多自由度・大規模系における反応と構造空間探索

• 研究領域: コンピューティクスによる物質デザイン：複合相関と非平衡ダイナミクス
• 研究課題/領域番号: 22104009
• 研究種目: 新学術領域研究(研究領域提案型)
• 配分区分: 補助金
• 審査区分: 理工系
• 研究機関: 名古屋大学
• 研究代表者: 倭 剛久 名古屋大学, 理学(系)研究科(研究院), 准教授 (90251587)
• 研究分担者: 光武 亜代理 慶應義塾大学, 理工学部, 講師 (00338253)
• 連携研究者: 岡本 祐幸 名古屋大学, 大学院理学研究科, 教授 (70185487) ; 足立 伸一 大学共同利用機関法人高エネルギー加速器研究機構, 物質構造科学研究所, 教授 (60260220)
• 研究期間 (年度): 2010-04-01 – 2015-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2014年度)
• 配分額: 58,110千円 (直接経費: 44,700千円、間接経費: 13,410千円); 2014年度: 9,620千円 (直接経費: 7,400千円、間接経費: 2,220千円); 2013年度: 10,140千円 (直接経費: 7,800千円、間接経費: 2,340千円); 2012年度: 10,660千円 (直接経費: 8,200千円、間接経費: 2,460千円); 2011年度: 17,940千円 (直接経費: 13,800千円、間接経費: 4,140千円); 2010年度: 9,750千円 (直接経費: 7,500千円、間接経費: 2,250千円)
• キーワード: 分子科学 / 計算物理 / 蛋白質 / 電子状態計算 / 分子シミュレーション / 生物物理

研究成果の概要

基準振動解析法を用いてリゾチームの圧縮率を計算し、分子進化に伴う圧縮率変化を調べた。また、緩和モード解析を用いてシニョリンの折りたたみ反応の反応座標を抽出した。分子動力学と時間分解X線結晶解析を用いて、ミオグロビンのリガンド移動機構を調べた。そして、COを分子内に配置する平均力ポテンシャルの３Dマップを得た。アミノ酸間の相互作用を解析する新たな手法を開発し、エネルギー交換ネットワークを用いて、アミノ酸間情報伝達を表現した。例として、単ドメインアロステリーを示すPDZ3ドメインの性質を解析した。フラグメント分子軌道法を用いて青色光受容体ファミリー蛋白質の活性部位形成機構を研究した。

研究成果

• [雑誌論文] A solvation-free-energy functional: A reference modified density functional formulation (2015)
  • 著者名/発表者名: T. Sumi, A. Mitsutake, and Y. Maruyama
  • 雑誌名: Journal of Computational Chemistry 巻: 印刷中
  • NAID: 120006733912
  • 査読あり
• [雑誌論文] 生体系のシミュレーションのサンプリング手法及び解析方法の開発 (2015)
  • 著者名/発表者名: 光武亜代理
  • 雑誌名: 日本物理学会誌 巻: 70 ページ: 194-194
  • 査読あり
• [雑誌論文] Computational study on the role of amino acide residues in the active site formation mechanism of blue-light photoreceptors (2015)
  • 著者名/発表者名: R. Sato, H. Kitoh-Nishioka, K. Ando, T. Yamato
  • 雑誌名: Chemical Physics Letters 巻: 印刷中
  • NAID: 120005853265
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Liquid-solid and solid-solid phase transition of monolayer water: High-density rhombic monolayer ice (2014)
  • 著者名/発表者名: T. Kaneko, J. Bai, K. Yasuoka, A. Mitsutake, and X.C. Zeng
  • 雑誌名: Journal of Chemical Physics 巻: 140 号: 18 ページ: 184507-184507
  • DOI: 10.1063/1.4874696
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] 学術賞受賞寄稿「多次元焼き戻し法の開発及び緩和モード解析とWHAM法の一般化による構造解析法の開発」 (2014)
  • 著者名/発表者名: 光武亜代理
  • 雑誌名: 分子シミュレーション研究会会誌"アンサンブル" 巻: 16 ページ: 1-6
  • NAID: 40019989585
  • 査読あり
• [雑誌論文] Combinatorial approach of molecular dynamics simulations and database analyses for the studies of protein structure and function (2013)
  • 著者名/発表者名: T. Yamato, K. Yura
  • 雑誌名: Seikagaku 巻: 85 ページ: 646-655
  • NAID: 10031195375
  • 査読あり
• [雑誌論文] New Computational Approach to Determine Liquid-Solid Phase Equilibria of Water Confined to Slit Nanopores (2013)
  • 著者名/発表者名: (2) T. Kaneko, J. Bai, K. Yasuoka, A. Mitsutake, and X.C. Zeng
  • 雑誌名: J. Chem. Theo. Compt. 巻: 9 号: 8 ページ: 3299-3310
  • DOI: 10.1021/ct400221h
  • 査読あり
• [雑誌論文] Atomic stress tensor analysis of proteins (2012)
  • 著者名/発表者名: T. Ishikura, T. Hatano, T. Yamato
  • 雑誌名: Chem. Phys. Lett. 巻: 539-540 ページ: 144-150
  • DOI: 10.1016/j.cplett.2012.05.005
  • 査読あり
• [雑誌論文] Ligand migration in myoglobin : A combined study of computer simulation and x-ray crystallography (2012)
  • 著者名/発表者名: Takayuki Tsuduki, Ayana Tomita, Shin-ya Koshihara, Shin-ichi Adachi, Takahisa Yamato
  • 雑誌名: The Journal of Chemical Physics 巻: 136 号: 16 ページ: 165101-165101
  • DOI: 10.1063/1.4704586
  • 査読あり
• [雑誌論文] Multibaric-Multithermal Ensemble Study of Liquid-Solid Phase Transition in Lennard-Jones Particles (2012)
  • 著者名/発表者名: T. Kaneko, A. Mitsutake and K. Yasuoka
  • 雑誌名: Journal of the Physical Society of Japan 巻: 81 号: Suppl.A ページ: SA014-SA014
  • DOI: 10.1143/jpsjs.81sa.sa014
  • 査読あり
• [雑誌論文] Principal component relaxation mode analysis of an all-atom molecular dynamics simulation of Human Lysozyme (2012)
  • 著者名/発表者名: T. Nagai, A. Mitsutake, and H. Takano
  • 雑誌名: J. Phys. Soc. Jpn 巻: 82 号: 2 ページ: 023803-023803
  • DOI: 10.7566/jpsj.82.023803
  • NAID: 210000132401
  • 査読あり
• [雑誌論文] Nonneutral evolution of volume fluctuations in lysozymes revealed by normal-mode analysis of compressibility (2012)
  • 著者名/発表者名: S.Mimura, T.Yamato, T.Kamiyama, K.Gekko
  • 雑誌名: Biophysical Chemistry 巻: 161 ページ: 39-45
  • DOI: 10.1016/j.bpc.2011.11.005
  • NAID: 120005308219
  • 査読あり
• [雑誌論文] Multicanonical molecular dynamics simulation study of thc liquid-solid and solid-solid transitions in Lennard-Jones clusters (2011)
  • 著者名/発表者名: T.Kaneko, K.Yasuoka, A.Mitsutake, X.C.Zeng
  • 雑誌名: Proc.of the 8^<th> ASME/JSME Thermal Engineering Joint Conference, T30089 (Hawai, March, 2011) 巻: (印刷中)
  • DOI: 10.1115/ajtec2011-44457
  • 年月日: 2011-01-01
  • 査読あり
• [雑誌論文] Size-Dependent Phase Changes in Water Clusters (2011)
  • 著者名/発表者名: T.Kaneko, T.Akimoto, K.Yasuoka, A.Mitsutake, X.C.Zeng
  • 雑誌名: Journal of Chemical Theory and Computation 巻: 7 号: 10 ページ: 3083-3087
  • DOI: 10.1021/ct200458m
  • 査読あり
• [雑誌論文] Relaxation mode analysis of a peptide system : comparison with principal component analysis (2011)
  • 著者名/発表者名: A.Mitsutake, H.Iijima, H.Takano
  • 雑誌名: J.Chem.Phys. 巻: 135 号: 16
  • DOI: 10.1063/1.3652959
  • 査読あり
• [雑誌論文] はたらくタンパク質:エネルギー、電子、プロトン、リガンド移動の計算生体高分子科学 (2010)
  • 著者名/発表者名: 倭剛久
  • 雑誌名: 高分子論文集(特集「計算高分子科学」) 巻: 67 ページ: 179-186
  • NAID: 10026213240
  • 査読あり
• [雑誌論文] Molecular mechanism of long-range synergetic color tuning between multiple amino acid residues in conger rhodopsin (2010)
  • 著者名/発表者名: 渡辺宙志
  • 雑誌名: Biophysics 巻: 6 ページ: 67-78
  • 査読あり
• [雑誌論文] Multi dimensional multicanonical algorithm, simulated tempering, replica-exchange method, and all that (2010)
