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準安定な分子認識解明のためのテザー係留法の開発と細胞内仕分けシグナル識別への応用

計画研究

研究領域過渡的複合体が関わる生命現象の統合的理解-生理的準安定状態を捉える新技術-
研究課題/領域番号 21121003
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 複合領域
研究機関九州大学

研究代表者

神田 大輔  九州大学, 生体防御医学研究所, 教授 (80186618)

連携研究者 嶋田 睦  九州大学, 生体防御医学研究所, 准教授 (70391977)
真柳 浩太  九州大学, 生体防御医学研究所, 助教 (50418571)
斉藤 貴士  九州大学, 生体防御医学研究所, 助教 (00432914)
井倉 真由美  九州大学, 生体防御医学研究所, 学術研究院 (60529965)
研究期間 (年度) 2009-07-23 – 2014-03-31
研究課題ステータス 完了 (2013年度)
配分額 *注記
153,010千円 (直接経費: 117,700千円、間接経費: 35,310千円)
2013年度: 25,350千円 (直接経費: 19,500千円、間接経費: 5,850千円)
2012年度: 25,350千円 (直接経費: 19,500千円、間接経費: 5,850千円)
2011年度: 20,280千円 (直接経費: 15,600千円、間接経費: 4,680千円)
2010年度: 70,980千円 (直接経費: 54,600千円、間接経費: 16,380千円)
2009年度: 11,050千円 (直接経費: 8,500千円、間接経費: 2,550千円)
キーワードタンパク質 / 分子認識 / プレ配列 / Tom20 / オリゴ糖転移酵素 / X線結晶解析 / NMR解析 / 複合体 / 細胞内輸送 / ミトコンドリア / 結晶コンタクト効果 / 融合タンパク質 / 複合体安定化技術 / ジスルフィド結合
研究概要

大きな運動性を残した相互作用をしている複合体から原子レベルの構造情報や動的情報を得るためには,解離会合平衡を適切な方法で会合側へシフトすることが必要である.平衡をシフトする技術として,共有結合を分子間に導入する方法(テザー係留技術)とリガンド内に共有結合を導入する方法(分子内架橋係留技術)の2つを開発した.また,結晶コンタクトがない空間をタンパク質を結晶格子内に創りだし,そこにタンパク質の一部分やリガンドを意図的に配置して動的情報を得るための新しい結晶解析方法の開発を行った.ミトコンドリアプレ配列受容体Tom20-プレ配列複合体とオリゴ糖転移酵素-基質ペプチド複合体の2つの系に適用した.

報告書

(6件)
  • 2013 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2012 実績報告書
  • 2011 実績報告書
  • 2010 実績報告書
  • 2009 実績報告書
  • 研究成果

    (58件)

すべて 2014 2013 2012 2011 2010 2009 その他

すべて 雑誌論文 (21件) (うち査読あり 8件) 学会発表 (30件) (うち招待講演 1件) 図書 (1件) 備考 (6件)

  • [雑誌論文] Structural elucidation of an asparagine-linked oligosaccharide from the hyperthermophilic archaeon, Pyrococcus furiosus2014

    • 著者名/発表者名
      Fujinami, D., Matsumoto, M., Noguchi, T., Sonomoto, K., Kohda, D.
    • 雑誌名

      Carbohydr Res

      巻: 387C ページ: 30-36

    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Structural elucidation of an asparagine-linked oligosaccharide from the hyperthermophilic archaeon, Pyrococcus furiosus.2014

    • 著者名/発表者名
      Fujinami D, Matsumoto M, Noguchi T, Sonomoto K, Kohda D
    • 雑誌名

      Carbohydr Res

      巻: 387C ページ: 30-36

    • DOI

      10.1016/j.carres.2014.01.021

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Energetics of the presequence-binding poses in mitochondrial protein import through Tom202013

    • 著者名/発表者名
      Komuro, Y., Miyashita, N., Mori, T., Muneyuki, E., Saitoh, T., Kohda, D., Sugita, Y.
    • 雑誌名

