適応回路を担う網羅的細胞種センサス技術の開発

• 研究領域: 神経回路センサスに基づく適応機能の構築と遷移バイオメカニズム
• 研究課題/領域番号: 21H05245
• 研究種目: 学術変革領域研究(A)
• 配分区分: 補助金
• 審査区分: 学術変革領域研究区分(Ⅲ)
• 研究機関: 兵庫県立大学 (2023-2025); 大学共同利用機関法人自然科学研究機構(新分野創成センター、アストロバイオロジーセンター、生命創成探究 (2021-2022)
• 研究代表者: 郷 康広 兵庫県立大学, 情報科学研究科, 教授 (50377123)
• 研究分担者: 二階堂 愛 国立研究開発法人理化学研究所, 最先端研究プラットフォーム連携(TRIP)事業本部, チームディレクター (00383290)
• 研究期間 (年度): 2021-09-10 – 2026-03-31
• 研究課題ステータス: 交付 (2025年度)
• 配分額: 88,140千円 (直接経費: 67,800千円、間接経費: 20,340千円); 2025年度: 15,470千円 (直接経費: 11,900千円、間接経費: 3,570千円); 2024年度: 15,340千円 (直接経費: 11,800千円、間接経費: 3,540千円); 2023年度: 15,340千円 (直接経費: 11,800千円、間接経費: 3,540千円); 2022年度: 19,630千円 (直接経費: 15,100千円、間接経費: 4,530千円); 2021年度: 22,360千円 (直接経費: 17,200千円、間接経費: 5,160千円)
• キーワード: シングルセル / オミクス解析 / バイオインフォマティックス / 細胞タイプ / 神経回路 / オミックス / 遺伝子発現 / 神経細胞 / バイオインフォマティクス / 細胞型 / オミックス解析

研究開始時の研究の概要

環境に適応する過程で構築・遷移する神経回路の導出とそれを担う細胞タイプをセンサスするために、①高出力1細胞RNA-seq解析による数十万細胞の細胞タイプセンサス、②高感度1細胞RNA-seq解析による細胞タイプセンサス、③完全長1細胞RNA-seq解析による網羅的RNA種センサス、④多階層1細胞オミックス解析による回路・細胞活動・遺伝子発現同時センサス、⑤空間1細胞RNA-seq解析による細胞分布センサス、の5次元細胞センサス技術開発を高度化させ、領域内連携研究として3次元モダリティー（細胞分布seq・神経回路seq・神経活動seq）に応用し、適応回路の構築と遷移の設計原理の解明に挑む。

研究実績の概要

研究代表者の郷らは多様な細胞種から構成される脳を対象とし、同一細胞から複数の分子情報の取得、コスト削減のための技術開発を行った。脳は、空間（脳領域）・時間（発達・加齢）に沿ってダイナミックに細胞タイプの構成が変化する。単一細胞実験はコストの観点からも、一回の実験に用いるサンプルから可能な限り複数の異なる分子情報を取得し、多面的に解析・理解することが望ましい。そのために、10X Genomics社Chromiumシステムを用いて同一細胞核からショートリード型シーケンサーを用いた遺伝子発現情報（Single-nucleus RNA-seq）とクロマチンアクセシビリティ情報（Single-nucleus ATAC-seq）、ロングリード型シーケンサーを用いた完全長cDNA配列情報（Single-nucleus Isoform-seq）の3種類のライブラリーを取得する技術開発を行なった。また、再現性の担保、個体差の定量化のため必要なサンプル数（生物学的反復実験数）の向上とサンプルあたりのコスト削減の技術開発も行った。
研究分担者の二階堂らは、一般的に困難とされる成体脳での１細胞RNAシーケンスを実現するための技術開発を実施した。成体脳はアクソンのミエリン由来のデブリなどが多く含まれるため１細胞採取が困難であり、一般的には１細胞核を対象としたRNAシーケンスが用いられる。組織から1細胞分離する際に細胞型によっては生存率が低くなり、特定の細胞型のデータに偏る問題がある。また組織から分離した細胞をランダムに採取して1細胞RNA-seqを実施するため、組織内の空間配置の情報が失われる。そこで逆転写プライマーと空間バーコードが合成されたガラススライド上に組織を貼り付け、シーケンスライブラリを合成する空間トランスクリプトーム技術の導入・開発を行った。

現在までの達成度

2: おおむね順調に進展している

理由

研究代表者の郷らは、同一細胞から複数の分子情報を取得すべく技術開発を行っている。同一細胞核から遺伝子発現情報とクロマチンアクセシビリティ情報に加えてロングリード型NGSを用いた完全長RNA配列情報も取得する技術開発を行った。完全長cDNA配列情報の取得とスプライシングバリアント解析は、発達、細胞タイプ、疾患感受性、種間差など様々な細胞の状態を規定する重要な情報を含むため、それらの情報を加味したマルチモーダルな解析を進め多面的に現象の理解を進めることが重要である。実例として、ヒト（4検体）と類人猿4種（計11個体）の死後脳や自閉症様マーモセットモデルを用いた解析に適用した。ヒトと類人猿の比較解析から、ヒト特異的な発現エクソンを持つ約600の遺伝子を同定し、エピゲノム制御を含めた遺伝子制御ネットワークとそれが基盤となり生み出される「ヒトらしさ」の統合的な解析を進めている。
研究分担者の二階堂らは、空間トランスクリプトーム技術であるSlide-seq法を導入した。マウス海馬で空間トランスクリプトーム解析を行ったところ、組織スライスあたり6.4万細胞分のトランスクリプトームデータが得られた。脳組織で見られる多様なスプライシングバリアントを捉えるため、Slide-seq由来のcDNAをOxford Nanoporeシーケンス法でロングロードシーケンスするためのライブラリDNA作製法の開発を進めた。その結果、cDNA合成・増幅法であるTemplate switching法に独自に開発したプライマーとバッファー条件を用いて、RNA由来cDNA量の純度を上昇する手法の開発に成功した。これにより検出遺伝子感度の上昇、シーケンスコストの低減が期待できるため、現在、検討実験を進めている。

今後の研究の推進方策

研究代表者の郷と研究分担者の二階堂で開発したマルチモーダル解析、高感度解析をさらに高度化し領域内の連携研究に活用する。

研究成果

• [国際共同研究] Taipei Medical University(その他の国・地域（台湾）)
• [国際共同研究] University of California, Los Angeles(米国)
• [国際共同研究] Max Planck Institute(ドイツ)
• [国際共同研究] The Hong Kong Univ of Sci & Tech/Wuhan University(中国)
• [雑誌論文] N-glycan-modified α-L-iduronidase produced by transgenic silkworms ameliorates clinical signs in a Japanese macaque with mucopolysaccharidosis I (2025)
  • 著者名/発表者名: Shinoda C, Kitakaze K, Sasai Y, Nishioka SI, Kobayashi I, Sumitani M, Tatematsu KI, Iizuka T, Harazono A, Mitani A, Kaneko A, Imamura M, Miyabe-Nishiwaki T, Go Y, Hirata A, Takeuchi Y, Mizuno T, Kiriyama K, Tsukimoto J, Nadanaka S, Ishii-Watabe A, Kinoshita T, Kitagawa H, Suzuki Y, Oishi T, Sezutsu H, Itoh K.
