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ゲノム解析に伴う大量知識情報処理の研究(総括班)

研究課題

研究課題/領域番号 04261102
研究種目

重点領域研究

配分区分補助金
研究機関京都大学

研究代表者

金久 實  京都大学, 化学研究所, 教授 (70183275)

研究分担者 磯野 克己  神戸大学, 理学部, 教授 (70011640)
米澤 明憲  東京大学, 理学系研究科, 教授 (00133116)
松原 謙一  大阪大学, 細胞生体工学センター, 教授 (20037394)
美宅 成樹  東京農工大学, 工学部, 教授 (10107542)
高木 利久  東京大学, 医科学研究所, 教授 (30110836)
鈴木 義昭  基礎生物学研究所, 教授 (50132733)
西岡 孝明  京都大学, 化学研究所, 助教授 (80026559)
研究期間 (年度) 1991 – 1995
研究課題ステータス 完了 (1996年度)
配分額 *注記
168,000千円 (直接経費: 168,000千円)
1996年度: 3,000千円 (直接経費: 3,000千円)
1995年度: 30,000千円 (直接経費: 30,000千円)
1994年度: 45,000千円 (直接経費: 45,000千円)
1993年度: 45,000千円 (直接経費: 45,000千円)
1992年度: 45,000千円 (直接経費: 45,000千円)
キーワードゲノム解析 / 配列解析 / 蛋白質・核酸の構造と機能 / データベース / ネットワーク
研究概要

本研究では平成3年度から7年度まで5カ年計画で行われた重点領域研究「ゲノム情報」の成果取りまとめを行った。重点領域研究「ゲノム情報」は生物科学と計算機科学の融合の中から、ヒトを始めとした各種生物ゲノムがもつ様々な情報を解読するための方法論と実用的な技術を確立することを目的とした。とくに、(1)ゲノム解析がもたらす大量かつ多様なデータのデータベースの問題と、(2)実験によるゲノム解析の最終産物である配列データの生物的意味解釈の問題に新しい方法を確立することを目標とした。数々の研究成果は実用的なデータベースやソフトウェアとして実用化され、ゲノムネットデータベースサービスの形に取りまとめられ、インターネットを通じて国際的に提供されている。本研究ではまず8月22日と23日に「ヒトゲノム計画とインターネット」と題した講習会を開催し、高校の先生を対象として美宅成樹、高木利久、金久實がそれぞれゲノム計画、インターネット、ゲノム情報に関する解説をし、実際にゲノムネットのデータベース利用講習を行った。次に、5年間の研究成果を取りまとめた「研究成果報告書」を作成し、約400名の研究者に配布した。この報告書は主な発表論文51編と、10月21日に文部省で開かれた研究終了ヒアリングの資料をまとめたものである。なお、研究経費として本研究と直接のつながりはないが、重点領域研究「ゲノム情報」の研究内容は金久實(著)「ゲノム情報への招待」(共立出版)にまとめられ、また実用的な成果の内容は高木利久、金久實(編)「ゲノムネットのデータベース利用法」(共立出版)として出版されている。

報告書

(6件)
  • 1996 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 1995 実績報告書
  • 1994 実績報告書
  • 1993 実績報告書
  • 1992 実績報告書
  • 研究成果

    (31件)

すべて その他

すべて 文献書誌 (31件)

  • [文献書誌] 金久實: "ゲノム情報への招待" 共立出版, 151 (1996)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1996 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] 高木利久、金久實: "ゲノムネットのデータベース利用法" 共立出版, 181 (1996)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1996 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] 金久實: "ゲノム情報への招待" 共立出版, 151 (1996)

    • 関連する報告書
      1996 実績報告書
  • [文献書誌] 高木利久、金久實: "ゲノムネットのデータベース利用法" 共立出版, 181 (1996)

    • 関連する報告書
      1996 実績報告書
  • [文献書誌] Ogata,H.,Akiyama,Y.,Kanehisa,M.: "A genetic algorithm based molecular modeling technique for RNA stem-loop structures." Nucleic Acids Res.23. 419-426 (1995)

    • 関連する報告書
      1995 実績報告書
  • [文献書誌] Tomii,K.,Kanehisa,M.: "Analysis of amino acid indices and mutation matrices for sequence comparison and structure prediction of proteins." Protein Eng.(in press). (1996)

    • 関連する報告書
      1995 実績報告書
  • [文献書誌] 高木利久: "演澤データベースのゲノム情報処理への応用" 人工知能学会誌. 10. 17-23 (1995)

    • 関連する報告書
      1995 実績報告書
  • [文献書誌] Mitaku,S.他: "Interaction stabilizing tertiary structure of bacteriorhodopsin studied by denaturation experiments." Proteins. 22. 350-362 (1995)

    • 関連する報告書
      1995 実績報告書
  • [文献書誌] Suwa,M.,Hirokawa,T.,Mitaku,S.: "A continuum theory for the prediction of lateral and rotational positioning of α-helices in membrane proteins:Bacteriorhodopsin." Proteins. 22. 363-377 (1995)

    • 関連する報告書
      1995 実績報告書
  • [文献書誌] Nakaya,A.,Yamamoto,K.,and Yonezawa,A.: "RNA secondary structure prediction using highly parallel computers." CABIOS. 11. 685-692 (1995)

    • 関連する報告書
      1995 実績報告書
  • [文献書誌] Hagiya,M.,Miyano,S.,Nakai,K.,Suyama,A.,Yokomori,T.,Takagi,T.: "Proceedings of Genome Informatics Workshop 1995" Universal Academy Press,Inc., 179 (1995)