      J Phys Chem B

      巻: 117 ページ: 2864-2871

    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Crystallographic and NMR evidence for flexibility in oligosaccharyltransferases and its catalytic significance2013

    • 著者名/発表者名
      Nyirenda, J., Matsumoto, S., Saitoh, T., Maita, N., Noda, N. N., Inagaki, F., Kohda, D.
    • 雑誌名

      Structure

      巻: 21 ページ: 32-41

    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Crystal structure of the C-terminal globular domain of the third paralog of the Archaeoglobus fulgidus oligosaccharyltransferases2013

    • 著者名/発表者名
      Matsumoto, S., Shimada, A., Kohda, D.
    • 雑誌名

      BMC Struct Biol

      巻: 13 ページ: 11-11

    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Crystal structures of an archaeal oligosaccharyltransferase provide insights into the catalytic cycle of N-linked protein glycosylation2013

    • 著者名/発表者名
      Matsumoto, S., Shimada, A., Nyirenda, J., Igura, M., Kawano, Y., Kohda, D.
    • 雑誌名

      Proc Natl Acad Sci U S A

      巻: 110 ページ: 17868-17873

    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Crystal structure of the C-terminal globular domain of the third paralog of the Archaeoglobus fulgidus oligosaccharyltransferases.2013

    • 著者名/発表者名
      Matsumoto S, Shimada A, Kohda D
    • 雑誌名

      BMC Struct Biol

      巻: 13 号: 1

    • DOI

      10.1186/1472-6807-13-11

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystal structures of an archaeal oligosaccharyltransferase provide insights into the catalytic cycle of N-linked protein glycosylation.2013

    • 著者名/発表者名
      Matsumoto S, Shimada A, Nyirenda J, Igura M, Kawano Y, Kohda D
    • 雑誌名

      Proc Natl Acad Sci USA

      巻: 110 号: 44 ページ: 17868-17873

    • DOI

      10.1073/pnas.1309777110

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystallographic and NMR evidence for flexibility in oligosaccharyltransferases and its catalytic significance2013

    • 著者名/発表者名
      James Nyirenda, et al.
    • 雑誌名

      Structure

      巻: 21 号: 1 ページ: 32-41

    • DOI

      10.1016/j.str.2012.10.011

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Energetics of the presequence-binding poses in mitochondrial protein import through Tom20.2013

    • 著者名/発表者名
      Komuro Y, Miyashita N, Mori T, Muneyuki E, Saitoh T, Kohda D, Sugita Y.
    • 雑誌名

      J Phys Chem B

      巻: 117 号: 10 ページ: 2864-71

    • DOI

      10.1021/jp400113e

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystal structure of the C-terminal globular domain of oligosaccharyltransferase from Archaeoglobus fulgidus at 1.75 A resolution2012

    • 著者名/発表者名
      Matsumoto, S., Igura, M., Nyirenda, J., Matsumoto, M., Yuzawa, S., Noda, N., Inagaki, F., Kohda, D.
    • 雑誌名

      Biochemistry

      巻: 51 ページ: 4157-4166

    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Crystal structure of the C-terminal globular domain of oligosaccharyltransferase from Archaeoglobus fulgidus at 1.75Å resolution.2012

    • 著者名/発表者名
      Matsumoto, S., Igura, M., Nyirenda, J., Matsumoto. M, Yuzawa, S., Noda, N., Inagaki, F., Kohda, D.
    • 雑誌名

      Biochemistry

      巻: 51 号: 20 ページ: 4157-4166

    • DOI

      10.1021/bi300076u

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Quantitative assessment of the preferences for the amino acid residues flanking archaeal N-linked glycosylation sites2011

    • 著者名/発表者名
      Igura, M., Kohda, D.
    • 雑誌名

      Glycobiology

      巻: 21 ページ: 575-583

    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書 2011 実績報告書
  • [雑誌論文] Selective control of oligosaccharide transfer efficiency for the N-glycosylation sequon by a point mutation in oligosaccharyltransferase2011

