高分子非コードＲＮＡ作用マシナリー構成要素の探索と解析

• 研究領域: 非コードＲＮＡ作用マシナリー
• 研究課題/領域番号: 21115003
• 研究種目: 新学術領域研究(研究領域提案型)
• 配分区分: 補助金
• 審査区分: 生物系
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 鈴木 健夫 東京大学, 工学(系)研究科(研究院), 講師 (90533125)
• 研究期間 (年度): 2009-07-23 – 2014-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2013年度)
• 配分額: 59,150千円 (直接経費: 45,500千円、間接経費: 13,650千円); 2013年度: 11,180千円 (直接経費: 8,600千円、間接経費: 2,580千円); 2012年度: 11,180千円 (直接経費: 8,600千円、間接経費: 2,580千円); 2011年度: 11,180千円 (直接経費: 8,600千円、間接経費: 2,580千円); 2010年度: 11,180千円 (直接経費: 8,600千円、間接経費: 2,580千円); 2009年度: 14,430千円 (直接経費: 11,100千円、間接経費: 3,330千円)
• キーワード: RNA / 転写後修飾 / プロセシング / 修飾酵素 / メチル化 / 非コードRNA / RNA修飾 / 末端構造 / LC/MS / 質量分析 / キャップ構造

研究概要

Xistの5'末構造解析によりmRNAのcapとは異なる修飾の状態が見出された。Malat1の3'末保存エレメント由来RNAの解析から1ヶ所のAがメチル化されていた。メチル化レベルをに影響する遺伝子の探索からメチル化酵素の同定とメチル化構造の実体を特定した。メチル化Aの検出手法とqRT-PCR法の組み合わせにより、微量サンプルからのRNA修飾定量法を開発した。2型糖尿病リスクとなるCDKAL1によるメチルチオ化修飾に適応し、リスクアレル保持者末梢血RNAサンプルでメチルチオ化修飾率が低下傾向にあることを示した。特徴的なRNA構造変化および修飾因子の発見への寄与があった。

研究成果

• [雑誌論文] A complete landscape of post-transcriptional modifications in mammalian mitochondrial tRNAs (2014)
  • 著者名/発表者名: Suzuki T. and Suzuki T.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 巻: (in press) 号: 11 ページ: 7346-7357
  • DOI: 10.1093/nar/gku390
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Biochemical and mass spectrometric analysis of 3'-end methylation of piRNAs (2014)
  • 著者名/発表者名: Suzuki T, Miyauchi K, Sakaguchi Y, Suzuki T
  • 雑誌名: Methods Mol. Biol 巻: 1093 ページ: 59-72
  • DOI: 10.1007/978-1-62703-694-8_6
  • ISBN: 9781627036931, 9781627036948
  • 査読あり
• [雑誌論文] Structural Dynamics of a Mitochondrial tRNA Possessing Weak Thermo dynamic Stability (2014)
  • 著者名/発表者名: Hari Bhaskaran, Takaaki Taniguchi, Takeo Suzuki, Tsutomu Suzuki, and John J. Perona
  • 雑誌名: Biochemistry 巻: 53(a) 号: 9 ページ: 1456-1465
  • DOI: 10.1021/bi401449z
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Quantitative PCR measurement of tRNA 2 methylthio modification for assessing type 2 diabetes risk. (2013)
  • 著者名/発表者名: Kie, Pei-Yu, et al.
  • 雑誌名: Clinical Chemistry 巻: 59 号: 11 ページ: 1604-1612
  • DOI: 10.1373/clinchem.2013.210401
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Decoding mechanism of non-universal genetic codes in Loligo bleekeri mitochondria (2013)
  • 著者名/発表者名: Ohira T, Suzuki T (第2著者), 他5名
  • 雑誌名: J . Biol. Chem 巻: 288 号: 11 ページ: 7645-7652
  • DOI: 10.1074/jbc.m112.439554
  • 査読あり
• [雑誌論文] Crystal structure of a putative methyltransferase SAV1081 from Staphylococcus aureus (2013)
  • 著者名/発表者名: Kita, S., Tanaka, Y., Hirano, N., Kimura, S., Suzuki, T., Suzuki, T., Yao, M. and Tanaka, I.
