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分子シミュレーションによる生体活性サイトの構造・機能相関の解明とデザイン

計画研究

研究領域3D活性サイト科学
研究課題/領域番号 26105012
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

配分区分補助金
審査区分 理工系
研究機関広島市立大学 (2015-2018)
大阪大学 (2014)

研究代表者

鷹野 優  広島市立大学, 情報科学研究科, 教授 (30403017)

研究分担者 石北 央  東京大学, 先端科学技術研究センター, 教授 (00508111)
兼松 佑典  広島市立大学, 情報科学研究科, 研究員 (10765936)
米澤 康滋  近畿大学, 先端技術総合研究所, 教授 (40248753)
齋藤 徹  広島市立大学, 情報科学研究科, 助教 (80747494)
研究協力者 重田 育照  
神谷 克政  
庄司 光男  
近藤 寛子  
研究期間 (年度) 2014-07-10 – 2019-03-31
研究課題ステータス 完了 (2018年度)
配分額 *注記
41,470千円 (直接経費: 31,900千円、間接経費: 9,570千円)
2018年度: 8,190千円 (直接経費: 6,300千円、間接経費: 1,890千円)
2017年度: 8,190千円 (直接経費: 6,300千円、間接経費: 1,890千円)
2016年度: 8,190千円 (直接経費: 6,300千円、間接経費: 1,890千円)
2015年度: 13,000千円 (直接経費: 10,000千円、間接経費: 3,000千円)
2014年度: 3,900千円 (直接経費: 3,000千円、間接経費: 900千円)
キーワード活性サイト / 金属タンパク質 / ヘムタンパク質 / 光合成光化学系II / 分子シミュレーション / QM/MM計算 / 構造機能相関 / 分子動力学法 / 半経験的分子軌道法 / 密度汎関数法 / 光化学系II / レアイベント / ヘム
研究成果の概要

金属タンパク質は、タンパク質が活性サイトを制御することで、高い触媒能、多機能性などの優れた特性を可能にする。本研究課題では、金属タンパク質として、特にヘムタンパク質における活性サイトの多機能性と光合成光化学系II(PSII)の優れた触媒特性に着目した。これらの解明・応用に向けて、【課題1】「3D活性サイトの分子構造・電子状態の精緻化」、【課題2】「金属タンパク質の機能発現要素の抽出」、【課題3】「抽出された機能発現要素を用いた物質デザイン」を掲げ研究を遂行した。課題に取り組む中で、分子シミュレーション法の開発、活性サイトの構造や機能発現機構の解明、活性サイト設計について進展させることができた。

研究成果の学術的意義や社会的意義

PSIIのMn4CaO5錯体における水分解・酸素発生反応機構の解明に関しては、機構を利用した人工光合成の開発に大きく寄与し、エネルギー問題の解決につながるものと考えられる。また、ヘムの構造歪みに関する理論計算および統計解析により得られた結果は、ヘムタンパク質の演繹的な設計を可能にし、これまで経験的・網羅的であったバイオ材料設計から演繹的バイオ材料設計へとつながるものであろう。さらには、新たに開発された分子シミュレーション技術は金属タンパク質の機能発現に重要な構造変化をとらえることができ、生体分子の機能発現機構要素の詳細な理解にいたると期待できる。

報告書

(6件)
  • 2018 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2017 実績報告書
  • 2016 実績報告書
  • 2015 実績報告書
  • 2014 実績報告書
  • 研究成果

    (162件)

すべて 2019 2018 2017 2016 2015 2014 その他

すべて 雑誌論文 (47件) (うち国際共著 5件、 査読あり 47件、 オープンアクセス 30件、 謝辞記載あり 18件) 学会発表 (113件) (うち国際学会 24件、 招待講演 25件) 図書 (1件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Quantitative Assessment of rPM6 for Fluorine- and Chlorine-Containing Metal Complexes: Comparison with Experimental, First-Principles, and Other Semiempirical Results2018

    • 著者名/発表者名
      *T. Saito, M. Fujiwara, Y. Takano
    • 雑誌名

      Molecules

      巻: 23 号: 12 ページ: 3332-3332

    • DOI

      10.3390/molecules23123332

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Transition State Search Using rPM6: Iron- and Manganese-Catalyzed Oxidation Reactions as a Test Case2018

    • 著者名/発表者名
      Saito Toru、Takano Yu
    • 雑誌名

      Bulletin of the Chemical Society of Japan

      巻: 91 号: 9 ページ: 1377-1389

    • DOI

      10.1246/bcsj.20180119

    • NAID

      130007484202

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Statistical and quantum-chemical analysis of the effect of heme porphyrin distortion in heme proteins: Differences between oxidoreductases and oxygen carrier proteins2018

    • 著者名/発表者名
      *Y. Kanematsu, H. X. Kondo, Y. Imada, Y. Takano
    • 雑誌名

      Chemical Physics Letters

      巻: 710 ページ: 108-112

    • DOI

      10.1016/j.cplett.2018.08.071

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] rPM6 parameters for phosphorous and sulphur-containing open-shell molecules2018

    • 著者名/発表者名
      Toru Saito, Yu Takano
    • 雑誌名

      Molecular Physics

      巻: 116 号: 5-6 ページ: 602-610

    • DOI

      10.1080/00268976.2017.1377849

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A Bis(mu‐oxido)dinickel(III) Complex with a Triplet Ground State2018

    • 著者名/発表者名
      Yuma Morimoto, Yusaku Takagi, Toru Saito, Takehiro Ohta, Takashi Ogura, Norimitsu Tohnai, Motohiro Nakano, Shinobu Itoh
    • 雑誌名

      Angewandte Chemie International Edition

      巻: 印刷中 号: 26 ページ: 7640-7643

    • DOI

      10.1002/anie.201802779

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Computational Study on Atomic Structures, Electronic Properties, and Chemical Reactions at Surfaces and Interfaces and in Biomaterials2018

    • 著者名/発表者名
      Takano Yu、Kobayashi Nobuhiko、Morikawa Yoshitada
    • 雑誌名

      Journal of the Physical Society of Japan

      巻: 87 号: 6 ページ: 061013-061013

    • DOI

      10.7566/jpsj.87.061013

    • NAID

      210000134839

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Mechanism of Radical Formation in the H-Bond Network of D1-Asn298 in Photosystem II2018

    • 著者名/発表者名
      Kawashima Keisuke、Saito Keisuke、Ishikita Hiroshi
    • 雑誌名

      Biochemistry

      巻: 57 号: 33 ページ: 4997-5004

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.8b00574

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Energetic insights into two electron transfer pathways in light-driven energy-converting enzymes2018

    • 著者名/発表者名
      K. Kawashima, H. Ishikita
    • 雑誌名

      Chem. Sci.

