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細胞内分子の構造・動態・機能相関を調べるためのクロススケール可視化制御技術の開発

計画研究

研究領域クロススケール新生物学
研究課題/領域番号 21H05252
研究種目

学術変革領域研究(A)

配分区分補助金
審査区分 学術変革領域研究区分(Ⅲ)
研究機関東北大学

研究代表者

水上 進  東北大学, 多元物質科学研究所, 教授 (30420433)

研究分担者 藤原 敬宏  京都大学, 高等研究院, 特定准教授 (80423060)
研究期間 (年度) 2021-09-10 – 2026-03-31
研究課題ステータス 交付 (2025年度)
配分額 *注記
91,780千円 (直接経費: 70,600千円、間接経費: 21,180千円)
2025年度: 16,770千円 (直接経費: 12,900千円、間接経費: 3,870千円)
2024年度: 17,030千円 (直接経費: 13,100千円、間接経費: 3,930千円)
2023年度: 16,640千円 (直接経費: 12,800千円、間接経費: 3,840千円)
2022年度: 17,030千円 (直接経費: 13,100千円、間接経費: 3,930千円)
2021年度: 24,310千円 (直接経費: 18,700千円、間接経費: 5,610千円)
キーワードクロススケール / マルチ計測 / 1分子超解像イメージング / 細胞内標識
研究開始時の研究の概要

本課題では、高機能性プローブ開発と先端光学技術を組み合わせることにより、細胞内分子・構造体を様々な空間・時間スケールで可視化するための基盤技術を開発する。具体的には、化学プローブ設計による細胞内分子および化学環境の可視化技術、汎用可能な細胞内分子修飾プラットフォーム技術、1分子超解像ライブイメージング技術、の三つを開発する。いずれの技術も領域内の各班に提供し、共同研究により細胞内分子および構造体の機能・構造・動態の相関を明らかにする。

研究実績の概要

課題①の細胞内局所環境を可視化するプローブ技術の開発については、前年度までに開発した局在型pH蛍光プローブを用いて、マイトファジーの可視化に取り組んだ。HaloTag蛋白質をミトコンドリアのマトリクスに発現させて、pH蛍光プローブをミトコンドリア内に局在化させた後、薬剤によりマイトファジーを誘導した。レシオ蛍光イメージングにより、マイトファジーによるミトコンドリア内pHの酸性化の可視化に成功した。
課題②のマルチ計測・制御プラットフォーム技術の開発については、標的の細胞内標的蛋白質に対して蛋白質ラベル化技術と細胞内クリックケミストリーを利用して二種類の機能性分子(蛍光色素と電子顕微鏡で観察可能な構造体)を修飾するための分子モジュールを合成した。また、低分子が結合する蛋白質モジュールのプラスミド設計および蛋白質の精製を行った。低分子モジュールの構築が完了し次第、低分子-蛋白質複合体を形成し、電子顕微鏡で観察する予定である。
課題③の高速1分子超解像イメージング技術の開発については、ブリンキングプローブの誘導体化を行った。新たに開発したブリンキングプローブの酸解離定数(pKcycl)、1分子ブリンキング特性を評価し、化合物構造との相関を調べた。さらに、生細胞標識方法の最適化とアクチン細胞骨格の高速1分子超解像イメージングへの応用を進めた。福間班との共同研究では、In-cell AFMと全反射蛍光顕微鏡の複合機を立ち上げ、接着斑の形成動態研究のための技術開発を進めた。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