  • 雑誌名: Protein & Peptide Letters 巻: 20 号: 5 ページ: 530-537
  • DOI: 10.2174/0929866511320050006
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Base methylations in the double-stranded RNA by a fused methyltransferase bearing unwinding activity (2012)
  • 著者名/発表者名: Kimura S., Ikeuchi Y., Kitahara K., Sakaguchi Y., Suzuki T., Suzuki T.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 巻: (掲載確定)(印刷中) 号: 9 ページ: 4071-4085
  • DOI: 10.1093/nar/gkr1287
  • 査読あり
• [雑誌論文] Molecular basis of dihydrouridine formation on tRNA (2011)
  • 著者名/発表者名: Yu F, Tanaka Y, Yamashita K, Suzuki T (第4著者), 他4名
  • 雑誌名: Proc Natl Acad Sci U S A 巻: 108 号: 49 ページ: 19593-19598
  • DOI: 10.1073/pnas.1112352108
  • 査読あり
• [雑誌論文] Taurine-containing uridine modifications in tRNA anticodons are required to decipher non-universal genetic codes in ascidian mitochondria (2011)
  • 著者名/発表者名: Suzuki T (第1著者), 他8名
  • 雑誌名: J. Biol. Chem 巻: 286 号: 41 ページ: 35494-35498
  • DOI: 10.1074/jbc.m111.279810
  • 査読あり
• [雑誌論文] Loss of ribosomal RNA modification causes developmental defects in zebrafish (2011)
  • 著者名/発表者名: Higa-Nakamine S, Suzuki T (第2著者) 他7名
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 巻: 40 号: 1 ページ: 391-398
  • DOI: 10.1093/nar/gkr700
  • 査読あり
• [雑誌論文] Human Mitochondrial tRNAs : Biogenesis, Function, Structural Aspects, and Diseases (2011)
  • 著者名/発表者名: Suzuki T, Nagao A and Suzuki T
  • 雑誌名: Annu. Rev. Genet 巻: 45 号: 1 ページ: 299-329
  • DOI: 10.1146/annurev-genet-110410-132531
  • 査読あり
• [雑誌論文] Deficit of tRNA(Lys) modification by Cdkall causes the development of type 2 diabetes in mice (2011)
  • 著者名/発表者名: Wei FY., Suzuki T., Watanabe S., Kimura S., Kaitsuka T., Fujimura A., Matsui H., Atta M., Michiue H., Fontecave M., Yamagata K., Suzuki T., Tomizawa K.
  • 雑誌名: The Journal of Clinical Investigation 巻: 121 号: 9 ページ: 3598-3608
  • DOI: 10.1172/jci58056
  • 査読あり
• [雑誌論文] Actin-binding protein ABP140 is a methyltransferase for 3-methylcytidine at position 32 of tRNAs in Saccharomyces cerevisiae (2011)
  • 著者名/発表者名: Noma A, Yi S, Katoh T, Takai Y, Suzuki T and Suzuki T
  • 雑誌名: RNA 巻: 17 号: 6 ページ: 1111-1119
  • DOI: 10.1261/rna.2653411
  • 査読あり
• [雑誌論文] Human mitochondrial diseases caused by lack of taurine-modification in mitochondrial tRNAs (2011)
  • 著者名/発表者名: Suzuki T, Nagao A and Suzuki T
  • 雑誌名: Wiley Interdiscip Rev RNA 巻: 2 号: 3 ページ: 376-386
  • DOI: 10.1002/wrna.65
  • 査読あり
• [雑誌論文] Molecular basis of dihydrouridine formation on tRNA (2011)
  • 著者名/発表者名: Futao Yu, Yoshikazu Tanaka, Keitaro Yamashita, Takeo Suzuki, Akiyoshi Nakamura, Nagisa Hirano, Tsutomu Suzuki, Min Yao, Isao Tanaka
