マルチレゾリューション法を用いたタンパク質複合体の高解像度動的解析

• 研究領域: 動的構造生命科学を拓く新発想測定技術－タンパク質が動作する姿を活写する－
• 研究課題/領域番号: 26119006
• 研究種目: 新学術領域研究(研究領域提案型)
• 配分区分: 補助金
• 審査区分: 複合領域
• 研究機関: 国立研究開発法人理化学研究所
• 研究代表者: 杉田 有治 国立研究開発法人理化学研究所, 開拓研究本部, 主任研究員 (80311190)
• 研究分担者: TAMA FLORENCE 名古屋大学, 理学研究科, 教授 (20648191)
• 研究期間 (年度): 2014-07-10 – 2019-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2018年度)
• 配分額: 149,760千円 (直接経費: 115,200千円、間接経費: 34,560千円); 2018年度: 32,760千円 (直接経費: 25,200千円、間接経費: 7,560千円); 2017年度: 32,760千円 (直接経費: 25,200千円、間接経費: 7,560千円); 2016年度: 45,110千円 (直接経費: 34,700千円、間接経費: 10,410千円); 2015年度: 24,440千円 (直接経費: 18,800千円、間接経費: 5,640千円); 2014年度: 14,690千円 (直接経費: 11,300千円、間接経費: 3,390千円)
• キーワード: 分子動力学 / クライオ電子顕微鏡 / 一分子構造解析 / フレキシブルフィッティグ / マルチスケール・マルチレゾリューション / 膜タンパク質 / 粗視化分子モデル / マルチスケール法 / 生体超分子複合体 / 構造解析法 / 膜蛋白質 / シミュレーション / 分子動力学法 / 電子顕微鏡

研究成果の概要

実験等で得られる低解像度構造情報と分子動力学などで得られる高解像度シミュレーション情報を組み合わせた新しい解析手法を開発した。具体的には、クライオ電子顕微鏡と分子動力学を組み合わせたフレキシブルフィッティングにおけるアンサンブル計算や並列化手法、一分子解析と分子動力学を機械学習で組み合わせたモデリング手法などで、新規性の高い開発である。これらは分子動力学ソフトウェアGENESISの機能として導入し、効率の良い構造探索手法やマルチスケール分子モデルと組み合わせて計算を行うことができる。開発した手法を膜タンパク質やタンパク質・核酸複合体などの動的構造の解析に応用した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

本研究は、シミュレーションなどの理論的な手法だけでは解決できない問題を実験データをうまく組み合わせることで克服する新しいアプローチである。また、クライオ電子顕微鏡の利用が今後ますます発展することを考慮すると、そのモデリングを分子動力学で高解像度化できることは大きな意義がある。実際、製薬企業などでもクライオ電子顕微鏡を用いた構造解析を薬物との相互作用を理解するために導入し始めており、それらの解析に貢献することができる。開発した手法はGENESISに導入し、今後一般公開していくため、広いユーザーが利用することができる。

研究成果

• [国際共同研究] Michigan State University(米国)
• [国際共同研究] University of Warsaw(ポーランド)
• [国際共同研究] Michigan State University(米国)
• [国際共同研究] University of Illinois, Chicago(米国)
• [国際共同研究] University of Warsaw(ポーランド)
• [国際共同研究] Michigan State University(米国)
• [雑誌論文] Cell-based screen identifies a new potent and highly selective CK2 inhibitor for modulation of circadian rhythms and cancer cell growth. (2019)
  • 著者名/発表者名: Oshima T, Niwa Y, Kuwata K, Srivastava A, Hyoda T, Tsuchiya Y, Kumagai M, Tsuyuguchi M, Tamaru T, Sugiyama A, Ono N, Zolboot N, Aikawa Y, Oishi S, Nonami A, Arai F, Hagihara S, Yamaguchi J, Tama F, Kunisaki Y, Yagita K, Ikeda M, Kinoshita T, Kay SA, Itami K, Hirota T.