  • 雑誌名: Communications Medicine 巻: 5 号: 1 ページ: 128-128
  • DOI: 10.1038/s43856-025-00841-7
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Neural circuit research using molecular barcode technology (2025)
  • 著者名/発表者名: Go Yasuhiro
  • 雑誌名: Neuroscience Research 巻: 214 ページ: 3-8
  • DOI: 10.1016/j.neures.2025.03.004
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Population genetic structure of 2 mole species (<i>Mogera imaizumii</i> and <i>M. wogura</i>) in the Japanese Archipelago (2025)
  • 著者名/発表者名: Tsunoi Takeru、Kinoshita Gohta、Mitsuhashi Reiko、Harada Masashi、Sato Jun J、Tatsumoto Shoji、Go Yasuhiro、Suzuki Hitoshi、Osada Naoki
  • 雑誌名: Journal of Mammalogy 巻: - 号: 3 ページ: 157-157
  • DOI: 10.1093/jmammal/gyae157
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] The microcephaly-associated transcriptional regulator AUTS2 cooperates with Polycomb complex PRC2 to produce upper-layer neurons in mice (2025)
  • 著者名/発表者名: Shimaoka Kazumi、Hori Kei、Miyashita Satoshi、Inoue Yukiko U、Tabe Nao K N、Sakamoto Asami、Hasegawa Ikuko、Nishitani Kayo、Yamashiro Kunihiko、Egusa Saki F、Tatsumoto Shoji、Go Yasuhiro、Abe Manabu、Sakimura Kenji、Inoue Takayoshi、Imamura Takuya、Hoshino Mikio
  • 雑誌名: The EMBO Journal 巻: 44 号: 5 ページ: 1354-1378
  • DOI: 10.1038/s44318-024-00343-7
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Genome-scale evolution in local populations of wild chimpanzees (2025)
  • 著者名/発表者名: Hayakawa Takashi、Kishida Takushi、Go Yasuhiro、Inoue Eiji、Kawaguchi Eri、Aizu Tomoyuki、Ishizaki Hinako、Toyoda Atsushi、Fujiyama Asao、Matsuzawa Tetsuro、Hashimoto Chie、Furuichi Takeshi、Agata Kiyokazu
  • 雑誌名: Scientific Reports 巻: 15 号: 1 ページ: 548-548
  • DOI: 10.1038/s41598-024-84163-z
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] The Effect of Multi-Task Learning on the Prediction of Neoantigen?MHC Class II Binding (2025)
  • 著者名/発表者名: Ikkyu Kazuhiro、Nikaido Itoshi
  • 雑誌名: IEEE Transactions on Computational Biology and Bioinformatics 巻: 22 号: 2 ページ: 570-580
  • DOI: 10.1109/tcbbio.2025.3526707
  • 査読あり
• [雑誌論文] Heterotypic macrophages/microglia differentially contribute to retinal ischaemia and neovascularisation (2024)
  • 著者名/発表者名: Yamaguchi Muneo、Nakao Shintaro、Arima Mitsuru、Little Karis、Singh Aditi、Wada Iori、Kaizu Yoshihiro、Zandi Souska、Garweg Justus G.、Matoba Tetsuya、Shiraishi Wataru、Yamasaki Ryo、Shibata Kensuke、Go Yasuhiro、Ishibashi Tatsuro、Uemura Akiyoshi、Stitt Alan W.、Sonoda Koh-Hei
  • 雑誌名: Diabetologia 巻: 67 号: 10 ページ: 2329-2345
  • DOI: 10.1007/s00125-024-06215-3
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Expansion of learning capacity elicited by interspecific hybridization (2024)
  • 著者名/発表者名: Shibata Yukino、Toji Noriyuki、Wang Hongdi、Go Yasuhiro、Wada Kazuhiro
  • 雑誌名: Science Advances 巻: 10 号: 25
  • DOI: 10.1126/sciadv.adn3409
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] A method to analyze gene expression profiles from hippocampal neurons electrophysiologically recorded in vivo. (2024)
  • 著者名/発表者名: Yagishita H, Go Y, Okamoto K, Arimura N, Ikegaya Y, Sasaki T.
  • 雑誌名: Front Neurosci. 巻: 18 ページ: 1360432-1360432
  • DOI: 10.3389/fnins.2024.1360432
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Transcriptomic signatures of WNT-driven pathways and granulosa cell-oocyte interactions during primordial follicle activation (2024)
  • 著者名/発表者名: Takase Hinako M.、Mishina Tappei、Hayashi Tetsutaro、Yoshimura Mika、Kuse Mariko、Nikaido Itoshi、Kitajima Tomoya S.
