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微小蛋白質結晶の異常分散法によるX線構造解析法の開発

研究課題

研究課題/領域番号 02558011
研究種目

試験研究(B)

配分区分補助金
研究分野 結晶学
研究機関東京大学

研究代表者

佐藤 能雅  東京大学, 薬学部, 教授 (30150014)

研究分担者 野口 修治  東京大学, 薬学部, 助手 (60237823)
中迫 雅由  東京大学, 薬学部, 助手 (30227764)
雨宮 慶幸  高エネルギー物理学研究所, 放射光実験施設, 助教授 (70151131)
研究期間 (年度) 1990 – 1992
研究課題ステータス 完了 (1992年度)
配分額 *注記
17,500千円 (直接経費: 17,500千円)
1992年度: 800千円 (直接経費: 800千円)
1991年度: 3,000千円 (直接経費: 3,000千円)
1990年度: 13,700千円 (直接経費: 13,700千円)
キーワード微小結晶 / 蛋白質 / X線結晶構造解析 / イメージングプレート / シンクロトロン放射光 / 異常分散法 / 免疫グロブリン / 抗体 / X線結晶構造解析法 / 蛋白質結晶学 / 回折強度測定法 / イメ-ジングプレ-ト / 多波長異常分散法
研究概要

微小蛋白質結晶のX線構造解析法の開発を目的とし、輝尽性蛍光体イメージングプレートを採用した高感度で高精度のX線カメラ露光リアルタイム検出装置を試作し、X線異常分散効果を利用して構造解析の処理を行うための計算機プログラムシステムを開発した。これらを用い、シンクロトロン放射光による異常分散効果を最適化した回折データを微小蛋白質結晶について測定し、抗体など3種の蛋白質の結晶構造を解析した。
ダンシルリジンに結合するマウス抗体のFvフラグメントについて、多波長異常分散法用の回折データ処理と異常分散項の算出処理のプログラムを用いて解析を進めた。その結果、異常分散パターソン合成による相補性決定部位のメチオニンに結合した白金のサイトを得ることができた。その後、分子置換法とモデル精密化法を併用してこのFvフラグメントの結晶構造を1.6A分解能という抗体では最も高い精度で解析を完了することができた。白色X線による異常分散効果の測定系と処理系も新たに開発し、ラウエ回折法に基づく今後の時分割実験による動的構造研究でも適用可能となった。
マウス抗ニトロフェノール(NP)抗体3B44のFavフラグメンの微小結晶について、開発した検出装置を用いることにより3A分解能の回折データを得ることができた。このものの臭素化NPとの複合体の多波長データでは臭素化NPの結合が十分でなかったため分子置換法を適用し、3A分解能で構造解析に成功した。また、抗体NIG9のFabでも結晶が微小で従来法では回折データが得られなかったが、開発した測定処理系によって2.5A分解能の良好なデータを得た。さらに、リボヌクレアーゼU_2も1.8A分解能での解析を完了した。このものの異常分散差フーリエ合成ではイオウ原子のみを明瞭に電子密度として見いだすことができた。

報告書

(4件)
  • 1992 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 1991 実績報告書
  • 1990 実績報告書
  • 研究成果

    (31件)

すべて その他

すべて 文献書誌 (31件)

  • [文献書誌] 佐藤 能雅: "シンクロトロン放射光と蛋白質結晶解析" 蛋白質核酸酵素. 37. 567-579 (1992)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
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      1992 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Wei Yang: "Structrue of Ribonuclease H Phased at 2A Resolution by MAD Analysis of Selenomethionyl Protein" Science. 249. 1398-1405 (1990)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1992 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Yoshinopri SATOW: "Optimized Anomalous Dispersion Studies" ACta Crystallographica. A46. G.15 (1990)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1992 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Logyin Chen: "Crystal Structure of an Electron-Transfer Complex between Methylamine Dehydrogenase and Amicyanin." Biochemistry. 31. 4959-4964 (1992)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1992 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Yoshio TAKEUCHI: "Refined Crystal Structure of the complex of Subtili-sin BPN and Streptomyces Subtilisin Inhibitor at 1.8A Resolution." J.Mol.Biol.221. 309-325 (1991)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1992 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] 佐藤 能雄: "タンパク質の活性,機能と進化の情報を与える立体構造" 現代化学. 245. 24-31 (1991)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1992 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] 佐藤 能雄: "「回析法による結晶構造解析の基礎」のうちPP,111-127の次を分担「放射光の利用-放射光X線の特徴と生体高分子の解析」" 日本結晶学会, 127 (1991)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1992 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Yoshinori Satow: "Protein Crystallography and Synchrotron Radiation." Tanpakushitsu Kakusan Kouso. 37. 567-579 (1992)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1992 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Wei Yang et al.: "Structure of Ribonuclease H Phased at 2 A^^. Resolution by MAD Analysis of Selenomethionyl protein." Science. 249. 1398-1405 (1990)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1992 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Yoshinori Satow: "Optimized Anomalous Dispersion Studies." Acta Crystallographica. A46. C-15 (1990)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1992 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Longuin Chen, at al.: "Crystal Structure of an Electron-Transfer Complex between Methylamine Dehydrogenase and Amicyanin." Biochemistry. 31. 4949-4964 (1992)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1992 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Yoshio Takeuchi: "Refined Crystal Structure of the complex of Subtilisin BPN' and Streptomyces Subtilisin Inhibitor at 1.8 A^^. Resolution." J. Molec. Biol.221. 309-325 (1991)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1992 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Yoshinori Satow: "Crystal Structures give Information about Activities, Functions, and Evolutions of Proteins." Chemistry Today (Gendaikagaku). 245. 24-31 (1991)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1992 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Yoshinori Satow: "Use of Synchrotron Radiation - Characteristics of Synchrotron Radiation and Macromolecular Crystallography." in Fundamentals in Crystal Structure Analysis by Diffraction Methods, Japanese Crystallogrphic Society. 111-127 (1991)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1992 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] 佐藤 能雅: "シンクロトロン放射光と蛋白質結晶解析" 蛋白質核酸酵素. 37. 567-579 (1992)

