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活性増強アプタマーを用いた脳内恒常性維持機構制御マウスの開発

計画研究

研究領域アプタマー生物学の創成
研究課題/領域番号 22H05038
研究種目

学術変革領域研究(B)

配分区分補助金
審査区分 学術変革領域研究区分(Ⅱ)
研究機関東京農工大学

研究代表者

塚越 かおり  東京農工大学, 工学(系)研究科(研究院), 助教 (20708474)

研究分担者 山岸 彩奈  国立研究開発法人産業技術総合研究所, 生命工学領域, 研究員 (00778293)
松村 洋寿  秋田大学, 理工学研究科, 准教授 (60741824)
研究期間 (年度) 2022-05-20 – 2026-03-31
研究課題ステータス 交付 (2024年度)
配分額 *注記
58,890千円 (直接経費: 45,300千円、間接経費: 13,590千円)
2024年度: 17,810千円 (直接経費: 13,700千円、間接経費: 4,110千円)
2023年度: 22,360千円 (直接経費: 17,200千円、間接経費: 5,160千円)
2022年度: 18,720千円 (直接経費: 14,400千円、間接経費: 4,320千円)
キーワードアプタマー / タンパク質制御 / 脳ホメオスタシス / アミロイド / 神経炎症 / 酵素活性 / タンパク質間相互作用 / 脳内ホメオスタシス
研究開始時の研究の概要

タンパク質分子が複雑かつ協奏的に機能する生命システムの全容を解明するためには、革新的な技術・ツールの開発に基づく新しい研究アプローチが必須である。本研究では、脳内の恒常性維持に関わるタンパク質機能を増強するアプタマーの開発と、核酸デリバリー技術を用いた脳へのアプタマー輸送によって「遺伝子改変不要」な「活性増強」による恒常性操作モデルマウスを開発することを目的とする。アプタマー導入マウスを用いた標的タンパク質の生物学的機能の解明研究を推進することで、「アプタマー生物学」の基盤を構築する。

研究実績の概要

本領域研究の狙いは、DNAなどの核酸から成るリガンド・アプタマーの特異的な相互作用によって標的タンパク質の活性や相互作用を直接制御し生体に応用することで、未知の生命現象の解明のための新規な生物学研究アプローチを確立することである。C01計画班(本研究課題)は機能制御アプタマーの開発とマウス生体内での応用を目指している。
本年度は前年度より引き続きA01計画班、B01計画班と連携し、異常凝集するペプチドであるAβを分解するプロテアーゼであるKallikrein-related peptidase 7(KLK7)の酵素活性を増強するアプタマーと、タンパク質間相互作用により細胞保護/細胞死の調整機能を担うneuronal nitric oxide synthase(nNOS)、C-terminal PDZ ligand of nNOS(CAPON)に結合するアプタマーの開発を実施した。前年度までにKLK7、nNOS、CAPONに結合するアプタマークローンを同定したので、以下の研究を行なった。
1)マウス由来KLK7(mKLK7)はヒト由来KLK7(hKLK7)との相同性が高い。そこでA01班よりhKLK7を提供いただき、得られたアプタマーのhKLK7への結合を観察したところ、得られたアプタマーがhKLK7に結合することを見出した。また、mKLK7-hKLK7間での結合シグナルの違いから、各種アプタマークローンが異なる部位に結合することが示唆された。
2)nNOS結合アプタマーの結合解離定数を算出し、アプタマーがCAPON-nNOSの結合能より高い結合親和性を有していることを明らかにした。また、CAPON-nNOSの結合を阻害しないことも明らかにした。CAPONアプタマーについては、予想外にnNOSへの非特異的結合が見出されたため、アプタマーの改良を進めている。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

本年度は産前産後休業により一部の期間研究を停止したものの、前年度に得られたアプタマーの特性検討をほぼ完了することができた。In vivoへの応用へ向けて、共同研究も進めることができた。

