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小分子-生体システム相互作用の分子階層における統合的解析

計画研究

研究領域統合的多階層生体機能学領域の確立とその応用
研究課題/領域番号 23136102
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 複合領域
研究機関京都大学

研究代表者

山下 富義  京都大学, 薬学研究科(研究院), 准教授 (30243041)

研究分担者 新島 聡  京都大学, 薬学研究科, 助教 (30456834)
猪口 明博  関西学院大学, 理工学部, 准教授 (70452456)
連携研究者 奥野 恭史  京都大学, 医学研究科, 教授 (20283666)
伊藤 貴之  お茶の水女子大学, 人間文化創成科学研究科, 教授 (80401595)
研究期間 (年度) 2011-04-01 – 2015-03-31
研究課題ステータス 完了 (2014年度)
配分額 *注記
30,420千円 (直接経費: 23,400千円、間接経費: 7,020千円)
2014年度: 9,620千円 (直接経費: 7,400千円、間接経費: 2,220千円)
2013年度: 10,140千円 (直接経費: 7,800千円、間接経費: 2,340千円)
2012年度: 10,660千円 (直接経費: 8,200千円、間接経費: 2,460千円)
キーワード生体生命情報学 / 薬物動態 / 構造活性相関 / 薬剤反応性 / 酵素誘導 / 生理学的モデル / テキストマイニング / モデル化 / 分子間相互作用
研究成果の概要

小分子の体内挙動は階層構造を持った生体システムとの物理的な相互作用の総体であり、その最も最下層で起こるイベントが分子間相互作用である。本研究ではまず、薬物小分子と薬物動態関連タンパク質との相互作用に関する網羅的な情報収集および構造活性相関解析の方法を確立した。さらに、酵素誘導を伴う薬物間相互作用の予測研究を中心に、薬物小分子が分子階層での相互作用から全身動態に及ぼす影響を予測する方法を開発し、汎用生体機能モデリング・シミュレーションプラットフォーム上で生体現象の再現に成功した。

報告書

(5件)
  • 2014 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2013 実績報告書
  • 2012 実績報告書
  • 2011 実績報告書
  • 研究成果

    (34件)

すべて 2015 2014 2013 2012 2011

すべて 雑誌論文 (11件) (うち査読あり 10件、 オープンアクセス 3件、 謝辞記載あり 2件) 学会発表 (22件) (うち招待講演 4件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] Multiple linear regression analysis indicates association of P-glycoprotein substrate or inhibitor character with bitterness intensity, measured with a sensor2015

    • 著者名/発表者名
      Kentaro Yano, Suzune Mita, Kaori Morimoto, Tamami Haraguchi, Hiroshi Arakawa, Miyako Yoshida, Fumiyoshi Yamashita, Takahiro Uchida, Takuo Ogihara
    • 雑誌名

      Journal of Pharmaceutical Sciences

      巻: 104 号: 9 ページ: 2789-2794

    • DOI

      10.1002/jps.24232

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Artificial neural network analysis for predicting human percutaneous absorption taking account of vehicle properties2015

    • 著者名/発表者名
      Tomomi Atobe, Masaaki Mori, Fumiyoshi Yamashita, Mitsuru Hashida, Hirokazu Kouzuki
    • 雑誌名

      The Journal of Toxicological Sciences

      巻: 40 号: 2 ページ: 277-294

    • DOI

      10.2131/jts.40.277

    • NAID

      130004904033

    • ISSN
      0388-1350, 1880-3989
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Self-assembling lipid modified glycol-split heparin nanoparticles suppress lipopolysaccharide-induced inflammation through TLR4-NF-κB signaling2014

    • 著者名/発表者名
      Hasan Babazada, Fumiyoshi Yamashita, Shinya Yanamoto, Mitsuru Hashida
    • 雑誌名

