生体分子集団および人工分子集団の相互作用と大規模構造転換

• 研究領域: 生命分子システムにおける動的秩序形成と高次機能発現
• 研究課題/領域番号: 25102009
• 研究種目: 新学術領域研究(研究領域提案型)
• 配分区分: 補助金
• 審査区分: 理工系
• 研究機関: 名古屋大学
• 研究代表者: 岡本 祐幸 名古屋大学, 理学研究科, 教授 (70185487)
• 研究期間 (年度): 2013-06-28 – 2018-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2017年度)
• 配分額: 96,590千円 (直接経費: 74,300千円、間接経費: 22,290千円); 2017年度: 10,790千円 (直接経費: 8,300千円、間接経費: 2,490千円); 2016年度: 10,790千円 (直接経費: 8,300千円、間接経費: 2,490千円); 2015年度: 20,020千円 (直接経費: 15,400千円、間接経費: 4,620千円); 2014年度: 24,570千円 (直接経費: 18,900千円、間接経費: 5,670千円); 2013年度: 30,420千円 (直接経費: 23,400千円、間接経費: 7,020千円)
• キーワード: 生体分子系 / 人工分子系 / 分子シミュレーション / 拡張アンサンブル法 / 自由エネルギー計算 / 生体系 / 蛋白質

研究成果の概要

自前で開発した拡張アンサンブル法を様々な生体分子系および人工分子系の分子シミュレーションに適用して、その有効性を示すことができた。例えば、レプリカ交換分子動力学法は、膜蛋白質の立体構造予測法の開発、糖蛋白質複合体上の糖鎖の立体構造ダイナミクスの解析、金属リガンド超分子の立体構造形成シミュレーションなどに適用した。レプリカ交換傘サンプル法は、薬剤候補分子の蛋白質への結合自由エネルギー計算法の開発、ヒストン脱アセチル化酵素阻害剤のアイソザイム選択制の計算に適用した。圧力焼き戻し法は、蛋白質の高圧変性に関するNMR実験から得られる化学シフト計算に適用した。

研究成果

• [雑誌論文] Computational analysis for selectivity of histone deacetylase inhibitor by replica-exchange umbrella sampling molecular dynamics simulations (2018)
  • 著者名/発表者名: Tsukamoto Shuichiro、Sakae Yoshitake、Itoh Yukihiro、Suzuki Takayoshi、Okamoto Yuko
  • 雑誌名: The Journal of Chemical Physics 巻: 148 号: 12 ページ: 125102-125102
  • DOI: 10.1063/1.5019209
  • NAID: 120006545081
  • 査読あり
• [雑誌論文] Conformational changes of ubiquitin under high pressure conditions: A pressure simulated tempering molecular dynamics study (2017)
  • 著者名/発表者名: Yoshiharu Mori, Yuko Okamoto
  • 雑誌名: Journal of Computational Chemistry 巻: 38 号: 15 ページ: 1167-1173
  • DOI: 10.1002/jcc.24767
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Conformational effects of N-glycan core fucosylation of immunoglobulin G Fc region on its interaction with Fcγ receptor IIIa (2017)
  • 著者名/発表者名: Sakae Yoshitake、Satoh Tadashi、Yagi Hirokazu、Yanaka Saeko、Yamaguchi Takumi、Isoda Yuya、Iida Shigeru、Okamoto Yuko、Kato Koichi
  • 雑誌名: Sci. Rep. 巻: 7 号: 1 ページ: 13780-13780
  • DOI: 10.1038/s41598-017-13845-8
  • NAID: 120006545940
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Structure?function insights into direct lipid transfer between membranes by Mmm1?Mdm12 of ERMES (2017)
  • 著者名/発表者名: Kawano Shin、Tamura Yasushi、Kojima Rieko、Bala Siqin、Asai Eri、Michel Agn?s H.、Kornmann Beno?t、Riezman Isabelle、Riezman Howard、Sakae Yoshitake、Okamoto Yuko、Endo Toshiya
  • 雑誌名: The Journal of Cell Biology 巻: 217 号: 3 ページ: 959-974
  • DOI: 10.1083/jcb.201704119
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Two major stable structures of amyloid-forming peptides: amorphous aggregates and amyloid fibrils (2017)
  • 著者名/発表者名: Nishikawa Naohiro、Sakae Yoshitake、Gouda Takuya、Tsujimura Yuichiro、Okamoto Yuko
  • 雑誌名: Molecular Simulation 巻: 43 号: 13-16 ページ: 1370-1376
  • DOI: 10.1080/08927022.2017.1359746
  • 査読あり
• [雑誌論文] 分子動力学シミュレーションによる医学・創薬に向けたタンパク質の構造解析 (2016)
  • 著者名/発表者名: 榮 慶丈， 西川 直宏，塚本 修一朗，鈴木 孝禎，岡本 祐幸
  • 雑誌名: 薬学雑誌 巻: 136 号: 1 ページ: 113-120
  • DOI: 10.1248/yakushi.15-00230-4
  • NAID: 130005115191
  • ISSN: 0031-6903, 1347-5231
  • 年月日: 2016-01-01
  • 査読あり
• [雑誌論文] Implementation of replica-exchange umbrella sampling to DFTB+ simulation package (2016)
  • 著者名/発表者名: S. Ito, S. Irle, Y. Okamoto
  • 雑誌名: Comp. Phys. Commun. 巻: accepted ページ: 1-10
  • DOI: 10.1016/j.cpc.2016.02.010
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] “Modeling 15N NMR chemical shift changes in protein backbone with pressure” (2016)
  • 著者名/発表者名: G. La Penna, Y. Mori, R. Kitahara, K. Akasaka, and Y. Okamoto
  • 雑誌名: Journal of Chemical Physics 巻: 145 号: 8 ページ: 085104-085104
  • DOI: 10.1063/1.4961507
  • NAID: 120006545080
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] QM/MM free energy simulations: recent progress and challenges (2016)
  • 著者名/発表者名: X. Lu, D. Fang, S. Ito, Y. Okamoto, V. Ovchinnikov, and Q. Cui
  • 雑誌名: Molecular Simulation 巻: 42 号: 13 ページ: 1056-1078
  • DOI: 10.1080/08927022.2015.1132317
  • 査読あり
• [雑誌論文] Equilibrium molecular thermodynamics from Kirkwood sampling (2015)
  • 著者名/発表者名: S. Somani, Y. Okamoto, A.J. Ballard, and D.J. Wales
  • 雑誌名: J. Phys. Chem. B, 巻: 119 号: 20 ページ: 6155-6169
  • DOI: 10.1021/acs.jpcb.5b01800
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Predictions of Tertiary Structures of a-helical Membrane Proteins by Replica-exchange Method with Consideration of Helix Deformations (2015)
  • 著者名/発表者名: R. Urano, H. Kokubo, Y. Okamoto
  • 雑誌名: J. Phys. Soc. Jpn. 巻: 84 号: 8 ページ: 084802-084802
  • DOI: 10.7566/jpsj.84.084802
  • 査読あり
• [雑誌論文] Designed-walk Replica-exchange Method for Simulations of Complex Systems (2015)
  • 著者名/発表者名: R. Urano, Y. Okamoto
  • 雑誌名: Comput. Phys. Commun. 巻: - ページ: 380-383
  • DOI: 10.1016/j.cpc.2015.07.007
  • 査読あり
• [雑誌論文] Deterministic Replica-exchange Method without Pseudo Random Numbers for Simulations of Complex Systems (2015)
  • 著者名/発表者名: R. Urano, Y. Okamoto
  • 雑誌名: Comput. Phys. Commun. 巻: 197 ページ: 128-135
  • DOI: 10.1016/j.cpc.2015.08.020
  • 査読あり
• [雑誌論文] Observation of Helix Associations for Insertion of a Retinal Molecule and Distortions of Helix Structures in Bacteriorhodopsin (2015)
  • 著者名/発表者名: R. Urano, Y. Okamoto
  • 雑誌名: J. Chem. Phys. 巻: 143 号: 23 ページ: 235101-235101
  • DOI: 10.1063/1.4935964
  • NAID: 120006545079
  • 査読あり
• [雑誌論文] Replica-exchange molecular dynamics simulation for understanding the initial process of amyloid peptide aggregation (2015)
  • 著者名/発表者名: N. Nishikawa, P.H. Nguyen, P. Derreumaux, and Y. Okamoto
  • 雑誌名: Molecular Simulation 巻: 41 号: 10-12 ページ: 1041-1044
  • DOI: 10.1080/08927022.2014.938445
  • 査読あり
• [雑誌論文] Conformational search simulations of Trp-cage using genetic crossover (2015)
  • 著者名/発表者名: Yoshitake Sakae, Tomoyuki Hiroyasu, Mitsunori Mikic, Katsuya Ishii & Yuko Okamoto
  • 雑誌名: Moleculer Simulation 巻: 41 号: 10-12 ページ: 1045-1049
  • DOI: 10.1080/08927022.2015.1016937
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Conformational dynamics of oligosaccharides characterized by paramagnetism-assisted NMR spectroscopy in conjunction with molecular dynamics simulation (2015)
  • 著者名/発表者名: Ying Zhang
  • 雑誌名: Adv. Exp. Med. Biol. 巻: 842 ページ: 217-230
  • DOI: 10.1007/978-3-319-11280-0_14
  • ISBN: 9783319112794, 9783319112800
  • 査読あり
• [雑誌論文] Molecular dynamics simulations to clarify the concentration dependency of protein aggregation (2015)
  • 著者名/発表者名: N. Nishikawa, Y. Sakae, and Y. Okamoto
  • 雑誌名: JPS Conference Proceedings: Proceedings of Computational Science Workshop 2014 (CSW2014) 巻: * ページ: 011020-011020
  • DOI: 10.7566/jpscp.5.011020
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Editorial: ICMS2013 in Special Issue Special Issue: Proceedings of the 3rd International Conference on Molecular Simulation (2015)
  • 著者名/発表者名: Y. Okamoto
  • 雑誌名: Molecular Simulation 巻: 41 号: 10-12 ページ: 779-779
  • DOI: 10.1080/08927022.2015.1048075
• [雑誌論文] Salt effects on hydrophobic-core formation in folding of a helical miniprotein studied by molecular dynamics simulations (2014)
  • 著者名/発表者名: T. Yoda, Y. Sugita, and Y. Okamoto
  • 雑誌名: Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics 巻: 82 号: 6 ページ: 933-943
  • DOI: 10.1002/prot.24467
  • 査読あり
• [雑誌論文] Prediction of ligand binding affinity by the combination of replica-exchange method and double-decoupling method (2014)
  • 著者名/発表者名: Y. Okamoto, H. Kokubo, and T. Tanaka
  • 雑誌名: Journal of Chemical Theory and Computation 巻: 10 号: 8 ページ: 3563-3569
  • DOI: 10.1021/ct500539u
  • 査読あり
• [雑誌論文] Exploration of conformational spaces of high-mannose-type oligosaccharides by an NMR-validated simulation (2014)
  • 著者名/発表者名: T. Yamaguchi, Y. Sakae, Y. Zhang, S. Yamamoto, Y. Okamoto, and K. Kato
  • 雑誌名: Angewandte Chemie International Edition 巻: 53 号: 41 ページ: 10941-10944
  • DOI: 10.1002/anie.201406145
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] A conformational search method for protein systems using genetic crossover and metropolis criterion (2014)
  • 著者名/発表者名: Y. Sakae, T. Hiroyasu, M. Miki, K. Ishii, and Y. Okamoto
  • 雑誌名: Journal of Physics: Conference Series 巻: 487
  • 査読あり
• [雑誌論文] Crossover scaling in the two-dimensional three-state Potts model (2013)
  • 著者名/発表者名: Tetsuro Nagai, Yuko Okamoto, and Wolfhard Janke
  • 雑誌名: Condensed Matter Physics 巻: 16 号: 2 ページ: 23605-23605
  • DOI: 10.5488/cmp.16.23605
  • 査読あり
• [雑誌論文] Prediction of protein-ligand binding structures by replica-exchange umbrella sampling simulations: application to kinase systems (2013)
  • 著者名/発表者名: Hironori Kokubo, Toshimasa Tanaka, Yuko Okamoto
  • 雑誌名: J. Chem. Theory Comput. 巻: 9 号: 10 ページ: 4660-4671
  • DOI: 10.1021/ct4004383
  • 査読あり
• [雑誌論文] Two-dimensional replica-exchange method for predicting protein-ligand binding structures (2013)
  • 著者名/発表者名: Hironori Kokubo1, Toshimasa Tanaka, Yuko Okamoto
  • 雑誌名: J. Comput. Chem. 巻: 34 号: 30 ページ: 2601-2614
  • DOI: 10.1002/jcc.23427
  • 査読あり
• [学会発表] Generalized-ensemble simulations of biological molecular assembly and artificial molecular assembly (2018)
  • 著者名/発表者名: Yuko OKAMOTO
  • 学会等名: The 6th International Symposium on Dynamical Ordering of Biological Systems for Creation of Integrated Functions
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Generalized-ensemble algorithms: enhanced conformational sampling methods (2017)
  • 著者名/発表者名: Yuko OKAMOTO
  • 学会等名: The 16th KIAS Protein Folding Winter School
  • 発表場所: High 1 Resort, Korea
  • 年月日: 2017-01-16
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Biomolecular simulations in generalized ensemble Frontier Bioorganization (2017)
  • 著者名/発表者名: Yuko OKAMOTO
  • 学会等名: Forum 2017: Dynamical Ordering and Integrated Functions of Biomolecular Systems
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Efficient sampling methods for classical and quantum simulations (2017)
  • 著者名/発表者名: Yuko OKAMOTO
  • 学会等名: TSRC Workshop on the Chemistry and Dynamics in Complex Environments (CHEM-DiCE)
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Energy landscape of biomolecular systems studied by generalized-ensemble simulations (2017)
  • 著者名/発表者名: Yuko OKAMOTO
  • 学会等名: Energy Landscapes 2017
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Generalized-ensemble algorithms for advanced materials simulations (2017)
  • 著者名/発表者名: Yuko OKAMOTO
  • 学会等名: IUMRS-ICAM 2017, The 15th International Conference on Advanced Materials
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Generalized-ensemble algorithms for materials and biomolecular simulations [Keynote Talk] (2017)
  • 著者名/発表者名: Yuko OKAMOTO
  • 学会等名: Molecular Simulation Studies in Material
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Classical and quantum molecular simulations in generalized ensemble (2017)
  • 著者名/発表者名: Yuko OKAMOTO
  • 学会等名: International Workshop on Molecular Simulations
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] 蛋白質高圧変性の分子シミュレーション (2017)
  • 著者名/発表者名: 岡本 祐幸
  • 学会等名: 第58回高圧討論会「生物関連高圧シンポジウム：高圧力と生命・生体分子」
  • 招待講演
• [学会発表] Enhanced sampling methods for classical and quantum molecular simulations (2016)
  • 著者名/発表者名: Yuko OKAMOTO
  • 学会等名: The 9th Korea-Japan Seminars on Biomolecular Sciences: Experiments and Simulations
  • 発表場所: Gyeongju, Korea
  • 年月日: 2016-11-14
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Generalized-ensemble algorithms for classical and quantum molecular simulations (Plenary talk) (2016)
  • 著者名/発表者名: Yuko OKAMOTO
  • 学会等名: The 4th International Conference on Molecular Simulation (ICMS2016)
  • 発表場所: Shanghai, China
  • 年月日: 2016-10-23
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Generalized-ensemble algorithms and free energy calculations (2016)
  • 著者名/発表者名: Yuko OKAMOTO
  • 学会等名: Symposium “Free Energy Landscape of Protein Folding and Dynamics by Simulations Based on Enhanced Conformational Sampling Algorithms”
  • 発表場所: Nagoya, Japan
  • 年月日: 2016-08-06
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Energy landscape explored by generalized-ensemble algorithms (2016)
  • 著者名/発表者名: Yuko OKAMOTO
  • 学会等名: Energy Landscapes: Theory and Applications (ELAND 2016)
  • 発表場所: Porquerolles, France
  • 年月日: 2016-06-27
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Introduction to Generalized-Ensemble MD Simulations Including the Replica-Exchange Umbrella Sampling (REUS) Method (2016)
  • 著者名/発表者名: Yuko OKAMOTO
  • 学会等名: 2-Day Mini Workshop: Approximate DFT Methods for Extended Systems
  • 発表場所: Nagoya, Japan
  • 年月日: 2016-06-20
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Generalized-ensemble simulations of complex systems (2016)
  • 著者名/発表者名: Yuko OKAMOTO
  • 学会等名: 2016 NCTS March Workshop on Critical Phenomena and Complex Systems
  • 発表場所: Hsinchu, Taiwan
  • 年月日: 2016-03-28
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Protein dynamics studied by generalized-ensemble simulations (2016)
  • 著者名/発表者名: Yuko OKAMOTO
  • 学会等名: The 251st American Chemical Society National Meeting Symposium under the Computers in Chemistry (COMP) Division “30 Years of Protein Dynamics in Silico”
  • 発表場所: San Diego, California, U.S.A.
  • 年月日: 2016-03-13
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] 拡張アンサンブル法による複雑系の計算機シミュレーション (2016)
  • 著者名/発表者名: 岡本祐幸
  • 学会等名: 国際高等研究所 研究プロジェクト 「分子基盤に基づく生体機能ネットワークとダイナミクスの解明」第５回研究会
  • 発表場所: 木津川市、日本
  • 年月日: 2016-02-18
  • 招待講演
• [学会発表] Enhanced sampling methods for exascale computational chemistry (2015)
  • 著者名/発表者名: Yuko OKAMOTO
  • 学会等名: The 2015 International Chemical Congress of Pacific Basin Societies (PACIFICHEM2015)
  • 発表場所: Honolulu, Hawaii, U.S.A.
  • 年月日: 2015-12-15
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Generalized-ensemble algorithms for enhanced configurational sampling (2015)
  • 著者名/発表者名: Yuko OKAMOTO
  • 学会等名: Algorithms in Structural Bioinformatics: Sampling in Biomacromolecular Systems (AlgoSB Winter School - 2015)
  • 発表場所: Cargese, Corsica, France
  • 年月日: 2015-11-29
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] 拡張アンサンブル法による量子化学シミュレーション (2015)
  • 著者名/発表者名: 岡本祐幸
  • 学会等名: 分子研研究会「理論計算分子科学ワークショップ」
  • 発表場所: 岡崎市、日本
  • 年月日: 2015-10-22
  • 招待講演
• [学会発表] Generalized-ensemble simulations of classical and quantum molecular systems (2015)
  • 著者名/発表者名: Yuko OKAMOTO
  • 学会等名: The 6th Japan-Czech-Slovak International Symposium for Theoretical Chemistry
  • 発表場所: Smolenice, Slovakia
  • 年月日: 2015-10-11
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Generalized-ensemble simulations (2015)
  • 著者名/発表者名: Yuko OKAMOTO
  • 学会等名: Hands-on Workshop on Computational Biophysics at Okazaki
  • 発表場所: Okazaki, Japan
  • 年月日: 2015-09-09
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] 古典系および量子系の拡張アンサンブルシミュレーション (2015)
  • 著者名/発表者名: 岡本祐幸
  • 学会等名: スーパーコンピュータワークショップ
  • 発表場所: 岡崎市、日本
  • 年月日: 2015-09-07
  • 招待講演
• [学会発表] Generalized-ensemble simulations of complex systems (2015)
  • 著者名/発表者名: Yuko OKAMOTO
  • 学会等名: 2015 NCTS International Workshop on Critical Phenomena and Complex Systems
  • 発表場所: Hsinchu, Taiwan
  • 年月日: 2015-08-15
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Generalized-ensemble algorithms for calculations of ligand binding affinity (2015)
  • 著者名/発表者名: Yuko OKAMOTO
  • 学会等名: BIRS Workshop: Free-Energy Calculations. A Mathematical Perspective
  • 発表場所: Oaxaca, Mexico
  • 年月日: 2015-07-19
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Generalized-ensemble algorithms for enhanced sampling and free energy calculations (2015)
  • 著者名/発表者名: Yuko OKAMOTO
  • 学会等名: Summer Snowmass Biophysics Workshop Free Energy Calculations: Three Decades of Adventure in Chemistry and Biophysics
  • 発表場所: Snowmass, Colorado, U.S.A.
  • 年月日: 2015-07-05
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Efficient sampling methods for identifying transition states (2015)
  • 著者名/発表者名: Yuko OKAMOTO
  • 学会等名: TSRC Workshop on the Chemistry and Dynamics in Complex Environments (CHEM-DiCE)
  • 発表場所: Telluride, Colorado, U.S.A.
  • 年月日: 2015-06-23
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Efficient sampling methods for complex systems (2015)
  • 著者名/発表者名: Yuko OKAMOTO
  • 学会等名: The 19th International Annual Symposium on Computational Science and Engineering (ANSCSE19)
  • 発表場所: Ubon Ratchathani, Thailand
  • 年月日: 2015-06-17
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Invitation to serve as a Discussion Leader and present the following talk:“Generalized-ensemble algorithms for simulations of spin and bimolecular systems” (2015)
  • 著者名/発表者名: Yuko OKAMOTO
  • 学会等名: The 28th Annual Workshop of the Center of Simulational Physics: Recent Developments in Computer Simulation Studies in Condensed Matter Physics
  • 発表場所: Athens, Georgia, U.S.A.
  • 年月日: 2015-02-23 – 2015-02-27
• [学会発表] 拡張アンサンブル法による生体分子系のシミュレーション (2015)
  • 著者名/発表者名: 岡本祐幸
  • 学会等名: リトリート分子科学研究所研修 「分子科学の新世界：理論と実験のハーモニー」
  • 発表場所: 岡崎市、愛知県、日本
  • 年月日: 2015-01-24
• [学会発表] 拡張アンサンブル法による生体分子シミュレーション (2015)
  • 著者名/発表者名: 岡本祐幸
  • 学会等名: バイオスーパーコンピューティング名古屋2015
  • 発表場所: 名古屋市、愛知県、日本
  • 年月日: 2015-01-22
  • 招待講演
• [学会発表] Interactions among biological molecular assembly and among artificial molecular assebly and large-scale structural transformations (2015)
  • 著者名/発表者名: 岡本祐幸
  • 学会等名: The 3rd International Symposium on Dynamical Ordering of Biomolecular Systems for Creation of Integrated Functions
  • 発表場所: 合歓の郷、志摩市、三重県、日本
  • 年月日: 2015-01-10 – 2015-01-11
• [学会発表] Lecture 1: An introduction to replica-exchange molecular dynamics simulation Lecture 2: Generalized-ensemble algorithms (2015)
  • 著者名/発表者名: Yuko OKAMOTO
  • 学会等名: The 11th Thai Summer School of Computational Chemistry 2015 Workshop: Replica Exchange Molecular Dynamics Simulation
  • 発表場所: Nan, Thailand
  • 年月日: 2015-01-04 – 2015-01-07
  • 招待講演
• [学会発表] Protein folding and ligand binding simulations by generaized-ensemble algorithms (2014)
  • 著者名/発表者名: Yuko OKAMOTO
  • 学会等名: The 7th Korea-Japan Seminars on Biomolecular Sciences – Experiments and Simulations
  • 発表場所: Seoul, Korea
  • 年月日: 2014-11-26 – 2014-11-28
  • 招待講演
• [学会発表] レプリカ交換法によるタンパク質の立体構造 (2014)
  • 著者名/発表者名: 岡本祐幸
  • 学会等名: HPCI第1回成果報告会
  • 発表場所: 東京、日本
  • 年月日: 2014-10-31
• [学会発表] 拡張アンサンブル法による生体分子の立体構造予測 (2014)
  • 著者名/発表者名: 岡本祐幸
  • 学会等名: TCCI第5回研究会
  • 発表場所: 岡崎市、愛知県、日本
  • 年月日: 2014-10-17 – 2014-10-18
• [学会発表] 分子シミュレーションにおける拡張アンサンブル法 (2014)
  • 著者名/発表者名: 岡本祐幸
  • 学会等名: 第８回分子シミュレーションスクール －基礎から応用までー
  • 発表場所: 岡崎市、愛知県、日本
  • 年月日: 2014-10-14 – 2014-10-17
  • 招待講演
• [学会発表] Protein folding and unfolding simulations by generalized-ensemble algorithms (2014)
  • 著者名/発表者名: Yuko OKAMOTO
  • 学会等名: Dushanbe Symposium on Computational Materials and Biological Sciences (DSCMBS-2014)
  • 発表場所: Dushanbe, Tajikistan
  • 年月日: 2014-09-23 – 2014-09-28
  • 招待講演
• [学会発表] Drug design by generalized-ensemble simulations (2014)
  • 著者名/発表者名: Yuko OKAMOTO
  • 学会等名: The 6th Japan-Russia International Workshop onMolecular Simulation Studies in Material and Biological Sciences (MSSMBS-2014)
  • 発表場所: Moscow, Russia
  • 年月日: 2014-09-21 – 2014-09-22
  • 招待講演
• [学会発表] Enhanced Sampling Techniques for Spin and Biomolecular Simulations (2014)
  • 著者名/発表者名: 岡本祐幸
  • 学会等名: RIKEN Theoretical Science Colloquium
  • 発表場所: 和光市、埼玉県、日本
  • 年月日: 2014-09-16
  • 招待講演
• [学会発表] Computer simulations of protein folding, ligand binding, and proton transfer (2014)
  • 著者名/発表者名: Yuko OKAMOTO
  • 学会等名: 2nd International Conference on Computational Science and Engineering (2nd ICCSE 2014)
  • 発表場所: Ho Chi Minh City, Vietnam
  • 年月日: 2014-08-21 – 2014-08-23
  • 招待講演
• [学会発表] Enhanced configurational sampling methods for spin systems and biomolecular systems (2014)
  • 著者名/発表者名: Yuko OKAMOTO
  • 学会等名: XXVI IUPAP Conference on Computational Physics, CCP2014
  • 発表場所: Boston, Massachusetts, USA
  • 年月日: 2014-08-11 – 2014-08-14
  • 招待講演
• [学会発表] 生体分子集団および人工分子集団の相互作用と大規模構造転換 (2014)
  • 著者名/発表者名: 岡本祐幸
  • 学会等名: 新学術領域研究「動的秩序と機能」全体班会議
  • 発表場所: 小松市、石川県、日本
  • 年月日: 2014-08-04 – 2014-08-07
• [学会発表] Enhanced sampling techniques for spin and biological systems (2014)
  • 著者名/発表者名: Yuko OKAMOTO
  • 学会等名: The 10th AIMS Conference on Dynamical Systems, Differential Equations and Applications Special Session “Enhanced Sampling Techniques in Simulation of Complex Systems”
  • 発表場所: Madrid, Spain
  • 年月日: 2014-07-07 – 2014-07-11
  • 招待講演
• [学会発表] 生体分子集団の相互作用と自由エネルギー計算 (2014)
  • 著者名/発表者名: 岡本祐幸
  • 学会等名: 第14回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: 横浜市、神奈川県、日本
  • 年月日: 2014-06-25 – 2014-06-27
  • 招待講演
• [学会発表] Generalized-ensemble simulations of biological molecular assembly and artificial molecular aseembly (2014)
  • 著者名/発表者名: 岡本祐幸
  • 学会等名: The 2nd International Symposium on Dynamical Ordering of Biological Systems for Creation of Integrated Functions
  • 発表場所: 京都、日本
  • 招待講演
• [学会発表] Reweighting techniques for Monte Carlo and molecular dynamics simulations (2014)
  • 著者名/発表者名: 岡本祐幸
  • 学会等名: The 13th KIAS Protein Folding Winter School
  • 発表場所: High1Resort, Korea
  • 招待講演
• [学会発表] Enhanced sampling algorithms for biomolecular simulations (2014)
  • 著者名/発表者名: 岡本祐幸
  • 学会等名: International Workshop on Computational Biomolecular
  • 発表場所: 長野、日本
  • 招待講演
• [学会発表] 拡張アンサンブル密度汎関数分子動力学法によるＡＴＰ加水分解の研究 (2013)
  • 著者名/発表者名: 岡本祐幸
  • 学会等名: 新学術領域研究「コンピューティクスによる物質デザイン：複合相関と非平衡ダイナミクス」平成25年度第１回研究会
  • 発表場所: 東京、日本
• [学会発表] Generalized-ensemble algorithms for free energy calculations (2013)
  • 著者名/発表者名: 岡本祐幸
  • 学会等名: Free Energy Calculations: Three Decades of Adventure in Chemistry and Biophysics
  • 発表場所: Snowmass, Colorado, USA
  • 招待講演
• [学会発表] 生体分子集団および人工分子集団の相互作用と大規模構造転換 (2013)
  • 著者名/発表者名: 岡本祐幸
  • 学会等名: 新学術領域研究「動的秩序と機能」第1回公開シンポジウム
  • 発表場所: 岡崎、日本
  • 招待講演
• [学会発表] Simulational physics in generalized ensemble (2013)
  • 著者名/発表者名: 岡本祐幸
  • 学会等名: VII Brazilian Meeting on Simulational Physics
  • 発表場所: Joao Pessoa, Brazil
  • 招待講演
• [学会発表] Generalized-ensemble simulations of spin and biological systems (2013)
  • 著者名/発表者名: 岡本祐幸
  • 学会等名: The 1st International Symposium on Computational Materials and Biological Sciences
  • 発表場所: 東京、日本
  • 招待講演
• [学会発表] Generalized-ensemble algorithms for first-principles electronic structure calculations (2013)
  • 著者名/発表者名: 岡本祐幸
  • 学会等名: 16th Asian Workshop on First-Principles Electronic Structure Calculations(ASIAN-16)
  • 発表場所: Beijing, China