    • 関連する報告書
      1992 実績報告書
  • [文献書誌] Longyin Chen: "Crystal Structure of an Electron-Transfer Complex between Methylamine Dehydrogenase and Amicyanin." Biochemistry. 31. 4959-4964 (1992)

    • 関連する報告書
      1992 実績報告書
  • [文献書誌] Yoshinori Satow: "Optimized Anomalous Dispersion Studies." Acta Crystallographica. A46. C・15 (1990)

    • 関連する報告書
      1992 実績報告書
  • [文献書誌] Wei Yang: "Structure of Ribonuclease H Phased at 2A^^。 Resolution by MAD Analysis of Selenomethionyl protein." Science. 249. 1398-1405 (1990)

    • 関連する報告書
      1992 実績報告書
  • [文献書誌] Yasuo Takeuchi: "Molecular recognition at the active site of subtilisin BPN':Crystallographic studies using genetically engineered Proteinaceous inhibitor SSI(Streptomyces Subtilisin inhibitor)." Protein Engineering. 4. 501-508 (1991)

    • 関連する報告書
      1992 実績報告書
  • [文献書誌] Shuji Noguchi: "Crystal Structure of Purine-specific Ribonuclease U_2 at 1.8^^。 Resolution."

    • 関連する報告書
      1992 実績報告書
  • [文献書誌] 佐藤 能雅: "シンクロトロン放射光と蛋白質結晶解析" 蛋白質核酸酵素. 37. 567-579 (1992)

    • 関連する報告書
      1991 実績報告書
  • [文献書誌] 佐藤 能雅: "タンパク質の活性,機能と進化の情報を与える立体構造" 現代化学. 245. 24-31 (1991)

    • 関連する報告書
      1991 実績報告書
  • [文献書誌] Yosinori Satow: "Optiwized Anomalous Dispevsion Studies" Acta Crystallographica. A46. C-15- (1990)

    • 関連する報告書
      1991 実績報告書
  • [文献書誌] Wei Yang: "Structure of Ribonuclease H Phased at 2A^^゚ Resolution by MAD Analysis of Selenomethionyl Protein" Science. 249. 1398-1405 (1990)

    • 関連する報告書
      1991 実績報告書
  • [文献書誌] Janet L.Smith: "Multiwavelength Anomalous Diffraction Analysis of a Large Protein" Proc.of Isomorphous Replacement and Anomalous Scattering.

    • 関連する報告書
      1991 実績報告書
  • [文献書誌] Yasuo Takeuchi: "Refined Crystal Structure of the Complex of Subtilisin BPN′ and Streptomyces Subtilisin Inhibitor at 1.8A^^゚ Resolution" J.Mol.Biol.221. 309-325 (1991)

    • 関連する報告書
      1991 実績報告書
  • [文献書誌] 佐藤 能雅 Yoshinori Satow: "Optimized Anomalous Dispersion Studies." Acta Crystallographica. A46. C-15 (1990)

    • 関連する報告書
      1990 実績報告書
  • [文献書誌] 雨宮 慶幸 Yoshiyuki Amemiya: "Imaging Plates as XーRay Detectors." Acta Crystallographica. A46. C-7 (1990)

    • 関連する報告書
      1990 実績報告書
  • [文献書誌] 佐藤 能雅: "X線構造解析による生体高分子の立体構造研究" 現代化学. (1991)

    • 関連する報告書
      1990 実績報告書
  • [文献書誌] Janet L.Smith: "Multiwavelength Anomalous Diffraction Experipents on Glutamate PRPP Amidotransferase." Acta Crystallographica. A46. C-17 (1990)

    • 関連する報告書
      1990 実績報告書
  • [文献書誌] Wei Yang: "Structure of Ribonuclease H Phased at 2A^^° Resolution by MAD Analysis of the Selenomethiony L protein." Science. 249. 1398-1405 (1990)

    • 関連する報告書
      1990 実績報告書

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公開日: 1990-04-01   更新日: 2016-04-21  

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