      Journal of Controlled Release

      巻: 194 ページ: 332-340

    • DOI

      10.1016/j.jconrel.2014.09.011

    • NAID

      120005512273

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Suppression of experimental arthritis with self-assembling glycol-split heparin nanoparticles via inhibition of TLR4-NF-κB signaling2014

    • 著者名/発表者名
      Hasan Babazada, Fumiyoshi Yamashita, Mitsuru Hashida
    • 雑誌名

      Journal of Controlled Release

      巻: 194 ページ: 295-300

    • DOI

      10.1016/j.jconrel.2014.09.015

    • NAID

      120005512274

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] 薬物代謝酵素の誘導に基づく薬物間相互作用の予測2014

    • 著者名/発表者名
      吉田秀哉、山下富義
    • 雑誌名

      Drug Delivery System

      巻: 29 ページ: 417-425

    • NAID

      130004874241

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [雑誌論文] Bilinear Model for the Size-Dependency of the CYP3A4 Inhibitory Activity of Structurally Diverse Compounds2014

    • 著者名/発表者名
      Peter Buchwald, Fumiyoshi Yamashita
    • 雑誌名

      Molecular Informatics

      巻: 33 号: 1 ページ: 8-14

    • DOI

      10.1002/minf.201300132

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Modeling of rifampicin-induced CYP3A4 activation dynamics for the prediction of clinical drug-drug interactions from in vitro data2013

    • 著者名/発表者名
      Fumiyoshi Yamashita, Yukako Sasa, Shuya Yoshida, Akihiro Hisaka, Yoshiyuki Asai, Hiroaki Kitano, Mitsuru Hashida, Hiroshi Suzuki
    • 雑誌名

      PLoS One

      巻: 8(9) 号: 9 ページ: 1-11

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0070330

    • NAID

      120005343920

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Automated extraction of information on chemical-P-glycoprotein interactions from the literature2013

    • 著者名/発表者名
      Shuya Yoshida, Fumiyoshi Yamashita, Atsushi Ose, Kazuya Maeda, Yuichi Sugiyama, Mitsuru Hashida
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Information and Modeling

      巻: 53 号: 10 ページ: 2506-2510

    • DOI

      10.1021/ci4003188

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The Role of Inter-segmental Differences in P-glycoprotein Expression and Activity along the Rat Small Intestine in Causing the Double-peak Phenomenon of Substrate Plasma Concentration2013

    • 著者名/発表者名
      Sho Wada, Takashi Kano,Suzune Mita, Yoko Idota, Kaori Morimoto, Fumiyoshi Yamashita, Takuo Ogihara
    • 雑誌名

      Drug Metabolism and Pharmacokinetics

      巻: 28 号: 2 ページ: 98-103

    • DOI

      10.2133/dmpk.DMPK-12-RG-005

    • NAID

      130004933523

    • ISSN
      1347-4367, 1880-0920
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structure-Activity Relationship Modeling for Predicting Interactions with Pregnane X Receptor by Recursive Partitioning2012

    • 著者名/発表者名
      Shuya Yoshida, Fumiyoshi Yamashita, Takayuki Itoh, Mitsuru Hashida
    • 雑誌名

      Drug Metabolism and Pharmacokinetics

      巻: 27 号: 5 ページ: 506-512

    • DOI

      10.2133/dmpk.DMPK-11-RG-159

    • NAID

      130004463279

    • ISSN
      1347-4367, 1880-0920
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書 2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Chemogenomic approach to comprehensive predictions of ligand-target interactions: a comparative study2012

    • 著者名/発表者名
      J.B. Brown, S. Niijima, A. Shiraishi, M. Nakatsui, Y. Okuno
    • 雑誌名

      Proceedings of IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM 2012), Workshop on Pharmaco-informatics for Drug Discovery (PIDD 2012)

      巻: 1 ページ: 136-142

    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] In vitro-in vivo補外予測によりin vivo動態試験のサンプリングコストを低減できるか?2015

