ＨＬＡ領域非コードＲＮＡ群の多様性と機能解析

• 研究領域: 先端技術を駆使したＨＬＡ多型・進化・疾病に関する統合的研究
• 研究課題/領域番号: 22133003
• 研究種目: 新学術領域研究(研究領域提案型)
• 配分区分: 補助金
• 審査区分: 生物系
• 研究機関: 久留米大学 (2014); 九州大学 (2010-2013)
• 研究代表者: 山本 健 久留米大学, 医学部, 教授 (60274528)
• 研究期間 (年度): 2010-04-01 – 2015-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2014年度)
• 配分額: 62,140千円 (直接経費: 47,800千円、間接経費: 14,340千円); 2014年度: 11,570千円 (直接経費: 8,900千円、間接経費: 2,670千円); 2013年度: 12,220千円 (直接経費: 9,400千円、間接経費: 2,820千円); 2012年度: 12,740千円 (直接経費: 9,800千円、間接経費: 2,940千円); 2011年度: 12,610千円 (直接経費: 9,700千円、間接経費: 2,910千円); 2010年度: 13,000千円 (直接経費: 10,000千円、間接経費: 3,000千円)
• キーワード: HLA / epigenome / DNA methylation / SNP / disease / DNAメチル化 / エピゲノム / ゲノム / 遺伝的多様性 / 非コードRNA / ヒストン / ゲノム多様性 / 遺伝子発現

研究成果の概要

HLA領域のエピゲノム多様性を解明し、エピジェネティックスの観点から疾患発症におけるHLA領域の意義解明を目指した。HLAアレル特異的にDNAメチル化レベルが変化する領域を同定するために、A, C, B, DRB1, DQB1, DPB1遺伝子座について網羅的な解析を進め、DPB1*05:01に特異的な低DNAメチル化CpGサイトをDPA1とDPB1のプロモーター領域に同定した。また、Cw*07:02と有意に関連するCpGサイトをC遺伝子座領域内に複数同定した。これらのHLAの発現量は他のアレルと異なっており、ゲノムのみならずエピゲノムにもHLAアレルとリンクした多様性が存在していた。

研究成果

• [雑誌論文] Identification of a Hashimoto thyroiditis susceptibility locus via a genome-wide comparison with Graves' disease. (2015)
  • 著者名/発表者名: Oryoji D, Ueda S, Yamamoto K, Yoshimura Noh J, Okamura K, Noda M, Watanabe N, Yoshihara A, Ito K, Sasazuki T.
  • 雑誌名: J Clin Endocrinol Metab. 巻: 100 号: 2 ページ: E319-E324
  • DOI: 10.1210/jc.2014-3431
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Identification of independent susceptible and protective HLA alleles in Japanese autoimmune thyroid disease and their epistasis. (2014)
  • 著者名/発表者名: Ueda S, Oryoji D, Yamamoto K, Noh JY, Okamura K, Noda M, Kashiwase K, Kosuga Y, Sekiya K, Inoue K, Yamada H, Oyamada A, Nishimura Y, Yoshikai Y, Ito K, Sasazuki T.
  • 雑誌名: J Clin Endocrinol Metab. 巻: 99 号: 2 ページ: E379-E383
  • DOI: 10.1210/jc.2013-2841
  • 査読あり
• [雑誌論文] Identification of a KEAP1 germline mutation in a family with multinodular goitre. (2013)
  • 著者名/発表者名: Teshiba R et al.
  • 雑誌名: PLoS One 巻: 8 号: 5 ページ: 1-8
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0065141
  • 査読あり
• [雑誌論文] HLA and SNP haplotype mapping in the Japanese population. (2012)
  • 著者名/発表者名: Kitajima H
  • 雑誌名: Genes Immun. 巻: 13 号: 7 ページ: 543-548
  • DOI: 10.1038/gene.2012.35
  • 査読あり
• [雑誌論文] Genome-wide association study of coronary artery disease in the Japanese (2012)
  • 著者名/発表者名: Fumihiko Takeuchi, Mitsuhiro Yokota, et al.(他23名、3番目)
  • 雑誌名: Eur J Hum Genet 巻: 20 号: 3 ページ: 333-340
  • DOI: 10.1038/ejhg.2011.184
  • 査読あり
• [雑誌論文] Identification of independent risk loci for Graves' disease within the MHC in the Japanese population. (2011)
  • 著者名/発表者名: Nakabayashi K, Shirasawa S
  • 雑誌名: J Hum Genet 巻: 56(11) 号: 11 ページ: 772-778
  • DOI: 10.1038/jhg.2011.99
  • NAID: 10030661591
  • 査読あり
• [雑誌論文] Meta-analysis of genome-wide association studies identifies common variants associated with blood pressure variation in East Asians (2011)
  • 著者名/発表者名: Yamori Y
  • 雑誌名: Nat Genetics 巻: 43 号: 6 ページ: 531-538
  • DOI: 10.1038/ng.834
  • 査読あり
• [雑誌論文] Identification of TCTE3 as a gene responsible for congenital diaphragmatic hernia using a high-resolution single-nucleotide polymorphism array. (2011)
  • 著者名/発表者名: Teshiba R, et al.
  • 雑誌名: Pediatr Surg Int. 巻: 27 ページ: 193-198
  • 査読あり
• [雑誌論文] A definitive haplotype map as determined by genotyping duplicated haploid genomes finds a predominant haplotype preference at copy number variation events. (2010)
  • 著者名/発表者名: Kukita Y, et al.
  • 雑誌名: Am.J.Hum.Genet. 巻: 86 ページ: 918-928
  • 査読あり
• [雑誌論文] Subtypes of familial hemophagocytic lymphohistiocytosis in Japan based on genetic and functional analyses of cytotoxic T lymphocytes (2010)
  • 著者名/発表者名: Nagai K, et al.
  • 雑誌名: PLoS One 巻: 5
  • 査読あり
• [学会発表] Smoking causes epigenetic change in humans. (2014)
  • 著者名/発表者名: Isomoto A, Kitajima H, Ichihara S, Nakatochi M, Matsubara T, Yokota M, Takayanagi R, Yamamoto K.
  • 学会等名: 第37回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜（神奈川県横浜市）
  • 年月日: 2014-12-25 – 2014-12-27
• [学会発表] The study of tissue specific age-related DNA methylation change in mouse. (2014)
  • 著者名/発表者名: Iwaya C, Kitajima H, Shibata H, Sonoda N, Inoguchi T, Yamamoto K.
  • 学会等名: The 24th Hot Spring Harbor International Symposium
  • 発表場所: Kyushu Univeristy, Fukuoka, Japan
  • 年月日: 2014-11-07 – 2014-11-08
• [学会発表] Epistatic interaction between protective HLA alleles and susceptible HLA-DP allele in autoimmune thyroid disease. (2012)
  • 著者名/発表者名: Sasazuki T
  • 学会等名: 16th International HLA and Immunogenetics Workshop and Conference
  • 発表場所: Liverpool, England
  • 年月日: 2012-05-28
• [備考] 久留米大学医学部医化学講座
  • URL: http://www002.upp.so-net.ne.jp/kyama-Q/
• [備考] 九州大学 山本健 研究活動
  • URL: http://www002.upp.so-net.ne.jp/kyama-Q/
• [備考]
  • URL: http://www.gen.kyushu-u.ac.jp/~genome/index.html