概ね当初の予定通りに研究計画が進行している。

今後の研究の推進方策

課題①の細胞内局所環境を可視化するプローブ技術の開発については、本年度開発した細胞内局在が可能なpH蛍光プローブを用いて 、pH変化を伴う様々な細胞内現象を可視化する。具体的には、オートファジーに着目し、領域内研究者と共同してpH変化を引き起こす前のオートファジーの進行過程を可視化する。
課題②のマルチ計測・制御プラットフォーム技術の開発については、引き続き標的の細胞内標的蛋白質に対して蛋白質ラベル化技術と細胞内クリックケミストリーを利用して蛍光色素と電子顕微鏡で観察可能な構造体を修飾するための分子モジュールを開発する。
課題③の高速1分子超解像イメージング技術の開発については、超高速1分子観察の結果をもとに引き続きプローブ改良を行う。また、秒オーダーの高速1分子超解像画像を取得し、細胞内の様々なスケールのメゾ複雑体の構造・動態・機能の相関を明らかにする。In-cell AFM-全反射蛍光顕微鏡複合機での技術的問題 (蛍光褪色等)を解決し、1分子イメージングとの複合化に発展させる。

報告書

(2件)
  • 2022 実績報告書
  • 2021 実績報告書
  • 研究成果

    (43件)

すべて 2023 2022 2021 その他

すべて 雑誌論文 (11件) (うち国際共著 1件、 査読あり 10件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (27件) (うち国際学会 3件、 招待講演 2件) 図書 (2件) 備考 (2件) 産業財産権 (1件) (うち外国 1件)

  • [雑誌論文] Arylazopyrazole-Based Photoswitchable Inhibitors Selective for Escherichia coli Dihydrofolate Reductase2023

    • 著者名/発表者名
      Himadri S. Sarkar, Takato Mashita, Toshiyuki Kowada, Satoshi Hamaguchi, Toshizo Sato, Kento Kasahara, Nobuyuki Matubayasi, Toshitaka Matsui, and Shin Mizukami*
    • 雑誌名

      ACS Chem. Biol.

      巻: 18 号: 2 ページ: 340-346

    • DOI

      10.1021/acschembio.2c00749

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 細胞機能を探索するための光応答性プローブの開発2022

    • 著者名/発表者名
      水上 進
    • 雑誌名

      薬学雑誌

      巻: 142 号: 5 ページ: 503-511

    • DOI

      10.1248/yakushi.21-00203-4

    • ISSN
      0031-6903, 1347-5231
    • 年月日
      2022-05-01
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Clip to Click: Controlling Inverse Electron-Demand Diels窶鄭lder Reactions with Macrocyclic Tetrazines2022

    • 著者名/発表者名
      Ira Novianti, Toshiyuki Kowada, and Shin Mizukami*
    • 雑誌名

      Org. Lett.

      巻: 24 号: 17 ページ: 3223-3226

    • DOI

      10.1021/acs.orglett.2c01010

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Quantitative and Repetitive Control of Subcellular Protein窶撤rotein Interaction Using a Photochromic Dimerizer2022

    • 著者名/発表者名
      Takato Mashita, Toshiyuki Kowada, Hayashi Yamamoto, Satoshi Hamaguchi, Toshitaka Matsui, Shin Mizukami
    • 雑誌名

      ChemRxiv

      巻: 巻号無し

    • DOI

      10.26434/chemrxiv-2022-7vq8s-v2

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • オープンアクセス
  • [雑誌論文] A highly photostable and bright green fluorescent protein2022

    • 著者名/発表者名
      Hirano Masahiko、Ando Ryoko、Shimozono Satoshi、Sugiyama Mayu、Takeda Noriyo、Kurokawa Hiroshi、Deguchi Ryusaku、Endo Kazuki、Haga Kei、Takai-Todaka Reiko、Inaura Shunsuke、Matsumura Yuta、Hama Hiroshi、Okada Yasushi、Fujiwara Takahiro、Morimoto Takuya、Katayama Kazuhiko、Miyawaki Atsushi
    • 雑誌名

      Nature Biotechnology

      巻: - 号: 7 ページ: 1132-1142

    • DOI

      10.1038/s41587-022-01278-2

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] A methodology for creating mutants of G‐protein coupled receptors stabilized in active state by combining statistical thermodynamics and evolutionary molecular engineering2022