  • 雑誌名: Science Advance 巻: 23 号: 1 ページ: 9060-9060
  • DOI: 10.1126/sciadv.aau9060
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Cryo-Cooling Effect on DHFR Crystal Studied by Replica-Exchange Molecular Dynamics Simulations (2019)
  • 著者名/発表者名: Nagai Tetsuro、Tama Florence、Miyashita Osamu
  • 雑誌名: Biophysical Journal 巻: 116 号: 3 ページ: 395-405
  • DOI: 10.1016/j.bpj.2018.11.3139
  • 査読あり
• [雑誌論文] Acceleration of cryo-EM Flexible Fitting for Large Biomolecular Systems by Efficient Space Partitioning (2019)
  • 著者名/発表者名: Mori Takaharu、Kulik Marta、Miyashita Osamu、Jung Jaewoon、Tama Florence、Sugita Yuji
  • 雑誌名: Structure 巻: 27 号: 1 ページ: 161-174.e3
  • DOI: 10.1016/j.str.2018.09.004
  • 査読あり
• [雑誌論文] Computational investigation of the conformational dynamics in Tom20-mitochondrial presequence tethered complexes (2018)
  • 著者名/発表者名: Srivastava Arpita、Tama Florence、Kohda Daisuke、Miyashita Osamu
  • 雑誌名: Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics 巻: 87 号: 1 ページ: 81-90
  • DOI: 10.1002/prot.25625
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Role of Computational Methods in Going beyond X-ray Crystallography to Explore Protein Structure and Dynamics (2018)
  • 著者名/発表者名: Srivastava Ashutosh、Nagai Tetsuro、Srivastava Arpita、Miyashita Osamu、Tama Florence
  • 雑誌名: International Journal of Molecular Sciences 巻: 19 号: 11 ページ: 3401-3401
  • DOI: 10.3390/ijms19113401
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Optimal Temperature Evaluation in Molecular Dynamics Simulations with a Large Time Step (2018)
  • 著者名/発表者名: Jung Jaewoon、Kobayashi Chigusa、Sugita Yuji
  • 雑誌名: Journal of Chemical Theory and Computation 巻: 15 号: 1 ページ: 84-94
  • DOI: 10.1021/acs.jctc.8b00874
  • 査読あり
• [雑誌論文] Linking time-series of single-molecule experiments with molecular dynamics simulations by machine learning (2018)
  • 著者名/発表者名: Matsunaga Yasuhiro、Sugita Yuji
  • 雑誌名: eLife 巻: 7 ページ: 32668-32668
  • DOI: 10.7554/elife.32668
  • 査読あり
• [雑誌論文] Refining Markov state models for conformational dynamics using ensemble-averaged data and time-series trajectories (2018)
  • 著者名/発表者名: Matsunaga Y.、Sugita Y.
  • 雑誌名: The Journal of Chemical Physics 巻: 148 号: 24 ページ: 241731-241731
  • DOI: 10.1063/1.5019750
  • 査読あり
• [雑誌論文] Flexible selection of the solute region in replica exchange with solute tempering: Application to protein-folding simulations (2018)
  • 著者名/発表者名: Kamiya Motoshi、Sugita Yuji
  • 雑誌名: The Journal of Chemical Physics 巻: 149 号: 7 ページ: 072304-072304
  • DOI: 10.1063/1.5016222
  • 査読あり
• [雑誌論文] Conformational dynamics of human protein kinase CK2α and its effect on function and inhibition (2018)
  • 著者名/発表者名: Ashutosh Srivastava, Tsuyoshi Hirota, Stephan Irle and Florence Tama
  • 雑誌名: Proteins Structure Function and Genetics 巻: 86 号: 3 ページ: 344-353
  • DOI: 10.1002/prot.25444
  • NAID: 120006477488
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Enhanced Conformational Sampling of N-Glycans in Solution with Replica State Exchange Metadynamics (2017)
  • 著者名/発表者名: Raimondas Galvelis, Suyong Re, and Yuji Sugita
  • 雑誌名: Journal of Chemical Theory and Computation 巻: 13 号: 5 ページ: 1934-1942
  • DOI: 10.1021/acs.jctc.7b00079
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Tunnel Formation Inferred from the I-Form Structures of the Proton-Driven Protein Secretion Motor SecDF (2017)