今後の研究の推進方策

KLK7結合アプタマークローンを複数獲得しているので、組換えKLK7を用いた活性への影響の評価を進める。また、nNOS結合アプタマーについては、得られたアプタマーが生体由来のnNOSに結合するかを検証する。CAPONアプタマーについては、特異的な結合が観察されるよう条件検討を進める。

報告書

(2件)
  • 2023 実績報告書
  • 2022 実績報告書
  • 研究成果

    (37件)

すべて 2024 2023 2022

すべて 雑誌論文 (11件) (うち国際共著 3件、 査読あり 11件、 オープンアクセス 11件) 学会発表 (26件) (うち国際学会 13件)

  • [雑誌論文] Exploration and Application of DNA-Binding Proteins to Make a Versatile DNA-Protein Covalent-Linking Patch (D-Pclip): The Case of a Biosensing Element2024

    • 著者名/発表者名
      Komiya E., Takamatsu S., Miura D., Tsukakoshi K., Tsugawa W., Sode K., Ikebukuro K. Asano R.
    • 雑誌名

      J. Am. Chem. Soc.

      巻: 146 号: 6 ページ: 4087-4097

    • DOI

      10.1021/jacs.3c12668

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Aptamer-enhanced particle aggregation inhibition assay for simple homogeneous protein detection using DNA aptamer and thermo-responsive magnetic nanoparticles.2024

    • 著者名/発表者名
      Rokutani S, Hiraka K, Saitoh H, Saito T, Nonaka Y, Ueno K, Tsukakoshi K, Ohnishi N, Ikebukuro K.
    • 雑誌名

      Biosens Bioelectron.

      巻: 245 ページ: 115827-115827

    • DOI

      10.1016/j.bios.2023.115827

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Real-time monitoring of the amyloid β1-42 monomer-to-oligomer channel transition using a lipid bilayer system2023

    • 著者名/発表者名
      Numaguchi Yuri、Tsukakoshi Kaori、Takeuchi Nanami、Suzuki Yuki、Ikebukuro Kazunori、Kawano Ryuji
    • 雑誌名

      PNAS Nexus

      巻: 3 号: 1

    • DOI

      10.1093/pnasnexus/pgad437

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Development of a liquid chromatography-based versatile bioanalysis for bevacizumab based on pretreatment combining aptamer affinity purification and centrifugal ultrafiltration concentration2023

    • 著者名/発表者名
      Todoroki Kenichiro、Hamada Daichi、Yamada Tomohiro、Saito Taro、Shimizu Yutaka、Sugiyama Eiji、Mizuno Hajime、Hayashi Hideki、Tsukakoshi Kaori、Ikebukuro Kazunori
    • 雑誌名

      Analytical Sciences

      巻: 39 号: 11 ページ: 1805-1811

    • DOI

      10.1007/s44211-023-00417-2

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Identification of novel amyloidosis in dogs: α-S1-casein acquires amyloidogenicity in mammary tumor by overexpression and N-terminal truncation2023

    • 著者名/発表者名
      Murakami Tomoaki、Kaku Toshisuke、Tsukakoshi Kaori、Iwaide Susumu、Itoh Yoshiyuki、Hisada Miki、Nomura Kohji、Kubo Rikako、Ikebukuro Kazunori、Sassa-O’Brien Yukiko、Kametani Fuyuki
    • 雑誌名

      Veterinary Pathology

      巻: 60 号: 2 ページ: 203-213

    • DOI

      10.1177/03009858221148511

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Development of a Lateral Flow Assay for Bevacizumab Using an Anti-Idiotype DNA Aptamer as a Capture Molecule2022

    • 著者名/発表者名
      TODOROKI Kenichiro、ISOBE Ryota、YAMADA Tomohiro、SAITO Taro、SHIMIZU Yutaka、TSUKAKOSHI Kaori、SUGIYAMA Eiji、MIZUNO Hajime、HAYASHI Hideki、IKEBUKURO Kazunori
    • 雑誌名