    • 著者名/発表者名
      Yamamoto Taisei、Yasuda Satoshi、Kasai Rinshi S.、Nakano Ryosuke、Hikiri Simon、Sugaya Kanna、Hayashi Tomohiko、Ogasawara Satoshi、Shiroishi Mitsunori、Fujiwara Takahiro K.、Kinoshita Masahiro、Murata Takeshi
    • 雑誌名

      Protein Science

      巻: 31 号: 10

    • DOI

      10.1002/pro.4425

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Organelle-Level Labile Zn<sup>2+</sup> Mapping Based on Targetable Fluorescent Sensors2022

    • 著者名/発表者名
      Liu Rong、Kowada Toshiyuki、Du Yuyin、Amagai Yuta、Matsui Toshitaka、Inaba Kenji、Mizukami Shin
    • 雑誌名

      ACS Sensors

      巻: 7 号: 3 ページ: 748-757

    • DOI

      10.1021/acssensors.1c02153

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Fluorescent Probes for the Quantification of Labile Metal Ions in Living Cells2021

    • 著者名/発表者名
      Kowada Toshiyuki、Mizukami Shin
    • 雑誌名

      有機合成化学協会誌

      巻: 79 号: 11 ページ: 1020-1032

    • DOI

      10.5059/yukigoseikyokaishi.79.1020

    • NAID

      130008114811

    • ISSN
      0037-9980, 1883-6526
    • 年月日
      2021-11-01
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Optical Manipulation of Subcellular Protein Translocation Using a Photoactivatable Covalent Labeling System2021

    • 著者名/発表者名
      Kowada Toshiyuki、Arai Keisuke、Yoshimura Akimasa、Matsui Toshitaka、Kikuchi Kazuya、Mizukami Shin
    • 雑誌名

      Angewandte Chemie International Edition

      巻: 60 号: 20 ページ: 11378-11383

    • DOI

      10.1002/anie.202016684

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Single-Molecule Imaging Reveals Rapid Estradiol Action on the Surface Movement of AMPA Receptors in Live Neurons2021

    • 著者名/発表者名
      Soma Godo, Klaudia Barabas, Ferenc Lengyel, David Ernszt, Tamas Kovacs, Miklos Kecskes, Csaba Varga, Tibor Z. Janosi, Geza Makkai, Gergely Kovacs, Barbara Orsolits, Takahiro Fujiwara, Akihiro Kusumi, Istvan M. Abraham
    • 雑誌名

      Front. Cell Dev. Biol.

      巻: 9 ページ: 708715-708715

    • DOI

      10.3389/fcell.2021.708715

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Extracellular vesicles synchronize cellular phenotypes of differentiating cells2021

    • 著者名/発表者名
      Tomohiro Minakawa, Tetsuya Matoba, Fumiyoshi Ishidate, Takahiro K. Fujiwara, Sho Takehana, Yasuhiko Tabata, Jun Yamashita
    • 雑誌名

      J. Extracell. Vesicles

      巻: 10 号: 11

    • DOI

      10.1002/jev2.12147

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] フォトクロミック蛋白質二量化剤を用いた生細胞内蛋白質局在の光制御2023

    • 著者名/発表者名
      佐藤 歳三,小和田 俊行,濱口 聡志,松井 敏高,水上 進
    • 学会等名
      日本化学会 第103春季年会 (2023)
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] タグ融合蛋白質の細胞内分解を光制御する機能性化合物の開発2023

    • 著者名/発表者名
      松尾 章弘,小和田 俊行,Himadri Sarkar,松井 敏高,水上 進
    • 学会等名
      日本化学会 第103春季年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Activatable Click Reactions with Macrocyclic Tetrazines2022

    • 著者名/発表者名
      Ira Novianti,Toshiyuki Kowada,Shin Mizukami
    • 学会等名
      第22回東北大学多元物質科学研究所研究発表会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Visualization and control of live cell functions by integrating organic chemistry and light2022

    • 著者名/発表者名
      水上 進
    • 学会等名
      東京大学理学系研究科化学専攻雑誌会セミナー
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Quantitative Mapping of Subcellular Labile Zn2+ Concentrations Using Localizable Small-Molecule Fluorescent Probes2022