  • 著者名/発表者名: Arata Furukawa, Kunihito Yoshikaie, Takaharu Mori, Hiroyuki Mori, Yusuke V. Morimoto, Yasunori Sugano, Shigehiro Iwaki, Tohru Minamino, Yuji Sugita, Yoshiki Tanaka, Tomoya Tsukazaki
  • 雑誌名: Cell Reports 巻: 19 号: 5 ページ: 1-7
  • DOI: 10.1016/j.celrep.2017.04.030
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Neural Network and Nearest Neighbor Algorithms for Enhancing Sampling of Molecular Dynamics (2017)
  • 著者名/発表者名: Raimondas Galvelis, and Yuji Sugita
  • 雑誌名: J. Chem. Theor. Comp 巻: 13 号: 6 ページ: 2489-2500
  • DOI: 10.1021/acs.jctc.7b00188
  • 査読あり
• [雑誌論文] GENESIS 1.1: A hybrid-parallel molecular dynamics simulator with enhanced sampling algorithms on multiple computational platforms (2017)
  • 著者名/発表者名: Kobayashi Chigusa、Jung Jaewoon、Matsunaga Yasuhiro、Mori Takaharu、Ando Tadashi、Tamura Koichi、Kamiya Motoshi、Sugita Yuji
  • 雑誌名: Journal of Computational Chemistry 巻: 38 号: 25 ページ: 2193-2206
  • DOI: 10.1002/jcc.24874
  • 査読あり
• [雑誌論文] Slow-Down in Diffusion in Crowded Protein Solutions Correlates with Transient Cluster Formation (2017)
  • 著者名/発表者名: Grzegorz Nawrocki, Po-hung Wang, Isseki Yu, Yuji Sugita, and Michael Feig
  • 雑誌名: J. Phys. Chem. B. 巻: 121 号: 49 ページ: 11072-11084
  • DOI: 10.1021/acs.jpcb.7b08785
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Dynamics of Nitric Oxide Controlled by Protein Complex in Bacterial System (2017)
  • 著者名/発表者名: Erina Terasaka, Kenta Yamada, Po-Hung Wang, Kanta Hosokawa, Raika Yamagiwa, Kimi Matsumoto, Shoko Ishii, Takaharu Mori, Kiyoshi Yagi, Hitomi Sawai, Hiroyuki Arai, Hiroshi Sugimoto, Yuji Sugita, Yoshitsugu Shiro and Takehiko Tosha
  • 雑誌名: PNAS 巻: 114 号: 37 ページ: 9888-9893
  • DOI: 10.1073/pnas.1621301114
  • 査読あり
• [雑誌論文] Flexible fitting to cryo-EM density map using ensemble molecular dynamics simulations (2017)
  • 著者名/発表者名: Miyashita O, Kobayashi C, Mori T, Sugita Y, Tama F
  • 雑誌名: J. Comp. Chem 巻: 38 号: 16 ページ: 1447-1461
  • DOI: 10.1002/jcc.24785
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] 構造解析へのハイブリッドアプローチ：電子顕微鏡とX線自由電子レーザーからの実験データの活用 (2017)
  • 著者名/発表者名: 宮下 治, タマ フロハンス
  • 雑誌名: 生物物理 巻: 57 号: 2 ページ: 090-094
  • DOI: 10.2142/biophys.57.090
  • NAID: 130005509479
  • ISSN: 0582-4052, 1347-4219
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Local thermodynamics of the water molecules around single- and double-stranded DNA studied by grid inhomogeneous solvation theory (2016)
  • 著者名/発表者名: Nakano M, Tateishi-Karimata H, Tanaka S, Tama F, Miyashita O, Nakano S, and Sugimoto N
  • 雑誌名: CHEMICAL PHYSICS LETTERS 巻: 660 ページ: 250-255
  • DOI: 10.1016/j.cplett.2016.08.032
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Biomolecular interactions modulate macromolecular structure and dynamics in atomistic model of a bacterial cytoplasm (2016)
  • 著者名/発表者名: Yu I, Mori T, Ando T, Harada R, Jung J, Sugita Y, Feig M
  • 雑誌名: eLife 巻: 5
  • DOI: 10.7554/elife.19274
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Graphics Processing Unit Acceleration and Parallelization of GENESIS for Large-Scale Molecular Dynamics Simulations (2016)
  • 著者名/発表者名: Jung J, Naruse A, Kobayashi C, Sugita Y,
  • 雑誌名: J. Chem. Theory Comput. 巻: 12 号: 10 ページ: 4947-4958
  • DOI: 10.1021/acs.jctc.6b00241
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Anharmonic Vibrational Analyses of Pentapeptide Conformations Explored with Enhanced Sampling Simulations (2016)
  • 著者名/発表者名: H. Otaki, K. Yagi, S. Ishiuchi, M. Fujii, and Y. Sugita
