| 研究課題/領域番号 |
05254201
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| 研究種目 |
重点領域研究
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 研究機関 | 東京大学 |
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研究代表者 |
陶山 明 東京大学, 教養学部, 助教授 (90163063)
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| 研究期間 (年度) |
1993
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| 研究課題ステータス |
完了 (1993年度)
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| 配分額 *注記 |
1,400千円 (直接経費: 1,400千円)
1993年度: 1,400千円 (直接経費: 1,400千円)
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| キーワード | ゲノム / 情報 / コンピュータ / UNIX / 塩基配列 |
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| 研究概要 |
柔軟性・拡張性に富むユーザ志向型のゲノム情報解析の環境をUNIX上で構築するひとつの方法は、ゲノム情報解析のためのツール群をディスク上のコマンドファイルとして作成することである。しかし、このような方法で構築された環境では、柔軟性を実現するために解析ツール・コマンドの再利用性・汎用性を高めると、プロセス間通信によるツール・プロセス間のデータの受渡しが増加するために、解析の処理速度が大幅に低下する問題がある。さらに、ネットワークへの対応も困難である。本研究で開発を行なったgshでは、これらの問題を解決するためにクライアント/サーバ・モデルを採用し、データの受渡しの多い解析ツールをひとつのサーバプロセスのサービスとして提供するようにした。さらに、サーバ上にUNIX型のファイルシステムを構築し、解析にもちいるデータの管理も同時にできるようにした。サーバ上に実現した、標準入出力機能、リダイレクション機能、パイプライン機能、ファイルシステムを利用すれば、サーバがサポートする解析ツール間のデータの受渡しを同一のプロセス内で行なうことができる。したがって、単純な解析ツールを組み合わせて複雑な解析を行なう場合でも、プロセス間通信により繰り返しデータの受渡しを行なうことがないので、高速な処理が可能である。本年度は、ゲノムのマッピング解析の研究の中でこの環境を実際に使用し、ゲノムの情報解析で広く利用できるシステムとして完成させた。
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