    • 著者名/発表者名
      Rong Liu,Toshiyuki Kowada,Toshitaka Matsui,Shin Mizukami
    • 学会等名
      10th Asian Biological Inorganic Chemistry Conference (AsBIC10)
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Time-Lapse Ratiometric Imaging of Mitochondrial pH during Mitophagy Using a Localizable Fluorescent Probe2022

    • 著者名/発表者名
      Toshiyuki Kowada,Risa Ito,Makoto Iwashita,Toshitaka Matsui,Shin Mizukami
    • 学会等名
      10th Asian Biological Inorganic Chemistry Conference (AsBIC10)
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 光可逆的蛋白質ラベル化システムによる 細胞内蛋白質動態と細胞機能の光制御2022

    • 著者名/発表者名
      水上進
    • 学会等名
      第60回日本生物物理学会年会 シンポジウム「細胞内メゾ複雑体の構造と機能」
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 光可逆的かつ定量的なタンパク質ラベル化を可能とするフォトクロミックリガンドの開発2022

    • 著者名/発表者名
      浜口聡志,小和田俊行,間下貴斗,Himadri S. SARKAR,松井敏高,水上 進
    • 学会等名
      第16回バイオ関連化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 光可逆的蛋白質ラベル化法に基づく細胞内蛋白質局在の光制御2022

    • 著者名/発表者名
      小和田俊行,間下貴斗,山本 林,松井敏高,水上進
    • 学会等名
      クロススケール新生物学 第2回領域会議
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 細胞内分子の構造;動態;機能相関を調べるためのクロススケール可視化制御技術の開発2022

    • 著者名/発表者名
      水上進
    • 学会等名
      学術変革領域研究(A)クロススケール新生物学 第2回領域会議
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 光可逆的蛋白質ラベル化法に基づく細胞内蛋白質局在の光制御(口頭O-09)2022

    • 著者名/発表者名
      小和田俊行,間下貴斗,山本 林,松井敏高,水上進
    • 学会等名
      第16回日本分子イメージング学会学術集会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 光可逆的タンパク質ラベリング技術の開発2022

    • 著者名/発表者名
      濵口聡志,間下貴斗,小和田敏行,松井敏高,水上進
    • 学会等名
      第33回万有仙台シンポジウム三地区交流ミニセミナー
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 局在型レシオ蛍光プローブを用いた細胞内局所pHの定量イメージング2022

    • 著者名/発表者名
      岩下 誠,小和田俊行,伊藤理紗,松井敏高,水上 進
    • 学会等名
      日本化学会第102春季年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 光可逆的タンパク質ラベル化技術を利用したタンパク質局在の光制御2022

    • 著者名/発表者名
      間下 貴斗,小和田 俊行,松井 敏高,水上 進
    • 学会等名
      日本化学会 第102春季年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Controlling IEDDA Reaction with Macrocyclic Tetrazine2022

    • 著者名/発表者名
      Ira Novianti,Toshiyuki Kowada,Shin Mizukami
    • 学会等名
      日本化学会第102春季年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 生体分子機能の定量的光制御を可能とする生体解析基盤技術の開発2022

    • 著者名/発表者名
      水上 進
    • 学会等名
      中谷医工計測技術振興財団 令和元年度特別研究助成成果報告
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 細胞内 pH 変化のリアルタイムイメージング用蛍光プローブの開発2021

    • 著者名/発表者名
      岩下 誠,小和田俊行,伊藤理紗,松井敏高,水上 進
    • 学会等名
      令和3年度多元研発表会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Development of a chemical biology tool enabling reversible optical control of protein labeling2021

    • 著者名/発表者名
      Himadri Sekhar Sarkar,Takato Mashita,Toshiyuki Kowada,Toshitaka Matsui,Shin Mizukami
    • 学会等名
      The 10th Annual Conference Of The International Chemical Biology Society (ICBS2021)
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 細胞小器官内遊離Zn2+の濃度定量と動態観察を可能とする小分子蛍光プローブの開発2021

