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キラル低分子による長鎖DNAの折り畳み

研究課題

研究課題/領域番号 04F04154
研究種目

特別研究員奨励費

配分区分補助金
応募区分外国
研究分野 生物機能・バイオプロセス
研究機関京都大学

研究代表者

吉川 研一  京都大学, 大学院・理学研究科, 教授

研究分担者 ZINCHENKO Anatoly A.  京都大学, 大学院・理学研究科, 外国人特別研究員
ZINCHENKO Anatoly Alexandrovich  京都大学, 大学院・理学研究科, 外国人特別研究員
研究期間 (年度) 2004 – 2005
研究課題ステータス 完了 (2005年度)
配分額 *注記
2,400千円 (直接経費: 2,400千円)
2005年度: 1,200千円 (直接経費: 1,200千円)
2004年度: 1,200千円 (直接経費: 1,200千円)
キーワードDNA凝縮転移 / キラリティ / 荷電高分子鎖 / 単分子観測 / クロマチン / DNA凝縮 / DNA-低分子相互作用 / 単分子観察 / エナンチオマー / 光学異性体 / 分子認識 / 蛍光顕微鏡 / 電子顕微鏡
研究概要

生物はキラルなアミノ酸を骨格にもつようなたんぱく質を活用することにより、キラリティを持つDNA分子と相互作用し、DNA分子の活性を制御していると考えられている。従来、DNAのキラリティの認識は、特異的な三次元構造を持つ高分子でなければ不可能であるとされてきたが、申請者らの研究により、3個程度の塩基性アミノ酸のオリゴマーを用いるだけでも、DNAの折り畳み構造についてほぼ100%のキラリティの認識を示すことを明らかにしてきた。このような成果をさらに発展させ、キラリティを認識するためには、何が必要となってくるのかについて、オリゴマーにかわる新たなキラリティをもつ物質を合成し、実験を積み重ねた。また、それの実験結果が、遺伝子発現についてどのように影響しているのかについて、化学的な立場からの考察を進めた。
また、真核細胞の中では、DNAはヒストンと結合しクロマチンと呼ばれる複合体を形成して存在している。DNAは二重らせん構造をとることが良く知られているが、ヒストンと複合体を形成する際に、DNAのねじれが重要な役割を果たしていることが示唆されている。そこで、正電荷を帯びたナノ粒子をヒストンに見立てて、DNAとナノ粒子との複合体の形成に関して実験を行った。その結果、ナノ粒子を加えることによって、DNAはより凝縮しやすくなることを明らかにした。また、ヒストンと同じオーダーのナノ粒子を用いた時にもっともDNAが凝縮しやすくなることも明らかにした。この結果はクロマチン形成のメカニズムを議論する際に重要な役割を果たすことが期待される。

報告書

(2件)
  • 2005 実績報告書
  • 2004 実績報告書
  • 研究成果

    (9件)

すべて 2006 2005 2004

すべて 雑誌論文 (8件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] Specific Formation of Beads-on-a-Chain Structures on Giant DNA Using a Designed Polyamine Derivative2006

    • 著者名/発表者名
      N.Chen, A.A.Zinchenko, S.Murata, K.Yoshikawa
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society 127

      ページ: 10910-10916

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] How Dose DNA Compaction Favor Chiral Selectivity with Cationic Species? Higher Selectivity with Lower Cationic Charge2005

    • 著者名/発表者名
      A.A.Zinchenko, N.Chen, S.Murata, K.Yoshikawa
    • 雑誌名

      ChemBioChem 6

      ページ: 1419-1422

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Na^+ Shows a Markedly Higher Potential than K^+ in DNA Compaction in a Crowded Environment2005

    • 著者名/発表者名
      A.A.Zinchenko, K.Yoshikawa
    • 雑誌名

      Biophysical Journal 88

      ページ: 4118-4123

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] DNA-Templated Silver Nanorings2005

    • 著者名/発表者名
      A.A.Zinchenko, K.Yoshikawa, D.Baigl
    • 雑誌名

      Advanced Materials 17

      ページ: 2820-2823

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] Compaction of Single-Chain DNA by Histone-Inspired Nanoparticles2005

    • 著者名/発表者名
      A.A.Zinchenko, K.Yoshikawa, D.Baigl
    • 雑誌名

      Physical Review Letters 95

      ページ: 228101-228101

    • 関連する報告書
      2005 実績報告書
  • [雑誌論文] How Does DNA Compaction Favor Chiral Selectivity with Cationic Species? Higher Selectivity with Lower Cationic Charge2005

    • 著者名/発表者名
      A.A.Zinchenko, N.Chen, S.Murata, K.Yoshikawa
    • 雑誌名

      ChemBioChem (未定)(掲載予定)

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Na^+ Shows a Markedly Higher Potential than K^+ in DNA Compaction in a Crowded Environment.2005

    • 著者名/発表者名
      A.A.Zinchenko, K.Yoshikawa
    • 雑誌名

      Biophys.J. 88(6)(掲載予定)

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [雑誌論文] Stereoisomeric Discrimination in DNA Compaction.2004

    • 著者名/発表者名
      A.A.Zinchenko, K.Yoshikawa, et al.
    • 雑誌名

      Angew.Chem.Int.Ed. 43(18)

      ページ: 2378-2381

    • 関連する報告書
      2004 実績報告書
  • [図書] Nano Structures and Organization of Compacted Single Chains of Polyelectrolytes2006

    • 著者名/発表者名
      A.A.Zinchenko, B.Damien, K.Yoshikawa
    • 総ページ数
      38
    • 出版者
      American Scientific Publishers
    • 関連する報告書
      2005 実績報告書

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公開日: 2004-04-01   更新日: 2024-03-26  

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