      CHROMATOGRAPHY

      巻: 43 号: 2 ページ: 73-77

    • DOI

      10.15583/jpchrom.2022.008

    • ISSN
      1342-8284, 1348-3315
    • 年月日
      2022-06-20
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Effects of G-Quadruplex Ligands on the Topology, Stability, and Immunostimulatory Properties of G-Quadruplex-Based CpG Oligodeoxynucleotides2022

    • 著者名/発表者名
      Anh Thi Tram Tu, Kazuaki Hoshi, Yue Ma, Taiji Oyama, Satoko Suzuki, Kaori Tsukakoshi, Kazuo Nagasawa, Kazunori Ikebukuro, Tomohiko Yamazaki
    • 雑誌名

      ACS Chem Biol

      巻: 17 (7) 号: 7 ページ: 1703-1713

    • DOI

      10.1021/acschembio.1c00904

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Development of Alkaline Phosphatase-Fused Mouse Prion Protein and Its Application in Toxic Aβ Oligomer Detection2022

    • 著者名/発表者名
      Kaori Tsukakoshi, Rikako Kubo, Kazunori Ikebukuro
    • 雑誌名

      Int J Mol Sci

      巻: 23 (23) 号: 23 ページ: 14588-14588

    • DOI

      10.3390/ijms232314588

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] The state of water molecules induces changes in the topologies and interactions of G-quadruplex DNA aptamers in hydrated ionic liquid2022

    • 著者名/発表者名
      Fujita Kyoko、Honda Takuya、Tsukakoshi Kaori、Ohno Hiroyuki、Ikebukuro Kazunori
    • 雑誌名

      Journal of Molecular Liquids

      巻: 366 ページ: 120175-120175

    • DOI

      10.1016/j.molliq.2022.120175

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] CpG Methylation Altered the Stability and Structure of the i-Motifs Located in the CpG Islands2022

    • 著者名/発表者名
      Daiki Oshikawa, Shintaro Inaba, Yudai Kitagawa, Kaori Tsukakoshi, Kazunori Ikebukuro
    • 雑誌名

      Int J Mol Sci

      巻: 23 (12) 号: 12 ページ: 6467-6467

    • DOI

      10.3390/ijms23126467

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Enhancement of DNAzymatic activity using iterative in silico maturation2022

    • 著者名/発表者名
      Renzo A Fenati, Zifei Chen, Yasuko Yamagishi, Kaori Tsukakoshi, Kazunori Ikebukuor, Anjay Manian, Salvy P Russo, Tomohiko Yamazaki, Amanda V Ellis
    • 雑誌名

      J Mater Chem B

      巻: 10 (43) 号: 43 ページ: 8960-8969

    • DOI

      10.1039/d2tb01638a

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] Docking simulationおよびMolecular dynamics simulationを用いたペプチドリガンドのin silico panning2024

    • 著者名/発表者名
      Haruka Kawai, Daimei Miura, Sheng Tong, Ryutaro Asano, Wakako Tsugawa, Shoko Fujita, Ryuji Kawano, Takatsugu Hirokawa, Kaori Tsukakoshi, Kazunori Ikebukuro
    • 学会等名
      日本化学会第104春季年会 (2024)
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] アプタマーと抗体を用いたproximity ligation assayによるモデルマウス脳内のアミロイドβオリゴマー検出2024

    • 著者名/発表者名
      Toshiya Ibaraki, Jo Kamada, Chihiro Hosoi, Kaori Tsukakoshi, Kazunori Ikebukuro
    • 学会等名
      日本化学会第104春季年会 (2024)
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] アプタマー酵素複合体と DNAzyme を用いた迅速かつ簡便な蛍光によるウイルス検出手法の開発2024