    • 著者名/発表者名
      小和田俊行,劉 熔,杜 雨音,松井敏高,水上 進
    • 学会等名
      第15回バイオ関連化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Quantitative imaging of labile Zn2+ using organelle-localizable fluorescent probes2021

    • 著者名/発表者名
      Rong Liu,Toshiyuki Kowada,Toshitaka Matsui,Shin Mizukami
    • 学会等名
      第15回日本分子イメージング学会学術集会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 共有結合型蛋白質ラベル化技術を利用した細胞内蛋白質二量化の光制御2021

    • 著者名/発表者名
      小和田俊行,荒井啓介,吉村彰真,松井敏高,菊地和也,水上進
    • 学会等名
      第15回日本分子イメージング学会学術集会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Visualization and quantification of labile Zn2+ in the acidic subcellular compartments using a small-molecule fluorescent probe2021

    • 著者名/発表者名
      Yuyin Du,Rong Liu,小和田 俊行,松井 敏高,門倉 広,稲葉 謙次,水上 進
    • 学会等名
      第32回万有仙台シンポジウム
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 細胞内分子の構造・動態・機能相関を調べるための クロススケール可視化制御技術の開発2021

    • 著者名/発表者名
      水上進
    • 学会等名
      学術変革領域研究(A)「クロススケール新生物学」 キックオフミーティング
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Development of fluorescent probes for visualizing Zn2+/H+ dynamics in living cells2021

    • 著者名/発表者名
      小和田俊行,松井敏高,水上 進
    • 学会等名
      学術変革領域(A)クロススケール新?物学 第一回領域会議
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Development of photo-reversible protein labeling system2021

    • 著者名/発表者名
      Takato Mashita,Toshiyuki Kowada,Toshitaka Matsui,Shin Mizukami
    • 学会等名
      学術変革領域(A)クロススケール新生物学 第一回領域会議
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Development of novel fluorescent probes for detection of extracellular sulfatases2021

    • 著者名/発表者名
      Yi Ding,Kashfia Ahamed,Toshiyuki Kowada,Norihiko Sasaki,Toshitaka Matsui,Shin Mizukami
    • 学会等名
      第21回東北大学多元物質科学研究所研究発表会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Unraveling mesoscopic organization of the plasma membrane by ultrafast single fluorescent-molecule tracking and localization microscopy2021

    • 著者名/発表者名
      Takahiro Fujiwara
    • 学会等名
      金沢大学ナノ生命科学研究所 「NanoLSI Open Seminar」
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [図書] 先端の分析法 第2版 (澤田嗣郎 監修 第4章 第3節4項)2022

    • 著者名/発表者名
      藤原敬宏
    • 総ページ数
      1072
    • 出版者
      エヌ・ティー・エス
    • ISBN
      9784860437374
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [図書] Live Cell Imaging: Methods and Protocols, Methods in Molecular Biology, vol 2274, Eds by Sung-Bae Kim (Chapter 20)2021

    • 著者名/発表者名
      Priya Ranjan Sahoo, Toshiyuki Kowada, Shin Mizukami
    • 総ページ数
      7
    • 出版者
      Springer
    • ISBN
      9781071612576
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [備考] 水上研究室 東北大学多元物質科学研究所

    • URL

      http://www2.tagen.tohoku.ac.jp/lab/mizukami/

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [備考] 水上研究室 東北大学多元物質科学研究所

    • URL

      http://www2.tagen.tohoku.ac.jp/lab/mizukami/

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [産業財産権] 外部刺激応答性クリック反応技術2021

    • 発明者名
      水上進,イラノヴィアンティ,小和田俊行
    • 権利者名
      国立大学法人 東北大学
    • 産業財産権種類
      特許
    • 出願年月日
      2021
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 外国

URL: 

公開日: 2021-10-22   更新日: 2025-06-20  

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