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微生物の行動および環境とのクロストークアルゴリズムの解明

計画研究

研究領域ジオラマ環境で覚醒する原生知能を定式化する細胞行動力学
研究課題/領域番号 21H05311
研究種目

学術変革領域研究(A)

配分区分補助金
審査区分 学術変革領域研究区分(Ⅳ)
研究機関広島大学

研究代表者

飯間 信  広島大学, 統合生命科学研究科(理), 教授 (90312412)

研究分担者 山口 崇幸  滋賀大学, データサイエンス学系, 講師 (90748964)
研究期間 (年度) 2021-09-10 – 2026-03-31
研究課題ステータス 交付 (2025年度)
配分額 *注記
90,610千円 (直接経費: 69,700千円、間接経費: 20,910千円)
2025年度: 15,080千円 (直接経費: 11,600千円、間接経費: 3,480千円)
2024年度: 14,040千円 (直接経費: 10,800千円、間接経費: 3,240千円)
2023年度: 13,260千円 (直接経費: 10,200千円、間接経費: 3,060千円)
2022年度: 20,020千円 (直接経費: 15,400千円、間接経費: 4,620千円)
2021年度: 28,210千円 (直接経費: 21,700千円、間接経費: 6,510千円)
キーワードミドリムシ / 走光性 / 走化性 / 生物対流 / 微生物運動
研究開始時の研究の概要

原生知能とは,個と環境が不可分で変動が大きい複雑な自然環境において原生動物が発揮する,環境への高度な適応能力を指す.原生知能を理解し応用につなげるにはアルゴリズムとしての記述と評価が必要となる.本研究では,微細藻類の好適環境探索を題材とし,適度に取捨選択された複雑環境のもとでの挙動を観測・解析することで原生知能のアルゴリズムを抽出し,その数理科学的特徴を明らかにすることを目指す.

研究実績の概要

本研究では,複雑環境下において微生物や運動細胞が好適環境の探索を実現する原生知能のアルゴリズムを記述し,その普遍性や応用可能性を検証することを目的とする。具体的なモデル生物としてミドリムシ等の微細藻類のほか、精子等の運動細胞を用いる。本年度は微生物の個体および集団運動の解析を行った。(1) ミドリムシ集団が一様な光環境において、3次元的な環境でも局在対流構造を持つことを実験的に示した。こうした構造は時空間的に非一様な光環境を活用することで制御出来、水深や濃度に依存して構造の詳細が変わる。(2)ミドリムシ個体が光環境下で運動する数理モデルを解析し、正および負の走光性を示すことや、光勾配への応答といった、実験で観測される挙動を再現することを示した。(3) ミドリムシを非一様な光環境に置いたときの長期的な個体運動を解析し、2乗平均距離(MSD)の挙動が光強度に依存して異なることを明らかとした。またミドリムシ個体運動の統計モデルについての研究に着手した。計画班内では定期的な進捗報告とともに必要に応じて個別の打ち合わせを行うなど、緊密に連絡を取り合っている。また他計画班とも同様に連絡体制を確立し、各計画班での研究課題に対する意見交換を進めている。特に今年度は(4) A01-2班と協力してホヤ精子の走化性挙動のモデル化およびアルゴリズム抽出の研究に着手した。国際的な取り組みとして、2023年10月に研究集会「生物流体力学における境界の役割」を開催し、この中で英国ニュートン研究所と国際共同セミナーを企画・実施し、本研究計画班の研究について議論をおこなった。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

1: 当初の計画以上に進展している

理由

特任助教1名の協力により、実験および数値解析両面から研究が推進できるようになった。班内会議も引き続き月1度のペースで実施し、進捗状況を報告し合っている。また本課題の計画班同士での会合も別に月1度のペースで行っている。特に今年度はA01-2班との議論が深まり、共同研究に着手した。

今後の研究の推進方策

研究実施計画に沿って研究を着実に推進してゆく。主要テーマである、ジオラマ環境におけるモデル微生物の個体および集団運動の研究を引き続き進め、原生知能アルゴリズムの抽出・理解に役立てる。研究計画班での研究分担者および研究協力者とは緊密に連絡を取り合い、研究実施計画に基づいたそれぞれの課題を実行するとともに共同研究を進める。

報告書

(3件)
  • 2023 実績報告書
  • 2022 実績報告書
  • 2021 実績報告書
  • 研究成果

    (40件)

すべて 2024 2023 2022 2021

すべて 雑誌論文 (13件) (うち国際共著 1件、 査読あり 7件、 オープンアクセス 7件) 学会発表 (25件) (うち国際学会 6件、 招待講演 5件) 学会・シンポジウム開催 (2件)

  • [雑誌論文] Emergence of a Euglena bioconvection spot controlled by non-uniform light2023

    • 著者名/発表者名
      Yamashita Hiroshi、Kamikubo Touya、Muku Kazuki、Suematsu Nobuhiko J.、Izumi Shunsuke、Iima Makoto
    • 雑誌名