      巻: 9 号: 17 ページ: 4083-4092

    • DOI

      10.1039/c8sc00424b

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] O2 evolution and recovery of the water-oxidizing enzyme2018

    • 著者名/発表者名
      Kawashima Keisuke、Takaoka Tomohiro、Kimura Hiroki、Saito Keisuke、Ishikita Hiroshi
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 9 号: 1 ページ: 1247-1247

    • DOI

      10.1038/s41467-018-03545-w

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Absorption-energy calculations of chlorophyll a and b with an explicit solvent model2018

    • 著者名/発表者名
      Saito Keisuke、Suzuki Takumi、Ishikita Hiroshi
    • 雑誌名

      Journal of Photochemistry and Photobiology A: Chemistry

      巻: 358 ページ: 422-431

    • DOI

      10.1016/j.jphotochem.2017.10.003

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書 2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Density functional study of porphyrin distortion effects on redox potential of heme2018

    • 著者名/発表者名
      Y. Imada, H. Nakamura, *Y. Takano
    • 雑誌名

      Journal of Computational Chemistry

      巻: 39 号: 3 ページ: 139-142

    • DOI

      10.1002/jcc.25058

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Characterization of mechanical unfolding intermediates of membrane proteins by coarse grained molecular dynamics simulation2018

    • 著者名/発表者名
      Yamada Tatsuya、Mitaku Shigeki、Yamato Takahisa
    • 雑誌名

      Chemical Physics Letters

      巻: 691 ページ: 276-282

    • DOI

      10.1016/j.cplett.2017.11.025

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Capturing an initial intermediate during the P450nor enzymatic reaction using time-resolved XFEL crystallography and caged-substrate2017

    • 著者名/発表者名
      Tosha Takehiko、Kubo Minoru, et. al
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 8 号: 1 ページ: 1-9

    • DOI

      10.1038/s41467-017-01702-1

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Assessment of semi-empirical molecular orbital calculations for describing magnetic interactions2017

    • 著者名/発表者名
      T. Saito, T. Kitagawa, T. Kawakami, S. Yamanaka, M. Okumura, Y. Takano
    • 雑誌名

      Polyhedron

      巻: 印刷中 ページ: 52-57

    • DOI

      10.1016/j.poly.2017.02.029

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] rPM6 parameters for manganese and application to transition state search for oxidation reactions of cyclohexene by manganese(IV)-oxo species2017

    • 著者名/発表者名
      *T. Saito, Y. Takano
    • 雑誌名

      Chemistry Letters

      巻: 46 号: 10 ページ: 1567-1569

    • DOI

      10.1246/cl.170687

    • NAID

      130006140026

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Reply to Breuer et al.: Molecular dynamics simulations do not provide functionally relevant values of redox potential in MtrF2017

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi C. Watanabe, Yuki Yamashita, Hiroshi Ishikita
    • 雑誌名

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      巻: 201717048 号: 47 ページ: 201717048-201717048

    • DOI

      10.1073/pnas.1717048114

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Redox potentials of ubiquinone, menaquinone, phylloquinone, and plastoquinone in aqueous solution2017

    • 著者名/発表者名
      Kishi, K. Saito, Y. Kato, H. Ishikita
    • 雑誌名

      Photosynth. Res

      巻: 134 号: 2 ページ: 193-200

    • DOI

      10.1007/s11120-017-0433-4

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Cation solvation with quantum chemical effects modeled by a size-consistent multi-partitioning quantum mechanics/molecular mechanics method2017

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi C. Watanabe, Maximilian Kubillus, Tomas Kubar, Robert Stach, Boris Mizaikoff, Hiroshi Ishikita
    • 雑誌名

      Physical Chemistry Chemical Physics

      巻: 19 号: 27 ページ: 17985-17997

    • DOI

      10.1039/c7cp01708a

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] The Existence of an Isolated Hydronium Ion in the Interior of Proteins2017

    • 著者名/発表者名
      Ikeda Takuya、Saito Keisuke、Hasegawa Ryo、Ishikita Hiroshi
    • 雑誌名

      Angewandte Chemie International Edition

      巻: 56 号: 31 ページ: 9151-9154

    • DOI

      10.1002/anie.201705512

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Origins of water molecules in the photosystem II crystal structure2017

    • 著者名/発表者名
      Naoki Sakashita, Hiroshi C. Watanabe, Takuya Ikeda, Keisuke Saito, Hiroshi Ishikita
    • 雑誌名

      Biochemistry

      巻: 56 号: 24 ページ: 3049-3057

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.7b00220

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Structural Factors That Alter the Redox Potential of Quinones in Cyanobacterial and Plant Photosystem I2017

    • 著者名/発表者名
      Kawashima Keisuke、Ishikita Hiroshi
    • 雑誌名

      Biochemistry

      巻: 56 号: 24 ページ: 3019-3028

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.7b00082

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] pKa of ubiquinone, menaquinone, phylloquinone, plastoquinone, and rhodoquinone in aqueous solution2017

    • 著者名/発表者名
      Ryo Hasegawa, Keisuke Saito, Tomohiro Takaoka, and Hiroshi Ishikita*
    • 雑誌名

      Photosynth. Res.

      巻: 印刷中 号: 1-3 ページ: 297-304

    • DOI

      10.1007/s11120-017-0382-y

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Electron transfer pathways in a multi-heme cytochrome MtrF2017

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi C. Watanabe, Yuki Yamashita, and Hiroshi Ishikita*
    • 雑誌名

      Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A.

      巻: 114 号: 11 ページ: 2916-2921

    • DOI

      10.1073/pnas.1617615114

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Self-Avoiding Conformational Sampling (SACS) Based on Histories of Past Conformational Searches2017

    • 著者名/発表者名
      *R. Harada, *Y. Shigeta
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Information and Modeling

      巻: 57 号: 12 ページ: 3070-3078

    • DOI

      10.1021/acs.jcim.7b00573

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Assessment of Methodology and Chemical Group Dependences in the Calculation of the pKa for Several Chemical Groups2017

    • 著者名/発表者名
      Matsui Toru、Shigeta Yasuteru、Morihashi Kenji
    • 雑誌名

      Journal of Chemical Theory and Computation

      巻: 13 号: 10 ページ: 4791-4803

    • DOI

      10.1021/acs.jctc.7b00587

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Dynamic Specification of Initial Structures in Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics (PaCS-MD) Efficiently Promotes Biologically Relevant Rare Events2017

    • 著者名/発表者名
      Harada Ryuhei、Shigeta Yasuteru
    • 雑誌名

      Bulletin of the Chemical Society of Japan

      巻: 90 号: 11 ページ: 1236-1243

    • DOI

      10.1246/bcsj.20170177

    • NAID

      130006201499

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] An assessment of optimal time scale of conformational resampling for parallel cascade selection molecular dynamics2017

    • 著者名/発表者名
      Harada Ryuhei、Shigeta Yasuteru
    • 雑誌名

      Molecular Simulation

      巻: 44 号: 3 ページ: 206-212

    • DOI

      10.1080/08927022.2017.1362696

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Temperature-shuffled parallel cascade selection molecular dynamics accelerates the structural transitions of proteins2017

