集団遺伝学理論と比較ゲノムによる非コードＤＮＡ領域の進化メカニズム

• 研究領域: ゲノムを支える非コードＤＮＡ領域の機能
• 研究課題/領域番号: 23114004
• 研究種目: 新学術領域研究(研究領域提案型)
• 配分区分: 補助金
• 審査区分: 生物系
• 研究機関: 総合研究大学院大学
• 研究代表者: 印南 秀樹 総合研究大学院大学, その他の研究科, 准教授 (90444140)
• 研究期間 (年度): 2011-04-01 – 2016-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2015年度)
• 配分額: 78,910千円 (直接経費: 60,700千円、間接経費: 18,210千円); 2015年度: 13,910千円 (直接経費: 10,700千円、間接経費: 3,210千円); 2014年度: 13,910千円 (直接経費: 10,700千円、間接経費: 3,210千円); 2013年度: 14,690千円 (直接経費: 11,300千円、間接経費: 3,390千円); 2012年度: 14,430千円 (直接経費: 11,100千円、間接経費: 3,330千円); 2011年度: 21,970千円 (直接経費: 16,900千円、間接経費: 5,070千円)
• キーワード: 集団遺伝 / ゲノム進化 / 非コード領域 / 進化 / ゲノム

研究成果の概要

本研究は、真核生物の大部分を占める非コード領域におけるゲノム進化のメカニズムを解明するものである。集団遺伝学および分子進化学の理論を構築するとともに、それらを多種多様なゲノムに適用した。研究対象になった種は、分裂酵母、イネ、ヒトなどの霊長類、シロイヌナズナなどの植物を含む。これらの研究から、非コード領域には非常に強い淘汰にさらされている領域が多数存在することがわかった。これは、非コード領域も細胞を維持する上で重要な役割を担っていることを示唆している。

