• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 前のページに戻る

モジュールの組み合わせによるタンパク質設計法の開発

研究課題

研究課題/領域番号 06558100
研究種目

試験研究(B)

配分区分補助金
研究分野 生物物理学
研究機関名古屋大学

研究代表者

郷 通子  名古屋大学, 大学院・理学研究科, 教授 (70037290)

研究分担者 桑島 邦博  東京大学, 大学院・理学系研究科, 助教授 (70091444)
北條 裕信 (北絛 裕信)  大阪市立大学, 工学部, 講師 (00209214)
野口 俊之  名古屋大学, 大学院・理学研究科, 助教授 (90172775)
研究期間 (年度) 1994 – 1995
研究課題ステータス 完了 (1995年度)
配分額 *注記
13,000千円 (直接経費: 13,000千円)
1995年度: 4,900千円 (直接経費: 4,900千円)
1994年度: 8,100千円 (直接経費: 8,100千円)
キーワードミニバルナーゼ / モジュール / RNA分解活性 / モルテングロビュール / タンパク質デザイン / 固相法 / セグメント縮合 / チオエステル / タンパク質フォールディング
研究概要

モジュールを単位とした新しいタンパク質の設計法を実用化するための技術を確立する事をめざした。目標は(1)天然のタンパク質からモジュール単位の削除を行い、安定な立体構造をもつミニタンパク質を設計、それを作成して構造解析を行うこと、(2)親タンパク質の機能を保持したミニタンパク質の設計、作成、構造と機能の測定である。2年間で以下の実績が得られた。
1)基本構造の設計と安定性の評価:モジュールを削除したM1欠失バルナーゼとM2欠失バルナーゼが目的に合うことを見出した。ミニ版安定化の実現に必要なアミノ酸置換の位置と置換後のアミノ酸種類を選定した。分子動力学計算と自由エネルギー変化の計算により、ミニバルナーゼの構造安定性を評価した。
2)ミニタンパク質の化学合成:北條らによって独自に開発されたタンパク質合成法を用い、アミノ酸配列をセグメントに分割し、固相法により合成した。この際、末端カルボキシル基をチオエステル基に置き換えた。ラベルしたアミノ酸は手動で、それ以外のアミノ酸は自動合成機にて縮合した。
3)ミニバルナーゼの構造と活性の測定:ラベルしたアミノ酸のケミカルシフトからM2欠失バルナーゼが安定な3次構造を形成している事が判明した。また、M1欠失バルナーゼはモジュールM1と複合体を形成し、RNA分解活性をもつことが分かった。
以上、ミニタンパク質デザインのための構造安定化技術と合成法を確立することができた。今後、ミニバルナーゼの3次構造をNMR法により決定し、バルナーゼの立体構造との違いを明白にする。構造安定化に加えて活性をもつミニバルナーゼをデザインする技術を開発する事が今後の課題である。

報告書

(3件)
  • 1995 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 1994 実績報告書
  • 研究成果

    (67件)

すべて その他

すべて 文献書誌 (67件)