    • 関連する報告書
      1995 実績報告書
  • [文献書誌] 美宅成樹、金久實: "ヒトゲノム計画と知識情報処理" 倍風館, 215 (1995)

    • 関連する報告書
      1995 実績報告書
  • [文献書誌] Ogata,H.,Akiyama,Y.and Kanehisa,M.: "A genetic algorithm based molecular modeling technique for RNA stem-loop structures." Nucleic Acids Res.23. 694-701 (1995)

    • 関連する報告書
      1994 実績報告書
  • [文献書誌] Mizuno,M.and Kanehisa,M.: "Distribution profiles of GC content around the translation initiation site in different species." FEBS Lett.352. 7-10 (1994)

    • 関連する報告書
      1994 実績報告書
  • [文献書誌] Uchiyama,I.,Ogiwara,A.and Kanehisa,M.: "A library of signature pentapeptides for the protein data bank." In “Protein Structures by Distance Analysis". 237-246 (1994)

    • 関連する報告書
      1994 実績報告書
  • [文献書誌] Suzuki,T.,Takagi,T.,Kuhara,S.and Kanehisa,M.: "Development of an integrated database for genome mapping and nucleotide sequences." Proc. 27th Hawaii Int. Conf. on System Sciences. 5. 68-76 (1994)

    • 関連する報告書
      1994 実績報告書
  • [文献書誌] Suwa,M.,Hirokawa,T.and Mitaku,S.20GB05:A continuum theory for the prediction of lateral and rotational positioning of α-helices in membrane proteins:Bacteriorhodopsin.: Proteins. (in press). (1994)

    • 関連する報告書
      1994 実績報告書
  • [文献書誌] Ogasawara,N.,Nakai,S.and Yoshikawa,H.: "Systematic sequencing of the Bacillus subtilis chromosome containing the replication origin." DNA res.1. 1-14 (1994)

    • 関連する報告書
      1994 実績報告書
  • [文献書誌] Miyano,S.,Akutsu,T.,Imai,H.,Gotoh,O and Takagi,T.: "Proceedings of Genome Informatics Workshop V" Universal Academy Press,Inc., 243 (1994)

    • 関連する報告書
      1994 実績報告書
  • [文献書誌] Ishikawa,M.,Toya,T.,Hoshida,M.,Nitta,K.,Ogiwara,A.,Kanehisa,M.: "Multiple sequence alignment by parallel simulated annealing." CABIOS. 9. 267-273 (1993)

    • 関連する報告書
      1993 実績報告書
  • [文献書誌] Fujibuchi,W.,Kanehisa,M.: "A method to extract functional motifs for transcriptional regulation in eukaryotic sequences." Bull.Inst.Chem.Res.,Kyoto Univ.71. 317-326 (1993)

    • 関連する報告書
      1993 実績報告書
  • [文献書誌] Ohkubo,Z.,Kanehisa,M.: "Characterization of spatially close peptide segments in proteins." Bull.Inst.Chem.Res.,Kyoto Univ.71. 327-337 (1993)

    • 関連する報告書
      1993 実績報告書
  • [文献書誌] Sakamoto,N.,Takagi,T.,Sakaki,T.: "Development of overlapping oligonucleotide database and application to signal sequence search of the human genome." CABIOS. 9. 427-434 (1993)

    • 関連する報告書
      1993 実績報告書
  • [文献書誌] Satou,K.,Furuichi,E.,Takiguchi,K.,Takagi,T.,Kuhara,S.: "A deductive database system PACADE for analyzing 3-D and secondary structures of protein." CABIOS. 9. 259-266 (1993)

    • 関連する報告書
      1993 実績報告書
  • [文献書誌] Suwa,M.,Mitaku,S.,Kuroda,Y.: "Theoretical analysis of amino acid sequence of human dystrophin." Biophys.Biochem.Res.Commun.191. 782-789 (1993)

    • 関連する報告書
      1993 実績報告書
  • [文献書誌] Takagi,T.,Imai,H.,Miyano,S.,Mitaku,S.,Kanehisa,M.: "Proceedings of Genome Informatics Workshop IV" Universal Academy Press,Inc., 465 (1993)

    • 関連する報告書
      1993 実績報告書
  • [文献書誌] Ogiwara,A.: "Construetion of a dicionary of sequence motifs that characterize groups of related proteins." Protein Eng.5. 479-488 (1992)

    • 関連する報告書
      1992 実績報告書
  • [文献書誌] Ishikawa,M.: "Multiple sequence alignment by parallel simulated annealing." Comput.Appl.Biosci.9. (1993)

    • 関連する報告書
      1992 実績報告書
  • [文献書誌] Suyawa,M.: "Enzyme-reaction database to search for amino acid sequence motifa among enzymes." Comput Appl.Biosci. 9. 9-15 (1993)

    • 関連する報告書
      1992 実績報告書
  • [文献書誌] Suwa,M.: "The ovetical analysis of amino acid sequence of human dystrophin." Biochem.Byophys.Res.Commun. (1993)

    • 関連する報告書
      1992 実績報告書
  • [文献書誌] Dohi,H.: "Gene View:Multi-langnage human gene mapping library with graphical user interface." Comput.Appl.Biosci. 9. (1993)

    • 関連する報告書
      1992 実績報告書

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公開日: 1992-04-01   更新日: 2016-04-21  

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