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ヌクレアーゼ耐性を有する新規アンチセンスヌクレオチドの分子設計

研究課題

研究課題/領域番号 07457551
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 医薬分子機能学
研究機関大阪薬科大学

研究代表者

浦田 秀仁  大阪薬科大学, 薬学部, 助手 (80211085)

研究期間 (年度) 1995 – 1997
研究課題ステータス 完了 (1997年度)
配分額 *注記
5,500千円 (直接経費: 5,500千円)
1997年度: 400千円 (直接経費: 400千円)
1996年度: 700千円 (直接経費: 700千円)
1995年度: 4,400千円 (直接経費: 4,400千円)
キーワードアンチセンス / L-ヌクレオシド / 炭素環ヌクレオシド / コンホメーション固定 / オリゴヌクレオチド / オリゴヌクレチド
研究概要

1.塩基部と糖部をO-cyclo結合により架橋させ、グリコシド結合まわりのコンホメーションをlow antiに固定した炭素環uridine、cytidine、adenosineおよびguanosine誘導体(1〜4)のラセミ体の合成を達成した。
2.光学活性なシクロペンタン環ユニット(5)を(-)-αピネンを不斉源とした不斉ハイドロボレーションを経由して合成し、これを出発原料として、上述のラセミ体での合成経路に従い、光学活性な1〜4の合成を行った。(-)-1は合成を完了し、(-)-2、(-)-3の合成は1ないし3ステップを残すのみでほぼ目処がついている。(-)-4に関しては合成中間体の溶解性が悪く、大量合成が可能な合成経路を現在検討中である。
3.(-)-1はアミダイト体へと誘導し、自動DNA合成装置により下記に示した(-)-1(cU)を含むオリゴヌクレオチド(6〜9)を合成し、3'-exonucleaseであるvenome phosphodiesterase消化に対する耐性、および相補鎖である(dA)_<12>および(rA)_<12>とのhydridization能の比較検討を行った。
5'-TTTTTTTTTTTT-3' (6) 5'TTTTTcUcUTTTTT-3' (8)
5'-TTTTTTcUTTTTT03' (7) 5'-cUcUcUcUcUcUcUcUcUcUcUcU-3'(9) cU=(-)-1
(1)venome phosphodiesterase分解に対する耐性
venome phosphodiesteraseにより(6)が完全に分解される条件下、(9)は全く分解を受けず、(7)および(8)は3'-末端側からcU残基までの配列は速やかに分解されたが、cU残基で分解速度は激減した。
(2)相補配列とのhybridization能
(6)〜(9)の(dA)_<12>および(rA)_<12>に対するhybridization能をUVによるTm測定で評価した。その結果、(6)と比較して(7)および(8)は塩濃度に依存せずcU残基当たり10℃以上のTm値の低下が起こった。一方、(9)は低塩濃度では(dA)_<12>および(rA)_<12>とhybridizeできなかったが、高塩濃度では(rA)_<12>とのみ安定に二重鎖を形成し、そのTm値は(6)を3℃程度上回った。

報告書

(4件)
  • 1997 実績報告書   研究成果報告書概要
  • 1996 実績報告書
  • 1995 実績報告書
  • 研究成果

    (10件)

すべて その他

すべて 文献書誌 (10件)

  • [文献書誌] Hidehito Urata et al.: "Sequence Dependence of Thermodynamic Stability of Heterochiral DNA" Tetrahedron Letters. 37. 5551-5554 (1996)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1997 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Hedehito Urata et al.: "Design and Racemic Synthesis of Conformationally Restricted Carbocyclic Pyrimidine Nucleoside Analogs Based on the Structure of the L-Nucleoside Residue in Heterochiral DNA" Chem.Pharm.Bull.(in press). (1998)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1997 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Hirofumi Ohishi et al.: "The Crystal Structure of (±)-Cyclocytidine Analogue Having a Low Anti Conformation Around Glycosyl Bond" Acta Crystallographica Section C. (in press). (1998)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • 関連する報告書
      1997 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Hidehito Urata et al.: "Sequence Dependence of Thermodynamic Stability of Heterochiral DNA" Tetrahedron Letters. 37. 5551-5554 (1996)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1997 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Hidehito Urata et al.: "Design and Racemic Synthesis of Conformationally Restricted CarbocyclicPyrimidine Nucleoside Analogs Based on the Structure of the L-Nucleoside Residue in Heterochiral DNA" Chem.Pharm.Bull.46 (in press). (1998)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1997 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Hirofumi Ohishi et al.: "The Crystal Structure of ((]SY.+-。[)) -Cyclocytidine Analogue Having a Low Anti Conformation Around Glycosyl Bond" Acta Crystallographica Section C. (in press). (1998)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
    • 関連する報告書
      1997 研究成果報告書概要
  • [文献書誌] Hidehito Urata, et al.: "Sequence Dependence of Thermodynamic Stability of Heterochirai DNA" Tetrahedron Letters. 37. 5551-5554 (1996)

    • 関連する報告書
      1997 実績報告書
  • [文献書誌] Hidehito Urata, et al.: "Design and Racemic Synthesis of Conformationally Restricted Carbocylic Pyrimidine Nucleoside Analogs Based on the Structure of the L-Nucleoside Residue in Heterochirai DNA" Chem.Pharm.Bull.(in press). (1998)

    • 関連する報告書
      1997 実績報告書
  • [文献書誌] Hirofumi Ohishi, et al.: "The Crystal Structure of(±)-Cyclocytidine Analogue Having a Low Anti Conformation Around Glycosyl Bond" Acta Crystallographica Section C. (in press). (1998)

    • 関連する報告書
      1997 実績報告書
  • [文献書誌] Hidehito Urata el al.: "Sequence Dependence of Thermodynamic Stability of Heterochiral DNA" Tetrahedron Letters. 37(31). 5551-5554 (1996)

    • 関連する報告書
      1996 実績報告書

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公開日: 1995-04-01   更新日: 2016-04-21  

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