| 研究課題/領域番号 |
05F05439
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| 研究種目 |
特別研究員奨励費
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 応募区分 | 外国 |
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| 研究分野 |
生体生命情報学
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| 研究機関 | 京都大学 |
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研究代表者 |
五斗 進 京都大学, 化学研究所, 准教授
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| 研究分担者 |
GUTTERIDGE Alex 京都大学, 化学研究所, 外国人特別研究員
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| 研究期間 (年度) |
2005 – 2007
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| 研究課題ステータス |
完了 (2007年度)
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| 配分額 *注記 |
2,400千円 (直接経費: 2,400千円)
2007年度: 600千円 (直接経費: 600千円)
2006年度: 1,200千円 (直接経費: 1,200千円)
2005年度: 600千円 (直接経費: 600千円)
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| キーワード | バイオインフォマティクス / システムバイオロジー / 代謝系 / 酵素の制御 / ネットワーク / フィードバック制御 / 阻害・活性 / 低分子化合物 / アロステリック制御 / 触媒反応 |
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| 研究概要 |
代謝系は生体内で必要とされる化合物やエネルギーを生成したり、不要物を分解して再利用したりするために細胞内で働くシステムであり、全ての生物に必須の機能である。代謝系は外界からの刺激など環境の変化に素早く応答する必要があり、また、必要な化化合物を必要なだけ合成するために、細胞内の低分子化合物による制御機構を進化させてきた。本研究では、代謝系が制御されている仕組みを、低分子による制御を中心に、ネットワーク解析手法を用いて明らかにすることを目的としている。
本年度は、主にアロステリック制御と競合制御、フィードバックとフィードフォワード、阻害と活性化についてネットワークという観点から大腸菌の代謝系を解析した。その結果、制御に関わるループの長さは活性化制御に比べ阻害制御の方がかなり短いことが分かった。しかしながら、アロステリック制御と競合制御についてはループの長さに関する有意な差は見られなかった。また、阻害制御にはフィードバックループが、活性化制御にはフィードフォワードループが、それぞれよく使われる傾向があった。これらの結果は、代謝系全体におけるフィードバック制御とフィードフォワード制御の使われ方を反映していると考えられる。
本年度はさらに転写制御と代謝制御との関連を調べるために、オペロン構造と代謝のループ構造との関連を解析した。その結果、オペロンを構成している遺伝子の方がそれ以外の遺伝子に比べ、低分子化合物による制御を受けている傾向が観察された。しかしながら、転写制御と代謝制御の間には明らかな相関は見られなかった。
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