| 研究課題/領域番号 |
04680161
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| 研究種目 |
一般研究(C)
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 研究分野 |
物質生物化学
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| 研究機関 | 大阪大学 |
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研究代表者 |
楠木 正巳 大阪大学, たんぱく質研究所, 助手 (90135749)
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| 研究期間 (年度) |
1991 – 1993
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| 研究課題ステータス |
完了 (1993年度)
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| 配分額 *注記 |
1,900千円 (直接経費: 1,900千円)
1993年度: 400千円 (直接経費: 400千円)
1992年度: 1,500千円 (直接経費: 1,500千円)
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| キーワード | タンパク質 / タンパク質データバンク / 構造 / 3次元 / 酸列 / コンピュータプログラム / データベース / 蛋白質 / シークエンス / 立体構造 / ワークステーション |
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| 研究概要 |
蛋白質の簡易型シースエンス立体構造データベースが完成したので報告する。この研究の目的はタンパク質の立体構造データベースProtein Data Bank(PDBと略する)のデータを検索するシステムを構築することである。例えば、タンパク質名、著者名からそれらの属性を持つPDBのエントリー名をアクセスしたり、部分シークエンスを指定し、そのシークエンスを持つPDBのペプチド断片の座標をピックアップすることなどである。Protein Data Bankでは検索システムは提供されていないので、ユーザー側で検索システムを作る必要がある。最初から検索システムを作るのは困難と考えられるので、既存のプログラムがあればそれを利用することを考えた。
本研究において作成したデータベースは、データベースのデータと検索プログラムからできている。検索プログラムは米国National Biomedical Research Foundationにおいて開発されたProtein Identification Resource(PIRと略する)のプログラムPSQを少し改造したものを用いた。したがって、ユーザはタンパク質のシークエンス検索するのと同じ要領でPDBの検索ができる。データ構築プログラムは今回の研究で独自に作成した。このプログラムはPDBから必要なデータを取りだし、PIRのデータフォーマットに変換するプログラムである。本データベースシステムはDEC社のVAX/VMSコンピュータ上で稼働する。
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