ウイルスー宿主攻防の数理科学解析

• 研究領域: ウイルス感染現象における宿主細胞コンピテンシーの分子基盤
• 研究課題/領域番号: 24115008
• 研究種目: 新学術領域研究(研究領域提案型)
• 配分区分: 補助金
• 審査区分: 生物系
• 研究機関: 総合研究大学院大学
• 研究代表者: 佐々木 顕 総合研究大学院大学, 先導科学研究科, 教授 (90211937)
• 研究分担者: 小柳 義夫 京都大学, ウイルス研究所, 教授 (80215417)
• 研究期間 (年度): 2012-06-28 – 2017-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2016年度)
• 配分額: 117,520千円 (直接経費: 90,400千円、間接経費: 27,120千円); 2016年度: 22,620千円 (直接経費: 17,400千円、間接経費: 5,220千円); 2015年度: 24,440千円 (直接経費: 18,800千円、間接経費: 5,640千円); 2014年度: 24,570千円 (直接経費: 18,900千円、間接経費: 5,670千円); 2013年度: 24,310千円 (直接経費: 18,700千円、間接経費: 5,610千円); 2012年度: 21,580千円 (直接経費: 16,600千円、間接経費: 4,980千円)
• キーワード: ウイルスと宿主の共進化 / ヒト化マウス / APOBEC / Vif / cell-to-cell感染 / マルチトロピズム / ネットワーク理論 / 時系列解析 / A3H多型 / Vif多型 / 感染実験 / R0中心性 / 感染部位ネットワーク / トロピズム / HIV / 宿主内感染ダイナミクス / ウイルス増殖 / 進化 / 数理モデル / 免疫不全ウイルス / APOBEC3G / 共進化 / エラー・カタストロフ / hyper-mutation / ワード分布 / 擬種動態 / 基本再生産数 / ウイルス / 免疫 / 感染過程 / APOBECK3G / エラーカタストロフ / 抗原連続変異

研究成果の概要

ヒトの抗レトロウイルス蛋白質であるAPOBEC3G(A3G)と，それを拮抗阻害するHIV-1 Vifの共進化の数理モデル化を行い，Vif/A3G発現量の軍拡競争や共進化的振動の起こる条件を理論的に示した．また，宿主体内の複数部位で増殖するウイルスに対する最適な介入戦略をネットワーク動態の解析で明らかにした．
cell-to-cell感染を排除したHIV-1の感染実験と通常の培養実験の時系列データ解析により，cell-free感染とcell-to-cell感染の寄与率を定量化した．また，HIV-1制御因子A3Hの多型とVif多型の進化的なダイナミズムを，感染実験により明らかにした．

研究成果

• [雑誌論文] Partitioning light spectra: adaptive stratification of phytobenthic communities in Antarctic lakes (2017)
  • 著者名/発表者名: Sasaki A, and Mizuno A
  • 雑誌名: J Theor Biol 巻: in press ページ: 1-10
  • DOI: 10.1016/j.jtbi.2017.04.022
  • 査読あり
• [雑誌論文] Functional mutations in spike glycoprotein of Zaire ebolavirus associated with an increase in infection efficiency. (2017)
  • 著者名/発表者名: Ueda MT, Kurosaki Y, Izumi T, Nakano Y, Oloniniyi OK, Yasuda J, Koyanagi Y, Sato K, Nakagawa S.
  • 雑誌名: Genes Cells. 巻: 22 号: 2 ページ: 148-159
  • DOI: 10.1111/gtc.12463
  • NAID: 120006888505
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Feline immunodeficiency virus evolutionarily acquires two proteins, Vif and protease, capable of antagonizing feline APOBEC3. (2017)
  • 著者名/発表者名: Yoshikawa R, Takeuchi J, Yamada E, Nakano Y, Misawa N, Kimura Y, Ren F, Miyazawa T, Koyanagi Y, Sato K.
  • 雑誌名: J Virol 巻: JVI.00250-17 号: 11
  • DOI: 10.1128/jvi.00250-17
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Various plus unique: Viral protein U as a plurifunctional protein for HIV-1 replication (2017)
  • 著者名/発表者名: Soper A, Juarez-Fernandez G, Aso H, Moriwaki M, Yamada E, Nakano Y, Koyanagi Y, Sato K.
  • 雑誌名: Exp Biol Med 巻: 242 号: 8 ページ: 850-858
  • DOI: 10.1177/1535370217697384
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] HIV-1 competition experiments in humanized mice show that APOBEC3H imposes selective pressure and promotes virus adaptation. (2017)
  • 著者名/発表者名: Nakano Y, Misawa N, Juarez-Fernandez G, Moriwaki M, Nakaoka S, Funo T, Yamada E, Soper A, Yoshikawa R, Ebrahimi D, Tachiki Y, Iwami S, Harris RS, Koyanagi Y, Sato K.
  • 雑誌名: PLoS Pathogens 巻: in press
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] A conflict of interest: the evolutionary arms race between mammalian APOBEC3 and lentiviral Vif (2017)
  • 著者名/発表者名: Nakano Y, Aso H, Soper A, Yamada E, Moriwaki M, Juarez-Fernandez G, Koyanagi Y, Sato K,
  • 雑誌名: Retrovirology 巻: in press
  • 査読あり
• [雑誌論文] Spotting epidemic keystones by R0 sensitivity analysis: High-risk stations in the Tokyo metropolitan area (2016)
  • 著者名/発表者名: Yashima K, and Sasaki A
  • 雑誌名: PLoS ONE 巻: 11:e0162406 号: 9 ページ: e0162406-e0162406
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0162406
  • NAID: 120006667796
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Evolutionary branching under multi-dimensional evolutionary constraints (2016)
  • 著者名/発表者名: Ito H, and Sasaki A
  • 雑誌名: J Theor Biol 巻: 407 ページ: 409-428
  • DOI: 10.1016/j.jtbi.2016.07.011
  • NAID: 120006629849
  • 査読あり
• [雑誌論文] Characterization of RyDEN (C19orf66) as an Interferon-Stimulated Cellular Inhibitor against Dengue Virus Replication. (2016)
  • 著者名/発表者名: Suzuki Youichi, Chin Weixin, Han Qien, Ichiyama Koji, Lee Ching, Eyo Zhin, Ebina Hirotaka, Takahashi Hirotaka, Takahashi Chikako, Tan Beng, Hishiki Takayuki, Ohba Kenji, Matsuyama Toshifumi, Koyanagi Yoshio, Tan Yee, Sawasaki Tatsuya, Chu Justin, Vasudevan Subhash, Sano Kouichi, Yamamoto Naoki.