  • 雑誌名: Proc Natl Acad Sci U S A. 巻: 108 ページ: 19593-8
  • 査読あり
• [雑誌論文] Taurine-containing uridine modifications in tRNA anticodons are required to decipher non-universal genetic codes in ascidian mitochondria (2011)
  • 著者名/発表者名: Takeo Suzuki, Kenjyo Miyauchi, Tsutomu Suzuki, Shin-ichi Yokobori, Naoki Shigi, Akiko Kondow, Nono Takeuchi, Akihiko Yamagishi, Kimitsuna Watanabe
  • 雑誌名: J.Biol.Chem. 巻: 286 ページ: 35494-8
  • 査読あり
• [雑誌論文] Loss of ribosomal RNA modification causes developmental defects in zebrafish (2011)
  • 著者名/発表者名: Sayomi Higa-Nakamine, Takeo Suzuki, Tamayo Uechi, Anirban Chakraborty, Yukari Nakajima, Mikako Nakamura, Naoko Hirano, Tsutomu Suzuki, Naoya Kenmochi
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research. 巻: 40 ページ: 391-8
  • 査読あり
• [雑誌論文] Human Mitochondrial tRNAs : Biogenesis, Function, Structural Aspects, and Diseases (2011)
  • 著者名/発表者名: Tsutomu Suzuki, Asuteka Nagao, Takeo Suzuki
  • 雑誌名: Annu.Rev.Genet. 巻: 45 ページ: 299-329
  • 査読あり
• [雑誌論文] Deficit of Lys-tRNA Modification by Cdkal1 Causes the Development of Type 2 Diabetes in Mice (2011)
  • 著者名/発表者名: FY Wei, T Suzuki, S Watanabe, S Kimura, T Kaitsuka, A Fujimura, H Matsui, M Atta, H Michiue, M Fontecave, K Yamagata, T Suzuki, K Tomizawa
  • 雑誌名: J.Clin.Invest. 巻: 121 ページ: 3598-608
  • 査読あり
• [雑誌論文] Actin-binding protein ABP140 is a methyltransferase for 3-methylcytidine at position 32 of tRNAs in Saccharomyces cerevisiae (2011)
  • 著者名/発表者名: Akiko Noma, Sanghyun Yi, Takayuki Katoh, Yoshimi Takai, Takeo Suzuki, Tsutomu Suzuki
  • 雑誌名: RNA 巻: 17 ページ: 1111-9
  • 査読あり
• [雑誌論文] Human mitochondrial diseases caused by lack of taurine-modification in mitochondrial tRNAs (2011)
  • 著者名/発表者名: Tsutomu Suzuki, Asuteka Nagao, Takeo Suzuki
  • 雑誌名: WIREs RNA 巻: 121 ページ: 376-86
  • 査読あり
• [雑誌論文] Human mitochondrial diseases caused by lack of taurine-modification in mitochondrial tRNAs (2011)
  • 著者名/発表者名: Suzuki, T., et al.
  • 雑誌名: WIREs RNA 巻: 2 ページ: 376-386
  • 査読あり
• [雑誌論文] Agmatine-conjugated cytidine in tRNA anticodon essential for AUA decoding in archaea (2010)
  • 著者名/発表者名: Ikeuchi Y, Kimura S, Numata T, Nakamura D, Yokogawa T, Ogata T, Wada T, Suzuki T and Suzuki T
  • 雑誌名: Nat. Chem. Biol 巻: 6 号: 4 ページ: 277-282
  • DOI: 10.1038/nchembio.323
  • 査読あり
• [雑誌論文] Profiling Sex-specific piRNAs in Zebrafish (2010)
  • 著者名/発表者名: Xiang Zhou, et al.
  • 雑誌名: Genetics 巻: 186 ページ: 1175-1185
  • 査読あり
• [雑誌論文] Agmatine-conjugated cytidine in tRNA anticodon essential for AUA decoding in archaea. (2010)
  • 著者名/発表者名: Ikeuchi, Y., et al.
