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蛋白質の機能構造研究のためのX線結晶解析法の迅速高精度化

研究課題

研究課題/領域番号 06305006
研究種目

総合研究(A)

配分区分補助金
研究分野 広領域
研究機関東京大学

研究代表者

佐藤 能雅  東京大学, 薬学部, 教授 (30150014)

研究分担者 福山 恵一  大阪大学, 理学部, 教授 (80032283)
月原 冨武  大阪大学, 蛋白質研究所, 教授 (00032277)
三木 邦夫  京都大学, 大学院理学研究科, 教授 (10116105)
田中 勲  北海道大学, 理学部, 教授 (70093052)
田中 信夫  東京工業大学, 生命理工学部, 教授 (50032024)
山根 隆  名古屋大学, 工学部, 助教授 (80030055)
藤井 敏  大阪大学, 薬学部, 助教授 (10107104)
研究期間 (年度) 1994 – 1995
研究課題ステータス 完了 (1995年度)
配分額 *注記
9,300千円 (直接経費: 9,300千円)
1995年度: 4,400千円 (直接経費: 4,400千円)
1994年度: 4,900千円 (直接経費: 4,900千円)
キーワード蛋白質 / X線結晶解析 / 蛋蛋白質 / 糖蛋白質 / 抗体 / 結晶化 / 三次元構造 / 構造生物学 / X線結晶構造解析 / 膜蛋白質 / 蛋白質三次元構造 / 結晶構造 / 生体高分子 / X線回折法 / 分子生物学
研究概要

蛋白質の機能の解明と応用の研究を進展させるため、蛋白質の三次元構造の研究の分担を通じ、X線結晶解析の方法の新展開と、蛋白質の機能構造の迅速な研究体制の構築を本研究の目的とした。
平成6〜7年度の計画として、1 アミノ酸改変蛋白質、2 各種プロテアーゼとその阻害剤との複合体、3 アミラーゼ等とその阻害蛋白質、4 核酸および核酸を認識する蛋白質、5 抗原を認識する抗体と抗原複合体 6 膜蛋白質、結晶化法、7 ウイルス等の巨大分子単位、その直接解析法、8 アミノ酸改変蛋白質の産製と迅速解析法、9 高速高精度なX線回折データ測定法、10 X線異常分散を利用する解析法、11 迅速な自動分子置換構造解析システムの構築、12 糖蛋白質の結晶化と解析の手法、13 溶液NMR情報を用いるX線解析法など、蛋白質構造の解析と、新解析手法の開発と構築に関する研究を行い、これらに関する成果を得た。
研究の成果として、系統化した結晶化法と結晶化用の試料調製法に基づいて、膜蛋白質bovine cytochrome coxidaseと糖蛋白質human renal dipeptidaseの解析に成功した。高精度データ測定の装置システムとソフトウェアCa等の異常分散効果の利用法、多波長異常分散法による直接解析法、自動分子置換解析法などを開発・構築したキメラ酵素の作成とその構造の解析、酵素の耐熱化の機構の研究、トリプシン族の酵素とその阻害剤との複合体の解析、解糖系等の酵素およびその阻害蛋白質の解析、抗体のFvとFabのフラグメントと抗原ハプテンとの複合体の解析などを行ない、成果を公表した。
方法論的展開と研究者間の連携と協力をはかる研究の骨子を達成するため、公開の研究会を2回開催し、研究の進捗と成果を取りまとめた研究中間報告書を6年度に、さらに、研究成果報告書を7年度に印刷し、配布した

報告書

(3件)
  • 1995 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 1994 実績報告書
  • 研究成果

    (63件)

すべて その他

すべて 文献書誌 (63件)

  • [文献書誌] Mizutani,Ryuuta他: "Three-dimensional Structures of the Fab Fragment of Murine N1G9 Antibody from the Primary Immune Response and of Its Complex with(4-Hydroxy-3-nitrophenyl)acetate." J. Mol. Biol.254. 208-222 (1995)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Noguchi,shuji他: "Crystal Structure of Ustilago sphaerogena Ribonuclease U_2 at 1.8 Å Resolution." Biochemistry. 34. 15583-15591 (1995)

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    • 関連する報告書
      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Harada,Shigeharu他: "Crystallization and Preliminary X-ray Diffraction Studies of Curculin,A New Type of Sweet Protein Having Taste-Midifying Action." J. Mol. Biol.238. 286-287 (1994)

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      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Nakamura,Msahiro他: "Design of Noncovalent Trypsin Inhibitor Based on the X-ray Crystal Structure of the Complex." Biochem. Biopys. Res. Comm.213. 583-587 (1995)

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      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Takenaka,Akio他: "Structural Composition of Hammerhead Ribozymes." J. Biochem.117. 850-855 (1995)

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      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Kumasaka,Takashi他: "Crystal Structures of H_2C Proteinase from the Venom of Trimeresurus flavoviridis." J. Biochem.119. 49-57 (1995)

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      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Harada,Shigeharu他: "Complete Amino Acid Sequence of a Zinc Metalloendoprotease from Streptomyces caespitosus." Eur. J. Biochem.233. 683-686 (1995)

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      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Nagata,Chikahiro他: "Crystallization and Preliminary X-ray Analysis of Cytochrome c_<552> from Pseudomonas europae." J. Biochem.116. 946-947 (1995)

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      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Tsukihara,Tomitake他: "Structures of Metal Sites of Oxidized Bovine Cytochrome c Oxidase at 2.8 Å." Science. 269. 1069-1074 (1995)

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      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Gohda,Keigo他: "Crystal Structure of RNase T_1 Complexed with 3'AMP:Structural Evidence for Direct Interaction of His40 and Glu58 with the 2'-Hydroxyl Group of the Ribose." J. Biol. Chem.269. 17531-17536 (1994)

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      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Miyatake,Hideyuki他: "Crystal Structure of the Unliganded Alkaline Protease from Pseudomonas aeruginosa IFO3080 and Its Conformational Changes on Ligand Binding." J. Biochem.118. 474-479 (1995)

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      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Takano,Kazufumi他: "Contribution of Hydrophobic Residues to the Stability of Human Lysozyme:Calorimetric Studies and X-ray Structural Analysis of the Five Isoleucine to Valine Mutants." J. Mol. Biol.254. 62-76 (1995)

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      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Miki,Kunio他: "Application of Automatic Molecular Replacement Procedure to Ctystal Structure Analysis of Cytochrome c_2 from Rhodopseudomonas viridis." Acta Crystallogr.D50. 271-275 (1994)

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      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Yamagata,Yuriko他: "Medel Building of DNA Repair Enzyme 3-Methyladenosine DNA Glycosidase-DNA Complex." Nucleic Acids Symposium Series.

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  • [文献書誌] Yamane,Takashi他: "Crystal Structure of Streptomyces erythraeus Trypsin at 1.9 Å Resolution." J. Biochem.

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      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Suzuki,Atsuo他: "Crystal Structure Analysis of Phospholipase A2 from Trimeresurus flavoviridis(Habu Snake)at 1.5 Å Resolution." J. Biochem.117. 730-740 (1995)

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      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Nitanai,Yasushi他: "Crystallizationand Preliminary X-Ray Investigation of a Glycoprotein,Human Renal Dipeptidase." J. Crystal Growth,. (印刷中). (1996)

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      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Mizutani,Ryuta他: "Crystallization and Crystallographic Studies on Fab Fragments of Anti-Nitrophenol Antibodies from Primary and Secondary Immune Responses." J. Crystal Growth,. (印刷中).

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      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] 佐藤能雅: ""続医薬品の開発"第17巻「薬物の構造解析」(荒田洋治編集のp.66-97を担当)" 廣川書店, 222 (1995)

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      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Mizutani, Ryuta et al.: "Three-dimesional Structures of the Fab Fragment of Murine N1G9 Antibody from the Primary Immune Response and of Its Complex with (4-Hydroxy-3-nitrophenyl) acetate." J.Mol.Biol.254. 208-222 (1995)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Noguchi, shiuji et al.: "Crystal Structure of Ustilago sphaerogena Ribonuclease U_2 at 1.8 @90 Resolution." Biochemistry. 34. 15583-15591 (1995)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
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      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Harada, Shigeharu et al.: "Crystallization and Preliminary X-ray Diffraction Studies of Curculin, A New Type of Sweet Protein Having Taste-Midifying Action." J.Mol.Biol.238. 286-287 (1994)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Nakamura, Msahiro et al.: "Design of Noncovalent Trypsin Inhibitor Based on the X-ray Crystal Structure of the Complex." Biochem.Biopys.Res.Comm.213. 583-587 (1995)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
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      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Takenaka, Akio et al.: "Structural Composition of Hammerhead Ribozymes." J.Biochem.117. 850-855 (1995)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
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      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Kumasaka, Takashi et al.: "Crystal Structures of H_2C Proteinase from the Venom of Trimeresurus flavoviridis." J.Biochem.119. 49-57 (1996)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
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      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Nagata, Chikahiro et al.: "Crystallization and Preliminary X-ray. Analysis of Cytochrome c_<552> from Pseudomonas europae." J.Biochem.116. 946-947 (1995)

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      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Tsukihara, Tomitake et al.: "Structures of Metal Sites of Oxidized Bovine Cytochrome c Oxidase at 2.8 @90." Science. 269. 1069-1074 (1995)

