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芳香族アミノ酸アミノ基転移酵素の基質認識機構

研究課題

研究課題/領域番号 06680628
研究種目

基盤研究(C)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 機能生物化学
研究機関大阪医科大学

研究代表者

林 秀行  大阪医科大学, 医学部, 助教授 (00183913)

研究期間 (年度) 1994 – 1996
研究課題ステータス 完了 (1996年度)
配分額 *注記
2,300千円 (直接経費: 2,300千円)
1996年度: 700千円 (直接経費: 700千円)
1995年度: 800千円 (直接経費: 800千円)
1994年度: 800千円 (直接経費: 800千円)
キーワード芳香族アミノ酸アミノ基転移酵素 / 基質特異性 / ピリドキサールリン酸 / 基質アナログ / 反応中間体 / 水素結合 / グアニジノ基 / X-線結晶解析 / 大腸菌 / Paracoccus denitrificans / 基質認識機構 / 酵素反応速度論 / X線結晶解析 / 芳香環 / アルギニン / リシン / アスパラギン酸アミノ基転移酵素 / 芳香族アミノ酸アミノトランスフェラーゼ / アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ / ピリドキサミンリン酸
研究概要

アミノ基転移酵素のほとんどはモノカルボン酸である中性アミノ酸とジカルボン酸である2-オキソグルタル酸のアミノ基転移反応を触媒する。本研究はこのような全く性質の異なる基質が一つの活性部位で認識される機構を大腸菌芳香族アミノ酸アミノ基転移酵素(ArAT)について研究することを目的とするものである。
1.ArATの二種の基質(ジカルボン酸基質と芳香族基質)のうち,ジカルボン酸基質はArg292(遠位カルボキシル基)とArg386(近位カルボキシル基)によって認識される。同残基からAsn194を介して補酵素PLPの3'-Oに至る水素結合ネットワークは基質の結合に伴ってPLPの電子状態が触媒に最適化する機構において中心的な役割を担っている。これはα-カルボキシル基がすべてのアミノ酸基質に共通の構造であり,α-カルボキシル基による反応促進機構がアミノ基転移酵素に普遍的なものであることを反映している。
2.β-ヒドロキシル化偽基質と野生型およびTyr70Phe置換型ArATの反応の解析により二種の基質は同一のコンフォメーションでArATに結合することが判明した。また芳香族基質認識時にはArg292側鎖は酸性基質認識時とは異なるコンフォメーションをとる必要があることが判明した。
3.Arg292変異酵素と基質の反応の解析により、Arg292のグアニジノ基の存在が基質芳香環の認識に重要であること,すなわちArg292の側鎖が基質芳香環結合部位の一部を構成するか,あるいはその形成過程において必須であることが明らかになった。
4.上述の知見を更に原子レベルで追及するためにX-線結晶解析が不可欠であり,そのために良好な結晶を得ることのできる酵素としてParacoccus denitrificans酵素が最適であることを見出だし,現在同酵素単独および基質アナログ結合時の立体構造を解析中である。

報告書

(4件)
  • 1996 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 1995 実績報告書
  • 1994 実績報告書
  • 研究成果

    (29件)

すべて その他

すべて 文献書誌 (29件)

  • [文献書誌] Miyahara, I.: "X-ray crystallographic study of pyridoxamine 5'-phosphate-type aspartate aminotransferase from Escherichia coli in three forms." J. Biochem.116. 1001-1012 (1994)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1996 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Metzler, D. E.: "NMR Studies of ^1Hresonances in the 10-18 ppm range for aspartate aminotransferase from Escherichia coli" J. Biol. Chem.269. 28027-28033 (1994)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1996 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Hayashi, H.: "Reaction of aspartate aminotransferase with L-erythro-3-hydroxyaspartate:Involvement of Tyr70 in stabilization of the catalytic intermediates." Biochemistry. 34. 9413-9423 (1995)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1996 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Gekko, K.: "A large compressibility change of protein induced by a single amino acid substitution." Protein Science. 5. 542-545 (1996)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1996 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Hayashi, H.: "Analysis of the substrate-recogntion mode of aromatic amino acid aminotransferase by combined use of quasisubstrate and site-directed mutagenesis" Biochemistry. 35. 6754-6761 (1996)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1996 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Nakai, Y.: "Cloning and characterization of the tryB gene from Salmonella typhimurium." Biochim. Biophys. Acta. 1308. 189-192 (1996)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1996 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Miyahara, I.: "X-ray crystallographic study of pyridoxamine 5'-phoshate-type aspartate aminotransferase from Escherichia coli in three forms." J.Biochem.116 (5). 1001-1012 (1994)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1996 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Metzler, D.E.: "NMR Studies of ^1H resonances in the 10-18 ppm range for aspartate aminotransferase from Escherichia coli." J.Biol.Chem.269 (45). 28027-28033 (1994)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1996 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Hayashi, H.: "Reaction of aspartate aminotransferase with L-erythro-3-hydroxyaspartate : Involvement of Tyr70 in stabilization of the catalytic intermediates." Biochemistry. 34 (29). 9413-9423 (1995)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1996 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Gekko, K.: "A large compressibility change of protein induced by a single amino acid substitution." Protein Science. 5 (3). 542-545 (1996)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1996 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Hayashi, H.: "Analysis of the substrate-recogntion mode of aromatic amino acid aminotransferase of combined use of quasisubstrate and site-directed mutagenesis : Systematic hydroxy-group addition/deletion studies to probe the enzyme-substrate interactions." Biochemistry. 35 (21). 6754-6761 (1996)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1996 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Nakai, Y.: "Cloning and characterization of the tyrB gene from Salmonella typhimurium." Biochim.Biophys.Acta.1308. 189-192 (1996)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1996 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Oue, S.: "Paracoccus denitrificans aromatic amino acid aminotransferase : A model enzyme for the study of dual substrate recognition mechanism." J.Biochem.121 (1). 161-171 (1997)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1996 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Mollova, E.T.: "Use of ^1H-^<15>N heteronuclear multiple-quantum coherence NMR spectroscopy to study the active site of aspartate aminotransferase." Biochemistry. 36 (3). 615-625 (1997)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1996 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Hayashi, H.: "Pyridoxal enzymes : Mechianistic diversity and uniformity.(Review)" J.Biochem.118 (3). 463-473 (1995)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1996 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Hayashi,H.: "Analysis of the Substrate-Recogntion Mode of Aromatic Amino Acid Aminotransferase by Combined Use of Quasisubstrate and Site-Directed Mutagenesis." Biochemistry. 35. 6754-6761 (1996)

    • 関連する報告書
      1996 実績報告書
  • [文献書誌] Ishii,S.: "Functionally Important Residues of Aromatic L-Amino Acid Decarboxylase Probed by Sequence Alignment and Site-Directed Mutagenesis." J.Biochem.120. 369-376 (1996)

    • 関連する報告書
      1996 実績報告書
  • [文献書誌] Gekko,K.: "A large compressibility change protein induced by a single amino acid substitution." Protein Science. 5. 542-545 (1996)

    • 関連する報告書
      1996 実績報告書
  • [文献書誌] Nakai,Y.: "Cloning and characterization of the tyrB gene from Salmonella typhimurium." Biochim. Biophys. Acta. 1308. 189-192 (1996)

    • 関連する報告書
      1996 実績報告書
  • [文献書誌] Mollova,E.T.: "Use of 1H-15N Heteronuclear Multiple-Quantum Coherence NMR Spectroscopy To Study the Active Site of Aspartate Aminotransferase." Biochemistry. 36. 615-625 (1997)

    • 関連する報告書
      1996 実績報告書
  • [文献書誌] Oue,S.: "Paracoccus denitrificans Aromatic Amino Acid Aminotransferase : A Model Enzyme for the Study of Dual Substrate Recognition Mechanism." J.Biochem.121. 161-171 (1997)

    • 関連する報告書
      1996 実績報告書
  • [文献書誌] Nishino,J.: "An Anomalous Side Reaction of the Lys303 Mutant Aromatic L-Amino Acid Decarboxylase Unravels the Role of the Residue in Catalysis." J.Biochem.121. 604-611 (1997)

    • 関連する報告書
      1996 実績報告書
  • [文献書誌] H. Hayashi: "Reaction of Aspartate Aminotransferase with L-erythro-3-Hydroxyaspartate: Involvement of Tyr70 in Stabilization of the Catalytic Intermedeates" Biochemistry. 34. 9413-9423 (1995)

    • 関連する報告書
      1995 実績報告書
  • [文献書誌] H. Hayashi: "Pyridoxal Enzymes: Mechanistic Diversity and Uniformity" J. Biochem. 118. 463-473 (1995)

    • 関連する報告書
      1995 実績報告書
  • [文献書誌] K. Gekko: "A large compressibility change of protein induced by a single amino acid substitution" Protein Sci.5. 542-545 (1996)

    • 関連する報告書
      1995 実績報告書
  • [文献書誌] Iwasaki,M.,Hayashi,H.,Kagamiyama,H.: "Protonation State of the Active-Site Schiff Base of Aromatic Amino Acid Aminotransferase" J.Biochem.115. 150-155 (1994)

    • 関連する報告書
      1994 実績報告書
  • [文献書誌] Tanaka,T.,et al.: "Aspartate Aminotransferase from a Thermophilic Formate-utilizing Methanogen,Methanobacterium thermoformicicum Strain SF-4" J.Biochem.115. 309-317 (1994)

    • 関連する報告書
      1994 実績報告書
  • [文献書誌] Metzler,D.E.,et al.: "NMR Studies of ^1H Resonances in the 10-18 ppm Range for Aspartate Aminotransferase from Escherichia coli." J.Biol.chem.269. 28027-28033 (1994)

    • 関連する報告書
      1994 実績報告書
  • [文献書誌] Miyahara,I.,Hirotsu,K.,Hayashi,H.,Kagamiyama,H.: "X-ray Crystallographic Study of Pyridoxamine 5'-Phosphate-Type Aspartate Aminotransferase from Escherichia coli in Three Forms." J.Biochem.116. 1001-1012 (1994)

    • 関連する報告書
      1994 実績報告書

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公開日: 1994-04-01   更新日: 2016-04-21  

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