    • 著者名/発表者名
      Harada Ryuhei、Shigeta Yasuteru
    • 雑誌名

      Journal of Computational Chemistry

      巻: 38 号: 31 ページ: 2671-2674

    • DOI

      10.1002/jcc.25060

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structural dissimilarity sampling with dynamically self-guiding selection2017

    • 著者名/発表者名
      Harada Ryuhei、Shigeta Yasuteru
    • 雑誌名

      Journal of Computational Chemistry

      巻: 38 号: 22 ページ: 1921-1929

    • DOI

      10.1002/jcc.24837

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] On-the-fly analysis of molecular dynamics simulation trajectories of proteins using the Bayesian inference method2017

    • 著者名/発表者名
      Miyashita Naoyuki、Yonezawa Yasushige
    • 雑誌名

      The Journal of Chemical Physics

      巻: 147 号: 12 ページ: 124108-124108

    • DOI

      10.1063/1.4997099

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A single amino acid mutation converts (R)-5-diphosphomevalonate decarboxylase into a kinase2017

    • 著者名/発表者名
      Kento Motoyama, Hideaki Unno, Ai Hattori, Tomohiro Takaoka, Hiroshi Ishikita, Hiroshi Kawaide, Tohru Yoshimura, and Hisashi Hemmi*
    • 雑誌名

      J. Biol. Chem.

      巻: 292 号: 6 ページ: 2457-2469

    • DOI

      10.1074/jbc.m116.752535

    • NAID

      120006305582

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Structurally conserved channels in cyanobacterial and plant photosystem II2017

    • 著者名/発表者名
      Naoki Sakashita, Hiroshi C. Watanabe, Takuya Ikeda, and Hiroshi Ishikita*
    • 雑誌名

      Photosynth. Res.

      巻: 印刷中 号: 1-3 ページ: 75-85

    • DOI

      10.1007/s11120-017-0347-1

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] TaBoo SeArch (TBSA) algorithm with a modified inverse histogram for reproducing biologically relevant rare-events of proteins,2016

    • 著者名/発表者名
      *R. Harada,*Y. Takano, *Y. Shigeta,
    • 雑誌名

      J. Chem. Theory Comput.,

      巻: 12 号: 5 ページ: 2346-2445

    • DOI

      10.1021/acs.jctc.6b00082

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] A method for predicting protein conformational pathways by using molecular dynamics simulations guided by difference distance matrices2016

    • 著者名/発表者名
      Yasushige Yonezawa
    • 雑誌名

      Journal of Computational Chemistry

      巻: 37 号: 13 ページ: 1139-1146

    • DOI

      10.1002/jcc.24296

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] pKa of a proton conducting water chain in photosystem II2016

    • 著者名/発表者名
      Tomohiro Takaoka, Naoki Sakashita, Keisuke Saito, and Hiroshi Ishikita*
    • 雑誌名

      J. Phys. Chem. Lett.

      巻: 7 号: 10 ページ: 1925-1932

    • DOI

      10.1021/acs.jpclett.6b00656

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Inverse Ubbelohde Effect in the Short Hydrogen Bond of Photosystem II: Relation between H/D Isotope Effect and Symmetry in Potential Energy Profile2016

    • 著者名/発表者名
      Y. Kanematsu, Y. Takano, and M. Tachikawa,
    • 雑誌名

      J. Comput. Chem.

      巻: 37 号: 23 ページ: 2140-2145

    • DOI

      10.1002/jcc.24438

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Reparameterization of PM6 applied to organic diradical molecules2016

    • 著者名/発表者名
      *T. Saito, Y. Kitagawa, Y. Takano
    • 雑誌名

      J. Phys. Chem. A,

      巻: 120 号: 43 ページ: 8750-8760

    • DOI

      10.1021/acs.jpca.6b08530

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] “Applicability of Density Functional Tight Binding Method with Dispersion Correction to Investigate the Adsorption of Porphyrin/Porphycene Metal Complexes on Graphene”,2016

    • 著者名/発表者名
      Y. Kanematsu, K. Gohara, H. Yamada, and Y. Takano
    • 雑誌名

      Chemistry Letters,

      巻: 46 号: 1 ページ: 51-52

    • DOI

      10.1246/cl.160887

    • NAID

      130005308330

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Common folding processes of the fast-folding proteins: Partial formations of secondary structures initiate the immediate protein folding2016

    • 著者名/発表者名
      *R. Harada,*Y. Takano, *Y. Shigeta,
    • 雑誌名

      J. Comput. Chem. in press.

      巻: - 号: 11 ページ: 767-853

    • DOI

      10.1002/jcc.24748

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Forced unfolding mechanism of bacteriorhodopsin as revealed by coarse-grained molecular dynamics2016

    • 著者名/発表者名
      T. Yamada, T. Yamato, S. Mitaku
    • 雑誌名

      Biophys. J.

      巻: - 号: 10 ページ: 2086-2098

    • DOI

      10.1016/j.bpj.2016.09.051

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Density functional study of molecular interactions in secondary structures of proteins2016

    • 著者名/発表者名
      Takano Y, Kusaka A, Nakamura H
    • 雑誌名

      Biophysics and Physicobiology

      巻: 13 号: 0 ページ: 27-35

    • DOI

      10.2142/biophysico.13.0_27

    • NAID

      130005126232

    • ISSN
      2189-4779
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Development of Massive Multilevel Molecular Dynamics Simulation Program, Platypus (PLATform for dYnamic Protein Unified Simulation), for the Elucidation of Protein2016

    • 著者名/発表者名
      Takano Y, Nakata K, Yonezawa Y, Nakamura H
    • 雑誌名

      Journal of Computational Chemistry

      巻: 37 号: 12 ページ: 1125-1132

    • DOI

      10.1002/jcc.24318

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Efficient conformational sampling of proteins based on a multi-dimensional TaBoo SeArch algorithm:2015

    • 著者名/発表者名
      Ryuhei Harada, Yu Takano, Yasuteru Shigeta
    • 雑誌名

      Chemical Physics Letters

      巻: 630 ページ: 68-75

    • DOI

      10.1016/j.cplett.2015.04.039

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Energetics of proton release on the first oxidation step in the water-oxidizing enzyme2015

    • 著者名/発表者名
      K. Saito, A. W. Rutherford, H. Ishikita
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 6 号: 1 ページ: 8488-8488

    • DOI

      10.1038/ncomms9488

    • NAID

      120006348507

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Protein folding pathways extracted by OFLOOD: Outlier FLOODing method2015

    • 著者名/発表者名
      Ryuhei Harada, Tomotake Nakamura, Yu Takano, Yasuteru Shigeta
    • 雑誌名

      Journal of Computational Chemistry

      巻: 36 号: 2 ページ: 97-102

    • DOI

      10.1002/jcc.23773

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Enhanced conformational sampling method for proteins based on the TaBoo SeArch (TBSA) algorithm: Application to the folding of a mini-protein, chignolin2015