  • 雑誌名: Journal of Physical Chemistry B 巻: 120 号: 39 ページ: 10199-10213
  • DOI: 10.1021/acs.jpcb.6b06672
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Molecular dynamics simulations of biological membranes and membrane proteins using enhanced conformational sampling algorithms (2016)
  • 著者名/発表者名: Takaharu Mori, Naoyuki Miyashita, Wonpil Im, Michael Feig, Yuji Sugita
  • 雑誌名: Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Biomembranes 巻: in Press 号: 7 ページ: 1635-1651
  • DOI: 10.1016/j.bbamem.2015.12.032
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Dimensionality of Collective Variables for Describing Conformational Changes of a Multi-Domain Protein (2016)
  • 著者名/発表者名: Y. Matsunaga, Yasuaki Komuro, Chigusa Kobayashi, Jaewoon Jung, Takaharu Mori, and Y. Sugita
  • 雑誌名: The Journal of Physical Chemistry Letters 巻: 7 号: 8 ページ: 1446-1451
  • DOI: 10.1021/acs.jpclett.6b00317
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Effect of the crystal environment on side-chain conformational dynamics in Cyanovirin-N investigated through crystal and solution molecular dynamics simulations (2016)
  • 著者名/発表者名: Ahlstrom LS, Vorontsov II, Shi J, Miyashita O
  • 雑誌名: PLoS One 巻: 12 号: 1 ページ: e0170337-e0170337
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0170337
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Hybrid approach for structural modeling of biological systems from X-ray free electron laser diffraction patterns (2016)
  • 著者名/発表者名: Atsushi Tokuhisa, Slavica Jonic, Florence Tama, Osamu Miyashita
  • 雑誌名: Journal of Structural Biology 巻: 194-3 号: 3 ページ: 325-336
  • DOI: 10.1016/j.jsb.2016.03.009
  • 査読あり / 国際共著 / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] 3.Mechanisms for Two-Step Proton Transfer Reactions in the Outward-Facing Form of MATE Transporter (2016)
  • 著者名/発表者名: Wataru Nishima, Wataru Mizukami, Yoshiki Tanaka, Ryuichiro Ishitani, Osamu Nureki, Yuji Sugita
  • 雑誌名: Biophys. J 巻: 110 号: 6 ページ: 1346-1354
  • DOI: 10.1016/j.bpj.2016.01.027
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Rational design of crystal contact-free space in protein crystals for analyzing spatial distribution of motions within protein molecules. (2015)
  • 著者名/発表者名: Matsuoka R, Shimada A, Komuro Y, Sugita Y, Kohda D
  • 雑誌名: Protein Science 巻: 25 号: 3 ページ: 754-768
  • DOI: 10.1002/pro.2867
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] 5.Domain Motion Enhanced (DoME) Model for Efficient Conformational Sampling of Multidomain Proteins (2015)
  • 著者名/発表者名: Chigusa Kobayashi, Yasuhiro Matsunaga, Ryotaro Koike, Motonori Ota, Yuji Sugita
  • 雑誌名: J. Phys. Chem. B 巻: 119 号: 46 ページ: 14584-14593
  • DOI: 10.1021/acs.jpcb.5b07668
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] 7.Crystal Structures of SecYEG in Lipidic Cubic Phase Elucidate a Precise Resting and a Peptide-Bound State (2015)
  • 著者名/発表者名: Yoshiki Tanaka, Yasunori Sugano, Mizuki Takemoto, Takaharu Mori, Arata Furukawa, Tsukasa Kusakizako, Kaoru Kumazaki, Ayako Kashima, Ryuichiro Ishitani, Yuji Sugita, Osamu Nureki, Tomoya Tsukazaki
  • 雑誌名: Cell report 巻: 13 号: 8 ページ: 1561-1568
  • DOI: 10.1016/j.celrep.2015.10.025
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] 9.Sequential data assimilation for single-molecule FRET photon-counting data (2015)
  • 著者名/発表者名: Yasuhiro Matsunaga, Akinori Kidera, Yuji Sugita