  • 雑誌名: PLOS ONE 巻: 19 号: 10 ページ: e0311978-e0311978
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0311978
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Neuronal DSCAM regulates the peri-synaptic localization of GLAST in Bergmann glia for functional synapse formation (2024)
  • 著者名/発表者名: Dewa Ken-ichi、Arimura Nariko、Kakegawa Wataru et al.
  • 雑誌名: Nature Communications 巻: 15 号: 1 ページ: 458-458
  • DOI: 10.1038/s41467-023-44579-z
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] A predisposed motor bias shapes individuality in vocal learning (2024)
  • 著者名/発表者名: Toji Noriyuki、Sawai Azusa、Wang Hongdi、Ji Yu、Sugioka Rintaro、Go Yasuhiro、Wada Kazuhiro
  • 雑誌名: Proceedings of the National Academy of Sciences 巻: 121 号: 3
  • DOI: 10.1073/pnas.2308837121
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Transcriptomic Signatures of WNT-Driven Pathways and Granulosa Cell-Oocyte Interactions during Primordial Follicle Activation. (2024)
  • 著者名/発表者名: Hinako M. Takase, Tappei Mishina, Tetsutaro Hayashi, Mika Yoshimura, Mariko Kuse, Itoshi Nikaido, Tomoya S. Kitajima.
  • 雑誌名: bioRxiv 巻: -
  • DOI: 10.1101/2024.02.08.579446
  • オープンアクセス
• [雑誌論文] Transcription factor activity profiling reveals the role of REST and LEF1 in the recovery from depression (2023)
  • 著者名/発表者名: Yamamoto Hajime、Araki Satomi、Onodera Ryoma、Go Yasuhiro、Abe Kentaro
  • 雑誌名: bioRxiv 巻: － ページ: 0-0
  • DOI: 10.1101/2023.11.30.569491
  • オープンアクセス
• [雑誌論文] The admixed brushtail possum genome reveals invasion history in New Zealand and novel imprinted genes. (2023)
  • 著者名/発表者名: Bond DM, Ortega-Recalde O, Laird MK, Hayakawa T, Richardson KS, Reese FCB, Kyle B, McIsaac-Williams BE, Robertson BC, van Heezik Y, Adams AL, Chang WS, Haase B, Mountcastle J, Driller M, Collins J, Howe K, Go Y, Thibaud-Nissen F, Lister NC, Waters PD, Fedrigo O, Jarvis ED, Gemmell NJ, Alexander A, Hore TA.
  • 雑誌名: Nature Communications 巻: 14 号: 1 ページ: 6364-6364
  • DOI: 10.1038/s41467-023-41784-8
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Ghost introgression in ricefishes of the genus Adrianichthys in an ancient Wallacean lake (2023)
  • 著者名/発表者名: Yamahira Kazunori, Kobayashi Hirozumi, Kakioka Ryo, Montenegro Javier, Masengi Kawilarang W. A., Okuda Noboru, Nagano Atsushi J., Tanaka Rieko, Naruse Kiyoshi, Tatsumoto Shoji, Go Yasuhiro, Ansai Satoshi, Kusumi Junko
  • 雑誌名: Journal of Evolutionary Biology 巻: 36 号: 10 ページ: 1484-1493
  • DOI: 10.1111/jeb.14223
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Three-dimensional markerless motion capture of multiple freely behaving monkeys for automated characterization of social behavior (2023)
  • 著者名/発表者名: Matsumoto Jumpei、Kaneko Takaaki、Kimura Kei、Negrete Salvador Blanco、Guo Jia、Suda-Hashimoto Naoko、Kaneko Akihisa、Morimoto Mayumi、Nishimaru Hiroshi、Setogawa Tsuyoshi、Go Yasuhiro、Shibata Tomohiro、Nishijo Hisao、Takada Masahiko、Inoue Ken-ichi
  • 雑誌名: bioRxiv 巻: - ページ: 1-56
  • DOI: 10.1101/2023.09.13.556332
  • オープンアクセス
• [雑誌論文] Single-cell RNA sequencing of intestinal immune cells in neonatal necrotizing enterocolitis. (2023)
  • 著者名/発表者名: Oshima K, Hinoki A, Uchida H, Tanaka Y, Okuno Y, Go Y, Shirota C, Tainaka T, Sumida W, Yokota K, Makita S, Takimoto A, Kano Y, Sawa S.
  • 雑誌名: Pediatr Surg Int. 巻: 39(1) 号: 1 ページ: 179-179
  • DOI: 10.1007/s00383-023-05461-7
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Sctensor detects many-to-many cell-cell interactions from single cell RNA-sequencing data (2023)
  • 著者名/発表者名: Tsuyuzaki Koki、Ishii Manabu、Nikaido Itoshi
  • 雑誌名: BMC Bioinformatics 巻: 24 号: 1 ページ: 420-420
  • DOI: 10.1186/s12859-023-05490-y
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Author Correction: Single-cell transcriptomics uncovers EGFR signaling-mediated gastric progenitor cell differentiation in stomach homeostasis (2023)
  • 著者名/発表者名: Takada Hitomi、Sasagawa Yohei、Yoshimura Mika、Tanaka Kaori、Iwayama Yoshimi、Hayashi Tetsutaro、Isomura-Matoba Ayako、Nikaido Itoshi、Kurisaki Akira
  • 雑誌名: Nature Communications 巻: 14 号: 1 ページ: 6540-6540
  • DOI: 10.1038/s41467-023-41823-4
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Single-cell transcriptomics uncovers EGFR signaling-mediated gastric progenitor cell differentiation in stomach homeostasis (2023)
  • 著者名/発表者名: Takada Hitomi、Sasagawa Yohei、Yoshimura Mika、Tanaka Kaori、Iwayama Yoshimi、Hayashi Tetsutaro、Isomura-Matoba Ayako、Nikaido Itoshi、Kurisaki Akira
  • 雑誌名: Nature Communications 巻: 14 号: 1 ページ: 3750-3750
  • DOI: 10.1038/s41467-023-39113-0
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] WormTensor: a clustering method for time-series whole-brain activity data from C. elegans (2023)
  • 著者名/発表者名: Tsuyuzaki, K., Yamamoto, K., Toyoshima, Y., Sato, H., Kanamori, M., Teramoto, T., Ishihara, T., Iino, Y., and Nikaido, I.
