| 研究概要 |
蛋白質の分子進化過程を直接追跡するための資料は存在しないことから,現存する各種生物中に存在する遺伝子や蛋白質の相同関係をそれぞれの生物の分類・系統学上の近縁関係との関連で議論することを基本としている。
対象として生命維持上最も基本的な酵素の一つである蛋白質分解酵素をとりあげ,金属プロテアーゼ,システィンプロテアーゼ,セリンプロテアーゼの相互関係を中心に検討をすすめてきた。一般に蛋白質中のアミノ酸殘基の変異が著しく起っても基本的機能が保たれている限りその3次元構造がよく保存されることから,各殘基の変異速度を立体構造や機能との関連で検討している.
しかし3次元構造が明らかになっている蛋白質分解酵素の数は十分ではないことから,アミノ酸の配列情報からその3次元構造を予測するシステムの開発を平行して進めている。このための種々の方法がすでに多くの研究者により提案されているが,我々は蛋白質の折りたたみ過程をシミュレートする方法を採用し,このためのシミュレーション・モデルとしてパールネックレス・モデルを提案した.これは各殘基を球状要素で代表させそれらの間に疎水性相互作用とソフト反撥力が作用するとする簡略モデルであるが,低分子蛋白質ではかなりよい結果が得られている.しかし2次構造の予測はできないことから殘基間相互作用を各殘基対ごとに分子動力学計算によりパラメータ化して用いるスピングラス・モデルの開発が進行中である
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