  • 雑誌名: J. Chem. Phys. 巻: 142 号: 21 ページ: 214115-214115
  • DOI: 10.1063/1.4921983
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] 11.GENESIS: A hybrid-parallel and multi-scale molecular dynamics simulator with enhanced sampling algorithms for biomolecular and cellular simulations (2015)
  • 著者名/発表者名: Jaewoon Jung, Takaharu Mori, Chigusa Kobayashi, Yasuhiro Matsunaga, Takao Yoda, Michael Feig, Yuji Sugita
  • 雑誌名: WIREs Comp. Mol. Sci. 巻: 5 号: 4 ページ: 310-323
  • DOI: 10.1002/wcms.1220
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Thermodynamic Properties of Water Molecules in the Presence of Cosolute Depend on DNA Structure: A Study Using Grid Inhomogeneous Solvation Theory (2015)
  • 著者名/発表者名: M. Nakano, H. Tateishi-Karimata, S. Tanaka, F. Tama, O. Miyashita, S. Nakano, N. Sugimoto
  • 雑誌名: Nucl. Acids Res. 巻: 43 ページ: 10114-10125
  • DOI: 10.1093/nar/gkv1133
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Hierachical domain-motion analysis of conformational changes in sarcoplasmic reticulum Ca2+-ATPase (2015)
  • 著者名/発表者名: Chigusa Kobayashi, Ryotaro Koike, Motonori Ota, and Yuji Sugita
  • 雑誌名: PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics 巻: 83 号: 4 ページ: 746-756
  • DOI: 10.1002/prot.24763
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Mosaic of water orientation structures at a neutral zwitterion lipid/water interface revealed by molecular dynamics simulations (2014)
  • 著者名/発表者名: Syong RE, Wataru NISHIMA, Tahei TAHARA and Yuji SUGITA
  • 雑誌名: J. Phys. Chem. Lett. 巻: 5 号: 24 ページ: 4343-4348
  • DOI: 10.1021/jz502299m
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Hybrid Electron Microscopy Normal Mode Analysis graphical interface and protocol (2014)
  • 著者名/発表者名: Sorzano CO, de la Rosa-Trevin JM, Tama F, Jonic S.
  • 雑誌名: J Struct Biol. 巻: 188 号: 2 ページ: 134-141
  • DOI: 10.1016/j.jsb.2014.09.005
  • 査読あり / 謝辞記載あり
• [学会発表] Hybrid modeling approaches to study structures and dynamics of biological systems (2018)
  • 著者名/発表者名: Tama Florence
  • 学会等名: Coarse-Grained Modeling of Structure and Dynamics of Biomacromolecules Workshop
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Computational tools to characterize structure and dynamics of biomolecular systems from single molecule experiments (2018)
  • 著者名/発表者名: Tama Florence
  • 学会等名: American Chemical Society National Meeting
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Hybrid modeling approaches to study structures and dynamics of biological systems (2018)
  • 著者名/発表者名: Tama Florence
  • 学会等名: Second workshop on Advances in Theory and Computation of Complex Systems - Biological Systems.
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Hybrid modeling approaches to study structures and dynamics of biological systems (2018)
  • 著者名/発表者名: Tama Florence
  • 学会等名: 63rd Annual Meeting of the Biophysical Society
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Optimization and Parallelization of GENESIS on GPU platforms (2018)
  • 著者名/発表者名: Yuji Sugita
  • 学会等名: International Workshop on GPU accelerated Molecular Dynamics Simulations
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Data-driven molecular simulations for integrative dynamic structural biology (2018)
  • 著者名/発表者名: Yuji Sugita and Yasuhiro Matsunaga
  • 学会等名: Second workshop on Advances in Theory and Computation of Complex Systems - Biological Systems.