  • [文献書誌] Fukami-Kobayashi,K.: "Correlation between Module Boundaries and Intron Positions in Hemoglobins from Various Taxa" In Tracing Biological Evolution in Protein and Gene Structures (Eds.M.Go & P.Schimmel) Elsevier Science. 271-282 (1995)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Takahashi,K.: "Mechanical Stability of Protein Modules Determined by Molecular Dynamics Simulations" In Tracing Biological Evolution in Protein and Gene Structures (Eds.M.Go & P.Schimmel) Elsevier Science. 175-185 (1995)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Tateno,M.: "Modules Structure and Function of Glutamyl-tRNA Synthetase" In Tracing Biological Evolution in Protein and Gene Structures (Eds.M.Go & P.Schimmel) Elsevier Science. 53-63 (1995)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Yura,K.: "Helix-Turn-Helix Module Distribution and Module Shuffing" In Tracing Biological Evolution in Protein and Gene Structures (Eds.M.Go & P.Schimmel) Elsevier Science. 187-195 (1995)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Noguti,T.: "Modules of Bamase: The Physicochemical Basis for Their Structures" In Tracing Biological Evolution in Protein and Gene Structures (Eds.M.Go & P.Schimmel) Elsevier Science. 161-174 (1995)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Noguti,T.: "Insect Prothoracicotropic Hormone: A New Member of the Vertebrate Growth Factor superfamily" FEBS Lett.376. 251-256 (1995)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Hojo,H.: "Preparation of S-Protected Cysteine-Containing Peptide Thioester and Its Use for the Synthesis of the Barnase-Like Domain in DNA-Directed RNA Polvmerase II of Saccharomvces cerevisiae" Bull.Chem.Soc.Japan. 68. 330-336 (1995)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Okazaki,A.: "What Is the Molten Glocule? In reply" Nature Struct.Biol.2. 10-11 (1995)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Fukami-Kobayashi,K.: "Ancient Divergence of Long and Short Type Isoforms of Adenylate Kinase: Molecular Evolution of the Nucleoside Monophosphate Kinase Family" FEBS Lett.386. 214-220 (1996)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Saeki,K.: "Site-Specific Mutagenesis of Rhodobacter Capsulatus Ferredoxin I,FdxN,That Functions in Nitrogen Fixation: Role of Extra Residues" J.Biol.Chem.271. 31399-31406 (1996)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Song,S.: "Cloning and Characterization of the Gene Encoding Halobacterium Halobium Adenylate Kinase" Gene.175. 65-70 (1996)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Yaoi,T.: "Conversion of the Coenzyme Specificity of Isocitrate Dehydrogenase by Module Replacement" J.Biochem.119. 1014-1014 (1996)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Hojo,H.: "Synthesis and Liposome-Formation of a Theromostable Lipid Bearing Cell Adhesion Peptide Seguence" Tetrahedron Lett.37. 7391-7394 (1996)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Miki,S.: "Functional and Possible Physical Association of Scavenger Receptor with Cytoplasmic Tyrosine Kinase Lyn in Monocytic THP-1-Derived Macrophages" FEBS Lett.399. 241-244 (1996)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Arai,M.: "Rapid Formation of a Molten Intermediate in Refolding of Alpha-Lactalbumin" Folding & Design. 1. 275-287 (1996)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Katsumata,K.: "Dominant Forces in the Recognition of a Transient Folding Intermediate of Alpha-Lactalbumin by GroEL" J.Mol.Biol.264. 643-649 (1996)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Kuwajima,K.: "The Molten Globule State of Alpha-Lactalbumin" FASEBJ.10. 102-109 (1996)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Kuwajima,K.: "The Burst-Phase Intermediate in the Refolding of Beta-Lactoglobulin Studied by Stopped-Flow Circular Dichroism and Absorption Spectroscopy" J.Mol.Biol.264. 806-822 (1996)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Semisotnov,G.V.: "Protein Globularization During Folding.A Study by Synchrotron Small-Angle X-ray Scattering" J.Mol.Biol.262. 559-574 (1996)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Kataoka,M.: "Structural Characterization of the Molten Globule of Alpha-Lactalbumin by Solution X-ray Scattering" Protein Sci.6. 416-430 (1997)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Takahashi,K.: "Mechanical Stability of Compact Modules of Barnase" FEBS Lett.405. 47-54 (1997)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Shirai,T.: "Adaptive Amino Acid Replacements Accompanied by Domain Fusion in Reverse Transriptase" J.Mol.Evol.(in press).