  • 著者名/発表者名: 光武亜代理
  • 雑誌名: Physics Procedia 巻: 4 ページ: 89-105
  • NAID: 120006545938
• [雑誌論文] 多変数拡張アンサンブル法 (2010)
  • 著者名/発表者名: 光武亜代理
  • 雑誌名: 分子シミュレーション研究会会誌「アンサンブル」 巻: 12 ページ: 29-35
  • NAID: 130004566664
  • 査読あり
• [雑誌論文] Multibaric-multithermal ensemble study of liquid-solicT phase transition in Lennard-Jones particles
  • 著者名/発表者名: T.Kaneko, A.Mitsutake, K.Yasuoka
  • 雑誌名: J.Phys.Soc.Japan 巻: (印刷中)
  • 査読あり
• [雑誌論文] Atomic stress tensor analysis of proteins
  • 著者名/発表者名: T.Ishikura, T.Hatano, T.Yamato
  • 雑誌名: Chem.Phys.Lett. 巻: (印刷中)
  • 査読あり
• [学会発表] Energy exchange network model of proteins (2015)
  • 著者名/発表者名: T. Yamato
  • 学会等名: Pacifichem 2015
  • 発表場所: Honolulu, Hawaii, USA
  • 年月日: 2015-12-15 – 2015-12-20
  • 招待講演
• [学会発表] TBA (2015)
  • 著者名/発表者名: T. Yamato
  • 学会等名: Telluride Science Research Workshop - Protein dynamics
  • 発表場所: Telluride, CO, USA
  • 年月日: 2015-08-03 – 2015-08-07
  • 招待講演
• [学会発表] Energy exchange network of inter-residue interactions of protein (2015)
  • 著者名/発表者名: T. Yamato, T. Ishikura
  • 学会等名: PSSJ2015
  • 発表場所: Tokushima, Japan
  • 年月日: 2015-06-24 – 2015-06-26
• [学会発表] 中性子散乱と計算化学の融合 (2015)
  • 著者名/発表者名: 光武亜代理・中川洋
  • 学会等名: 平成26年度第2回生物構造学研究会
  • 発表場所: Tokyo, Japan
  • 年月日: 2015-03-26
  • 招待講演
• [学会発表] Exploring Free Energy Surfaces with Generalized-ensemble Algorithms (2014)
  • 著者名/発表者名: Ayori Mitsutake
  • 学会等名: Nose30 International Symposium 2014
  • 発表場所: Tokyo, Japan
  • 年月日: 2014-11-10
  • 招待講演
• [学会発表] Effective Sampling Algorithms and Analysis Methods for Protein Simulations (2014)
  • 著者名/発表者名: Ayori Mitsutake
  • 学会等名: The 14th KIAS Conference on Protein Structure and Function
  • 発表場所: KIAS, Korea
  • 年月日: 2014-09-19
  • 招待講演
• [学会発表] 分子シミュレーションを用いた蛋白質系の緩和モード解析 (2014)
  • 著者名/発表者名: 光武亜代理
  • 学会等名: 第13回ソフトマター研究会
  • 発表場所: Tokyo, Japan
  • 年月日: 2014-08-19
  • 招待講演
• [学会発表] Reorganization of energy exchange network of amino acid residues and the protein allostery (2014)
  • 著者名/発表者名: T. Yamato
  • 学会等名: International Workshop on Computational Biomolecular Science
  • 発表場所: Ontake, Japan
  • 年月日: 2014-04-01
  • 招待講演
• [学会発表] Rearrangement of energy exchange network of amino acid residues and protein allostery (2014)
  • 著者名/発表者名: T. Yamato
  • 学会等名: International Workshop on Computational Biomolecular Science
  • 発表場所: Ontake Kyuka Mura, Japan
  • 招待講演
• [学会発表] 生体分子系で有効な拡張アンサンブル法及び構造解析法の開発 (2013)
  • 著者名/発表者名: 光武亜代理
  • 学会等名: 第68回日本物理学会年次大会
  • 発表場所: 広島大学
  • 年月日: 2013-03-26
  • 招待講演
• [学会発表] 相同タンパク質の構造ゆらぎの静的・動的性質 (2013)
  • 著者名/発表者名: 小泉祐太, 光武亜代理, 高野宏
  • 学会等名: 日本物理学会第68回年次大会
  • 発表場所: 広島大学
  • 年月日: 2013-03-26
• [学会発表] Computational analysis of inter-residue energy conductivity and intramolecular communication chart of β2 adrenergic receptor (2013)