  • 雑誌名: BMC Bioinformatics 巻: 24 号: 1 ページ: 254-254
  • DOI: 10.1186/s12859-023-05230-2
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Distinctiveness and continuity in transcriptome and connectivity in the anterior-posterior axis of the paraventricular nucleus of the thalamus (2023)
  • 著者名/発表者名: Shima Yasuyuki、Skibbe Henrik、Sasagawa Yohei、Fujimori Noriko、Iwayama Yoshimi、Isomura-Matoba Ayako、Yano Minoru、Ichikawa Takumi、Nikaido Itoshi、Hattori Nobutaka、Kato Tadafumi
  • 雑誌名: Cell Reports 巻: 42 号: 10 ページ: 113309-113309
  • DOI: 10.1016/j.celrep.2023.113309
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] WUSCHEL-RELATED HOMEOBOX 13 suppresses de novo shoot regeneration via cell fate control of pluripotent callus (2023)
  • 著者名/発表者名: Ogura Nao、Sasagawa Yohei、Ito Tasuku、Tameshige Toshiaki、Kawai Satomi、Sano Masaki、Doll Yuki、Iwase Akira、Kawamura Ayako、Suzuki Takamasa、Nikaido Itoshi、Sugimoto Keiko、Ikeuchi Momoko
  • 雑誌名: Science Advances 巻: 9 号: 27
  • DOI: 10.1126/sciadv.adg6983
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] A centrifugation-based method for high-throughput biomaterial separation using magnetic microbeads (2023)
  • 著者名/発表者名: Sugishita Hiroki、Hojo Kazunori、Hayashi Tetsutaro、Nikaido Itoshi、Gotoh Yukiko
  • 雑誌名: bioRxiv 巻: -
  • DOI: 10.1101/2023.04.26.538353
  • オープンアクセス
• [雑誌論文] nnTensor: An R package for non-negative matrix/tensordecomposition (2023)
  • 著者名/発表者名: Tsuyuzaki Koki、Nikaido Itoshi
  • 雑誌名: Journal of Open Source Software 巻: 8 号: 84 ページ: 5015-5015
  • DOI: 10.21105/joss.05015
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Gene expression profiling of the masticatory muscle tendons and Achilles tendons under tensile strain in the Japanese macaque Macaca fuscata (2023)
  • 著者名/発表者名: Ito Ko、Go Yasuhiro、Tatsumoto Shoji、Usui Chika、Mizuno Yosuke、Ikami Eiji、Isozaki Yuta、Usui Michihiko、Kajihara Takeshi、Yoda Tetsuya、Inoue Ken-ichi、Takada Masahiko、Sato Tsuyoshi
  • 雑誌名: PLOS ONE 巻: 18 号: 1 ページ: e0280649-e0280649
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0280649
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Maternal epigenetic factors in embryonic and postnatal development (2023)
  • 著者名/発表者名: Nishimura Hiromi、Ikawa Yayoi、Kajikawa Eriko、Shimizu‐Mizuno Natsumi、Hiver Sylvain、Tabata‐Okamoto Namine、Mori Masashi、Kitajima Tomoya、Hayashi Tetsutaro、Yoshimura Mika、Umeda Mana、Nikaido Itoshi、Kurokawa Mineo、Watanabe Toshio、Hamada Hiroshi
  • 雑誌名: Genes to Cells 巻: 28 号: 6 ページ: 422-432
  • DOI: 10.1111/gtc.13024
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Cognitive genomics of learning delay and low level of social performance monitoring in macaque (2022)
  • 著者名/発表者名: Ninomiya T, Noritake A, Tatsumoto S, Go Y, Isoda M
  • 雑誌名: Scientific Reports 巻: 12 号: 1 ページ: 16539-16539
  • DOI: 10.1038/s41598-022-20948-4
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Nicotinic acetylcholine receptors in a songbird brain (2022)
  • 著者名/発表者名: Asogwa Norman Chinweike、Toji Noriyuki、He Ziwei、Shao Chengru、Shibata Yukino、Tatsumoto Shoji、Ishikawa Hiroe、Go Yasuhiro、Wada Kazuhiro
  • 雑誌名: Journal of Comparative Neurology 巻: in press 号: 11 ページ: 1966-1991