  • 招待講演
• [学会発表] Enhanced-sampling simulations of spin and biological systems (2013)
  • 著者名/発表者名: 岡本祐幸
  • 学会等名: West-Lake International Workshop on Statistical Physics and Complex Systems
  • 発表場所: Hangzhou, China
  • 招待講演
• [学会発表] Generalized-ensemble algorithms for molecular simulations (2013)
  • 著者名/発表者名: 岡本祐幸
  • 学会等名: The 3rd International Conference on Molecular Simulation (ICMS 2013)
  • 発表場所: 神戸、日本
  • 招待講演
• [学会発表] 拡張アンサンブル法による生体分子の高次構造と機能の解明 (2013)
  • 著者名/発表者名: 岡本祐幸
  • 学会等名: 物性研スパコン共同利用・CMSI合同研究会（第4回CMSI研究会）
  • 発表場所: 柏市、日本
  • 招待講演
• [学会発表] Computer modeling of complex systems by generalized-ensemble simulations (2013)
  • 著者名/発表者名: 岡本祐幸
  • 学会等名: The 2013 Hong Kong Workshop in Computer Modeling of Complex Processes
  • 発表場所: Hong Kong
  • 招待講演
• [学会発表] 拡張アンサンブル法による分子シミュレーション
  • 著者名/発表者名: 岡本祐幸
  • 学会等名: 第3回産学連携シンポジウム「HPCの利用と成果と人材」
  • 発表場所: 名古屋、日本
  • 招待講演
• [図書] Molecular Science of Fluctuations Toward Biological Functions (2016)
  • 著者名/発表者名: M. Terazima, M. Kataoka, R. Ueoka, and Y. Okamoto (eds.)
  • 総ページ数: 270
  • 出版者: Springer
• [図書] “Conformational dynamics of oligosaccharides characterized by paramagnetism-assisted NMR spectroscopy in conjunction with molecular dynamics simulation” in Advances in Experimental Medicine and Biology 842: Biochemical Roles of Eukaryotic Cell Surface Macromolecules (2015)
  • 著者名/発表者名: Y. Zhang, T. Yamaguchi, T. Satoh, M. Yagi-Utsumi, Y. Kamiya, Y. Sakae, Y. Okamoto, and K. Kato (edited by A. Chakrabarti and A. Surolia)
  • 出版者: Springer
• [図書] “Protein folding simulations by generalized-ensemble algorithms” in Advances in Experimental Medicine and Biology 805: Protein Conformational Dynamics (2014)
  • 著者名/発表者名: T. Yoda, Y. Sugita, and Y. Okamoto (edited by K.-L. Han, Xin Zhang, and M.-J. Yang)
  • 出版者: Springer
• [図書] Computational Methods to Study the Structure and Dynamics of Biomolecules and Biomolecular Processes – from Bioinformatics to Molecular Quantum Mechanics (2014)
  • 著者名/発表者名: Yoshitake Sakae and Yuko Okamoto (edited by A. Liwo)
  • 出版者: Springer-Verlag
• [図書] 「計算科学講座」第９巻「超多自由度系の最適化」第２章「拡張アンサンブル法 」 (2013)
  • 著者名/発表者名: 岡本祐幸 (古橋武、笹井理生編）
  • 出版者: 共立出版
• [図書] Advances in Protein Chemistry and Structural Biology, Vol. 92 (2013)
  • 著者名/発表者名: H. Kokubo, T. Tanaka, and Y. Okamoto (edited by T. Karabencheva-Christova)
  • 出版者: Academic Press
• [図書] Proceedings of the 5th Japan-Russia International Workshop MSSMBS'12 "Molecular Simulations Studies in Material and Biological Sciences" (2013)
  • 著者名/発表者名: T. Yoda, Y. Sugita, and Y. Okamoto (edited by K. Kholmurodov)
  • 出版者: Nova Science
• [図書] DOJIN BIOSCIENCEシリーズ 「生体分子の動きを探る ― 揺らぎと生体機能 ―」第12章 (2013)
  • 著者名/発表者名: 岡本祐幸（寺嶋正秀編）
  • 出版者: 化学同人
• [備考]
  • URL: http://www.tb.phys.nagoya-u.ac.jp/~okamoto/index.shtml