    • 著者名/発表者名
      Igura, M., Kohda, D.
    • 雑誌名

      J Biol Chem

      巻: 286 ページ: 13255-13260

    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書 2011 実績報告書
  • [雑誌論文] Crystallographic snapshots of Tom20-mitochondrial presequence interactions with disulfide-stabilized peptides2011

    • 著者名/発表者名
      Saitoh, T., Igura, M., Miyazaki, Y., Ose, T., Maita, N., Kohda, D.
    • 雑誌名

      Biochemistry

      巻: 50 ページ: 5487-5496

    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書 2011 実績報告書
  • [雑誌論文] 共有結合を用いた平衡シフトによる過渡的タンパク質複合体からの構造情報の取得2011

    • 著者名/発表者名
      神田大輔,齊藤貴士
    • 雑誌名

      生化学

      巻: 第83巻第10号 ページ: 902-911

    • NAID

      10029850124

    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Comparative structural biology of eubacterial and archaeal oligosaccharyltransferases2010

    • 著者名/発表者名
      Maita, N., Nyirenda, J., Igura, M., Kamishikiryo, J., Kohda, D.
    • 雑誌名

      J Biol Chem

      巻: 285 ページ: 4941-4950

    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Crystallographic and functional analyses of J-domain of JAC1 essential for chloroplast photorelocation movement in Arabidopsis thaliana2010

    • 著者名/発表者名
      Takano, A., Suetsugu, N., Wada, M., Kohda, D.
    • 雑誌名

      Plant Cell Physiol

      巻: 51 ページ: 1372-1376

    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書 2010 実績報告書
  • [雑誌論文] Structure and activity of JAC1 J-domain implicate the involvement of the cochaperone activity with HSC70 in chloroplast photorelocation movement2010

    • 著者名/発表者名
      Suetsugu, N., Takano, A., Kohda, D., Wada, M.
    • 雑誌名

      Plant Signal Behav

      巻: 5 ページ: 1602-1606

    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Stalled replication forks : making ends meet for recognition and stabilization.2010

    • 著者名/発表者名
      Masai H, Tanaka T, Kohda D.
    • 雑誌名

      Bioessays

      巻: 32 ページ: 687-697

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Comparative Structural Biology of Eubacterial and Archaeal Oligosaccharyltransferases2010

    • 著者名/発表者名
      N.Maita, J.Nyirenda, M.Igura, J.Kamishikiryo, D.Kohda
    • 雑誌名

      Journal of Biological Chemistry 285

      ページ: 4941-4950

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Intentional creation of crystal-contact free space for analyzing large amplitude motions in protein crystals2014

    • 学会等名
      International Symposium between Kyushu U. Post Global COE and School of Biomedical Sciences, Monash U
    • 発表場所
      Melbourne, Australia
    • 年月日
      2014-02-07
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] Intentional creation of crystal-contact free space for monitoring large amplitude motions of ligands in protein crystals(workshop, "transient macromolecular complexes involved in multilevel biological phenomena")2013

    • 学会等名
      第51回日本生物物理学会
    • 発表場所
      京都
    • 年月日
      2013-10-29
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] Intentional crystal-contact free space to observe the large mobility of ligands in X-ray crystallography2013

    • 著者名/発表者名
      Rei Matsuoka
    • 学会等名
      Post-GCOE Symposium Retreat in Singapore with NUS and TLL
    • 発表場所
      シンガポール
    • 年月日
      2013-03-05
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] 蛋白質結晶中に創り出した隙間を利用して分子の動きを観るための新しいX線結晶解析2012

    • 著者名/発表者名
      松岡礼
    • 学会等名
      第85回日本生化学会年会
    • 発表場所
      福岡
    • 年月日
      2012-12-15
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Intentional creation of crystal-contact free space for monitoring large amplitude motions of proteins and ligands in protein crystals2012

    • 学会等名
      第85回日本生化学会年会
    • 発表場所
      福岡
    • 年月日
      2012-12-14
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] Intentional creation of crystal-contact free space for monitoring large amplitude motions of proteins and ligands in protein crystals2012