    • 著者名/発表者名
      Ryuhei Harada, Yu Takano, Yasuteru Shigeta
    • 雑誌名

      Journal of Computational Chemistry

      巻: 36 号: 10 ページ: 763-772

    • DOI

      10.1002/jcc.23854

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Simple, yet powerful methodologies for conformational sampling of proteins2015

    • 著者名/発表者名
      Ryuhei Harada, Yu Takano, Takeshi Baba, Yasuteru Shigeta
    • 雑誌名

      Physical Chemistry Chemical Physics

      巻: 17 号: 9 ページ: 6155-6173

    • DOI

      10.1039/c4cp05262e

    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [学会発表] Energy transfer and residue interaction network of proteins2019

    • 著者名/発表者名
      Takahisa Yamato
    • 学会等名
      Telluride Science Research Center Workshop -The role of fluctuations and dynamics in biomolecular function
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 計算科学による金属蛋白質活性中心の電子構造制御に関する研究-ヘムの構造歪みに関する構造機能相関-2019

    • 著者名/発表者名
      鷹野優
    • 学会等名
      スーパーコンピュータワークショップ2018
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 分子シミュレーションによる生体活性サイトの構造・機能相関の解明2019

    • 著者名/発表者名
      鷹野優
    • 学会等名
      新学術領域「3D活性サイト科学」第9回成果報告会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] Quantitative Assessment of Reparameterized PM6 (rPM6) for Hydrogen Atom Transfer Reactions2019

    • 著者名/発表者名
      Toru Saito, Hiroki Kambara, Yu Takano
    • 学会等名
      The 59th Sanibel Symposium
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Molecular dynamics study of structural fluctuations in CDR-H3 of anti-HIV antibodies PG9 and PG162019

    • 著者名/発表者名
      Naoki Tanabe, Ryo Kiribayashi, Hiroko X. Kondo, Daisuke Kuroda, Toru Saito, Jiro Kohda, Akimitsu Kugimiya, Yasuhisa Nakano, Kosuke Tsumoto, Yu Takano
    • 学会等名
      The 59th Sanibel Symposium
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Statistical and Quantum-chemical Analysis of the Effect of Heme Porphyrin Distortion in Heme Proteins: Differences between Oxidoreductases and Oxygen Carrier Proteins2019

    • 著者名/発表者名
      Yu Takano, Yusuke Kanematsu, Hiroko X. Kondo, Yasuhiro Imada
    • 学会等名
      Symposium on 3D Active-site Science in London-3D Atomic-imaging Technologies from Material to Biology-
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Statistical and quantum-chemical analysis of the effect of heme porphyrin distortion in heme proteins: .Differences between oxidoreductases and oxygen carrier proteins2018

    • 著者名/発表者名
      Yu Takano
    • 学会等名
      International Congress on Pure & Applied Chemistry Langkawi (ICPAC Langkawi) 2018
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Electron and proton transfer reactions in photosynthetic reaction centers2018

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Ishikita
    • 学会等名
      10th symposium on Discovery, Fusion, Creation of New Knowledge by Multidisciplinary Computational Sciences: CCS International Symposium 2018
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Molecular structure and function of photosystem II2018

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Ishikita
    • 学会等名
      1st Asia-Oceania International Congress on Photosynthesis
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Redox potentials of cofactors in electron transfer branches in photosynthetic reaction centers2018

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Ishikita
    • 学会等名
      The 56th Annual Meeting of The biophysical Society of Japan
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Applications of rPM6 to Catalytic Oxidation Reactions2018

    • 著者名/発表者名
      Toru Saito
    • 学会等名
      International Congress on Pure & Applied Chemistry Langkawi (ICPAC Langkawi) 2018
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] QM/MM analysis of metalloenzymes and beyond2018

    • 著者名/発表者名
      Yasuteru Shigeta
    • 学会等名
      Quantum International Frontiers 2018
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] QM/MM analysis of metalloenzymes2018

    • 著者名/発表者名
      Yasuteru Shigeta
    • 学会等名
      The Asia Hub for e-Drug Discovery Symposium
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Data-driven Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics2018

    • 著者名/発表者名
      Yasuteru Shigeta
    • 学会等名
      22nd International Annual Symposium on Computational Science and Engineering (ANSCSE22)
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 計算科学による金属蛋白質活性中心の電子構造制御に関する研究-ヘムの構造歪みに関する構造機能相関を例として-2018

    • 著者名/発表者名
      鷹野優
    • 学会等名
      第31回生物無機化学夏季セミナー
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] コンピュータを使って金属タンパク質の活性サイトを観察・分類し、しくみを理解する2018

    • 著者名/発表者名
      鷹野優
    • 学会等名
      北見工業大学バイオ情報学セミナー
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 実験結果ありきではない蛋白質分子の理論研究をめざして2018

    • 著者名/発表者名
      石北央
    • 学会等名
      理研シンポジウム 計算で物事を理解する予測する
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 計算化学による金属酵素と生体模倣触媒の研究2018

    • 著者名/発表者名
      齋藤徹
    • 学会等名
      2018年度日本生物物理学会北海道支部例会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 第一原理計算による生命機能の探求2018

    • 著者名/発表者名
      重田育照
    • 学会等名
      第26回XFEL構造生物ミーティング
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 分子シミュレーションによる生体活性サイトの構造・機能相関の解明2018

    • 著者名/発表者名
      鷹野優
    • 学会等名
      新学術領域「3D活性サイト科学」第8回成果報告会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] ONIOM法によるシアル酸転移酵素CstIIの反応機構解析2018

    • 著者名/発表者名
      兼松佑典・浜田洋次郎・立川仁典・鷹野優
    • 学会等名
      第18回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] 構造機能相関解析に向けたヘムタンパク質のデータベースの構築2018

    • 著者名/発表者名
      近藤寛子・藤井理則・兼松佑典・今田康博・鷹野優・吉田孝
    • 学会等名
      第67回高分子討論会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] 計算化学による含フッ素医薬品の設計2018

    • 著者名/発表者名
      齋藤徹・鷹野優
    • 学会等名
      フルオラス科学研究会第11回シンポジウム
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] 多核金属錯体の高速電子状態計算2018

    • 著者名/発表者名
      齋藤徹・鷹野優
    • 学会等名
      第8回3D活性サイト科学成果報告会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] ONIOM法によるF-actinのATP加水分解反応機構の解析2018

    • 著者名/発表者名
      兼松佑典・ 鷹野優・ 武田修一・小池亮太郎・太田元規・前田雄一郎
    • 学会等名
      第8回3D活性サイト科学成果報告会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] 半経験的分子軌道法rPM6の複核遷移金属錯体への適用2018

    • 著者名/発表者名
      齋藤徹・鷹野優
    • 学会等名
      日本コンピュータ化学会2018秋季年会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] 電子状態計算と統計解析によるヘムの構造歪みの構造機能相関2018