  • DOI: 10.1002/cne.25314
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Uterus-specific transcriptional regulation underlies eggshell pigment production in Japanese quail (2022)
  • 著者名/発表者名: Ishishita Satoshi、Kitahara Shumpei、Takahashi Mayuko、Iwasaki Sakura、Tatsumoto Shoji、Hara Izumi、Kaneko Yoshiki、Kinoshita Keiji、Yamaguchi Katsushi、Harada Akihito、Ohmori Yasushige、Ohkawa Yasuyuki、Go Yasuhiro、Shigenobu Shuji、Matsuda Yoichi、Suzuki Takayuki
  • 雑誌名: PLOS ONE 巻: 17 号: 3 ページ: 0265008-0265008
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0265008
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] A common pathologic mechanism across cellular origins underlies systemic immune dysregulation in an idiopathic autism mouse model. (2022)
  • 著者名/発表者名: Lin C-W, Septyaningtrias DE, Chao H-W, Konda M, Atarashi K, Takeshita K, Tamada K, Nomura J, Sassagawa Y, Tanaka K, Nikaido I, Honda K, McHugh TL, Takumi T
  • 雑誌名: Mol Psychiatr 巻: in press 号: 8 ページ: 3343-3354
  • DOI: 10.1038/s41380-022-01566-y
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Best practices for reporting throughput in biomedical research (2022)
  • 著者名/発表者名: Herbig Maik、Isozaki Akihiro、Di Carlo Dino、Guck Jochen、Nitta Nao、Damoiseaux Robert、Kamikawaji Shogo、Suyama Eigo、Shintaku Hirofumi、Wu Angela Ruohao、Nikaido Itoshi、Goda Keisuke
  • 雑誌名: Nature Methods 巻: 19 号: 6 ページ: 633-634
  • DOI: 10.1038/s41592-022-01483-6
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Enhanced transcriptional heterogeneity mediated by NF-κB super-enhancers (2022)
  • 著者名/発表者名: Wibisana Johannes N.、Inaba Takehiko、Shinohara Hisaaki、Yumoto Noriko、Hayashi Tetsutaro、Umeda Mana、Ebisawa Masashi、Nikaido Itoshi、Sako Yasushi、Okada Mariko
  • 雑誌名: PLOS Genetics 巻: 18 号: 6 ページ: 1010235-1010235
  • DOI: 10.1371/journal.pgen.1010235
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] In vitro monitoring of HTR2A-positive neurons derived from human-induced pluripotent stem cells (2021)
  • 著者名/発表者名: Nakai Kento、Shiga Takahiro、Yasuhara Rika、Sarkar Avijite Kumer、Abe Yuka、Nakamura Shiro、Hoashi Yurie、Kotani Keisuke、Tatsumoto Shoji、Ishikawa Hiroe、Go Yasuhiro、Inoue Tomio、Mishima Kenji、Akamatsu Wado、Baba Kazuyoshi
  • 雑誌名: Scientific Reports 巻: 11 号: 1 ページ: 15437-15437
  • DOI: 10.1038/s41598-021-95041-3
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Improved MeSH analysis software tools for farm animals (2021)
  • 著者名/発表者名: Amorim Sabrina T.、Tsuyuzaki Koki、Nikaido Itoshi、Morota Gota
  • 雑誌名: Animal Genetics 巻: 53 号: 1 ページ: 171-172
  • DOI: 10.1111/age.13159
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [学会発表] ヒト疾患克服にむけた生命情報解析 (2025)
  • 著者名/発表者名: 郷 康広
  • 学会等名: 兵庫県立大先端医療工学研究所神戸市連携セミナー
  • 招待講演
• [学会発表] 神経科学におけるシングルセル解析：分子バーコード技術を用いた神経回路研究 (2024)
  • 著者名/発表者名: 郷 康広
  • 学会等名: NGS EXPO2024
  • 招待講演
• [学会発表] 和色ゲノムの一員になれるかもしれないサルのゲノム解析のお話 (2024)
  • 著者名/発表者名: 郷 康広
  • 学会等名: かずさDNA研究所・Washoku BioGenome Consortium・PacBioジャパン・トミーデジタルバイオロジー共済ウェビナーシリーズ第2回「多様な生物のゲノム解析の現状・解析手法の共有」
  • 招待講演
• [学会発表] ヒト・類人猿の死後脳の1細胞マルチオミクス解析 (2024)
  • 著者名/発表者名: 辰本将司,野口京子,臼井千夏,石川裕恵,郷康広
  • 学会等名: 第26回日本進化学会
• [学会発表] 海馬シャープウェーブリップル中の発火パターンと関連する遺伝子の探索 (2024)
