治療によって修飾されるがんのゲノミクス解析とバイオマーカー探索

• 研究領域: システム的統合理解に基づくがんの先端的診断、治療、予防法の開発
• 研究課題/領域番号: 22134003
• 研究種目: 新学術領域研究(研究領域提案型)
• 配分区分: 補助金
• 審査区分: 複合領域
• 研究機関: 東京医科歯科大学 (2012-2014); 東京大学 (2010-2011)
• 研究代表者: 石川 俊平 東京医科歯科大学, 難治疾患研究所, 教授 (50418638)
• 研究分担者: 前田 大地 秋田大学, 大学院医学系研究科, 准教授 (30585500)
• 研究期間 (年度): 2010-04-01 – 2015-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2014年度)
• 配分額: 103,740千円 (直接経費: 79,800千円、間接経費: 23,940千円); 2014年度: 19,370千円 (直接経費: 14,900千円、間接経費: 4,470千円); 2013年度: 20,280千円 (直接経費: 15,600千円、間接経費: 4,680千円); 2012年度: 21,320千円 (直接経費: 16,400千円、間接経費: 4,920千円); 2011年度: 21,060千円 (直接経費: 16,200千円、間接経費: 4,860千円); 2010年度: 21,710千円 (直接経費: 16,700千円、間接経費: 5,010千円)
• キーワード: ゲノム / がん / 治療標的 / 薬剤応答性 / シグナル伝達 / 薬剤反応性 / バイオマーカー / ゲノミクス / 治療薬

研究成果の概要

治療標的・バイオマーカーが明らかになっていない低分子化合物に関して耐性株のゲノミクス解析や機能ゲノムスクリーニングよって同定を試みた。免疫治療のバイオマーカー探索のために腫瘍浸潤リンパ球の抗原受容体レパートリー解析技術を確立した。有効な分子標的が存在しないびまん性胃癌については、全エクソームシーケンスにより治療標的候補となるRHOAのドライバー遺伝子変異を同定した。