研究成果

• [雑誌論文] Evaluating the performance of neutrality tests of a local community using a niche-structured simulation model. (2015)
  • 著者名/発表者名: Takeuchi, Y., and H. Innan
  • 雑誌名: Oikos 巻: 124 号: 9 ページ: 1203-1214
  • DOI: 10.1111/oik.01703
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Spreading good news (2015)
  • 著者名/発表者名: Fawcett, J. A., and H. Innan
  • 雑誌名: eLife 巻: 4
  • DOI: 10.7554/elife.05899
  • オープンアクセス
• [雑誌論文] Spreading good news (2015)
  • 著者名/発表者名: Jeffrey A. Fawcett, Hideki Innan
  • 雑誌名: eLife 巻: 4
  • DOI: 10.7554/elife.07108
  • オープンアクセス
• [雑誌論文] Population genomics of the fission yeast Schizosaccharomyces pombe (2014)
  • 著者名/発表者名: Jeffrey A. Fawcett, Tetsushi Iida, Shohei Takuno, Ryuichi P. Sugino, Tomoyuki Kado, Kazuto Kugou, Sachiko Mura, Takehiko Kobayashi, Kunihiro Ohta, Jun-ichi Nakayama, Hideki Innan
  • 雑誌名: PLOS ONE 巻: 9 号: 8 ページ: e104241-e104241
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0104241
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Divergent selection for opsin gene variation in guppy (Poecilia reticulata) populations of Trinidad and Tobago (2014)
  • 著者名/発表者名: Tezuka, A., Kasagi, S., van Oosterhout, C., McMullan, M., Iwasaki, W. M., Kasai,D., Yamamichi, M., Innan, H., Kawamura, S. and Kawata, M.
  • 雑誌名: Heredity 巻: (Published Online) 号: 5 ページ: 381-389
  • DOI: 10.1038/hdy.2014.35
  • 査読あり
• [雑誌論文] Meiotic recombination cold spots in chromosomal cohesion sites (2014)
  • 著者名/発表者名: Masaru Ito, Kazuto Kugou, Jeffrey A. Fawcett, Sachiko Mura, Sho Ikeda, Hideki Innan, Kunihiro Ohta
  • 雑誌名: Genes to Cells 巻: (Published online) 号: 5 ページ: 359-378
  • DOI: 10.1111/gtc.12138
  • 査読あり
• [雑誌論文] The linkage method, a novel approach for SNP detection and haplotype reconstruction from a single diploid individual with next generation sequence data (2013)
  • 著者名/発表者名: Sasaki, E., Sugino, R. P., and H. Innan
  • 雑誌名: Mol. Biol. Evol. 巻: 30 号: 9 ページ: 2187-2196
  • DOI: 10.1093/molbev/mst103
  • 査読あり
• [雑誌論文] Competition between the sperm of a single male can increase the evolutionary rate of haploid expressed genes (2013)
  • 著者名/発表者名: Ezawa, K., and H. Innan
  • 雑誌名: Genetics 巻: 194 号: 3 ページ: 709-719
  • DOI: 10.1534/genetics.113.152066
  • 査読あり
• [雑誌論文] Population genetics and molecular evolution of DNA sequences in Transposable elements. I. A simulation framework (2013)
  • 著者名/発表者名: Kijima, TE, and H. Innan
  • 雑誌名: Genetics 巻: 195 号: 3 ページ: 957-967
  • DOI: 10.1534/genetics.113.150292
  • 査読あり
• [雑誌論文] The role of gene conversion in preservation of rearrangement hotspots in the human genome. (2013)
  • 著者名/発表者名: Fawcett, J. A., and H. Innan
  • 雑誌名: Trends in Genetics 巻: 29 号: 10 ページ: 561-568
  • DOI: 10.1016/j.tig.2013.07.002
  • 査読あり
• [雑誌論文] Natural selection on gene order in the genome re-organization process after whole genome duplication of yeast (2012)
  • 著者名/発表者名: Sugino, R. P., and H. Innan
  • 雑誌名: Mol. Biol. Evol. 巻: 29 号: 1 ページ: 71-79
  • DOI: 10.1093/molbev/msr118
  • 査読あり
• [雑誌論文] An autosomal analysis gives no genetic evidence for complex speciation of humans and chimpanzees (2012)
  • 著者名/発表者名: 山道真人、五條堀淳、印南秀樹
  • 雑誌名: Molecular Biology and Evolution 巻: 29巻 号: 1 ページ: 145-156
  • DOI: 10.1093/molbev/msr172
  • 査読あり
• [雑誌論文] Population genomics in Bacteria: A case study of Staphylococcus aureus (2012)
  • 著者名/発表者名: Takuno, S., Kado, T., Sugino, R. P., Nakhleh, and H. Innan
  • 雑誌名: Mol. Biol. Evol. 巻: 29 号: 2 ページ: 797-809
  • DOI: 10.1093/molbev/msr249
• [雑誌論文] The coalescent with selection on copy number variants (2012)
  • 著者名/発表者名: KM. Teshima, H.Innan
  • 雑誌名: Genetics 巻: 190 号: 3 ページ: 1077-1086
  • DOI: 10.1534/genetics.111.135343
  • 査読あり
• [雑誌論文] Modeling evolutionary growth of a microRNA-mediated regulation system (2012)
  • 著者名/発表者名: Akita Tetsuya, Takuno Shohei, Tnngn Hirloki
  • 雑誌名: Journal of Theoretical Biology 巻: 311 ページ: 54-65
  • DOI: 10.1016/j.jtbi.2012.07.011
  • 査読あり
• [雑誌論文] Neutral and non-neutral evolution of duplicated genes with gene conversion (2011)
  • 著者名/発表者名: Fawcett, J. A.
  • 雑誌名: Genes 巻: 2 号: 1 ページ: 191-209
  • DOI: 10.3390/genes2010191
  • 査読あり
• [雑誌論文] The rate and tract length of gene conversion between duplicated genes (2011)
  • 著者名/発表者名: Mansai, S. P.
  • 雑誌名: Genes 巻: 2 号: 2 ページ: 313-331
  • DOI: 10.3390/genes2020313
  • 査読あり
• [雑誌論文] Selection fine tunes the expression of microRNA target genes in Arabidopsis thaliana. (2011)
  • 著者名/発表者名: Takuno, S.
  • 雑誌名: Mol. Biol. Evol. 巻: 28 号: 9 ページ: 2429-2434
  • DOI: 10.1093/molbev/msr084
  • 査読あり
• [図書] ゲノム進化メカニズムと情報学的解析 (2015)
  • 著者名/発表者名: 岩嵜航、印南秀樹
  • 総ページ数: 12
  • 出版者: 化学同人