      Frontiers in Ecology and Evolution

      巻: 11 ページ: 1132956-1132956

    • DOI

      10.3389/fevo.2023.1132956

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Height-dependent oscillatory motion of a plastic cup with a camphor disk floated on water2023

    • 著者名/発表者名
      Fujita Risa、Takayama Nami、Matsuo Muneyuki、Iima Makoto、Nakata Satoshi
    • 雑誌名

      Physical Chemistry Chemical Physics

      巻: 25 号: 20 ページ: 14546-14551

    • DOI

      10.1039/d3cp00318c

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Dynamic lift enhancement mechanism of dragonfly wing model by vortex-corrugation interaction2023

    • 著者名/発表者名
      Fujita Yusuke、Iima Makoto
    • 雑誌名

      Physical Review Fluids

      巻: 8 号: 12 ページ: 123101-123101

    • DOI

      10.1103/physrevfluids.8.123101

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Reproduction of bacterial chemotaxis by a non-living self-propelled object2023

    • 著者名/発表者名
      Hamano Yuko、Ikeda Kota、Odagiri Kenta、Suematsu Nobuhiko J.
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 13 号: 1 ページ: 8173-8173

    • DOI

      10.1038/s41598-023-34788-3

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] ミドリムシの遊泳軌道の光環境応答特性2023

    • 著者名/発表者名
      飯間信,松本廉,上久保冬野,山下博士,末松 J. 信彦
    • 雑誌名

      日本流体力学会年会2023 講演論文集

      巻: 2023

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [雑誌論文] 光環境操作により発現したミドリムシ生物対流スポットのパラメータ依存性2023

    • 著者名/発表者名
      山下博士,上久保冬野,末松 J. 信彦,飯間信
    • 雑誌名

      日本流体力学会年会2023 講演論文集

      巻: 2023

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [雑誌論文] ミドリムシ遊泳の光環境応答モデル2023

    • 著者名/発表者名
      上久保冬野, 飯間信, 山下博士, 末松 J.信彦
    • 雑誌名

      日本流体力学会年会2023 講演論文集

      巻: 2023

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [雑誌論文] 水槽実験による凹凸翼模型周辺の流れ構造パターンの解析2023

    • 著者名/発表者名
      藤田雄介,飯間信
    • 雑誌名

      日本流体力学会年会2023 講演論文集

      巻: 2023

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [雑誌論文] Long-time behavior of swimming Euglena gracilis in a heterogenous light environment2023

    • 著者名/発表者名
      Muku Kazuki、Yamashita Hiroshi、Kamikubo Touya、Suematsu Nobuhiko J.、Iima Makoto
    • 雑誌名

      Frontiers in Cell and Developmental Biology

      巻: 11 ページ: 1133028-1133028

    • DOI

      10.3389/fcell.2023.1133028

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Bioconvection pattern of Euglena under periodical illumination2023

    • 著者名/発表者名
      Suematsu Nobuhiko J.、Yamashita Hiroshi、Iima Makoto
    • 雑誌名

      Frontiers in Cell and Developmental Biology

      巻: 11 ページ: 1134002-1134002

    • DOI

      10.3389/fcell.2023.1134002

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] 非一様な光環境を用いたミドリムシ局在対流の制御実験2022

    • 著者名/発表者名
      山下博士, 上久保冬野, 椋一輝, 末松 J. 信彦, 飯間信
    • 雑誌名

      日本流体力学会学会誌「ながれ」

      巻: 41

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • オープンアクセス
  • [雑誌論文] 非一様光環境下でのミドリムシ個体の光走性2022

    • 著者名/発表者名
      飯間信, 上久保冬野, 椋一輝, 山下博士, 末松 J. 信彦
    • 雑誌名

      日本流体力学会 年会2022 講演論文集

      巻: 2022

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [雑誌論文] Self-propelled camphor disk dependent on the depth of the sodium dodecyl sulfate aqueous phase2021

    • 著者名/発表者名
      Yu Xu, Nami Takayama, Yui Komasu, Naho Takahara, Hiroyuki Kitahata, Makoto Iima and Satoshi Nakata
    • 雑誌名

      Colloids and Surfaces A: Physicochemical and Engineering Aspects

      巻: 635 ページ: 128087-128087

    • DOI

      10.1016/j.colsurfa.2021.128087

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] ホヤ精子走化性の数理モデル2024

    • 著者名/発表者名
      飯間信, 柴小菊, 吉田学, 稲葉一男
    • 学会等名
      日本物理学会 2024年春季大会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 負の走光性と影効果に基づくミドリムシ生物対流モデル2024

    • 著者名/発表者名
      山下博士, 山口崇幸, 末松 J. 信彦, 飯間信
    • 学会等名
      日本物理学会 2024年春季大会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 光環境変化におけるミドリムシ遊泳の3D軌道解析実験と数理モデル2024

    • 著者名/発表者名
      上久保冬野, 山下博士, 末松 J.信彦, 飯間信
    • 学会等名
      日本物理学会 2024年春季大会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] トンボ翼周りの流体挙動における定量的解析2024

    • 著者名/発表者名
      藤田雄介,飯間信
    • 学会等名
      日本物理学会2024年春季大会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] The detailed structure of the bioconvection spot: the cell-cluster radiation from single sinking region2023