    • 著者名/発表者名
      Yoshiki Shibazaki, Daimei Miura, Kaori Tsukakoshi, Ryutaro Asano, Kazunori Ikebukuro
    • 学会等名
      日本化学会第104春季年会 (2024)
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] メチル化DNAが鎖置換能を持つDNAポリメラーゼに与える影響2024

    • 著者名/発表者名
      Mizuki Tomizawa, Kiwako Watanabe, Kaori Tsukakoshi, Kazunori Ikebukuro
    • 学会等名
      日本化学会第104春季年会 (2024)
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] アミロイド形成タンパク質に対するアプタマーの開発と分析への応用2024

    • 著者名/発表者名
      塚越かおり、池袋一典
    • 学会等名
      電気化学会第91回大会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Development of ligands that specifically bind to oligomeric amyloid protein2023

    • 著者名/発表者名
      Kaori Tsukakoshi
    • 学会等名
      Biological Chemistry on Membranes - Understanding and Engineering -
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] アプタマー生物学を活用した脳内タンパク質の機能制御2023

    • 著者名/発表者名
      塚越 かおり
    • 学会等名
      日本化学会秋季事業 第13回 CSJ化学フェスタ2023
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 酵素活性を制御するDNAアプタマーの開発2023

    • 著者名/発表者名
      塚越かおり、池袋一典
    • 学会等名
      第96回日本生化学会大会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Detection of CpG methylation based on structural change of G-quadruplex forming DNA oligonucleotide and its binding to heme proteins2023

    • 著者名/発表者名
      Shintaro Inaba, Yudai Kitagawa, Kiwako Watanabe, Shusuke Numata, Kaori Tsukakoshi, Wakako Tsugawa, Ryutaro Asano, Kazunori Ikebukuro
    • 学会等名
      Biosensors 2023
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Improvement of G-quadruplex-forming DNA aptamer for α-synuclein oligomer by loop modification2023

    • 著者名/発表者名
      Akari Sato, Kaori Tsukakoshi, Kazunori Ikebukuro
    • 学会等名
      ISNAC 2023
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] The methylated DNA changes the rate of strand displacement DNA polymerase amplification2023

    • 著者名/発表者名
      Mizuki Tomizawa, Kiwako Watanabe, Kaori Tsukakoshi, Wakako Tsugawa, Ryutaro Asano, Kazunori Ikebukuro
    • 学会等名
      ISNAC 2023
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] SARS CoV-2 ゲノムRNAにおけるグアニン四重鎖構造が、転写と翻訳に与える影響の評価系の構築2023

    • 著者名/発表者名
      Norito Takeuchi, Kaori Tsukakoshi, Masayuki Tera, Shogo Sasaki, Rena Nohara, Kazunori Ikebukuro
    • 学会等名
      第46回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 核酸共有結合酵素の探索と特性評価および核酸-タンパク質連結モジュールとしての利用2023

    • 著者名/発表者名
      Erika Komiya, Takeru Kanazu, Shouhei Takamatsu, Kaori Tsukakoshi, Wakako Tsugawa, Koji Sode, Kazunori Ikebukuro, Ryutaro Asano
    • 学会等名
      酵素工学研究会第90回講演会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] A Biosensor Platform for On-site Virus Visualization2023

    • 著者名/発表者名
      Erika Komiya, Shouhei Takamatsu, Daimei Miura, Kaori Tsukakoshi, Wakako Tsugawa, Koji Sode, Kazunori Ikebukuro, and Ryutaro Asano
    • 学会等名
      244th ECS Meeting
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Exploration of DNA binding proteins for assembling covalently bound DNA-protein complexes and the application for biosensing system2023

    • 著者名/発表者名
      Daimei Miura, Wakana Hayashi, Kensuke Hirano, Ikkei Sasaki, Kaori Tsukakoshi, Wakako Tsugawa, Koji Sode, Kazunori Ikebukuro, and Ryutaro Asano
    • 学会等名
      244th ECS Meeting
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Virus detection and on-site visualization of infected spot by sequential enzymatic reaction between antibody-enzyme complex and aptamer-DNAzyme2023