  • 著者名/発表者名: Takakazu Ishikura, Tatsurou Hatano, and Takahisa Yamato
  • 学会等名: Nagoya Symposium - Frontiers in Structural Physiology On the Occasion of the Inauguration of the Cellular and Structural Physiology
  • 発表場所: 名古屋
  • 年月日: 2013-01-22
• [学会発表] Ligand migration in myoglobin: A combined study of computer simulation and x-ray crystallography (2013)
  • 著者名/発表者名: T. Yamato, T. Tsuduki, A. Tomita, S. Adachi, S. Koshihara
  • 学会等名: 4-th France-Japan Joint Seminar, Imaging of spatiotemporal hierarchies in living cells -- an overview of dynamics from molecules to cells --
  • 発表場所: Hyogo
  • 年月日: 2013-01-06
  • 招待講演
• [学会発表] Energy flow and allosteric communication pathways in proteins: Computational study on the role of native inter-residue interactions (2013)
  • 著者名/発表者名: T. Yamato
  • 学会等名: Telluride Science Research Workshop - Thermal transport at the Nanoscale
  • 発表場所: Telluride, CO, USA
  • 招待講演
• [学会発表] Role of reorganizable interactions between native residue contacts in the allosteric communication in proteins: A computational study by the inter-residue energy conductivity analysis. (2013)
  • 著者名/発表者名: T. Yamato
  • 学会等名: Telluride Science Research Workshop - Protein dynamics
  • 発表場所: Telluride, CO, USA
  • 招待講演
• [学会発表] Molecular mechnism of allosteric communication in proteins: Computational analysis of energy flow (2013)
  • 著者名/発表者名: T. Yamato
  • 学会等名: "Large-scale molecular simulations in biology, chemistry, and physics", Satellite meeting of ICMS2013
  • 発表場所: Nagoya, Japan
  • 招待講演
• [学会発表] 多変数拡張アンサンブル法とその応用 (2013)
  • 著者名/発表者名: A. Mitsutake
  • 学会等名: 計算統計物理学第4回研究会
  • 発表場所: Yamaguchi, Japan
• [学会発表] Effective Sampling Algorithms and Analysis Methods for Protein Simulations (2013)
  • 著者名/発表者名: A. Mitsutake
  • 学会等名: 3rd International Conference on Molecular Simulation
  • 発表場所: Kobe, Japan
• [学会発表] タンパク質中の電子・エネルギー・情報の流れ (2013)
  • 著者名/発表者名: 倭 剛久
  • 学会等名: 生物物理化学研究会
  • 発表場所: 名古屋工業大学
  • 招待講演
• [学会発表] Electron Transfer of Blue-Light Photoreceptor:Computational Analysis of Electron Transfer Pathways (2013)
  • 著者名/発表者名: 佐藤竜馬, 倭剛久
  • 学会等名: IGER Annual meeting 2012
  • 発表場所: 名古屋
  • 招待講演
• [学会発表] フラグメント分子軌道法を用いた光回復酵素における電子移動 (2013)
  • 著者名/発表者名: 佐藤竜馬, 西岡宏任, 安藤耕司, 倭剛久
  • 学会等名: 2012年度生物物理学会中部支部講演会
  • 発表場所: 名古屋
• [学会発表] 青色光受容体蛋白質における電子トンネル移動経路と構造変化 (2012)
  • 著者名/発表者名: 佐藤竜馬, 西岡宏任, 倭剛久
  • 学会等名: 第２６回分子シミュレーション討論会
  • 発表場所: 福岡
  • 年月日: 2012-11-26
• [学会発表] 相同タンパク質の構造ゆらぎの緩和 (2012)
  • 著者名/発表者名: 小泉祐太, 光武亜代理, 高野宏
  • 学会等名: 第26回分子シミュレーション討論会
  • 発表場所: 福岡
  • 年月日: 2012-11-26
• [学会発表] 蛋白質系への緩和モード解析の適用 (2012)
  • 著者名/発表者名: 長井俊樹, 光武亜代理, 高野宏
  • 学会等名: 第26回分子シミュレーション討論会
  • 発表場所: 福岡
  • 年月日: 2012-11-26
• [学会発表] ナノ細孔中の分子の固液平衡条件を決定するための新規手法の開発 (2012)
  • 著者名/発表者名: 金子敏宏, Jaeil BAI, 泰岡顕治, 光武亜代理, Xiao Cheng ZENG
  • 学会等名: 第26回分子シミュレーション討論会
  • 発表場所: 福岡
  • 年月日: 2012-11-26
• [学会発表] 拡張アンサンブル分子動力学法による単純液体の固液相転移温度の推定 (2012)
  • 著者名/発表者名: 増永充宏, 金子敏宏, 光武亜代理, 泰岡顕治
  • 学会等名: 第26回分子シミュレーション討論会
  • 発表場所: 福岡
  • 年月日: 2012-11-26
• [学会発表] Effective sampling algorithms and analysis method for biomolecular simulations (2012)
  • 著者名/発表者名: Ayori Mitsutake
  • 学会等名: The 4th International Symposium on Slow Dynamics in Complex Systems
  • 発表場所: 仙台
  • 年月日: 2012-11-03
• [学会発表] Computational Analysis of Electron Transfer Reaction by Photolyase/Cryptochrome Blue-Light Photoreceptors (2012)
  • 著者名/発表者名: 佐藤竜馬, 倭剛久
  • 学会等名: International Symposium on Computics:Quantum Simulation and Design (ISC-QSD)
  • 発表場所: 大阪
  • 年月日: 2012-10-11
• [学会発表] Atomic Stress Tensor Analysis of Biomolecules (2012)
  • 著者名/発表者名: Takakazu Ishikura, Tatsurou Hatano, and Takahisa Yamato
  • 学会等名: The 50 th Annual Meeting of the Biological Society of Japan
  • 発表場所: 名古屋大学
  • 年月日: 2012-09-22
• [学会発表] 分子動力学法を用いた蛋白質の緩和モード解析 (2012)
  • 著者名/発表者名: 長井俊樹, 光武亜代理, 高野宏
  • 学会等名: 第50回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 名古屋
  • 年月日: 2012-09-22
• [学会発表] 相同タンパク質に対する緩和モード解析 (2012)
  • 著者名/発表者名: 小泉祐太, 光武亜代理, 高野宏
  • 学会等名: 日本物理学会第67回秋季大会
  • 発表場所: 横浜国立大学
  • 年月日: 2012-09-18
• [学会発表] Computational Analysis of Electron Tunneling Pathways by DNA Photolyase and Cryptochrome Blue-Light Photoreceptors (2012)
  • 著者名/発表者名: 佐藤竜馬, 倭剛久
  • 学会等名: IGER International Symposium on Science of Molecular Assembly and Biomolecular Systems 2012
  • 発表場所: 名古屋
  • 年月日: 2012-09-04
• [学会発表] タンパク質分子内のエネルギー伝導度の解析 (2012)
  • 著者名/発表者名: 波多野達朗, 石倉孝一, 倭剛久
  • 学会等名: IGER International Symposium on Science of Molecular Assembly and Biomolecular Systems 2012
  • 発表場所: 名古屋
  • 年月日: 2012-09-04
• [学会発表] Ligand-protein interaction studied by computer simulation and time-resolved x-ray crystallography (2012)
  • 著者名/発表者名: Takayuki Tsuduki, Ayana Tomita, Shin-ya Koshihara, Shin-ichi Adachi, and Takahisa Yamato
  • 学会等名: 26th Annual Symposium of The Protein Society
  • 発表場所: サンディエゴ、米国
  • 年月日: 2012-08-05
• [学会発表] Computational Analysis of Electron Transfer Reaction by DNA Photolyase and Cryptochrome Blue-Light Photoreceptors (2012)
  • 著者名/発表者名: 佐藤竜馬, 倭剛久
  • 学会等名: 26th Annual Symposium of The Protein Society
  • 発表場所: サンディエゴ、米国
  • 年月日: 2012-08-05
• [学会発表] Size-Dependent Phase Transitions in TIP4P Water Clusters Investigated by Multicanonical-Ensemble Molecular Dynamics Simulations (2012)
  • 著者名/発表者名: T. Kaneko, T. Akimoto, K. Yasuoka, A. Mitsutake, X. C. Zeng
  • 学会等名: Energy Landscapes
  • 発表場所: オーストリア、オーバグルグル大学
  • 年月日: 2012-07-16
• [学会発表] ヘテロポリマー系の緩和モード解析 (2012)
  • 著者名/発表者名: 光武亜代理, 長井俊樹, 高野宏
  • 学会等名: 2012年蛋白質科学会年会
  • 発表場所: 名古屋国際会議場
  • 年月日: 2012-06-20
• [学会発表] 拡張アンサンブル分子動力学法によるスリット型細孔中に閉じ込められた水分子の融点の推定” (2012)