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Molecular Simulations for Understanding Protein Functions in Cellular Environments (2018)
  • 著者名/発表者名: Yuji Sugita
  • 学会等名: The 41st Annual Meeting of the Molecular Biology Society of Japan
  • 招待講演
• [学会発表] Mechanisms for Protein-Ligand Binding in Solution and in Cellular Environments (2018)
  • 著者名/発表者名: Yuji Sugita
  • 学会等名: The 18th KIAS conference on Protein Structure and Function
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Protein-Drug Interaction in Dilute Solution and in Cellular Environments (2018)
  • 著者名/発表者名: Yuji Sugita
  • 学会等名: The XIV-th ICISE Workshop on Computational Biophysics at the Molecular and Meso Scales
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Conformational changes between E1P and E2P states of SERCA by MD simulations based on string method and free-energy calculations (2018)
  • 著者名/発表者名: Yuji Sugita
  • 学会等名: Symposium on “Membrane Protein Simulations and Free Energy Approaches” in the 256th ACS National Meeting in Boston
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Development of the flexible-fitting MD simulation method for cryo-EM images of large macromolecular structures and dynamics (2018)
  • 著者名/発表者名: Yuji Sugita
  • 学会等名: Symposium on “COMP Meets CRYO: New Frontiers in Flexible Fitting, Image Processing & Refinement of Cryo-EM Data” in in the 256th ACS National Meeting in Boston
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] 計算構造生物学による生体超分子構造解析 (2018)
  • 著者名/発表者名: 宮下治
  • 学会等名: クライオ電顕解析における情報解析技術ワークショップ，産業技術総合研究所
  • 招待講演
• [学会発表] 計算機シミュレーションと実験データの融合利用 (2017)
  • 著者名/発表者名: 宮下治
  • 学会等名: XFEL構造生物ミーティング
  • 発表場所: 理研播磨・兵庫佐用郡
  • 年月日: 2017-03-17
  • 招待講演
• [学会発表] Computational tools to characterize structure and dynamics of biomolecular systems from single molecule experiments. Statistics and Algorithms for Biology (2017)
  • 著者名/発表者名: Tama Florence
  • 学会等名: Seminar at INRA, Toulouse, France
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Computational tools to characterize structure and dynamics of biomolecular systems from single molecule experiments (2017)
  • 著者名/発表者名: Tama Florence
  • 学会等名: Biophysical Society of Japan
  • 招待講演
• [学会発表] Computational tools to characterize structure and dynamics of biomolecular systems from single molecule experiments (2017)
  • 著者名/発表者名: Tama Florence
  • 学会等名: Seminar at Laue Langevin Institute, Grenoble, France
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] 構造解析へのハイブリッドアプローチ : 電子顕微鏡とX線自由電子レーザーからの実験データの活用 (2017)
  • 著者名/発表者名: 宮下治
  • 学会等名: 第4回 大型実験施設とスーパーコンピュータとの連携利用シンポジウム－生体物質のダイナミクス－
  • 招待講演
• [学会発表] XFEL単粒子実験データ解析アルゴリズムの開発 (2017)
  • 著者名/発表者名: 宮下治
  • 学会等名: PCXSS Workshop, 北海道大学
  • 招待講演
• [学会発表] 分子動力学ソフトウェアGENESISの開発と細胞内分子ダイナミクスのシミュレーション (2017)
  • 著者名/発表者名: 杉田有治
  • 学会等名: 第９回シグナルネットワーク研究会
  • 招待講演
• [学会発表] Molecular dynamics simulations on biomolecular-structure-dynamics-function relationship in cellular environments (2017)
  • 著者名/発表者名: 杉田有治
  • 学会等名: 第17回日本蛋白質科学会年会
  • 招待講演
• [学会発表] Machine Learning Approach for Protein Dynamics by combining smFRET and MD simulations (2017)
  • 著者名/発表者名: 杉田有治
