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タンパク質立体構造の安定性・ダイナミックス・折れたたみ機構

研究課題

研究課題/領域番号 07280103
研究種目

重点領域研究

配分区分補助金
研究機関大阪大学

研究代表者

油谷 克英  大阪大学, タンパク質研究所, 助教授 (90089889)

研究分担者 片岡 幹雄  奈良先端科技大学院大学, 物質創成科学, 教授 (30150254)
櫛田 孝司  奈良先端科技大学院大学, 物質創成科学, 教授 (00013516)
山縣 ゆり子 (山懸 ゆり子)  大阪大学, 大学院・薬学研究科, 助教授 (40183678)
木寺 詔紀  京都大学, 大学院・理学研究科, 助教授 (00186280)
城所 俊一  相模中央化学研究所, 副主任研究員
熊谷 泉  東北大学, 大学院・工学研究科, 教授 (10161689)
伊倉 貞吉  東京大学, 大学院・理学系研究科, 助手 (50251393)
北尾 彰朗  京都大学, 大学院・理学研究科, 助手 (30252422)
後藤 祐児  大阪大学, 理学部, 助教授 (40153770)
研究期間 (年度) 1995 – 1998
研究課題ステータス 完了 (1998年度)
配分額 *注記
244,200千円 (直接経費: 244,200千円)
1998年度: 46,600千円 (直接経費: 46,600千円)
1997年度: 62,200千円 (直接経費: 62,200千円)
1996年度: 67,000千円 (直接経費: 67,000千円)
1995年度: 68,400千円 (直接経費: 68,400千円)
キーワードタンパク質立体構造 / タンパク質の安定性 / タンパク質のダイナミックス / タンパク質の折れたたみ機構 / リゾチーム / カロリメトリー / X線結晶解析 / タンパク質 / 立体構造 / 安定性 / 折れたたみ機構 / 熱測定 / ダイナミックス
研究概要

本計画研究班では、「蛋白質立体構造の構築原理」の物理・化学的側面を解明する。「構築原理」の物理・化学的側面を解明するために、(1)ヒト・リゾチームを集中的に研究する課題と(2)種々の蛋白質を用いて立体構造の安定性・ダイナミックス・折れたたみ機構に関するそれぞれの重要な問題を解決する課題に分かれている。(1)の課題(油谷、山縣、北尾)は、系統的で網羅的なヒトリゾチーム変異型を作成し(100種以上)、得られた全ての変異型について、カロリメトリーにより熱変性の熱力学的パラメータを求めると同時にX線結晶構造解析を行い変異に伴う構造変化を調べた。蓄積されたデータを基に、変異蛋白質の安定性の変化と構造の変化の相関を検討し、個々の安定化因子の定量化に成功した。そこでは、二次構造の傾向性、水分子の導入、水素結合の形成と消失、極性基(polar)なびに非極性基(non-polar)の変性に伴う表面露出面積の差(DDASA)などを考慮した。これらの結果は、非極性基の変化は安定性に大きな役割を果たすのに対して、極性基は殆ど安定化に影響を与えないことを示した。また、例えば、2.8Å離れた水素結合の寄与は5.0kJ/molとなった。そして、1分子の水の導入によるエントロピー項による不安定化は-7.lkJ/molで、水の導入によって2本の水素結合ができたとすれば、結果的に2.9kJ/mol安定化されることが分かった。(2)の課題に関しては、好熱菌蛋白質の安定性研究には城所、油谷が担当した。櫛田は自身が開発した時間分割フォールバーニング分光法を用いて、広い温度領域と時間領域に亘って蛋白質の構造変化のダイナミックスの直接観測を行うことに主力を注ぎ、独創的な成果を得た。ダイナミックス、折れたたみ機構.非天然状態の構造研究は木寺、片岡、桑島、後藤が、更に蛋白質の機能解析に熊谷、城所が担当して種々の成果を得た。

報告書

(5件)
  • 1998 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 1997 実績報告書
  • 1996 実績報告書
  • 1995 実績報告書
  • 研究成果

    (36件)

すべて その他

すべて 文献書誌 (36件)