研究成果

• [雑誌論文] Recurrent gain-of-function mutations of RHOA in diffuse-type gastric carcinoma. (2014)
  • 著者名/発表者名: Kakiuchi M, Nishizawa T, Ueda H, Gotoh K, Tanaka A, Hayashi A, Yamamoto S, Tatsuno K, Katoh H, Watanabe Y, Ichimura T, Ushiku T, Funahashi S, Tateishi K, Wada I, Shimizu N, Nomura S, Koike K, Seto Y, Fukayama M, Aburatani H, Ishikawa S
  • 雑誌名: Nat Genet. 巻: 46(6) 号: 6 ページ: 583-7
  • DOI: 10.1038/ng.2984
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] EVI1 oncogene promotes KRAS pathway through suppression of microRNA-96 in pancreatic carcinogenesis. (2014)
  • 著者名/発表者名: Tanaka M, Suzuki HI, Shibahara J, Kunita A, Isagawa T, Yoshimi A, Kurokawa M, Miyazono K, Aburatani H, Ishikawa S, Fukayama M.
  • 雑誌名: Oncogene 巻: 33(19) 号: 19 ページ: 2454-63
  • DOI: 10.1038/onc.2013.204
  • 査読あり
• [雑誌論文] The HSP90 inhibitor 17-N-allylamino-17-demethoxy geldanamycin (17-AAG) synergizes with cisplatin and induces apoptosis in cisplatin-resistant esophageal squamous cell carcinoma cell lines via the Akt/XIAP pathway. (2014)
  • 著者名/発表者名: Ui T, Morishima K, Saito S, Sakuma Y, Fujii H, Hosoya Y, Ishikawa S, Aburatani H, Fukayama M, Niki T, Yasuda Y.
  • 雑誌名: Oncol Rep. 巻: 31(2) 号: 2 ページ: 619-24
  • DOI: 10.3892/or.2013.2899
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Fukayama M.Enrichment of stem-like cell population comprises transformation ability of Epstein-Barr virus latent membraneprotein 2A for non-transformed cells (2013)
  • 著者名/発表者名: Nakaya T, Kikuchi Y, Kunita A, Ishikawa S, Matsusaka K, Hino R,Aburatani H
  • 雑誌名: Virus Research 巻: Vol.174 号: 1-2 ページ: 108-115
  • DOI: 10.1016/j.virusres.2013.03.009
  • 査読あり
• [雑誌論文] Recurrent mutations in multiple components of the cohesin complex in myeloid neoplasms. (2013)
  • 著者名/発表者名: Kon A, Yoshida K
  • 雑誌名: Nature Genet. 巻: 45 号: 10 ページ: 1232-1237
  • DOI: 10.1038/ng.2731
  • 査読あり
• [雑誌論文] Lung cancer with loss of BRG1?BRM,shows epithelial mesenchymal transition phenotype and distinct histologic and genetic features. (2013)
  • 著者名/発表者名: Matsubara D, Murakami Y, Niki T et al.
  • 雑誌名: Cancer Sci 巻: 104 号: 2 ページ: 266-273
  • DOI: 10.1111/cas.12065
  • 査読あり
• [雑誌論文] Genome-wide single nucleotide polymorphism arrays as a diagnostic tool in patients with synchronous endometrial and ovarian cancer. (2012)
  • 著者名/発表者名: Ikeda Y, Oda K, Nakagawa S
  • 雑誌名: Int J Gynecol Cancer 巻: 22(5） 号: 5 ページ: 725-31
  • DOI: 10.1097/igc.0b013e31824c6ea6
  • 査読あり
• [雑誌論文] Identification of CCDC6-RET fusion in the human lung adenocarcinoma cell line, LC-2/ad. (2012)
  • 著者名/発表者名: Matsubara D, Murakami Y, Niki T et al.
  • 雑誌名: J Thorac Oncol 巻: 7 号: 12 ページ: 1872-1876
  • DOI: 10.1097/jto.0b013e3182721ed1
  • 査読あり
• [雑誌論文] ARID1Aexpression loss in gastric cancer: pathway-dependent roles with and without Epstein-Barr virus infection and microsatellite instability (2012)
  • 著者名/発表者名: Abe H, Maeda D, Hino R, Otake Y, Isogai M, Ushiku AS, Matsusaka K,Kunita A, Ushiku T, Uozaki H,Tateishi Y, Hishima T, Iwasaki Y, Ishikawa S, Fukayama M
  • 雑誌名: Virchows Archiv 巻: Vol.461 号: 4 ページ: 367-77
  • DOI: 10.1007/s00428-012-1303-2
  • 査読あり
• [雑誌論文] 臨床病理検査におけるゲノミクス (2011)
  • 著者名/発表者名: 石川俊平、吉本倫子、馬場洋介
  • 雑誌名: 病理と臨床増刊病理診断に役立つ分子生物学 巻: 29 ページ: 492-507
• [雑誌論文] 癌のデジタルトランスクリプトーム解析 (2011)
  • 著者名/発表者名: 石川俊平
  • 雑誌名: 医学のあゆみ特集 巻: 36 ページ: 593-598
• [雑誌論文] ASCL1-coexpression profiling but not single gene expression profiling defines lung adenocarcinomas of neuroendocrine nature with poor prognosis (2011)
  • 著者名/発表者名: Fujiwara T, Aburatani H, et al.
  • 雑誌名: Lung Cancer 巻: 75 号: 1 ページ: 119-25
  • DOI: 10.1016/j.lungcan.2011.05.028
  • 査読あり
• [雑誌論文] Homozygously deleted gene DACH1 regulates tumor-initiating activity of glioma cells (2011)
  • 著者名/発表者名: Watanabe, A., et al
  • 雑誌名: Proceedings of National Academy of Science U.S.A. 巻: 108 号: 30 ページ: 12384-12389
  • DOI: 10.1073/pnas.0906930108
  • 査読あり
