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核酸および高精度分離法を利用する精密高分子の進化システム(進化システム)

計画研究

研究領域精密高分子による次世代医薬開拓
研究課題/領域番号 22H05049
研究種目

学術変革領域研究(B)

配分区分補助金
審査区分 学術変革領域研究区分(Ⅱ)
研究機関東京大学

研究代表者

吉本 敬太郎  東京大学, 大学院総合文化研究科, 准教授 (60392172)

研究分担者 坂田 飛鳥  奈良県立医科大学, 医学部, 助教(共同研究講座) (90528457)
松尾 宗征  東京大学, 大学院総合文化研究科, 特任研究員 (90869025)
長野 正展  東京大学, 大学院総合文化研究科, 特任助教 (00771619)
研究期間 (年度) 2022-05-20 – 2025-03-31
研究課題ステータス 交付 (2024年度)
配分額 *注記
26,780千円 (直接経費: 20,600千円、間接経費: 6,180千円)
2024年度: 10,270千円 (直接経費: 7,900千円、間接経費: 2,370千円)
2023年度: 10,270千円 (直接経費: 7,900千円、間接経費: 2,370千円)
2022年度: 6,240千円 (直接経費: 4,800千円、間接経費: 1,440千円)
キーワード核酸 / 分子進化工学 / 合成高分子 / 創薬 / 血液凝固疾患 / アプタマー / 血液凝固 / 高感度分析 / トロンビン / 低分子薬 / 核酸医薬 / 精密合成高分子 / 核酸アプタマー
研究開始時の研究の概要

本研究課題では、抗体・核酸医薬品の先にある、未踏の次世代型薬剤モダリティーを創出し、医薬品開発における学術的アプローチに新たな変革をもたらすことを目的とする。具体的には、精密オリゴ高分子群を分子進化工学的手法に適用可能な新規ライブラリーとして進化させ、高分子の構造情報を内包した核酸でタグ付けしたコンジュゲート分子を作製する。申請者がもつ核酸の分子認識化学の知見、確立済の分子進化工学的手法、核酸塩基配列の大規模シーケンス解析のノウハウ等を総動員し、構築した核酸タグ付きコンジュゲート分子を用いて標的ペプチドやタンパク質に対して高い親和性をもつ精密高分子のスクリーニングを行う。

研究実績の概要

本変革研究では、抗体・核酸医薬品の先にある、未踏の次世代型薬剤モダリティーを創出し、医薬品開発における学術的アプローチに新たな変革をもたらすため、精密オリゴ高分子の薬剤モダリティーとしての潜在能力を明らかとするとともに、最大限まで引き出すことを目標としている。
申請者が確立した粒子導入型キャピラリー電気泳動分離法(magnetic beads-assistedcapillary electrophoresis: MACE)をDNAコード化ケミカルライブラリー(DEL)に適用可能か検証を行うため、高い選択圧がかかるペプチド-オリゴヌクレオチド複合体(POC)の分離を評価した。検討した三種のペプチドの電荷特性は異なるが、すべてのPOCはビーズから十分に分離でき、タグ付きDNA増幅はリガンド/ターゲットのカップルでのみ観察され、MACEを使用してペプチドリガンドの巧妙な特異的分配が達成されたことが示唆された(Analytical Biochemistry, 2024)。
また、抗トロンビンDNAアプタマーM08s-1を有望な抗凝固剤として用い、そのホモ二量体とTBA29を連結したヘテロ二量体を設計した。二量体化されたM08s-1ベースのアプタマーは、モノマーの対応物と比較して、ヒトおよびマウスのトロンビンに対する結合親和性が約100倍高かった。この二価アプタマーをマウスに投与したところ、二量体の抗凝固活性が既存薬のアルガトロバンを有意に上回ることが明らかになった(Molecular Therapy -Nucleic Acids, 2023)。
さらに、M08s-1とトロンビン複合体の結晶構造解析に成功し、同アプタマーの極めてユニークな分子内捻れ構造の存在が明らかとなった(Nucleic Acids Research, 2023)。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

本年度の目標であった、DELとMACE分離法の融合検証が達成されたため。現在、A01班で構築中の精密合成高分子ライブラリが完成次第、検証を開始する状態にある。

今後の研究の推進方策

抗体・核酸医薬品の先にある、未踏の次世代型薬剤モダリティーを創出し、医薬品開発における学術的アプローチに新たな変革をもたらすため、精密オリゴ高分子の薬剤モダリティーとしての潜在能力を明らかとするとともに、最大限まで引き出すことを目標としている。
本計画班(A02班)では、星野グループ(A01班)で獲得する精密オリゴ高分子群を分子進化工学的手法に適用可能な新規ライブラリーとして進化させ、高分子の構造情報を内包した核酸または核酸アプタマーでタグ付けしたコンジュゲート分子を作製する。さらに、申請者が核酸の分子認識化学の知見、確立済の分子進化工学的手法、核酸塩基配列の大規模シーケンス解析のノウハウ等を総動員し、構築した核酸タグ付きコンジュゲート分子を用いてペプチドやタンパク質に対して高い親和性をもつ精密高分子のスクリーニングを行う。

