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微生物の16S類似rRNAデータベースによるコンピュータ同定システムの作製

研究課題

研究課題/領域番号 03304017
研究種目

総合研究(A)

配分区分補助金
研究分野 応用微生物学・発酵学
研究機関東京大学

研究代表者

小柳津 広志 (1993)  東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助教授 (70177301)

山里 一英 (1991-1992)  東京大学, 応用微生物研究所, 教授 (40013320)

研究分担者 蒲生 卓磨  農林水産省農業生物資源研究所, 部長
中瀬 崇  理化学研究所, ライフサイエンス培養生物部, 部長
斉藤 成也 (斎藤 成也)  国立遺伝学研究所, 助教授 (30192587)
山田 雄三  静岡大学, 農学部, 教授 (20013328)
山里 一英  東京大学, 応用微生物研究所, 教授 (40013320)
浦生 卓磨  農林水産省, 農業生物資源研究所, 部長
杉山 純多  東京大学, 応用微生物研究所, 教授 (80142256)
江崎 孝行  岐阜大学, 医学部, 教授 (90151977)
小柳津 広志  東京大学, 農学部, 助教授 (70177301)
研究期間 (年度) 1991 – 1993
研究課題ステータス 完了 (1993年度)
配分額 *注記
17,400千円 (直接経費: 17,400千円)
1993年度: 3,000千円 (直接経費: 3,000千円)
1992年度: 6,700千円 (直接経費: 6,700千円)
1991年度: 7,700千円 (直接経費: 7,700千円)
キーワード16S rRNA / 18S rRNA / 微生物 / 分子系統 / コンピュータ同定システム / 塩基配列 / 16SrRNA / 18SrRNA / 近隣結合法 / PCR / コンピュ-タ同定システム
研究概要

この研究は微生物をいかに簡単に同定するか、その手法を確立することを目指したものであり、研究グループは総勢20名からなり、リボソームのスモ-ルサブユニットRNA(SSU rRNA)に着目して結成された。東京大学応用微生物研究所の山里は細菌の非硫黄光合成細菌、Flavobacterium-Cytophaga、東京大学農学部の小柳津は細菌のプロテオバクテリア群、野田産業科学研究所の亀倉は好塩性古細菌、岐阜大医学部の江崎は嫌気性グラム陽性球菌、東京大学海洋研究所の清水、大和田は海洋性のプロテオバクテリア、静岡大学農学部の山田は子のう菌類、京都女子大の高桑は無色硫黄細菌、農林水産省食品総合研究所の森は乳酸菌、発酵研究所の長谷川は放線菌、発酵研究所の横田はアクチノバクテリア全般、東北大学遺伝生態研究センターの服部は低栄養細菌、東京大学応用微生物研究所の杉山は原始的な高等菌類、理化学研究所の中瀬は酵母、同鈴木はアクチノバクテリア、東大農学部の五十嵐は水素資化細菌を担当し、それぞれ膨大なデータを得た。また、国立遺伝学研究所の斉藤は系統樹作製法の開発にあたり、パソコンで簡便に使用できるNJ法のプログラムを作製した。

報告書

(4件)
  • 1993 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 1992 実績報告書
  • 1991 実績報告書
  • 研究成果

    (18件)

すべて その他

すべて 文献書誌 (18件)

  • [文献書誌] Oyaizu,H., Matsumoto,S.and Gamou,T.,: "Distribution of rhizobia in leguminous plants surveyed by phylogenetic identification" J.Gen.Appl.Microbiol.39. 339-354 (1993)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1993 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Oyaizu,H., Matsumoto,S.and Takeda,H.,: "Origin of chlorophetes chloroplasts" J.Gen.Appl.Microbiol.39. 313-319 (1993)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1993 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Oyaizu, H., Matsuimoto, S.and Gamou, T.: "Distribution of rhizobia in leguminous plants surveyed by phylogenetic identification" J.Gen.Appl.Microbiol.Vol.39. 339-354 (1993)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1993 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Oyaizu, H., Matsumoto, S.and Takeda, H.: "Origin of chlorophetes chloroplasts" J.Gen.Appl.Microbiol.Vol.39. 313-319 (1993)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1993 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Oyaizu,H.,Matsumoto,S.,and Gamou,T.: "Distribution of rhizobia in leguminous plants surveyed by phylogenetic identification" J.Gen.Appl.Microbiol.39. 339-354 (1993)

