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染色体動態解析およびゲノム比較進化解析のための情報処理技術の確立

計画研究

研究領域ゲノムアダプテーションのシステム的理解
研究課題/領域番号 22125008
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 生物系
研究機関東京工業大学

研究代表者

伊藤 武彦  東京工業大学, 生命理工学研究科, 教授 (90501106)

研究分担者 白髭 克彦  東京大学, 分子細胞学研究所, 教授 (90273854)
研究期間 (年度) 2010-04-01 – 2015-03-31
研究課題ステータス 完了 (2014年度)
配分額 *注記
146,250千円 (直接経費: 112,500千円、間接経費: 33,750千円)
2014年度: 27,170千円 (直接経費: 20,900千円、間接経費: 6,270千円)
2013年度: 28,600千円 (直接経費: 22,000千円、間接経費: 6,600千円)
2012年度: 30,030千円 (直接経費: 23,100千円、間接経費: 6,930千円)
2011年度: 29,770千円 (直接経費: 22,900千円、間接経費: 6,870千円)
2010年度: 30,680千円 (直接経費: 23,600千円、間接経費: 7,080千円)
キーワード染色体動態 / バイオインフォマティクス / ゲノム情報解析 / ゲノム情報 / 新型シークエンサ / 新型シークエンサー
研究成果の概要

主にIlluminaシークエンサのデータを入力としたChIP-seq解析アルゴリズム、ゲノムアセンブル解析アルゴリズム、点/構造変異解析アルゴリズムを新規に開発、改良を実施し、個別のプログラムとしてまとめ、論文などを通じて公開を図った。
またこれらのアルゴリズムを用いて、新学術他班員などとの共同研究により、出芽酵母、分裂酵母、ヒト、マウス、病原性バクテリアなど種々の生物種のデータについて各種タンパク質局在プロファイルの解析、新規ゲノム配列決定、SNP検出、ゲノム構造変異解析を実施した。

報告書

(6件)
  • 2014 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2013 実績報告書
  • 2012 実績報告書
  • 2011 実績報告書
  • 2010 実績報告書
  • 研究成果

    (17件)

すべて 2015 2014 2013 2012 2011 2010

すべて 雑誌論文 (14件) (うち査読あり 14件、 オープンアクセス 4件、 謝辞記載あり 2件) 学会発表 (3件)

  • [雑誌論文] A genetic mechanism for female-limited Batesian mimicry in Papilio butterfly2015

    • 著者名/発表者名
      H. Nishikawa, T Iijima, R Kajitani, et. al.
    • 雑誌名

      Nature Genetics

      巻: 47 号: 4 ページ: 405-409

    • DOI

      10.1038/ng.3241

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Dimeric combinations of MafB, cFos and cJun control the apoptosis-survival balance in limb morphogenesis2014

    • 著者名/発表者名
      N. suda, T. Itoh, R. Nakato et. al.
    • 雑誌名

      Development

      巻: 141 号: 14 ページ: 2885-2894

    • DOI

      10.1242/dev.099150

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Efficient de novo assembly of highly heterozygous genomes from whole-genome shotgun short reads.2014

    • 著者名/発表者名
      R. Kajitani, K. Toshimoto, H. Noguchi, A. Toyoda, Y. Ogura, M. Okuno, M. Yabana, M. Harada, E. Nagayasu, H. Maruyama, Y. Kohara, A. Fujiyama, T. Hayashi and T.Itoh
    • 雑誌名

      Genome Research,

      巻: 24 号: 8 ページ: 1384-1384

    • DOI

      10.1101/gr.170720.113

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] DROMPA: easy‐to‐handle peak calling and visualization software for the computational analysis and validation of ChIP‐seq data2013

    • 著者名/発表者名
      Ryuichiro Nakato
    • 雑誌名

      Genes to Cells

      巻: 18 号: 7 ページ: 589-601

    • DOI

      10.1111/gtc.12058

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Coelacanth genomes reveal a variety of signatures for evolutionary transition from water to land2013

    • 著者名/発表者名
      Nikaido M, Noguchi, H, Nishihara H, Toyoda A, Suzuki Y, Kajitani R, Suzuki H, Okuno M, Aibara M, Ngatunga BP, Mzighani SI, Kalombo HW, Masengi KW, Tuda J, Nogami S, Maeda R, Iwata M, Abe Y, Fujimura K, Okabe M, Amano T, Maeno A, Shiroishi T, Itoh T, Sugano S, Kohara Y, Fujiyama A, Okada N.
    • 雑誌名