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Fukami-Kobayashi, K.: "Correlation between Module Boundaries and Intron Positions in Hemoglobins from Various Taxa." "Tracing Biological Evolution in Protein and Gene Structures" (eds.Go, M.and Schimmel, P.) Elsevier. 271-282 (1995)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Takahashi, K.: "Mechanical Stability of Protein Modules Determined by Molecular Dynamics Simulations." "Tracing Biological Evolution in Protein and Gene Structures" (eds.Go, M.and Schimmel, P.) Elsevier. 175-185 (1995)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Tateno, M.: "Module Structure and Function of Glutamyl-tRNA Synthetase." "Tracing Biological Evolution in Protein and Gene Structures" (eds.Go, M.and Schimmel, P.) Elsevier. 53-63 (1995)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Yura, K.: "Helix-Turn-Helix Module Distribution and Module Shuffling." "Tracing Biological Evolution in Protein and Gene Structures" (eds.Go, M.and Schimmel, P.) Elsevier. 187-195 (1995)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Noguti, T.: "Modules of Barnase : The Physicochemical Basis for Their Structures." "Tracing Biological Evolution in Protein and Gene Structures" (eds.Go, M.and Schimmel, P.) Elsevier. 161-174 (1995)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Noguti, T.: "Insect Prothoracicotropic Hormone : A New Member of the Vertebrate Growth Factor Superfamily." FEBS Lett.376. 251-256 (1995)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Hojo, H.: "Preparation of S-Protected Cysteine-Containing Peptide Thioester and Its Use for the Synthesis of the Barnase-Like Domain in DNA-Directed RNA Polymerase II of Saccharomyces cerevisiae." Bull.Chem.Soc.Japan. 68. 330-336 (1995)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Okazaki, A.: "What Is the Molten Globule? In reply." Nature Struct.Biol. 2. 10-11 (1995)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Fukami-Kobayashi, K.: "Ancient Divergence of Long and Short Type Isoforms of Adenylate Kinase : Molecular Evolution of the Nucleoside Monophosphate Kinase Family." FEBS Lett. 386. 214-220 (1996)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Saeki, K.: "Site-Specific Mutagenesis of Rhodobacter Capsulatus Ferredoxin I,FdxN,That Functions in Nitrogen Fixation : Role of Extra Residues." J.Biol.Chem. 271. 31399-31406 (1996)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Song, S.: "Cloning and Characterization of the Gene Encoding Halobacterium Halobium Adenylate Kinase." Gene. 175. 65-70 (1996)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Yaoi, T.: "Conversion of the Coenzyme Specificity of Isocitrate Dehydrogenase by Module Replacement." J.Biochem. 119. 1014-1018 (1996)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Hojo, H.: "Synthesis and Liposome-Formation of a Theromostable Lipid Bearing Cell Adhesion Peptide Sequence." Tetrahedron Lett. 37. 7391-7394 (1996)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Miki, S.: "Functional and possible Physical Association of Scavenger Receptor with Cytoplasmic Tyrosine Kinase Lyn in Monocytic THP-1-Derived Macrophages." FEBS Lett. 399. 241-244 (1996)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Arai, M.: "Rapid Formation of a molten Globule Intermediate in Refolding of Alpha-Lactalbumin." Folding & Design. 1. 275-287 (1996)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Katsumata, K.: "Dominant Forces in the Recognition of a Transient Folding Intermediate of Alpha-Lactalbumin by GroEL." J.Mol.Biol. 264. 643-649 (1996)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Kuwajima, K.: "The Molten Globule State of Alpha-Lactalbumin." FASEB J. 10. 102-109 (1996)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Kuwajima, K.: "The Burst-Phase Intermediate in the Refolding of Beta-Lactoglobulin Studied by Stopped-Flow Circular Dichroism and Absorption Spectroscopy." J.Mol.Biol. 264. 806-822 (1996)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Semisotnov, G.V.: "Protein Globularization During Folding. A Study by Synchrotron Small-Angle X-ray Scattering." J.Mol.Biol. 262. 559-574 (1996)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Kataoka, M.: "Structural Characterization of the Molten Globule of Alpha-Lactalbumin by Solution X-ray Scattering." Protein Sci. 6. 416-430 (1997)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Takahashi, K.: "Mechanical Stability of Compact Modules of Barnase." FEBS Lett. 405. 47-54 (1997)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Shirai, T.: "Adaptive Amino Acid Replacements Accompanied by Domain Fusion in Reverse Transcriptase." J.Mol.Evol. (in press.).

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1995 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Nakashima,T.: "Structure of the human CCG1 gene;relationship between the exons/introns and functional domain/modules of the protein" Gene. 141. 193-200 (1994)

    • 関連する報告書
      1995 実績報告書
  • [文献書誌] Hojo,H.: "Preparation of S-protected cysteine-containing peptide thioester and its use for the synthesis of the barnase-like domain in DNA-directed RNA polymerase II of Saccharomvces cerevisiae" Bull.Chem.Soc.Japan. 68. 330-336 (1995)

    • 関連する報告書
      1995 実績報告書
  • [文献書誌] Noguti,T.: "Insect prothoracicotropic hormone:A new member of the vertebrate growth factor superfamily" FEBS Lett.376. 251-256 (1995)

    • 関連する報告書
      1995 実績報告書
  • [文献書誌] Tateno,M.: "Module Structure and Function of Glutamyl-tRNA Synthetase" In Tracing Biological Evolution in Protein and Gene Structures(Eds.M.Go & P.Schimmel)Elsevier Science. 53-63 (1995)

    • 関連する報告書
      1995 実績報告書
  • [文献書誌] Noguti,T.: "Modules of barnase:the physicochemical basis for their structures" In Tracing Biological Evolution in Protein and Gene Structures(Eds.M.Go & P.Schimmel)Elsevier Science. 161-174 (1995)

    • 関連する報告書
      1995 実績報告書
  • [文献書誌] Takahashi,K.: "Mechanical stability of protein modules determined by molecular dynamics simulations" In Tracing Biological Evolution in Protein and Gene Structures(Eds.M.Go & P.Schimmel)Elsevier Science. 175-185 (1995)

    • 関連する報告書
      1995 実績報告書
  • [文献書誌] Yura,K.: "Helix-turn-helix module distribution and module shuffling" In Tracing Biological Evolution in Protein and Gene Structures(Eds.M.Go & P.Schimmel)Elsevier Science. 187-195 (1995)

    • 関連する報告書
      1995 実績報告書
  • [文献書誌] Oshima,T.: "Module replacement converted coenzyme specificity of isocitrate dehydrogenase" In Tracing Biological Evolution in Protein and Gene Structures(Eds.M.Go & P.Schimmel)Elsevier Science. 197-203 (1995)

    • 関連する報告書
      1995 実績報告書
  • [文献書誌] Go,M.: "Putative origin of introns deduced from protein anatomy" In Tracing Biological Evolution in Protein and Gene Structures(Eds.M.Go & P.Schimmel)Elsevier Science. 229-235 (1995)

    • 関連する報告書
      1995 実績報告書
  • [文献書誌] Fukami-Kobayashi,K.: "Correlation between module boundaries and intron positions in hemoglobins from various taxa" In Tracing Biological Evolution in Protein and Gene Structures(Eds.M.Go & P.Schimmel)Elsevier Science. 271-282 (1995)

    • 関連する報告書
      1995 実績報告書
  • [文献書誌] Ogata,K.: "Comparison of the free and DNA-complexed forms of the DNA-binding domain from c-Myb" Nature Structural Biology. 2. 309-320 (1995)

    • 関連する報告書
      1995 実績報告書
  • [文献書誌] Kalnin,N.: "Kinetic folding and unfolding of staphylococcal nuclease and its six mutants studied by stopped-flow circular dichroism" Proteins:Structure,Function,and Genetics. 23. 163-176 (1995)

    • 関連する報告書
      1995 実績報告書
  • [文献書誌] Uchiyama,H.: "Effects of amino acid substitutions in the hydrophobic core of alpha-lactoalbumin on the stability of the molten globule state" Protein Engineering. (in press). (1995)

    • 関連する報告書
      1995 実績報告書
  • [文献書誌] Kuwajima,K.: "The molten globule state of alpha-lactoalbumin" The FASEB journal. 10. 102-109 (1996)

    • 関連する報告書
      1995 実績報告書
  • [文献書誌] Song,S.: "Cloning and characterzation of the gene encoding Halobacterium halobium adenylate kinase(in press)" Gene.

    • 関連する報告書
      1995 実績報告書
  • [文献書誌] T.Nakashima: "Structure of the human CCGI gene:relationship between the exons/introns and functional domain/modules of the protein" Gene. 141. 193-200 (1994)

    • 関連する報告書
      1994 実績報告書
  • [文献書誌] 野口俊之: "タンパク質のモジュール構造:生物進化の物理" 日本物理学会誌. 49. 344-350 (1994)

    • 関連する報告書
      1994 実績報告書
  • [文献書誌] 野口俊之: "立体構造から見た分類学" 蛋白質核酸酵素. 39. 1028-1035 (1994)

    • 関連する報告書
      1994 実績報告書
  • [文献書誌] 深海-小林薫: "RNA結合ドメインをもつ蛋白質の分子進化" 蛋白質核酸酵素. 39. 2177-2188 (1994)

    • 関連する報告書
      1994 実績報告書
  • [文献書誌] 郷通子: "立体構造から見た蛋白質の進化" 蛋白質核酸酵素増刊エボルーション. 39. 2448-2456 (1994)

    • 関連する報告書
      1994 実績報告書
  • [文献書誌] H.Hojo: "Preparation of S-Protected Cysteine-Containing Peptide Thioester and Its Use for the Synthesis of the Barnase-Like Domain in DNA-Directed RNA Polymerase II of Saccharomyces cerevisiae" Bull.Chem.Soc.Jpn.68. 330-336 (1995)

    • 関連する報告書
      1994 実績報告書
  • [文献書誌] A.Okazaki: "The Chaperonin GroEL Does Not Recognize Apo-α-Lactalbumin in the Molten Globule State" Nature Struct.Biol.1. 439-446 (1994)

    • 関連する報告書
      1994 実績報告書
  • [文献書誌] Y.Igarashi: "Solution X-Ray Scattering Study on the Cheperonin GroEL from Escherichia coli" Biophysical Chem.(in press).

    • 関連する報告書
      1994 実績報告書

URL: 

公開日: 1994-04-01   更新日: 2016-04-21  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi