原子解像度で探る巨大分子・分子集合体の柔らかさと機能の関係

• 研究領域: 理論と実験の協奏による柔らかな分子系の機能の科学
• 研究課題/領域番号: 25104002
• 研究種目: 新学術領域研究(研究領域提案型)
• 配分区分: 補助金
• 審査区分: 理工系
• 研究機関: 東京工業大学 (2017); 東京大学 (2013-2016)
• 研究代表者: 北尾 彰朗 東京工業大学, 生命理工学院, 教授 (30252422)
• 研究期間 (年度): 2013-06-28 – 2018-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2017年度)
• 配分額: 119,210千円 (直接経費: 91,700千円、間接経費: 27,510千円); 2017年度: 22,750千円 (直接経費: 17,500千円、間接経費: 5,250千円); 2016年度: 22,880千円 (直接経費: 17,600千円、間接経費: 5,280千円); 2015年度: 22,750千円 (直接経費: 17,500千円、間接経費: 5,250千円); 2014年度: 22,880千円 (直接経費: 17,600千円、間接経費: 5,280千円); 2013年度: 27,950千円 (直接経費: 21,500千円、間接経費: 6,450千円)
• キーワード: 柔らかさ / ダイナミクス / 巨大分子 / 分子集合体 / 機能 / ダイナイミクス

研究成果の概要

本研究では柔らかさの特徴を織り込んだ理論開発と柔らかさと機能の関係解明を行った。柔らかさの特徴を織り込んだ理論開発と柔らかさと機能の関係解明においては、MuSTAR MD法とPaCS-MD法を開発し、タンパク質の柔らかな構造変化と機能の関係を明らかにした。理論と実験の比較に基づく理論計算の改良と柔らかさの統合的な理解では、A02計測項目の研究者と協力し、DNAおよびRNAヘアピンの構造形成と安定性の根本的な違いを明らかにするなど、様々な研究が展開できた。柔らかさを考慮した立体構造・分子機能の予測と設計に関しては、DNA光修復酵素の反応機構の解明など、A03項目研究者と共同研究を推進した。

研究成果

• [国際共同研究] University of East Anglia(英国)
• [国際共同研究] 国立精華大学(台湾)
• [国際共同研究] Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｅａｓｔ Ａｎｇｌｉａ(英国)
• [雑誌論文] Multi-strand β-sheet of Alzheimer Aβ(1-40) folds to β-strip helix: Implication for protofilament formation (2018)
  • 著者名/発表者名: Steven Hayward, Akio Kitao
  • 雑誌名: Journal of Biomolecular Structure and Dynamics 巻: 印刷中
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Molecular dynamics simulation of bacterial flagella (2018)
  • 著者名/発表者名: Kitao Akio、Hata Hiroaki
  • 雑誌名: Biophysical Reviews 巻: 10 号: 2 ページ: 203-208
  • DOI: 10.1007/s12551-017-0338-7
  • 査読あり
• [雑誌論文] Binding free energy analysis of protein-protein docking model structures by evERdock (2018)
  • 著者名/発表者名: Takemura Kazuhiro、Matubayasi Nobuyuki、Kitao Akio
  • 雑誌名: J. Chem. Phys. 巻: 148 号: 10 ページ: 105101-105101
  • DOI: 10.1063/1.5019864
  • 査読あり
• [雑誌論文] Origins of biological function in DNA and RNA hairpin loop motifs from replica exchange molecular dynamics simulation (2018)
  • 著者名/発表者名: Jacob B. Swadling, Kunihiko Ishii, Tahei Tahara and Akio Kitao
  • 雑誌名: Physical Chemistry Chemical Physics 巻: 20 号: 5 ページ: 2990-3001
  • DOI: 10.1039/c7cp06355e
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Protein-Ligand Dissociation Simulated by Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics (2017)
  • 著者名/発表者名: Tran Duy Phuoc、Takemura Kazuhiro、Kuwata Kazuo、Kitao Akio
  • 雑誌名: Journal of Chemical Theory and Computation 巻: 14 号: 1 ページ: 404-417
  • DOI: 10.1021/acs.jctc.7b00504
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Salt Bridge Formation between the I-BAR Domain and Lipids Increases Lipid Density and Membrane Curvature. (2017)
  • 著者名/発表者名: Takemura K, Hanawa-Suetsugu K, Suetsugu S, Kitao A.
  • 雑誌名: Sci Rep. 巻: 28 号: 1 ページ: 1-10
  • DOI: 10.1038/s41598-017-06334-5
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Electron Fate and Mutational Robustness in the Mechanism of (6-4)Photolyase-Mediated DNA Repair (2017)
  • 著者名/発表者名: Dokainish Hisham M.、Yamada Daichi、Iwata Tatsuya、Kandori Hideki、Kitao Akio
  • 雑誌名: ACS Catalysis 巻: 7 号: 7 ページ: 4835-4845
  • DOI: 10.1021/acscatal.7b00751
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Structure of the MotA/B Proton Channel (2017)
  • 著者名/発表者名: Kitao Akio、Nishihara Yasutaka
  • 雑誌名: Methods in molecular biology 巻: 1593 ページ: 133-145
  • DOI: 10.1007/978-1-4939-6927-2_10
  • ISBN: 9781493969265, 9781493969272
  • 査読あり
• [雑誌論文] High quality rendering of protein dynamics in space filling mode (2017)
  • 著者名/発表者名: Matthews Nick、Easdon Robert、Kitao Akio、Hayward Steven、Laycock Stephen
  • 雑誌名: Journal of Molecular Graphics & Modellin 巻: 78 ページ: 158-167
  • DOI: 10.1016/j.jmgm.2017.09.017
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Molecular Dynamics Study of Nitrogen-Pyramidalized Bicyclic β-Proline Oligomers: Length-Dependent Convergence to Organized Structure (2017)
  • 著者名/発表者名: Yuko Otani, Satoshi Watanabe, Tomohiko Ohwada, Akio Kitao
  • 雑誌名: The Journal of Physical Chemistry B 巻: 121 号: 1 ページ: 100-109
  • DOI: 10.1021/acs.jpcb.6b10668
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Functional Conversion of CPD and (6-4) Photolyases by Mutation (2016)
  • 著者名/発表者名: Daichi Yamada, Hisham M. Dokainish, Tatsuya Iwata, Junpei Yamamoto, Tomoko Ishikawa, Takeshi Todo, Shigenori Iwai, Elizabeth D. Getzoff, Akio Kitao, and Hideki Kandori
  • 雑誌名: Biochemistry 巻: 55 号: 30 ページ: 4173-4183
  • DOI: 10.1021/acs.biochem.6b00361
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Computational Assignment of the Histidine Protonation State in (6-4) Photolyase Enzyme and Its Effect on the Protonation Step (2016)
  • 著者名/発表者名: Hisham MM Dokainish and Akio Kitao
  • 雑誌名: ACS Catalysis 巻: 6 号: 8 ページ: 5500-5507
  • DOI: 10.1021/acscatal.6b01094
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics for Efficient Conformational Sampling and Free Energy Calculation of Proteins (2016)
  • 著者名/発表者名: Akio Kitao, Tyuhei Harada, Yasutaka Nishihara and Duy Phuoc Tran
  • 雑誌名: AIP Conference Proceedings 巻: 1790 ページ: 020013-020013
  • DOI: 10.1063/1.4968639
  • 査読あり / 国際共著 / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] High anisotropy and frustration: the keys to regulating protein function efficiently in crowded environments (2016)
  • 著者名/発表者名: Akio Kitao and Kazuhiro Takemura
  • 雑誌名: Curr Opin Struct Biol 巻: 42 ページ: 50-58
  • DOI: 10.1016/j.sbi.2016.10.014
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Eritoran inhibits S100A8-mediated TLR4/MD-2 activation and tumor growth by changing the immune microenvironment. (2016)
  • 著者名/発表者名: Deguchi A, Tomita T, Ohto U, Takemura K, Kitao A, Akashi-Takamura, S, Miyake K, and Maru Y.
  • 雑誌名: Oncogene 巻: 35 号: 11 ページ: 1445-1456
  • DOI: 10.1038/onc.2015.211
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Gate-controlled proton diffusion and protonation-induced ratchet motion in the stator of the bacterial flagellar motor (2015)
  • 著者名/発表者名: Yasutaka Nishihara and Akio Kitao
  • 雑誌名: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 巻: 112 号: 25 ページ: 7737-7742
  • DOI: 10.1073/pnas.1502991112
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Drug Targeting Based on a New Concept-Targeting Against TLR4 as an Example (2015)
  • 著者名/発表者名: Yoshiro Maru, Takeshi Tomita, Atsuko Deguchi, Katsuaki Ieguchi, Morichuka Takita, Fujiko Tsukahara, Kazuhiro Takemura, Akio Kitao, and Fabian Gusovsky
  • 雑誌名: Endocrine Metabolic & Immune Disorders-Drug Targets 巻: 15 号: 2 ページ: 83-87
  • DOI: 10.2174/187153031502150522123746
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Monte Carlo Sampling with Linear Inverse Kinematics for Simulation of Proteins Flexible Regions (2015)
  • 著者名/発表者名: Steven Hayward and Akio Kitao
  • 雑誌名: J. Chem. Theor. Comput. 巻: 11 号: 8 ページ: 3895-3905
  • DOI: 10.1021/acs.jctc.5b00215
  • 査読あり / 国際共著 / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Non-targeted parallel cascade selection molecular dynamics (nt-PaCS-MD) for enhancement of the conformational sampling of proteins (2015)
  • 著者名/発表者名: Ryuhei Harada and Akio Kitao
  • 雑誌名: J. Chem. Theor. Comput. 巻: 11 号: 11 ページ: 5493-5502
  • DOI: 10.1021/acs.jctc.5b00723
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Design, synthesis and structure-activity relationship studies of novel sirtuin 2 (SIRT2) inhibitors with a benzamide skeleton. (2015)
  • 著者名/発表者名: Taki Sakai, Yotaro Matsumoto, Minoru Ishikawa, Kazuyuki Sugita, Yuichi Hashimoto, Nobuhiko Wakai, Akio Kitao, Era Morishita, Chikashi Toyoshima, Tomoatsu Hayashi, Tetsu Akiyama
  • 雑誌名: Bioorg Med Chem. 巻: 23 号: 2 ページ: 328-339
  • DOI: 10.1016/j.bmc.2014.11.027
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] TRPV4 channel activity is modulated by direct interaction of the ankyrin domain to PI(4,5)P2 (2014)
  • 著者名/発表者名: Nobuaki Takahashi, Sayaka Hamada-Nakahara, Yuzuru Itoh, Kazuhiro Takemura, Atsushi Shimada,Yoshifumi Ueda, Manabu Kitamata, Rei Matsuoka, Kyoko Hanawa-Suetsugu, Yosuke Senju, Masayuki X. Mori, Shigeki Kiyonaka, Daisuke Kohda, Akio Kitao, Yasuo Mori and Shiro Suetsugu
  • 雑誌名: Nature Communications 巻: 5 号: 1 ページ: 4994-4994
  • DOI: 10.1038/ncomms5994
  • NAID: 130005100825
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Ligand-Induced Protein Responses and Mechanical Signal Propagation Described by Linear Response Theories (2014)
  • 著者名/発表者名: Lee-Wei Yang, Akio Kitao, Bang-chieh Huang and Nobuhiro Go
  • 雑誌名: Biophysical Journal 巻: 107 号: 6 ページ: 1415-1425
  • DOI: 10.1016/j.bpj.2014.07.049
  • 査読あり
• [雑誌論文] タンパク質の柔らかな運動を誘起する分子シミュレーション (2014)
  • 著者名/発表者名: 原田隆平,北尾彰朗
  • 雑誌名: 生物物理 巻: 54 号: 3 ページ: 167-171
  • DOI: 10.2142/biophys.54.167
  • NAID: 130004719369
  • ISSN: 0582-4052, 1347-4219
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] カスケード型超並列シミュレーションによるタンパク質構造遷移のパスウェイ探索 (2014)
  • 著者名/発表者名: 西原泰孝, 原田隆平, 北尾彰朗
  • 雑誌名: 統計数理 巻: 62 ページ: 273-284
  • NAID: 120006020818
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Conformational transition pathway and free energy analyses of proteins by parallel cascade selection molecular dynamics (PaCS-MD) (2014)
  • 著者名/発表者名: Ryuhei Harada, Yasutaka Nishihara, Nobuhiko Wakai, and Akio Kitao
  • 雑誌名: AIP Conference Proceedings 巻: 1618 ページ: 86-86
  • DOI: 10.1063/1.4897682
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Mechanism of Deep-sea Fish α-Actin Pressure Tolerance Investigated by Molecular Dynamics Simulations (2014)
  • 著者名/発表者名: Nobuyuki Wakai and Akio Kitao
  • 雑誌名: PLoS ONE 巻: 9 号: 1 ページ: e85852-e85852
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0085852
  • 査読あり
• [雑誌論文] Parallel cascade selection molecular dynamics (PaCS-MD) to generate conformational transition pathway (2013)
  • 著者名/発表者名: Ryuhei Harada and Akio Kitao
  • 雑誌名: Journal of Chemical Physics 巻: 139 号: 3
  • DOI: 10.1063/1.4813023
  • 査読あり
• [雑誌論文] MuSTAR MD: Multi-scale sampling using temperature accelerated and replica exchange molecular dynamics (2013)
  • 著者名/発表者名: Yu Yamamori and Akio Kitao
  • 雑誌名: Journal of Chemical Physics 巻: 139 号: 14
  • DOI: 10.1063/1.4823743
  • 査読あり
• [雑誌論文] 分子シミュレーションによるタンパク質ダイナミクスとテラヘルツ分光 (2013)
  • 著者名/発表者名: 城地保昌,北尾彰朗
  • 雑誌名: 化学工業 巻: 64 ページ: 7-13
• [学会発表] カスケード型超並列シミュレーションでみるCheY-FliM複合体解離に対する圧力の影響 (2018)
  • 著者名/発表者名: 畑宏明、北尾彰朗
  • 学会等名: 2017年度べん毛研究交流会
• [学会発表] Na+駆動型べん毛モーターPomA/PomBのThr残基のイオン透過における役割MDシミュレーション結果 (2018)
  • 著者名/発表者名: 尾上靖宏， 岩城雅代，信夫愛、西原泰孝、岩月哲人、寺島浩行、北尾 彰朗、神取秀樹、本間道夫
  • 学会等名: 2017年度べん毛研究交流会
• [学会発表] PaCS-MDによるタンパク質のダイナミクスと離合集散 (2018)
  • 著者名/発表者名: 北尾彰朗
  • 学会等名: 物性研究所スパコン共同利用・CCMS合同研究会「計算物質科学の今と未来」
  • 招待講演
• [学会発表] 分子シミュレーションによる細菌べん毛モーターの分子機構 (2017)
  • 著者名/発表者名: 北尾彰朗
  • 学会等名: 日本物理学会第72回年次大会
  • 発表場所: 大阪大学豊中キャンパス（大阪市豊中市）
  • 年月日: 2017-03-17
  • 招待講演
• [学会発表] 実験と計算によるp53 の標的DNA 配列探索機能（１） (2017)
  • 著者名/発表者名: 北尾彰朗
  • 学会等名: 日本化学会第９７春季年会
  • 発表場所: 慶應義塾大学日吉キャンパス(神奈川県横浜市)
  • 年月日: 2017-03-16
  • 招待講演
• [学会発表] Dynamic structure of bacterial flagellar proteins observed in silico (2017)
  • 著者名/発表者名: Akio Kitao
  • 学会等名: Bacterial Flagella, Injectisome and Type III Secretion Systems
  • 発表場所: 沖縄科学技術大学院大学（沖縄県恩納村）
  • 年月日: 2017-03-01
  • 国際学会
• [学会発表] ＰａＣＳ-ＭＤでみる蛋白質の柔らかさ・離合集散と機能 (2017)
  • 著者名/発表者名: 北尾彰朗
  • 学会等名: 第17回日本蛋白質科学会年会
  • 招待講演
• [学会発表] Electron fate and mutational robustness in the mechanism of (6-4) photolyase-mediated DNA repair (2017)
  • 著者名/発表者名: Hisham M. Dokainish, Daichi Yamada, Tatsuya Iwata, Hideki Kandori and Akio Kitao
  • 学会等名: 5th AWEST 2017 the 5th Awaji International Workshop on “Electron Spin Science & Technology: Biological and Materials Science Oriented Applications”
  • 国際学会
• [学会発表] Protein-protein complex structure prediction using the solution theory in the energy representation (2017)
  • 著者名/発表者名: 竹村和浩, 松林伸幸, 北尾彰朗
  • 学会等名: 第55回日本生物物理学会
• [学会発表] MD シミュレーションを用いた構造サンプリングによるドッキングタンパク質ータンパク質複合体結合自由エネルギー評価の精密化 (2017)
  • 著者名/発表者名: 信夫愛, 竹村和浩, 北尾彰朗
  • 学会等名: 第55回日本生物物理学会
• [学会発表] Improvement of PaCS-MD based Flexible Docking Methods (2017)
  • 著者名/発表者名: Phuoc Duy Tran and Akio Kitao
  • 学会等名: 第55回日本生物物理学会
• [学会発表] 生体高分子の離合集散ダイナミクス (2017)
  • 著者名/発表者名: 北尾彰朗
  • 学会等名: 第66回高分子討論会
  • 招待講演
• [学会発表] Electron fate and mutational robustness in the mechanism of (6-4) photolyase-mediated DNA repair (2017)
  • 著者名/発表者名: Dokainish Hisham M.、Yamada Daichi、Iwata Tatsuya、Kandori Hideki、Kitao Akio
  • 学会等名: WATOC2017-World Association of Theoretical and Computational Chemists
  • 国際学会
• [学会発表] Refining binding free energies of docked complexes by sampling configurations during molecular dynamics simulations (2017)
  • 著者名/発表者名: Ai Shinobu Kazuhiro Takemura Akio Kitao
  • 学会等名: Conformational Ensembles from Experimental Data and Computer Simulations
  • 国際学会
• [学会発表] Protein-peptide dissociation at high pressure studied by parallel cascade selection molecular dynamics simulations (2017)
  • 著者名/発表者名: 畑宏明, 西原泰孝, 西山雅祥, 川岸 郁朗, 北尾彰朗
  • 学会等名: 第55回日本生物物理学会
• [学会発表] Refining binding free energies of docked protein-protein complexes by sampling conformations during molecular dynamics simulations (2017)
  • 著者名/発表者名: Ai Shinobu Kazuhiro Takemura Akio Kitao
  • 学会等名: 第56回日本生物物理学会
• [学会発表] Dissociation and Association Dynamics of Proteins (2017)
  • 著者名/発表者名: Akio Kitao
  • 学会等名: TSCR Workshop on Protein Dynamics
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Simulating biomolecular interactions and functions (2016)
  • 著者名/発表者名: Akio Kitao
  • 学会等名: 1st International Symposium on Research and Education of Computational Science (RECS)
  • 発表場所: 東京大学小柴ホール（東京都文京区）
  • 年月日: 2016-11-29