• [雑誌論文] DNA Methylation Profiling of Embryonic Stem Cell Differentiation into the Three Germ Layers (2011)
  • 著者名/発表者名: Isagawa T, Nagae G, Shiraki N, Fujita T, Sato N, Ishikawa S, Kume S, Aburatani H
  • 雑誌名: PLoS ONE 巻: 6(10) 号: 10 ページ: e26052-e26052
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0026052
  • 査読あり
• [雑誌論文] B-catenin (CTNNB1) S33C mutation in ovarian microcystic stromal tumors (2011)
  • 著者名/発表者名: Maeda D, Shibahara J, Sakuma T, Isobe M, Teshima S, Mori M, Oda K, Nakagawa S, Taketani Y, Ishikawa S, Fukayama M
  • 雑誌名: Am J Surg Pathol 巻: 35 号: 10 ページ: 1429-1440
  • DOI: 10.1097/pas.0b013e31822d6c71
  • 査読あり
• [雑誌論文] Claudin-18 is an early-stage marker of pancreatic carcinogenesis (2011)
  • 著者名/発表者名: Tanaka M, Shibahara J, Fukushima N, Shinozaki A, Umeda M, Ishikawa S, Kokudo N, Fukayama M
  • 雑誌名: J Histochem Cytochem 巻: 59 号: 10 ページ: 942-952
  • DOI: 10.1369/0022155411420569
  • 査読あり
• [雑誌論文] Tissue-specific demethylation in CpG-poor promoters during cellular differentiation (2011)
  • 著者名/発表者名: Nagae G, Isagawa T, Shiraki N, Fujita T, Yamamoto S, Tsutsumi S, Nonaka A,Yoshiba S, Matsusaka K, Midorikawa Y,Ishikawa S, Soejima H, Fukayama M,Suemori H, Nakatsuji N, Kume S,Aburatani H
  • 雑誌名: Hum Mol Genetics 巻: 20(14) 号: 14 ページ: 2710-21
  • DOI: 10.1093/hmg/ddr170
  • 査読あり
• [雑誌論文] 癌のデジタルトランスクリプトーム解析 (2011)
  • 著者名/発表者名: 石川俊平
  • 雑誌名: 医学のあゆみ 巻: 236 ページ: 593-598
• [雑誌論文] Co-activation of epidermal growth factor receptor and c-MET defines a distinct subset of lung adenocarcinomas. (2010)
  • 著者名/発表者名: Matsubara D, Ishikawa S, Sachiko O, Aburatani H, Fukayama M, Niki T.
  • 雑誌名: Am J Pathol. 巻: 177 ページ: 2191-2204
  • 査読あり
• [学会発表] Discovery of recurrent gain-of-function mutations of RHOA in diffuse-type gastric cancer (2014)
  • 著者名/発表者名: Shumpei Ishikawa, Miwako Kakiuchi, Hiroki Ueda, Hiroto Katou, Masashi Fukayama, Hiroyuki Aburatani
  • 学会等名: 第73回日本癌学会学術総会
  • 発表場所: 横浜、日本
  • 年月日: 2014-09-25 – 2014-09-27
• [学会発表] Discovery of Frequent Gain-offunction Mutation in Diffuse-type Gastric Carcinoma (2014)
  • 著者名/発表者名: Shumpei Ishikawa
  • 学会等名: 2014 SNUCRI Cancer Symposium
  • 発表場所: Mokpo, Korea
  • 年月日: 2014-04-16 – 2014-04-19
  • 招待講演
• [学会発表] Transcriptome across Diverse Biological Species in Human Gastric Environment (2014)
  • 著者名/発表者名: Hiroto Katoh, Daisuke Komura and Shumpei Ishikawa
  • 学会等名: 平成25年度「がん支援」公開シンポジウム
  • 発表場所: 東京（一橋講堂）
• [学会発表] 胃癌組織や胃粘膜組織におけるメタトランスクリプトーム解析 (2013)
  • 著者名/発表者名: 石川俊平
  • 学会等名: 第61回(社)日本病理学会関東支部学術集会
  • 発表場所: 東京（東京大学鉄門講堂）
  • 招待講演
• [学会発表] 細胞間相互作用のシーケンシング (2012)
  • 著者名/発表者名: 石川俊平
  • 学会等名: 日本分子生物学会 第12回 春季シンポジウム
  • 発表場所: 山梨県笛吹市
  • 年月日: 2012-04-25
  • 招待講演
• [学会発表] Histone deacetylases as promising drug targets for treatment of esophageal squamous cell carcinoma. (2012)
  • 著者名/発表者名: Morishima K, Saito S, Matsubara D, Hosoya Y, Sata N, Yasuda Y, Ishikawa S, Niki T.
  • 学会等名: Annual Meeting of American Association for Cancer Research
  • 発表場所: Chicago
  • 年月日: 2012-04-01
• [学会発表] Histopathologic and genetic features of lung adenocarcinomas with loss of chromatin remodeling factors, BRG-1 and BRM. (2012)
  • 著者名/発表者名: Matsubara D, Kishaba Y, Ishikawa S, Fukayama M, Niki T.
  • 学会等名: Annual Meeting of American Association for Cancer Research
  • 発表場所: Chicago
  • 年月日: 2012-04-01
• [学会発表] Systematic profiling of druggable cancer interactome (2011)
  • 著者名/発表者名: Shumpei Ishikawa
  • 学会等名: JCA-AACR Joint Symposium 2011
  • 発表場所: Nagoya, Japan(愛知県)(招待講演)
  • 年月日: 2011-10-03
• [学会発表] Comprehensive analysis of paired cancer-normal tissue from digital transcriptome data. (2011)
  • 著者名/発表者名: 石川俊平
  • 学会等名: Human Genome Meeting, 2010
  • 発表場所: International Convention Center, Dubai, UAE
  • 年月日: 2011-03-16
• [学会発表] トランスクリプトームシーケンシングによる癌の新規メカニズムの解析 (2011)
  • 著者名/発表者名: 石川俊平
  • 学会等名: がん研究分野の特性等を踏まえた支援活動公開シンポジウム
  • 発表場所: 一橋学術総合センター(東京都)
  • 年月日: 2011-02-09
• [備考] 研究室ホームページ
  • URL: http://www.tmd.ac.jp/gpat/