] 大腸菌由来CutA1変異型の熱変性の熱力学的解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 松浦祥悟, ら
  • 学会等名: 第10回蛋白質科学会
  • 発表場所: 札幌
• [学会発表] PRESAT-vectorを用いた天然変性タンハク質配列の網羅的検証系の確立 (2010)
  • 著者名/発表者名: 合田名都子, ら
  • 学会等名: 第10回蛋白質科学会
  • 発表場所: 札幌
• [学会発表] 天然変性タンパク質データベースの構築 (2010)
  • 著者名/発表者名: 福地佐斗志, ら
  • 学会等名: 第10回蛋白質科学会
  • 発表場所: 札幌
• [学会発表] Motion Tree法による蛋白質構造変化の網羅的分類 (2010)
  • 著者名/発表者名: 小池亮太郎, ら
  • 学会等名: 第48回生物物理学会
  • 発表場所: 東北大学
• [学会発表] 天然変性タンパク質の相互作用部位データベースの開発と解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 黒木隆博, 太田元規
  • 学会等名: 第48回生物物理学会
  • 発表場所: 東北大学
• [学会発表] 天然変性ペプチドCARMILによるアクチンキャッピングプロテインの活性制御機構 (2010)
  • 著者名/発表者名: 武田修一, ら
  • 学会等名: 第48回生物物理学会
  • 発表場所: 東北大学
• [学会発表] Intrinsically disordered regions in NMR models (2010)
  • 著者名/発表者名: Ota, M.
  • 学会等名: Gordon conference
  • 発表場所: Davidson, NC, USA
• [学会発表] 天然変性タンパク質:バイオインフォマティクスによるアプローチ (2010)
  • 著者名/発表者名: 太田元規
  • 学会等名: 岡崎統合バイオサイエンスセンターサマースクール
  • 発表場所: 岡崎
• [学会発表] 天然変性タンパク質データベースの構築 (2010)
  • 著者名/発表者名: 福地佐斗志, ら
  • 学会等名: 第33回日本分子生物学会
  • 発表場所: 神戸
• [学会発表] DICHOT-An Automatic Annotation System for Folding and Unfolding Regions of Proteins (2010)
  • 著者名/発表者名: Fukuchi, S.
  • 学会等名: Biocuration 2010
  • 発表場所: お台場
• [学会発表] PRESAT-vectorを用いた天然変性タンパク質配列の網羅的検証系の確立 (2009)
  • 著者名/発表者名: 合田(天野)名都子, 他
  • 学会等名: 第32回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜(神奈川県)
  • 年月日: 2009-12-12
• [学会発表] 天然変性タンパク質のプロテオーム情報解析 (2009)
  • 著者名/発表者名: 福地佐斗志, 太田元規
  • 学会等名: 第32回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜(神奈川県)
  • 年月日: 2009-12-11
• [学会発表] NMRによる天然変性タンパク質配列の網羅的検証法 (2009)
  • 著者名/発表者名: 合田(天野)名都子, 他
  • 学会等名: 日本生物物理学会47回年会
  • 発表場所: アスティとくしま(徳島県)
  • 年月日: 2009-10-31
• [学会発表] 構造生物学と計算機科学に基づいたタイトジャンクションを制御する化合物の探索 (2009)
  • 著者名/発表者名: 間瀬省吾, 他
  • 学会等名: 日本生物物理学会47回年会
  • 発表場所: アスティとくしま(徳島県)
  • 年月日: 2009-10-30
• [学会発表] 天然変性タンパク質のデータベース構築と解析 (2009)
  • 著者名/発表者名: 太田元規, 福地佐斗志
  • 学会等名: 第82回日本生化学会
  • 発表場所: 神戸ポートアイランド(兵庫県)
  • 年月日: 2009-10-21
• [図書] タンパク質の立体構造入門 (藤博幸編) (2010)
  • 著者名/発表者名: 太田元規,廣明秀一, 他
  • 総ページ数: 182
  • 出版者: 講談社
• [図書] タンパク質の立体構造入門 (2010)
  • 著者名/発表者名: 太田元規, 廣明秀一, ら
  • 総ページ数: 182
  • 出版者: 講談社
• [備考] IDEAL
  • URL: http://idp1.force.cs.is.nagoya-u.ac.jp/IDEAL/
• [備考] IDEAL
  • URL: http://idp1.force.cs.is.nagoya-u.ac.jp/IDEAL/
• [備考] IDEAL
  • URL: http://idp1.force.cs.is.nagoya-u.ac.jp/IDEAL/
• [備考]
  • URL: http://idp1.force.cs.is.nagoya-u.ac.jp/IDEAL/
• [産業財産権] タンパク質凍結保存用保護剤 (2014)
  • 発明者名: 廣明秀一,太田元規,福地佐斗志, 他
  • 権利者名: 廣明秀一,太田元規,福地佐斗志, 他
  • 産業財産権種類: 特許
  • 出願年月日: 2014-02-24
• [産業財産権] タンパク質凍結保存用保護剤 (2014)
  • 発明者名: 廣明秀一ら
  • 権利者名: 廣明秀一ら
  • 産業財産権種類: 特許
  • 出願年月日: 2014-02-24