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] DNA光回復酵素の機能発現メカニズム (2016)
  • 著者名/発表者名: 北尾彰朗、神取秀樹
  • 学会等名: 「柔らかな分子系」第４回公開シンポジウム
  • 発表場所: 名古屋工業大学（愛知県名古屋市）
  • 年月日: 2016-10-27
• [学会発表] Parallel cascade selection molecular dynamics for efficient conformational sampling of biomolecular systems (2016)
  • 著者名/発表者名: Akio Kitao
  • 学会等名: International Conference on Molecular Simulation 2016
  • 発表場所: 上海交通大学（中国上海市）
  • 年月日: 2016-10-23
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] タンパク質との相互作用による脂質膜の構造変化ダイナミクス (2016)
  • 著者名/発表者名: 北尾彰朗
  • 学会等名: 第89回日本生化学会大会
  • 発表場所: 仙台国際センター（宮城県仙台市）
  • 年月日: 2016-09-25
  • 招待講演
• [学会発表] Structure, dynamics, and function of bacterial flagella investigated by molecular dynamics simulation (2015)
  • 著者名/発表者名: Akio Kitao
  • 学会等名: The International Chemical Congress of Pacific Basin Societies 2015
  • 発表場所: Honolulu, HI, USA
  • 年月日: 2015-12-15
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Solvation effects on protein interaction with other molecules (2015)
  • 著者名/発表者名: Akio Kitao
  • 学会等名: Symposium of 53rd Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
  • 発表場所: 金沢大学角間キャンパス（石川県・金沢市）
  • 年月日: 2015-09-13
  • 招待講演
• [学会発表] Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics (PaCS-MD) to explore conformational spaces of proteins efficiently (2015)
  • 著者名/発表者名: Akio Kitao
  • 学会等名: Workshop on Kinetics of Enzymes and Molecular Machines
  • 発表場所: Beijing, China
  • 年月日: 2015-08-18
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Proton permeation mechanisms in the stator of bacterial flagellar motor (2015)
  • 著者名/発表者名: Akio Kitao
  • 学会等名: Telluride Research Center Workshop on Protein Dynamics
  • 発表場所: Telluride, CO, USA
  • 年月日: 2015-08-03
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Dynamics and Function of Bacterial Flagella Investigated by Molecular Simulation (2015)
  • 著者名/発表者名: Akio Kitao
  • 学会等名: The 20th Biophysics Conference
  • 発表場所: Academia Sinica, 台北、台湾
  • 年月日: 2015-05-12
  • 招待講演
• [学会発表] Membrane deformation induced by proteins (2015)
  • 著者名/発表者名: Akio Kitao
  • 学会等名: 分子研研究会「生体分子の構造、ダイナッミクス、機能」「Architecture, dynamics, and functionality of molecular biosystems」
  • 発表場所: 自然科学研究機構 分子研 研究棟201セミナー室（愛知県・岡崎市）
  • 年月日: 2015-03-30 – 2015-03-31
  • 招待講演
• [学会発表] 高度な分子動力学によるタンパク質の機能シミュレーション (2015)
  • 著者名/発表者名: 北尾彰朗
  • 学会等名: スーパーコンピュータワークショップ２０１５
  • 発表場所: 岡崎コンファレンスセンター（愛知県・岡崎市）
  • 年月日: 2015-01-29 – 2015-01-30
  • 招待講演
• [学会発表] Observing soft functional motion of proteins in silico (2014)
  • 著者名/発表者名: Akio Kitao
  • 学会等名: 第52回日本生物物理学会年会シンポジウム
  • 発表場所: 札幌コンベンションセンター（北海道・札幌市）