  • 学会等名: Telluride Summer Conference on Free Energy Calculations: Three decades of adventure in chemistry and biophysics
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] バクテリア細胞質の全原子分子動力学シミュレーションによる分子ダイナミクスの解析 (2017)
  • 著者名/発表者名: 杉田有治
  • 学会等名: 第4回森野ディスカッション
  • 招待講演
• [学会発表] Experimental and Computational Analysis of Protein-Protein Interaction in Cellular Environments (2017)
  • 著者名/発表者名: 杉田有治
  • 学会等名: 生物物理学会年会
  • 招待講演
• [学会発表] 動的構造と生体環境を考慮した創薬応用シミュレーション (2017)
  • 著者名/発表者名: 杉田有治
  • 学会等名: CBI学会
  • 招待講演
• [学会発表] Molecular Dynamics Simulations of Conformational Changes in SR Ca2+-ATPase (2017)
  • 著者名/発表者名: Yuji Sugita
  • 学会等名: P-type ATPase Meeting 2017
  • 招待講演
• [学会発表] Rapid Nitric Oxide Transport in the Nitrite Reductase:Nitric Oxide Reductase Complex (2017)
  • 著者名/発表者名: Yuji Sugita
  • 学会等名: The 1st Samsung Global Research Symposium on “Structure Dynamics, and Thermodynamics of Biomolecular Networks”
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] 分子動力学を用いた細胞内分子動態の解析 (2017)
  • 著者名/発表者名: 杉田有治
  • 学会等名: 構造活性相関シンポジウム
  • 招待講演
• [学会発表] Structure Modeling from Cryo-EM Data using Flexible Fitting Approach (2016)
  • 著者名/発表者名: 宮下治
  • 学会等名: 生物物理
  • 発表場所: つくば国際会議場・茨城県つくば市
  • 年月日: 2016-11-25
  • 招待講演
• [学会発表] 電子顕微鏡データを活用した構造解析へのハイブリッドアプローチ (2016)
  • 著者名/発表者名: 宮下治
  • 学会等名: 理研シンポジウム「クライオ電顕に期待すること」
  • 発表場所: 理研横浜・神奈川県横浜市
  • 年月日: 2016-11-08
  • 招待講演
• [学会発表] Flexible Fitting to Cryo-EM Density Map using Ensemble Molecular Dynamics Simulations (2016)
  • 著者名/発表者名: 宮下治
  • 学会等名: CBI学会
  • 発表場所: タワーホール船堀・東京都江戸川区
  • 年月日: 2016-10-25
  • 招待講演
• [学会発表] Enhanced conformational sampling methods for membrane protein folding and dynamics (2016)
  • 著者名/発表者名: Yuji Sugita
  • 学会等名: 4th International Conference on Molecular Simulations 2016 (ICMS2016)
  • 発表場所: Shanghai・China
  • 年月日: 2016-10-25
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Hybrid approaches to characterize structure and dynamics of biomolecular systems from single molecule experiments (2016)
  • 著者名/発表者名: Tama Florence
  • 学会等名: Telluride Workshop
  • 発表場所: Telluride Colorado・USA
  • 年月日: 2016-07-25
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Enhanced conformational sampling methods for conformational dynamics of proteins, membranes, and N-glycans (2016)
  • 著者名/発表者名: Yuji Sugita
  • 学会等名: International Workshop on Frontiers in Molecular Biophysics
  • 発表場所: Shanghai・China
  • 年月日: 2016-07-23
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] In-vivo macromolecular crowding effects (2016)
  • 著者名/発表者名: Yuji Sugita
  • 学会等名: Telluride Summer Conference
  • 発表場所: Telluride Colorado・USA
  • 年月日: 2016-06-27
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Hybrid approaches to characterize structure and dynamics of biomolecular systems from single molecule experiments (2016)
  • 著者名/発表者名: Tama Florence
  • 学会等名: 日本蛋白質科学会
  • 発表場所: 福岡国際会議場・福岡県福岡市
  • 年月日: 2016-06-07
  • 招待講演
• [学会発表] Two-Step Proton Transfer Mechanisms in the Outward-Facing Form of MATE Multidrug Transporter (2016)
  • 著者名/発表者名: Yuji Sugita
  • 学会等名: IAS Focused Program on Molecular Machines of Life: Simulation Meets Experiment
