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現在までに、我々は(-)sTRSVを基礎としたヘアピン型リボザイムのAGAA配列に固定化RNAによる選択方法(3回選択)を適用し、高い切断活性に必須な配列はNGAPuであることを示した。
ハマーヘッド型リボザイムについては、invariantと考えられていたCUGAUGA配列について4回の選択を行った結果、2番目または4番目のUが異なる塩基となった計3種類の活性リボザイムを見出した。また、同じく1本鎖部分をなすGAA部分をランダム化したRNA集団について1回の選択を行って、変異をもつリボザイムクローン16種類18個を得た。この中で確かに活性を有するものは5種類7クローンであり、それらは全てランダム化した部分がGAAであった。従って、このGAA配列が活性に必須である可能性が強い。
さらに全長14塩基をランダムにしたミニハンマーヘッドリボザイム集団から出発して計7回の選択を行い、30余りのリボザイムクローンを得た。これらの中には活性を有するものが多数含まれているが、その中には14ヌクレオチドでデザインした活性部分が22または21ヌクレオチドまで長くなったものが多いことが見出された。現在これらの配列と活性の関係を解析中である。
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