  • 雑誌名: Nat.Chem.Biol. 巻: 6 ページ: 277-282
  • 査読あり
• [雑誌論文] ミトコンドリア脳筋症とtRNAのタウリン修飾欠損 (2010)
  • 著者名/発表者名: 鈴木勉、鈴木健夫
  • 雑誌名: 細胞工学 巻: 29 ページ: 137-143
• [学会発表] Novel modified nucleoside found in 16S rRNA from halophilic archaea (2013)
  • 著者名/発表者名: Takeo Suzuki, Hajime Takeda, Tomoyuki Watanabe, Naoki Uchiyama, Takeshi Wada, Tsutomu Suzuki
  • 学会等名: MBSJ2013
  • 発表場所: Kobe, Japan
• [学会発表] Novel modified nucleoside found in 16S rRNA from halophilic archaea (2013)
  • 著者名/発表者名: Takeo Suzuki, Hajime Takeda, Tomoyuki Watanabe, Naoki Uchiyama, Takeshi Wada, Tsutomu Suzuki
  • 学会等名: MBSJ2013
  • 発表場所: Kobe Port Island, Hyogo
  • 招待講演
• [学会発表] Mechanistic insights into the functional role of the RlmE-mediated Um2552 formation in the late assembly of 50S subunit in Escherichia coli (2013)
  • 著者名/発表者名: Taiga Arai, Satoshi Kimura, Yuriko Sakaguchi, Takeo Suzuki and Tsutomu Suzuki
  • 学会等名: 15th RNA meeting
  • 発表場所: Himegin Hall, Ehime
• [学会発表] Molecular pathogenesis of non-syndromic X-linked intellectual disability caused by a loss-of-function mutation in FTSJ1 (2013)
  • 著者名/発表者名: Shoji Hirata, Takeo Suzuki, Kenjyo Miyauchi, Yuichi Goto, Tsutomu Suzuki
  • 学会等名: MBSJ2013
  • 発表場所: Kobe Port Island, Hyogo
• [学会発表] Sensitive measurement of tRNA 2-methylthio modification by quantitative PCR for clinical assessment of type 2 diabetes risk (2013)
  • 著者名/発表者名: Fan-Yan Wei, Peiyu Xie, Shoji Hirata, Taku Kaitsuka, Tsutomu Suzuki, Kazuhito Tomizawa, Takeo Suzuki
  • 学会等名: 15th RNA meeting
  • 発表場所: Himegin Hall, Ehime
• [学会発表] Functional analysis of a 2?-5 ?RNA ligase from the Hyperthermophilc archaeon Thermococcus kodakarensis (2013)
  • 著者名/発表者名: Akira Hirata, Tomoko Nagano, Yuki Ishimaru, Tamotsu Kanai, Takeo Suzuki, Asako Sato, Akio Kanai, Tsutomu Suzuki, Hori Hiroyuki
  • 学会等名: 15th RNA meeting
  • 発表場所: Himegin Hall, Ehime
• [学会発表] Alternative pathway of tRNA maturation in Saccharomyces cerevisiae (2012)
  • 著者名/発表者名: Takayuki Ohira, Kenjyo Miyauchi, Yuriko Sakaguchi, Takeo Suzuki, Tsutomu Suzuki
  • 学会等名: The 24th tRNA conference
  • 発表場所: Olmue, Chile
  • 年月日: 2012-12-02
• [学会発表] The acetylation of 18S rRNA is an essential modification to synthesize the small subunit of ribosome in Saccharomyces cerevisiae (2012)
  • 著者名/発表者名: Satoshi Ito, Yu Akamatsu, Akiko Noma, Satoshi Kimura, Yoshiho Ikeuchi, Kenjyo Miyauchi, Yoshikazu Tanaka, Isao Tanaka, Takeo Suzuki, Tsutomu Suzuki
  • 学会等名: The 9th International Conference on Ribosome Synthesis
  • 発表場所: Banff, Canada
  • 年月日: 2012-08-22