    • 著者名/発表者名
      兼松佑典・近藤寛子・今田康博・鷹野優
    • 学会等名
      日本コンピュータ化学会2018秋季年会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] Statistical and quantum-chemical analysis of the effect of heme porphyrin distortion in heme proteins: differences between oxidoreductases and oxygen carrier proteins2018

    • 著者名/発表者名
      Yusuke Kanematsu, Hiroko X. Kondo, Yasuhiro Imada, Yu Takano
    • 学会等名
      Asian Biophysics Association Symposium in conjunction with the Australian Society for Biophysics Meeting (ABA-ASB)
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] The ATP hydrolysis mechanism of fibrous actin2018

    • 著者名/発表者名
      Yusuke Kanematsu, Yu Takano, Shuichi Takeda, Ryotaro Koike, Motonori Ota, Yuichiro Maeda
    • 学会等名
      47th European Muscle Conference 2018
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Transition State Search Using rPM6 Method: Applications to Oxidation Reactions Catalyzed by Transition Metal Complexes2018

    • 著者名/発表者名
      Toru Saito, Yu Takano
    • 学会等名
      43rd International Conference on Coordination Chemistry (ICCC-2018 Sendai Japan),
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Statistical and quantum-chemical analysis of the effect of heme porphyrin distortion in heme proteins: differences between oxidoreductases and oxygen carrier proteins2018

    • 著者名/発表者名
      Yusuke Kanematsu, Hiroko X. Kondo, Yasuhiro Imada, Yu Takano
    • 学会等名
      43rd International Conference on Coordination Chemistry (ICCC-2018 Sendai Japan)
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 分子動力学シミュレーションによる抗HIV中和抗体PG16のCDR-H3の変異における構造への影響2018

    • 著者名/発表者名
      桐林遼・近藤寛子・黒田大祐・香田次郎・齋藤徹・釘宮章光・中野靖久・津本浩平・鷹野優
    • 学会等名
      第5回生体分子科学研究会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] 分子シミュレーションによる生体活性サイトの構造・機能相関の解明2018

    • 著者名/発表者名
      鷹野優
    • 学会等名
      新学術領域「3D活性サイト科学」第7回成果報告会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] 水の核磁気遮蔽定数に現れる水素原子核の量子効果2018

    • 著者名/発表者名
      兼松佑典・立川仁典・鷹野優
    • 学会等名
      スーパーコンピュータワークショップ2017
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] 半経験的分子軌道法を用いた高効率な遷移状態探索2018

    • 著者名/発表者名
      齋藤徹・鷹野優
    • 学会等名
      新学術領域「3D活性サイト科学」第7回成果報告会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] ベイズ推定によるon-the-fly 構造重ね合わせと構造解析2018

    • 著者名/発表者名
      米澤康滋・鷹野優
    • 学会等名
      新学術領域「3D活性サイト科学」第7回成果報告会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] 水の分光スペクトルに現れる水素原子核の量子効果と温度効果2018

    • 著者名/発表者名
      兼松佑典・立川仁典・鷹野優
    • 学会等名
      新学術領域「3D活性サイト科学」第7回成果報告会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] SiOx分子のグラフェンステップエッジへの吸着2018

    • 著者名/発表者名
      前原洋祐・山﨑憲慈・兼松佑典・鷹野優・郷原一寿
    • 学会等名
      新学術領域「3D活性サイト科学」第7回成果報告会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] Applications of the semi-empirical rPM6 method to chemical reactions-catalyzed by transition metal containing complexes2018

    • 著者名/発表者名
      齋藤徹・鷹野優
    • 学会等名
      日本化学会第98春季年会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] DMRG-CASCI法による三角格子スピンフラストレーション系の磁気的相互作用の解析2018

    • 著者名/発表者名
      川上貴資・佐野慎亮・齋藤徹・庄司光男・山田悟・鷹野優・山中修介・奥村光隆・中嶋隆人・山口兆
    • 学会等名
      日本化学会第98春季年会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] Reaction Properties of A Bis(mu-oxido)dinickel(III) Complex toward Aliphatic C–H Bonds2018

    • 著者名/発表者名
      森本祐麻・高木優作・齋藤徹・鷹野優・伊東忍
    • 学会等名
      日本化学会第98春季年会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] Reaction Mechanism of Aromatic Oxidation Reactions by A Bis(mu-oxido)dinickel(III) Complex2018

    • 著者名/発表者名
      高木優作・森本祐麻・齋藤徹・鷹野優・伊東忍
    • 学会等名
      日本化学会第98春季年会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] ヘムの構造歪みの統計解析2017

    • 著者名/発表者名
      今田康博・兼松佑典・近藤寛子・鷹野優
    • 学会等名
      錯体化学会第67回討論会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] Statistical and quantum-chemical analysis of heme distortion in hemoprotein2017

    • 著者名/発表者名
      Yasuhiro Imada, Yusuke Kanematsu, Hiroko Kondo, Yu Takano
    • 学会等名
      第55回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] Protein Data Bankから得られるヘムの構造歪みの統計解析2017

    • 著者名/発表者名
      今田康博・兼松佑典・近藤寛子・鷹野優
    • 学会等名
      2017年日本化学会中国四国支部大会 鳥取大会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] コンピュータを使って金属タンパク質の活性サイトを観察・分類し、しくみを理解する2017

    • 著者名/発表者名
      鷹野優
    • 学会等名
      大阪大学大学院理学研究科化学専攻・高分子学専攻 平成29年度第2回化学・高分子コロキウム講演会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] コンピュータシミュレーションでタンパク質のはたらきを理解する2017

    • 著者名/発表者名
      鷹野優
    • 学会等名
      日本薬学会東海支部特別講演会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ヘムの分子構造が電子構造・酸化還元電位に与える影響2017

    • 著者名/発表者名
      今田康博・中村春木・鷹野優
    • 学会等名
      第17回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] 分子動力学シミュレーションによる抗HIV中和抗体PG16のCDR-H3における構造剛性の解析2017

    • 著者名/発表者名
      桐林遼・近藤寛子・黒田大祐・齋藤徹・香田次郎・釘宮章光・中野靖久・鷹野優
    • 学会等名
      第17回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] タンパク質中のヘムの歪みの統計解析とデータベース化への展望2017

    • 著者名/発表者名
      兼松佑典・今田康博・近藤寛子・鷹野優
    • 学会等名
      第17回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] 電位依存性カリウムイオンチャネル変異体のシミュレーションおよび統計手法を用いたミクロ構造解析2017

    • 著者名/発表者名
      近藤寛子・鷹野優・木下賢吾
    • 学会等名
      第17回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] 水の核磁気遮蔽定数に現れる水素原子核の量子効果2017

    • 著者名/発表者名
      兼松佑典・立川仁典・鷹野優
    • 学会等名
      第11回分子科学討論会2017仙台
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] Mn-O2-Mn構造での磁気的相互作用に関するDMRG-CASCI法およびQMC-CASCI法による解析2017

