| 研究課題/領域番号 |
06J10450
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| 研究種目 |
特別研究員奨励費
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 応募区分 | 国内 |
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| 研究分野 |
人類遺伝学
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| 研究機関 | 東京大学 |
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研究代表者 |
宮川 卓 東京大学, 大学院・医学系研究科, 特別研究員(DC2)
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| 研究期間 (年度) |
2006 – 2007
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| 研究課題ステータス |
完了 (2007年度)
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| 配分額 *注記 |
1,900千円 (直接経費: 1,900千円)
2007年度: 900千円 (直接経費: 900千円)
2006年度: 1,000千円 (直接経費: 1,000千円)
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| キーワード | ナルコレプシー / ゲノムワイド関連解析 / アフィメトリクス / 500K GeneChip / Replication study / ヒトナルコレプシー / 確認実験(Replication Study) |
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| 研究概要 |
アフィメトリクス社の500K GeneChipは約50万にも及ぶSNPをタイピングできる反面、全てのSNPが正確にタイピングされる訳ではないことが知られている。そのため、この GeneChip を用いた研究を行う際は、正確さに欠けるSNPの結果を排除(データクリーニング)することが重要となるが、現在のところその明確な方法は見出されていない。そこで、健常者サンプル389例の結果を用いて、アフィメトリクス500K GeneChipの評価を行い、データクリーニング方法について検討した。その結果、適切な排除方法を見出すことに成功した。
ナルコレプシーの疾患感受性遺伝子探索のため、日本人集団におけるナルコレプシー患者(ケース)222例と健常者(コントロール)389例を用いて、ゲノムワイド関連解析を行った。タイピング後に、前述したデータクリーニングを施行し、疾患との関連が期待される30個の新規候補SNPを選別した。それら候補SNPの再現性を確認するため、独立したサンプルセット(ケース159例、コントロール190例)を用いた関連解析(Replication study)を行い、一つのSNP(マーカーTM22.1)において再現性が確認された。両解析を統合した結果のP値及びOdds ratioは4.4×10^<-7>及び1.79であった。TM22.1の周辺に存在する多型を用いた解析により、TM22.1を含む連鎖不平衡ブロック内に存在する二つの遺伝子を見出した。次にTM22.1がこれらの遺伝子の発現量に影響を与えるか検討した。両遺伝子のmRNAの発現量をリアルタイムRT-PCRを用いて定量し、TM22.1の遺伝子型(TT及びTC)間で比較した。その結果、TC群で両遺伝子のmRNAの発現量の有意な低下を確認した。本研究で見出されたナルコレプシーの疾患感受性遺伝子は、治療薬の開発に重要な貢献をなすと考えられる。
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