枯草菌ゲノム情報の解析

研究課題

研究課題/領域番号	05254207
研究種目	重点領域研究
配分区分	補助金
研究機関	奈良先端科学技術大学院大学
研究代表者	小笠原直毅奈良先端科学技術大学院大学, バイオサイエンス研究科, 教授 (10110553)
研究分担者	中居純子大阪大学, 医学部, 助手 (10028508)
研究期間 (年度)	1993
研究課題ステータス	完了 (1993年度)
配分額 *注記	3,500千円 (直接経費: 3,500千円) 1993年度: 3,500千円 (直接経費: 3,500千円)
キーワード	枯草菌 / ゲノム塩基配列 / ゲノム情報 / ゲノムデーターベース / ゲノムプロジェクト
研究概要	1.枯草菌は大腸菌と並んで分子遺伝学の対象として40年以上研究されている。グラム陽性菌の枯草菌は陰性の大腸菌と複製開始領域を初め多くの生存必須な遺伝子を共有している。一方枯草菌には胞子発芽に代表されるような固有な機能が発達しておりそれに関与する新しい遺伝子が進化している。このように枯草菌と大腸菌の比較は原核生物の遺伝情報の全体像と進化を解明する上に欠かすことができない。この様な観点からECと日本において枯草菌が大腸菌とならんでゲノム解析プロジェクトの対象として採用されている。本研究は枯草菌ゲノム配列決定プロジェクトからの配列情報を収集し、各種の解析に広く利用可能な枯草菌ゲノムデーターベースの作成とその分子遺伝学的、分子進化学的解析を行うことを目的とした。 2.現在までに日本の枯草菌グループにより新たに決定された配列とGenBankに登録されている枯草菌染色体の配列より重複を取り除き、整理を行った結果、190cotntig、統計1,115Kbの配列が得られており、京大秋山先生・奈良先端森先生により開発された配列表示プログラムGeomatica上で公開する準備を進めている。 3.我々の研究室で配列決定を完成した180Kbの領域について、リボゾーム結合配列の候補を伴うORFを探索したところ、既知のものを含めて154個のものが同定された。同時に、そうしたORFの空白部には、リボゾーム結合配列が明確には認められないが一定の大きさを持ち、他と重ならない5個のORFが存在していた。このことは枯草菌ではコード領域の推定が比較的容易であることを示している。上記の159ORFについて解析した結果、既知の33遺伝子に加えて、15ORFについてその機能が相同性により明らかになり、加えて11ORFの機能が示唆された。しかしながら、残る99ORFの機能に関しては情報は得られていない。