    • 著者名/発表者名
      Daisuke Kohda
    • 学会等名
      第85回日本生化学会年会
    • 発表場所
      福岡
    • 年月日
      2012-12-14
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 蛋白質結晶中に創り出した隙間を利用して分子の動きを観るための新しいX線結晶解析2012

    • 著者名/発表者名
      松岡 礼
    • 学会等名
      平成24年度日本結晶学会年会
    • 発表場所
      仙台
    • 年月日
      2012-10-25
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Tom20に結合したプレ配列ペプチドのクリスタルコンタクトフリーな結晶構造解析2012

    • 著者名/発表者名
      松岡礼
    • 学会等名
      第12回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      名古屋
    • 年月日
      2012-06-22
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] 蛋白質結晶中に創り出した隙間を利用して分子の動きを観るための新しいX線結晶解析2012

    • 学会等名
      大阪大学蛋白質研究所セミナー
    • 発表場所
      大阪
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書 2012 実績報告書
  • [学会発表] Crystallographic and NMR evidence for flexibility in the C-terminal globular domain of oligosaccharyltransferases and its catalytic significance2011

    • 著者名/発表者名
      Daisuke Kohda
    • 学会等名
      The 10th Global COE International Symposium on Biochemistry and Cell Biology
    • 発表場所
      シンガポール,singapore
    • 年月日
      2011-12-22
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] NMRと結晶構造解析を駆使して明らかにするタンパク質の新しい分子認識機構2011

    • 学会等名
      蛋白質立体構造解析 NEDO特別講座
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2011-10-20
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] 共有結合を用いた平衡シフトによる過渡的タンパク質複合体の安定化とその応用2011

    • 学会等名
      大阪大学蛋白質研究所セミナー「先端的 NMR拠点から生まれる新たな潮流:最新成果,役割,利用」
    • 発表場所
      大阪
    • 年月日
      2011-07-28
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] 共有結合を用いた平衡シフトによる過渡的タンパク質複合体の安定化とその応用2011

    • 著者名/発表者名
      神田大輔
    • 学会等名
      大阪大学蛋白質研究所セミナー
    • 発表場所
      大阪(招待講演)
    • 年月日
      2011-07-28
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Stabilization and Structure Analysis of Mitochondrial Tom20-Presequence Complexes2011

    • 著者名/発表者名
      T Saitoh, K Izumi, Y Miyazaki, D Kohda
    • 学会等名
      The 7th Global COE International Symposium, the 6th Young Investigators Forum
    • 発表場所
      Bintan Island, Indonesia
    • 年月日
      2011-02-11
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] A combined NMR and crystallography approach for analyzing the promiscuous recognition of peptidic ligands by proteins2011

    • 学会等名
      The 4th APNMR Symposium
    • 発表場所
      Beijing, China
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] Comparative structural biology of archaeal and eubacterial oligosaccharyl transferases2011

    • 著者名/発表者名
      Daisuke Kohda
    • 学会等名
      IX European Symposium of The Protein Society
    • 発表場所
      ストックホルム,Sweden(招待講演)
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] A combined NMR and crystallography approach for analyzing the promiscuous recognition of peptidic ligands by proteins2011

    • 著者名/発表者名
      Daisuke Kohda
    • 学会等名
      The 4th APNMR Symposium
    • 発表場所
      北京,China(招待講演)
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Comparative Structural Biology of Oligosaccharyltransferases2011

    • 著者名/発表者名
      Daisuke Kohda
    • 学会等名
      The 71st Okazaki Conference
    • 発表場所
      岡崎(招待講演)
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Comparative Structural Biology of Oligosaccharyltransferases2011

    • 著者名/発表者名
      Daisuke Kohda
    • 学会等名
      第34回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      横浜(招待講演)
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] 準安定な分子複合体から構造情報を得るための戦略とその応用2010