    • 著者名/発表者名
      Erika Komiya, Shouhei Takamatsu, Daimei Miura, Kaori Tsukakoshi, Wakako Tsugawa, Koji Sode, Kazunori Ikebukuro, and Ryutaro Asano
    • 学会等名
      ISNAC 2023
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Exploration of DNA binding proteins for assembling covalently bound DNA-protein complexes and the application for biosensing system2023

    • 著者名/発表者名
      Daimei Miura, Wakana Hayashi, Kensuke Hirano, Ikkei Sasaki, Kaori Tsukakoshi, Wakako Tsugawa, Koji Sode, Kazunori Ikebukuro, and Ryutaro Asano
    • 学会等名
      ISNAC 2023
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Rapid and convenient viral detection based on sequential enzymatic reactions induced by antibody-enzyme complex and aptamer binding2022

    • 著者名/発表者名
      Daimei Miura, Wakana Hayashi, Kensuke Hirano, Ikkei Sasaki, Kaori Tsukakoshi, Wakako Tsugawa, Koji Sode, Kazunori Ikebukuro, and Ryutaro Asano
    • 学会等名
      Active Enzyme Molecule 2022
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Exploration and application of DNA binding proteins as versatile tool for fabrication of biosensing elements2022

    • 著者名/発表者名
      Erika Komiya, Shouhei Takamatsu, Kaori Tsukakoshi, Wakako Tsugawa, Koji Sode, Kazunori Ikebukuro, and Ryutaro Asano
    • 学会等名
      Active Enzyme Molecule 2022
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Screening of aptamers specifically bind to various pollens2022

    • 著者名/発表者名
      Hatsune Tanaka, Yusuke Kadoguchi, Kaori Tsukakoshi, Kazunori Ikebukuro
    • 学会等名
      The 49th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Detection of CpG methylation based on structural change of G-quadruplex forming DNA oligonucleotide and its binding to heme protein2022

    • 著者名/発表者名
      Shintaro Inaba, Yudai Kitagawa, Kiwako Watanabe, Hijiri Hasegawa, Shusuke Numata, Kaori Tsukakoshi, Wakako Tsugawa, Ryutaro Asano, Kazunori Ikebukuro
    • 学会等名
      The 49th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Proximity ligation assay using amyloid oligomer-binding aptamer with antibody indicates Aβ1-42 and Aβ3pE-42 oligomer formation in brain2022

    • 著者名/発表者名
      Kaori Tsukakoshi, Jo Kamada, Toshiya Ibaraki, Kazunori Ikebukuro
    • 学会等名
      The 49th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Anti-idiotype aptamer against Bevacizumab and its affinity change depending on pH2022

    • 著者名/発表者名
      Kazunori Ikebukuro, Taro Saito, Yutaka Shimizu, Kaori Tsukakoshi, Ryutaro Asano, Tomohiro Yamada, Tatsuki Nakano, Kodai Hara, Hitoshi Hashimoto, Kenichiro Todoroki
    • 学会等名
      The 49th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] ループ改変によるαシヌクレインオリゴマー結合アプタマーの改良2022

    • 著者名/発表者名
      佐藤星, 塚越かおり, 池袋一典
    • 学会等名
      第41回日本認知症学会学術集会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] アプタマー・抗体を用いたProximity ligation assayによる脳内Aβオリゴマーの検出2022

    • 著者名/発表者名
      塚越かおり, 茨木利哉, 鎌田晟, 池袋一典
    • 学会等名
      第41回日本認知症学会学術集会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] タンパク質機能を制御するDNAアプタマーの開発:「アプタマー生物学」の創成へ2022

    • 著者名/発表者名
      塚越 かおり, 小林 俊一, 守屋 里紗, 仲 和奏, 池袋 一典
    • 学会等名
      第41回日本認知症学会学術集会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書

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公開日: 2022-05-25   更新日: 2024-12-25  

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