  • 雑誌名: PLoS Pathog 巻: 6;12(1) 号: 1 ページ: e1005357-e1005357
  • DOI: 10.1371/journal.ppat.1005357
  • NAID: 120005763386
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Perspectives of genome-editing technologies for HIV therapy (2016)
  • 著者名/発表者名: Ebina H, Gee P., Koyanagi Y
  • 雑誌名: Current HIV Research 巻: 14 号: 1 ページ: 14040-14040
  • DOI: 10.2174/1570162x13666150807105718
  • NAID: 40020320310
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Species-specific differences in the ability of feline lentiviral Vif to degrade feline APOBEC3 proteins. (2016)
  • 著者名/発表者名: Yoshikawa R, Nakano Y, Yamada E, Izumi T, Misawa N, Koyanagi Y, Sato K.
  • 雑誌名: Microbiol Immunol 巻: 60 号: 4 ページ: 272-279
  • DOI: 10.1111/1348-0421.12371
  • NAID: 40020808948
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Quantifying the effect of Vpu on the promotion of HIV-1 replication in the humanized mouse model (2016)
  • 著者名/発表者名: Ikeda H, Nakaoka S, de Boer RJ, Morita S, Misawa N, Koyanagi Y, Aihara K, Sato K, Iwami S
  • 雑誌名: Retrovirology 巻: 13 号: 1 ページ: 23-23
  • DOI: 10.1186/s12977-016-0252-2
  • NAID: 120006353849
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Small ruminant lentiviral Vif proteins commonly utilize cyclophilin A, an evolutionary and structurally conserved protein, to degrade ovine and caprine APOBEC3 proteins (2016)
  • 著者名/発表者名: Yoshikawa R, Izumi T, Nakano Y, Yamada E, Moriwaki M, Misawa N, Ren F, Kobayashi T, Koyanagi Y, Sato K.
  • 雑誌名: Microbiol Immunol 巻: 60 号: 6 ページ: 427-436
  • DOI: 10.1111/1348-0421.12387
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Insufficient anti-HIV-1 potency of the CRISPR/Cas9 system for full viral replication. (2016)
  • 著者名/発表者名: Ueda S, Hirotaka Ebina H, Kanemura Y, Misawa N, Koyanagi Y,
  • 雑誌名: Microbiol Immunol 巻: 60 号: 7 ページ: 483-496
  • DOI: 10.1111/1348-0421.12395
  • 査読あり
• [雑誌論文] APOBEC3 proteins can copackage and comutate HIV-1 genomes. (2016)
  • 著者名/発表者名: Desimmie BA, Burdick RC, Izumi T, Doi H, Shao W, Alvord WG, Sato K, Koyanagi Y, Jones S, Wilson E, Hill S, Maldarelli F, Hu WS, Pathak VK.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res 巻: 44: 号: 16 ページ: 7848-7865
  • DOI: 10.1093/nar/gkw653
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Association of lymph-node antigens with lower Gag-specific central-memory and higher Env-specific effector-memory CD8+ T-cell frequencies in a macaque AIDS model (2016)
  • 著者名/発表者名: Ishii H, Matsuoka S, Nomura T, Nakamura M, Shiino T, Sato Y, Iwata-Yoshikawa N, Hasegawa H, Mizuta K, Sakawaki H, Miura T, Koyanagi Y, Naruse TK, Kimura A, Matano T
  • 雑誌名: Sci Rep 巻: 6 号: 1 ページ: 30153-30153
  • DOI: 10.1038/srep30153
  • NAID: 120006346255
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] A naturally occurring bovine APOBEC3 confers resistance to bovine lentiviruses: implication for the co-evolution of bovids and their lentiviruses. (2016)
  • 著者名/発表者名: Yamada E, Yoshikawa R, Nakano Y, Misawa N, Kobayashi T, Ren F, Izumi T, Miyazawa T, Koyanagi Y, Sato K.
  • 雑誌名: Sci Rep 巻: 6:33988 号: 1 ページ: 33988-33988
  • DOI: 10.1038/srep33988
  • NAID: 120005997850
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] A naturally occurring domestic cat APOBEC3 variant confers resistance to FIV infection (2016)
  • 著者名/発表者名: Rokusuke Yoshikawa, Taisuke Izumi, Eri Yamada, Yusuke Nakano, Naoko Misawa, Fengrong Ren, Michael A. Carpenter, Terumasa Ikeda, Carsten Münk, Reuben S. Harris, Takayuki Miyazawa, Yoshio Koyanagi & Kei Sato
  • 雑誌名: Journal of Virology 巻: 90 号: 1 ページ: 474-485
  • DOI: 10.1128/jvi.02612-15
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Beyond pairs: definition and interpretation of third-order structure in spatial point patterns (2015)
  • 著者名/発表者名: Chiho Kaito, Ulf Dieckmann, Akira Sasaki and Fugo Takasu
  • 雑誌名: Journal of Theoretical Biology 巻: 372 ページ: 22-38
  • DOI: 10.1016/j.jtbi.2015.02.004
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Phosphorylation of Herpes Simplex Virus 1 dUTPase Regulates Viral Virulence and Genome Integrity by Compensating for Low Cellular dUTPase Activity in the Central Nervous System. (2015)
  • 著者名/発表者名: A. Kato, J. Arii, Y. Koyanagi, and Y. Kawaguchi.