  • 著者名/発表者名: 柳下晴也,郷康広,岡本和樹,有村奈利子,池谷裕二,佐々木拓哉
  • 学会等名: NEURO2024
• [学会発表] The genetic-basis and evolutionary history of winter coat color polymorphism in the Japanese hare (2024)
  • 著者名/発表者名: Gohta Kinoshita,Mitsuo Nunome,Yasuhiro Go,Takashi Makino,Shoji Tatsumoto,Alexey P. Kryukov,Sang-Hoon Han,Irina Kartavsheva,Atsushi Nagano,Fumio Yamada,Yuji ISAGI,Hitoshi Suzuki,Jun Kitano
  • 学会等名: 7TH WORLD LAGOMORPH CONFERENCE
  • 国際学会
• [学会発表] ニホンザルの高精度全ゲノム配列解析 (2024)
  • 著者名/発表者名: 辰本将司,野口京子,臼井千夏,石川裕恵,郷康広
  • 学会等名: 第40回日本霊長類学会大会
• [学会発表] アフリカ6地域におけるチンパンジーのエクソーム比較解析 (2024)
  • 著者名/発表者名: 早川卓志,岸田拓士,郷康広,松尾ほだか,井上英治,川口恵里,会津智幸,石崎比奈子,豊田敦,藤山秋佐夫,松沢哲郎,橋本千絵,古市剛史,阿形清和
  • 学会等名: 第40回日本霊長類学会大会
• [学会発表] 笹食をするニホンザル集団におけるエクソーム解析 (2024)
  • 著者名/発表者名: 王雪瑩,北山遼,橋戸南美,土橋彩加,本田剛章,竹中將起,長原衣麻,半谷吾郎,郷康広,辰本将司,松本卓也,早川卓志
  • 学会等名: 第40回日本霊長類学会大会
• [学会発表] ニホンザルにおける肥大型心筋症の家系および関連遺伝子に関する解析 (2024)
  • 著者名/発表者名: 澤田悠斗, 兼子明久, 鯉江洋, 中山駿矢, 岡本宗裕, 郷康広, 辰本将司, 塚本篤士, 中村紳一朗, 宮部貴子, 揚山直英
  • 学会等名: 第71回実験動物学会
• [学会発表] コモンマーモセットコロニーの遺伝的多様性維持のための国際的な取り組み (2024)
  • 著者名/発表者名: 黒滝陽子, 山田祐子, Zhang Lisa, 辰本将司, 志賀範子, 冨樫充良, 澤田賀久, 岸本恵子, Milton Herrera, Julie Brent, Hmuh Thang, Sang Su Oh, 井上貴史, 郷康広, Narver Heather, 佐々木えりか
  • 学会等名: 第71回実験動物学会
• [学会発表] Comparative primate omics study: what kind of molecular signatures make us human? (2024)
  • 著者名/発表者名: Yasuhiro Go
  • 学会等名: 京都大学高等研究院ヒト生物学高等研究拠点(ASHBi)セミナー
  • 招待講演
• [学会発表] コモンマーモセットコロニーの国際的な遺伝的多様性維持における基盤技術の確立 (2024)
  • 著者名/発表者名: 黒滝陽子、山田祐子、辰本将司、志賀範子、冨樫充良、澤田賀久、岸本恵子、井上貴史、郷康広、佐々木えりか
  • 学会等名: 第13回日本マーモセット研究会
• [学会発表] 大規模生成AIとゲノム科学による創薬を目指して (2024)
  • 著者名/発表者名: 二階堂愛
  • 学会等名: 日本薬学会第144年会
  • 招待講演
• [学会発表] ヒトと類人猿の脳における1 細胞完全長遺伝子発現解析 (2023)
  • 著者名/発表者名: 郷康広、野口京子、臼井千夏、辰本将司
  • 学会等名: 第39回日本霊長類学会大会
• [学会発表] トランスクリプトーム解析入門 (2023)
  • 著者名/発表者名: 郷康広
  • 学会等名: 組織細胞化学講習会
  • 招待講演
• [学会発表] ヒトを知るための霊長類オミクス研究 (2023)
  • 著者名/発表者名: 郷康広
  • 学会等名: 北海道大学脳科学研究教育センター創立20周年記念シンポジウム
  • 招待講演
• [学会発表] リスザルの集団ゲノム解析からみた：実験動物としての有用性 (2023)
  • 著者名/発表者名: 郷康広
  • 学会等名: 東京大学医科学研究所奄美病害動物研究施設第3棟改築記念シンポジウム
  • 招待講演
• [学会発表] 「ヒトとは何か？」を明らかにするための1細胞遺伝子発現解析 (2023)
  • 著者名/発表者名: 郷康広
  • 学会等名: NGS EXPO2023
  • 招待講演
• [学会発表] A predisposed motor bias shapes individuality in vocal learning (2023)
  • 著者名/発表者名: Noriyuki Toji, Azusa Sawai, Hongdi Wang, Yasuhiro Go, Kazuhiro Wada
  • 学会等名: Society for Neuroscience 2023
  • 国際学会
• [学会発表] Molecular profiles of from auditory tutor song memory neurons transiently projecting to song premotor area in zebra finches (2023)
  • 著者名/発表者名: Yuichi Morohashi, Noriyuki Toji, Yasuhiro Go, Kazuhiro Wada, Yoko Yazaki-Sugiyama
  • 学会等名: Society for Neuroscience 2023
  • 国際学会
• [学会発表] A method to analyze gene expression profiles of a hippocampal neuron recorded from head-fixed mice (2023)
  • 著者名/発表者名: Haruya Yagishita, Kazuki Okamoto, Yasuhiro Go, Yuji Ikegaya, Takuya Sasaki
  • 学会等名: Society for Neuroscience 2023
  • 国際学会
• [学会発表] ニホンザルにおける肥大型心筋症の家系性調査および予備的な遺伝子解析 (2023)
  • 著者名/発表者名: 澤田悠斗、兼子明久、鯉江洋、中山駿矢、岡本宗裕、郷康広、辰本将司、塚本篤士、中村紳一朗、宮部貴子、揚山直英
  • 学会等名: 第166回日本獣医学会学術集会
• [学会発表] 神経発達症のモデル動物の作成と病態解析 (2023)
  • 著者名/発表者名: 中谷仁、豊田太、澤野俊憲、郷康広、堀家慎一、小山なつ、遠山育夫、等誠司、内匠透、田中秀和
  • 学会等名: 第64回日本神経病理学会総会・第66回日本神経化学会大会
  • 招待講演