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Yamashita, Touya Kamikubo, Nobuhiko J Suematsu, Makoto Iima
    • 学会等名
      76th Annual Meeting of the Division of Fluid Dynamics
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Flow analysis and control of vortex shedding using phase reduction theory2023

    • 著者名/発表者名
      Makoto Iima
    • 学会等名
      Vortex Dynamics: the Crossroads of Mathematics, Physics and Applications
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Relationship between vortex dynamics in lift enhancement mechanism of corrugated wing2023

    • 著者名/発表者名
      Yusuke Fujita and Makoto Iima
    • 学会等名
      76th Annual Meeting of the Division of Fluid Dynamics
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] ミドリムシの遊泳軌道の光環境応答特性2023

    • 著者名/発表者名
      飯間信,松本廉,上久保冬野,山下博士,末松 J. 信彦
    • 学会等名
      日本流体力学会年会2023
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 光環境操作により発現したミドリムシ生物対流スポットのパラメータ依存性2023

    • 著者名/発表者名
      山下博士,上久保冬野,末松 J. 信彦,飯間信
    • 学会等名
      日本流体力学会年会2023
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 水槽実験による凹凸翼模型周辺の流れ構造パターンの解析2023

    • 著者名/発表者名
      藤田雄介,飯間信
    • 学会等名
      日本流体力学会年会2023
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] ミドリムシ遊泳の光環境応答モデル2023

    • 著者名/発表者名
      上久保冬野, 山下博士, 末松 J.信彦, 飯間信
    • 学会等名
      日本流体力学会年会2023
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 流れの可視化実験による縮小バルハン模型後方の渦構造の遷移2023

    • 著者名/発表者名
      藤田雄介,西森拓,飯間信
    • 学会等名
      日本物理学会第78回年次大会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] データ解析を活用した凹凸翼周辺の流れパターン解析2023

    • 著者名/発表者名
      藤田雄介,飯間信
    • 学会等名
      2023年度研究集会「生物流体力学における境界の役割」
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] ミドリムシ走性モデル2023

    • 著者名/発表者名
      上久保冬野, 山下博士, 末松 J.信彦, 飯間信
    • 学会等名
      走性行動方程式研究会in広島
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] ミドリムシの走光性による生物対流2023

    • 著者名/発表者名
      山下博士
    • 学会等名
      走性行動方程式研究会in広島
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ホヤ精子走化性の数理モデルI, II2023

    • 著者名/発表者名
      飯間信
    • 学会等名
      走性行動方程式研究会in広島
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] ジオラマ環境で発現するスポット対流:その構造と発生制御2022

    • 著者名/発表者名
      山下博士、上久保冬野、椋一輝、末松J.信彦、飯間信
    • 学会等名
      「ジオラマ環境で覚醒する原生知能を定式化する細胞行動力学」研究交流会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] ミドリムシの運動の数理解析2022

    • 著者名/発表者名
      飯間信
    • 学会等名
      第55回日本原生生物学会大会 活性化委員企画シンポジウム「原生生物のジオラマ行動力学」
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 非一様な光環境を用いたミドリムシ局在対流の制御実験2022

    • 著者名/発表者名
      山下博士、上久保冬野、椋一輝、末松 J. 信彦、飯間信
    • 学会等名
      日本流体力学会 年会2022
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Bioconvection of Euglena suspension under heterogeneous light condition2022

    • 著者名/発表者名
      H. Yamashita, T. Kamikubo, K. Muku, N. J. Suematsu and M. Iima
    • 学会等名
      8th International Symposium on Aero Aqua Bio-Mechanisms
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Control of the localized bioconvection unit of Euglena suspension by manipulating light environment2022

    • 著者名/発表者名
      H. Yamashita, T. Kamikubo, K. Muku, N. J. Suematsu and M. Iima
    • 学会等名
      74th Annual Meeting of the APS Division of Fluid Dynamics
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 非一様光環境下でのミドリムシ個体の光走性2022

    • 著者名/発表者名
      飯間信,上久保冬野、椋一輝、山下博士、末松 J.信彦
    • 学会等名
      日本流体力学会 年会2022
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 2種類のミドリムシの遊泳行動2022

    • 著者名/発表者名
      上久保冬野、飯間信
    • 学会等名
      SSTB2023 -Spring School for Theoretical Biology 2023-
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 総括コメント:細胞行動力学モデルから原生知能へ2022

    • 著者名/発表者名
      飯間信
    • 学会等名
      「ジオラマ環境で覚醒する原生知能を定式化する細胞行動力学」シンポジウム
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Phase reduction technique on oscillating flows towards to analysis of flapping flight2021

    • 著者名/発表者名
      Makoto Iima
    • 学会等名
      Biolocomotion Seminar
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会・シンポジウム開催] INI-RIMS joint seminar2023

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会・シンポジウム開催] One-day workshop on the cellular level ethological dynamics towards "proto-intelligence"2022

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書

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公開日: 2021-10-22   更新日: 2025-06-20  

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