  • 雑誌名: Journal of Virology 巻: 89 号: 1 ページ: 241-8
  • DOI: 10.1128/jvi.02497-14
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Vif determines the requirement for CBF-β in APOBEC3 degradation (2015)
  • 著者名/発表者名: Rokusuke Yoshikawa, Junko S. Takeuchi, Eri Yamada, Yusuke Nakano, Fengrong Ren, Hiroshi Tanaka, Carsten Münk, Reuben S. Harris, Takayuki Miyazawa, Yoshio Koyanagi & Kei Sato
  • 雑誌名: Journal of General Virology 巻: 86 号: 4 ページ: 887-892
  • DOI: 10.1099/jgv.0.000027
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] A High Excision Potential of TALENs for Integrated DNA of HIV-Based Lentiviral Vector (2015)
  • 著者名/発表者名: Ebina H, Kanemura Y, Misawa N, Sakuma T, Kobayashi T, Yamamoto T, Koyanagi Y
  • 雑誌名: PLoS One 巻: 10 号: 3 ページ: e0120047-e0120047
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0120047
  • NAID: 120005619759
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Impacts of humanized mouse models on the investigation of HIV-1 infection: illuminating the roles of viral accessory proteins in vivo. (2015)
  • 著者名/発表者名: Yamada, E., Yoshikawa, R., Nakano, Y., Misawa, N., Koyanagi, Y., Sato, K.
  • 雑誌名: Viruses 巻: 7 号: 3 ページ: 1373-1390
  • DOI: 10.3390/v7031373
  • NAID: 120005774663
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Down-modulation of primate lentiviral receptors by Nef proteins of simian immunodeficiency virus (SIV) of chimpanzees (SIVcpz) and related SIVs: implication for the evolutionary event at the emergence of SIVcpz (2015)
  • 著者名/発表者名: Yusuke Nakano, Kenta Matsuda, Rokusuke Yoshikawa, Eri Yamada, Naoko Misawa, Vanessa M. Hirsch, Yoshio Koyanagi & Kei Sato
  • 雑誌名: Journal of General Virology 巻: 96 号: 9 ページ: 2867-2877
  • DOI: 10.1099/vir.0.000207
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Pandemic HIV-1 Vpu overcomes intrinsic herd immunity mediated by tetherin (2015)
  • 著者名/発表者名: Shingo Iwami, Kei Sato, Satoru Morita, Hisashi Inaba, Tomoko Kobayashi, Junko S. Takeuchi, Yuichi Kimura, Naoko Misawa, Fengrong Ren, Yoh Iwasa, Kazuyuki Aihara & Yoshio Koyanagi
  • 雑誌名: Scientific Reports 巻: 5 号: 1 ページ: 12256-12256
  • DOI: 10.1038/srep12256
  • NAID: 120005774579
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Experimental evaluation of the zoonotic infection potency of simian retrovirus type 4 using humanized mouse model (2015)
  • 著者名/発表者名: Kei Sato, Tomoko Kobayashi, Naoko Misawa, Rokusuke Yoshikawa, Junko S. Takeuchi, Tomoyuki Miura, Munehiro Okamoto, Jun-ichirou Yasunaga, Masao Matsuoka, Mamoru Ito, Takayuki Miyazawa & Yoshio Koyanagi
  • 雑誌名: Scientific Reports 巻: 5 号: 1 ページ: 14040-14040
  • DOI: 10.1038/srep14040
  • NAID: 120005753867
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Cell-to-cell infection by HIV contributes over half of virus infection (2015)
  • 著者名/発表者名: Shingo Iwami, Junko S. Takeuchi, Shinji Nakaoka, Fabrizio Mammano, François Clavel, Hisashi Inaba, Tomoko Kobayashi, Naoko Misawa, Kazuyuki Aihara, Yoshio Koyanagi & Kei Sato
  • 雑誌名: eLife 巻: 4 ページ: 1-16
  • DOI: 10.7554/elife.08150
  • NAID: 120005997708
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Coevolutionary dynamics between tribe Cercopithecini tetherins and their lentiviruses (2015)
  • 著者名/発表者名: Junko S. Takeuchi, Fengrong Ren, Rokusuke Yoshikawa, Eri Yamada, Yusuke Nakano, Tomoko Kobayashi, Kenta Matsuda, Taisuke Izumi, Naoko Misawa, Yuta Shintaku, Katherine S. Wetzel, Ronald G. Collman, Hiroshi Tanaka, Vanessa M. Hirsch, Yoshio Koyanagi & Kei Sato
  • 雑誌名: Scientific Reports 巻: 5 号: 1 ページ: 16021-16021
  • DOI: 10.1038/srep16021
  • NAID: 120005753887
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Quantification of deaminase activity-dependent and -independent restriction of HIV-1 replication mediated by APOBEC3F and APOBEC3G through experimental-mathematical investigation. (2014)
  • 著者名/発表者名: Kobayashi T, Koizumi Y, Takeuchi J, Misawa N, Kimura Y, Morita S, Aihara K, Koyanagi Y, Iwami S, Sato K
  • 雑誌名: J Virol. 巻: 88 号: 10 ページ: 5881-5887
  • DOI: 10.1128/jvi.00062-14
  • 査読あり
• [雑誌論文] Epidemic process over the commute network in a metropolitan area (2014)
  • 著者名/発表者名: Yashima K, Sasaki A
  • 雑誌名: Plos ONE 巻: 9 号: 6 ページ: e98518-e98518
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0098518
  • NAID: 120006629850
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Epidemic dynamics of a vector-borne disease on a village-and-city star network with commuters (2014)
  • 著者名/発表者名: Emmanuel A. Mpolya, Kenta Yashima, Hisashi Ohtsuki, Akira Sasaki
  • 雑誌名: Journal of Theoretical Biology 巻: 343 ページ: 120-126
  • DOI: 10.1016/j.jtbi.2013.11.024
  • 査読あり
• [雑誌論文] APOBEC3D and APOBEC3F Potently Promote HIV-1 Diversification and Evolution in Humanized Mouse Model (2014)
  • 著者名/発表者名: Sato, K. Takeuchi, J. S. Misawa, N. Izumi, T. Kobayashi, T. Kimura, Y. Iwami, S. Takaori-Kondo, A. Hu, W. S. Aihara, K. Ito, M. An, D. S. Pathak, V. K. Koyanagi, Y.
  • 雑誌名: PLoS Pathog 巻: 10 号: 10 ページ: e1004453-e1004453
  • DOI: 10.1371/journal.ppat.1004453
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Epidemic process over the commute network in a metropolitan area (2014)
  • 著者名/発表者名: Kenta Yashima and Akira Sasaki
  • 雑誌名: PLOS ONE (in press) 巻: NA
  • NAID: 120006629850
  • 査読あり
• [雑誌論文] Timing and propagule size of invasion determine its success by a time-varying threshold of demographic regime shift (2014)
  • 著者名/発表者名: Masato Yamamichi, Takehito Yoshida, Akira Sasaki
  • 雑誌名: Ecology (in press) 巻: NA
  • NAID: 120005525667
  • 査読あり
• [雑誌論文] CKIP-1 Is an Intrinsic Negative Regulator of T-Cell Activation through an Interaction with CARMA1. (2014)
  • 著者名/発表者名: Sakamoto T, Kobayashi M, Tada K, Shinohara M, Io K, Nagata K, Iwai F, Takiuchi Y, Arai Y, Yamashita K, Shindo K, Kadowaki N, Koyanagi Y, Takaori-Kondo A
  • 雑誌名: PLoS One 巻: 9 号: 1 ページ: 1-11
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0085762
  • 査読あり
• [雑誌論文] EFdA, a reverse transcriptase inhibitor , potently blocks HIV -1 ex vivo infection of Langerhans cells within epithelium (2014)
  • 著者名/発表者名: Matsuzawa T, Kawamura T, Ogawa Y, Maeda K, Nakata H, Moriishi K, Koyanagi Y, Gatanaga H, Shimada S, Mitsuya H
  • 雑誌名: J Invest Dermatol 巻: 134(4) 号: 4 ページ: 1158-61
  • DOI: 10.1038/jid.2013.467
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Lack of Association between Intact/Deletion Polymorphisms of the APOBEC3B Gene and HIV-1 Risk. (2014)
  • 著者名/発表者名: Imahashi M, Izumi T, Watanabe D, Imamura J, Matsuoka K, Ode H, Masaoka T, Sato K, Kaneko N, Ichikawa S, Koyanagi Y, Takaori-Kondo A, Utsumi M, Yokomaku Y, Shirasaka T, Sugiura W, Iwatani Y, Naoe T.
  • 雑誌名: PLoS One 巻: 9 号: 3 ページ: e92861-e92861
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0092861
  • 査読あり
• [雑誌論文] Limiting similarity, species packing, and the shape of competition kernels (2013)
  • 著者名/発表者名: Olof Leimar, Akira Sasaki, Michael Doebeli, Ulf Dieckmann
  • 雑誌名: Journal of Theoretical Biology 巻: 339 ページ: 3-13
  • DOI: 10.1016/j.jtbi.2013.08.005
  • 査読あり
• [雑誌論文] Timing of the emergence of new successful viral strains in seasonal influenza. (2013)
  • 著者名/発表者名: Omori R, Sasaki A.
  • 雑誌名: Journal of Theoretical Biology 巻: 329 ページ: 32-38
  • DOI: 10.1016/j.jtbi.2013.03.027
  • 査読あり
• [雑誌論文] Single-gene speciation with pleiotropy: Effects of allele dominance, population size, and delayed inheritance (2013)
  • 著者名/発表者名: Masato Yamamichi, Akira Sasaki
  • 雑誌名: Evolution 巻: 67 号: 7 ページ: 2011-2023
  • DOI: 10.1111/evo.12068
  • 査読あり
• [雑誌論文] Quantification of the dynamics of enterovirus 71 infection by experimental-mathematical investigation (2013)
  • 著者名/発表者名: Fukuhara M, Iwami S, Sato K, Nishimura Y, Shimizu H, Aihara K, Koyanagi Y
  • 雑誌名: J Virol 巻: 87 号: 1 ページ: 701-705
  • DOI: 10.1128/jvi.01453-12
  • 査読あり
• [雑誌論文] Antimicrobial peptide LL-37 produced by HSV-2-infected keratinocytes enhances HIV infection of Langerhans cells (2013)
  • 著者名/発表者名: Ogawa Y, Kawamura T, Matsuzawa T, Aoki R, Gee P, Yamashita A, Moriishi K, Yamasaki K, Koyanagi Y, Blauvelt A, Shimada S.
  • 雑誌名: Cell Host Microbe 巻: 13 ページ: 77-86
  • 査読あり
• [雑誌論文] Oral administration of the CCR5 inhibitor , maraviroc, blocks HIV ex vivo infection of Langerhans cells within the epithelium (2013)
  • 著者名/発表者名: Matsuzawa T, Kawamura T, Ogawa Y, Takahashi M, Aoki R, Moriishi K, Koyanagi Y, Gatanaga H, Blauvelt A, Shimada S
  • 雑誌名: J Invest Dermatol 巻: 133(12) 号: 12 ページ: 2803-5
  • DOI: 10.1038/jid.2013.215
  • 査読あり
• [雑誌論文] Host factor SAMHD1 restricts DNA viruses in non-dividing myeloid cells. (2013)
  • 著者名/発表者名: Hollenbaugh JA, Gee P, Baker J, Daly MB, Amie S, Kasai N, Kanemura Y, Ward BM, Koyanagi Y, Kim B
  • 雑誌名: PLoS Pathog. 巻: 9 号: 6 ページ: e1003481-e1003481
  • DOI: 10.1371/journal.ppat.1003481
  • 査読あり
• [雑誌論文] Harnessing the CRISPR/Cas9 system to disrupt latent HIV-1 provirus. (2013)
  • 著者名/発表者名: Ebina H, Misawa N, Kanemura Y, Koyanagi Y.
  • 雑誌名: Sci. Rep. 巻: 3 号: 1 ページ: 2510-2510
  • DOI: 10.1038/srep02510
  • NAID: 120005324896
  • 査読あり
• [雑誌論文] Functional antagonism of rhesus macaque and chimpanzee BST-2 by HIV-1 vpu is mediated by cytoplasmic domain interactions. (2013)
  • 著者名/発表者名: Yoshida T, Koyanagi Y, Strebel K.
  • 雑誌名: J Virol. 巻: 87 号: 24 ページ: 13825-13836
  • DOI: 10.1128/jvi.02567-13
  • 査読あり
• [雑誌論文] Vpu augments the initial burst phase of HIV-1 propagation and downre gulates BST2 and CD4 in humanized mice (2012)
  • 著者名/発表者名: Sato, K.
  • 雑誌名: J Virol. 巻: 86 号: 9 ページ: 5000-5013
  • DOI: 10.1128/jvi.07062-11
  • 査読あり
• [雑誌論文] Estimating the risk of re-emergence after stopping polio vaccination (2012)
  • 著者名/発表者名: Sasaki, A., Haraguchi, Y., Yoshida, H.
  • 雑誌名: Frontiers in Virology 巻: 3(Article number:178) ページ: 178-178
  • DOI: 10.3389/fmicb.2012.00178
  • 査読あり
• [雑誌論文] Success of a suicidal defense strategy against infection in a structured habitat (2012)
  • 著者名/発表者名: Masaki Fukuyo, Akira Sasaki, Ichizo Kobayashi
  • 雑誌名: Scientific Reports 巻: 2 号: 1 ページ: 238-238
  • DOI: 10.1038/srep00238
  • 査読あり
• [雑誌論文] Identifying viral parameters from in vitro cell cultures. (2012)
  • 著者名/発表者名: Iwami, S.
  • 雑誌名: Front. Microbiol. 巻: 3 ページ: 319-319
  • DOI: 10.3389/fmicb.2012.00319
  • 査読あり
• [雑誌論文] Vpu and BST2: still not there yet? (2012)
  • 著者名/発表者名: Sato K., Gee P., Koyanagi Y.
  • 雑誌名: Frontiers in Microbiology 巻: 3 ページ: 131-131
  • DOI: 10.3389/fmicb.2012.00131
  • 査読あり
• [雑誌論文] Integrase-independent HIV-1 infection is augmented under conditions of DNA damage and produces a viral reservoir (2012)
  • 著者名/発表者名: Ebina H, Kanemura Y, Suzuki Y, Urata K, Misawa N, Koyanagi Y
  • 雑誌名: Virology 巻: 427 号: 1 ページ: 44-50
  • DOI: 10.1016/j.virol.2012.02.004
  • NAID: 120004007474
  • 査読あり
• [雑誌論文] Rho GTPase inhibitorARHGDIB/D4GDI limits HIV-1 replication (2011)
  • 著者名/発表者名: Watanabe T, Urano E, Koyanagi Y, KomanoJ, 10人中9番目
  • 雑誌名: AIDS Research and Human Retroviruses 巻: (印刷中) 号: 8 ページ: 1-10
  • DOI: 10.1089/aid.2011.0180
  • 査読あり
• [学会発表] Impact of endogenous APOBEC3H haplotypes on HIV-1 replication in vivo (2016)
  • 著者名/発表者名: Nakano, Y., Moriwaki, M., Juarez-Fernandez, G., Yoshikawa, R., Yamada, E., Soper, A., Misawa, N., Sato, K. and Koyanagi, Y.
  • 学会等名: 64th Annual Meeting of the Japanese Society for Virology
  • 発表場所: Sapporo
  • 年月日: 2016-10-23
• [学会発表] Investigation of the interplay between cellular proteins and HIV-1-encoding proteins using humanized mouse model (2016)
  • 著者名/発表者名: Sato, K.
  • 学会等名: The 15th Awaji International Forum on Infection and Immunity
  • 発表場所: Awaji
  • 年月日: 2016-09-08
• [学会発表] HIV-1 quickly overcomes anti-viral activity of APOBEC3H in vivo (2016)
  • 著者名/発表者名: Nakano, Y., Moriwaki, M., Juarez-Fernandez, G., Yoshikawa, R., Yamada, E., Soper, A., Misawa, N., Sato, K. and Koyanagi, Y.
  • 学会等名: The 15th Awaji International Forum on Infection and Immunity
  • 発表場所: Awaji
  • 年月日: 2016-09-08
• [学会発表] Evolution of global and local viral infection in the structured SIS model. (2016)
  • 著者名/発表者名: Koichi Saeki and Akira Sasaki
  • 学会等名: The 26th annual meeting of the Japanese Society for Mathematical Biology
  • 発表場所: Kyushu University, Fukuoka
  • 年月日: 2016-09-07
• [学会発表] Resampling after discrimination destabilizes mutualism (2016)
  • 著者名/発表者名: Yu Uchiumi, Hisashi Ohtsuki, and Akira Sasaki
  • 学会等名: The 26th annual meeting of the Japanese Society for Mathematical Biology
  • 発表場所: Kyushu University, Fukuoka
  • 年月日: 2016-09-07
• [学会発表] A Bayesian updating model for the antigenic escapes of influenza virus subtypes (2016)
  • 著者名/発表者名: Akira Sasaki
  • 学会等名: The 26th annual meeting of the Japanese Society for Mathematical Biology
  • 発表場所: Kyushu University, Fukuoka
  • 年月日: 2016-09-07
• [学会発表] Evolution of vertical transmission of symbionts by reducing the rate of cell division (2016)
  • 著者名/発表者名: Yu Uchiumi, Hisashi Ohtsuki, and Akira Sasaki
  • 学会等名: The 26th annual meeting of the Japanese Society for Mathematical Biology
  • 発表場所: Kyushu University, Fukuoka
  • 年月日: 2016-09-07
• [学会発表] Network centrality measure based on sensitivity analysis of the basic reproductive ratio (2016)
  • 著者名/発表者名: Kenta Yashima and Akira Sasaki
  • 学会等名: The 26th annual meeting of the Japanese Society for Mathematical Biology
  • 発表場所: Kyushu University, Fukuoka
  • 年月日: 2016-09-07
• [学会発表] Hosts end up destabilizing horizontally transmitted mutualism by resampling new symbionts after discrimination (2016)
  • 著者名/発表者名: Yu Uchiumi, Hisashi Ohtsuki, Akira Sasaki
  • 学会等名: 10th European Conference on Mathematical & Theoretical Biology and SMB Annual Meeting
  • 発表場所: University of Nottingham, Nottingham, UK
  • 年月日: 2016-07-11
  • 国際学会
• [学会発表] HIV感染抑制のための細胞性分子標的 (2015)
  • 著者名/発表者名: 小柳 義夫、佐藤佳、蝦名博貴
  • 学会等名: 北海道大学遺伝子病制御研究所研究集会「感染・免疫・炎症・発癌」
  • 発表場所: 札幌
  • 年月日: 2015-12-18
• [学会発表] RGN発現レンチウイルスベクターによるHIV-1複製抑制 (2015)
  • 著者名/発表者名: 上田修平、蝦名博貴、三沢尚子、金村優香、小柳義夫
  • 学会等名: 第38回日本分子生物学会
  • 発表場所: 神戸
  • 年月日: 2015-12-04
• [学会発表] エボラウィルス糖蛋白質（GP）遺伝子の分子進化解析 (2015)
  • 著者名/発表者名: 上田真保子、泉泰輔、佐藤佳、中川草
  • 学会等名: 第３８回日本分子生物学会
  • 発表場所: 神戸
  • 年月日: 2015-12-03
• [学会発表] Application of genome editing technologies in HIV research (2015)
  • 著者名/発表者名: 蝦名博貴、上田修平、三沢尚子、金村優香、小柳義夫
  • 学会等名: 第３８回日本分子生物学会シンポジウム
  • 発表場所: 神戸
  • 年月日: 2015-12-03
  • 招待講演
• [学会発表] Impact of genetic and functional changes in HIV-1 and SIVcpz transmission (2015)
  • 著者名/発表者名: Sato K, Koyanagi Y.
  • 学会等名: 第29回日本エイズ学会学術集会・総会（シンポジウム）
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2015-11-30
  • 招待講演
• [学会発表] Evolutionary arms race between domestic cat (Felis catus) and its cognate lentivirus (FIV) (2015)
  • 著者名/発表者名: Yoshikawa R, T Izumi, Yamada E, Nakano Y, Misawa N, Ren F, Miyazawa T, Sato K, and Koyanagi Y.
  • 学会等名: 第63回日本ウイルス学会学術集会
  • 発表場所: 福岡2015/11/22
  • 年月日: 2015-11-22
• [学会発表] Functional positive selection of a bovine APOBEC3 driven by bovine lentivirus (2015)
  • 著者名/発表者名: Yamada E, Yoshikawa R, T Izumi, Nakano Y, Misawa N, Kobayashi T, Ren F, Sato K, Koyanagi Y
  • 学会等名: ,第63回日本ウイルス学会学術集会
  • 発表場所: 福岡
  • 年月日: 2015-11-22
• [学会発表] Host restriction factors for HIV infection (2015)
  • 著者名/発表者名: Koyanagi Y, Sato, K
  • 学会等名: IFOM-KU Joint Symposium（シンポジウム）
  • 発表場所: 京都
  • 年月日: 2015-10-06
  • 招待講演
• [学会発表] The coevolution of human antiviral protein APOBEC3G and HIV protein Vif: A theoretical study. Mathematical modeling for emerging infectious diseases. (2015)
  • 著者名/発表者名: Akira Sasaki.
  • 学会等名: The 5th China-Japan-Korea Colloquium on Mathematical Biology and The Japanese Society for Mathematical Biology
  • 発表場所: Doshisha University, Kyoto, Japan
  • 年月日: 2015-08-26
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] インフルエンザウイルスの抗原変異 (2015)
  • 著者名/発表者名: 佐々木顕, 三浦千明, 八島健太
  • 学会等名: 第17回日本進化学会, シンポジウム「進化研究の最先端：病原体を対象として」
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2015-08-21
  • 招待講演
• [学会発表] 宿主因子 APOBEC3 の多様化に伴うレトロウイルスの適応進化 (2015)
  • 著者名/発表者名: 泉 泰輔, 佐藤 佳, 小柳 義夫
  • 学会等名: 第17回日本進化学会（シンポジウム）
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2015-08-21
  • 招待講演
• [学会発表] 動物レンチウイルスからみるウイルスと宿主の共進化 (2015)
  • 著者名/発表者名: 吉川禄助, 泉泰輔, 山田英里, 中野雄介, 任鳳蓉, 宮沢孝幸, 佐藤佳, 小柳義夫,
  • 学会等名: 第17回日本進化学会
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2015-08-20
• [学会発表] ゲノム編集法のHIV感染症治療への有用性 , 第62回日本実験動物学会総会シンポジウム, 京都, 2015/5/28. (2015)
  • 著者名/発表者名: 蝦名博貴, 上田修平, 三沢尚子, 金村優香, 小柳義夫
  • 学会等名: 第62回日本実験動物学会総会シンポジウム
  • 発表場所: 京都
  • 年月日: 2015-05-28
• [学会発表] ウイルスと宿主共進化の数理モデル (2015)
  • 著者名/発表者名: 佐々木顕
  • 学会等名: 東大医科学研究所セミナー「生命科学における異分野融合」
  • 発表場所: 東大医科学研究所、白金台
  • 年月日: 2015-05-26
  • 招待講演
• [学会発表] A naturally occurring domestic cat APOBEC3 variant confers resistance to FIV infection (2015)
  • 著者名/発表者名: Yoshikawa R, T Izumi, Yamada E, Nakano Y, Misawa N, Ren F, Carpenter MA, Ikeda T, Münk C, Harris RS, Miyazawa T, Sato K, Koyanagi, Y.
  • 学会等名: Cold Spring Harbor Laboratory Meeting on Retroviruses
  • 発表場所: New York
  • 年月日: 2015-05-22
  • 国際学会
• [学会発表] Experimental adaptive evolution of SIVcpz to humans using humanized mouse model (2015)
  • 著者名/発表者名: Sato K, Misawa N, Takeuchi J S, Kobayashi T, Yamada E, Nakano Y, Yoshikawa R, Koyanagi Y.
  • 学会等名: Cold Spring Harbor Laboratory Meeting on Retroviruses
  • 発表場所: New York
  • 年月日: 2015-05-21
  • 国際学会
• [学会発表] ヒト化マウスモデルを用いたエイズウイルス適応進化メカニズムの解明 (2014)
  • 著者名/発表者名: 佐藤佳, 竹内（柴田）潤子, 小林朋子, 三沢尚子, 山田英里, 中野雄介, 吉川禄助, 小柳義夫
  • 学会等名: 第62回日本ウイルス学会学術集会
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 2014-11-10
  • 招待講演
• [学会発表] Coevolutionary dynamics of human antiviral protein APOBEC3G and its viral antagonist Vif (2014)
  • 著者名/発表者名: Akira Sasaki
  • 学会等名: Symposium "Dynamic interplay between viruses and their hosts"
  • 発表場所: Pacifico Yokohama, Yokohama
  • 年月日: 2014-11-08 – 2014-11-09
  • 招待講演
• [学会発表] Conflicts and benefits between primate lentiviruses and host restriction factors (2014)
  • 著者名/発表者名: Koyanagi, Y., Sato, K,
  • 学会等名: 15th Kumamoto AIDS Seminar
  • 発表場所: Kumamoto, Japan
  • 年月日: 2014-10-01 – 2014-10-03
  • 招待講演
• [学会発表] レンチウイルスと宿主の進化的軍拡競争の分子メカニズム (2014)
  • 著者名/発表者名: 佐藤佳, 竹内（柴田）潤子, 小林朋子, 吉川禄助, 山田英里, 中野雄介, 任鳳蓉, 田中博, 小柳義夫
  • 学会等名: 日本進化学会第16回大会
  • 発表場所: 高槻
  • 年月日: 2014-08-22
  • 招待講演
• [学会発表] Theories of arms race on complex genotype-phenotype mappings (2014)
  • 著者名/発表者名: Akira Sasaki
  • 学会等名: JSMB/SMB 2014 Osaka. Minisymposium: "Dynamics of experimental evolution -- arms race and self-organization"
  • 発表場所: Osaka International Convention Center, Osaka
  • 年月日: 2014-07-28 – 2014-08-01
  • 招待講演
• [学会発表] HIV strategy for acceleration of viral replication in vivo and eradication approach of HIV proviral DNA (2014)
  • 著者名/発表者名: Koyanagi Y., Misawa N., Sato K., Ebina H., HIV strategy for acceleration of viral replication in vivo and eradication approach of HIV proviral DNA
  • 学会等名: 9th International Symposium of the Institute Network
  • 発表場所: Osaka
  • 年月日: 2014-06-18 – 2014-06-19
  • 招待講演
• [学会発表] The coevolution of human antiviral protein APOBEC3G and HIV protein Vif: A theoretical study (2014)
  • 著者名/発表者名: Akira Sasaki
  • 学会等名: The 11th Conference of European Society for Mathematical and Theoretical Biology (ESMTB 2014)
  • 発表場所: Gothenburg, Sweden
  • 年月日: 2014-06-15 – 2014-06-19
  • 招待講演
• [学会発表] Invasion threshold and evolution in spatially heterogeneous epidemic models (2014)
  • 著者名/発表者名: Akira Sasaki
  • 学会等名: Workshop "Spatial evolutionary epidemiology"
  • 発表場所: Le Hameau de l'Etoile, Montpellier, France
  • 年月日: 2014-06-03 – 2014-06-07
  • 招待講演
• [学会発表] APOBEC3F potently promotes HIV-1 diversification and evolution in humanized mouse model (2014)
  • 著者名/発表者名: Sato, K., Shibata, J., Izumi, T., Misawa, N., Kobayashi, T., Kimura, Y., Ito, M., Pathak, V. K., Koyanagi, Y.
  • 学会等名: Cold Spring Harbor Laboratory Meeting on Retroviruses
  • 発表場所: New York, USA
  • 年月日: 2014-05-19 – 2014-05-24
  • 招待講演
• [学会発表] Evolution of Mullerian/Batesian mimicry on a two-dimensional trait space of waring signal and unpalatability. (2014)
  • 著者名/発表者名: Akira Sasaki
  • 学会等名: JSMB/SMB 2014 Osaka. Minisymposium: "Understanding mimicry -- evolutionary and developmental dynamics of signal sharing
  • 発表場所: Osaka International Convention Center
  • 招待講演
• [学会発表] Theories of arms race on complex genotype-phenotype mappings (2014)
  • 著者名/発表者名: Akira Sasaki
  • 学会等名: JSMB/SMB 2014 Osaka. Minisymposium: "Dynamics of experimental evolution -- arms race and self-organization
  • 発表場所: Osaka International Convention Center
  • 招待講演
• [学会発表] The coevolution of human antiviral protein APOBEC3G and HIV protein Vif: A theoretical study (2014)
  • 著者名/発表者名: Akira Sasaki
  • 学会等名: The 11th Conference of European Society for Mathematical and Theoretical Biology (ESMTB 2014)
  • 発表場所: The European Conference Center in Gothenberg, Gothenberg, Sweden
  • 招待講演
• [学会発表] Invasion threshold and evolution in spatially heterogeneous epidemic models (2014)
  • 著者名/発表者名: Akira Sasaki
  • 学会等名: Workshop "Spatial evolutionary epidemiology" (Organizers: Sébastien Lion and Sylvain Gandon)
  • 発表場所: Le hameau de l'Etoile, Montpelier, France
  • 招待講演
• [学会発表] 遺伝子対遺伝子相互作用で駆動されるイネいもち病菌レース頻度変動（新潟県、1965-2004）の進化時系列解析 (2014)
  • 著者名/発表者名: 佐々木顕・中林潤
  • 学会等名: 第61回日本生態学会
  • 発表場所: 広島国際会議場
• [学会発表] Projecting evolutionary trajectory of influenza A virus: Multidimensional scaling and individual based antigenic drift model (2013)
  • 著者名/発表者名: Akira Sasaki
  • 学会等名: Tsukuba Global Science Week 2013: International Life Science Workshop -- Systems Biology
  • 発表場所: Tsukuba International Convention Center
  • 招待講演
• [学会発表] ウイルス複製機構とその進化を数理モデルでとらえる (2013)
  • 著者名/発表者名: 佐々木顕
  • 学会等名: 第23回日本数理生物学会シンポジウム「計算ウイルス学の新局面」
  • 発表場所: 静岡大学、浜松
  • 招待講演
• [学会発表] Strategy of disrupting latent form of HIV-1 proviral DNA (2013)
  • 著者名/発表者名: Koyanagi, Y.
  • 学会等名: 14th Kumamoto AIDS Seminar
  • 発表場所: Kumamoto
  • 招待講演
• [学会発表] HIV strategy for acceleration of viral replication in vivo and eradication approach of HIV proviral DNA (2013)
  • 著者名/発表者名: Koyanagi, Y. Misawa N, Sato K, Ebina H.
  • 学会等名: Japan-Russia International Workshop
  • 発表場所: Kyoto, Japa
  • 招待講演
• [学会発表] ntrinsic cellular defenses against retroviruses and DNA viruses. (2013)
  • 著者名/発表者名: Koyanagi, Y.
  • 学会等名: The 12th Awaji International Forum on Infection and Immunity (AIFII 12)
  • 発表場所: Awaji, Japan
  • 招待講演
• [学会発表] Adaptive light absorption spectra for protection and photosynthesis in layered plant community (2012)
  • 著者名/発表者名: Akira Sasaki
  • 学会等名: ASLO Aquatic Sciences Meeting
  • 発表場所: Phtsu
  • 招待講演
• [学会発表] Effector molecules in retrovirus infection (2012)
  • 著者名/発表者名: Koyanagi, Y.
  • 学会等名: Institute for Genetic Medicine conference of Hokkaido University, “Infection and Cancer-Effector molecules”
  • 発表場所: Sapporo, Japan
  • 招待講演
• [図書] 「感染症の生態学」第22章 ヒトのインフルエンザ (2016)
  • 著者名/発表者名: 佐々木 顕
  • 出版者: 共立出版
• [図書] 「感染症の生態学」第10章 病原生物と宿主の進化． (2016)
  • 著者名/発表者名: 加茂将史・佐々木 顕
  • 出版者: 共立出版
• [図書] 病原体と宿主の進化．感染症の生態学 (2016)
  • 著者名/発表者名: 加茂将史、佐々木顕
  • 総ページ数: 356
  • 出版者: 共立出版
• [図書] ヒトのインフルエンザ．感染症の生態学 (2016)
  • 著者名/発表者名: 佐々木顕
  • 総ページ数: 356
  • 出版者: 共立出版
• [図書] Humanized Mice for HIV Research (2014)
  • 著者名/発表者名: Poluektova, L.Y., Garcia, J.V., Koyanagi, Y., Manz, M.G., Tager, A.M. (Eds.)
  • 総ページ数: 537
  • 出版者: Springer
• [図書] 病原体と宿主の進化．『感染症の生態学』第9章（分担執筆・印刷中） (2014)
  • 著者名/発表者名: 加茂将史・佐々木顕
  • 出版者: 共立出版
• [図書] 「寄生」「寄生者」．行動学事典（分担執筆） (2013)
  • 著者名/発表者名: 佐々木顕
  • 出版者: 東京化学同人
• [図書] 伝染病と流行．岩波講座計算科学6計算と社会．（分担執筆） (2012)
  • 著者名/発表者名: 佐々木顕
  • 出版者: 岩波書店
• [図書] ゾウムシの矛とツバキの盾の軍拡競争．進化―生命のたどる道．カール・ジンマー著・長谷川眞理子監修 (2012)
  • 著者名/発表者名: 佐々木顕
  • 出版者: 岩波書店