  • 著者名/発表者名: 金子敏宏, 泰岡顕治, 光武亜代理, X. C. Zeng
  • 学会等名: 第49回日本伝熱シンポジウム
  • 発表場所: 富山
  • 年月日: 2012-05-30
• [学会発表] Theoretical Study of Electron Transfer Reaction by Photolyase/Cryptochrome Blue-Light Photoreceptors (2012)
  • 著者名/発表者名: 佐藤竜馬, 倭剛久
  • 学会等名: JST International Symposium
  • 発表場所: 名古屋大学
  • 年月日: 2012-05-10
• [学会発表] Atomic Stress Tensor Analysis of Biomolecule (2012)
  • 著者名/発表者名: Takakazu Ishikura, Tatsurou Hatano, and Takahisa Yamato
  • 学会等名: JST International Symposium on Multi-scale Simulation of Condensed-phase Reacting Systems (MSCRS2012)
  • 発表場所: 名古屋大学
  • 年月日: 2012-05-10
• [学会発表] 青色光受容体蛋白質における電子トンネル移動経路の理論的研究 (2012)
  • 著者名/発表者名: 佐藤竜馬、倭剛久
  • 学会等名: 2011年度生物物理学会中部支部講演会
  • 発表場所: 名古屋
  • 年月日: 2012-03-19
• [学会発表] Exploring protein function using computational biophysics (2012)
  • 著者名/発表者名: T.Yamato
  • 学会等名: 1^<st> International Symposium, Center for Simulation Sciences, Ochanomizu University
  • 発表場所: 東京(招待講演)
  • 年月日: 2012-02-16
• [学会発表] Multibaric-multithermal ensemble simulation of water confined in slit pores (2012)
  • 著者名/発表者名: 金子敏宏, 泰岡顕治, 光武亜代理, X. C. Zeng
  • 学会等名: The 6th Mini-Symposium on Liquids
  • 発表場所: 福岡
• [学会発表] Development of effective sampling algorithm and analysis method for biomolecular simulations (2012)
  • 著者名/発表者名: A.Mitsutake
  • 学会等名: 4^<th> Japan-Korea Seminar on Biomolecular Sciences Experiments and Simulations
  • 発表場所: 奈良(招待講演)
• [学会発表] LIGAND-PROTEIN INTERACTION STUDIED BY COMPUTER SIMULATION AND TIME-RESOLVED X-RAY CRYSTALLOGRAPHY (2012)
  • 著者名/発表者名: 都築峰幸、富田文菜、腰原伸也、足立伸一、倭剛久
  • 学会等名: Biophysical Society 56th Annual Meeting
  • 発表場所: San Diego、USA
• [学会発表] LIGAND-PROTEIN INTERACTION STUDIED BY COMPUTER SIMULATION AND TIME-RESOLVED X-RAY CRYSTALLOGRAPHY (2012)
  • 著者名/発表者名: 都築峰幸、富田文菜、腰原伸也、足立伸一、倭剛久
  • 学会等名: 文部科学省科学研究費新学術領域「コンピューティクスによる物質デザイン:複合相関と非平衡ダイナミクス」平成24年度研究会
  • 発表場所: 東京
• [学会発表] 青色光受容体蛋白質におけるDNA修復メカニズムの理論的研究 (2012)
  • 著者名/発表者名: 佐藤竜馬、倭剛久
  • 学会等名: 文部科学省科学研究費新学術領域「コンピューティクスによる物質デザイン:複合相関と非平衡ダイナミクス」平成24年度研究会
  • 発表場所: 東京
• [学会発表] タンパク質の原子レベルでのストレステンソル解析 (2012)
  • 著者名/発表者名: 石倉孝一、倭剛久
  • 学会等名: 文部科学省科学研究費新学術領域「コンピューティクスによる物質デザイン:複合相関と非平衡ダイナミクス」平成24年度研究会
  • 発表場所: 東京
• [学会発表] 青色光受容体蛋白質における電子移動反応メカニズムの理論的研究 (2012)
  • 著者名/発表者名: 佐藤竜馬、西岡宏任、倭剛久
  • 学会等名: 物理学会第67回年次大会
  • 発表場所: 西宮
• [学会発表] タンパク質の原子レベルでのストレステンソル解析 (2012)
  • 著者名/発表者名: 石倉孝一、波多野達朗、倭剛久
  • 学会等名: 物理学会第67回年次大会
  • 発表場所: 西宮
• [学会発表] Exploring Free Energy Landscapes of Proteins with Molecular Simulations (2012)
  • 著者名/発表者名: 光武亜代理
  • 学会等名: The international conference on statistical mechanics of liquids : from water to biomolecules
  • 発表場所: 岡崎
• [学会発表] 生体高分子系の緩和モード解析 (2012)
  • 著者名/発表者名: 光武亜代理, 長井俊樹、飯島寛允、高野宏
  • 学会等名: 2012年日本物理学会春季大会
  • 発表場所: 関西学院大学
• [学会発表] 蛋白質系の拡張アンサンブルシミュレーション (2011)
  • 著者名/発表者名: 光武亜代理
  • 学会等名: 第24期CAMMフォーラム本例会