  • [文献書誌] K. Ogasahara: "Electrostatic Stabilization in Methionine Aminopeptidase from Hyperthermophile"Biochemistry. 37. 5939-3946 (1998)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Y. Yamagata: "Contribution of Hydrogen Bonds to the Conformational Stability of Human Lysozyme : Calorimetry and X-ray Analysis of Six Tyr-> Phe Mutants"Biochemistry. 37. 9355-9362 (1998)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] K. Takano: "A General Rule for the Relationship between hydrophobic Effect and Conformational Stability of a Protein : Stability and Structure of a Series of Hydrophobic Mutants of Human Lysozymes"J. Mol. Biol.. 280. 749-761 (1998)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] T.H. Tahirov: "Crystal Structure of Methionine Aminopeptidase from Hyperthermophile, Pyrococcus Furiosus"J. Mol. Biol.. 284. 101-124 (1998)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] K. Ogasahara: "Unusual Slow Unfolding Rate Causes the High Stability of Pyrrolidone Carboxyl Peptidase from a Hyperthermophile, Pyrococcus furiosus : Equilibrium and Kinetic Studies of Guanidine Hydrochloride-Induced Unfolding and Refolding"Biochemistry. 37. 17535-17544 (1998)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] R. Kuroki: "Structural and Thermodynamic Responses of Mutations at a Ca Binding Site Engineered into Human Lysozyme"J. Biol. Chem.. 273. 34310-34315 (1998)

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      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] K. Ogasahara, et al.: "Electrostatic Stabilization in Methionine Aminopeptidase from Hyperthermophile"Biochemistry. 37. 5939-5946 (1998)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Y. Yamagata et al.: "Contribution of Hydrogen Bonds to the Conformational Stability of Human Lysozyme : Calorimetry and X-ray Analysis of Six Tyr -> Phe Mutants"Biochemistry. 37. 9355-9362 (1998)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] K. Takano et al.: "A General Rule for the Relationship between hydrophobic Effect and Conformational Stability of a Protein : Stability and Structure of a Series of Hydrophobic Mutants of Human Lysozymes"J. Mol. Biol. 280. 749-761 (1998)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] T. H. Tahirov et al.: "Crystal Structure of Methionine Aminopeptidase from Hyperthermophile, Pyrococcus furiosus"J. Mol. Biol. 284. 101-124 (1998)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] K. Ogasahara et al.: "Unusual Slow Unfolding Rate Causes the High Stability of Pyrrolidone Carboxyl Peptidase from a Hyperthermophile, Pyrococcus furiosus : Equilibrium and Kinetic Studies of Guanidine Hydrochloride-Induced Unfolding and Refolding"Biochemistry. 37. 17535-17544 (1998)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] R. Kuroki & K. Yutani: "Structural and Thermodynamic Responses of Mutations at a Ca Binding Site Engineered into Human Lysozyme"J Biol Chem. 273. 34310-34315 (1998)

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      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1998 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] K.Ogasahara,et al: "Electrostatic Stabilization in Methionine Aminopeptidase from Hyperthermophile." Biochemistry. 37. 5939-5946 (1998)

    • 関連する報告書
      1998 実績報告書
  • [文献書誌] Y.Yamagata et al.: "Contribution of Hydrogen Bonds to the Conformational Stability of Human Lysozyme: Calorimetry and X-ray Analysis of Six Tyr->Phe Mutants." Biochemistry. 37. 9355-9362 (1998)

    • 関連する報告書
      1998 実績報告書
  • [文献書誌] K.Takano et al.: "A General Rule for the Relationship between hydrophobic Effect and Conformational Stability of a Protein: Stability and Structure of a Series of Hydrophobic Mutants of Human Lysozymes." J.Mol.Biol.280. 749-761 (1998)

    • 関連する報告書
      1998 実績報告書
  • [文献書誌] T.H.Tahirov et al.: "Crystal Structure of Methionine Aminopeptidase from Hyperthermophile,Pyrococcus furiosus." J.Mol.Biol.284. 101-124 (1998)

    • 関連する報告書
      1998 実績報告書
  • [文献書誌] K.Ogasahara et al.: "Unusual Slow Unfolding Rate Causes the High Stability of Pyrrolidone Carboxyl Peptidase from a Hyperthermophile,Pyrococcus furiosus:" Biochemistry. 37. 17535-17544 (1998)

    • 関連する報告書
      1998 実績報告書
  • [文献書誌] R.Kuroki & K.Yutani: "Structural and Thermodynamic Responses of Mutations at a Ca Binding Site Engineered into Human Lysozyme" J.Biol.Chem.273. 34310-34315 (1998)

    • 関連する報告書
      1998 実績報告書
  • [文献書誌] Takano,K., et al.,: "Contribution of Water Molecules in the Interior of a Protein to the Conforamtional Sability" J.Mol.Biol.274. 132-142 (1997)

    • 関連する報告書
      1997 実績報告書
  • [文献書誌] Takano,K., et al.,: "Contribution of the Hydrophobic Effect to the Stability of Human Lysozyme : Calorimetric Studies and X-ray Structural Analyses of the Nine Val to Alae Mutants" Biochemistry. 36. 688-698 (1997)