    • 学会等名
      蛋白研セミナー:「蛋白質の機能-構造相関解明のための精密構造解析とその方法~水素原子から細胞まで~」
    • 発表場所
      大阪
    • 年月日
      2010-10-07
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] 準安定な分子複合体から構造情報を得るための新戦略2010

    • 著者名/発表者名
      神田大輔
    • 学会等名
      第10回日本蛋白質科学会年会ワークショップ
    • 発表場所
      札幌
    • 年月日
      2010-06-16
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] Tom20 recognizes mitochondrial presequences through dynamic equilibrium among multiple bound states - Complex stabilization with molecular tethering and stiffening2010

    • 著者名/発表者名
      Daisuke Kohda
    • 学会等名
      The 5th Global COE International Symposium Cell Cycle and Differentiation
    • 発表場所
      Singapore
    • 年月日
      2010-02-24
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] Tom20 recognizes mitochondrial presequences through dynamic equilibrium among multiple bound states - Complex stabilization with molecular tethering and stiffening2009

    • 著者名/発表者名
      Daisuke Kohda
    • 学会等名
      the 3rd Asia-Pacific NMR Symposium
    • 発表場所
      Jeju Island, Korea
    • 年月日
      2009-10-28
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] Tom20 recognizes mitochondrial presequences through dynamic equilibrium among multiple bound states - Complex stabilization with molecular tethering and stiffening -2009

    • 学会等名
      The 3rd Asia-Pacific NMR Symposium
    • 発表場所
      Jeju Island, Korea
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] 蛋白質結晶中に創り出した隙間を利用して分子の動きを観るための新しいX線結晶解析

    • 著者名/発表者名
      松岡礼,神田大輔
    • 学会等名
      第13回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      鳥取
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Intentional creation of crystal-contact free space for monitoring large amplitude motions of ligands in protein crystals

    • 著者名/発表者名
      Daisuke Kohda
    • 学会等名
      第51回日本生物物理学会
    • 発表場所
      第51回日本生物物理学会
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Intentional crystal-contact-free space to observe the large amplitude motions of ligands by X-ray crystallography

    • 著者名/発表者名
      Rei Matsuoka, Daisuke Kohda
    • 学会等名
      第36回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      兵庫
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] 蛋白質結晶中に創り出した隙間を利用して分子の動きを観るための新しいX線結晶解析

    • 著者名/発表者名
      松岡礼,神田大輔
    • 学会等名
      SPring-8萌芽的研究課題ワークショップ
    • 発表場所
      東京
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Intentional creation of crystal-contact free space for analyzing large amplitude motions in protein crystals

    • 著者名/発表者名
      Daisuke Kohda
    • 学会等名
      International Symposium between Kyushu U. Post Global COE and School of Biomedical Sciences, Monash U.
    • 発表場所
      Melbourne, Australia
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Intentional crystal-contact-free space to observe the large amplitude motions of ligands by X-ray crystallography

    • 著者名/発表者名
      Rei Matsuoka, Daisuke Kohda
    • 学会等名
      International Symposium between Kyushu U. Post Global COE and School of Biomedical Sciences, Monash U.
    • 発表場所
      Melbourne, Australia
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [図書] いきなりはじめる構造生物学2011

    • 著者名/発表者名
      神田大輔
    • 総ページ数
      260
    • 出版者
      秀潤社
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [備考]

    • URL

      http://www.bioreg.kyushu-u.ac.jp/vsb/index.html

    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [備考] MIB VSB Top page

    • URL

      http://www.bioreg.kyushu-u.ac.jp/vsb/index.html

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [備考] 九州大学生体防御医学研究所構造生物学分野HP

    • URL

      http://vsb.bmr.kyushu-u.ac.jp/VSB/index.html

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [備考]

    • URL

      http://vsb.bmr.kyushu-u.ac.jp/VSB/index.html

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [備考]

    • URL

      http://vsb.bmr.kyushu-u.ac.jp/VSB/index.html

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [備考]

    • URL

      http://vsb.bmr.kyushu-u.ac.jp/VSB/index.html

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書

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公開日: 2009-04-01   更新日: 2018-03-28  

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