  • 発表場所: 東京(招待講演)
  • 年月日: 2011-06-03
• [学会発表] タンパク質の計算生物物理学:物質・エネルギー・情報の流れ (2011)
  • 著者名/発表者名: 倭剛久
  • 学会等名: 大阪蛋白質研究所セミナー「タンパク質科学の未来を語る:実験・理論研究者の対話
  • 発表場所: 大阪(招待講演)
• [学会発表] DASH型クリプトクロームにおける電子移動反応の解析 (2011)
  • 著者名/発表者名: 佐藤竜馬、倭剛久
  • 学会等名: 第11回蛋白質科学会年会
  • 発表場所: 大阪
• [学会発表] 青色光受容体蛋白質のDNA光補修反応メカニズムの理論的研究 (2011)
  • 著者名/発表者名: 佐藤竜馬、倭剛久
  • 学会等名: 第25回分子シミュレーション討論会
  • 発表場所: 東京
• [学会発表] スリット型細孔に閉じ込められた単純液体の固液相転移 (2011)
  • 著者名/発表者名: 金子敏宏, 泰岡顕治, 光武亜代理, Xiao Cheng Zeng
  • 学会等名: 第48回日本伝熱シンポジウム
  • 発表場所: 岡山
• [学会発表] Dynamical coexistence and size dependence of water cluster (2011)
  • 著者名/発表者名: 金子敏宏, 秋元琢磨, 泰岡顕治, 光武亜代理, Xiao Chang Zeng
  • 学会等名: The 5th International Mini-symposium on Liquids
  • 発表場所: 岡山
• [学会発表] Multidimensional simulated-tempering algorithm of a peptide system (2011)
  • 著者名/発表者名: 光武亜代理
  • 学会等名: The 2nd international symposium on "Multi-scale Simula-bions of Biological and Soft Materials"
  • 発表場所: 京都
• [学会発表] Isobaric-multithermal ensemble simulation of simple liquids confined in slit pores (2011)
  • 著者名/発表者名: 金子敏宏, 泰岡顕治, 光武亜代理, Xiao Chang Zeng
  • 学会等名: 8th Liquid Matter Conference
  • 発表場所: Wien in Austria
• [学会発表] 拡張アンサンブル法を用いた低分子系の相転移現象の研究 (2011)
  • 著者名/発表者名: 金子敏宏, 泰岡顕治, 光武亜代理, Xiao Cheng Zeng
  • 学会等名: 第二回計算統計物理学研究会
  • 発表場所: 金沢
• [学会発表] 分子クラスターの動的共存現象とサイズ依存性 (2011)
  • 著者名/発表者名: 金子敏宏, 秋元琢磨, 泰岡顕治, 光武亜代理, Xiao Cheng Zeng
  • 学会等名: 可視化情報学会全国講演会
  • 発表場所: 富山
• [学会発表] 拡張アンサンブル分子動力学法を用いた単純液体の固液相転移温度の推定 (2011)
  • 著者名/発表者名: 金子敏宏, 増永充宏, 光武亜代理, 泰岡顕治
  • 学会等名: 第32回日本熱物性シンポジウム
  • 発表場所: 横浜
• [学会発表] 拡張アンサンブル分子動力学による低分子系の固液相転移現象の研究 (2011)
  • 著者名/発表者名: 金子敏宏, 泰岡顕治, 光武亜代理, Xiao Cheng ZENG
  • 学会等名: 第25回分子シミュレーション討論会
  • 発表場所: 東京工業大学
• [学会発表] 多変数シミュレーティッド・テンパリング法の開発 (2011)
  • 著者名/発表者名: 光武亜代理
  • 学会等名: 第25回分子シミュレーション討論会
  • 発表場所: 東京工業大学
• [学会発表] 視物質ロドプシンの吸収波長制御メカニズム (2011)
  • 著者名/発表者名: 倭剛久
  • 学会等名: コンピューティクスによる物質デザイン:複合相関と非平衡ダイナミクス 平成22年度研究会
  • 発表場所: 東京大学
• [学会発表] ミオグロビンと気体分子の相互作用解析 (2011)
  • 著者名/発表者名: 倭剛久
  • 学会等名: コンピューティクスによる物質デザイン:複合相関と非平衡ダイナミクス 平成22年度研究会
  • 発表場所: 東京大学
• [学会発表] Ligand-protein interaction studied by computer simulation and time-resolved x-ray crystallography (2011)
  • 著者名/発表者名: 都築峰幸
  • 学会等名: 物理学会
  • 発表場所: 新潟(予稿集)
• [学会発表] Ligand-protein interaction studied by computer simulation and time-resolved x-ray crystallography (2011)
  • 著者名/発表者名: 都築峰幸
  • 学会等名: 生物物理学会中部支部講演会
  • 発表場所: 名古屋大学
• [学会発表] クリプトクロームにおける電子移動反応の理論的研究 (2011)
  • 著者名/発表者名: 佐藤竜馬
  • 学会等名: 生物物理学会中部支部講演会
  • 発表場所: 名古屋大学
• [学会発表] 多自由度・大規模系における反応と構造空間探索 (2010)
  • 著者名/発表者名: 倭剛久
  • 学会等名: コンピューティクスによる物質デザイン:複合相関と非平衡ダイナミクス キックオフ・ミーティング
  • 発表場所: 東京大学
  • 年月日: 2010-09-18
• [学会発表] Multidimensional Generalized-ensemble Algorithm for Protein Folding and Binding Simulations (2010)
  • 著者名/発表者名: 光武亜代理