    • 関連する報告書
      1993 実績報告書
  • [文献書誌] Oyaizu,H.,Matsumoto,S.,and Takeda,H.: "Origin of chlorophetes chloroplasts" J.Gen.Appl.Microbiol.39. 313-319 (1993)

    • 関連する報告書
      1993 実績報告書
  • [文献書誌] Oyaizu,H.: "Molecular methods of analysing bacterial diversity::thi case of rhizobia." Biodiversity and Conservation.1. 237-249 (1992)

    • 関連する報告書
      1992 実績報告書
  • [文献書誌] Yabuuchi,E.: "Proposal of Burkholderia gen.nov.and transfer of seven species of the genus Pseudomonas homology group II to the genus,with the type species Burkhokderia cepacia(Palleroni and Holmes 1981)comb.nov." Microbil.Immunol.36. 1251-1275 (1992)

    • 関連する報告書
      1992 実績報告書
  • [文献書誌] Yamada,Y.: "The phylogenetic relationships of the Qg-equipped,spheroidal ascocpoer-forming Pichia species based on the partial sequence of 18S and 26S ribosomal RNAs." J.Gen.Appl.Microbiol.38. 247-252 (1992)

    • 関連する報告書
      1992 実績報告書
  • [文献書誌] Kawasaki,H.: "Is intracytoplasmic mimbrane structure a generic criterion?;It's not parallel to phylogenetic interrelationships among phototrophic purple nonsulfur bacteria." Arch.Mecrobiol.

    • 関連する報告書
      1992 実績報告書
  • [文献書誌] Yanagi,M.: "Phylogenetic analysis of the family Rhizobiaceae and related bacteria by sequencing of 16S rRNA gene using PCR and DNA sequencer." FEMS Microbiol Lett.

    • 関連する報告書
      1992 実績報告書
  • [文献書誌] Sugiyama,J.: "Phylogenetic analysis of basidiomysetous yeasts by means of 18S ribosomal RNA sequences:relationship of Erythrobasidium hasegawianum and other basidiomycetous yeast taxa." Antonie van Leeuwenhoek.

    • 関連する報告書
      1992 実績報告書
  • [文献書誌] Yamada,Y.: "The phylogenetic relationships of the genus Sporopachydermia Lodrigues de Miranda based on the partial sequuences of 18S and 26S ribosomal RNAs." J.Gen.Appl.Microbiol.

    • 関連する報告書
      1991 実績報告書
  • [文献書誌] Esaki,T.: "Three new Peptostreptococcus species isolated from human specimen." Int.J.Syst.Bacyeriol.

    • 関連する報告書
      1991 実績報告書
  • [文献書誌] Takematsu,A.: "The partial sequences of 18S ribosomal RNAs of the ba悵listosporeーfoming yeasts." J.Gen.Appl.Microbiol.

    • 関連する報告書
      1991 実績報告書
  • [文献書誌] Kawasaki,H.: "Rhodocysta centena gen.nov.,sp.nov.,a cyst forming anoxygenic photosynthetic bacterium and its phylogenetic position in the alpha subdivision of proteobacteria." J.Gen.Appl.Microbiol.

    • 関連する報告書
      1991 実績報告書
  • [文献書誌] Nakagawa,Y.: "Phylogenetic heterogeneity of marine Cytophaga revealed by 16S ribosomal RNA sequence analysis." J.Gen.Appl.Microbiol.

    • 関連する報告書
      1991 実績報告書
  • [文献書誌] Nishida,H.: "Taphrinalean fungi may represent a third main higher fungal lineage." Nature.

    • 関連する報告書
      1991 実績報告書

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公開日: 1991-04-01   更新日: 2016-04-21  

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