• [学会発表] Gene expression profiles in hippocampal neurons related to sharp wave ripple-induced spike patterns (2023)
  • 著者名/発表者名: Haruya Yagishita, Kazuki Okamoto, Yasuhiro Go, Yuji Ikegaya, Takuya Sasaki
  • 学会等名: 第46回日本神経科学大会
• [学会発表] Dietary fatty acids modulate the physiological function of brain insulin-producing cells for acclimatization to environmental stress (2023)
  • 著者名/発表者名: Yusuke Hara, Kosei Sato, Yasuhiro Go, Daisuke Yamamoto
  • 学会等名: 第46回日本神経科学大会
• [学会発表] シングルセルオミクス研究の神経科学への応用 (2023)
  • 著者名/発表者名: 郷康広
  • 学会等名: 第46回日本神経科学大会
  • 招待講演
• [学会発表] バイオインフォマティクスとゲノム科学で挑む生命の理解 (2023)
  • 著者名/発表者名: 二階堂愛
  • 学会等名: 理化学研究所生命機能科学研究センター発生・再生科学集中レクチャープログラム
  • 招待講演
• [学会発表] 基盤モデルに向けたオミクス計測の未来 (2023)
  • 著者名/発表者名: 二階堂愛
  • 学会等名: AIロボット駆動科学シンポジウム2023
  • 招待講演
• [学会発表] 規模トランスクリプトームとAI創薬 (2023)
  • 著者名/発表者名: 二階堂愛
  • 学会等名: 第66回日本腎臓学会学術総会
  • 招待講演
• [学会発表] マーモセットにおける遺伝的多様性解析および精神・神経疾患関連遺伝子解析 (2023)
  • 著者名/発表者名: 郷康広，辰本将司，臼井千夏，野口京子，石川裕恵
  • 学会等名: 第12回日本マーモセット研究会
• [学会発表] Single-cell brain transcriptome analysis in autism model primates (2023)
  • 著者名/発表者名: Yasuhiro Go
  • 学会等名: ACC International Symposium 2023
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Single-nucleus brain transcriptome analysis in autism model primates and humans and apes (2023)
  • 著者名/発表者名: Yasuhiro Go
  • 学会等名: 学術変革B「ハブ決定剛軟因子」領域会議
  • 招待講演
• [学会発表] Social behavior analysis of monkeys in a group based on a novel 3D markerless motion capture system (2023)
  • 著者名/発表者名: Jumpei Matsumoto, Takaaki Kaneko, Kei Kimura, Salvador Blanco Negrete, Naoko Suda-Hashimoto, Akihisa Kaneko, Mayumi Morimoto, Eri Sumiya, Hiroshi Nishimaru, Tsuyoshi Setogawa, Yasuhiro Go, Tomohiro Shibata, Hisao Nishijo, Masahiko Takada, Ken-ichi Inoue
  • 学会等名: 第100回日本生理学会大会
• [学会発表] 自閉症モデル霊長類における1細胞遺伝子発現解析 (2022)
  • 著者名/発表者名: 郷康広
  • 学会等名: シングルセルゲノミクス研究会
  • 招待講演
• [学会発表] 自閉症様マーモセット脳における1細胞遺伝子発現解析 (2022)
  • 著者名/発表者名: 郷康広
  • 学会等名: 日本遺伝学会第94回大会
  • 招待講演
• [学会発表] ヒトと類人猿の脳における1細胞遺伝子発現解析 (2022)
  • 著者名/発表者名: 郷康広，辰本将司，石川裕恵，臼井千夏，野口京子，大石高生
  • 学会等名: 第76回日本人類学会大会・第38回日本霊長類学会大会連合大会
• [学会発表] 適応回路を担う細胞種センサス技術の開発と高度化 (2022)
  • 著者名/発表者名: 郷康広
  • 学会等名: 「次世代脳」プロジェクト2022冬のシンポジウム
  • 招待講演
• [学会発表] 鳴禽類の歌学習において学習可能性を象徴する細胞タイプ特異的トランスクリプトームシグネチャー (2022)
  • 著者名/発表者名: 田路矩之，柴田ゆき野，辰本将司，石川裕恵，郷康広，和多和宏
  • 学会等名: 日本遺伝学会第94回大会
• [学会発表] 縮約ゲノム解析による日本産モグラ類（Mogera imaizumii, Mogera wogura）の系統地理学的解析 (2022)
  • 著者名/発表者名: 角井建, 木下豪太, 原田正史, 佐藤淳, 郷康広, 辰本将司, 三橋れい子, 鈴木仁, 長田直樹
  • 学会等名: 日本遺伝学会第94回大会
• [学会発表] メダカを用いた大胆/臆病に関わる個性の遺伝子基盤解析 (2022)
  • 著者名/発表者名: 田中豪, 成瀬清, 郷康広, 辰本将司, 豊田敦, 勝村啓史, 中川真一, 横井佐織
  • 学会等名: 日本遺伝学会第94回大会
• [学会発表] Gene expression profiles in neurons recorded by in vivo extracellular recordings (2022)
  • 著者名/発表者名: 柳下晴也、岡本和樹、郷康広、池谷裕二、佐々木拓哉
  • 学会等名: 第45回日本神経科学大会・第65回日本神経化学会大会・第32回日本神経回路学会大会合同大会
• [学会発表] 3D markerless motion capture of multiple freely behaving monkeys in a group cage (2022)
  • 著者名/発表者名: Jumpei Matsumoto, Takaaki Kaneko, Kei Kimura, Naoko Suda-Hashimoto, Akihisa Kaneko, Mayumi Morimoto, Salvador Blanco Negrete, Naoko Suda-Hashimoto, Akihisa Kaneko, Mayumi Morimoto, Eri Sumiya, Hiroshi Nishimaru, Tsuyoshi Setogawa, Yasuhiro Go, Tomohiro Shibata, Hisao Nishijo, Masahiko Takada, Ken-ichi Inoue
  • 学会等名: 第45回日本神経科学大会・第65回日本神経化学会大会・第32回日本神経回路学会大会合同大会
• [学会発表] 自閉症モデルマーモセット脳におけるシングルセル遺伝子発現解析 (2022)
  • 著者名/発表者名: 郷康広、渡邊恵、中垣慶子、小賀智文、辰本将司、石川裕恵、臼井千夏、一戸紀孝
  • 学会等名: 第11回日本マーモセット研究会
• [学会発表] In vivo条件で発火活動を記録した神経細胞の遺伝子発現解析法の開発 (2022)
  • 著者名/発表者名: 柳下晴也、岡本和樹、郷康広、池谷裕二、佐々木拓哉
  • 学会等名: 日本薬学会第142年会
• [学会発表] 適応回路を担う網羅的細胞種センサス技術の開発と高度化 (2022)
  • 著者名/発表者名: 郷康広
  • 学会等名: 学術変革領域(B)「ハブ決定剛軟因子」シンポジウム
  • 招待講演
• [学会発表] 健康のためにデータ科学でヒトのすべての細胞を調べ尽くす (2022)
  • 著者名/発表者名: 二階堂愛
  • 学会等名: 東京医科歯科大学 難治疾患研究所 市民公開講座 -最先端生命科学講座シリーズ第30回-
  • 招待講演
• [学会発表] データ科学とシングルセルゲノム科学で加速する再生医療研究 (2022)
  • 著者名/発表者名: 二階堂愛
  • 学会等名: 第21回日本再生医療学会総会
  • 招待講演
• [学会発表] 成体動物において発火活動を記録した神経細胞の遺伝子発現解析 (2021)
  • 著者名/発表者名: 柳下晴也、岡本和樹、郷康広、池谷裕二、佐々木拓哉
  • 学会等名: 第145回日本薬理学会関東部会
• [学会発表] ノウサギ属における冬季白化／非白化の遺伝基盤と収斂進化 (2021)
  • 著者名/発表者名: 木下豪太, 布目三夫, 郷康広, 牧野能士, 辰本将司, Alexey P KRYUKOV, Sang-Hoon HAN, Irina KARTAVTSEVA, 永野惇，山田文雄, 井鷺裕司，北野潤, 鈴木仁
  • 学会等名: 日本進化学会第23回東京大会
  • 国際学会
• [学会発表] 鳴禽類の歌行動進化の神経分子メカニズム (2021)
  • 著者名/発表者名: 田路矩之, 柴田ゆき野, 辰本将司, 石川裕恵, 郷康広, 和多和宏
  • 学会等名: 第92回日本動物学会
  • 招待講演
• [学会発表] 自閉症モデルマーモセット脳におけるシングルセル遺伝子発現解析 (2021)
  • 著者名/発表者名: 郷康広、辰本将司、石川裕恵、臼井千夏、渡邊恵、小賀智文、一戸紀孝
  • 学会等名: 第37回日本霊長類学会大会
• [学会発表] シロテテナガザルの複数脳領域における網羅的遺伝子発現解析 (2021)
  • 著者名/発表者名: 五藤花，大石高生，郷康広，早川卓志
  • 学会等名: 第37回日本霊長類学会大会
• [学会発表] 疾患機序に迫る 1細胞トランスクリプトーム技術 (2021)
  • 著者名/発表者名: 二階堂愛
  • 学会等名: 第3回 Seeing What's Next〈次世代の可視化技術勉強会〉
  • 招待講演
• [学会発表] ゲノムレジリエンス破綻の理解と未来予測 (2021)
  • 著者名/発表者名: 二階堂愛
  • 学会等名: バイオDXの最前線-JST戦略的創造研究推進事業CREST-「データ駆動・AI駆動を中心としたデジタルトランスフォーメーションによる生命科学研究の革新［バイオDX]」キックオフシンポジウム
• [図書] 生体の科学 (2024)
  • 著者名/発表者名: 郷 康広
  • 総ページ数: 368
  • 出版者: 医学書院
• [図書] 脳と個性：ゲノムからみた「個性」（生体の科学） (2024)
  • 著者名/発表者名: 郷 康広（分担執筆）
  • 総ページ数: 98
  • 出版者: 医学書院
• [図書] 「ヒトらしさ」をつかさどる遺伝子・細胞・脳（CLINICAL NEUROSCIENCE (臨床神経科学) ） (2023)
  • 著者名/発表者名: 郷 康広
  • 総ページ数: 128
  • 出版者: 中外医学社
• [図書] 霊長類学の百科事典 (2023)
  • 著者名/発表者名: 郷 康広（分担執筆）
  • 総ページ数: 752
  • 出版者: 丸善出版
• [図書] 革新脳と関連プロジェクトから見えてきた新しい脳科学 (2022)
  • 著者名/発表者名: 郷康広（分担執筆），岡野栄之（編集）
  • 総ページ数: 132
  • 出版者: 生体の科学（医学書院）
• [図書] 疾患原因遺伝子・タンパク質の解析技術と創薬/診断技術への応用 (2022)
  • 著者名/発表者名: 郷康広（分担執筆），技術情報協会（編集）
  • 総ページ数: 530
  • 出版者: 技術情報協会
  • ISBN: 9784861048777
• [図書] ヒトゲノム事典 (2021)
  • 著者名/発表者名: 郷康広（分担執筆），井ノ上逸朗, 今西規, 河村正二, 斎藤成也, 颯田葉子, 田嶋 敦（共同編集）
  • 総ページ数: 448
  • 出版者: 一色出版
  • ISBN: 9784910389127
• [図書] 個性学入門 (2021)
  • 著者名/発表者名: 郷康広（分担執筆），保前文高、大隅典子（共同編集）
  • 総ページ数: 244
  • 出版者: 朝倉書店
  • ISBN: 9784254102956
• [図書] 新世代フローサイトメトリー活用スタンダード (2021)
  • 著者名/発表者名: 芳村美佳，林哲太郎，二階堂愛（分担執筆），清田純、山本拓也（共同編集）
  • 総ページ数: 320
  • 出版者: 羊土社
  • ISBN: 9784758122542
• [備考] 兵庫県立大学大学院情報科学研究科の郷のページ
  • URL: https://u-hyogo.info/research/faculty/go/
• [備考] 兵庫県立大学大学院情報科学研究科・郷研究室ホームページ
  • URL: https://www.nips.ac.jp/coggen/
• [備考] 理化学研究所科学研究基盤モデル開発プログラム（二階堂ラボ）のウェブサイト
  • URL: https://bit.riken.jp/
• [備考] 東京医科歯科大難治疾患研究所（二階堂ラボ）のウェブサイト
  • URL: https://www.nikaidolab.org/
• [備考] 理化学研究所生命機能科学研究センター（二階堂ラボ）のウェブサイト
  • URL: https://bit.riken.jp/
• [備考] 自然科学研究機構生命創成探究センター（郷ラボ）のウェブサイト
  • URL: http://www.nips.ac.jp/coggen/index.html
• [備考] NHK「ヒューマニエンス」に出演
  • URL: https://www.excells.orion.ac.jp/news/5729
• [備考] 東京医科歯科大難治疾患研究所（二階堂ラボ）のウェブサイト
  • URL: https://nikaidolab.org/