報告書

(2件)
  • 2023 実績報告書
  • 2022 実績報告書
  • 研究成果

    (19件)

すべて 2024 2023 2022 その他

すべて 国際共同研究 (2件) 雑誌論文 (5件) (うち国際共著 1件、 査読あり 5件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (6件) (うち国際学会 1件、 招待講演 5件) 備考 (6件)

  • [国際共同研究] フェデリコ2世・ナポリ大学(イタリア)

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [国際共同研究] フェデリコ2世・ナポリ大学(イタリア)

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [雑誌論文] Proficiently partitioning of bioactive peptide-ssDNA conjugates by microbead-assisted capillary electrophoresis (MACE)2024

    • 著者名/発表者名
      Matsuo Muneyuki、Wakui Koji、Inami Yuuki、Furukawa Akihiro、Sato Seiji、Yoshimoto Keitaro
    • 雑誌名

      Analytical Biochemistry

      巻: 687 ページ: 115452-115452

    • DOI

      10.1016/j.ab.2023.115452

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A neutralizable dimeric anti-thrombin aptamer with potent anticoagulant activity in mice2023

    • 著者名/発表者名
      Masanobu Nagano , Kazuki Kubota , Asuka Sakata , Rei Nakamura , Toru Yoshitomi , Koji Wakui , Keitaro Yoshimoto
    • 雑誌名

      Molecular Therapy - Nucleic Acids

      巻: - ページ: 762-772

    • DOI

      10.1016/j.omtn.2023.07.038

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Steric hindrance and structural flexibility shape the functional properties of a guanine-rich oligonucleotide2023

    • 著者名/発表者名
      Troisi Romualdo、Napolitano Valeria、Rossitto Emanuele、Osman Waleed、Nagano Masanobu、Wakui Koji、Popowicz Grzegorz?M、Yoshimoto Keitaro、Sica Filomena
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 51 号: 16 ページ: 8880-8890

    • DOI

      10.1093/nar/gkad634

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Discovery of a Highly Specific Anti-methotrexate (MTX) DNA Aptamer for Antibody-Independent MTX Detection2022

    • 著者名/発表者名
      Nagano Masanobu、Toda Takumi、Makino Kurumi、Miki Hiroko、Sugizaki Yoshiaki、Tomizawa Hideyuki、Isobayashi Atsunobu、Yoshimoto Keitaro
    • 雑誌名

      Analytical Chemistry

      巻: 94 号: 49 ページ: 17255-17262

    • DOI

      10.1021/acs.analchem.2c04182

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Evaluation of G-quartet-forming deoxyguanines in antiparallel G-quadruplexes using optical spectroscopy and deoxyguanine-to-deoxythymidine scanning2022

    • 著者名/発表者名
      Nagano Masanobu、Nakano Sosuke、Yoshimoto Keitaro
    • 雑誌名

      Analytical Biochemistry

      巻: 658 ページ: 114903-114903

    • DOI

      10.1016/j.ab.2022.114903

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Therapeutic and Diagnostic Agents Based on Bispecific Aptamers Constructed by Natural DNA Aptamers Identified by MACE-SELEX2023

    • 著者名/発表者名
      Keitaro Yoshimoto
    • 学会等名
      2023 KSBB Fall Meeting and International Symposium
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 診断・治療薬としての二重特異性DNAアプタマー2023

    • 著者名/発表者名
      吉本 敬太郎
    • 学会等名
      第116回応用化学セミナー
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 診断薬・治療薬としての二重特異性DNAアプタマー2023

    • 著者名/発表者名
      吉本 敬太郎
    • 学会等名
      Cheminas48
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] アンタゴニストおよびアゴニスト型DNAアプタマーの医療応用を目指して2022

    • 著者名/発表者名
      吉本 敬太郎
    • 学会等名
      第18回 基礎医学教育協議会合同講演会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 血液疾患に対する核酸アプタマー治療薬2022

    • 著者名/発表者名
      吉本敬太郎
    • 学会等名
      第17回 ナノ・バイオメディカル学会大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] トロンビン結合性二価アプタマーの設計とその抗血液凝固作用の制御2022

    • 著者名/発表者名
      窪田 和貴
    • 学会等名
      第17回 ナノ・バイオメディカル学会大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [備考] EurekAlert!

    • URL

      https://www.eurekalert.org/news-releases/999069

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [備考] AlphaGalileo

    • URL

      https://www.alphagalileo.org/en-gb/Item-Display/ItemId/236585

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [備考] 東京大学 PRESS RELEASES

    • URL

      https://www.u-tokyo.ac.jp/focus/ja/press/z0109_00090.html

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [備考] 東京大学 PRESS RELEASES

    • URL

      https://www.u-tokyo.ac.jp/focus/ja/press/z0109_00089.html

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [備考] 医工連携の実践者85 核酸アプタマーの伝道師

    • URL

      https://iyakukeizai.com/iyakukeizaiweb/detail/177433

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [備考] バイスペシフィックアプタマーを用いる抗体に依存しない抗がん剤検出法の開発

    • URL

      https://www.c.u-tokyo.ac.jp/info/news/topics/20230123000000.html

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書

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公開日: 2022-05-25   更新日: 2024-12-25  

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