  • 学会等名: The Fourth Shanghai International Conference on Biophysics and Molecular Biology (2010SICBM)
  • 発表場所: Shanghai and Jiashan, China
  • 年月日: 2010-08-10
• [学会発表] Intramolecular communication chart of proteins : Computational analysis of energy transfer pathways (2010)
  • 著者名/発表者名: 倭剛久
  • 学会等名: Thermal transport at the nanoscale, Telluride Science Research Center Workshop
  • 発表場所: Telluride, CO, USA
• [学会発表] Proteins at work : Computational biophysics of energy, electron, Proton transfer and ligand migration (2010)
  • 著者名/発表者名: 倭剛久
  • 学会等名: COE Start-up International Workshop
  • 発表場所: Chiba University, Japan
• [学会発表] 多自由度・大規模系における反応と構造空間探索:生体系へのアプローチ (2010)
  • 著者名/発表者名: 倭剛久
  • 学会等名: 第4回物性科学領域横断研究会 凝縮系科学の最前線
  • 発表場所: 東京大学
• [学会発表] ミオグロビンのリガンド位置と平均力ポテンシャル変化 (2010)
  • 著者名/発表者名: 都築峰幸
  • 学会等名: 蛋白質科学会
  • 発表場所: 札幌
• [学会発表] ミオグロビンのリガンド位置と平均力ポテンシャル変化 (2010)
  • 著者名/発表者名: 都築峰幸
  • 学会等名: 第50回生物物理夏の学校
  • 発表場所: 一宮
• [学会発表] Ligand-protein interaction studied by computer simulation and time-resolved x-ray crystallography (2010)
  • 著者名/発表者名: 都築峰幸
  • 学会等名: 生物物理学会年会
  • 発表場所: 仙台
• [学会発表] Ligand-protein interaction studied by computer simulation and time-resolved x-ray crystallography (2010)
  • 著者名/発表者名: 都築峰幸
  • 学会等名: 物性科学領域横断研究会
  • 発表場所: 東京大学
• [図書] “活性部位の量子力学計算” in 「ゲノム系計算科学: バイオインフォマティクスを越え、ゲノムの実像に 迫るアプローチ」第６章, 編集者 美宅成樹 監修 金田行雄, 笹井理生, pp. 145-171 (2013)
  • 著者名/発表者名: 倭 剛久
  • 総ページ数: 235
  • 出版者: 共立出版, 東京
• [図書] “Effective sampling algorithms and analysis method for biomolecular simulations”, AIP Conf. Proc. Vol. 1518: 4th Int. Symp. Slow Dynamics in Complex Systems, edited by M. Tokuyama and I. Oppenheim, pp. 598-601. (2013)
  • 著者名/発表者名: A. Mitsutake
  • 総ページ数: 826
  • 出版者: American Institute of Physics, Melville
• [図書] “Enhanced sampling algorithms’”, Biomolecular Simulations: Methods and Protocols, edited by L.Monticelli and E.Salonen, pp. 153-195. (2012)
  • 著者名/発表者名: A. Mitsutake, Y. Mori, and Y. Okamoto
  • 総ページ数: 702
  • 出版者: Humana Press, New York
• [図書] タンパク質の立体構造入門 基礎から構造バイオインフォマティックスへ 第6章 分子シミュレーション的な技法 第1節 全原子モデルの分子シミュレーション (2010)
  • 著者名/発表者名: 倭剛久
  • 出版者: 講談社
• [図書] Enhanced sampling algorithms, in biomolecular simulations : methods and protocols(edited by L.Monticelli and E.Salonen)
  • 著者名/発表者名: A.Mitsutake, Y.Mori, Y.Okamoto
  • 出版者: Humana Press, Berlin(in press)
• [備考] CURP
  • URL: http://www.tb.phys.nagoya-u.ac.jp/~yamato/CURP.htm
• [備考] 3D PMF Map of Placing CO Molecule in Myoglobin
  • URL: http://www.tb.phys.nagoya-u.ac.jp/~yamato/mysite1/yamato/PMF3D/PMF3D.htm
• [備考] CURP (CURrent calculation for Proteins)
  • URL: http://www.tb.phys.nagoya-u.ac.jp/~yamato/CURP.htm
• [備考] 領域webページ
  • URL: http://computics-material.jp/
• [備考] 倭グループ(名大)webページ
  • URL: http://www.tb.phys.nagoya-u.ac.jp/~yamato