• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 前のページに戻る

蛋白質のβーturnによる核酸高次構造の認識幾構の解明

研究課題

研究課題/領域番号 01571177
研究種目

一般研究(C)

配分区分補助金
研究分野 物理系薬学
研究機関大阪大学

研究代表者

藤井 敏  大阪大学, 薬学部, 助教授 (10107104)

研究期間 (年度) 1989 – 1990
研究課題ステータス 完了 (1990年度)
配分額 *注記
1,900千円 (直接経費: 1,900千円)
1990年度: 500千円 (直接経費: 500千円)
1989年度: 1,400千円 (直接経費: 1,400千円)
キーワードDNA結合蛋白質 / βーturn構造 / 核酸ベント構造 / X線構造解析 / クロモマイシン / DNA / 分子動力学 / 分子動力学計算 / ブレマイシン
研究概要

核酸一蛋白質の相互作用様式にはすでにいくつかのモチ-フが知られているが,今回,新規なモチ-フと考えられる系の認識機構を原子レベルでの構造を明らかにする。(1)ヒストン分子には球状に折れたたまれずに,鎖状に突出している領域があり,これがDNA2重らせん構造に結合し,核酸の高次構造変化をもたらすとが考えられる。この領域ではセリン-プロリンーリジンーリジンのアミノ酸配列がタンデムに存在している。配列からβーturn構造をとり核酸のりん酸部位と結合するモチ-フが考えられる。この新規モチ-フは,塩基配列認識の特異性が小さく,核酸高次構造の変化(折れ曲がり)を起こすことに生物学的意義がある。P.angulosus H1のN末端部位のアミノ酸配列をもつ4種のオリゴペプタイドを化学合成した(神戸学院大学薬学部岡田芳雄教授との共同研究)。これと2重らせん鎖で分子中央部分にアデニン(-チミン)クラスタ-をもついくつかのDNAオリゴヌクレオチドとの複合体結晶の作成を行った。現在のところ球状結晶がえられるのみで,X線構造解析を行える良好な結晶を得るには至っていない。 (2)核酸に塩基配列特異性結合をする抗生物質クロモマイシンとオリゴヌクレオチドとの相互作用:NMR測定によって得られた構造情報と構造化学情報に基ずいて,複合体モデルを作成した。得られた構造モデルは薬物の核酸塩基配列特異性を良く説明でき,また核酸分子のマイナ-溝で広範囲な疎水結合を形成する新規なものであった(これは大阪大学蛋白質研究所京極好正教授との共同研究である)。(3)核酸分子の蛋白質などとの相互作用様式を構造化学的に表現する構造パラメ-タの検討,また計算,表示するプログラムパッケイジを作成した。このプログラムは分子動力学計算での構造変化をシミュレ-トする有用な機能をもつ。

報告書

(3件)
  • 1990 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 1989 実績報告書
  • 研究成果

    (22件)

すべて その他

すべて 文献書誌 (22件)