    • 関連する報告書
      1997 実績報告書
  • [文献書誌] Kataoka,M., et al.: "Structural characterization of molten globule of a-lactalbumin by solution X-ray scattering" Protein Sci.6. 422-430 (1997)

    • 関連する報告書
      1997 実績報告書
  • [文献書誌] Hayward,S., et al.,: "Model-Free Methods of Analyzing Domain Motions in Proteins From Simulation : A Comparison of Normal Mode Analysis and Molecular Dynamics Simulation of Lysozyme" Proteins,. 27. 425-437 (1997)

    • 関連する報告書
      1997 実績報告書
  • [文献書誌] Imamoto,Y., et al.,: "Evidence for proton transfer from Glu-46 to the chrompophore during the photocycle of photoactive yellow protein" J.Biol.Chem.272. 12905-12908 (1997)

    • 関連する報告書
      1997 実績報告書
  • [文献書誌] Ikura,T., et al.,: "Kinetic Folding and cis/trans Prolyl Isomerization of Staphylococcal Nuclease. A Study by Stopped-Flow Absorption,Stopped-Flow CD and Molecular Dynamics Simulations" Biochemistry,. 36. 6529-6538 (1997)

    • 関連する報告書
      1997 実績報告書
  • [文献書誌] Hayashi-Iwasaki,Y.et al.: "A stable intermediate in the thermal unfolding process of a chimeric 3-isopropylmalate dehydrogenase between a thermpphilic and a mesophilic enzymes" Protein Science. 5. 511-516 (1996)

    • 関連する報告書
      1996 実績報告書
  • [文献書誌] Hiraga,K.& Yutani,K.: "Study of Cysteine Residues in the α Subunit of Tryptophan Synthase from Escherichia coli.1.Role in Conformational Stability." Protein Enginering. 19. 425-431 (1996)

    • 関連する報告書
      1996 実績報告書
  • [文献書誌] Hiraga,K.& Yutani,K: "Study of Cysteine Residues in the α Subunit of Tryptophan Synthase from Escherichia coli.2.Role in Enzymatic Function." Protein Engineering. 19. 433-438 (1996)

    • 関連する報告書
      1996 実績報告書
  • [文献書誌] Hiraga,K.& Yutani,K: "Thermodynamic Analysis of Conformational Change Due to the α2β2 Complex Formation of Tryptophan Synthase" Eur J.Biochem.240. 63-70 (1996)

    • 関連する報告書
      1996 実績報告書
  • [文献書誌] Funahashi,J.et al.: "The Structure,Stability,and folding Process of Amyloidogenetic Mutant Human Lysozyme" J.Biochem.120. 1216-1223 (1996)

    • 関連する報告書
      1996 実績報告書
  • [文献書誌] Tsumoto,K.et al.: "Role of salt bridge formation in antigen-antibody interaction:Entropic contribution to the interaction between hen egg-white lysozyme and its monoclonal antibody HyHEL10," J.Biol.Chem.271. 32612-32616 (1996)

    • 関連する報告書
      1996 実績報告書
  • [文献書誌] K.Takano. et al.: "contribution of Hydrophobic Residues to the Stabilify of Human Lvsozyme: Calorimetric Studies and X-ray Structural Analysis of the Five Isoleucine to Valine Mutants" J. Mol. Biol.254. 62-76 (1995)

    • 関連する報告書
      1995 実績報告書
  • [文献書誌] A.Kurita,Y.Shibata and T.Kushida: "Two-level Systems in Myoglobin Probed by Non-Lorentzian Hole Broadening in a Temperature-Cycling Experiment" Phys. Rev. Lett.74. 4349-4352 (1995)

    • 関連する報告書
      1995 実績報告書
  • [文献書誌] Nishii,I.,Kataoka,M.& Goto,Y.: "Thermodynamic stability of the molten globule states of apomyoglobin." J. Mol. Biol.250. 223-238 (1995)

    • 関連する報告書
      1995 実績報告書
  • [文献書誌] S.Kidokoro et al.: "Remarkable activity enhancement of thermolysin mutants" FEBS Lett.367. 73-76 (1995)

    • 関連する報告書
      1995 実績報告書
  • [文献書誌] K.Yamazaki et al.: "Folding Pathway of Escherichia coli Ribonuclease HI: A Circular Dichroism,Fluorescence,and NMR Study" Biochemistry. 34. 16552-16562 (1995)

    • 関連する報告書
      1995 実績報告書
  • [文献書誌] K.Tsumoto et al.: "Role of Tyr Residues in the Contact Region of Anti-lysozyme Monoclonal Antibody HyHEL10 for Antigen" J. Biol. Chem. 270. 18551-18557 (1995)

    • 関連する報告書
      1995 実績報告書

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公開日: 1995-04-01   更新日: 2019-02-15  

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