| 研究課題/領域番号 |
03558027
|
|---|
| 研究種目 |
試験研究(B)
|
| 配分区分 | 補助金 |
|---|
| 研究分野 |
分子遺伝学・分子生理学
|
|---|
| 研究機関 | 京都大学 |
|---|
研究代表者 |
宮田 隆 京都大学, 理学部, 教授 (20022692)
|
|---|
| 研究分担者 |
荻田 直史 富士通情報処理システムラボラトリー, 顧問
長谷川 政美 統計数理研究所, 教授 (60011657)
|
|---|
| 研究期間 (年度) |
1991 – 1992
|
| 研究課題ステータス |
完了 (1992年度)
|
| 配分額 *注記 |
16,600千円 (直接経費: 16,600千円)
1992年度: 4,800千円 (直接経費: 4,800千円)
1991年度: 11,800千円 (直接経費: 11,800千円)
|
|---|
| キーワード | 遺伝子族 / アラインメント / コンセンサス配列 / モチーフ / 分子系統樹 / データベース / 超遺伝子族 / デ-タベ-ス / ホモロジ- / コンピュ-タ / タンパク質 |
|---|
| 研究概要 |
(1)細胞接着に関与する3つの遺伝子族、シグナル伝達系に関与する6つの遺伝子族、rasをはじめとするGTP結合タンパク質遺伝子族及びタンパク質キナーゼ遺伝子族を含む6つの遺伝子族に対して、アミノ酸配列のアラインメント、コンセンサス配列、荷重モチーフ、メンバーの分子系統樹を計算し、データベース化した。
(2)新しい遺伝子族メンバーをデータベース中に探査したり、データベースから全てのメンバーの抽出を容易にするために、新しいホモロジーサーチ法(局所探査法)を開発した。この方法は、先ず、強く配列の保存した断片(モチーフ)を複数選び、各座位に出現するアミノ酸頻度に基づいて作成された荷重モチーフを決定する。この荷重モチーフに類似の配列をデータベース中に探査し、統計的に有意な類似度を持つ配列を選び出す方法である。
(3)上で述べた局所探査法を細胞接着に関与する3つの遺伝子族に応用し、レセプタータイプのチロシンキナーゼのうち、イ)神経成長因子レセプターtrkの細胞外ドメインに免疫グロブリン様配列を、ロ)retがんタンパクの細胞外ドメインにカドヘリン様配列を、ハ)及び複数のレセプターの細胞外ドメインにフィブロネクチンタイプIII様配列を見つけることに成功した。
(4)(3)の結果から、レセプタータイプのチロシンキナーゼは細胞外ドメインの構造から、少なくとも、4つの型に分類出来ることを示した。この分類は細胞内ドメインのチロシンキナーゼドメインの比較から推定された系統樹に基づく分類とほぼ一致した。
|