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      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Gohda, Keigo et al.: "Crystal Structure of RNase T_1 Complexed with. 3'AMP : Structural Evidence for Direct Interaction of His 40 and Glu 58 with the 2'-Hydroxyl Group of the Ribose." J.Biol.Chem.269. 17531-17536 (1994)

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      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Miyatake, Hideyuki et al.: "Crystal Structure of the Unliganded Alkaline Protease from Pseudomonas aeruginosa IFO3080 and Its Conformational Changes on Ligand Binding." J.Biochem.118. 474-479 (1995)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Harada, Shigeharu et al.: "Complete Amino Acid Sequence of a Zinc. Metalloendoprotease from Streptomyces caespitosus." Eur.J.Biochem.233. 683-686 (1995)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Takano, Kazufumi et al.: "Contribution of Hydrophobic Residues to the Stability of Human Lysozyme : Calorimetric Studies and X-ray Structural Analysis of the Five Isoleucine to Valine Mutants." J.Mol.Biol.254. 62-76 (1995)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Miki, Kunio et al.: "Application of Automatic Molecular Replacement Procedure to Crystal Structure Analysis of Cytochrome c_2 from Rhodopseudomonas viridis." Acta Crystallogr.D50. 271-275 (1994)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
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      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Suzuki, Atsuo et al.: "Crystal Structure Analysis of Phospholipase A_2 from Trimeresurus flavoviridis (Habu Snake) at 1.5 @90 Resolution." J.Biochem.117. 730-740 (1995)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Yamane, Takashi et al.: "Crystal Structure of Streptomyces erythraeus Trypsin at 1.9 @90 Resolution." J.Biochem.118. 882-894 (1995)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Yamagata, Yuriko et al.: "Medel Building of DNA Repair Enzyme 3-Methyladenosine DNA Glycosidase-DNA Complex." Nucleic Acids Symposium Series. 34. 7-8 (1995)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
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      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Nitanai, Yasushi et al.: "Crystallizationand Preliminary X-ray investigation of a Glycoprotein, Human Renal Dipeptidase." J.Crystal Growth. (in press). (1996)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Mizutani, Ryuta et al.: "Crystallization and Crystallographic Studies on Fab Fragments of Anti-Nitrophenol Antibodies from Primary and Secondary Immune Responses." J.Crystal Growth. (in press). (1996)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Mizutani, Ryuuta 他: "Three-dimesional Structures of the Fab Fragment of Murine NIG9 Antibody from the Primary Immune Response and of Its Complex with (4-Hydroxy-3-nitrophenyl) acetate." J. Mol. Biol.254. 208-222 (1995)

    • 関連する報告書
      1995 実績報告書
  • [文献書誌] Noguchi, shuji 他: "Crystal Structure of Ustilago sphaerogena Ribonuclease U_2 at 1.8 Å Resolution." Biochemistry. 34. 15583-15591 (1995)

    • 関連する報告書
      1995 実績報告書
  • [文献書誌] Harada, Shigeharu 他: "Crystallization and Preliminary X-ray Diffraction Studies of Curculin, A New Type of Sweet Protein Having Taste-Midifying Action." J. Mol. Biol.238. 286-287 (1994)

    • 関連する報告書
      1995 実績報告書
  • [文献書誌] Harada, Shigeharu 他: "Complete Amino Acid Sequence of a Zinc Metalloendoprotease from Streptomyces caespitosus." Eur. J. Biochem.233. 683-686 (1995)

    • 関連する報告書
      1995 実績報告書
  • [文献書誌] Nakamura, Msahiro 他: "Design of Noncovalent Trypsin Inhibitor Based on the X-ray Crystal Structure of the Complex." Biochem. Biopys. Res. Comm.213. 583-587 (1995)

    • 関連する報告書
      1995 実績報告書
  • [文献書誌] Takenaka, Akio 他: "Structural Composition of Hammerhead Ribozymes." J. Biochem.119. 49-57 (1996)

    • 関連する報告書
      1995 実績報告書
  • [文献書誌] Kumasaka, Takashi 他: "Crystal Structures of H_2C Proteinase from the Venom of Trimeresurus flavoviridis." J. Biochem.119. 49-57 (1996)

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      1995 実績報告書
  • [文献書誌] Nagata, Chikahiro 他: "Crystallization and Preliminary X-ray Analysis of Cytochrome c_<552> from Pseudomonas europae." J. Biochem.116. 946-947 (1995)

    • 関連する報告書
      1995 実績報告書
  • [文献書誌] Tsukihara, Tomitake 他: "Structures of Metal Sites of Oxidized Bovine Cytochrome c Oxidase at 2.8 Å." Science. 269. 1069-1074 (1995)

    • 関連する報告書
      1995 実績報告書
  • [文献書誌] Gohda, Keigo 他: "Crystal Structure of RNase T_1 Complexed with 3'AMP: Structural Evidence for Direct Interaction of His 40 and Glu 58 with the 2'-Hydroxyl Group of the Ribose." J. Biol. Chem.269. 17531-17536 (1994)

    • 関連する報告書
      1995 実績報告書
  • [文献書誌] Miyatake, Hideyuki 他: "Crystal Structure of the Unliganded Alkaline Protease from Pseudomonas aeruginosa IFO3080 and Its Conformational Changes on Ligand Binding." J. Biochem.118. 474-479 (1995)

    • 関連する報告書
      1995 実績報告書
  • [文献書誌] Takano, Kazufumi 他: "Contribution of Hydrophobic Residues to the Stability of Human Lysozyme: Calorimetric Studies and X-ray Structural Analysis of the Five Isoleucine to Valine Mutants." J. Mol. Biol.254. 62-76 (1995)

    • 関連する報告書
      1995 実績報告書
  • [文献書誌] Yamane, Takashi 他: "Crystal Structure of Streptomyces erythraeus Trypsin at 1.9 Å Resolution." J. Biochem.118. 882-894 (1995)

    • 関連する報告書
      1995 実績報告書
  • [文献書誌] Nitanai, Yasushi 他: "Crystallizationand Preliminary X-Ray Investigation of a Glycoprotein, Human Renal Dipeptidase." J. Crystal Growth.印刷中. (1996)

    • 関連する報告書
      1995 実績報告書
  • [文献書誌] Miki, Kunio 他: "Application of Automatic Molecular Replacement Procedure to Crystal Structure Analysis of Cytochrome c_2 from Rhodopseudomonas viridis." Acta Crystallogr.D50. 271-275 (1994)

    • 関連する報告書
      1995 実績報告書
  • [文献書誌] Suzuki, Atsuo 他: "Crystal Structure Analysis of Phospholipase A2 from Trimeresurus flavoviridis (Habu Snake) at 1.5 Å Resolution." J. Biochem.117. 730-740 (1995)

    • 関連する報告書
      1995 実績報告書
  • [文献書誌] Yamagata, Yuriko 他: "Medel Building of DNA Repair Enzyme 3-Methyladenosine DNA Glycosidase-DNA Complex." Nucleic Acids Symposium Series. 34. 7-8 (1995)

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      1995 実績報告書
  • [文献書誌] Mizuyani, Ryuta 他: "Crystallization and Crystallographic Studies on Fab Fragments of Anti-Nitrophenol Antibodies from Primary and Secondary Immune Responses." J. Crystal Growth. 印刷中. (1996)

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      1995 実績報告書
  • [文献書誌] 佐藤能雅: "“続医薬品の開発"第17巻「薬物の構造解析」(荒田洋治編集のp. 66-97を担当)" 廣川書店, 222 (1995)

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      1995 実績報告書
  • [文献書誌] Kunio Miki: "Application of an Automatic Molecular-Replacement Procedure to Crystal Structure Analysis of Cytochrome c_2 from Rhodospeudomonas viridis" Acta Crystallographica. D50. 271-275 (1994)

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      1994 実績報告書
  • [文献書誌] 濱田賢作: "親規βシートコイル構造をもつセラチアプロテアーゼの構造" 日本結晶学会誌. 36. 327-332 (1994)

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      1994 実績報告書
  • [文献書誌] Chikahiro Nagata: "Crystallization and Preliminary X-ray Analysis of Cytochrome c-552 from Nitrosomonas europaea" J.Biochem.116. 946-947 (1994)

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      1994 実績報告書
  • [文献書誌] Zheng Chaode: "DS- a 3-D Graphics Simulation Program for Single-Crystal Diffractometry" J.Appl.Cryst.(印刷中). (1994)

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      1994 実績報告書
  • [文献書誌] Yasuo Hata: "Crystallization and Preliminary x-ray Diffraction Studies of an Endoglucanase from Aspergillus aculeatus" J.Mol.Biol.241. 278-280 (1994)

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      1994 実績報告書
  • [文献書誌] Shigeharu Harada: "Crystallization and Preliminary x-ray Diffraction Studies of Curculin:A New Type of Sweet Protein Having Taste-Modifying Action" J.Mol.Biol.238. 286-287 (1994)

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      1994 実績報告書
  • [文献書誌] Yoshiki Matsuura: "Enzyme Chemistry and Molecular Biology of Amylase and Related Enzymes" Amylase Research Soc.Japan,CRC Press, 137-165 (1994)

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      1994 実績報告書

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公開日: 1994-04-01   更新日: 2016-04-21  

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