  • 年月日: 2014-09-25 – 2014-09-27
  • 招待講演
• [学会発表] Molecular simulation of proteins: Pressure tolerance of deep-sea fish actin and membrane deformation induced by I-BAR domain (2014)
  • 著者名/発表者名: Akio Kitao
  • 学会等名: 1st SPIRITS Workshop“Manipulation of Integrated Molecular Reaction Processes in living cell
  • 発表場所: Kyoto/Campus Plaza Kyoto
  • 年月日: 2014-09-02
  • 招待講演
• [学会発表] Conformational Transition Pathway and Free Energy Analyses of Proteins by Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics (PaCS-MD) (2014)
  • 著者名/発表者名: Ryuhei Harada, Yasutaka Nishihara, Nobuhiko Wakai and Akio Kitao
  • 学会等名: International Conference of Computational Methods in Sciences and Engineering (ICCMSE 2014)
  • 発表場所: Athens, Greece/Metropolitan Hotel
  • 年月日: 2014-04-04 – 2014-04-07
  • 招待講演
• [学会発表] バイオ分子が働く様子をコンピュータでみてみよう (2014)
  • 著者名/発表者名: 北尾彰朗
  • 学会等名: 化学への招待－講演会；コンピュータ化学で物質の振舞いや生命現象を「見る」
  • 発表場所: 東京都目黒区/東大生産技術研究所コンベンションホール
  • 招待講演
• [学会発表] 柔らかさを利用したタンパク質とその集合体の機能制御 (2014)
  • 著者名/発表者名: 北尾彰朗
  • 学会等名: 日本化学会 第94春季年会 シンポジウム
  • 発表場所: 愛知県名古屋市/名古屋大学東山キャンパス
  • 招待講演
• [学会発表] How Can Soft Molecular Machinery Be Well-Regulated? Structure and Function of Bacterial Flagella (2013)
  • 著者名/発表者名: Akio Kitao
  • 学会等名: 第15回日韓分子科学シンポジウム
  • 発表場所: 兵庫県神戸市/ホテル北野プラザ六甲荘
  • 招待講演
• [学会発表] 分子シミュレーションによる大腸菌べん毛モーター固定子MotA/Bの立体構造モデリングとプロトン透過メカニズム (2013)
  • 著者名/発表者名: 北尾彰朗
  • 学会等名: 第3回分子モーター討論会
  • 発表場所: 東京都文京区/東京大学フードサイエンス棟中島董一郎記念ホール
  • 招待講演
• [学会発表] Exploring protein conformational transition pathways with efficient molecular simulation method (2013)
  • 著者名/発表者名: Akio Kitao
  • 学会等名: Telluride Science Research Center Protein Dynamics Workshop on Protein Dynamics
  • 発表場所: Telluride, CO, USA
  • 招待講演
• [学会発表] 集団座標による分子シミュレーションの解析 (2013)
  • 著者名/発表者名: 北尾彰朗
  • 学会等名: 第7回分子シミュレーションスクール」「TCCIウィンターカレッジ」
  • 発表場所: 愛知県岡崎市/岡崎コンファレンスセンター
  • 招待講演
• [学会発表] 巨大生体超分子の構造転移制御メカニズム (2013)
  • 著者名/発表者名: 北尾彰朗
  • 学会等名: HPCI戦略プログラム 分野1×分野2 シンポジウムin 名大「生体分子複合システムを計算する－相互作用は何をもたらすのか－」
  • 発表場所: 愛知県名古屋市/名古屋大学IB電子情報館
  • 招待講演
• [図書] In Silico創薬におけるスクリーニングの高速化、高精度化技術 (2018)
  • 著者名/発表者名: 北尾彰朗、畑宏明(第2章第2節著)
  • 総ページ数: 540
  • 出版者: 技術情報協会
  • ISBN: 9784861046889
• [備考] 北尾研究室
  • URL: http://www.kitao.bio.titech.ac.jp/
• [備考] 北尾研究室 Web Service and Software Download
  • URL: http://kitao02.bio.titech.ac.jp/
• [備考] Laboratory of Computational Protein Science
  • URL: http://www.iam.u-tokyo.ac.jp/MolDes/
• [備考] 生理的に重要なイオンを運ぶ通り道TRPV4の新たな制御機構を解明
  • URL: http://www.u-tokyo.ac.jp/public/public01_260926_02_j.html
• [備考] 東京大学分子細胞生物学研究所計算分子機能研究分野
  • URL: http://www.iam.u-tokyo.ac.jp/MolDes/