    • 著者名/発表者名
      川上貴資・佐野慎亮・齋藤徹・庄司光男・山田悟・鷹野優・山中秀介・奥村光隆・中嶋隆人・山口兆
    • 学会等名
      第11回分子科学討論会2017仙台
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] 半経験的分子軌道法を用いた生体模倣金属錯体の計算2017

    • 著者名/発表者名
      齋藤徹・鷹野優
    • 学会等名
      錯体化学会第67回討論会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] Mn-O2-Mn構造での磁気的相互作用に関するDMRG-CASCI法およびQMC-CASCI法による解析2017

    • 著者名/発表者名
      川上貴資・佐野慎亮・齋藤徹・庄司光男・山田悟・鷹野優・山中秀介・奥村光隆・中嶋隆人・山口兆
    • 学会等名
      錯体化学会第67回討論会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] Molecular dynamics study of a distant mutation effect on the neutralizing ability in CDR-H3 of an anti-HIV antibody PG162017

    • 著者名/発表者名
      Ryo Kiribayashi, Hiroko X. Kondo, Daisuke Kuroda, Toru Saito, Jiro Kohda, Akimitsu Kugimiya, Yasuhisa Nakano, Yu Takano
    • 学会等名
      第55回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] MD法による抗HIV抗体PG16のCDR-H3の変異における中和能への影響の解析2017

    • 著者名/発表者名
      桐林遼・近藤寛子・黒田大祐・齋藤徹・香田次郎・釘宮章光・中野靖久・鷹野優
    • 学会等名
      2017年日本化学会中国四国支部大会 鳥取大会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] 電位依存性カリウムチャネル変異体の電位依存的な構造変化の解析2017

    • 著者名/発表者名
      近藤 寛子・鷹野優・木下賢吾
    • 学会等名
      第31回分子シミュレーション討論会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] Elucidation of Structure-Function Relationship of Biological Active Sites and New Material Design by Molecular Simulation2017

    • 著者名/発表者名
      Yu Takano, Hiroshi Ishikita, Yasushige Yonezawa, Yasuteru Shigeta, Takahisa Yamato, Katsumasa Kamiya, Mitsuo Shoji, Toru Saito, Yusuke Kanematsu
    • 学会等名
      Swedish-Japanese Workshop on Nano-Structure Science by Novel Light Sources
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Reparameterization of PM6 Parameters for Manganese and Applications to Binuclear Manganese Complexes2017

    • 著者名/発表者名
      Toru Saito, Yu Takano
    • 学会等名
      WATOC2017
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Molecular dynamics study of mutation effects on the neutralizing ability in CDR-H3 of an anti-HIV antibody PG162017

    • 著者名/発表者名
      Ryo Kiribayashi, Hiroko X. Kondo, Daisuke Kuroda, Toru Saito, Jiro Kohda, Akimitsu Kugimiya, Yasuhisa Nakano, Yu Takano
    • 学会等名
      Swedish-Japanese Workshop on Nano-Structure Science by Novel Light Sources
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Modification of semiempirical molecular orbital theory for computing diradical species2017

    • 著者名/発表者名
      齋藤徹・鷹野優
    • 学会等名
      日本化学会第97春季年会
    • 発表場所
      慶應義塾大学日吉キャンパス
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] MDシミュレーションによる抗HIV中和抗体PG16のCDR-H3における構造揺らぎの解析2017

    • 著者名/発表者名
      桐林遼・近藤寛子・黒田大祐・齋藤徹・香田次郎・釘宮章光・中野靖久・鷹野優
    • 学会等名
      日本化学会第97春季年会
    • 発表場所
      慶應義塾大学日吉キャンパス
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Reparameterization of PM6 applied to through-bond and through-space magnetic interactions2017

    • 著者名/発表者名
      Toru Saito, Yu Takano
    • 学会等名
      The 57th Sanibel Symposium
    • 発表場所
      The King and Prince Golf & Beach Resort
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Molecular dynamics study of the structural stability of CDR-H3 of anti-HIV neutralizing antibody PG162017

    • 著者名/発表者名
      Ryo Kiribayashi, Hiroko Kondo, Daisuke Kuroda, Toru Saito, Jiro Kohda, Akimitsu Kugimiya, Yasuhisa Nakano, Yu Takano
    • 学会等名
      The 57th Sanibel Symposium
    • 発表場所
      The King and Prince Golf & Beach Resort
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Photoactive Yellow Proteinの構造と分光スペクトルに現れるH/D同位体効果2016

    • 著者名/発表者名
      兼松佑典・立川仁典・鷹野優
    • 学会等名
      日本化学会第96春季年会
    • 発表場所
      同志社大学(京都府、京田辺市)
    • 年月日
      2016-03-27
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] Molecular Tailoring Approachによるタンパク質の二次構造に働く相互作用の量子化学的解析2016

    • 著者名/発表者名
      鷹野優
    • 学会等名
      第3回生命分子科学研究会
    • 発表場所
      鹿の湯(北海道、札幌市)
    • 年月日
      2016-03-15
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] Pd-porphycene錯体のグラフェン吸着の理論解析2016

    • 著者名/発表者名
      兼松佑典・鷹野優
    • 学会等名
      新学術領域「3D活性サイト科学」第3回成果報告会
    • 発表場所
      名古屋工業大学(愛知県・名古屋市)
    • 年月日
      2016-03-08
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] 光合成系IIに現れるH/D同位体効果の理論解析2016

    • 著者名/発表者名
      兼松佑典・鷹野優
    • 学会等名
      新学術領域「3D活性サイト科学」第3回成果報告会
    • 発表場所
      名古屋工業大学(愛知県、名古屋市)
    • 年月日
      2016-03-08
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] 反応座標自動検知法を用いたタンパク質の折りたたみ経路解析2016

    • 著者名/発表者名
      原田隆平・鷹野優・重田育照
    • 学会等名
      新学術領域「3D活性サイト科学」第3回成果報告会
    • 発表場所
      名古屋工業大学(愛知県・名古屋市)
    • 年月日
      2016-03-08
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] タンパク質の二次構造に働く相互作用の理論解析2016

    • 著者名/発表者名
      鷹野優
    • 学会等名
      大阪大学蛋白質研究所セミナー
    • 発表場所
      東京大学先端科学技術研究センター(東京都、目黒区)
    • 年月日
      2016-03-01
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Molecular Tailoring Approachを用いたαヘリックスに働く相互作用の量子化学的解析2016

    • 著者名/発表者名
      鷹野優・草鹿あゆみ・中村春木
    • 学会等名
      第16回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      福岡国際会議場
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] 計算科学による金属タンパク質の活性中心の電子構造制御に関する研究2016

    • 著者名/発表者名
      鷹野優
    • 学会等名
      日本物理学会2016年秋季大会
    • 発表場所
      金沢大学角間キャンパス
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Elucidation of structure-function relationship of biological active sites by molecular simulation2016

    • 著者名/発表者名
      Yu Takano, Yusuke Kanematsu, Yasuhiro Imada
    • 学会等名
      第54回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      つくば国際会議場
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 分子動力学シミュレーションによる抗HIV中和抗体PG16のCDR-H3における構造安定性の解析2016

    • 著者名/発表者名
      桐林遼・近藤寛子・黒田大祐・香田次郎・釘宮章光・中野靖久・鷹野優
    • 学会等名
      第16回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      福岡国際会議場
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] 光化学系IIの水素結合に現れるH/D同位体効果2016

    • 著者名/発表者名
      兼松佑典・立川仁典・鷹野優
    • 学会等名
      第16回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      福岡国際会議場
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] レアイベント探索手法で探求するタンパク質フォールディングの普遍性2016

    • 著者名/発表者名
      原田隆平・鷹野優・重田育照
    • 学会等名
      第16回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      福岡国際会議場
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] 蛋白質環境がシトクロムc3のヘムの電子構造に与える影響の計算科学的研究2016

    • 著者名/発表者名
      今田康博・中村春木・鷹野優
    • 学会等名
      第16回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      福岡国際会議場
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] 開殻分子に対する半経験的分子軌道法の評価と改善2016

    • 著者名/発表者名
      齋藤徹・北河康隆・鷹野優
    • 学会等名
      第10回分子科学討論会2016神戸
    • 発表場所
      神戸ファッションマート
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] 開殻分子が関与する化学反応の機構解明に向けた手法開発とその応用2016

    • 著者名/発表者名
      齋藤徹・北河康隆・鷹野優
    • 学会等名
      2016年日本化学会中国四国支部大会香川大会
    • 発表場所
      香川大学幸町キャンパス
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Molecular dynamics study of the structural rigidity of CDR-H3 of anti-HIV neutralizing antibody PG162016

    • 著者名/発表者名
      桐林遼・近藤寛子・黒田大祐・齋藤徹・香田次郎・釘宮章光・中野靖久・鷹野優
    • 学会等名
      2016年日本化学会中国四国支部大会香川大会
    • 発表場所
      香川大学幸町キャンパス
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Statistical analysis of heme distortion in protein2016

    • 著者名/発表者名
      Yasuhiro Imada, Yusuke Kanematsu, Hiroko Kondo, Yu Takano
    • 学会等名
      第54回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      つくば国際会議場
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Molecular dynamics study of the structural rigidity of CDR-H3 of anti-HIV neutralizing antibody PG162016

    • 著者名/発表者名
      Ryo Kiribayashi, Hiroko X. Kondo, Daisuke Kuroda, Toru Saito, Jiro Kohda, Akimitsu Kugimiya, Yasuhisa Nakano, Yu Takano
    • 学会等名
      第54回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      つくば国際会議場
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] 脂質二重膜におけるPI(4,5)P2の安定性の解析2016

    • 著者名/発表者名
      近藤寛子・米澤康滋・木下賢吾・鷹野優
    • 学会等名
      分子シミュレーション討論会
    • 発表場所
      大阪大学
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] Simple, yet powerful conformational sampling methodologies for proteins2015

    • 著者名/発表者名
      Ryuhei Harada, Yu Takano, Yasuteru Shigeta
    • 学会等名
      Pacifichem2015
    • 発表場所
      Hawaii Convention Center
    • 年月日
      2015-12-19
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] ヘムタンパク質にみられるヘムの分子構造-電子構造-機能相関2015

    • 著者名/発表者名
      鷹野優・今田康博
    • 学会等名
      第29回分子シミュレーション討論会
    • 発表場所
      朱鷺メッセ(新潟県、新潟市)
    • 年月日
      2015-12-01
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] 逆状態分布に基づく効率的タンパク質構造サンプリング手法の開発2015

    • 著者名/発表者名
      原田隆平・鷹野優・重田育照
    • 学会等名
      第29回分子シミュレーション討論会
    • 発表場所
      朱鷺メッセ(新潟県、新潟市)
    • 年月日
      2015-12-01
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] Theoretical Analysis of the Electronic Asymmetry of the Special Pair Cation Radical in the Photosynthetic Reaction Center2015

    • 著者名/発表者名
      Yu Takano
    • 学会等名
      6th JCS International Symposium on Theoretical Chemistry
    • 発表場所
      Congress Center of the Slovak Academy of Sciences(Bratislava, Slovakia)
    • 年月日
      2015-10-15
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Molecular Tailoring Approachによる二次構造に働く相互作用の量子化学的解析2015

    • 著者名/発表者名
      鷹野優・草鹿あゆみ・中村春木
    • 学会等名
      第9回分子科学討論会2015東京
    • 発表場所
      東京工業大学大岡山キャンパス(東京都、目黒区)
    • 年月日
      2015-09-19
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] Photoactive Yellow Proteinに現れるH/D同位体効果の理論的解析2015

    • 著者名/発表者名
      兼松佑典・鷹野優・立川仁典
    • 学会等名
      第9回分子科学討論会2015東京
    • 発表場所
      東京工業大学大岡山キャンパス(東京都、目黒区)
    • 年月日
      2015-09-17
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] Quantum chemical study for interactions in protein secondary structures via Molecular Tailoring Approach2015

    • 著者名/発表者名
      草鹿あゆみ・中村春木・鷹野優
    • 学会等名
      第53回日本生物物理学会
    • 発表場所
      金沢大学角間キャンパス(石川県、金沢市)
    • 年月日
      2015-09-15
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] Theoretical study of the relationship between heme distortion and redox potential2015

    • 著者名/発表者名
      Yu Takano, Yasuhiro Imada
    • 学会等名
      第53回日本生物物理学会
    • 発表場所
      金沢大学角間キャンパス(石川県、金沢市)
    • 年月日
      2015-09-13
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Computational Study of Structural Effects on Redox Potential of Hemes2015

    • 著者名/発表者名
      今田康博・中村春木・鷹野優
    • 学会等名
      第53回日本生物物理学会
    • 発表場所
      金沢大学角間キャンパス(石川県、金沢市)
    • 年月日
      2015-09-13
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] Theoretical analysis of H/D isotope effect on Photoactive Yellow Protein2015

    • 著者名/発表者名
      兼松佑典・鷹野優・立川仁典
    • 学会等名
      第53回日本生物物理学会
    • 発表場所
      金沢大学角間キャンパス(石川県、金沢市)
    • 年月日
      2015-09-13
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] ONIOM(MC_QM:MM)によるPhotoactive Yellow Proteinの UV/Visスペクトルに現れるH/D同位体効果の理論的解析2015

    • 著者名/発表者名
      兼松佑典・立川仁典・鷹野優
    • 学会等名
      新学術領域「3D活性サイト科学」第2回成果報告会
    • 発表場所
      筑波京成ホテル(茨城県、つくば市)
    • 年月日
      2015-09-04
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] レアイベント探索手法 ”OFLOOD” で解き明かすタンパク質フォールディング機構2015