• [学会発表] Insights into the functional role of the RlmE-mediated Um2552 formation in the late assembly of 50S subunit in Escherichia coli (2012)
  • 著者名/発表者名: Taiga Arai, Satoshi Kimura, Yuriko Sakaguchi, Takeo Suzuki, Tsutomu Suzuki
  • 学会等名: The 9th International Conference on Ribosome Synthesis
  • 発表場所: Banff, Canada
  • 年月日: 2012-08-20
• [学会発表] Base methylations in the double-stranded RNA by a fused methyltransferase bearing unwinding activity in ribosome assembly (2011)
  • 著者名/発表者名: Satoshi Kimura, Yoshiho Ikeuchi, Kei Kitahara, Yuriko Sakaguchi, Takeo Suzuki, Tsutomu Suzuki
  • 学会等名: MBSJ2011
  • 発表場所: Yokohama, Japan
• [学会発表] Native chemical structures of Escherichia coli tRNAs determined by mass spectrometric analysis (2011)
  • 著者名/発表者名: Kenjyo Miyauchi, Satoshi Kimura, Yuriko Sakaguchi, Takeo Suzuki, Tsutomu Suzuki
  • 学会等名: MBSJ2011
  • 発表場所: Yokohama, Japan
• [学会発表] The third pathway of tRNA export requires the retrograde import of precursor tRNA from cytoplasm to nucleus for its maturation in Saccharomyces cerevisiae (2011)
  • 著者名/発表者名: Takayuki Ohira, Keniyo Miyauchi, Yuriko Sakaguchi, Takeo Suzuki, Tsutomu Suzuki
  • 学会等名: MBSJ2011
  • 発表場所: Yokohama, Japan
• [学会発表] The acetylation of 18S rRNA is an essential modification to synthesize the small subunit of ribosome in Saccharomyces cerevisiae (2011)
  • 著者名/発表者名: Satoshi Ito, Yu Akamatsu, Akiko Noma, Satoshi Kimura, Yoshiho Ikeuchi, Keniyo Miyauchi, Yoshikazu Tanaka, Isao Tanaka, Takeo Suzuki, Tsutomu Suzuki
  • 学会等名: MBSJ2011
  • 発表場所: Yokohama, Japan
• [学会発表] Biochemical characterization of 40S intermediate in the assembly of 50S ribosomal subunit in Escherichia coli (2011)
  • 著者名/発表者名: Taiga Arai, Satishi Kimura, Yuriko Sakaguchi, Takeo Suzuki, Tsutomu Suzuki
  • 学会等名: MBSJ2011
  • 発表場所: Yokohama, Japan
• [学会発表] Crystal structure of dihydrouridine synthase in complex with RNA reveals its tRNA recognition and reaction mechanisms (2011)
  • 著者名/発表者名: Yoshikazu Tanaka, Futao Yu, Keitaro Yamashita, Akiyoshi Nakamura, Takeo Suzuki, Nagisa Hirano, Tsutomu Suzuki, Min Yao, Isao Tanaka
  • 学会等名: RNA2011Kyoto
  • 発表場所: Kyoto, Japan
• [学会発表] Characterization of Human Homologues of MnmE and GidA, Required for an xm5U-type Uridine Modification at the Wobble Position of Mitochondrial tRNAs (2011)
  • 著者名/発表者名: Takeo Suzuki, Hirosi Sakai, Tomoyuki Numata, Takuo Osawa, Tsutomu Suzuki
  • 学会等名: RNA2011Kyoto
  • 発表場所: Kyoto, Japan
• [学会発表] Base Methylations in the Double-stranded RNA by a Fused Methyltransferase Bearing Unwinding Activity (2011)