  • 発表場所: Hong Kong・China
  • 年月日: 2016-05-26
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] 2.Recent development of replica-exchange molecular dynamics simulation methods (2016)
  • 著者名/発表者名: Yuji Sugita
  • 学会等名: 251st ACS national meeting & exposition
  • 発表場所: San Diego, USA
  • 年月日: 2016-03-16
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] 細胞内分子ダイナミクスを理解するために必要なシミュレーションと放射光生命科学 (2016)
  • 著者名/発表者名: 杉田有治
  • 学会等名: 第29回日本放射光学年会放射光科学合同シンポジウム
  • 発表場所: 柏の葉カンファレンスセンター, 千葉県柏市
  • 年月日: 2016-01-11
  • 招待講演
• [学会発表] 4.Role of lipid molecules on the proton antiproton in MATE multi drug transporter, 杉田有治, BMB2015 (2015)
  • 著者名/発表者名: 杉田有治
  • 学会等名: 第38回日本分子生物学会年会、第88回日本生化学会大会合同大会
  • 発表場所: 神戸ポートアイランド, 兵庫県神戸市
  • 年月日: 2015-12-02
  • 招待講演
• [学会発表] 5.Free-energy calculations of conformational changes in membrane proteins by multi-resolution methods (2015)
  • 著者名/発表者名: Yuji Sugita
  • 学会等名: The 25th Hot Spring Harbor International Symposium
  • 発表場所: 九州大学, 福岡県福岡市
  • 年月日: 2015-11-14
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] 7.Role of lipid molecules on molecular functions of membrane proteins (2015)
  • 著者名/発表者名: Yuji Sugita
  • 学会等名: 第53回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 金沢大学、石川県金沢市
  • 年月日: 2015-09-13
  • 招待講演
• [学会発表] 9.Parallel MD simulations for enhanced conformational sampling of biological systems (2015)
  • 著者名/発表者名: Yuji Sugita
  • 学会等名: The 8th International Congress on Industrial and Applied Mathematics
  • 発表場所: Beijing, China
  • 年月日: 2015-08-19
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] 膜輸送タンパク質におけるプロトン対抗輸送の役割 (2015)
  • 著者名/発表者名: 杉田有治
  • 学会等名: 分子研研究会「膜タンパク質内部のプロトン透過を考える」
  • 発表場所: 分子科学研究所、愛知県岡崎市
  • 年月日: 2015-04-21
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Domain motion analysis of membrane proteins by bioinformatics and molecular dynamics simulations (2014)
  • 著者名/発表者名: Yuji Sugita
  • 学会等名: The international workshop on computational science and engineering
  • 発表場所: Hong Kong City University, Hong Kong
  • 年月日: 2014-12-13 – 2014-12-16
  • 招待講演
• [学会発表] 理論・計算化学に基づく脂質ダイナミクスの解析 (2014)
  • 著者名/発表者名: 杉田有治
  • 学会等名: 第87回日本生化学会大会
  • 発表場所: 京都国際会議場, 京都市左京区
  • 年月日: 2014-10-17
  • 招待講演
• [学会発表] 分子動力学計算の高速化と大規模生体分子シミュレーション (2014)
  • 著者名/発表者名: 杉田有治
  • 学会等名: バイオスーパーコンピューティング研究会2014(第6回)総会・講演会
  • 発表場所: 理研, 埼玉県和光市広沢
  • 年月日: 2014-10-15
  • 招待講演
• [学会発表] Domain motion analysis of proteins based on multiple atomic structures and coarse-grained molecular dynamics simulations (2014)
  • 著者名/発表者名: Yuji Sugita
  • 学会等名: Telluride Workshop on Coarse-grained modeling of structure and dynamics of biomolecules, Telluride
  • 発表場所: Telluride Science Research Center, Telluride, Collorado, USA
  • 年月日: 2014-08-04 – 2014-08-08
  • 招待講演
• [学会発表] Coarse-Grained Modeling of Structure and Dynamics of Biomacromolecules 3. (2014)
  • 著者名/発表者名: Osamu Miyashita, Atsushi Tokuhisa, Florence Tama
  • 学会等名: Telluride Workshop on Coarse-grained modeling of structure and dynamics of biomolecules, Telluride
  • 発表場所: Telluride Science Research Center, Telluride, Collorado, USA
  • 年月日: 2014-08-04 – 2014-08-08
  • 招待講演