    • 著者名/発表者名
      原田隆平・鷹野優・重田育照
    • 学会等名
      第15回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      あわぎんホール(徳島県、徳島市)
    • 年月日
      2015-06-25
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] Molecular Tailoring Approachによるタンパク質の二次構造に働く相互作用の理論解析2015

    • 著者名/発表者名
      鷹野優、草鹿あゆみ、中村春木
    • 学会等名
      第15回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      あわぎんホール(徳島県、徳島市)
    • 年月日
      2015-06-24
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] へムの構造歪みが酸化還元電位に与える影響の計算科学的研究2015

    • 著者名/発表者名
      今田康博・中村春木・鷹野優
    • 学会等名
      第15回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      あわぎんホール(徳島県、徳島市)
    • 年月日
      2015-06-24
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] ヘムの構造歪みの電子構造への影響に関する理論的研究2015

    • 著者名/発表者名
      今田康博、中村春木、鷹野優
    • 学会等名
      第18回理論化学討論会
    • 発表場所
      大阪大学大学院基礎工学研究科(大阪府・豊中市)
    • 年月日
      2015-05-21
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] Molecular Tailoring Approachによるαヘリックスに働く相互作用の量子化学的研究2015

    • 著者名/発表者名
      草鹿あゆみ、中村春木、鷹野優
    • 学会等名
      第18回理論化学討論会
    • 発表場所
      大阪大学大学院基礎工学研究科(大阪府・豊中市)
    • 年月日
      2015-05-20
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
  • [学会発表] Computational Study of the Relationship between Heme Distortion and Redox Potential2015

    • 著者名/発表者名
      Yu Takano, Yasuhiro Imada, Haruki Nakamura
    • 学会等名
      588. WE-Heraeus-Seminar on Element Specific Structure Determination in Materials on Nanometer and Sub-Nanometer
    • 発表場所
      Physikzentrum Bad Honnef(Bad Honnef, Germany)
    • 年月日
      2015-04-23
    • 関連する報告書
      2015 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] タンパク質の機能発現に関わるレアイベント抽出のための効率的構造サンプリング手法2015

    • 著者名/発表者名
      原田隆平・鷹野優・重田育照
    • 学会等名
      新学術領域「3D活性サイト科学」第1回成果報告会
    • 発表場所
      国際高等研究所(京都府木津川市)
    • 年月日
      2015-03-14
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] 生体活性サイトの機能解明に向けた分子計算技術の開発2015

    • 著者名/発表者名
      米澤康滋・鷹野優
    • 学会等名
      新学術領域「3D活性サイト科学」第1回成果報告会
    • 発表場所
      国際高等研究所(京都府木津川市)
    • 年月日
      2015-03-14
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] 生体活性サイトの構造・機能相関の解明とデザインに向けた分子技術の開発2015

    • 著者名/発表者名
      鷹野優
    • 学会等名
      計算科学勉強会
    • 発表場所
      大阪大学中之島センター(大阪府大阪市)
    • 年月日
      2015-02-21
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] タンパク質の二次構造に働く相互作用の理論解析2015

    • 著者名/発表者名
      鷹野優
    • 学会等名
      第52回量子物理化学セミナー
    • 発表場所
      横浜市立大学(神奈川県横浜市)
    • 年月日
      2015-02-06
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ヘムの歪みによる酸化還元電位への影響に関する計算科学的研究2015

    • 著者名/発表者名
      鷹野優・今田康博・中村春木
    • 学会等名
      スーパーコンピュータワークショップ2015「様々な対象に応用される計算分子科学」
    • 発表場所
      自然科学研究機構 岡崎コンファレンスセンター(愛知県岡崎市)
    • 年月日
      2015-01-29
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] ヘムタンパク質中のヘムの分子構造-電子構造-機能相関2014

    • 著者名/発表者名
      鷹野優・今田康博・中村春木
    • 学会等名
      第1回「3D活性サイト科学」公開ワークショップ
    • 発表場所
      CIVI研修センター 新大阪東(大阪府大阪市)
    • 年月日
      2014-11-21
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] 生体高分子生化学的機能解析のための並列古典/量子力学連成分子動力学シミュレーションプログラムの開発2014

    • 著者名/発表者名
      米澤康滋・鷹野優・中田一人・山中秀介・中村春木
    • 学会等名
      第1回「3D活性サイト科学」公開ワークショップ
    • 発表場所
      CIVI研修センター 新大阪東(大阪府大阪市)
    • 年月日
      2014-11-21
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] タンパク質レアイベント抽出のための効率的構造サンプリング手法2014

    • 著者名/発表者名
      原田隆平・鷹野優・重田育照
    • 学会等名
      第28回分子シミュレーション討論会
    • 発表場所
      仙台市民会館(宮城県仙台市)
    • 年月日
      2014-11-12
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] シトクロムc3中のヘムの歪みによる酸化還元電位への影響に関する計算科学的研究2014

    • 著者名/発表者名
      今田康博・中村春木・鷹野優
    • 学会等名
      第4回CSJ化学フェスタ2014
    • 発表場所
      タワーホール船堀(東京都江戸川区)
    • 年月日
      2014-10-14
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Computational study of the effect of point mutations on the electronic structures of hemes in cytochrome c2014

    • 著者名/発表者名
      今田康博・中村春木・鷹野優
    • 学会等名
      第52回生物物理学会年会
    • 発表場所
      札幌コンベンションセンター(北海道札幌市)
    • 年月日
      2014-09-25 – 2014-09-27
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] Enhanced conformational sampling methods for extracting biological rare events of proteins2014

    • 著者名/発表者名
      原田隆平・鷹野優・重田育照
    • 学会等名
      第52回生物物理学会年会
    • 発表場所
      札幌コンベンションセンター(北海道札幌市)
    • 年月日
      2014-09-25 – 2014-09-27
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [学会発表] 密度汎関数法による遷移金属蛋白質活性中心の構造・反応探索における問題-チロシナーゼ活性中心モデルを例として-2014

    • 著者名/発表者名
      鷹野優
    • 学会等名
      シンポジウム「化学反応経路探索のニューフロンティア2014」
    • 発表場所
      広島大学(広島県東広島市)
    • 年月日
      2014-09-20
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
    • 招待講演
  • [図書] 金属錯体の量子・計算化学2014

    • 著者名/発表者名
      山口 兆・榊 茂好・増田秀樹(編)鷹野 優ら33名
    • 総ページ数
      540
    • 出版者
      三共出版
    • 関連する報告書
      2014 実績報告書
  • [備考] 光合成水分解反応初期に利用される水素イオン移動経路を解明~これまでの定説を覆す結果に~

    • URL

      http://www.rcast.u-tokyo.ac.jp/pressrelease/2015_ja.html#20151007

    • 関連する報告書
      2015 実績報告書

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公開日: 2014-11-20   更新日: 2020-03-30  

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