  • [文献書誌] 藤井 敏: "核酸高次構造の塩基配列特異性" 薬学雑誌. 109. 281-299 (1989)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1990 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Fujii S., Matsui S., Tomita K., Orita M., Tanaka T., Uesugi S.: "The molecular Structure of Okazaki fragment r(CGCA)d(AAAGCG):d(CGCTTTTTTGCG) in solution" Nucleic Acids Research. S21. 67-68 (1990)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1990 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Hiroaki H., Ebata T., Uesugi S., Fujii S.: "Base recognition mechanism of bleomycin: solution structure of d(GGGGAGCTCCCC)_2 based on ^1HーNMR and restrained molecular dynamics" Nuceic Acids Research. S22. 53-54 (1990)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1990 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Sakaguchi R., Katahira M., Kyougoku Y. & Fujii S.: "An NMR study on the Conformation of the chromomycinーd(GGGGCCCC)_2 complex" Nucleic Acids Research. S22. 121-122 (1990)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1990 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Katahira M., Sugeta H., Kyougoku Y., & Fujii S.: "Determination of the Conformation of d(GGAAATTTCC)_2 in solution by Use of ^1H NMR and Restraiend Molecular Dynamics" Biochmistry. 29. 7214-7222 (1990)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1990 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Jin G.ーZ., Fujii S., Tomita K.: "Structure of Naringin Hexahemihydrate" Acta Crystallography. C46. 1866-1869 (1990)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1990 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] SaKaguchi R., Katahira M. Kyougoku Y. Fujii S.: "An NMR Study on the Conformation of a Deoxyooligonucleotide Duplex,d(GGGGCCCC)_2, and Its Complex with Chromoycin" J. Biochemistry. 109. 317-327 (1991)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1990 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Fujii S.: "Deoxyribonucleic Acid Sequence Effects on Molecular Structure" Yakugaku Zasshi. 109. 281-299 (1989)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1990 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Fujii S., Matsui S., Tomita K., Tanaka T, & Uesugi S.: "The molecular structure of Okazaki fragment r(CGCA)d(AAAAAGCG) : d(CGCTTTTTTGCG) in solution" Nucleic Acids Research. s21. 67-68 (1990)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1990 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Hiroaki H., Ebata T., Uesugi S., & Fujii S.: "Base recognition mechanism of bleomycin : solution structure of d(GGGGAGCTCCCC)_2 based on ^1H-NMR and restrained molecular dynamics" Nucleic Acids Research. s22. 53-54 (1990)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1990 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Sakaguchi R., Katahira M., Kyougoku Y. & Fujii S.: "An NMR study on the Conformation of the chromomycin-d(GGGGCCCC)_2 complex" Nucleic Acids Research. s22. 121-122 (1990)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1990 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Katahira M., Sugeta H., Kuougoku Y., & Fujii S.: "Determination of the Conformation of d(GGAAATTTCC)_2 in solution by Use of ^1H NMR and Restrained Molecular Dynamics" Biochemistry. 29. 7214-7222 (1990)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1990 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Jin G. -Z., Fujii S., & Tomita K.: "Structure of Naringin Hexahemihydrate" Acta Crystallography. C46. 1866-1869 (1990)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1990 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Sakaguchi R., Katahira M., Kyougoku Y. & Fujii S.: "An NMR Study on the Conformation of a Deoxyoligonucleotide Duplex, d(GGGGCCCC)_<2, > and Its Complex with Chromomycin" J. Biochemistry. 109. 317-327 (1991)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1990 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Katahira M: "Determintion of the comformation of d(GGAAATTTCC)_2 in solution by use of ^1H NMR and redtrained molecnlar dynanics" Biochemistry. 29. 7214-7222 (1990)

    • 関連する報告書
      1990 実績報告書
  • [文献書誌] Fujii S.: "Molecular melanism of bent DNA by moleanlar dynamics simulation"

    • 関連する報告書
      1990 実績報告書
  • [文献書誌] Sakaguchi R: "An NMR study on the Conformation of a Deoxyoligo nucleotide Duplex,d(GGGGCCCC)_2,and with Chromomycin" J.Biochem.109. 317-327 (1991)

    • 関連する報告書
      1990 実績報告書
  • [文献書誌] Jin,G.ーZ: "Structure of naringin Nexahemihydrate" Acta Cryst. C46. 1866-1869 (190)

    • 関連する報告書
      1990 実績報告書
  • [文献書誌] Sakaguchi R: "An NMR study on the confoomation of the chromomycinーd(GGGGCCCC)_2 complex" nucleic Acids Research. S22. 121-122 (1990-)

    • 関連する報告書
      1990 実績報告書
  • [文献書誌] Hiroaki H.: "Base recognition mechanisin bleomycin:solution structwre of d(GGGGAGCTCCCC)_2 based on ^1HーNMR and restraineclmolealar dynamics" Nuleic Acids Research. S22. 53-54 (1990)

    • 関連する報告書
      1990 実績報告書
  • [文献書誌] 藤井敏: "核酸高次構造の塩基配列特異性" 薬学雑誌. 109. 281-299 (1989)

    • 関連する報告書
      1989 実績報告書
  • [文献書誌] S.FUJII: "The molecular structure of Okazaki Fragment r(CGCA)d(AAAAGCG):d(CGCTTTTTTGCG)in solution" Nucleic Acids Res.

    • 関連する報告書
      1989 実績報告書

URL: 

公開日: 1989-04-01   更新日: 2016-04-21  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi