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遺伝子配列解析およびタンパク質の構造解析

研究課題

研究課題/領域番号 05254212
研究種目

重点領域研究

配分区分補助金
研究機関国立衛生試験所

研究代表者

中田 琴子  国立衛生試験所, 化学物質情報部, 室長 (10237290)

研究分担者 五十嵐 貴子  国立衛生試験所, 化学物質情報部, 研究員 (60222840)
研究期間 (年度) 1993
研究課題ステータス 完了 (1993年度)
配分額 *注記
2,000千円 (直接経費: 2,000千円)
1993年度: 2,000千円 (直接経費: 2,000千円)
キーワードジンクフィンガー / TFIIIA / ステロイドホルモンレセプター / パーセプトロン / パターン / 配列解析
研究概要

ジンクフィンガー型DNA結合タンパク質はDNAと結合するタンパク質のうち最もよく見られるタイプで真核生物の遺伝子調整に多様に関係している。このうちTFIIIA型と呼ばれ発生における分化や成長および維持における転写の調整に関連しているものと、ステロイドホルモンレセプター型と呼ばれるものに注目した。アミノ酸配列上の種々のパターンを神経回路網理論における学習機構の一つであるパーセプトロンの方法を用いて特徴抽出し、未知の配列についてジンクフィンガー型DNAであるか否かの予測を試みた。パターンとしては、20種のアミノ酸パターン、電荷および極性、アミノ酸の特性グループおよびサブグループ、疎水性および親水性の実験値をパターンに区分けしたもの、二次構造、また連続する二つのアミノ酸パターンなどを考慮した。各々のパターンを一層パーセプトロンに、また全体を二層パーセプトロンに組み込み反復学習させた。これらの結果およびパターン化しにくい特性についてそれぞれ適切なアルゴリズムを用いて定量化したものを、単独または種々の組み合わせについて数理統計学的判別解析を行った。TFIIIA型およびステロイドホルモンレセプター型ジンクフィンガーについて高率(96.0%以上)で予測を行なえることが明かとなった。今後のデータ増加によりさらに予測効率も上昇可能であると思われる。ジンクフィンガー型DNA結合タンパク質は病気との関連も多く分子レベルの研究およびコンピュータによる解析が益々重要になっている。ここで用いた方法はタンパク質のアミノ酸配列上の他の機能部位の解析にも応用可能である。

報告書

(1件)
  • 1993 実績報告書
  • 研究成果

    (1件)

すべて その他

すべて 文献書誌 (1件)

  • [文献書誌] 中田琴子: "Sequence Analysis of Zinc Finger DNA-Binding Protein" Proceedings:Genome Informatics Workshop. IV. 205-210 (1993)

    • 関連する報告書
      1993 実績報告書

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公開日: 1993-04-01   更新日: 2016-04-21  

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