    • 著者名/発表者名
      山下富義、酒井千賀、橋田 充
    • 学会等名
      日本薬学会第135年会
    • 発表場所
      神戸サンボーホール(神戸)
    • 年月日
      2015-03-26
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] 2 型リアノジン受容体の不整脈原性変異はCICR 活性と細胞内Ca2+動態にどのような影響を及ぼすか?2015

    • 著者名/発表者名
      呉林なごみ、村山尚、太田亮作、山下富義、鈴木純二、金丸和典、飯野正光、櫻井隆
    • 学会等名
      第88回日本薬理学会年会
    • 発表場所
      名古屋国際会議場(名古屋)
    • 年月日
      2015-03-20
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] 薬物動態学的相互作用の予測を目指した多階層生体モデリング2015

    • 著者名/発表者名
      山下富義
    • 学会等名
      第88回日本薬理学会年会
    • 発表場所
      名古屋国際会議場(名古屋)
    • 年月日
      2015-03-19
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 自己組織化ヘパリン誘導体の抗炎症作用と構造活性相関2014

    • 著者名/発表者名
      山下富義、Hasan Babazada、酒井千賀、橋田充
    • 学会等名
      第42回構造活性相関シンポジウム
    • 発表場所
      くまもと森都心プラザ (熊本)
    • 年月日
      2014-11-14
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Computer-aided full-automatic construction of covariate models in population pharmacokinetic analysis2014

    • 著者名/発表者名
      Fumiyoshi Yamashita, Shuya Yoshida, Mitsuru Hashida
    • 学会等名
      Joint Scientific Meeting: 29th JSSX Meeting and 19th North American ISSX Meeting
    • 発表場所
      Hilton San Francisco Union Square (San Francisco)
    • 年月日
      2014-10-22
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Modeling and prediction of cytochrome P450 induction-mediated drug-drug interaction2014

    • 著者名/発表者名
      Fumiyoshi Yamashita
    • 学会等名
      11th France-Japan DDS Symposium
    • 発表場所
      淡路夢舞台国際会議場(淡路)
    • 年月日
      2014-10-06
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Automated information extraction and structure-activity relationship analysis of cytochrome P450 substrates2013

    • 著者名/発表者名
      Fumiyoshi Yamashita
    • 学会等名
      9th Retrometabolism Based Drug Design and Targeting Conference
    • 発表場所
      The Villas of Grand Cypress Orlando, Orlando
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Impact and application of data mining in ADME researches2013

    • 著者名/発表者名
      山下富義
    • 学会等名
      日本薬物動態学会第28回年会
    • 発表場所
      タワーホール船堀(東京)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 遺伝的数式プログラミング法を用いたCYP3A4阻害活性に対する構造活性相関解析2013

    • 著者名/発表者名
      吉田秀哉、藤田淳人、山下富義、橋田 充
    • 学会等名
      日本薬物動態学会第28回年会
    • 発表場所
      タワーホール船堀(東京)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] 多階層生体機能モデリング・シミュレーションプラットフォームを利用した酵素誘導型薬物間相互作用シミュレータの開発2013

    • 著者名/発表者名
      山下富義、笹 友香子、吉田秀哉、樋坂章博、浅井義之、北野宏明、橋田 充、鈴木洋史
    • 学会等名
      第29回Population Pharmacokinetics研究会
    • 発表場所
      慶応大学日吉キャンパス(横浜)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] 情報科学的アプローチによる薬物動態の予測2013

    • 著者名/発表者名
      山下富義
    • 学会等名
      第57回日本薬学会関東支部大会
    • 発表場所
      帝京大学板橋キャンパス(東京)
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 遺伝的数式プログラミング法によるCYP3A4阻害活性予測モデルの構築2012

    • 著者名/発表者名
      藤田淳人、山下富義、橋田 充
    • 学会等名
      日本動物実験代替法学会第25回大会
    • 発表場所
      慶應義塾大学薬学部(東京都)
    • 年月日
      2012-12-07
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] P-glycoprotein輸送基質に関する構造活性相関解析2012

    • 著者名/発表者名
      吉田秀哉、山下富義、尾瀬淳、前田和也、杉山雄一、橋田充
    • 学会等名
      日本動物実験代替法学会第25回大会
    • 発表場所
      慶應義塾大学薬学部(東京都)
    • 年月日
      2012-12-07
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Dissecting kinase profiling data to predict activity and understand cross-reactivity of kinase inhibitors2012

    • 著者名/発表者名
      S. Niijima, A. Shiraishi, Y. Okuno
    • 学会等名
      3rd Strasbourg Summer School in Chemoinformatics
    • 発表場所
      Universite de Strasbourg (Strasbourg, France)
    • 年月日
      2012-06-25
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Chemical genomic analysis of cross-reactivity in endogenous GPCR-mediated pathways2012

    • 著者名/発表者名
      A. Shiraishi, S. Niijima, Y. Okuno
    • 学会等名
      3rd Strasbourg Summer School in Chemoinformatics
    • 発表場所
      Universite de Strasbourg (Strasbourg, France)
    • 年月日
      2012-06-25
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] 再帰分割法を用いた化合物/Pregnane X receptor間相互作用に関する構造活性相関解析2012

    • 著者名/発表者名
      吉田秀哉、山下富義、橋田 充
    • 学会等名
      日本薬剤学会第27年会
    • 発表場所
      神戸国際会議場(兵庫県)
    • 年月日
      2012-05-24
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] In Silico Pharmacokinetics : from QSAR to PK Modeling2012

    • 著者名/発表者名
      Fumiyoshi Yamashita
    • 学会等名
      1st HD Physiology International Symposium : Integrative Multi-level Systems Biology for In silico Cardiology and Pharmacokinetics
    • 発表場所
      東京大学(東京都)
    • 年月日
      2012-01-21
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Prediction of drug-drug interactions with rifampicin based on dynamics of induction of cytochrome P450 3A42012

    • 著者名/発表者名
      Y. Sasa, F. Yamashita, M. Hashida
    • 学会等名
      第28回Population Pharmacokinetics研究会
    • 発表場所
      臨床研究情報センター(兵庫県)
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Chemoinformatic Modeling for Discriminating Pregnane X Receptor Activators2012

    • 著者名/発表者名
      Shuya Yoshida, Fumiyoshi Yamashita
    • 学会等名
      1st HD Physiology International Symposium : Integrative Multi-level Systems Biology for In silico Cardiology and Pharmacokinetics
    • 発表場所
      東京大学(東京都)
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Pharmacokinetic Modeling Considering Dynamics of Induction of Drug Metabolizing Enzymes2012

    • 著者名/発表者名
      Yukako Sasa, Fumiyoshi Yamashita
    • 学会等名
      1st HD Physiology International Symposium : Integrative Multi-level Systems Biology for In silico Cardiology and Pharmacokinetics
    • 発表場所
      東京大学(東京都)
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] In Silico Prediction of Pregnane X Receptor Activators by Classification Tree Model2011

    • 著者名/発表者名
      Fumiyoshi Yamashita, Shuya Yoshida, Mitsuru Hashida
    • 学会等名
      The 8th AFMC International Medicinal Chemistry Symposium
    • 発表場所
      京王プラザホテル(東京都)
    • 年月日
      2011-12-01
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] 進化的アルゴリズムを利用した母集団薬物動態モデル構築の自動化2011

    • 著者名/発表者名
      笹友香子、山下富義、橋田充
    • 学会等名
      第4回日本ファーマコメトリクス研究会
    • 発表場所
      昭和大学(東京都)
    • 年月日
      2011-09-03
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [図書] Dr. 北野のゼロから始めるシステムバイオロジー 第10講 PhysioDesignerによる生理機能の多階層モデル構築とシミュレーション2015

    • 著者名/発表者名
      浅井義之、山下富義
    • 出版者
      羊土社
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書

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公開日: 2013-05-15   更新日: 2019-07-29  

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