      Genome Research

      巻: 23巻10号 号: 10 ページ: 1740-1748

    • DOI

      10.1101/gr.158105.113

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Sensory-neuron subtype-specific transcriptional programs controlling dendrite morphogenesis: genome-wide analysis of Abrupt and Knot/Collier.2013

    • 著者名/発表者名
      Yukako Hattori, Tadao Usui, Daisuke Satoh, Sanefumi Moriyama, Kohei Shimono, Takehiko Itoh, Katsuhiko Shirahige, Tadashi Uemura.
    • 雑誌名

      Developmental Cell

      巻: 27(5) 号: 5 ページ: 530-544

    • DOI

      10.1016/j.devcel.2013.10.024

    • NAID

      120005348995

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Transcriptomic analysis of four developmental stages of Strongyloides venezuelensis2013

    • 著者名/発表者名
      Nagayasu E, Ogura Y, Itoh T, Yoshida A, Chakraborty G, Hayashi T, Maruyama H
    • 雑誌名

      Parasitology International

      巻: 62(1) 号: 1 ページ: 57-65

    • DOI

      10.1016/j.parint.2012.09.006

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] HDAC8 mutations in Cornelia de Lange syndrome affect the cohesin acetylation cycle.2012

    • 著者名/発表者名
      Deardorff MA
    • 雑誌名

      Nature

      巻: 489(7415) 号: 7415 ページ: 313-7

    • DOI

      10.1038/nature11316

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The Prereplication Complex Recruits XEco2 to Chromatin to Promote Cohesin Acetylation in Xenopus Egg Extracts2012

    • 著者名/発表者名
      Torahiko L. Higashi
    • 雑誌名

      Current Biology

      巻: 22 号: 11 ページ: 977-988

    • DOI

      10.1016/j.cub.2012.04.013

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Replisome stability at defective DNA replication forks is independent of S phase checkpoint kinases2012

    • 著者名/発表者名
      De Piccoli G, 他
    • 雑誌名

      Mol Cell

      巻: 45 ページ: 696-704

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The replication checkpoint protects fork stability by releasing transcribed genes from nuclear pores2011

    • 著者名/発表者名
      Bermejo R, 他
    • 雑誌名

      Cell

      巻: 146 ページ: 372-83

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] ATP hydrolysis is required for relocating cohesin from sites occupied by its Scc2/4 loading complex.2011

    • 著者名/発表者名
      Hu B, Itoh T, Mishra A, Katoh Y, Chan KL, Upcher W, Godlee C, Roig MB, Shirahige K, Nasmyth K.
    • 雑誌名

      Current Biology

      巻: 21(1) ページ: 12-24

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Chromosome length influences replication-induced topological stress.2011

    • 著者名/発表者名
      Kegel A, Betts-Lindroos H, Kanno T, Jeppsson K, Strom L, Katou Y, Itoh T, Shirahige K, Sjogren C.
    • 雑誌名

      Nature

      巻: 471(7338) ページ: 392-6

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] An Smc3 acetylation cycle is essential for establishment of sister chromatid cohesion.2010

    • 著者名/発表者名
      Beckouet F, Hu B, Roig MB, Sutani T, Komata M, Uluocak P, Katis VL, Shirahige K, Nasmyth K.
    • 雑誌名

      Molecular Cell.

      巻: 39(5) ページ: 689-99

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Single Nucleotide Variation (SNV)を考慮したラガービール酵母のゲノム再解析2014

    • 著者名/発表者名
      奥野未来
    • 学会等名
      日本農芸化学会
    • 発表場所
      明治大学
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Whole Genome Shotgunを用いた病原菌に関する疫学研究のための解析手法の開発2014

    • 著者名/発表者名
      吉村大
    • 学会等名
      ゲノム微生物学会
    • 発表場所
      東京農工大学
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] A whole genome comparison between lager brewing yeast Weihenstephan 34/70 and its ancestral strains2013

    • 著者名/発表者名
      Miki Okuno
    • 学会等名
      Yeast 2013
    • 発表場所
      Westend of Goethe University
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書

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公開日: 2010-08-23   更新日: 2019-07-29  

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