  • 著者名/発表者名: Satoshi Kimura, Yoshiho Ikeuchi, Kei Kitahara, Yuriko Sakaguchi, Takeo Suzuki, Tsutomu Suzuki
  • 学会等名: RNA2011Kyoto
  • 発表場所: Kyoto, Japan
• [学会発表] Necessity of tRNA introns for yeast growth (2011)
  • 著者名/発表者名: Shunsuke Mori, Toshiya Endo, Takeo Suzuki, Tsutomu Suzuki, Tohru Yoshihisa
  • 学会等名: RNA2011Kyoto
  • 発表場所: Kyoto, Japan
• [学会発表] In Vivo Reversal of a UV-induced Lesion on Mouse 28S rRNA (2011)
  • 著者名/発表者名: Atsumi Miyata, Makoto Kitabatake, Takeo Suzuki, Tsutomu Suzuki, Tomoko Sakata, Yohei Kobayashi, Shin Yonehara, Mutsuhito Ohno
  • 学会等名: RNA2011Kyoto
  • 発表場所: Kyoto, Japan
• [学会発表] Unique characteristics of ascidian mitochondrial tRNAs : Existence of 5-t aurinomethyluridine-containing tRNAs involved in deciphering the non-universal genetic codes and an initiator tRNA corresponding to AUG codon (2011)
  • 著者名/発表者名: Takeo Suzuki, Kenjyo Miyauchi, Shin-ichi Yokobori, Naoki Shigi, Akiko Kondow, Nono Takeuchi, Tsutomu Suzuki, Akihiko Yamagishi, Kimitsuna Watanabe
  • 学会等名: RNA2011Kyoto
  • 発表場所: Kyoto, Japan
• [学会発表] Biosynthetic mechanism and substrate recognition by modification enzymes of the wobble xm5-modified uridine in Escherichia coli (2010)
  • 著者名/発表者名: Suzuki, T., et al.
  • 学会等名: BMB2010
  • 発表場所: Kobe, Japan
• [学会発表] アーキアtRNA^<Ile>に見出された新規RNA修飾塩基アグマチジンの機能と生合成機構の解明 (2010)
  • 著者名/発表者名: 池内与志穂, 等
  • 学会等名: RNA2010 Tokyo
  • 発表場所: Tokyo, Japan
• [学会発表] 大腸菌tRNA全48種における修飾構造の全景 (2010)
  • 著者名/発表者名: 宮内健常, 等
  • 学会等名: RNA2010 Tokyo
  • 発表場所: Tokyo, Japan
• [学会発表] 真核生物リボソームの生合成を支配するrRNAアセチル化修飾の機能解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 伊藤理, 等
  • 学会等名: RNA2010 Tokyo
  • 発表場所: Tokyo, Japan
• [学会発表] リボソーム生合成過程におけるRNA修飾の機能解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 荒井大河, 等
  • 学会等名: RNA2010 Tokyo
  • 発表場所: Tokyo, Japan
• [学会発表] 高感度質量分析法を用いた哺乳動物ゲノムDNA断片の直接解析と新規DNA修飾の探索 (2010)
  • 著者名/発表者名: 北村哲也, 等
  • 学会等名: RNA2010 Tokyo
  • 発表場所: Tokyo, Japan
• [学会発表] Requirements for in vitro formation of 5-carboxymethylaminometyluri dine at the wobble position in Escherichia coli tRNAs (2010)
  • 著者名/発表者名: Suzuki, T., et al.
  • 学会等名: 23rd tRNA workshop
  • 発表場所: Aveiro, Portugal
• [学会発表] Requirements for in vitro formation of 5-carboxymethylaminometyluridine at the wobble position in Escherichia coli tRNAs (2009)
  • 著者名/発表者名: Suzuki, T., et al.
  • 学会等名: 32nd MBSJ
  • 発表場所: Yokohama, Japan
• [産業財産権] RNA 修飾の簡易検出法、及び該検出法を用いた2型糖尿病の検査方法 (2013)
  • 発明者名: 富澤 一仁、魏 范研、鈴木 健夫、鈴木 勉
  • 産業財産権種類: 特許
  • 産業財産権番号: 2013-047278
  • 出願年月日: 2013-03-08